Historique des Ateliers

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Année 2015
N°237 - New trends in super-resolution optical microscopy: unraveling the ultra-structure and dynamics of
molecular assemblies in cells and tissues
N°236 - Big Data in clinical research
N°235 - Single Cell Sequencing: from basic research to clinical application
N°234 - Méta-analyse en réseau
N°233 - Intestinal microbiota : from bench to bedside
N°232 - Methodologies and Experimental Strategies in Angiogenesis Research
Année 2014
N°231 - Recent developments in sigle nucleic acid molecule approaches - ANNULE
N°230 - Aquatic models to foster innovation in biomedical research - ANNULE
N°229 - Methodological issues in personalized and predictive medicine
N°228 - Experimental approaches in mechanotransduction: from molecules to tissues and pathology
N°227 - Data-sharing in biomedical and health research: legal protection, ethical issues and governance
N°226 - The third dimension bridges the gap between cell culture and live tissue
Année 2013
N°225 - Avancées technologiques en cytométrie: applications et perspectives en recherche fondamentale
et clinique
N°224 - Domaines membranaires : de la complexité lipidique aux fonctions biologiques
N°223 - Evaluation des modèles prédictifs : adéquation aux observations et valeur prédictive
N°222 - Méthodes statistiques et nouvelles stratégies de recherche de gènes impliqués dans les maladies
communes à l'ère du séquençage haut débit
N°221 - Modifications ciblées du génome à l’aide de protéines TALEs
N°220 - Méthodes avancées en biologie structurale intégrée de protéines membranaires
Année 2012
N°219 - Dispositifs pour la médecine régénératrice (DMR) : de la mise en œuvre à l'évaluation
N°218 - Biopuces à cellules pour des études fondamentales sur cellule unique jusqu'à l'ingénierie tissulaire
N°217 - Photocontrôle et optogénétique des systèmes et fonctions biologiques
N°216 - De la cellule à la molécule unique, le point sur la Microscopie à Force Atomique pour la Biologie ANNULE
N°215 - Diversité des transcriptomes non codants révélés par RNA-seq
N°214 - L'analyse du métabolome pour la recherche biomédicale: enjeux et état des lieux
N°213 - Epidémiologie biographique : modèles et méthodes
Année 2011
N° 212 - Approches bioinformatique pour décrypter la régulation des génomes à partir de données à haut
débit
N° 211 - Approches à haut-débit en épigénomique
N° 210 - Outils en émergence pour une microscopie de fluorescence quantitative appliquée à la biologie des
systèmes
N° 209 - Avancées statistique récentes en analyse causale
Année 2010
N° 208 - Avancées dans l’imagerie par microscopie à fluorescence quantitative de l’infection des cellules
hôte par les pathogènes
N° 207 - Modification contrôlée du génome à l’aide d'endonucléases à façon
N° 206 - Dynamique des microtubules et migration cellulaire: interactions moléculaires, conséquences
fonctionnelles et perspectives thérapeutiques en cancérologie
N° 205 - Modèles de mélange pour données longitudinales
N° 204 - Cellules pluripotentes induites, reprogrammation et différenciation
N° 203 - Interactomique : à la croisée des chemins entre biologie et bioinformatique
N° 202 - Recherche in silico de sondes pharmacologiques et candidats médicaments : succès et défis
N° 201 - Les vecteurs lentiviraux : outils pour la recherche fondamentale et thérapeutique
Ateliers 2009
N° 200 - Organisation fonctionnelle des génomes dans le noyau : des techniques moléculaires aux approches in
vivo
N° 199 - La mémoire humaine et sa pathologie : approche multidisciplinaire
N° 198 - Protocoles récents en épidémiologie
N°197 - Exploration métabolique et structurale des mitochondries en pathologie et perspectives
thérapeutiques - ANNULE
N° 196 - Ubiquitine et protéines apparentées, Protéasomes : fonctions et dysfonctions
N° 195 - Nouvelles techniques d’imagerie pour la biologie : super-résolution et super-localisation
N° 194 - Ingénierie tissulaire : étude des interfaces cellule/tissu/matériau
N° 193 - Polymorphisme et remaniements génomiques: analyse des données de puces CGH et SNP, et de
grand séquençage
N° 192 - Cellules souches pluripotentes humaines
- Inserm Workshops - n°231
Recent developments in single nucleic acid molecule approaches
REGISTRATION DEADLINE: June 23, 2014
ORGANIZERS: Giovanni Cappello (Institut Curie, Paris), Christophe Lavelle (Muséum National d’Histoire
Naturelle, Paris) et Catherine Tardin (Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale, Toulouse)
AIMS: the objective of this workshop is to review single molecules techniques now available to study nucleic
acids in vitro and in cellulo and their last development, as well as to provide concrete answers to researchers
wishing to use them.
PHASE I – CRITICAL ASSESSMENT
October 01-03, 2014 in Bordeaux
KEYNOTE LECTURE
With Taekjip Ha (University Illinois, USA)
HIGH THROUGHPUT
With Eric Greene (University Columbia, USA), Laurence Salomé (IPBS, FRA)
DNA FORCE SPECTROSCOPY
With Vincent Croquette (ENS, FRA), Nynke Dekker (TU Delft, NLD), Manoel
Manghi (IRSAMC, FRA), Thomas Perkins (University of Colorado, USA), Erwin
Peterman (Vrije Universiteit, NLD)
NANOCHANELS
CHROMATIN AND DNA/PROTEIN INTERACTION
With Maria Barbi (UPMC, FRA), Eric Le Cam (IGR, FRA), John Marko (Northwestern
University, USA)
IN LIVING CELLS
With Xavier Darzacq (ENS, FRA), Marcelo Nolmann (CBS, FRA)
PHASE II – TECHNICAL WORKSHOP
November 2014 in Paris/Toulouse/Montpellier
The objective of this practical phase is to allow researchers to learn one single molecule technique applied to the study
of nucleic acids. The theoretical principles presented in Phase I will be shown here in a practical way. Different steps will
be detailed namely such as sample preparation, setting the instrumentation, data acquisition and analysis. Finally, will
be discussed the interpretation of the results and limitations of the technique based on concrete case studies in host
laboratories.
SELECTION: 16 trainees will be selected among phase I participants.
Information and registration:
Inserm - Ateliers
101 rue de Tolbiac
75654 Paris Cedex 13
Tel.: +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03
Fax: +33 (0) 1 44 23 62 93
[email protected]
*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - avril 2014
With Aurélien Bancaud (LAAS, FRA), Johan van der Maarel (University Singapour,
SGP)
Aquatic models to foster innovation in biomedical research
REGISTRATION DEADLINE: June 23, 2014
ORGANIZERS: Xavier Bailly (Station biologique, Roscoff), Pierre Boudinot (INRA, Jouy-en-Josas), JeanStéphane Joly (CNRS, Gif-sur-Yvette), Stefano Tiozzo (Observatoire, Villefranche-sur-Mer)
AIMS: Aquatic models are increasingly used in various biomedical contexts. One of the major goals of this course
is to provide a large overview of the different approaches in different aquatic organisms, at first hands in relation
to immunology, degeneration/injury and regeneration.
September 24-26, 2014 in Bordeaux
DEGENERATION AND REGENERATION IN THE NERVOUS SYSTEM
With Thomas Becker (University of Edinburgh, GBR), Bettina Schmid (German
Center for Neurodegenerative Diseases, DEU), Claire Wyart (ICM, FRA), Ana
Varela Coehlo (Oeiras, PRT)
HEART DEVELOPMENT AND REGENERATION
With Philippe Menasché (Inserm U633, FRA), Didier Stainier (Max Planck Institute
for Heart and Lung Research, DEU), Chris Jopling (Inserm U661, FRA), Lionel
Christiaen (New-York University, USA)
NEW DEFENSE MECHANISMS AND IMMUNE PATHWAYS
NEW CONCEPTS FROM AQUATIC MODEL ORGANISMS
With Bill Jeffery (University of Maryland, USA), Brigitte Galliot (Université de
Genève, CHE), Sam Dupont (University of Gothenburg, SWE), Peter Ladurner
(University of Innsbruck, AUT)
October 6-9, 2014 in Observatoire de Villefranche-sur-Mer, Station biologique de Roscoff
Two possible practical workshops of 4 days with 3 groups of 3 persons each, both focusing on the practical use of aquatic
organisms (zebrafish, non-vertebrate chordates, non-chordate deuterostomians, protostomians, cnidarians, etc…) but
with the following specificities:
Zebrafish and marine model organisms for regeneration (Station biologique, Roscoff, FRA) coordinated by
Xavier Bailly (Station Biologique, Roscoff, FRA), Jean-Stéphane Joly (CNRS, FRA), Bill Jeffery (University of Maryland,
USA), Sam Dupont (University of Gothenburg, SWE)
Emerging marine model organisms (Observatoire de Villefranche-sur-Mer, FRA) coordinated by Stefano Tiozzo
and Evelyn Houliston (Observatoire, Villefranche-sur-Mer, FRA)
Inserm - Ateliers
101 Rue de Tolbiac
Tel : +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03
Fax +33 (0) 1 44 23 62 93
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*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - janvier 2014
With Zeev Pancer (Center of Marine Biotechnology, USA), Eric Samuel Loker
(University of New Mexico, USA), Jacques Robert (USA), Jean-Pierre Levraud
(Institut Pasteur, FRA), Louis Du Pasquier (Institute of Zoology and Evolutionary
Biology, CHE)
Methodological issues in personalized and predictive medicine
REGISTRATION DEADLINE: April 25, 2014
ORGANIZERS: Philippe Broet et Hervé Perdry (Inserm U669, Paris)
AIMS: There is a tremendous interest in the field of personalized/predictive medicine for multifactorial diseases. The aim of this workshop is to highlight the methodological issues that clinicians, biologists and
biostatisticians are going to face when entering in the area of personalized medicine and to present the new
statistical methods for clinical trial, prognostic and predictive studies.
June 11-13, 2014 in Bordeaux
STATISTICAL METHODS FOR CLINICAL TRIALS & CLINICAL
STUDIES
with Donna Pauler Ankerst (Technische Universität München, DEU), Robert
Green (Harvard Medical School, USA), Cecile Janssens (Emory University,
USA), Michael Kosorok (University of North Carolina, USA), Ruth Pfeiffer
(National Cancer Institute, USA), Eric Polley (National Cancer Institute, USA),
Hein Putter (Leiden University Medical Centre, NLD) and Ben van Calster
(University of Leuven, BEL)
APPLICATIONS TO DISEASES & SOCIAL AND ETHICAL ISSUES
with Simone Bateman (Cermes3, FRA), Laurent Becquemont (Faculté de
Médecine Paris-Sud, FRA), Bertram Müller-Myhsok (Max-Planck-Institute of
Psychiatry, DEU) and Dominique Stoppa-Lyonnet (Institut Curie, FRA)
June 16-17, 2014 in Hôpital Paul Brousse, Villejuif, France
Practical implementation of some of the statistical methods presented in Phase 1.
Ateliers de l’Inserm
101 Rue de Tolbiac
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*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - mars 2014
INTRODUCTION TO PREDICTIVE MODELLING
with Françoise Clerget-Darpoux (Inserm U781, FRA), Mitchell Gail (National
Cancer Institute National Institutes of Health, USA) and John O’Quigley
(Université Pierre et Marie Curie, FRA)
Experimental approaches in mechanotransduction:
from molecules to tissues and pathology
REGISTRATION DEADLINE: February 28, 2014
ORGANIZERS: Nicolas Borghi (Institut Jacques Monod, Paris), Emmanuel Farge (Institut Curie, Paris),
Christophe Lavelle (Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris)
AIMS: an update on the latest experimental techniques to investigate the molecular mechanisms involved in the
process of mechanotransduction and elucidate its physiological and pathophysiological implications.
May 21-23, 2014 in Bordeaux
KEYNOTE LECTURE
Martin Schwartz (Yale University, USA)
IDENTIFYING THE PRIMARY MOLECULAR SENSORS OF
MECHANOTRANSDUCTION (AND THEIR PATHWAYS)
With Nicolas Borghi (Institut Jacques Monod, FRA), G.V. Shivashankar (National
University of Singapore, SGP), Christophe Lamaze (Institut Curie, FRA), Beth
Pruitt (Stanford University, USA)
INVESTIGATING MECHANOTRANSDUCTION IN VIVO
PROBING THE PATHOPHYSIOLOGICAL IMPACT OF
MECHANOTRANSDUCTION
With Valerie Weaver (UCSF, USA), Laurent Sedel (Hôpital Lariboisière, FRA),
Thierry Hoc (Ecole Centrale de Lyon, FRA), Giovanni Cappello (LIPHY, FRA)
From June 2014 in Paris and Strasbourg (Institut Jacques Monod, Institut Pasteur, Institut Curie,
IGBMC, Hôpital Lariboisière)
With N. Borghi, C. Lamaze, D. Mitrossilis, E. Farge, J. Vermot, T. Hoc, L. Sedel and H. Petite
The objective of Phase II is to show a range of techniques to study mechanotransduction at the molecular, cellular,
developmental and pathophysiological levels. The proposed approaches comprise quantitative microscopy-based
detection of primary molecular mechanosensors, hydrodynamic, magnetic and mechanical devices to assess the cellular
and tissue response to mechanical cues and subsequent activation of signaling pathways during embryonic development
and homeostasis.
Inserm - Ateliers
101 Rue de Tolbiac
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*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - décembre 2013
With Elazar Zelzer (Weizmann Institute of Science, ISR), Emmanuel Farge (Institut
Curie, FRA), Julien Vermot (IGBMC, FRA)
Data-sharing in biomedical and health research:
legal protection, ethical issues and governance
REGISTRATION DEADLINE: January 7, 2014
ORGANIZERS: Danièle Bourcier (CERSA, Paris), Nicolas Lechopier (Université Lyon 1, Lyon), Emmanuelle
Rial-Sebbag (Inserm U1027, Toulouse)
AIMS: This training workshop will highlight the current ethical, legal, societal and governance issues occurring
in Human Data sharing and will facilitate ethical and legal compliance for exchanging health data in the European
context and abroad.
March 24-26, 2014 in Bordeaux
HEALTH DATA AMONG PERSONAL DATA
With Danièle Bourcier (CERSA, FRA), Emmanuelle Rial-Sebbag (Inserm U1027,
FRA), Nicolas Lechopier (Université Lyon 1, FRA), Pierre-Antoine Gourraud (UCSF,
USA), Jasper Bovenberg (NLD)
ISSUES RAISED BY DATA SHARING IN BIOMEDICAL AND HEALTH
RESEARCH
hospital
system
ehr incentive
report health record ehr meaningful
use stage meaningful years health care
system information technology
healthcare technology medicare and
medicaid health information
clinical physicians system ehr health
information exchange medical
electronic new providers health
information technology
medical center emr electronic
medical records information
work company record ehr incentive
program management electronic
health records accountable
care organizations
health
With Edward Dove (McGill University, CAN), Dominique Donnet-Kamel (Mission
Associations de Malades, Inserm, FRA), Anne Cambon-Thomsen (Inserm U1027,
FRA), Pierre Mouillard (Société Vigisys, FRA)
DATA GOVERNANCE
With Georges Dagher (Inserm US13, FRA), Eric Meslin (Indiana University, USA),
Frédérique Lesaulnier (CNIL, FRA), Anne Bahr (Sanofi, FRA), Isidoros Karatzas
(European Commission)
HEALTH DATA OWNERSHIP
With Alexandra Mendoza-Caminade (Université Toulouse Capitole, FRA), Danièle
Bourcier (CERSA, Paris), Heidi Howard (Inserm U1027, FRA)
ROUND TABLE BIG DATA, BIG SCIENCE, GOVERNANCE AND FUTURE
ISSUES
With Anne Cambon-Thomsen (Inserm U1027, FRA), Eric Meslin (Indiana University,
USA), Jasper Bovenberg (NLD), Alexandra Mendoza-Caminade (Université
Toulouse Capitole, FRA), Danièle Bourcier (CERSA, Paris), Nicolas Lechopier
(Université Lyon 1, Lyon), Emmanuelle. Rial-Sebbag (Inserm U1027, FRA)
June 11-13, 2014 in Toulouse
The practical phase will be based on case studies (e.g. Data bases security – Draft templates for Data access forms etc.)
to implement the knowledge gained during the Phase I. The main objective will be to provide a toolbox for designers and
users of health databases.
Ateliers de l’Inserm
101 Rue de Tolbiac
Tel : +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03
Fax +33 (0) 1 44 23 62 93
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*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - décembre 2013
practice ehr vendor data health
The third dimension bridges the gap between cell culture and live tissue
REGISTRATION DEADLINE: December 17, 2013
ORGANIZERS: Nathalie Picollet-D’hahan and Odile Filhol-Cochet (CEA, Grenoble, FRA)
AIMS: To closer mimic the physiological reality, 3D cell culture is being fully developed. A large overview of the
current approaches for cellular 3D construction, analysis and applications will be provided. The goal of this course
is also to show the benefits of microtechnologies in this field.
March 12-14, 2014 in Bordeaux
3D CELL CULTURE & MICRO-ENVIRONMENT
With SK. Muthuswamy (University Health Network, USA)
THE 3D CELL CULTURE BRIDGES THE GAP BETWEEN CELL CULTURE
AND LIVE TISSUE
With D. Bello-DeOcampo (Michigan State University, USA), MK. Magnusson
(University of Iceland, ISL), L. Ogunshola (ZIHP, UZH, CHE)
3D CELL CULTURE & MICROSYSTEMS
With G. Forgacs (University of Missouri, USA), S. Verrier (AO Research Institute
Davos, CHE), M. Dolega (CEA, FRA), JC. March (Cornell University, USA)
3D IMAGING
3D CULTURE & BIOMEDICAL APPLICATIONS
With S. Bosari (Milan University, ITA), A. Bahinski (Harvard University, USA), N.
L’Heureux (Cytograft Tissue Engineering Inc., USA), T. Boland (Texas University,
USA)
September 2014 in Grenoble
A practical workshop of 2 days with 2 groups of 5 persons focusing on cellular 3D construction and analysis with conventional techniques (labtek plates, immunostaining, tissue microsectionning, confocal imaging) and with emerging approaches
(microtechnologies, lensless imaging). Epithelial cell models (prostate and breast) will be used. The following specificities
coordinated by O. Filhol-Cochet (CEA Grenoble) and N. Picollet-D’hahan (CEA Grenoble) will be proposed :
3D architecture: matrigel (acini and spheroids), microfluidic encapsulation, single 3D structures on micropatterns,
inclusion and cryosectionning.
3D structures analysis: immunofluorescence, apotome microscopy, spinning-disk, lens-less imaging.
Inserm - Ateliers de formation
101 Rue de Tolbiac
Tel : +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03
Fax +33 (0) 1 44 23 62 93
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*Ateliers Inserm - Rédaction : Ateliers (DRH-BFSSR) - Réalisation : Julie Arqué (DRH-MO) - janvier 2014
With F. Pampalony (Goethe University Frankfurt, DEU), V. Lobjois (Toulouse University, FRA), C. Allier (CEA, FRA)
Atelier de formation 225
Organisateurs Organizers: Jacques NUNES (CRCM, France), Antonio COSMA (CEA, France), Stéphane MANCINI (CIML, France),
Hervé LUCHE (CIPHE, France)
Conseiller scientifique Scientific Advisor : Garry NOLAN (Stanford University, USA)
Avancées
technologiques
en
cytométrie:
applications et perspectives en recherche
fondamentale et clinique
Advances in cytometry: new applications and
insights in basic and clinical research
■ Phase I Le point sur…
1-3 Octobre 2013 Bordeaux
■ Phase I Critical assessment…
October 1st - 3rd, 2013 Bordeaux
Objectifs
Les formidables avancées technologiques récentes ont fait de la cytométrie de
flux multiparamétrique (CFM) un outil permettant l’analyse de systèmes
biologiques complexes. La difficulté de mise en œuvre de ces nouvelles
techniques multiparamétriques est néanmoins un réel frein à une plus large
utilisation de ces méthodes à très large potentiel. De même, la connaissance
des outils d’analyse avancée et des méthodes nécessaires à un traitement de
la masse d’information générée par la CFM est souvent lacunaire. Une
technologie innovante émergente, la cytométrie de masse (CMM) permet
l’analyse simultanée d’un nombre significativement plus large de paramètres
(plus de 40).Cette nouvelle technologie se heurte aux mêmes freins d’analyse
et de représentation que la CFM. Le but de cet atelier est de préparer les
laboratoires à ces approches multiparamétriques.
Les technologies de CFM et de CMM seront présentées par les experts de ce
champ expérimental au travers d’exemples d’application concrets en
recherche clinique. Ces présentations seront renforcées par une introduction
aux solutions logicielles actuelles pour appréhender l’analyse des données
générées par ces deux approches. Des technologies émergentes
principalement en cytométrie d’image seront également présentées.
Aims
Recently, great technological improvements have been performed in
multiparameter flow cytometry (MFC) to study complex biological systems.
However, the difficulty of implementing MFC is a real barrier limiting its broad
use. Similarly, knowledge is often lacking, in advanced analytical tools and
methods needed to handle the mass of information generated by MFC. An
emerging innovating technology, the multiparameter mass cytometry (MMC)
allows the simultaneous analysis of more than 40 parameters. This new
technology (also referred to as CyTOF) faces similar challenges in analysis
and data visualization as MFC.
Therefore, the formation into the laboratories is crucial to control all aspects of
multiparametric approaches that will be addressed during this workshop.
To fulfill these goals, MFC and MMC technologies will be introduced by experts
of each experimental field and illustrated using concrete examples of
applications in clinical research. These presentations will be completed by an
introduction to current software solutions in order to analyze huge datasets
generated by these two approaches. Finally, emerging technologies will be
presented, mainly in the field of image cytometry.
Public
Tous chercheurs en biologie, ingénieurs, médecins, post-doctorants et
étudiants intéressés par l’application de la cytométrie à leur champ
expérimental et désireux d’augmenter le nombre de paramètres étudiés
simultanément sur leurs cellules d’intérêt. Des connaissances de base en
cytométrie de flux conventionnelle (4-6 paramètres) sont requises.
Les conférences seront données en anglais.
Programme
1. Cytométrie de flux multiparamétrique (CFM)
2. Analyse multiparamétrique et gestion des données
3. Cytométrie de masse multiparamétrique (CMM)
4. Technologies émergentes en cytométrie
■ Phase II Maîtrise technique
16-18 octobre 2013 Fontenay-aux-Roses (CMM)
22-25 octobre 2013 Marseille (CFM + initiation CMM)
Programme
Cours pratique approfondi en CMM (3 Jours):
- Rappels théoriques sur la CMM
- Réalisation d’un couplage à façon avec lanthanide
- Formation à l’utilisation du CyTOF
- Analyse avec FlowJo, Infinicyt, SPADE, Gemstone, outils de visualisation des
données, méthodes de réduction d’information.
- Chargement de données sur le LIMS du CEA.
Cours pratique approfondi en CFM (4 Jours):
- Rappels théoriques sur la CFM multiparamétrique.
- Mise au point de panel à façon, marquage 13 couleurs.
- Réglage et optimisation de la machine.
- Acquisition sur deux LSR2.
