OffreStageM2 (152,02 Ko)
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OffreStageM2 (152,02 Ko)
Offre de stage M2 biostatistique Développement d’un modèle linéaire mixte à classes latentes conjoint pour étudier les trajectoires d’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de survenue du cancer de la plèvre (mésothéliome pleural). Encadrant principal : Emilie LEVEQUE (Ingénieure biostatisticienne) Co-encadrant : Karen LEFFONDRE (Maître de conférences en biostatistique) Durée et période du stage : 6 mois. Le début du stage pourra s’effectuer entre janvier et avril 2015. Dans les études épidémiologiques sur le cancer, nous disposons d’informations sur les expositions des sujets à différents agents cancérogènes au cours de leur vie. Par exemple, afin d’étudier l’association entre l’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de développer un cancer de la plèvre (mésothéliome pleural, MP), nous disposons de données cas-témoins françaises comportant de l’information détaillée sur toute l’histoire de l’exposition professionnelle à l’amiante des cas (sujets ayant développé un MP) et des témoins (sujets n’ayant pas développé de MP). L’association entre l’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de MP est bien connue, mais il reste beaucoup d’interrogations sur les profils de trajectoires d’exposition les plus à risque de cancer. Il est donc important de pouvoir identifier les différents profils de trajectoires de l’exposition et d’étudier leur association avec le risque de survenue du cancer. Le modèle linéaires mixte à classes latentes conjoint pourrait ainsi être utilisé afin d’identifier les sous-populations de trajectoires différentes et de déterminer si ces profils ont des risques de cancer différents. Cependant, à notre connaissance, ce type de modèle n’a encore jamais été utilisé dans ce contexte. Les objectifs du stage seront de : - Réaliser une revue de la littérature sur les modèles conjoints à classes latentes et leur utilisation dans le contexte de l’épidémiologie du cancer ; - Développer un programme sous R permettant d’estimer un modèle linéaire mixte à classes latentes conjoint avec un modèle logistique ; - Appliquer ce modèle aux données cas-témoins françaises sur le MP afin d’identifier les profils de trajectoires d’exposition à l’amiante et comparer le risque de survenue du MP de ces différents profils de trajectoires. Compétences requises : - Connaissances solides en biostatistique (connaissance du modèle de régression linéaire mixte classique, et du modèle de régression logistique) - Bonne base en programmation (des notions en algorithmique, connaissance d’un ou plusieurs langages de programmation comme le C, Fortran,…). - Maitrise du logiciel R. Structure d’accueil: Centre de Recherche INSERM U897 – Epidémiologie-Biostatistique Equipe Biostatistique Université de Bordeaux, ISPED 146, rue Léo-Saignat 33076 Bordeaux Cedex http://biostat.isped.u-bordeaux2.fr Gratification de stage: selon les grilles prévues par l'Inserm Contact : adresser un CV et une lettre de motivation à [email protected] Références : Cécile Proust-Lima, Luc Letenneur, Hélène Jacqumin-Gadda. A non linear latent class model for joint analysis of multivariate longitudinal data and a binary outcome. Statist. Med. 2007; 26:2229:2245. Haiqun Lin, Charles E. McCulloch, Bruce W. Turnbull, Elizabeth H.Slate and Larry C. Clark. A latent class mixed model for analyzing biomarker trajectories with irregularly scheduled observations. Statist.Med. 2000; 19:1303:1318. Hein Putter, Tineke Vos, Hanneke de Haes and Hans van Houwelingen. Joint analysis of multiple longitudinal outcomes: Applications of a latent class model. Statist. Med. 2008; 27: 6228-6249. Aude Lacourt, Karen Leffondré, Céline Gramond, Stéphane Ducamp, Patrick Rolland et al. Temporal patterns of occupational asbestos exposure and risk of pleural mesothelioma. Eur Respir J 2012 ;39(6):1304-12.