Fixed-term Engineer position Next generation sequencing data

Fixed-term Engineer position
Next generation sequencing data analysis
IGBMC Strasbourg
Context
The Institute of Genetics, Molecular and Cellular Biology (IGBMC) is a research unit composed of 52
research teams (700 persons) and involving INSERM, CNRS and the University of Strasbourg.
The IGBMC Microarray and Deep sequencing platform is dedicated to provide resources and expertise in
functional genomics to the national and international research community. The present staff includes 12
persons (7 for the experimental part and 5 for bioinformatics). Current projects concern functional
genomics, development, stem cells or human genetics using two main technologies, DNA microarrays and
Next Generation Sequencing (ChIPseq, RNAseq and DNAseq). The services provided range from quality
check of starting material up to data analysis.
Activities
The successful candidate will work on bioinformatics and biostatistics analysis of several next generation
sequencing projects (Illumina Hiseq2500), for which no standard pipeline is currently available on the
platform. To achieve this, the successful candidate will work in collaboration with the research teams
leading the projects and the bioinformaticians from the platform. The candidate will conduct a literature
review, test and evaluate existing methods. He/she will define appropriate methods to answer to the
biological questions asked by the researchers and then set up adapted pipelines.
The successful candidate will first work on the analysis of single-cell RNAseq data. A first dataset obtained
on melanoma cells is already available on the platform. He/she will then work on other next generation
sequencing projects treated by the platform.
Required qualification and professional experience
Required qualification: Master in statistics or bioinformatics.
Required skills:
- Advanced knowledge of Unix environment and shell programming
- Advanced knowledge on statistics and data analysis, advanced knowledge and experience in R
(knowledge on Bioconductor would be appreciated)
- Advanced knowledge in programming and knowledge of at least one script language (Perl or
Python)
- Basic knowledge of molecular biology
- English
- Previous experience on NGS data analysis would be appreciated
Contract
18 months fixed-term contract, starting at the beginning of 2015 (negotiable date).
Salary: based on the French public research institution wages and adjusted according to the candidate
degree and experience.
Work location: IGBMC, 1 rue Laurent Fries, Illkirch (near Strasbourg), France.
Submission procedure
Please provide a curriculum vitae, a letter of motivation and name (e-mail, phone number) of two referees
to the following e-mail address: [email protected]. The position will remain open until a suitable candidate
has been found.
Offre d’emploi CDD Ingénieur
Analyse de données de séquençage haut débit
IGBMC Strasbourg
Contexte
L’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (UMR CNRS-INSERM-Université de
Strasbourg) est composée de 52 équipes de recherche (700 personnes) explorant diverses thématiques de
recherche fondamentale en biologie moléculaire et cellulaire et appliquée dans le domaine de la santé.
Au sein de l’IGBMC, la plateforme Biopuces et Séquençage met à disposition ses ressources et son
expertise tant aux équipes de l’institut qu’à la communauté académique nationale et internationale. Elle
comprend actuellement 12 personnes (7 pour la partie expérimentale et 5 pour la partie bioinformatique).
Les projets traités portent sur des thématiques diverses telles que la génomique fonctionnelle, le
développement, les cellules souches ou la génétique humaine, en utilisant les technologies de puces à ADN
et de séquençage haut débit (ChIPseq, RNAseq et DNAseq). Les prestations proposées s’étendent de la
validation des échantillons de départ jusqu’à l’analyse finale des données générées.
Missions
La personne recrutée travaillera sur l’analyse bioinformatique et biostatistique de différents projets de
séquençage haut débit (Illumina Hiseq2500), pour lesquels aucun pipeline standard d’analyse n’est
actuellement en place sur la plateforme. Pour cela, le candidat travaillera en collaboration avec les équipes
de recherche porteuses des projets et les bioinformaticiens de la plateforme. Le candidat devra donc
effectuer un travail de recherche bibliographique, de test et d’évaluation de méthodes existantes. Il devra
définir les méthodes appropriées pour répondre aux questions biologiques posées puis mettre en place des
pipelines d’analyse adaptés.
La personne recrutée travaillera dans un premier temps sur l’analyse de données de RNAseq sur cellules
uniques. Un premier jeu de données sur des cellules de mélanome est déjà disponible sur la plateforme. Le
candidat travaillera ensuite sur d’autres projets de séquençage haut débit traités par la plateforme.
Profil
Diplôme requis : diplôme d’ingénieur ou master en statistique ou bioinformatique.
Compétences requises :
- Maitrise de l’environnement unix et de la programmation shell
- Très bon niveau en statistique et analyse de données, bonnes connaissances et expérience en R
(connaissance de Bioconductor appréciée)
- Bonnes connaissances en programmation et maitrise d’au moins un langage de script (Perl ou
Python)
- Connaissances théoriques en biologie moléculaire
- Anglais oral et écrit
- Expérience préalable dans le domaine de l’analyse de données de séquençage haut débit
particulièrement appréciée
Contrat
CDD de 18 mois à partir de début 2015 (date de début de contrat négociable).
Salaire : selon diplôme et expérience.
Localisation du poste : IGBMC, 1 rue Laurent Fries, Illkirch (à côté de Strasbourg).
Candidature
Pour postuler, merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de deux référents à
[email protected]. La procédure de recrutement est ouverte jusqu’à ce qu’un candidat soit retenu.