- Phosphoflow et analyse des voies de signalisation.
- Initiation à la CMM, analyse avec DIVA, FlowJo, Infinicyt, SPADE.
- Solution de gestion de base de données et d’archivage (Cytobank, LIMS).
Audience
All biological scientists, engineers, medical doctors, post-doctoral fellows and
students who are interested in the application of advanced cytometry
techniques in their respective experimental fields and are eager to increase the
number of parameters studied simultaneously. A basic knowledge in
conventional flow cytometry (4-6 parameters) is required.
Lectures will be given in English.
Program
1. Multiparameter Flow Cytometry (MFC)
2. Multiparametric analysis and data management
3. Multiparameter Mass Cytometry (MMC)
4. Emerging technologies in cytometry
■ Phase II Technical workshop
October 16th - 18th 2013 Fontenay-aux-Roses (CMM)
October 22th - 25th 2013 Marseille (CFM + initiation CMM)
Program
Advanced Practical Course in MMC (3 Days)
- Theory of MMC
- Antibody labeling with lanthanide
- Training to the use of CyTOF
- Analysis with FlowJo, Infinicyt, SPADE, Gemstone, data vizualisation tools,
data reduction methodologies.
- Data loading and archive on CEA LIMS.
Advanced practical course in MFC (4 Days):
- Theory of MFC.
- Panel design, 13-color labeling.
- Setup and optimization of the analyzer.
- Acquisition on two LSR2 with different optical configurations.
- Phosphoflow and analysis of signal transduction pathways.
- Initiation to MMC, analysis with DIVA, FlowJo, Infinicyt, SPADE.
- Presentation of Database management systems (Cytobank, CEA LIMS).
Selection
Sélection
Trainees will be selected among phase I participants. 2 groups of 8 people will
Les participants seront retenus parmi les participants de la phase I. 2 groupes de be selected among phase I participants depending on their primary interest
8 stagiaires répartis sur deux sites géographiques distincts en fonction de leur (MMC or MFC).
centre d’intérêt (CMM ou CFM).
Avec la participation de / with the participation of
Philippe BOUSSO (Paris, France), Ryan R. BRINKMAN (British Columbia, Canada), Juan FLORES-MONTERO (Salamanca, Spain), Marie FOLLO (Freiburg,
Germany), Michael GERNER (Bethesda, USA), Samuel GRANJEAUD (Marseille, France), Leonore HERZENBERG (Stanford, USA), Jonathan IRISH (Nashville,
USA), Francis LACOMBE (Bordeaux, France), Garry NOLAN (Stanford, USA), J. Paul ROBINSON (Indiana, USA), Mario ROEDERER (Bethesda, USA), Scott
TANNER (Toronto, Canada), Attila TARNOK (Leipzig, Germany), William TELFORD (Bethesda, USA), Rodolphe THIEBAUT (Bordeaux, France)
Date limite d’inscription : 21 juin 2013 Registration deadline : June 21st 2013
Renseignements et inscriptions Information and registration
Inserm Ateliers de formation 101 rue de Tolbiac 75654 Paris Cedex 13
Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03 Fax +33 (0) 1 44 23 62 93 [email protected]
Organisateurs  Organizers: Ludger Johannes (Institut Curie, Paris, France), Kai Simons (Max Planck Institute, Dresden, Germany)
Domaines membranaires : de la complexité
lipidique aux fonctions biologiques
Membrane domains: Translating compositional
complexity into biological functions
■ Phase I  Le point sur…
25-27 septembre 2013  Bordeaux
■ Phase I  Critical assessment…
September 25-27, 2013  Bordeaux
Objectifs
Au sein des membranes biologiques, des mécanismes passifs et actifs
existent pour agréger localement les lipides. Ils induisent la formation de
radeaux lipidiques impliqués dans de nombreux processus biologiques comme
le trafic membranaire ou le signalisation des cellules T, mais aussi dans
certaines pathologies telles les maladies infectieuses. Ces phénomènes de
compartimentalisation s’exercent sur des distances allant du nm au µm et sur
des échelles de temps s’étalant de la µs à quelques heures. Cependant, leur
étude est rendue difficile par l’absence de méthodes, à la fois sensible et
quantitative, pour l’analyse des lipides. L’objectif premier de cet atelier est
d’offrir aux scientifiques intéressés par l’étude des membranes une vue
d’ensemble des derniers développements conceptuels relatifs aux radeaux
lipidiques. Le second objectif est de présenter les nouvelles technologies
développées pour caractériser ces radeaux. Le troisième objectif est d’illustrer
comment ces avancées conceptuelles et techniques permettent d’aborder les
processus biologiques et pathologiques sous un angle nouveau. Des
questions controverses seront abordées avec l'objectif explicit de rendre leur
contenu scientifique accessible aux non-spécialistes.
Aims
Passive and active mechanisms are involved in the functional clustering of
lipids leading to the formation of rafts. This is important in many biological
processes ranging from membrane trafficking and T cell signaling to
pathological situations such as pathogen entry into cells. Membrane
compartmentalization operates at length scales from nm to µm, and time
scales of µs to hours. It concerns a membrane fabric — lipids — that has been
difficult to analyze in small amounts and in a quantitative manner. The first
objective of this workshop is to achieve an overview on the recent conceptual
developments of the raft hypothesis for scientists interested in membrane
research. The second objective is to present novel technologies for raft
analysis. The third objective is to illustrate how these conceptual and
technological advances are being employed to analyze biological and
pathological membrane processes from a fresh angle. Controversial questions
will be addressed with the explicit goal of making the underlying scientific
issues accessible to non-specialists.
Public
Chercheurs, médecins, conférenciers, post-docs, étudiants, ingénieurs et
techniciens intéressés par l’implication de la dynamique fonctionnelle de la
compartimentalisation membranaire dans divers processus de biologie
cellulaire, la biophysique des membranes, la biologie chimique ainsi que les
sciences médicales.
Audience
Researchers, physicians, lecturers, post-docs, students, engineers and
technicians who are interested in functional dynamics of membrane
compartmentalization in diverse fields of cell biology, membrane biophysics,
chemical biology, and medical sciences.
Programme
1) Nouveaux concepts : induction de réarrangements lipidiques à l’échelle
mésoscopique, amplification de fluctuations critiques aux transitions de phase
(miscibilité), mécanique membranaire des forces s’appliquant à l’interface des
domaines membranaires.
2) Avancées méthodologiques : cartographie 2D temporelle de marqueurs sur
cellules vivantes par homo-FRET, suivi de particule unique, microscopie à
force atomique (AFM), spectroscopie à corrélation de fluorescence (FCS),
microscopie à haute-résolution, spectrométrie de masse en tandem pour
l’analyse quantitative de lipidome sur quantités infinitésimales, reconstitution
sur membrane modèle de processus complexes de type radeaux lipidiques.
3) Biologie et pathologie : trafic post-Golgi, courbure membranaire et tri de
cargos au cours de l’endocytose indépendante de la clathrine, ségrégation de
marqueurs membranaires par polymérisation d’actine, signalisation dans les
cellules T, transport intracellulaire de la protéine prion et transformations
pathologiques, infections virales.
Program
1) New concepts: Induced lipid rearrangements at mesoscopic scales, critical
fluctuations that are amplified near miscibility transition points, domain
boundary forces for membrane mechanics.
2) Methodological advances: Time-resolved 2D maps of marker distribution on
live cells by homo-FRET, single particle tracking, AFM, FCS, super-resolution
imaging, tandem mass spectrometers for fast quantitative profiling of lipidomes
from minute amounts of sample, model membrane reconstitution of complex
raft-type processes.
3) Biology and pathology: Post-Golgi trafficking, membrane bending and cargo
sorting in clathrin-independent endocytosis, segregation of membrane markers
by actin dynamics, T cell signaling, prion protein trafficking and pathological
transformation, virus infection.
■ Phase II  Maîtrise technique
Novembre 2013  Paris
■ Phase II  Technical workshop
November 2013  Paris
Programme
L’agrégation locale de (glyco)sphingolipides au niveau de la membrane
plasmique peut entraîner la courbure de cette dernière. Cette propriété est
exploitée par plusieurs processus biologiques et pathologiques comme l’entrée
dans les cellules d’agents pathogènes (virus et toxines) ou encore
l’endocytose de récepteurs de signalisation (intégrines, CD44,...). Au cours
des travaux pratiques, les participants se familiariseront avec les approches
cellulaires et sur membranes modèles permettant d’étudier l’internalisation
(glyco)sphingolipide dépendante. Il sera notamment montré comment préparer
des marqueurs (fluorescents, HRP), analyser par immunofluorescence des
cellules fixées et vivantes, préparer des vésicules unilamellaires géantes et
observer par microscopie confocale la formation de tubules membranaires.
Ces travaux pratiques ont pour but de fournir aux participants toutes les
connaissances pratiques leur permettant par la suite de concevoir leur propre
projet.
Program
The clustering of (glyco)sphingolipids leads to membrane bending in several
biological and pathological processes that are based on the cellular entry of
pathogens (viruses), pathogenic factors (toxins), or signaling receptors
(integrins, CD44...). Participants of the practical course will learn cell and
model membrane-based approaches to test whether a protein of choice follows
similar principles. These approaches include preparation of appropriate tracers
(fluorescence dyes, HRP), immunofluorescence analysis on fixed and live
cells, preparation of giant unilamellar vesicles and confocal microscopy
imaging of tubule formation. The goal of this practical course is to demonstrate
these techniques such that participants can design their own projects.
Sélection
Les participants seront retenus parmi les participants de la phase I.
Selection
Trainees will be selected among phase I participants.
Bruno Antonny (France), Patricia Bassereau (France), Christian Eggeling (Germany), Katharina Gaus (Australia), Hai-Tao He (France), John Hjort Ipsen
(Denmark), Satyajit Jitu Mayor (India), Robert G. Parton (Australia), Howard Riezman (Switzerland), Eric Rubinstein (France), Laurence Salomé (France), Sarah
Veatch (USA), Chiara Zurzolo (France)
Date limite d’inscription : 21 juin 2013  Registration deadline : June 21, 2013
Renseignements et inscriptions  Information and registration
Inserm  Ateliers de formation  101 rue de Tolbiac  75654 Paris Cedex 13  Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03  Fax +33 (0) 1 44 23 62 93  [email protected]
Organisateurs Organizers: John O'Quigley (UPMC, Paris), Pascale Tubert-Bitter (INSERM, Villejuif), Vivian Viallon (Univ.
Lyon 1/IFSTTAR, Lyon)
Evaluation des modèles prédictifs : adéquation
aux observations et valeur prédictive
Evaluation of predictive models: goodness-of-fit
and predictive power
29-31 Mai 2013 Bordeaux
May 29-31, 2013 Bordeaux
Objectifs
Bien que la question de l'évaluation des modèles prédictifs soit
relativement ancienne, son traitement méthodologique a récemment
connu des avancées majeures, motivées par la recherche et la validation
des marqueurs biologiques d'une part (notamment suite à la diffusion des
techniques dites à haut-débit) et la promesse d'une médecine
personnalisée d'autre part (dont les modèles prédictifs constitueraient un
des outils essentiels). En ce qui concerne les facteurs génétiques, dont
un nombre important a pu être identifié pour certaines maladies
complexes, leur contribution peut être jugée modérée et la question de la
valeur prédictive des scores qui les incorporeraient bien réelle.
De nombreux critères d'évaluation ont récemment été proposés dans la
littérature, la plupart visant à mesurer soit l'adéquation soit le pouvoir
prédictif du modèle. La plupart de ces critères originaux ont par ailleurs
été étendus à des types d'étude particuliers (cohorte avec données
censurées, présence de risques compétitifs, etc...) Face à cette multitude
de critères et extensions, il est essentiel de connaître leurs spécificités et
leurs propriétés ainsi que de comprendre les liens qui les unissent.
L’objectif de l’atelier est de présenter théoriquement et pratiquement
l’ensemble de ces récents développements, afin de contribuer à leur
diffusion et à la maîtrise de leur utilisation.
Aims
How to evaluate predictive models is a quite old topic which has recently
seen significant methodological advances, due to (i) the increasing
interest in new biological markers (especially since the development of
high-throughput technology) as well as (ii) the promises of a personalized
medicine (for which predictive models would constitute an essential tool).
In particular, many genetic markers have been identified for some
complex diseases, but their impact is often considered as moderate,
raising the question of the relevance of their incorporation in existing
predictive risk scores.
Many evaluation criteria have recently been proposed in the literature,
most of which aiming at measuring either the goodness-of-fit or the
predictive power of a given model. Most of these criteria have further
been extended to cope with specific study designs (cohort with censored
data, presence of competive risks ...). Given these numerous criteria and
extensions, it is of particular interest to be aware of their specificities and
properties, as well as the various relationships that exist among them.
The main objective of this workshop is to present these criteria, from both
a theoretical and practical point of view, in order to make their use proper
and wider.
Public
Audience
Epidémiologistes; biostatisticiens; généticiens et cliniciens formés à
l'analyse statistique.
Epidemiologists and biostatisticians; Geneticists and clinicians trained in
statistics.
Programme
Définition et propriétés des principaux critères d'évaluation de
l'adéquation et du pouvoir prédictif des marqueurs ou des modèles
prédictifs (courbes ROC, AUC, R2, predictiveness curve, etc...);
Différents designs d'étude; AUC "dépendante du temps"; cas des risques
compétitifs, Apport d'un marqueur supplémentaire dans un modèle
prédictif (mesures de reclassification : IDI, NRI); méthodes de rééchantillonnage (cross-validation,...); validation et critères de type R2
(variation expliquée, valeur prédictive et adéquation du modèle, variation
expliquée et importance des variables pour des données de survie,
évaluation des modèles mixtes non linéaires,..); Exemples illustratifs
(apports des marqueurs génétiques, cas du modèle de Cox dans une
étude cas-cohorte, ...)
05-07 Juin 2013 • Villejuif
Program
Definition and properties of the main criteria measuring the goodness-offit or the predictive power of predictive models or markers (ROC, AUC,
R2, predictiveness curve, etc...); various study designs; time-dependent
AUC; competive risks; Interest of adding a new marker in an existing
model (reclassification measures: IDI, NRI, ...); cross-validation and subsampling; R2-like criteria (explained variation, predictive power and
goodness-of-fit, explained variation and relative importance of covariates
in survival analysis, model evaluation in non-linear mixed-effect models).
Illustrative examples (markers from genome, transcriptome and
proteome, evaluation of a Cox model in a case-cohort study ...)
June 05-07, 2013 • Villejuif
Programme
Program
Mise en œuvre de techniques présentées dans la phase théorique à l'aide
de SAS et R :
Adéquation et évaluation du R2 (modèles simples, multivariés et
conditionnels; modèles de Cox; modèles de Cox avec fragilités);
Evaluation de la calibration d'un modèle prédictif en présence de données
censurées; Evaluation de l'AUC et de l'AUC dépendante du temps;
Apport de l'ajout d'un nouveau marqueur dans un score existant (mesures
de reclassification, etc...)
Practical implementation of some of the criteria presented in Phase 1 with
SAS and R:
Goodness of fit and evaluation of the R2 criterion (simple, multivariate
and conditional models; Cox models; frailty (Cox) models); Evaluation of
the calibration of a predictive model in the presence of censored data;
Evaluation of the AUC and time-dependent AUC; Effect of adding a new
marker in an existing risk score (reclassification measure, etc..).
Sélection
Selection
12 participants seront sélectionnés parmi les participants de la phase I.
12 participants will be selected among participants to phase I.
Avec la participation de / with the participation of: Jacques Bénichou (Rouen, France), Philippe Broët (Paris, France), Tianxi Cai (Boston, USA),
Cécile Chauvel (Paris, France), Emmanuelle Comets (Paris, France), Thomas Alexanders Gerds (Copenhagen, Denmark), Mithat Gönen (New York, USA),
Hélène Jacqmin-Gadda (Bordeaux, France), Héléna Marti-Soler (Lausanne, Switzerland), Martina Müller-Nurasyid (Munich, Germany), Babak Oskooei (London,
UK), John O'Quigley (Paris, France), Michael Schemper (Vienna, Austria), David-Alexandre Tregouet (Paris,France), Vivian Viallon (Lyon, France).
Date limite d’inscription : 15 Mars 2013 Registration deadline : March 15th, 2013
Organisateurs Organizers: Philippe Broët (Inserm U669, Hôpital Paul Brousse, Villejuif), Emmanuelle Génin (Inserm U1078,
CHRU Brest, UBO, Brest), Anne-Louise Leutenegger (Inserm U946, Univ Paris Diderot, Paris)
Méthodes statistiques et nouvelles stratégies
de recherche de gènes impliqués dans les
maladies communes à l'ère du séquençage
haut débit
Statistical methods and new strategies for
mapping genes involved in common diseases in
the era of high throughput sequencing
27-29 mai 2013 Bordeaux
May 27-29, 2013 Bordeaux
Objectifs
Si les années 90 ont été celles des marqueurs microsatellites, les
années 2000 celles des SNPs, les prochaines années seront
celles du séquençage haut débit d’exomes et de génomes
complets. Ces changements de technologie qui se traduisent par
un changement d’échelle dans le nombre de variables à analyser
ont été accompagnés par des modifications des unités d'analyse.
Il semble important de faire le point sur les méthodes statistiques
qui vont être développées pour utiliser de manière optimale ces
nouvelles données, mettre en évidence des corrélations
génotype-phénotype et mieux comprendre les facteurs
génétiques affectant les traits complexes.
Aims
Whereas the nineties were the years of the microsatellites, the
years 2000, the years of the SNPs, the upcoming years are going
to be those of the next-generation sequencing of exomes and
whole genomes. These technological changes will translate into
changes in the number of variables to study but also in the units
of analysis. The aim of this workshop is to present the new
statistical methods that are under development to take full
advantage of these data and allow the study of genotypephenotype correlations to better understand the genetic
component of complex traits.
Public
Chercheurs, ingénieurs, doctorants en statistique génétique,
génétique épidémiologique, bioinformatique, biologie moléculaire.
Programme
Recueil des données : aspects méthodologiques et éthiques. Les
particularités des données de séquençage haut-débit et comment
en tenir compte dans les études d’association. Les problèmes de
dimensionnalité et de tests multiples. Les méthodes d’analyse
disponibles et comment les choisir en fonction des données et de
la problématique.
Audience
Researchers, engineers, PhD students in statistical genetics,
genetic epidemiology, bioinformatics and molecular biology.
Program
Data collection : methodological and ethical aspects. The
particularities of next-generation sequencing data and how to
deal with them in disease association studies. The curse of
dimentionality and the multiple testing issue raised. The different
statistical methods available to analyse the data and how to
select the most approriate ones.
3-4 juin 2013 Villejuif
June 3-4 2013 Villejuif
Programme
Présentation des différents logiciels disponibles pour analyser les
données de séquençage haut-débit et mettre en évidence les
variants génétiques impliqués dans des phénotypes complexes
sur des données cas-témoins ou familiales.
Program
The different statistical genetic software available to analyse nextgeneration sequencing data and evidence gene variants involved
in complex traits using case-control or family data.
Selection
Fifteen candidates will be selected among the Phase I
Sélection
Quinze candidats seront sélectionnés parmi les participants de la participants.
phase I.
Ines BARROSO (UK), Catherine BOURGAIN (France), Françoise CLERGET (France), David CONTI (USA), Jean-Francois DELEUZE
(France), Florence DEMENAIS-DIAO (France), Josée DUPUIS (USA), Daniel GAUTHERET (France), Jean-Pierre HUGOT (France),
Rémi KAZMA (USA), Jonathan MARCHINI (UK), Dan NICOLAE (USA), Richard REDON (France), Anne ROVELET-LECRUX
(France), David-Alexandre TREGOUET (France), Quentin VINCENT (France), Eleftheria ZEGGINI (UK)
Date limite d’inscription : 15 mars 2013 Registration deadline : March 15th, 2013
Organisateurs Organizers: Jean-Paul Concordet (Institut Cochin, Paris), Carine Giovannangeli (Muséum National d'Histoire
Naturelle, Paris)
Modifications ciblées du génome à l’aide
de protéines TALEs
Genome engineering and targeting with
artificial TALEs
24-26 Avril 2013 Bordeaux
April 24-26, 2013 Bordeaux
Objectifs
Grâce aux nouveaux domaines de fixation à l’ADN artificiels, de type
peptides à doigts de zinc ou effecteur TAL, il semble désormais possible
de couper ou modifier une séquence prédéterminée du génome à
volonté. En particulier, la possibilité de créer des cellules ou organismes
génétiquement modifiés de façon contrôlée ouvre de très nombreuses
perspectives.
Aims
Custom-made sequence-specific proteins composed of artificial DNA
binding domains, such as zinc-finger motifs or TAL effector repeats, are
able to recognize unique sequences in the genome. A wide variety of
DNA sequence changes can thus be introduced with artificial sequencespecific nucleases and high efficiencies can be obtained, raising
tremendous perspectives in all fields of life sciences.
Pour n’en citer que quelques-unes :
- inactivation de gènes pour étudier leur importance biologique dans
des organismes modèles ou des cellules en culture
- modification de gènes endogènes par insertion de séquences
codantes (GFP, TAP-tag, …) pour étudier leurs fonctions
- création de modèles cellulaires ou animaux de maladies
- création de plantes génétiquement modifiées de façon contrôlée
- corriger des mutations responsables de maladies…
To mention but a few:
- inactivate genes to study their biological role in cultured cells and
model organisms
- modify genes by in-frame insertion of coding sequences for
luciferase, GFP, TAP-tags, … to facilitate studies of gene function
- create cellular or animal models of human disease
- correct mutations involved in disease
- introduce highly controlled genetic modifications in plants…
Enfin, les approches abordées pendant l’atelier ouvrent également la voie
à de nouvelles possibilités de modifications enzymatiques ciblées du
génome qui seront cruciales pour l’étude de la régulation et la structure
du génome.
The aim of the conference is to cover recent developments in the field of
targeted genome modification using custom-designed TALE DNA binding
proteins.
L’objectif de l’atelier est donc de faire le point sur ces méthodes de
modification contrôlée du génome en plein essor.
Public
Chercheurs, techniciens, ingénieurs, post-doctorants et doctorants du
milieu
académique
et
des
secteurs
pharmaceutiques
et
biotechnologiques privés. Toute personne qui souhaite découvrir les
nouvelles possibilités ouvertes par l’utilisation des protéines artificielles
dirigées à façon, de type TALE.
Audience
Researchers, post-docs and PhD students, biotech engineers. Any
scientist wanting to discover a novel approach for sequence-specific
manipulation of the genome or who plans to develop a project using this
approach.
Programme
1. Des effecteurs TAL de Xanthomonas à l'ingéniérie du génome avec
des TALE nucléases.
2. Protéines de fusion TALE nucléases et autres (design et applications).
3. Manipulation du génome avec des TALE nucléases (organismes
modèles).
4. Manipulation du génome avec des TALE nucléases et autres fusions
TALE (lignées cellulaires, cellules souches).
Program
1. From Xanthomonas TAL effectors to genome engineering with TALE
Nucleases.
2. TALEN and other TALE-fusion proteins - Design and applications.
3. Genome manipulation with TALE nucleases (model organisms).
4. Genome manipulation with TALE nucleases and other TALE-fusion
proteins (stem cells, cultured cells).
Juin ou Juillet 2013 Paris
June or July 2013 Paris
Programme
L’atelier pratique sera réalisé à l’U565, Muséum National d’Histoire
Naturelle. Il permettra d’aborder la conception d’une expérience de
modification de gène à l’aide de TALEN et de mettre en œuvre les
techniques pour leur construction et leurs utilisations (détection de
mutations, modification de gène) dans des cellules en culture. Si possible,
les stagiaires travailleront sur leur gène d’intérêt ; ils feront le design de
leur TALEN et auront donc tout le matériel pour les valider dans leur
système.
Program
The technical workshop will allow a hands-on approach of the major steps
in using TALENs for controlled genome modification in cultured cells
(TALEN design and construction, mutation detection, gene modification).
Participants will work on their gene of interest, design their TALEN and (if
applicable) test it in cell culture. It will take place at Museum National
d’Histoire Naturelle, Paris.
Sélection
Selection
Ignacio ANEGON (Nantes, France), Ulla BONAS (Halle, Germany), Dana CARROLL (Salt Lake City, USA), Toni CATHOMEN (Freiburg, Germany),
Fabien DELACOTE (Paris, France), Zoltan IVICS (Langen, Germany), Maria JASIN (New-York, USA), Keith JOUNG (Charlestown, USA), Bernard
LOPEZ (Villejuif, France), Ibtissam MARCHIQ (Nice, France), Edward J. REBAR (Richmond/Berkeley, USA), Barry STODDARD (Seattle, USA), Bo
ZHANG (Beijing, China)
Date limite d’inscription : 11 Février 2013 Registration deadline : February 11th 2013
Organisateurs Organizers: Eva Pebay-Peyroula (Institut de Biologie Structurale, Grenoble), Daniel Picot (Institut de Biologie
Physico-Chimique, Paris), Christophe Moreau (Institut de Biologie Structurale, Grenoble)
Méthodes avancées en biologie structurale
intégrée de protéines membranaires
Advanced methods in integrated
biology of membrane proteins
8-10 Avril 2013 Bordeaux
April 8-10, 2013 Bordeaux
Objectifs
Les protéines membranaires ont un rôle majeur dans les processus
physiologiques car elles assurent et contrôlent la majorité des
communications entre cellules. Elles sont aussi impliquées dans de très
nombreuses pathologies ainsi que des mécanismes de résistance aux
antibiotiques et anticancéreux, et constituent de fait une cible
pharmacologique majeure.
Afin d’élucider les mécanismes moléculaires gouvernant les fonctions et
dysfonctionnements de ces protéines et de développer rationnellement de
nouveaux principes actifs les ciblant, il est nécessaire d’adopter une
approche intégrée basée sur l’analyse structurale, fonctionnelle et
dynamique de ces protéines. Cependant la localisation de ces protéines
dans une bicouche lipidique engendre des complications expérimentales.
Afin de surmonter ces verrous, de nouvelles approches ont été
développées avec succès.
Cet atelier a pour objectif de présenter aux participants intéressés par
l’étude structurale, structure-fonction et dynamique des protéines
membranaires, les avancées technologiques majeures dans ces
domaines. A l’issu de cet atelier, les participants disposeront d’une vision
globale des difficultés rencontrées lors de l’étude structurale des
protéines membranaires, des solutions actuellement disponibles pour les
surmonter et d’une interaction directe avec des experts nationaux et
internationaux dans ces domaines.
Aims
The membrane proteins have crucial roles in physiological processes
because they provide and control the majority of communications
between cells. They are also involved in a large number of disorders and
in resistance to antibiotics and anticancer-drugs, and are therefore major
pharmaceutical targets.
To elucidate the molecular mechanisms governing the functions and
dysfunctions of these proteins and to rationally develop new drugs
targeting them, it is necessary to apply an integrated approach based on
structural, functional and dynamic analysis of these proteins. However,
the location of these proteins in a lipid bilayer generates experimental
complications. To overcome these obstacles, new methods have been
developed with success.
Public
L’atelier s’adresse à la communauté scientifique académique et
industrielle s’intéressant aux caractérisations à l’échelle moléculaire de
protéines membranaires afin de comprendre leurs mécanismes de
fonctionnement. Le contenu des enseignements théoriques et pratiques
sera adapté idéalement pour un public de biochimistes, de biophysiciens,
de cristallographes, de bioinformaticiens, de physiologistes ayant une ou
des problématique(s) liée(s) à l’étude de protéines membranaires à
l’échelle moléculaire. Le programme comportera également certaines
thématiques pouvant intéresser des chimistes telles que la synthèse de
nouveaux tensio-actifs.
Programme
1. Préparation et caractérisation biophysique des protéines membranaires.
2. Méthodes avancées de détermination de structure de complexes
membranaires.
3. Fonction et organisation des protéines membranaires dans les
membranes.
4. Exploitation des données structure-fonction: simulations numériques et
perspectives industrielles.
This workshop aims to expose the major technological progress in
structural, structure-function and dynamic studies of membrane proteins
to attendees interested in those fields. In fine, all attendees will: 1) have a
global outlook of difficulties encountered in membrane protein structural
studies, 2) get answers to solve them with latest knowledge, and 3)
interact directly with national and international experts.
Audience
This workshop is aimed at the academic and industrial scientific
community interested in the characterizations at the molecular level of
membrane proteins in order to understand their functional mechanisms.
The subject matter of practical and theoretical courses will be ideally
suited to an audience of biochemists, biophysicists, crystallographers,
computer scientists, physiologists having one or more problematic about
membrane protein studies at the molecular level. The program will also
include topics that could interest chemists such as synthesis of new
surfactants.
Program
1. Preparation and biophysical characterization of membrane proteins.
2. Advanced methods to determine the structure of membrane
complexes.
3. Function and organization of membrane proteins in membranes.
4. Exploitation of structure-function data: numerical simulations and
industrial perspectives.
■ Phase II Maîtrise technique (3 jours)
Entre le 27 mai et le 15 juin 2013 • Grenoble, Paris
■ Phase II Technical workshop (3 days)
Between May 27 and June 15, 2013 • Grenoble, Paris
Programme
Program
4 ateliers pratiques sont organisés sur les sites de Grenoble et Paris:
structural
4 practical courses will be organized in Grenoble and Paris :
1) Expression in vitro et cristallisation en phase de lipide. IBS, Grenoble.
2) Expression et cristallisation classique. IBPC, Paris.
3) Electrophysiologie: Double électrode classique et automatisée (HiClamp), Patch-Clamp, Droplet Interface Bilayer. IBS, Grenoble.
4) Caractérisation biophysique des échantillons. IBS, Grenoble
1) In vitro synthesis and crystallization in lipid phase. IBS, Grenoble.
2) Expression and classical crystallization. IBPC, Paris.
3) Electrophysiology: Classical and automated (Hi-Clamp) Two-Electrode
Voltage-Clamp, Patch-Clamp, Droplet Interface Bilayer. IBS, Grenoble.
4) Biophysical characterization of samples. IBS, Grenoble
Sélection
Selection
12 à 16 participants seront sélectionnés parmi les participants de la phase I. 12-16 participants will be selected among participants to phase I.
Avec la participation de / with the participation of: Frank BERNHARD (Germany), Vadim CHEREZOV (USA), Chris CHIPOT (France), Pierre-Jean
CORRINGER (France), Christine EBEL (France), Jean-Luc POPOT (France), Alexey RAK (France), Stéphanie RAVAUD (France), Chris TATE (UK), Michel
VIVAUDOU (France), Horst VOGEL (Switzerland), Gerhard WAGNER (USA), Christine ZIEGLER (Germany)
Date limite d’inscription : 25 janvier 2013 Registration deadline : January 25th, 2013
Organisateurs  Organizers: Joëlle Amédée (Inserm U1026, Bordeaux), Jérôme Guicheux (Inserm U791, Nantes), Didier
Letourneur (Inserm U698, Paris)
Dispositifs pour la médecine régénératrice
(DMR) : de la mise en œuvre à l'évaluation
Devices for regenerative medicine: from
the design to the evaluation
September 26-27, 2012 Bordeaux
Objectifs
Les objectifs de la partie théorique seront de présenter des
technologies innovantes pour la mise au point de dispositifs 3D pour
la médecine régénératrice. Nous aborderons le conception de ces
systèmes en particulier des polymères par des techniques
d’assemblage moléculaire ou par prototypage. Nous présenterons
certains aspects d’encapsulation de cellules et d’agents
thérapeutiques et des notions de micro - nano systèmes et niches
cellulaires, ainsi que la mise en œuvre de bioréacteurs. Nous
présenterons les outils permettant leur évaluation préclinique et
clinique grâce en particulier à des techniques d’imagerie cellulaire,
moléculaire et fonctionnelle.
Aims
The lecture session will present innovative technologies for the
development of 3D devices for regenerative medicine. We will
discuss the design of these systems especially polymers by
molecular assembly or prototyping technologies. We will present
some aspects of encapsulation of cells and therapeutic agents,
concepts of micro and nano systems and cell niches, and the
implementation of bioreactors. We will present tools for preclinical
and clinical evaluations in particular through the techniques of
cellular, molecular and functional imaging.
Public
Ces nouvelles stratégies font l'objet d'études fondamentales,
expérimentales et cliniques impliquant des chimistes, physiciens,
biologistes, pharmaciens, ingénieurs, vétérinaires, médecins, et
industriels, travaillant dans les laboratoires, les centres hospitaliers
ou les centres d’investigations et de réglementations.
Programme
• Conception des dispositifs pour la médecine régénératrice (DMR).
• Fonctionnalité des DMR.
• Evaluations préclinique et clinique des DMR.
• Ethique et réglementation des essais précliniques et cliniques.
Janvier 2013  Bordeaux, Paris
Programme
La partie technique a pour objectif de proposer une introduction et
une formation à certains aspects fondamentaux et applicatifs abordés
durant le stage théorique.
1- Elaboration des DMR (Bordeaux, CIT-IT & Inserm U1026) : DMR
pour le cardiovasculaire : flux tubulaire ; DMR pour l’ostéoarticulaire :
bioréacteur à perfusion ; DMR et biofabrication de structures 3D par
transfert laser.
2- Suivi des DMR et “tracking cellulaire” in vivo par imageries multimodalités (Paris, IFR Bichat & Inserm U698) : TEP, TEMP/RX, IRM.
Sélection
8 participants seront retenus parmi les participants de la phase I.
Audience
The presented new strategies are the subject of basic, experimental
and clinical studies. The participants could be chemists, physicists,
biologists, engineers, veterinarians, physicians working in
laboratories, hospitals, centers of investigations and regulations, as
well as in industry.
Program
• Device design for Regenerative Medicine (DRM).
• Functionality of the DRM.
• Preclinical and clinical evaluation of the DRM.
• Ethics and regulation of preclinical and clinical trials.
January 2013  Bordeaux, Paris
Program
The technical objective is to provide an introduction and training in
key aspects and applications addressed during the theoretical
course.
1- Development of DRM (Bordeaux, CIT-IT & Inserm U1026): DRM
for Cardiovascular: tubular flow; DRM to the Bone: perfusion
bioreactor; DMR and Biofabrication by laser of 3D complex tissue.
2- DRM and in vivo cell tracking by multiple imaging modalities (Paris,
IFR Bichat & Inserm U698): PET, SPECT / CT, MRI
Selection
8 trainees will be selected among phase I participants.
Emmanuel Barbier (Grenoble, France), Pierre Corre (Nantes, France), Laurent David (Lyon, France), Jean-Marie Devoisselle (Montpellier,
France),Marlène Durand (Bordeaux, France), Olivier Gauthier (Nantes, France), Pedro Granja (Porto, Portugal), Abdelaziz Laouar (Paris,
France), David Mooney (Boston, USA), Melba Navarro (Barcelona, Spain), Abhay Pandit (Galway, Ireland), Philippe Robert (Aulnay, France),
Nouredine Sahraoui (Toulouse, France), Arnaud Scherberich (Basel, Suisse)
Date limite d’inscription : 18 mai 2012  Registration deadline : May 18th 2012
Inserm  Ateliers de formation  101 rue de Tolbiac  75654 Paris Cedex 13
Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03  Fax +33 (0) 1 44 23 62 93  [email protected]
Organisateurs  Organizers: Christian Bergaud (CNRS, UPR 8001, Toulouse), Marc Block (Inserm U823, Grenoble),
Matthieu Piel (Institut Curie, UMR 144, Paris)
Biopuces à cellules pour des études
fondamentales sur cellule unique jusqu'à
l'ingénierie tissulaire
Cells on chips: From single cell studies
towards tissue engineering
September 24-25, 2012 Bordeaux
Objectifs
Il est maintenant clairement établi que l’expression de certains gènes, les
mécanismes de différenciation cellulaire, de morphogénèse, de
prolifération ou d’apoptose sont fortement dépendants des interactions
entre la cellule et son environnement. Ces mécanismes biologiques sont
induits par les interactions avec les cellules voisines ou avec la matrice
extracellulaire. Outre la signalisation biochimique classique, les propriétés
physiques et les contraintes mécaniques exercées par l'environnement
jouent un rôle considérable dans la physiologie et le devenir des cellules.
Les derniers développements des micro-nanotechnologies et l’essor plus
récent des laboratoires sur puce permettent de recréer artificiellement des
environnements microfluidiques mimant la complexité géométrique (2D et
3D) et biochimique de la matrice extracellulaire. Il est ainsi possible de
générer divers stimuli mécaniques et biochimiques agissant sur une
cellule ou un tissu cellulaire avec un excellent contrôle spatio-temporel.
Aims
It is now clear that the expression of certain genes, the mechanisms of
cell differentiation, morphogenesis, proliferation or apoptosis are highly
dependent on interactions between the cell and its environment. These
biological mechanisms are induced by interactions with neighboring cells
or extracellular matrix. Besides the classical biochemical signaling,
physical properties and mechanical stress exerted by the environment
play a significant role in the physiology and fate of cells.
The latest developments in micro-nanotechnologies and the development
of novel lab-on-a-chip can recreate artificially microfluidic environments
mimicking the complex geometry (2D and 3D) and biochemical
extracellular matrix. It is therefore possible to generate various
mechanical and biochemical stimuli acting on a cell or tissue with
excellent spatial and temporal control.
L’objectif de cet atelier est de présenter diverses approches
technologiques simples combinant structurations topographique et
chimique à une échelle subcellulaire pour appréhender très finement les
lois régissant les phénomènes de mécanotransduction, de
morphogénèse, d’apoptose, etc. Il s’agira également de décrire les
nouvelles stratégies utilisées actuellement dans le domaine des biopuces
pour le diagnostic mais aussi recréer artificiellement in vitro à partir de
cellules souches des tissus cellulaires dans un état différencié donné.
The objective of this workshop is to introduce various technological
approaches combining simple chemical and topographical patterning at a
subcellular scale to get relevant insights into the laws governing the
phenomena of mechanotransduction, morphogenesis, apoptosis, etc. It
will also describe the strategies currently used in the field of biochips for
celle diagnosis but also to recreate artificially, in vitro from stem cells,
tissues in a given differentiated state.
Public
Cet atelier est destiné aux étudiants, doctorants, post-doctorants et
chercheurs du monde académique ou industriels désireux de recourir à
ces nouvelles approches avec ou sans expérience en biologie cellulaire.
Audience
This workshop is aimed at students, PhD students, postdocs and
researchers from academic or industrial research institution who intend to
develop these new approaches with or without experience in cell biology.
Programme
1. Etude du comportement cellulaire par structuration topographique et
chimique à l’échelle subcellulaire,
2. Etude des propriétés structurales et fonctionnelles des tissus dans un
environnement microfluidique contrôlé,
3. Diagnostic cellulaire dans un environnement microfluidique contrôlé,
4. Biopuces à cellules et à tissus pour l’ingénierie tissulaire, la médecine
régénérative et le diagnostic.
Program
1. Study of cell behavior by chemical and topographical patterning at a
subcellular level,
2. Study of structural and functional properties of tissues in a controlled
microfluidic environment,
3. Detection and diagnosis of cells in a controlled microfluidic environment,
4. Cells biochips for tissue engineering, regenerative medicine and
diagnosis.
Février/Mars 2013  Compiègne, Grenoble, Paris
February/March 2013  Compiègne, Grenoble, Paris
Programme
Trois Phases II seront proposés :
Program
Three Phases II will be proposed:
1. Hydrogels et mécanotransduction : 5 personnes pendant 4 jours,
Grenoble.
2. Outils microfabriqués pour la biologie cellulaire : 2 Groupes de 2
personnes pendant 2 jours, Institut Curie, Paris.
3. Microsystèmes et ingénierie tissulaire : 5 personnes pendant 2 jours,
UTC, Compiègne.
1. Hydrogels and mechanotransduction: 5 persons during 4 days,
Grenoble.
2. Micro-tools for cell biology: 2 Groups of 2 persons during 2 days,
Institut Curie, Paris.
3. Microsystems and tissue engineering: 5 persons during 2 days, UTC,
Compiègne.
Sélection
Les participants seront retenus parmi les participants de la phase I.
Selection
Trainees will be selected among phase I participants.
Michel Bornens (Paris), Utkan Demirci (Cambridge, USA), Ralf Kemkemer (Stuttgart, Germany), Ali Khademhosseini (Cambridge, USA),
Michel de Labachèlerie (Besançon), Eric Leclerc (Compiègne), Séverine Le Gac (Twente, Pays-Bas), Matthias Lutolf (Lausanne, Switzerland),
Matthieu Piel (Paris), Philippe Renaud (Lausanne, Suisse), Joachim Spatz (Stuttgart, Allemagne), Phong Tran (Paris), Jean-Louis Viovy
(Paris), Janos Vörös (Zurich, Switzerland)
Date limite d’inscription : 18 mai 2012  Registration deadline : May 18th 2012
Organisateurs Organizers: Mathieu Coppey (LKB-IBENS, Paris), Ludovic Jullien (ENS Chimie, Paris), Valentina Emiliani (Université Paris
Descartes)
Photocontrôle et optogénétique des systèmes
et fonctions biologiques
Photocontrol and optogenetic
systems and functions
10-12 septembre 2012 Bordeaux
September 10-12, 2012 Bordeaux
Objectifs
Aims
Les systèmes vivants sont constitués de cellules qui répondent à des signaux
extérieurs en modifiant leurs états internes et qui modifient en retour
l’environnement extérieur. Bien que la majeur partie des acteurs moléculaires
impliqués dans ces processus soient connus, l’organisation et la régulation
spatio-temporelles de ces acteurs le sont beaucoup moins : nous avons peu
d’information sur la cinétique et l’architectures des complexes
macromoléculaires, l’intensité des boucles de rétroaction, ou encore sur la
régulation spatiale des interactions. Afin d’étudier ces interactions dynamiques,
des outils utilisant la lumière ont récemment été élaborés pour contrôler ou
interférer de manière non invasive avec les processus intra et extra cellulaires.
Parmi ces outils se trouvent les outils d’optogénétiques comprenant les canaux
photosensibles et les protéines photoactivables dont les fonctions peuvent être
contrôlées localement avec de la lumière, une seconde classe d’outils
comprend les molécules cagées qui peuvent être activées localement et
rapidement (~seconde à la microseconde) par une illumination appropriée. En
combinant ces approches à une lecture rapide de la réponse cellulaire face à
une perturbation localisée, il sera possible de disséquer la dynamique et
l’organisation des processus cellulaires avec une résolution spatiale et
temporelle sans précédent.
L’objectif du présent atelier est double : d’une part nous souhaitons faire le
point sur les méthodes de photocontrôle (sondes, méthodes optiques,
problématiques biologiques) en présentant un état de l’art international sur ces
méthodes ; et d’autre part nous souhaitons fournir un ensemble d’éléments
concrets permettant au public d’avoir une idée de la faisabilité, du coût, et des
demandes techniques d’un projet de photocontrôle. De cette manière un
participant de l’atelier sera en mesure de savoir vers quel type actuateur
s’orienter pour contrôler les fonctions biologiques qui l’intéressent, et de
quelles compétences et technologies il devra s’enquérir. Parallèlement, cet
atelier permettra d’ouvrir de nouvelles perspectives quant aux domaines
biologiques traités en présentant les possibilités offertes par le photocontrôle
pour la manipulation et l’étude de divers systèmes biologiques.
Living systems are made of cells which respond to external signals by
modifying their internal state and subsequently their external environment.
While the major actors in these processes are often known, much less is
known of the kinetic rules that govern their interaction with one another and
with other cellular players (such as the type of complexes, rate constants,
strength of feedback or feed-forward loops, etc.).To investigate these
dynamical interactions, tools have recently been developed to control or
interfere in a non-invasive manner with extra and intercellular processes using
light. These tools consist of light-sensitive channels, pumps and proteins which
function can be controlled locally by light for the so called optogenetics tools
and of caged molecules (ligands, mRNA, morpholinos, neurotransmitters, etc.)
which can be activated locally and quickly (~sec up to the microsecond) by
appropriate illumination. Combining these approaches with fast readouts of the
cells’ response to local perturbations will allow for an investigation of dynamical
physiological processes with unprecedented spatio-temporal resolution.
Public
Audience
L’atelier s’adresse à la communauté scientifique et médicale. Le public visé en
premier lieu sera composé de biologistes cellulaires et moléculaires, de
neurobiologistes, de biologistes du développement, des médecins et des
ingénieurs de recherche souhaitant mettre en place un système expérimental
de photocontrôle. Cependant un public plus instruit ainsi que des chimistes,
opticiens, et biophysiciens travaillant à l’interface ne sera pas négligé.
This workshop is intended to the general scientific and medical communities.
The primary audience aimed will be composed of cellular and molecular
biologists, neurobiologists, developmental biologists, physicians and research
engineers who wish to set up an experimental device of photocontrol.
However, a more instructed audience together with chemists, opticians, and
biophysicists will not be neglected.
Programme
Program
1. Actuateurs et molécules pour le photocontrôle
2. Méthodes optiques pour la photoactivation structurée à un et deux photons
3. Applications biologiques in vivo et in vitro (de la perturbation à la sonde)
1. Actuators and molecules for the photocontrol
2. Optical methods for single and two photon patterned photoactivation
3. In vivo and in vitro biological applications (from the perturbation to the
probe)
17-20 Septembre 2012 Paris
September 17-20, 2012 Paris
Programme
Program
De la molécule à la photoactivation in vivo (ENS Chimie), activation
holographique de neurones (spatial and temporal control of neuronal activity
by wavefront shaping) (Université Paris Descartes), photoactivation et
imagerie TIRF de la signalisation intracellulaire (ENS bio).
Sélection
of
biological
This workshop is intended to fill two primary objectives: on one hand we would
like to assess photocontrol methods (probes, optical thechniques, and
biological problems) by presenting the international state of the art of these
methods. On the other hand, we would like to provide a set of practical
elements such that audience can get a notion of the feasibility, the cost, and
the technical demands of a photocontrol project. Doing so, a participant will be
able to move towards a given type of actuator in order to control the biological
functions of his interest, and will know which competences and devices are
needed. In parallel, this workshop will open new perspectives in the study of
biological systems though the manipulation with light of diverse functions.
From the molecule to the photoactivation in vivo (ENS Chemistry department),
holographic activation of neurons (spatial and temporal control of neuronal
activity by wavefront shaping) (Paris Descartes University), photoactivation
and TIRF imaging of intracellular signaling (ENS biology department).
Selection
Florin Albeanu (NYC, USA), Alexander Deiters (Raleigh, USA), Stéphane Dieudonné (Paris), Jack Feldman (LA, USA), Michael Hausser
(London, UK), Ehud Isacoff (Berkley, USA), David Ogden (Paris), Shoam Shy (Haifa, Israel), Jeff Tabor (Rice, USA), Jared Toettcher (San
Francisco, USA), Tricoire Ludovic (Paris), Chandra Tucker (Durham, USA)
Date limite d’inscription : 7 mai 2012 Registration deadline : May 7th 2012
Organisateurs Organizers: Etienne Dague (LAAS-CNRS UPR 8001, Toulouse, France), Grégory Francius (LCPME UMR 7564, Nancy, France)
De la cellule à la molécule unique, le point sur
la Microscopie à Force Atomique pour la
Biologie
From single cell to single molecule: Atomic
Force Microscopy for Biology
■ Phase I Le point sur… 13 – 15 juin 2012 Bordeaux
■ Phase I Critical assessment… June 13 – 15, 2012 Bordeaux
Aims
Objectifs
- Fournir les bases expliquant le principe de fonctionnement de l'AFM,
- Donner les bases de chimie des interfaces nécessaires à la
compréhension des interactions sondes - surfaces,
- Présenter, à travers des exemples, les domaines AFM Bio en expansion
et en évolution rapide (Biomécanique, Imagerie de cellules vivantes,
imagerie de protéines membranaires, High Speed, spectroscopie à
l'échelle de la molécule unique),
- Superviser la rencontrer entre la communauté des biologistes et celle
des physioco-chimiste s'intéressant à la biologie
- Provide the fundamental knowledge to understand the operating
principle of the AFM,
- Give the basics of interface chemistry necessary for understanding the
interactions between surfaces and the AFM tips
- Present, through examples, areas of Bio-AFM expanding and rapidly
changing (biomechanics, imaging of living cells, imaging of membrane
proteins, High Speed AFM, spectroscopy at the single molecule scale),
- Bringing together the community of physicists interested in biology and
the biologists.
Public
- Biologistes intéressés par des approches de physique chimie,
- Chercheurs, post-doctorant, ingénieurs et doctorants participant ou
souhaitant se familiariser avec l’AFM ou participant au développement de
ce nouveau paradigme que l’AFM crée en biologie,
- Physicien et ou physico-chimiste désirant orienter ou étendre leur
recherche vers des thématiques biologiques.
Audience
- Biologists interested in multidisciplinary approaches,
- Researchers, post-doctoral and doctoral students, engineers wishing to
familiarize themselves with the AFM or participating in the development of
the new paradigm creates by the AFM in biology
- Physicist and physic-chemist who wish to orient or expand their
research to biological issues.
Programme
1. Bases techniques de Physique-Chimie pour l’AFM : Cette session
présentera les bases techniques pour comprendre la technologie, ses
limites, possibilités et opportunités. La question de l'immobilisation des
échantillons biologiques, sans les dénaturer, sera notamment détaillée.
2. De la cellule à la molécule unique : La deuxième session sera
consacrée à l'imagerie du vivant (bactérie vivante, protéines
membranaires, biomolécules, processus rapide en temps réel) et
également, aux expériences à l’échelle de la molécule unique. Les
technologies de déploiement de protéines par AFM mais aussi à travers
des nanopores, seront abordées.
3. L’AFM en biologie : Cette troisième session sera axée sur les
différentes applications des technologies AFM en biologie.
Deux tables rondes seront organisées où intervenants et ingénieurs
application de 2 fournisseurs d’AFM discuteront des machines, du type
d’AFM à utiliser en fonction de la question étudiée, des développements à
venir en biologie…
4. Applications biomédicales de l’AFM : Enfin la dernière session
s’intéressera aux applications biomédicales des aspects abordés
précédemment (biomatériaux, cellules cancéreuses, interactions viruscellules hôtes, outils de diagnostics)
Program
1. Technical basis for Physics and Chemistry for the AFM: This
session will provide the technical foundation for understanding the
technology, its limitations, possibilities and opportunities. The issue of
immobilization of biological samples without distorting will be also
discussed in detail.
2. Imaging the living at the nanoscale: The second session will be
devoted to imaging living cells (alive bacteria, membrane proteins,
biomolecules, quick process in real time). We will also address single
molecule force spectroscopy as well as protein unfolding, by AFM or
through nanopores.
3. AFM in Biology: This third session will focus on the various
applications of AFM technologies in biology.
Two round tables will be organized where guest speakers and application
engineers from 2 AFM suppliers, will discuss on machine, the type of
AFM to be used according to research question, future developments in
biology…
4. Biomedical applications of the AFM: Finally, the last session will
deal with biomedical applications of the aspects discussed above
(biomaterials, cancer cells, virus-host cell interactions)
■ Phase II Maîtrise technique Octobre 2012 Nancy,
Toulouse
■ Phase II Technical workshop October 2012 Paris,
Marseille
Programme
Ces travaux pratiques ont pour objectif de faire découvrir et utiliser une
technologie issue des sciences physiques, sur des systèmes biologiques.
Il s’agit donc d’un travail à l’interface entre la biologie, la physique et la
chimie. L’imagerie de cellules vivantes et la spectroscopie de force seront
abordées dans 2 ateliers pratiques :
1) 9-10 octobre : Spectroscopie de Force – LCPME UMR 7564, Nancy
2) 16-17 octobre : AFM en milieu liquide – ITAV UMS 3039 Toulouse
Sélection
8 participants sélectionnés parmi les participants de la phase I.
Program
These tutorials are designed to discover and use a technology from the
physical sciences, biological systems. So this is a work at the interface
between biology, physics and chemistry
The live cell imaging and force spectroscopy will be discussed into two
practical workshops:
1) 9-10 October 2012: Force spectroscopy - LCPME UMR 7564, Nancy
2) 16-17 October 2012: AFM liquid medium - UMS 3039 ITAV Toulouse
Selection
David Alsteens (Louvain-La-Neuve/Belgium), Alexandre Berquand (Manheim/Germany), Terri Camesano (Worcester/UK), Simon Foster
(Sheffield/UK), Longo Giovanni (Lausanne, Switzerland), Heiko Haschke (Berlin/Germany), Peter Hinterdorfer (Linz/Autria), Ratnesh Lal
(SanDiego/California USA), Daniel Mueller (Zurich/Switzerland), Hans Oberleithner (Munster/Germany), Juan Pelta (Cergy-Pontoise/France),
Emmanuelle Trévisiol (Toulouse/France).
Date limite d’inscription : 9 avril 2012 Registration deadline : April 9th 2012
Organisateurs  Organizers: Jean-Christophe Andrau (CIML, Marseille, France), Antonin Morillon (Institut Curie, Paris, France)
Diversité des transcriptomes non codants
révélés par RNA-seq
Diversity of the non coding transcriptomes
revealed by RNA-seq
31 mai – 2 juin 2012  Bordeaux
May 31 – June 2, 2012 Bordeaux
Objectifs
Le développement des techniques de séquençages à haut-débit a
conduit à l’explosion des connaissances dans le domaine de la
génomique et de la transcriptomique. En particulier, les années
récentes ont révélé l'extrême diversité qualitative et quantitative des
ARNs non codants nucléaires et cytoplasmiques qui comprennent de
très courts (TSS-RNAs, miRNA…) comme de très longs transcrits
(lncRNAs). Les concepts de spécificité et de fonction de ces
nouveaux transcrits ainsi que du bruit transcriptionnel peuvent
désormais être ré-envisagé sous un jour nouveau. L'atelier proposé
abordera les aspects conceptuels et pratiques des ARNs non codant
dans les organismes procaryotes, eucaryotes uni- et multicellulaire,
tout en abordant des questions ayant trait au développement et à la
différentiation dans un contexte normal ou pathologique.
Aims
Non-coding (nc)RNAs have raised an immense interest over the past
10 years and emerging sequencing technologies are currently
enlarging even more the different families described within all the
living kingdoms.
Small and large ncRNAs (TSS-RNAs, miRNA, lncRNAs…) have been
recenlty shown to encompass regulatory activities to control the
genome expression and stability. One of the major goals of this
course is to provide a large overview of the different ncRNAs
described so far in different organisms and how Next Generation
Sequencing approaches and bioinformatics tools have revolutionized
their systematic characterization.
Public
Public mixte et large de biologistes et de bioinformaticiens
(Chercheurs, étudiants, post-docs).
Audience
For a large audience, including PhD student, researchers and
postdocs either biologists or bioinformaticians.
Programme
Plusieurs aspects du transcriptome non codant seront traités :
- Transcription pervasive
- ARN non codant associés aux promoters et enhancers
- ARNs non codant régulateurs
Approches
alternatives
pour
l’identification
(méthode
bioinformatique, nouvelles approches de séquencage)
Program
Several aspects of the non coding transcriptome will be described:
-Pervasive transcription
-ncRNAs associated with promoters and enhancers
-Regulatory ncRNAs
-Alternative approaches for ncRNA identification (Bioinformatic tools,
novel sequencing technologies)
November 2012  Paris, Marseille
November 2012  Paris, Marseille
Programme
Deux ateliers pratiques au choix d’une durée de 5 jours pour 6
binomes s’intéressant à la préparation des banques de « whole
transcriptome » et à l’analyse de données brutes (mapping, filtres,
controle expression, visualisation). Chaque atelier aura la spécificité
suivante :
Program
Two possible practical workshops of 5 days with 6 groups of 2
persons, both focusing on library preparations for whole
transcriptome and Data analyses (mapping, filtering, expression
control, vizualisation) but with the following specificities:
1- Analyse de grands ARN non-codants levure par RNA-seq
(plateforme IMAGIF, Gif, France) coordonné par A. Morillon (Curie,
Paris), C. Thermes (Imagif, Gif) and D. Gautheret (P11, Orsay).
1- Analysis of yeast large ncRNA by RNA-seq (Imagif platform, Gif,
France) coordinated by A. Morillon (Curie, Paris), C. Thermes (Imagif,
Gif) and D. Gautheret (P11, Orsay).
2- Analyse des petits ARNs non codants mammifères par RNA-seq
(TAGC, Campus de Luminy, Marseille, France) coordonne par J.C.
Andrau, R. Fenouil and N. Descostes (CIML, Marseille), J. Van
Helden (TAGC, Marseille), Frederic Koch (Max Plank, Berlin).
2- Analysis of small mammalian ncRNAs by RNA-seq (TAGC,
Campus de Luminy, Marseille, France) coordinated by J.C. Andrau,
R. Fenouil and N. Descostes (CIML, Marseille), J. Van Helden
(TAGC, Marseille), Frederic Koch (Max Plank, Berlin).
Sélection
Selection
Piero Carninci (Riken Inst, Kanagawa, Japan), Philippe Couttet (Novartis, Bale, Switzerland), Anton Enright (EBI, UK), Daniel Gautheret (Univ
Paris-Sud, Paris, France), Alain Jacquier (Inst. Pasteur, Paris, France), Torben Jensen (Aahrus Univ, Aahrus, Denmark), Philipp Kapranov (St.
Laurent Institute, USA), John Lis (Cornell Univ, USA), John Mattick (IMB Queensland, Brisbane, Australia), Gioacchino Natoli (Campus IFOMIEO, Milan, Italy), Ramesh Pillai (EMBL, Grenoble, France), Christopher Ponting (Oxford Univ, Oxford, UK), Jorg Vogel (Molecular Infection
Inst, Wurzburg, Germany)
Date limite d’inscription : 26 mars 2012  Registration deadline : March 26th 2012
Organisateurs  Organizers: Christophe Junot (CEA-Saclay, France), Alain Paris (INRA, Paris, France)
L'analyse du métabolome pour la recherche
biomédicale: enjeux et état des lieux
Metabolomics
for
where do we stand?
2 – 4 avril 2012  Bordeaux
April 2 – 4 , 2012 Bordeaux
Objectifs
Le métabolome représente l’ensemble des composés organiques de
petite taille contenu dans une cellule, un tissu ou un organisme. Son
analyse extensive constitue un outil puissant pour l’analyse des systèmes
biologiques. D’apparition récente, le concept de métabolome s’inscrit en
complément des outils dont disposent déjà les biologistes pour
caractériser les fonctions des gènes (à savoir les outils d’étude du
transcriptome et du protéome). Les développements actuels concernent à
la fois les aspects analytiques, bioinformatiques (méthode de gestion et
de traitement de données volumineuses et logiciels de modélisation de
voies métaboliques) et statistiques.
Aims
The metabolome is the set of small molecular mass organic compounds
found in a given biological media. Its extensive analysis (i.e.,
metabolomics) is a powerful tool for the analysis of biological systems.
Metabolomics complements other “omics” tools already available to
biologists to characterize gene functions (ie, transcriptomics and
proteomics). Current developments include analytical chemistry,
bioinformatics (method for managing and processing large amounts data,
software and modeling of metabolic networks) and statistics.
Les principales applications concernent la biologie intégrative (ou biologie
de systèmes), la découverte de biomarqueurs en santé humaine ou dans
le domaine agro-alimentaire. A ce jour et pour ces applications, les deux
techniques de référence sont la résonance magnétique nucléaire (RMN)
et la spectrométrie de masse. Si la RMN est la technique historique et est
encore largement utilisée, la spectrométrie de masse apparait beaucoup
plus sensible et ouvre donc de nouveaux champs d’exploration. Cette
dernière permet en effet l’obtention de spectres comprenant des
centaines voire des milliers de composés pour un échantillon biologique.
Initialement réservée aux spécialistes, l’analyse métabolomique est
maintenant utilisée par des équipes médicales et permet de fournir des
données biologiquement exploitables. L’objectif est d’apporter aux
biologistes de solide notions sur les enjeux et les techniques de la
métabolomique afin qu’ils puisent intégrer les technologies dans leur
approches expérimentales. Les thèmes principaux porteront sur les
aspects techniques et sur des applications réalisées dans différents
domaines médicaux. Les questions auxquelles on pourra répondre
seront: Qu'apportent les analyses métabolomiques dans le domaine
biomédical? Quelles sont les limites et difficultés ? Comment interpréter
les données ? Quels sont les partenaires potentiels pour ces études ?
biomedical
research:
The main applications deal with integrative biology (or systems biology)
and biomarker discovery in human health and nutrition. To date and for
these applications, the two reference techniques are nuclear magnetic
resonance (NMR) and mass spectrometry. If the NMR technique is
historical and is still widely used, mass spectrometry appears much more
sensitive and thus opens new fields of investigation.
Initially restricted to specialists, metabolomics is now used in the field of
experimental medicine and enables to generate data of biological
relevance. The aim is workshop is to provide participants with basic
knowledge about metabolomics and also its relevance and limitations.
The program will focus on technical aspects, and also on applications in
the field of medicine, nutrition, drug discovery and toxicology.
Public
Chercheurs en biologie, ingénieurs, médecins, pharmaciens,
biochimistes, post-docs et étudiants intéressés par l’approche
métabolomique au profit de leur propre sujet de recherche.
Audience
Researchers, engineers, doctors, chemists, biochemists, post-docs and
students interested in metabolomics in order to benefit to their own
research projects.
Programme
1. Métabolomique et biologie clinique : les biomarqueurs
2. Métabolomique, génétique et épidémiologie : analyses « panmétabolomiques »
3. Applications de la métabolomique à la pharmacologie et la toxicologie
4. Métabolomique et nutrition
5. Les grands enjeux technologiques, de la chimie à la bioinfomatique
Program
1. Metabolomics and clinical biochemistry: biomarkers
2. Metabolomics and genetics, Metabolomic wide association studies
3. Metabolomics, drug discovery and toxicology
4. Metabolomics and nutrition
5. Technological challenges of metabolomics: analytical chemistry,
statistics and bioinformatics
10-12 Septembre ou 8-10 Octobre 2012  Saclay (spectrométrie de
masse) – Paris (RMN)
September 10th-12th, 2012 or October 8th-10th, 2012  Saclay (mass
spectrometry) - Paris (NMR)
Programme
Travaux pratiques permettant aux participants de se familiariser avec les
instruments et les outils de traitements de données. Deux ateliers
pratiques seront proposés, un en RMN, l’autre en spectrométrie de
masse.
Program
Training course including basic notions about analytical methods and
tools for data treatment and analysis. Two technical workshops will be
proposed, one in NMR, the other in mass spectrometry.
Sélection
Selection
Avec la participation de / with the participation of: Gabriel Baverel (Lyon, France), Lorraine Brennan (Dublin, Ireland), Marc-Emmanuel
Dumas (London, UK), Timothy Ebbels (London, UK), Christophe Junot (Gif-sur-Yvette, France), Rima Kaddurah-Daouk (Duke University Medical
Center, USA), Hector C. Keun (London, UK), Laurence Le Moyec (Evry, France), Fanny Mochel (Paris, France), Matej Oresic (Espoo, Finland), Alain
Paris (Paris, France), Jean-Louis Sébédio (Clermont-Ferrand, France), Karsten Suhre (Doha, Qatar).
Date limite d’inscription : 1er février 2012  Registration deadline: February 1st, 2012
Organisateurs  Organizers: Michel Chavance (Inserm U1018, Villejuif, France), Cyrille Delpierre (Inserm U1027, Toulouse,
France), Thierry Lang (Inserm U1027, Toulouse, France)
Epidémiologie biographique : modèles et
méthodes
Life course
methods
21-23 mars 2012  Bordeaux
March 21-23, 2012 Bordeaux
Objectifs
Aims
Life course epidemiology is the study of biological, behavioral and
psychosocial processes relating adult health to exposures dating
back to early adulthood, adolescence, childhood, or fetal life. In
cardiovascular epidemiology, for example, several studies have found
links between low birth weight and coronary risk, high blood pressure
or insulin resistance. Examining the processes that may explain these
associations involves the challenge of modeling the sequence of
associated factors. Complex statistical models appropriate for the
data and outcome of interest are required and must be validated.
L'épidémiologie biographique, ou épidémiologie vie entière, est
l'étude des processus biologiques, comportementaux et psychosociaux qui relient la santé de l'adulte à des expositions précoces
remontant à la jeunesse, l'adolescence, l'enfance, voire la vie fœtale.
En épidémiologie cardio-vasculaire, par exemple, plusieurs études
ont établi une association entre faible poids de naissance et risque
coronarien, puis avec l'hypertension ou la résistance à l'insuline.
L’étude de tels processus pose le problème de la modélisation
épidémiologique de l’enchaînement des facteurs mis en jeu. Elle
implique des modèles statistiques complexes dont il faut valider
l’adéquation aux données et à la pathologie en cause.
Les objectifs de l'atelier sont :
- Présenter les modèles épidémiologiques utilisés en épidémiologie
biographique : modèles cumulatifs, modèles à période critique et
modèles séquentiels
- Présenter les outils et modèles statistiques disponibles pour
analyser les données et comparer les modèles : graphes acycliques
orientés, modèles à équation structurelle et variables latentes,
analyses des courbes de croissance et modèles multi-états.
Epidemiology:
models
and
The objectives of the workshop are:
- To present epidemiological models used in life course epidemiology:
cumulative models, critical period models and sequential models
- To present the available statistical tools and models to analyze data
and to compare models: directed acyclic graphs, structural equation
and latent variable models, growth curve analysis and multi state
models.
Public
Audience
Epidémiologistes et Biostatisticiens.
Epidemiologists and Biostatisticians.
Programme
Program
- Introduction à l'épidémiologie biographique
- Problèmes méthodologiques en épidémiologie biographique
- Modèles de Médiation
- Modèles Multi états
- Introduction to life Course epidemiology
- Methodological issues in life course analysis
- Pathway Models
- Multi state models
7-8 juin 2012  Toulouse
June 7-8, 2012  Toulouse
Programme
Program
La partie technique a pour objectif de familiariser les participants à la
mise en œuvre des principaux modèles présentés durant la phase
théorique à partir de logiciels courants (STATA, R…).
- Travaux réalisés sur des données simulées inspirées de la cohorte
britannique NCDS de 1958:
- Modèles de Markov cachés
- Modèles de médiation et graphes acycliques dirigés
The objective of the practical course is to familiarize the participants
with the application of the main epidemiological models presented in
the theoretical phase using up-to-date software (STATA, R …).
- Use of longitudinal data simulated based on the 1958 British birth
cohort study
- Hidden Markov models
- Directed acyclic graphs and mediation analyses
Sélection
Selection
Melanie Bartley (London, UK), David Blane (London, UK), Kenneth A.Bollen (North Carolina, USA), Jéremie Botton (Villejuif, France), Tim Cole
(Londres, UK), Daniel Commenges (Bordeaux, France), Bianca De Stavola (London, UK), Dominique Dedieu (Toulouse, France), Cyrille
Delpierre (Toulouse, France), Maria Glymour (Boston, USA), Rebecca Hardy (London, UK), Michelle Kelly - Irving (Toulouse, France), Benoît
Lepage (Toulouse, France), Gita Mishra (Queensland, Australia), Archana Singh-Manoux (London, UK)
Date limite d’inscription : 13 janvier 2012  Registration deadline : January 13th 2012
Organisateurs Organizers: Jacques van Helden (ULB, Belgium), Philipp Bucher (SIB/ISREC, Switzerland)
Approches bioinformatique pour décrypter la
régulation des génomes à partir de données à
haut débit
Bioinformatics
approaches
to
decipher
genome regulation from high-throughput data
Phase I Le point sur…
12-14 octobre 2011 Bordeaux
October 12-14, 2011 Bordeaux
Objectifs
La régulation génomique joue un rôle déterminant pour le
développement embryonnaire, pour l’adaptation des cellules, tissus et
organismes à leur environnement, et pour l’évolution. Cette régulation
repose sur des niveaux multiples : régulation transcriptionnelle,
maturation de l’ARN (épissage, dégradation…), l’interaction entre
micro-ARN et ARN messagers, occupation des nucléosomes,
conformation chromosomique. Les nouvelles méthodes à haut débit
offrent une capacité sans précédent à caractériser les éléments de
régulation à l’échelle d’un génome complet : biopuces à expression,
ChIP-on-chip, ChIP-seq, RNA-seq, biopuces de liaison ADN-protéines,
etc. Les plates-formes de séquençage à haut débit se multiplient dans
les instituts de recherche, et les chercheurs ressentent généralement
une certaine perplexité face aux térabases de données produites. Des
outils logiciels sont développés afin de répondre à ces nouveaux
besoins, mais leur utilisation requiert une bonne compréhension des
principes sous-jacents, de l’impact des paramètres, et de la
significativité des résultats.
Le but de cet atelier sera d’offrir aux chercheurs une formation
théorique et pratique qui leur permettra d’appréhender l’ensemble du
flot d’analyse, depuis l’acquisition des données jusqu’à l’interprétation
biologique des résultats.
Aims
Genome regulation plays a crucial role in embryonic development,
adaptation of cells, tissues and organisms to their environment, and
evolution. This regulation occurs at multiple levels: transcription, RNA
maturation
(splicing,
degradation),
micro-RNA,
nucleosome
occupancy, chromosome conformation. New high-throughput methods
offer unprecedented ways to characterize regulatory elements at a
genome scale : expression microarrays, ChIP-on-chip, ChIP-seq,
RNA-seq, protein binding arrays, etc. Sequencing platforms become
available in many institutes, but researchers generally feel some
perplexity when they are first confronted to the terabases of novel
data. New software tools re being developed to answer those new
needs, but their utilization requires to understand the underlying
principles, master the parameters, and interpret the significance of the
result.
The goal of this workshop is to provide researchers with a theoretical
and practical training enabling them to apprehend the whole flow of
data analysis, from data acquisition to biological interpretation of the
results.
Public
Chercheurs, médecins, post-docs, techniciens, ingénieurs et étudiants
dans les domaines des sciences de la vie ou de la bioinformatique.
Audience
Researchers, physicians, post-docs, technicians, ingeneers and
students in the domains of life science or bioinformatics.
All conferences will be given in English.
Programme
1. Acquisition des données: état de l’art des méthodes
expérimentales à haut débit permettant de caractériser les éléments
régulateurs dans les séquences nucléiques (Massively parallel
sequencing, protein binding microarrays, ChIP-seq, ChIP-on-chip,
RNA-seq, …).
2. Méthodes bioinformatiques permettant de gérer et d’analyser les
données à haut débit; identification des éléments régulateurs dans les
génomes, découverte de motifs, scanning des génomes pour identifier
de nouveaux sites et des modules combinant des sites multiples,
conservation et divergence évolutive des éléments de régulation,
évaluation statistique de la précision.
3. Applications: une série d’applications montrant la façon de
combiner les approches expérimentales et bioinformatiques pour
élucider la régulation génomique et son évolution. L'accent sera mis
sur les applications à visée biomédicales.
Programme
1. Data acquisition. A summary of the state-of-the-art of highthroughput experimental methods allowing to characterize regulatory
elements in nucleic sequences (Massively parallel sequencing, protein
binding microarrays, ChIP-seq, ChIP-on-chip, RNA-seq, …).
2. Bioinformatics methods allowing to analyze high-throughput data:
genome-wide identification of regulatory elements, motif discovery,
genome scanning to locate new sites and modules combining multiple
sites, evolutionary conservation and divergence of regulatory
elements, statistical evaluation of the accuracy.
3. Applications: a series of applications showing how experimental
and bioinformatics approaches have been combined to decipher
genome regulation and is evolution. A specific focus will be placed on
biomedical applications.
2011 Paris
Phase II Maîtrise technique
2011 Paris
Programme
La phase II visera à fournir un compétence pratique dans la
manipulation de logiciels spécialisés pour l’analyse des données à
haut débit et l’analyse des motifs de régulation.
Programme
Phase II aims at providing a practical competence for handling
specialized software tools for the analysis of high-throughput data and
detection of regulatory motifs.
Selection
20 participants selected among those having attended the Phase I.
Sélection
20 participants sélectionnés parmi ceux de la phase I.
Jean-Christophe ANDRAU (Marseille, France), Tim BAILEY (Brisbane, Australia), Valentina BOEVA (Paris, France), François DAUTRY (Villejuif,
France), Eileen FURLONG (Heidelberg, Germany), Charles GIRARDOT (Heidelberg, Germany), Roderic GUIGO (Barcelona, Spain), Carl HERRMANN
(Marseille, France), Pascal HINGCAMP (Marseille, France), Terumi KOHWI-SHIGEMATSU (Berkeley, USA), Ivan OVCHARENKO (USA), Yijun RUAN
(Singapore, Singapore), Denis THIEFFRY (Paris, France), Morgane THOMAS-CHOLLIER (Berlin, Germany), Claes WADELIUS (Uppsala, Sweden),
Wyeth WASSERMAN (Vancouver, Canada), Barbara WOLD (Pasadena, USA).
er
Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03 Fax +33 (0) 1 44 23 62 93 [email protected] www.rh.inserm.fr
Organisateurs Organizers: Emmanuel Barillot (Institut Curie/INSERM/Mines ParisTech, Paris), Christophe Lavelle (CNRS,
Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris)
Approches à haut-débit en épigénomique
High throuput approaches in epigenomics
10-12 octobre 2011 Bordeaux
October 10-12, 2011 Bordeaux
Objectifs
Aims
A travers son polymorphisme, attesté par l'hétérogénéité de ses propriétés
physico-chimiques, la chromatine est le support d'une information -qualifiée
d'épigénétique- qui se superpose à l'information génétique -portée par l'ADNpour déterminer le destin cellulaire. Alors que le séquençage génétique, de
plus en plus performant, fournie des données à un rythme vertigineux, le
"séquençage épigénétique" est à son tour devenu une priorité pour tenter de
rassembler l'ensemble de l'information nécessaire au décryptage du
fonctionnement cellulaire. Le défi représenté par cette nouvelle quête est
flagrant, quand on sait que, contrairement à l'information génétique,
l'information épigénétique varie d'une cellule à l'autre (au sein d'un même
organisme) et en fonction du cycle cellulaire, rendant l'épigénome
particulièrement complexe à établir. Cependant, les premières cartes
épigénétiques haute-résolution commencent à sortir, incluant des informations
aussi diverses (et complémentaires) que la position des nucléosomes, la
présence de variants d'histones et leurs modifications, la distribution des
facteurs de transcription et facteurs de remodelage, et les sites de méthylation
de l'ADN. En même temps que ces profils s'accumulent, le besoin se fait
pressant de développer les outils d'analyse performants qui permettent
l'analyse de ces données, dans l'espoir de déchiffrer à terme le code
épigénétique.
L'objectif de cet atelier est de présenter les techniques (ChIP-seq en tête) les
plus récentes dans ce domaine, en insistant sur les éventuelles difficultés
couramment rencontrées pour leur mise en place. Au-delà des aspects
"humides", une brève présentation des méthodes et outils bioinformatiques
d'analyse (recherche de pics, analyse différentielle, analyse intégrative de
profils, bases de données…) les plus usuels sera aussi dispensée.
Through its polymorphism, as evidenced by the heterogeneity of its
physicochemical properties, the chromatin is the support of an information -socalled "epigenetic"- which is superimposed to the genetic information -carried
by DNA- to determine cell fate. While genetic sequencing, more and more
efficient, provides data at a dizzying pace, the "epigenetic sequencing" is in
turn becoming a priority in an attempt to gather all information necessary for
the deciphering of cellular function. The challenge of this new quest is obvious
when we know that, contrary to genetic information, epigenetic information
varies from one cell to another (within the same organism) and in regard with
the cell cycle, making the epigenome particularly difficult to establish.
However, the first high-resolution epigenetical maps begin to emerge,
including information as diverse (and complementary) as the position of
nucleosomes, the presence of histone variants and their modifications, the
distribution of transcription factors and remodeling factors, and location of
DNA methylation. While these profiles accumulate, the need is urgent to
develop analytical tools that allow efficient analysis of these data, in hopes of
eventually cracking the epigenetic code.
The objective of this workshop is to present the most recent techniques
(mainly ChIP-seq) in this area, focusing on possible problems commonly
encountered in their implementation. Beyond the "wet" technical aspects, a
presentation of the most common bioinformatics tools for analysis (peak
finding, differential analysis, integrative analysis of profiles, databases ...) will
also be provided.
Public
Audience
Chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants et post-doctorants dans les
domaines de l'épigénétique ou de la bioinformatique.
Researchers, ingeneers technicians, postdocs, and students in the domains of
life science or bioinformatics.
All conferences will be given in English.
Programme
Programme
1. Session technique: mise en place d’une approche ChIP-seq, présentation
des différents types de séquenceurs (prélude à la phase pratique).
2. Cartographies épigénétiques (localisation des nucléosomes, des
modifications d’histones et des sites de méthylation de l’ADN); épigénomique
et développement/cancer.
3. Introduction à l'analyse bioinformatique.
1. Technical session: implementation of a ChIP-seq approach, presentation of
different types of sequencing machines (prelude to the practical phase).
2. Epigenetic maps (location of nucleosomes, histone modifications and
methylation sites of DNA); epigenomics and development / cancer.
3. Introduction to bioinformatics analysis.
2011 Paris, Montpellier, Nice/Marseille, Darmstadt
2011 Paris, Montpellier, Nice/Marseille, Darmstadt
Programme
Programme
La phase II visera à fournir les bases pour la mise en place d’une expérience
de ChIP-seq d’une part, et d’autre part à se familiariser avec des outils
bioinformatiques d’analyse de profils moléculaires. Cette phase proposera
deux axes :
- une partie « humide » consistant à suivre la mise en œuvre pratique d’une
approche ChIP-seq;
- une partie bioinformatique consistant à s’initier aux outils d’analyse des
données issues du séquençage haut-débit, en lien avec les problématiques
épigénétiques.
Phase II will provide the foundation for the establishment of a ChIP-seq
experience first, and secondly the presentation of bioinformatics tools for
analyzing molecular profiles. This phase will offer two trainings:
- a "wet" part which will consist in following the practical implementation of a
ChIP-seq approach;
- a "computing" part which will consist in an introduction of bioinformatics tools
to handle data analysis of high throughput sequencing, related with epigenetic
problems.
Sélection
Selection
16 participants, sélectionnés parmi ceux de la phase I pour la partie bioinfo, et
16 autres pour la partie humide (répartis sur 4 plateformes).
16 participants, selected from those in Phase I for the "bioinformatics" part,
and another 16 for the "ChIP-seq" (distributed on 4 platforms).
Alain ARNEODO (Lyon, France), Pascal BARBRY (Nice, France), Arndt BENECKE (Bures sur Yvette, France), Philipp BUCHER (Epalinges, Swizerland),
Giacomo CAVALLI (Montpellier, France), Vincent COLOT (Paris, France), Amanda FISHER (London, UK), Laurent JOURNOT (Montpellier, France), Saverio
MINUCCI (Milan, Italie), Peter PARK (Boston, USA), Frank PUGH (University Park, USA), Olivier RANDO (Worcester, USA), Jacques van HELDEN (Brussels,
Belgium), Mike WILSON (Cambridge, UK).
er
Organisateurs  Organizers: Carmo Fonseca (Instituto de Medicina Molecular, Portugal), Enrico Gratton (Laboratory for
fluorescence dynamics, University of California, USA), Antonio Jacinto (Instituto de Medicina Molecular, Portugal)
Outils en émergence pour une microscopie
de fluorescence quantitative appliquée à la
biologie des systèmes
Phase I  Le point sur…
4-6 septembre 2011  Lisbonne
Objectifs
La biologie des systèmes s'appuie sur le développement de nouvelles
technologies afin de quantifier précisément des processus biologiques. Les
cellules traitent de façon continuelle des stimuli internes et externes en
utilisant les voies de signalisation interconnectées. Ces voies reposent sur
le comportement dynamique de complexes macromoléculaires et sur des
interactions transitoires entre macromolécules.
Un défi majeur pour la biologie des systèmes est de déduire à partir de
données expérimentales des constantes de vitesse, des constantes
d’affinité de liaison, et d'autres paramètres de modèles théoriques. Grace à
l'ingénierie de sondes fluorescentes d’une part et au développement de la
microscopie de fluorescence et de nouvelles méthodes de spectroscopie
d’autre part, il est possible de mesurer certains paramètres tels que des
concentrations moléculaires, des coefficients de diffusion, la stœchiométrie
et le temps de résidence de molécules au sein de complexes, avec une
haute résolution spatiale et temporelle.
En conséquence, les images microscopiques générées sont de plus en
plus sophistiquées et peuvent être acquises très rapidement, créant ainsi
un besoin croissant d'analyse d'images nouvelles, de bases de données et
de techniques de visualisation pour extraire, comparer, rechercher et gérer
l'information biologique dans les ensembles de données image de grande
taille.
Le but de cet atelier est de réunir un groupe de scientifiques internationaux
et de promouvoir une discussion autour du thème de la microscopie de
fluorescence quantitative, couvrant les progrès récents en microscopie de
fluorescence permettant la mesure et l'analyse informatique d'un large
éventail d'activités cellulaires.
Public
Cet atelier d'imagerie est destiné aux étudiants, doctorants, post-doctorants
et chercheurs ayant une expérience en microscopie à fluorescence.
Programme
1. Avancée en imagerie des cellules et d’organismes vivants
2. Obtention de données quantitatives à partir d'images de microscopie
3. Application de l'imagerie quantitative à la biologie des systèmes
Phase II  Maîtrise technique
7-10 septembre 2011  Lisbonne
12-14 octobre 2011  Paris
Programme de Lisbonne : Le premier module sera composé de
deux jours de travaux pratiques de laboratoire : PSF et microscopes
confocaux et Widefield ; 2D time-lapse imaging ; 3D time-lapse imaging
and tracking et FRAP et FRET. Le deuxième module sera composé d'une
matinée de conférences d'introduction sur les bases du traitement de
l'image suivie d'exercices pratiques appliqués à des données recueillies
dans le premier module : déconvolution ; segmentation ; cell tracking et
analyse de données FRAP et FRET
Programme de Paris : SPIM, FCS, RICS et FCCS, FLIM pour heteroFRET
Emerging Tools in Quantitative Fluorescence
Microscopy for Systems Biology
Phase I  Critical assessment…
September 4-6, 2011  Lisbon, Portugal
Aims
Systems Biology relies on the development of new technologies for doing
precise quantification of biological processes. Cells continuously process
stimuli that they receive from their inside and outside, using interconnected
signaling pathways that rely on the dynamical behavior of the
macromolecular complexes and the transient interactions of
macromolecules. A major challenge to systems biology is to infer the rate
constants, binding affinities, and other parameters of theoretical models
from experimental measurement data. Thanks to the engineering of
fluorescent probes and the development of novel fluorescence microscopy
and spectroscopy methods, quantitative parameters such as molecular
concentrations, diffusion coefficients, stoichiometry and residence time of
molecules within complexes can be obtained in different locations within the
cell at different times with high temporal and spatial resolution. As a result,
microscopic images are becoming increasingly sophisticated and can be
acquired very fast, thus creating a growing need for novel image analysis,
databases and visualization techniques to extract, compare, search and
manage the biological information in large image datasets. The purpose of
this Workshop is to bring together an international group of scientists and
promote ample discussion around the research focus of quantitative
fluorescence microscopy, covering recent advances in fluorescence
microscopy enabling measurement and computational analysis of a wide
range of cellular activities.
Audience
This advanced imaging workshop is aimed at students, doctoral fellows,
post-doctoral fellows, engineers and faculty with previous working
experience in using fluorescence microscopy. Participants are not required
to have had formal training in physics, engineering or informatics.
Programme
1. Advanced live-cell imaging
2. Obtaining quantitative data from microscopy images
3. Applying quantitative imaging to systems biology
Phase II  Technical workshop
September 7-10, 2011  Lisbon, Portugal
October 12-14  Paris, France
Programme Lisbon: The first module will consist of two days of
hands-on laboratory exercises: PSF in Confocal and Widefield
microscopes; 2D time-lapse imaging; 3D time-lapse imaging and tracking;
FRAP and FRET. The second module will consist of one morning of
introductory lectures on the basics of image processing followed by handson exercises applied to data collected in the first module: Deconvolution,
Segmentation, Cell tracking, and FRAP and FRET data processing
Programme Paris: SPIM; FCS, RICS and FCCS; FLIM for heteroFRET
Selection
Sélection
Avec la participation de / with the participation of : Richard Adams (UK), Philipe Bastiens (Germany), Maïté Coppey-Moisan (France),
Michele Digman (USA), Johan Elf (Swenden), Carmo Fonseca (Portugal), Enrico Gratton (USA), Michael Held (Switzerland), Konstantin Lukyanov
(Russia), Gene Myers (USA), Petra Schwille (Germany), Ernst Stelzer (Germany), Pavel Tomancak (Germany), Paul Wiseman (Canada)
Date limite d’inscription : 6 juin 2011  Registration deadline : June 6th, 2011
Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03  Fax +33 (0) 1 44 23 62 93  [email protected]  www.rh.inserm.fr
Organisateurs Organizers: Antoine Chambaz (Université Paris Descartes, France), Michel Chavance (Inserm U1018, France)
Avancées statistique
analyse causale
récentes
en
Recent advances
causal analysis
in
statistics
for
6-8 juin 2011 Bordeaux
June 6-8, 2011 Bordeaux
Objectifs
L'objectif de cet atelier est de diffuser les méthodes les plus
récentes pour l'analyse statistique causale, en insistant à la
fois sur les aspects méthodologique et applicatif. La variété
des approches illustre la difficulté inhérente du thème et la
diversité des points de vue, parfois contradictoires. La
confrontation des méthodes et leur mise en perspective,
notamment dans un cadre épistémologique, permettra à
chaque participant de se forger ses propres vision et pratique
de l'analyse causale statistique. Il est à noter que la pertinence
de certaines méthodes dépasse le cadre strict de l'analyse
causale.
Aims
The objective of this workshop is to disseminate the most
recent methods for tackling the statistical analysis of causal
problems, both from a methodological and applied point of
view. The variety of methods illustrates how difficult these
problems usually are, and reflects the diversity of approaches,
which may sometimes seem or be contradictory. Confronting
the methods, notably in an epistemological perspective, will
foster the making of one's own understanding and practice of
the statistical analysis of causal problems. Finally, it is worth
emphasizing that the relevance of some of the methods
presented goes beyond the framework of causal analysis.
Public
Biostatisticiens, épidémiologistes ; cliniciens ou biologistes
formés à l'analyse statistique.
Audience
Biostatisticians, epidemiologists; clinicians and
trained in statistics.
Programme
Graphes acycliques orientés, équations structurelles, cadre
contrefactuel, variables instrumentales. Approches par
processus et variables latentes. Principe de maximum de
vraisemblance ciblée (TMLE). Schémas adaptatifs pour les
analyses cliniques randomisées. Causalité, épidémiologie et
génétique. Eclairage épistémologique et table ronde.
Programme
Causal graphs, structural equations, counterfactual framework,
instrumental variables. Approaches based on processes and
latent variables. Targeted maximum likelihood learning
(TMLE). Adaptive designs for randomized clinical trials.
Causality, epidemiology and genetics. Epistemological
perspective and round table.
9-10 juin 2011 Paris
June 9-10, 2011 Paris
Programme
Mise en œuvre des méthodes : réflexion, implémentation et
illustration par l'exemple.
Programme
Applying the
illustration.
Sélection
12 participants seront retenus parmi les participants de la
phase I. Les candidats ayant l'expérience de l'analyse
statistique seront privilégiés.
Selection
Priority will be given to candidates with statistical experience.
methods:
reflexion,
biologists
implementation
and
Basile Chaix (Paris, France), Antoine Chambaz (Paris, France), Michel Chavance (Villejuif, France), Daniel Commenges (Bordeaux,
France), George Davey-Smith (Bristol, UK), Vanessa Didelez (Bristol, UK), Isabelle Drouet (Louvain-la-Neuve, Belgique), Nicholas
Jewell (Berkeley, USA), Pierre Neuvial (Evry, France), Michael Rosenblum (Baltimore, USA), Mark Van der Laan (Berkeley, USA), Stijn
Van Steelandt (Gent, Belgique)
Date limite d’inscription : 1er Avril 2011 Registration deadline : April 1st 2011
Organisateurs / Organizers: Jean-Christophe Olivo-Marin (CNRS URA 2582, Institut Pasteur, Paris), Guy Tran Van Nhieu (Inserm U971, Collège de France, Paris)
Avancées dans l'imagerie par microscopie
à fluorescence quantitative de l'infection
des cellules hôtes par les pathogènes
Phase I • Le point sur…
25-27 Octobre 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
Il existe une stimulation réciproque entre les développements de techniques
d'imagerie par microscopie à fluorescence et les modèles d'études des
interactions entre microorganismes pathogènes-cellules hôtes. Le projet
d'atelier que nous proposons dans cette perspective consiste à faire le point sur
des modèles d'études de microorganismes pathogènes qui, en utilisant diverses
approches de microscopie à fluorescence et d'imagerie quantitative, ont permis
des avancées majeures dans la compréhension de processus cellulaires ou
infectieux fondamentaux. A la présentation de ces modèles seront combinées la
présentation d'approches techniques innovantes de microscopie et d'acquisition
de données qui sont susceptibles d'apporter des alternatives et améliorations
dans l'analyse déjà avancée de ces modèles infectieux. Les objectifs de
l'atelier proposés sont de stimuler l'interface modèle infectieux/imagerie par
microscopie à fluorescence afin de favoriser l'émergence de systèmes d'études
« paradigmes » de pointe.
Public
Etudiants, chercheurs juniors et seniors dans les disciplines de la microbiologie
infectieuse, biologie du cytosquelette et du routage intracellulaire, techniques
de microscopie à fluorescence et analyse d'images.
Programme
1. Imagerie des interactions moléculaires et de la réorganisation du cytosquelette
durant l'invasion des cellules hôtes par les bactéries pathogènes.
2. Imagerie des bactéries invasives et de la réplication intracellulaire.
3. Imagerie de l'infection dans les tissus ou in vivo.
4. Méthodes d'analyse d'images quantitatives.
Phase II • Maîtrise technique
Programme
Plusieurs stages seront proposés :
Stage 1 : méthodes d'analyse d'images quantitatives appliquées aux tracking
et détection de particules fluorescentes (Nathalie Sauvonnet, Vannary MeasYadid, Jean-Christophe Olivo-Marin - Institut Pasteur, Paris) - Janvier 2011.
Stage 2 : l'utilisation du FRET-FLIM et invasion bactérienne (Marc Tramier,
Maïté Coppey - Université Paris-Diderot, Guy Tran Van Nhieu - Collège de
France) - Décembre 2010.
Stage 3 : signalisation et cytosquelette durant l'invasion des cellules par Listeria
(Serge Mostowy, Pascale Cossart - Institut Pasteur, Paris) - Janvier 2011.
Stage 4 : système de microscopie couplé : TIRF et microscope à force atomique
permettant une analyse multiparamétrique : imagerie, force d'interaction et
élasticité lors de l'interaction entre agents pathogènes et cellules hôtes (Frank
Lafont- Institut Pasteur, Lille) - 9/10 novembre 2010.
Sélection
Les stagiaires seront sélectionnés parmi les participants de la phase I.
Stage 1 : 4 personnes / Stage 2 : 2 personnes Stage 3 : 2 personnes /
Stage 4 : 4 personnes
Advanced quantitative fluorescence imaging of host cell infection by pathogens
Phase I • Critical assessment…
October 25-27, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Fluorescence imaging techniques to follow host pathogen interactions at tissular, cellular and molecular levels have met increased popularity in the past
decade. This is success is due to important technical developments permitting
dynamic, and highly resolutive analysis of pathogenic processes, combined with
the establishment of pathogens as bona fide tools to unveil original aspects of
fundamental host cell processes. However, the profusion of information derived from the increasing propularity of these integrated approaches introduces
new constraints in terms of analysis. In these regards, it is expected that this
trend will amplify in coming years due to the rapid evolution of fluorescent
microscopy imaging techniques, allowing faster acquisition or single-molecule
resolution. The proposed workshop aims at stimulating exchanges between
scientists working on host-pathogen interaction models and advanced quantitative fluorescence microscopy techniques to set the emergence of concepts and
methods that are likely to become standards in coming years.
Audience
Students, post-doctoral and senior researchers in infectious microbiology, cell
biology of the cytoskeleton and trafficking, fluorescence microscopy techniques and image analysis.
Programme
1. Imaging molecular interactions and cytoskeletal reorganization during host
cell invasion by pathogens.
2. Imaging invasive bacteria and intracellular replication.
3. Imaging infection in tissu or in live animals.
4. Quantitative image analysis methods.
Phase II • Technical workshop
Programme
Several practical courses will be scheduled:
Course 1: quantitative detection and tracking analysis of fluorescent particles
(Nathalie Sauvonnet, Vannary Meas-Yadid, Jean-Christophe Olivo-MarinInstitut Pasteur, Paris) - January 2011.
Course 2: FRET-FLIM and bacterial invasion (Marc Tramier, Maïté Coppey,
Université Paris-Diderot, Guy Tran Van Nhieu - Collège de France) - December
2010.
Course 3: cytoskeleton and signaling during Listeria invasion (Serge Mostowy,
Pascale Cossart - Institut Pasteur, Paris) - January 2011.
Course 4: total infernal reflection fluorescence (TIRF) and atomic force (AFM)
microscopy to study bacterial interaction with host cell (Frank Lafont - Institut
Pasteur, Lille) - 9/10november 2010.
Selection
Trainees will be selected among the participants of phase I: course 1: 4 persons/
course 2: 2 persons/Course 3: 2 persons/Course 4: 4 persons.
Maïté Coppey (Paris, France), Pascale Cossart (Paris, France), Agneta Dahlfors (Stockholm, Sweden), Gaudenz Danuser (Boston, USA), Guillaume
Duménil (Paris, France), Gad Frankel (London, UK), David Holcman (Paris, France), Ralph Isberg (Boston, USA), Mark Jepson (Bristol, UK), Frank Lafont
(Lille, France), Jean-Christophe Olivo-Marin (Paris, France), Mark J. Miller (St. Louis, USA), Amy Palmer (Boulder, USA), Klemens Rottner (Braunschweig,
Germany), Craig Roy (New Haven, USA), Philippe Sansonetti (Paris, France), Ernst Stelzer (Heidelberg, Germany), Guy Tran Van Nhieu (Paris, France), Jeff
S. Urbach (Washington, USA), Raphaël Valdivia (Durham, USA).
Date limite d'inscription : 20 août 2010 • Registration deadline: August 20, 2010
Renseignements et inscriptions • Information and registration
Ateliers de formation - 101 rue de Tolbiac - 75654 Paris Cedex 13
Tel. 33 (0) 1 44 23 62 04 • Fax 33 (0) 1 44 23 62 93 • [email protected] • www.rh.inserm.fr
Organisateurs / Organizers: Jean-Paul Concordet (Inserm U567, Institut Cochin, Paris), Carine Giovannangeli (Inserm U565, Muséum Nationale d'Histoire
Naturelle, Paris)
Modification contrôlée du génome à l'aide
d'endonucléases dirigées à façon
Targeted genome modification
custom-made endonucleases
6-8 Octobre 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
October 6-8, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Le prix Nobel de Médecine a récompensé en 2007 le développement de la
méthode permettant de modifier le génome de souris de façon controlée.
Cette méthode, qui repose sur un évènement de recombinaison homologue
entre le gène ciblé et un donneur créé in vitro, est d'une efficacité très faible.
Cependant, les progrès réalisés dans le développement de nucléases dirigées à
façon permettent aujourd'hui d'augmenter considérablement cette efficacité et
d'envisager des approches de modification ciblée du génome dans de nombreux
systèmes où elles restaient inaccessibles.
Dans tous les domaines des sciences du vivant, la possibilité de créer des
cellules ou organismes génétiquement modifiés de façon contrôlée ouvre de très
nombreuses perspectives.
Pour n'en citer que quelques-unes :
- modification génique pour la thérapie des maladies monogéniques, par
correction de mutations responsables de maladies,
- invalidation de gènes viraux ou impliqués dans des infections virales,
- création de modèles animaux de maladies, pour l'étude physiopathologique et
l'évaluation d'approches thérapeutiques,
- modification de gènes endogènes par insertion en phase de séquences codantes
(GFP, TAP-tag...) pour faciliter l'analyse fonctionnelle,
- création de plantes génétiquement modifiées de façon controlée,
- intégration ciblée de transgènes dans des cellules en culture ou des organismes
modèles.
L'objectif de l'atelier est de faire le point sur ces méthodes de modification
contrôlée du génome en plein essor.
Public
Chercheurs, techniciens, ingénieurs, post-doctorants et doctorants du milieu
académique et des secteurs pharmaceutiques et biotechnologiques privés.
Toute personne qui souhaite découvrir les nouvelles possibilités ouvertes par
l'utilisation d'endonucléases dirigées à façon.
Programme
1. Mécanismes de réparation des cassures double-brin de l'ADN (aspects
moléculaires et cellulaires).
2. Nouvelles nucléases pour l'induction de cassures double-brin ciblées
(nucléases à doigts de zinc, homing endonucléases modifiées, spécificité des
nucléases).
3. Modification du génome dans les organismes modèles (principes et
limitations des technologies existantes, rat, poisson-zèbre, drosophile).
4. Modification du génome à l'aide de nucléases dirigées à façon : application à
la thérapie génique (cellules souches, correction génique).
Programme
L'atelier pratique sera réalisé à l'U565, Muséum National d'Histoire Naturelle.
Il permettra de mettre en oeuvre les techniques d'utilisation des nucléases
(quantification des cassures double-brin, détection de mutations, modification
de gène) dans des cellules en culture.
Sélection
using
In 2007, the Nobel Prize of Medicine was awareded for pioneering achievements in implementing gene targeting in the mouse and in generating
genetically modified mice. In most species and biological systems, controlled
genome modification by gene targeting may now be possible with progress in
the design of novel sequence-specific nucleases that are able to recognize and
cleave unique sequences in the genome.
Used alone, such a nuclease will trigger a very high rate of targeted mutations,
generally small deletions that inactivate the gene of interest following repair by
end-joining. When appropriate donor DNA is introduced together with the
nuclease, repair by homologous recombination can take place and the target
sequence will be replaced by that of the donor DNA template. A wide variety of
highly controlled sequence changes can therefore be introduced with sequence-specific nucleases and high efficienies can be obtained, raising tremendous
perspectives in all fields of life sciences.
To mention but a few:
- inactivate genes to study their biological role in cultured cells and model
organisms,
- modify genes by in-frame insertion of coding sequences for luciferase (GFP,
TAP-tags...) to facilitate studies ofr gene function,
- create animal models of human disease,
- correct mutations involved in disease.
Importantly, nucleases used in genome modification need to be highly specific
in order to avoid unwanted off-target cleavage and unwanted genotoxicity.
Consequently each precise genome sequence modification envisage requires
designing a novel nuclease.
Audience
Researchers, post-docs and PhD students, biotech engineers. Any scientist
wanting to discover a novel approach for controlled modification of the genome or who plans to develop a project using this approach.
Programme
1. Mechanisms of DNA double-strand break repair (molecular and cellular
aspects).
2. Engineering novel nucleases for targeted gene modification (zinc finger
nucleases, modified homing endonucleases, nuclease specificity).
3. Genome modification in model organisms (principles and limitations of
existing methods, rat, zebrafish, drosophila).
4. Therapeutical perspectives (stem cells, gene correction).
Programme
The technical workshop will alow a hands-on approach of the major steps in
using targeted endonucleases for controlled genome modification in cultured
cells (double-strands break quantification, mutation detection, gene modification). It will take place at Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris.
Selection
6 participants will be selected among the participants of phase I.
Ignacio Anegon (Nantes, France), Dana Carroll (Salt Lake City, USA), Toni Cathomen (Hanover, Germany), Marina Cavazzana-Calvo (Paris, France), JeanPaul Concordet (Paris, France), Maria Jasin (New-York, USA), Bernard Lopez (Fontenay-aux-Roses, France), Guillermo Montoya (Madrid, Spain), Frédéric
Pâques (Romainville, France), Scott Wolfe (Worcester, USA).
Date limite d'inscription : 6 août 2010 • Registration deadline: August 6, 2010
Organisateurs / Organizers: Stéphane Honoré (Inserm U911, CRO2), Diane Braguer (Inserm U911, CRO2).
Dynamique des microtubules et migration
cellulaire : interactions moléculaires,
conséquences fonctionnelles et perspectives thérapeutiques en cancérologie
Microtubule dynamics in cell migration:
molecular interactions, functional consequences and therapeutic perspectives in
oncology
15-17 septembre 2010 • Saint-Raphaël
September 15-17, 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
Aims
L’atelier a pour objectif de faire le point sur la méthodologie et les connaissances des mécanismes moléculaires et cellulaires impliquant le cytosquelette
microtubulaire dans la migration cellulaire. Nous nous intéresserons particulièrement aux propriétés dynamiques des microtubules et à leur régulation
par les complexes protéiques associés à l’extrémité + des microtubules (+TIPs).
Nous aborderons notamment la biologie structurale et cellulaire des +TIPs :
interactions moléculaires +TIPs/microtubules et +TIPs/+TIPs, les modifications post-traductionnelles de la tubuline et des +TIPs et leurs conséquences
fonctionnelles sur la dynamique des microtubules et la coordination des cytosquelettes.
L’atelier fera également le point sur les approches pharmacologiques ciblant les
complexes protéiques à l’extrémité + des microtubules et présentera les stratégies en développement pour le criblage de nouveaux composés spécifiques des
+TIPs pour des applications en cancérologie.
Public
Chercheurs, cliniciens, pharmacologues, post-doctorants, doctorants et
ingénieurs du milieu académique et du secteur pharmaceutique industriel
dont le domaine d’étude porte sur le cytosquelette et la migration cellulaire ou
l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques anti-migratoires..
Programme
- La migration cellulaire dans le processus cancéreux.
- Dynamique des microtubules, coordination des cytosquelettes dans la
migration cellulaire.
- Interactions microtubules - +TIPs et +TIPs - +TIPs, conséquences fonctionnelles.
- Approches pharmacologiques : de l’existant aux stratégies de criblage pour
des anti +TIPs.
27-29 octobre 2010 • Marseille
Programme
- Imagerie et analyse de la dynamique des microtubules et du ciblage des sites
d’adhérence sur cellules vivantes (vidéomicroscopie à fluorescence, TIRF).
- Imagerie et dynamique des interactions MT/MAPs (microscopie confocale
FRET, FRAP).
- Imagerie et analyse du transport intracellulaire microtubule-dépendent
(vidéomicroscopie à fluorescence).
The objective of the workshop is to present methodology and recent knowledge
about the molecular and cellular mechanism involving microtubules in cell
migration and to specify the role of the protein complexes associated at the
end + of microtubules (+TIPs) in this process. We will address structural
and cellular biology of +TIPs: molecular interactions +TIPs/microtubules and
+TIPs/+TIPs, tubulin and +TIPs post-translational modifications and their
functional effects on microtubule dynamics and the coordination of the cytoskeletons.
The workshop will also give an overview on the pharmalogical approaches targeting the protein complexes at microtubule + end and will
present the strategies under development for the screening of specific inhibitors of +TIPs for applications in oncology.
Audience
Academic and industrial researchers, clinicians, engineers, doctoral and postdoctoral students, interested about the role of microtubules in cell migration
and their therapeutic perspectives.
Programme
- Cell migration in cancer.
- Microtubule dynamics, cytoskeleton coordination in cell migration.
- Microtubule - +TIPs and +TIPs - +TIPs interactions, functional consequences.
- Pharmalogical approaches: from the existing to anti-TIPs drug discovery.
October 27-29, 2010 • Marseille
Programme
- Live cell imaging and analysis of microtubule dynamics and microtubuleadhesion site crosstalk (vidéomicroscopy, TIRF).
- Imaging and analysis of dynamic interactions of MT/MAPs (FRAP, FRET,
confocal microscopy).
- Imaging and analysis of microtubule-based intracellular transport (videomicroscopy).
Selection
Sélection
Anna Akhmanova (Rotterdam, The Netherlands), Annie Andrieux (Grenoble, France), Ali Badache (Marseille, France), Denis Chrétien (Rennes, France),
Sandrine Etienne-Manneville (Paris, France), Elaine Fuchs (New-York, USA), Niels Galjart (Rotterdam, The Netherlands), Greg Gundersen (New-York,
USA), Stéphane Honoré (Marseille, France), Irina Kaverina (Nashville, USA), Laurence Lafanachère (Grenoble, France), Xavier Morelli (Marseille, France),
Véronique Proux (Paris, France), Michel Steinmetz (Villigen, Switzerland).
Date limite d'inscription : 15 juillet 2010 • Registration deadline: July 15, 2010
Organisateurs / Organizers: Christophe Genolini (Université Paris X, Paris), Bruno Falissard (Inserm U669, Paris), Hélène Jacqmin-Gadda (Inserm U897,
Bordeaux), Cécile Proust-Lima (Inserm U897, Bordeaux).
Modèles de mélange
longitudinales
pour
données
2-4 juin 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
Présenter, discuter et comparer les méthodes statistiques permettant d’analyser
des données longitudinales hétérogènes et d’explorer des profils d’évolution.
Des méthodes de classification de courbes ainsi que les modèles de mélange
pour données longitudinales seront décrits et appliqués dans les domaines de
la santé et la psychologie. L’accent sera mis sur l’interprétation des paramètres, l’évaluation des modèles et les conditions d’application de ces méthodes.
Les modèles conjoints à classes latentes pour données longitudinales et délais
d’évènement seront aussi présentés et les modèles à variables latentes seront
introduits.
Public
- Epidémiologistes, psychologues et neuropsychologues travaillant sur des
données longitudinales (Inserm, universités, INVS, ORS, DGS, DREES,
CNAM, industrie pharmaceutique, CRO, etc.).
- Statisticiens appliqués travaillant dans ces domaines.
Programme
La première session sera dédiée aux méthodes exploratoires de classification
avec la présentation et l’application des outils PROC TRAJ et Kml. Puis,
après une introduction des modèles mixtes pour l’analyse des données
longitudinales, les modèles de mélange pour données longitudinales seront
présentés et appliqués notamment à travers le logiciel Mplus. La troisième
session sera consacrée aux extensions de ces modèles à l’analyse de données
longitudinales multivariées, à l’analyse conjointe de données longitudinales
et d’un délai d’évènement ainsi qu’à l’estimation non-paramétrique. Enfin,
seront abordés les modèles à variables latentes pour données longitudinales
avec la présentation d’un modèle à processus latent étendu à la prise en compte
de profils hétérogènes d’évolution, et l’application de modèle à équations
structurelles avec le logiciel Mplus.
7-8 juin 2010 • Paris
Programme
- Présentation de programmes permettant l’analyse des données longitudinales
hétérogènes par des méthodes paramétriques (SAS PROC TRAJ, fonction
HLME sous R) et des méthodes non paramétriques (fonction Kml de la
librairie Kml de R).
- Analyse de quelques jeux de données sélectionnées parmi ceux proposés par
les participants.
Mixture modelling for longitudinal data
June 2-4, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Present, discuss and contrast several approaches to analyse heterogeneous
longitudinal data and highlight profiles of change with time. Both cluster
analysis methods and mixture models for longitudinal data will be presented
with applications to medical and psychological data. Particular emphasis will
be put on parameter interpretation, post-fit evaluation of model assumptions
and conditions of use of the various approaches. The workshop will also
include a presentation of joint models with latent classes for time-to-event
and longitudinal outcome and an introduction to some other latent variable
models.
Audience
- Epidemiologists, psychologists and neuropsychologists working with longitudinal data (Inserm,Universities, INVS, ORS, DGS, DREES, CNAS, pharmaceutical industry, CRO, et.).
- Applied statisticians working in the above domains.
Programme
The first session will focus on exploratory methods of clustering with the
presentation and application of PROC TRAJ and Kml tools. Then, after an
introduction to mixed models for longitudinal data, the mixture model for
longitudinal data will be presented and applied, in particular using Mplus
software. The third session will be dedicated to extension of these models to the
analysis of multivariate longitudinal data, to the joint analysis of longitudinal
data and time-to-event, and to non-parametric estimation. Finally, latent
variable models will be addressed with the presentation of a latent process
model for heterogeneous profiles of evolution, and the application of structural
equation models using Mplus.
June 7-8, 2010 • Paris
Programme
- Presentation of programs for the analysis of heterogeneous longitudinal data
including parametric methods (SAS PROC TRAJ, HLME R function) and nonparametric methods (Kml function for R package Kml).
- Analysis of several datasets selected among those provided by the participants.
Selection
Sélection
Tihomir Asparouhov (Los Angeles, USA), José Cortinas (Diepenbeek, Belgium), Sylvana Côté (Montreal, Canada), Maria De Loro (London, UK), Bruno
Falissard (Paris, France), Christophe Genolini (Paris, France), Hélène Jacqmin-Gadda (Bordeaux, France), Jacques Juhel (Rennes, France), Bengt Muthén
(Los Angeles, USA), Daniel Nagin (Pittsburgh,USA), Cécile Proust-Lima (Bordeaux, France).
Date limite d'inscription : 2 avril 2010 • Registration deadline: April 2nd, 2010
Organisateurs / Organizers: Annelise Bennaceur-Griscelli (Inserm 935, Institut André Lwoff, Villejuif, France), Ludovic Vallier (Anne McLaren Laboratory for
Regenerative Medicine, Cambridge University, UK).
Les cellules souches pluripotentes induites,
reprogrammation et différenciation
Human induced pluripotent stem cells,
reprogramming and differentiation
21-23 avril 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
April 21-23,2010 • Saint-Raphaël
Aims
Un saut technologique récent dans la reprogrammation cellulaire, consistant à
induire in vitro la pluripotence d'une cellule somatique par la surexpression de
quelques facteurs de tanscription, offre de nouvelles perspectives et applications
dans les sciences du vivant et la médecine. En effet, les cellules souches
pluripotentes induites (CSPi) prolifèrent in vitro de façon illimitée, tout en
préservant leur capacité de se différencier en un large spectre de cellules
fonctionnelles. Les CSPi pourraient être utilisées pour produire différents
types cellulaires immuno-compatibles à visée thérapeutique, en l'absence
d'immunosuppression. Les CSPi offrent également comme applications
immédiates, la modélisation in vitro des pathologies génétiques complexes à
visée de recherche et de criblage thérapeutique. Cependant, les CSPi présentent
des défis technologiques qui limitent leur utilisation. En effet, la production des
CSPi requiert des expertises spécifiques, dans la manipulation génétique et la
manipulation des cellules souches pluripotentes, qui sont difficiles à acquérir.
De plus, la production de cellules différenciées matures et fonctionnelles reste
un enjeu majeur. Enfin, l'évolution extrêmement rapide des technologies des
CSPi rend difficile l'établissement de méthodes robustes et efficaces.
L'atelier Inserm aura pour objectif de présenter les expertises les plus récentes
nécessaires au développement de projets utilisant les CSPi. Les dernières
avancées technologiques sur la dérivation des CSPi et leur différenciation seront
présentées et discutées. Les notions fondamentales de la reprogrammation
épigénétique avec les avantages et inconvénients des CSPi seront discutées.
Enfin, les aspects éthiques et propriétés intellectuelles seront abordés et les
plateformes de dérivation des CSPi déjà existantes en France seront présentées.
Cet atelier résumera l'ensemble des connaissances nécessaires au développement
des CSPi pour leur utilisation et validation in vivo dans des modèles
pré-cliniques et pour la modélisation in vitro des pathologies humaines.
Public
Chercheurs scientifiques, médecins, pharmaciens, techniciens, ingénieurs,
étudiants et post-doctorants du milieu académique, pharmaceutique,
biotechnologique et entreprises privées intéressés par la recherche sur les cellules
souches, la production de cellules à visée thérapeutique, et la modélisation in
vitro de maladies..
Programme
1. Dérivation des CSPi : stratégies techniques.
2. Reprogrammation - Transfert nucléaire somatique.
3. Différenciation des CSPi et modèles thérapeutiques.
4. Table ronde : éthique, réglementation et propriétés intellectuelles des CSPi.
11-13 octobre 2010
Programme
1. Dérivation des CSPi humaines (Transduction virale (théorique), repiquage et
amplification).
2. Méthodes pour caractériser les CSPi humaines (immunofluorescence,
analyse par cytofluométrie, quantification nombre copie transgène, expression
endogène / exogène des transcrits, différenciation in vitro et in vivo).
3. Méthodes pour cultiver les CSPi sur cellules nourricières et en conditions
chimiquement définies.
Sélection
5 participants seront sélectionnés parmi les participants de la phase I en
fonction de leur projet sur 3 critères : faisabilité et avancement du projet,
pertinence du système des CSPi pour le projet, synergie du projet avec les
plateformes de dérivation déjà existantes.
The recent possibility to reprogram somatic cells into pluripotent stem cells
by simple overexpression of few pluripotency factors offers new opportunities
and a large number of applications in science and medicine. Indeed, induced
pluripotent stem cells (iPSCs) proliferate indefinitely in vitro while maintaining
the capacity to differentiate into a broad number of functional cells type. Most
importantly, iPSCs can be used to generate immuno-compatible cell type for
cell base therapy thereby avoiding the use of immune suppressive treatment.
iPSCs have also more immediate applications which consist in modelling in
vitro genetic complex disease for basic studies and drug screening. However,
iPSCs present new challenges which limit their wider utilisation. Indeed,
iPSCs derivation requires specific skills in genetic modification and in
pluripotent stem cells manipulations which can be difficult to acquire.
Furthermore, generating mature and functional cell type form iPSCs remain a
major issue. Finally, iPSCs technology is evolving extremely fast which renders
difficult the identification of robust and efficient methods. During this
Inserm workshop, we will aim at providing the expertise necessary to develop
project with iPSCs. We will present and discuss the latest technical progress
in iPSCs derivation and differentiation. In addition, basic notions concerning
epigenetic reprogramming will also be included to determine the drawback
and advantages of iPSCs. Finally, ethical issues and intellectual property
questions will be examined and existing core facilities for iPSCs derivation will
be presented. Overall, the objective of this workshop is to provide the basic
knowledge necessary to generate, to use and to validate iPSCs in pre-clinical in
vivo models and in vitro disease modelling.
Audience
Scientists, physicians, pharmD, technicians, engineers, students and postdocs from academic laboratories, pharmaceutics, biotechnology and private
companies interested by basic research in human stem cells, cell production for
clinical applications and in vitro modelling of human diseases.
Programme
1. iPSCs derivation and technical strategies.
2. Reprogramming - Nuclear somatic transfer.
3. iPSCs differentiation and therapeutic models.
4. Round table: ethical issues, regulation and patents of iPSCs.
October 11-13, 2010
Programme
1. Derivation of human iPSCs (Retroviral transduction (theorical), splitting
and amplification).
2. Methods of characterization of human iPSCs (Immunofluorescence,
FACS analysis, mRNA transgene quantification, expression of endogenous /
exogenous transcripts, in vitro and in vivo differentiation).
3. Methods of iPSCs culture on feeders and defined medium.
Selection
5 participants will be selected for further practical training among the phase
I participants by at least three criteria: feasibility and advancement of the
project, rationale for using iPSCs in the project, synergistic collaboration with
the existed iPSCs core facilities.
Simone Bateman (Paris, France), Christopher Baum (Hanover, Germany), Annelise Bennaceur-Griscelli (Paris, France), Laure Coulombel (Villejuif, France),
Laurence Daheron (Boston, USA), Chris Denning (Nottingham, UK), Sheng Ding (San Diego, USA), Niels Geijsen (Boston, USA), Mathilde Girard (Evry,
France), Jérôme Julien (Cambridge, UK), Keisuke Kaji (Edinburgh, UK), José Maria Polo (Boston, USA), Jean-Paul Renard (Jouy-en-Josas, France),
Sridharan Rupa (California, USA), José Silva (Cambridge, UK), Alexandre Simon (Paris, France), Ludovic Vallier (Cambridge, UK).
Date limite d'inscription : 19 février 2010 • Registration deadline: February 19, 2010
Organisateurs / Organizers: Christine Brun (TAGC, Marseille), Jérôme Reboul (IPC, Marseille), Nicolas Thierry-Mieg (TIMC-IMAG, Grenoble)
Interactomique : à la croisée des chemins
entre biologie et bioinformatique
Interactomics: at the crossroads of biology
and bioinformatics
30 mars - 1er avril 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
March 30- April 1st, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Les protéines agissent rarement seules mais interagissent avec d’autres macromolécules
afin d’assurer leurs fonctions. Ainsi, les interactions protéine-protéine jouent un rôle
essentiel dans la plupart des processus biologiques. Des approches systématiques d’identification ont été développées depuis quelques années, notamment cribles double-hybride
(Y2H) ou purification de complexes protéiques suivie d’identification par spectrométrie
de masse (AP-MS). Celles-ci ont permis d’établir des réseaux complexes d’interactions
entre protéines pour divers organismes modèles. Le déchiffrage de ces réseaux et leur
étude sont en train de modifier notre perception des mécanismes gouvernant le fonctionnement de la cellule en fournissant une vision intégrée des processus biologiques.
Cependant, leur complexité les rend difficiles à appréhender et à utiliser par le biologiste
expérimental. Les principales difficultés rencontrées sont classiquement d’ordre méthodologique et technique (exemple : connaissance et manipulation des outils bioinformatiques) mais sont également et surtout dues à la modification de raisonnement et à la
reformulation des questions biologiques que nécessite l’approche systémique.
Les réseaux d’interactions protéine-protéine constituant une source d’information biologique très riche et sous-exploitée, nous chercherons au cours de cet atelier à présenter aux
biologistes expérimentaux les principaux enjeux de l’étude des interactomes. En effet, une
meilleure connaissance des démarches, des interrogations et des solutions apportées par
les groupes participant à la cartographie et à l’analyse des interactomes devrait faciliter
l’utilisation de la ressource.
Public
Chercheurs, médecins, post-docs, techniciens, ingénieurs et étudiants intéressés par
l’approche interactome et l’analyse des données existantes au profit de leur propre sujet
de recherche.
Programme
1) Méthodes d’identification d’interaction protéine-protéine à grande échelle, validation
des données obtenues, estimation de la qualité des données.
2) Bases de données d’interactions : provenance des données, standards, soumission
directe.
3) Analyse topologique et fonctionnelle des réseaux protéine-protéine : méthodes et outils
bioinformatiques.
4) Application à des questions biologiques : gènes candidats, signalisation, relation hôtepathogène, développement, évolution.
Mai 2010 • Marseille
Programme
Au cours de la phase pratique, les participants apprendront à utiliser les outils bioinformatiques
existants pour extraire des informations fonctionnelles à partir des données de protéomique
(principalement interactions moléculaires) publiquement disponibles. Cette phase pratique
s’adressera conjointement à deux sous-groupes de participants, selon le niveau initial en
informatique. Les uns travailleront directement sur internet avec les outils disponibles en ligne,
tandis que les autres téléchargeront divers jeux de données publiques puis les analyseront sur une
station de travail locale. Cette seconde approche apporte plus de souplesse, mais nécessite une
familiarité préalable avec l’environnement de travail GNU/linux.
Spécifiquement, les participants apprendront de manière pratique à :
- explorer et/ou construire le réseau des interactions protéine-protéine connues au voisinage de leur
protéine préférée (ou impliquées dans un processus donné, ou...),
- visualiser et analyser ce réseau.
L’objectif final est de permettre aux participants d’étudier leurs propres résultats expérimentaux à
la lumière des interactions biomoléculaires déjà connues..
Proteins rarely act alone: they often interact with other macromolecules in order to
accomplish their functions. Protein-protein interactions are therefore critical to most
biological processes. Systematic approaches for identifying them have been developped
over the years, such as yeast two-hybrid (Y2H) or affinity purification-mass spectrometry
(AP-MS). These methods have enabled the mapping of complex interaction networks in
various model organisms, which are profoundly modifying our understanding of cellular
mechanisms by providing us with an integrated view of biological processes. However,
due to their complexity, such networks can be intimidating and difficult to take advantage of by hypothesis-driven experimental biologists. The main difficulties are typically
methodological and technical (for example knowledge and application of bioinformatics
tools), but also and more fundamentally they stem from the changes in reasoning required by the systems biology approach.
Protein-protein interaction networks being a very rich but neglected source of information, the workshop will present the main strengths and challenges in producing and
using this data. Indeed, a better understanding of the processes, questions and solutions
proposed by labs that produce and analyze interactomics data should facilitate its general
use.
Audience
Researchers, physicians, post-docs, technicians, engineers and students interested in the
interactome approach and the analysis of existing protein-protein interaction data, in
order to benefit to their own research projects.
Programme
1) Identifying protein-protein interactions: high-throughput methods, validation of
results, quality assessment.
2) Protein-Protein interaction databases: contents, standards, direct submissions.
3) Topological and functional analysis of protein-protein interaction networks: methods
and tools.
4) Application to biological questions: candidate genes, signaling, host-pathogen interactions, development, evolution.
May 2010 • Marseille
Programme
Participants will learn to use existing tools for extracting functional information from
publicly available molecular interaction data. The course is aimed at two subgroups of
participants, depending on their computer skills. One subgroup will work essentially
online using available web tools, while the other will download public datasets and analyse them locally on their workstation. The latter approach is more flexible but requires
prior familiarity with GNU/linux.
Specifically, participants will learn through hands-on experimentation to:
- explore and/or construct the protein-protein interaction network in the neighborhood
of their favorite protein (or involved in a given process, or...),
- visualize and analyze this network.
The goal is to enable the participants to study their own results in the light of previously
known biomolecular interactions.
Selection
15 participants will be selected from the participants phase I.
Sélection
15 participants seront sélectionnées parmi les participants de la phase I.
Javier De Las Rivas (Salamanca, Spain), Etienne Formstecher (Paris, France), Anne-Claude Gavin (Heidelberg, Germany), Kristin Gunsalus (New York, USA), Henning
Hermjakob (Hinxton, UK), Carl Hermann (Marseille, France), Vincent Lotteau (Lyon, France), Fabio Piano (New York, USA), Evelyne Goillot (Lyon, France), Jolanta
Polanowska (Marseille, France), Sylvie Ricard-Blum (Lyon, France), Benno Schwikowski (Paris, France), Jacques Van Helden (Bruxelles, Belgium), Marc Vidal (Boston, USA).
Date limite d'inscription : 29 janvier 2010 • Registration deadline: January 29, 2010
Organisateurs / Organizers: Maria Miteva (Inserm UMR-S 973, Université Paris Diderot), Véronique Stoven (Inserm U900, Institut Curie),
Bruno Villoutreix (Inserm UMR-S 973, Université Paris Diderot)
Recherche in silico de sondes pharmacologiques et candidats médicaments :
succès et défis
In silico discovery of molecular probes
and drug-like compounds: success &
challenges
23-25 mars 2010 • Saint-Raphaël
Objectifs
March 23-25, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Public
Audience
Les méthodes in silico jouent un rôle important dans la recherche biomédicale
actuelle. Les approches in silico ont été utilisées pendant de nombreuses
années pour faciliter la recherche de molécules actives, mais un rapport récent
montre que ces outils peuvent aussi aider à la découverte de médicaments.
De nombreux exemples de molécules touches (« hits ») inhibant des enzymes
ou bloquant des interactions macromoléculaires identifiées par criblage virtuel
ont été publiés. L’objectif de l’atelier est d’introduire les méthodes in silico
« ligand-based » et « structure-based » actuellement utilisées et de présenter
des exemples d’applications de ces méthodes à la découverte de touches
innovantes. Ainsi, cet atelier présentera à la fois les aspects théoriques des
méthodes existantes et des nouvelles approches et des exemples d’applications
sur des cibles thérapeutiques pertinentes. Il montrera aux participants
comment de telles méthodes in silico combinées aux approches expérimentales
peuvent aider à la découverte rapide et à coûts réduits de nouvelles molécules
innovantes. Cet atelier va permettre d’adopter un langage commun (biologiechémoinformatique) et facilitera la mise en place de collaborations entre les
chémoinformaticiens et les biologistes.
Une large audience scientifique académique ou industrielle (chercheurs,
ingénieurs, post-doctorants et doctorants) intéressée par la découverte
de molécules bioactives « drug-like » ou de sondes chimiques :
bio/chémoinformaticiens ; chercheurs biologistes et chimistes : le but est
de présenter les méthodologies in silico qui aideront à réaliser (ou initier)
des projets à l’interface chimie-biologie axés sur la conception de nouvelles
molécules touches.
Programme
1. Criblage virtuel basé sur la structure de récepteur : les méthodes existantes
et les nouveaux concepts.
2. Recherche de molécules touches par des méthodes basées sur la structure de
ligands connus.
3. « Success stories » : couplage des approches in silico-in vitro pour la
découverte de nouvelles molécules d’intérêt pharmacologique.
4. Valorisation : transfert de technologies et brevets ; plateformes de criblage
en France.
La 4e journée annuelle nationale en chémoinformatique organisée par la
Société Française de Chémoinformatique se tiendra le 26 mars 2010 à SaintRaphaël (informations supplémentaires sur :
http://www.chemoinformatique.fr/modules/smartsection/item.php?itemid=32)
8-10 novembre 2010 • MTI, Inserm UMR-S 973, Université
Paris Diderot
Programme
Travaux pratiques sur ordinateur, visant à l’introduction des outils permettant :
A. Préparation de chimiothèques des petits composés (pour tous les
participants), prédiction de certaines propriétés ADME-Tox ; génération et
optimisation de structures 3D.
B. Criblage virtuel basé sur la structure du récepteur.
C. Criblage virtuel basé sur des ligands connus.
Chaque participant choisira entre le stage B ou C selon ses projets.
Sélection
In silico methods play an important role in modern biomedical research. While
in silico approaches have been used for many years to facilitate the development
of bioactive molecules, recent reports demonstrate their successful application
for discovery of new drugs. Numerous examples of hit molecules inhibiting enzymes or blocking macromolecular interactions identified by virtual
screening have been reported. The objective of the workshop is to get a clear
understanding of commonly used in silico ligand-based and structure-based
virtual screening methods and to master these techniques as well as to present
applications ot these methodology for discovery of innovative molecule hits.
Hence, the workshop will present at the same time the theoretical methods,
existing or under development, as well as recent success stories including hit
discovery and lead optimization on important therapeutic targets. It will be
demonstrated how in silico approaches can assist the classical experimental
methods for discovery of novel compound hits more rapidly with reduced
costs. This workshop will permit to adopt a common language (biology-chemoinformatics) and to facilitate creating new collaborations between biologists
and chemoinformatics scientists.
A large scientific audience working in academic or industrial research units
(researchers, post-docs and students) and interested in the discovery of druglike bioactive or molecular probes: bio/chemoinformatics scientists; biomedical
scientists, biologists and chemists: to introduce the different methods that will
help to complete (or to initiate new) chemical biology projects with the goal of
designing new hit molecules.
Programme
1. Stucture based virtual screening: existing methods and novel concepts
2. Ligand-based lead discovery.
3. ‘Success stories’ of combination of in silico-in vitro approaches to discover
new hit molecules.
4. Valorization: technology transfer and patents; screening platforms in
France.
The 4th annual national day in chemoinformatics will be organized by the
French Society of Chemoinformatics on March 26, 2010 in Saint-Raphaël
(for additional information see:
http://www.chemoinformatique.fr/modules/smartsection/item.php?itemid=32)
November 8-10, 2010 • MTI, Inserm UMR-S 973, Université
Paris Diderot
Programme
Computer sessions introducing tools for:
A.Preparation of libraries of chemical compounds (for all participants):
prediction of ADME-Tox properties of drug-like molecules; generation and
optimization of 3D structures.
B. Structure based virtual screening.
C. Ligand-based virtual screening.
Participants will choose between the training course B or C depending on
their projects.
Selection
15 trainees will be selected from the participants phase I.
Ruben Abagyan (La Jolla, USA), Andreas Bender (Leiden, The Netherlands), John Hickmann (Paris, France), Denise Hirsch (Paris, France), Richard Jackson (Leeds, UK),
Gerard Kleywegt (Cambridge, UK), Bernard Maigret (Nancy, France), Maria Miteva (Paris, France), Xavier Morelli (Marseille, France), Stefano Moro (Padova, Italy),
Olivier Sperandio (Paris, France), Jean-Philippe Vert (Paris, France).
Date limite d'inscription : 25 Janvier 2010 • Registration deadline: January 25, 2010
Tel. 33 (0) 1 44 23 62 04 • Fax 33 (0) 1 44 23 62 93 • [email protected] • www.inserm.fr
Organisateurs / Organizers: Els Verhoeyen (Inserm U758, ENS Lyon), Tuan Nguyen (Inserm U948, Nantes), Emmanuel Payen (Inserm U692, CEA, Fontenay-aux-Roses)
Vecteurs lentiviraux : outils pour la
recherche fondamentale et thérapeutique
Lentiviral vectors: tools for fundamental
and clinical research
Objectifs
March 3-5, 2010 • Saint-Raphaël
Aims
Les vecteurs lentiviraux sont des outils moléculaires puissants, permettant de transférer
de manière stable et efficace une séquence nucléique (gène, ADNc, Sh/miARN) non
seulement dans des lignées cellulaires mais aussi et surtout dans des cellules primaires
difficilement transfectables comme le sont les cellules souches. Ce système de transfert
est utilisé dans de nombreux domaines de recherche fondamental ou clinique. Les applications sont multiples et l’utilisation de ces vecteurs s’est progressivement étendue aux
champs de la thérapie génique, de l’immunothérapie, de la vaccinologie, de la transgenèse et de la virologie. Dix ans seulement après leur description, les vecteurs lentiviraux
sont entrés en phase clinique dans trois essais de phase I/II, tous localisés en France. Les
résultats préliminaires sont déjà prometteurs, notamment pour le traitement de l’adrénoleucodystrophie et des hémoglobinopathies.
L’atelier a pour objectif de donner les notions de base nécessaires à la compréhension de
la vectorologie lentivirale et de faire le point sur les améliorations apportées ces dernières années ainsi que sur les applications potentielles, que ce soit dans les domaines de
la recherche fondamentale, appliquée ou clinique. Plusieurs thèmes seront abordés dont
la conception et la production des vecteurs mais aussi les risques et exigences liés à leur
manipulation.
Public
Chercheurs en biologie, techniciens, ingénieurs, étudiants doctorants et post-doctorants
du milieu académique et des secteurs pharmaceutiques et biotechnologiques privés. Toute
personne qui souhaite découvrir un outil performant de transfert de gène, approfondir
ses connaissances, produire ou faire produire un vecteur lentiviral ou qui veut développer
un projet incluant l’utilisation de ces vecteurs.
Les conférences et les supports de présentation seront en anglais.
Programme
La première partie sera consacrée à l’acquisition des notions de base de la technologie
lentivirale. Nous donnerons ensuite des informations détaillées et précises sur les types de
vecteurs décrits (origine animale, pseudotypage), sur leur mode de production et de titration
ainsi que sur les méthodes de contrôle qualité (détection des particules recombinantes).
Une partie importante du programme sera consacrée à la description des utilisations
possibles des vecteurs lentiviraux en recherche fondamentale. Nous aborderons plusieurs
thématiques dont la transgenèse et la répression de l’expression génique (Sh/miARN).
Nous présenterons par ailleurs les avancées les plus récentes intéressant la recherche
appliquée dont celles concernant l’intégration ciblée, les vecteurs défectifs pour
l’intégration et l’immunothérapie. Enfin, nous discuterons de l’essai clinique visant à
traiter l’adrénoleucodystrophie par transplantation de cellules souches hématopoïétiques
modifiées avec un vecteur lentiviral.
Une session de poster permettra aux participants d’expliquer leur intérêt pour la
technologie lentivirale et de discuter avec les participants, les organisateurs et les
orateurs/experts dans le domaine. Une table ronde, organisée autour du thème « vecteurs
lentiviraux, concepts et réalité », permettra d’approfondir les sujets sur lesquels les
participants souhaitent avoir de plus amples informations. Enfin, nous ferons le point
sur les plateformes de production disponibles en France et nous discuterons des aspects
législatifs et éthiques.
8-12 mars 2010 • EVIR (Dr Cosset), U758, Human Virology,
ENS de Lyon, Lyon
Programme
Le stage pratique a pour objectif de permettre aux participants de maîtriser l’aspect production
des vecteurs lentiviraux dérivés du VIH-1 et pseudotypés avec la protéine d’enveloppe VSV-G.
Au cours de ce stage, les cellules productrices seront préparées, transfectées et le surnageant
viral sera récolté. Les participants apprendront à purifier les vecteurs par chromatographie, à
les concentrer par ultracentrifugation et à les titrer par différentes méthodes (PCR quantitative,
cytométrie, tests immunologiques). A toutes les étapes, nous mettrons l’accent sur les aspects de
biosécurité de la manipulation des vecteurs lentiviraux.
Lentiviral vectors have become essential research tools since they allow stable and efficient integration of DNA sequences (mutant genes, cDNA, Sh/miRNA) into cell lines and
more importantly into primary cells such as stem cells and lymphocytes for which transfection is very inefficient. These highly efficient gene transfer tools are now broadly used
in several domains of fundamental and clinical research. Applications are multiple and
they are exploited for gene therapy, immunotherapy, vaccine development, transgenesis,
and virology,. Indeed, only ten years after they were described, three phase I/II clinical
trial using lentiviral vectors in France were launched and exciting preliminary data from
the clinical trial for treatment of adrenoleukodystropy and hemoglobinopathies have
been reported.
The specific aims of this workshop are to introduce to the participants the basics of lentiviral vector technology and give them an overview of the rapid evolution of this ‘state
of the art technology’ and its applications. Furthermore, we will address several aspects
such as vector design, vector production, important safety concerns in handling these
vectors, and possible applications in fundamental, applied and clinical research.
Audience
Researchers, post-docs and PhD students, biotechnical engineers for academic or pharmaceutical research. Anyone who wants to discover a new efficient tool for gene transfer,
to know more about lentiviral vector production, to use more facilities for production, or
want to develop a project using these vectors.
Presentations on the different topics will be given in English. Slides will be in English.
Programme
The first part of the workshop will address the basics of lentiviral vector technology. We
will give a comprehensive view on lentiviral vectors of different origins, their production,
titration and quality control (detection of recombinant vectors). We will focus on the use
of lentiviral vectors for fundamental research. We will address several applications using
lentiviral vectors such as targeted gene transfer, transgenesis and gene expression knockdown (Sh/miRNA). We will introduce lentiviral vector ‘state of the art technologies’
for applied research (targeted integration, integration-defective vector, immunotherapy).
Additionally, we will discuss the first clinical trial for treatment of adrenoleukodystrophy
relying on lentiviral hematopoietic based stem cell ex vivo gene transfer.
A poster session will allow the participants to explain their interest in lentiviral technology and permit an interactive discussion among participants, organizers and speakers/
pecialists in the field. Finally, a round table will be organized with the title ‘lentiviral
vector, concepts, practise and reality’ in which possibilities and limitations of lentiviral vector use and different production procedures will be discussed. Next to this, we
will give an overview of the different available lentiviral vector production platforms in
France, and legal and ethical aspects will be discussed.
March 8-12, 2010 • EVIR (Dr Cosset), U758, Human Virology,
ENS de Lyon, Lyon
Programme
The technical part will be devoted to the production of VSV-G glycoprotein pseudotyped
lentiviral vectors derived from HIV, including the preparation of producer cells, their
transfection and the harvest of the lentiviral vectors. The participants will learn how to
purify the vectors by chromatography and concentrate them by ultracentrifugation. All
these steps will be performed putting emphasis on important safety concerns in handling
lentiviral vectors. Furthermore, they will learn how to determine the infectious titers of
these vectors by qPCR, FACS and ELISA.
Selection
8 trainees will be selected from the participants phase I.
Sélection
8 personnes seront sélectionnées parmi les participants de la phase I.
Ali Saïb (Paris, France), Muriel Audit (Evry, France), Jean-Christophe Pagès (Tours, France), Didier Nègre (Lyon, France), Axel Schambach (Hannover, Germany), Els Verhoeyen/François-Loïc Cosset (Lyon, France), Didier Trono (Lausanne, Switzerland), Anne Galy (Evry, France), Luigi Naldini (Turino, Italy), Rafael Yanez-Munoz (London, UK), Mary Collins (London, UK), Tuan Nguyen (Nantes, France), Natalie Cartier (Paris, France).
Date limite d'inscription : 8 janvier 2010 • Registration deadline: January 8, 2010
Organisateurs / Organizers: Frédéric Bantignies (IGH, Montpellier), Angela Taddei (Institut Curie, Paris)
Organisation fonctionnelle du génome
dans le noyau : des techniques moléculaires
aux approches in vivo
Functional organization of genomes in the
nucleus: from molecular to in vivo approaches
19-21 Octobre 2009
Objectifs
October 19-21,2009
Aims
Les chromosomes sont organisés en trois dimensions dans l'espace nucléaire
des cellules eucaryotes et cette organisation contribue à la régulation des
différentes fonctions du génome. Cette organisation spécifique met en jeu des
interactions multiples entre les éléments géniques, des sub-structures nucléaires
et des protéines régulatrices, ainsi que des contacts à longue distance entre
différentes régions génomiques. Des travaux récents ont montré l'importance
de ces interactions pour coordonner l'expression de certains gènes. En outre,
l'organisation tridimensionnelle du génome peut également influencer d'autres
processus nucléaires fondamentaux comme la réplication, la réparation des
dommages de l'ADN ou la recombinaison, et avoir des implications sur des
réarrangements chromosomiques, qui sont observés dans de nombreux cancers.
Il est donc fondamental de caractériser cette organisation afin de pouvoir en
étudier les conséquences fonctionnelles.
Les objectifs de cet atelier seront de couvrir les techniques majeures et innovantes
qui permettent actuellement d'appréhender l'organisation des génomes au
sein des noyaux cellulaires. Trois types de méthodes complémentaires seront
discutés : 1) des approches moléculaires avec les techniques très récentes de
« 3C » (Capturing Chromosome Conformation) et ses dérivés (« 4C », « 5C »,
« ChIP-loop assay »), qui permettent d'identifier les interactions géniques à haute
résolution et à large échelle ; 2) les approches cytologiques avec les dernières
avancées de l'ADN et de l'ARN FISH, pour visualiser ces interactions sur tissus
fixés ; 3) des approches in vivo avec les techniques d' « étiquetage de gènes » ou
d'« ARNs », qui permettent d'aborder la dynamique de ces interactions.
Public
Chercheurs, ingénieurs, post-doctorants et doctorants travaillant sur la
régulation génique et l’organisation tridimensionnelle des génomes eucaryotes.
Cet atelier est également ouvert à des chercheurs, médecins et pharmaciens
travaillant sur des thèmes de recherche plus appliqués.
Programme
1. Les aspects moléculaires de l’organisation nucléaire des génomes : « 3C » et
ses dérivés (« 4C », « 5C », « ChIP-loop assay »), « DamID ».
2. Les aspects cytologiques : ADN-FISH et ARN-FISH et les nouvelles
améliorations de ces techniques comme l’Immuno/FISH, l’ADN/ARN FISH et
le TISH (Triple Helix FISH).
3. Les aspects dynamiques : « étiquetage de gènes » ou « ARNs », techniques
qui permettent l’observation des gènes ou de leurs transcrits dans les cellules
vivantes.
Automne/Hiver 2009 • Paris / Montpellier
Programme
Plusieurs stages concernant les diverses approches de l’organisation nucléaire
seront proposés :
- deux stages traitant des techniques moléculaires du 3C et du 4C, et leur
analyse (Montpellier et Utrecht, Pays-Bas)
- un stage traitant des techniques cytologiques de l’Immuno-DNA FISH et de
l’Immuno-RNA FISH, et leurs analyses dans les cellules fixées (Montpellier).
- un stage traitant d'étiquetage fluorescent des gènes et des ARNs et leurs
observations dans des cellules vivantes (Paris)
Chromosomes are organized in the 3D nuclear space of eukaryotic cells and
this organization plays a role in the regulation of genome function. This specific organization involves multiple interactions between genomic sequences,
nuclear sub-structures and regulatory proteins. It also involves long-range
contacts between genomic elements. Recent studies have revealed that these
interactions are important for the coordination of gene expression. These
interactions can also influence other fundamental nuclear processes such as
replication, DNA damage repair and recombination, and have consequences
for chromosomal rearrangements, which are observed in many cancers. It is
therefore important to characterize this nuclear architecture to study its functionnal consequence.
The aim of the workshop is to cover the main advances in techniques that
allow the study of genome organization. Three complementary aspects
will be explored: 1) a molecular aspect with the "3 C" method ("Capturing
Chromosome Conformation") and its extension to 4C and other high-throughput methods which allow screening of the entire genome for DNA sequences
that interact with each other in the nuclear space; 2) a cytological aspect with
the latest advances in DNA and RNA FISH, to visualize these interactions in
fixed tissues; 3) an in vivo aspect on living cells with the "gene tagging" and
"mRNA tagging" technologies, which allow the study of the dynamics of these
interactions.
Audience
Researchers, technicians, post-docs and students interested in gene regulation
and in the 3D organization of eukaryotic genomes. This workshop is also open
to researchers from pharmaceutical companies.
Programme
1. Molecular aspects of the nuclear organization of genomes: the "3C" technology and its derivatives ("4C", "5C", "ChIP-loop assay"), "DamID".
2. Cytological aspects: DNA-FISH and RNA-FISH and their latest advances,
such as Immuno/FISH, DNA/RNA FISH, and TISH (Triple-Helix FISH).
3. In vivo aspects: "gene tagging" and "mRNA tagging", which allow the visualization of the gene and their transcripts in living cells.
Autumn/Winter 2009 • Paris/Montpellier
Programme
Several practical courses will be scheduled:
- two on the molecular aspect with 3C and 4C, and their analysis (Montpellier,
France and Utrecht, The Netherlands)
- one on the cytological aspect with Immuno/DNA FISH and Immuno/RNA
FISH, and their analysis in fixed cells (Montpellier)
- one on the in vivo aspect with the fluorescent labeling of genes or RNA and
their observation in living cells (Paris)
Selection
12 to 16 participants will be selected among the participants of phase I.
Sélection
12 à 16 participants seront sélectionnés parmi les participants de la phase I.
Geneviève Almouzni (Paris, France), Giacomo Cavalli (Montpellier, France), Xavier Darzacq (Paris, France), Job Dekker (Worcester, USA), Wouter de Laat
(Utrecht, The Netherlands), Christophe Escudé (Paris, France), Thierry Forné (Montpellier, France), Susan Gasser (Basel, Switzerland), Edith Heard (Paris,
France) Terumi Kohwi-Shigematsu (Berkeley, USA), Rolf Ohlsson (Uppsala, Sweden), Yijun Ruan (Singapore, Singapore), Remi Terranova (Basel, Switzerland), Bas Tolhuis (Amsterdam, The Netherlands), Bas van Steensel (Amsterdam, The Netherlands).
Date limite d'inscription : 31 Juillet 2009 • Registration deadline: July 31, 2009
Organisateurs / Organizers: Béatrice Desgranges (Inserm, U923, Caen), Francis Eustache (Inserm, U923, Caen), Bernard Laurent (Hôpital de Bellevue,
Saint-Etienne)
La mémoire humaine et sa pathologie :
approche multidisciplinaire
Human memory and its impairment: multidisciplinary approach
7-9 Octobre 2009
Objectifs
October 7-9,2009
Aims
L'objectif de cet atelier est de donner une vue d'ensemble des différents
champs de recherche dans le domaine de la mémoire et des pathologies de
la mémoire. La connaissance du fonctionnement de la mémoire chez le sujet
sain, objet d'étude en soi, est également indispensable pour bien comprendre
ses dysfonctionnements. La partie théorique de l'atelier abordera les modèles
de mémoire, les liens entre mémoire et identité, entre mémoire et émotion, le
rôle du sommeil sur la consolidation mnésique, les troubles de mémoire dans
les pathologies dégénératives et en psychopathologie, les régions cérébrales
impliquées dans le fonctionnement normal et pathologique de la mémoire, la
prise en charge de ces troubles, la mémoire chez l'animal. Une mise au point
sur toutes ces notions intéressera nombre de cliniciens et de chercheurs et sera
effectuée par les meilleurs spécialistes des différents domaines, notamment la
neuropsychologie, la psychopathologie, l'imagerie cérébrale.
Public
Tous les scientifiques et personnels médicaux et paramédicaux impliqués dans
la recherche sur les pathologies de la mémoire.
Les conférences seront données en français.
Programme
La première partie, « mémoire et pathologie », présentera les modèles récents de
mémoire et les troubles de différents systèmes de mémoire dans les syndromes
amnésiques organiques et les amnésies psychogènes, dans différentes maladies
dégénératives et psychiatriques. Un exposé sera consacré à la prise en charge
des troubles de la mémoire, un autre, la mémoire de l’animal. Le soir, des films
sur la mémoire et ses troubles seront présentés et donneront lieu à un débat.
La deuxième partie, « mémoire et imagerie cérébrale », abordera des résultats
récemment obtenus en imagerie cérébrale dans le domaine de la mémoire et de
l’apprentissage chez le sujet sain, les liens entre sommeil et mémoire, ainsi que
des données d’imagerie morphologique et fonctionnelle dans le vieillissement
normal et pathologique.
Automne 2009
Programme
1 Initiation à la neuropsychologie de la mémoire en consultation mémoire :
CHU Saint-Etienne (responsable Catherine Thomas-Antérion) ou CHU de
Marseille (responsable Mathieu Ceccaldi).
2 Initiation à la recherche sur la mémoire en neuropsychologie et imagerie
cérébrale :
Unité Inserm U923, Caen (responsables Béatrice Desgranges et Francis Eustache)
ou Centre de Neuroimagerie de recherche - CENIR, Paris (responsables Eric
Bardinet et Stéphane Léhéricy).
3 Initiation à l’épidémiologie et à la prise en charge dans le domaine de la
maladie d’Alzheimer :
Centre de recherche Epidémiologie et Biostatistique, Inserm U 897, Bordeaux
(responsable Héléne Amiéva).
4 Initiation aux techniques comportementales et électrophysiologiques
utilisées dans le contexte des travaux sur la mémoire spatiale :
Laboratoire de Neurobiologie de la Cognition, UMR 6155, CNRS - Université
de Provence, Aix-Marseille (responsable Bruno Poucet).
The purpose of this workshop is to provide an overview on the recent in the
field of human memory in healthy subjects and patients suffering from degenerative cortical diseases (Alzheimer’s disease, frontotemporal dementia, semantic dementia), permanent or transient amnesic syndromes and other organic
and/or functional forms of amnesia. This workshop will address models of
memory, links between memory and identity, between memory and emotion,
the role of sleep in the consolidation, the cerebral bases of human memory and
its disorders, the revalidation of memory deficits, and memory in animals.
Audience
All scientists and professionnals who are involved in research on disorders of
memory disorders.
Lectures will be given in French.
Programme
The first part will present the main models of human memory and the memory
deficits in degenerative cortical diseases (Alzheimer’s disease, frontotemporal
dementia, semantic dementia) as well as in permanent or transient amnesic
syndromes and other organic and/or functional forms of amnesia. A talk will
also concern the revalidation of memory deficits. At last, the spatial memory
in animals will be raised. On the evening, movies will be presented and discussed. The second part will be dedicated to cerebral imaging in the field of
learning and memory in healthy young and elderly subjects and its patients
with cerebral diseases.
Autumn 2009
Programme
1 Neuropsychology of memory in clinical teams:
CHU Saint-Etienne (responsable Catherine Thomas- Antérion) or CHU de
marseille (responsable Mathieu Ceccaldi).
2 Research on neuropsychology and cerebral imaging:
Unité Inserm U923, Caen (responsables Béatrice Desgranges and Francis
Eustache) or Centre de Neuroimagerie de recherche - CENIR, Paris (responsables Eric Bardinet et Stéphane Léhéricy).
3 Epidemiology and revalidation of memory deficits in Alzheimer’s
disease:
Centre de recherche Epidémiologie et Biostatistique Inserm U897, Bordeaux
(responsable Hélène Amiéva).
4 Spatial memory in rodents:
Laboratoire de Neurobiologie de la Cognition, UMR 6155, CNRS -,Université
de Provence, Aix-Marseille (responsable Bruno Poucet).
Selection
20 candidates will be selected from the participants phase I.
Sélection
20 candidats répartis sur les différents sites proposés.
Hélène Amieva (Bordeaux, France), Sylvie Belleville (Montréal, Canada), Béatrice Desgranges (Caen, France), Julien Doyon (Montréal, Canada), Francis
Eustache (Caen, France), Bernard Laurent (Saint-Etienne, France), Stéphane Lehéricy (Paris, France), Pascale Piolino (Caen/Paris, France), Michel Poncet
(Marseille, France), Bruno Poucet (Marseille, France), Géraldine Rauchs (Caen, France), Catherine Thomas-Antérion (Saint-Etienne, France), Julie Snowden
(Manchester, UK), Martial van der Linden (Geneva, Switzerland).
Organisateurs / Organizers: Nadine Andrieu (Inserm U900, Paris), Michel Chavance (Inserm U780, Villejuif), Pascal Wild (Nancy).
Protocoles récents en épidémiologie
30 septembre - 2 octobre 2009
Objectifs
Présenter de nouveaux schémas d'enquêtes épidémiologiques développés ces
dernières années : études limitées aux cas et plans d'échantillonnage complexe
optimisés, expliquer les modèles d'analyse à mettre en oeuvre.
Public
Epidémiologistes particulièrement intéressés par les problèmes méthodologiques et biostatisticiens débutants ou confirmés. Chercheurs, ingénieurs ou
techniciens.
Programme
Etudes limitées aux cas : cas croisés, séries de cas. Double échantillonnage simple ou stratifié : cas-témoins emboîtés dans une cohorte, cas-cohorte, études en
deux phases et contre-appariement. Les exemples présentés concerneront en
particulier la pharmacoépidémiologie, l'épidémiologie du cancer, l'épidémiologie cardio-vasculaire, l'étude des interactions gène-environnement.
5-7 octobre 2009 • Villejuif
Programme
Présentation et discussion de programmes (SAS, STATA, R, ...) adaptés à l'analyse d'enquêtes réalisées selon des protocoles présentés en phase I. Analyse de
données fournies par les participants.
Sélection
12 participants seront retenus parmi les participants de la phase I. Deux critères
importants seront la disponibilité de données et l'expérience statistique.
Recent study designs in epidemiology
September 30 - October 2nd,2009
Aims
Introduce and discuss recent epidemiological designs with observation limited
to cases or with optimized complex sampling, present the statistical models
used for their analysis.
Audience
Epidemiologists particularly interested in methodological problems and
biostatisticians, at various levels. Researchers, engineers, technicians.
Programme
Limiting observations to cases: case-crossover and case series methods. Simple
or stratified double sampling: nested case-control and case-cohort studies,
two-phase studies and counter-matching. The examples will deal with pharmacoepidemiology, cancer and cardio-vascular epidemiology, studies of geneenvironment interactions.
October 5-7, 2009 • Villejuif (Paris)
Programme
Presentation and discussion of procedures (SAS, STATA, R, ...) suited to the
analysis of surveys performed according to these designs. Analysis of the participant's data.
Selection
12 trainees will be selected among phase I participants. Two important criteria
will be data availability and statistical experience.
Nadine Andrieu (Paris, France), Jonine Bernstein (Yale, USA), Norman Breslow (Seattle, USA), Michel Chavance (Villejuif, France), Paddy Farrington (Milton Keynes, UK), Mounia Hocine (Villejuif, France), Bryan Langholz (Los Angeles, USA), Thomas Lumley (Seattle, USA), Helena marti (Villejuif, France),
Walter Schill (Bremmen, Germany), Pascal Wild (Nancy, France).
Organisateurs / Organizers: Jean-Pierre Mazat (Inserm U688, Bordeaux), Vincent Procaccio (UMR CNRS 6214-Inserm U771, Angers), Pascal Reynier (Inserm U694, Angers)
Exploration métabolique et structurale des mitochondries en pathologie et perspectives thérapeutiques
Metabolic and structural exploration of mitochondria in
pathology and therapeutic perspectives
16-18 septembre 2009
• • Saint-Raphaël
September 16-18, 2009 • Saint-Raphael
Objectifs
Aims
Le métabolisme énergétique mitochondrial est affecté dans de nombreuses
maladies héréditaires et dans la plupart des pathologies dégénératives
communes. L'efficacité de la conversion énergétique est sous la dépendance de
multiples facteurs environnementaux et génétiques impliquant les génomes
mitochondriaux et nucléaires. Le métabolisme et la biogenèse mitochondriale
sont principalement régulés par des voies de signalisation tissu-spécifiques
impliquant des coactivateurs transcriptionnels et des déacétylases de la famille
des sirtuines. Le métabolisme énergétique est aussi étroitement influencé par la
structure des crêtes et du réseau mitochondrial, dont la plasticité résulte d'un
équilibre entre les mécanismes de fusion et de fission. L’objectif de cet atelier est
de faire le point sur les connaissances actuelles et sur les aspects techniques de
l'analyse mitochondriale dans des modèles physiopathologiques et expérimentaux. Différentes approches complémentaires permettant d'apprécier l'efficacité
de la conversion énergétique, les modifications structurales, les perturbations
des voies de régulation, les phénomènes d'instabilité de l'ADN mitochondrial et
les variations du protéome mitochondrial seront présentées. L'atelier permettra
aussi de faire le point sur les outils bioinformatiques spécifiquement adaptés
à la recherche sur les mitochondries et nous essaierons de définir les modèles
les plus pertinents pour l'étude des dysfonctions mitochondriales. Enfin, nous
aborderons les perspectives thérapeutiques et les nouvelles stratégies de ciblage
mitochondrial.
Public
Chercheurs, médecins, ingénieurs, postdoctorants et étudiants du milieu académique et du secteur industriel intéressés par l'exploration des fonctions métaboliques mitochondriales et par l'exploration de la plasticité mitochondriale.
Des bases de biochimie métabolique, de biologie cellulaire et moléculaire sont
souhaitées pour la phase II.
Programme
Après une introduction sur les pathologies mitochondriales héréditaires et les
dysfonctionnements mitochondriaux dans les maladies communes, cet atelier
fera le point sur les méthodes d'investigations mitochondriales avec notamment:
- Exploration de la structure et de la plasticité mitochondriale
- Explorations métaboliques et protéomiques
- Exploration des mutations et de l'instabilité de l'ADN mitochondrial
- Modèles d'études et perspectives thérapeutiques
- Mitochondrie et bioinformatique
21-23 septembre 2009 • Bordeaux / Angers
Programme
- Bordeaux: Modélisation du métabolisme mitochondrial. Utilisation d'un
ensemble d’outils logiciels faciles d’emploi pour effectuer des modélisations du
fonctionnement des réseaux métaboliques mitochondriaux et de leur régulation.
- Angers: Méthodes d'étude du métabolisme mitochondrial (polarographie,
enzymologie, BN page), de la structure mitochondriale (vidéomicroscopie, modélisation de la structure du réseau mitochondrial) et de l'ADN mitochondrial
(techniques d'analyse complète du génome mitochondrial).
Sélection
Mitochondrial energetic metabolism is affected in the course of numerous
genetic disorders and in a wide spectrum of common age-related diseases. The
efficiency of mitochondrial energy production is under the influence of several
environmental and genetic factors involving the mitochondrial and nuclear
genomes. Mitochondrial metabolism and biogenesis are mainly regulated by
tissue-specific signaling pathways through transcriptional co-activators and
deacetylases of the sirtuin family. Energy metabolism is also considerably
influenced by the structure of mitochondrial cristae and by the plasticity of the
mitochondrial network, which depend on the balance between the mechanisms
of fusion and fission. The main goal of this workshop is to provide participantswith an overview of the current state of mitochondrial research and to address
the technical aspects of mitochondrial analysis using experimental or pathophysiological models. Several complementary approaches will be presented for
evaluating the efficiency of mitochondrial energy production, structural modifications, disruption of regulatory pathways, mitochondrial DNA instability, and
variations of the mitochondrial proteome. We propose to review the bioinformatics tools specifically developed for mitochondrial research and examine the
most appropriate cellular or animal models to study mitochondrial dysfunction.
Finally, we shall discuss the perspectives of mitochondrial therapeutics and new
strategies of mitochondrial targeting.
Audience
Academic and industrial researchers, clinicians, engineers, doctoral and
post-doctoral students, interested about mitochondrial metabolic and structural analyses. Biochemistry, cellular and molecular biology backgrounds are
required for phase II.
Programme
After an extensive introduction about mitochondrial genetic diseases and
mitochondrial dysfunction in common diseases, this workshop will present
the most advanced mitochondrial techniques to study:
- Mitochondrial structure and dynamics in diseases
- Mitochondrial metabolism and proteomic
- Mitochondrial DNA mutations and mtDNA instability
- Mouse models and experimental approaches of mitochondrial therapeutics
- Mitochondrial databases and bioinformatics
September 21-23, 2009 • Bordeaux / Angers
Programme
- Bordeaux: The goal is to introduce to the different aspects of mitochondrial metabolism modelisation. A series of software tools will be used to model the structure
of the metabolic network and their regulation.
- Angers: This part will be devoted to the study of mitochondrial metabolism
(polarography, enzymology, BN page), mitochondrial structure (videomicroscopy,
mitochondrial network dynamics) and the different techniques for mitochondrial
DNA analysis.
Selection
5 trainees for each site will be selected among participants to phase I.
5 participants pour chaque site seront sélectionnés parmi les participants de la phase I.
Roderick Capaldi (Eugene, USA), Arnaud Chevrollier (Angers, France), Jean-Paul di Rago (Bordeaux, France), Chittibabu Guda (Rensselaer, USA), Marcia
Haigis (Boston, USA), Guy Lenaers (Montpellier, France), Anne Lombès (Paris, France), Carmen Mannella (Albany, USA), Jean-Pierre Mazat (Bordeaux,
France), Arnold Munnich (Paris, France), Vincent Procaccio (Angers, France), Thierry Rabilloud (Grenoble, France), Manuel Rojo (Bordeaux, France), Pierre
Rustin (Paris, France), Douglas Wallace (Irvine, USA).
Date limite d'inscription : 26 juin 2009 • Registration deadline: June 26, 2009
Organisateurs / Organizers: Olivier Coux (CRBM, Montpellier), Catherine Dargemont (Institut Jacques Monod, Paris)
Ubiquitine et protéines apparentées,
Protéasomes : fonctions et dysfonctions
Ubiquitin, ubiquitin-like proteins and
proteasomes: functions and dysfunctions
June 10-12,2009 • Saint-Raphael
Objectifs
Aims
Les objectifs majeurs de cet atelier sont d'une part de permettre aux participants
d'avoir un tour d'horizon sur l'état des connaissances actuelles dans le
domaine des protéines de type ubiquitine (Ubiquitin, SUMO, ISG15, Nedd8),
qu'il s'agisse des mécanismes de conjugaison et de déconjugaison, de leur
régulation, de la compréhension et de l'analyse du protéasome, de l'étude de
fonctions cellulaires contrôlées par ces modifications, et enfin de la description
de pathologies associées à ces modifications. Cet atelier doit par ailleurs offrir
un espace important de discussion entre conférenciers et participants, afin
que chaque participant puisse y trouver autant que possible des réponses à ses
problématiques.
The major goal of this workshop is to provide a state of the art overview of the
ubiquitin/Proteasome System (UPS) that has been proven over the past years
to play a major role in the control of most cellular functions. We will focus on
the mechanisms responsible for ubiquitin and ubiquitin-like (SUMO, Nedd8,
ISG15) conjugation/deconjugation, their regulation, the structure and roles
of the proteasome, as well as the roles of the UPS in normal and pathological
cellular states.
Public
Chercheurs, enseignants-chercheurs, chercheurs associés, cliniciens, doctorants, ingénieurs.
Programme
Les protéines de type ubiquitine (Ubiquitin, SUMO, ISG15, Nedd8) :
mécanismes de conjugaison et déconjugaison, domaines de liaison aux
protéines de type ubiquitine.
Protéasome : les différentes formes, les fonctions protéolytiques et autres
fonctions, régulation.
Fonctions des protéines de type ubiquitine.
Ubiquitine, protéasome et pathologies.
Octobre 2009 • Paris/Montpellier
Programme
Le but de cette phase II sera d'offrir aux participants la possibilité d'apprendre les techniques les plus fréquemment utilisées mais aussi les plus délicates
dans le domaine de l'Ubiquitine et du protéasome. En particulier, il s'agira de
les familiariser avec les approches d'analyse, d'identification et de caractérisation des protéines ubiquitylées, et les techniques d'analyse du protéasome. Un
point sera également fait sur les réactifs disponibles appropriés à leurs besoins.
Purification et caractérisation des protéines ubiquitylées.
Protéasome : purification et/ou analyse des activités.
Ubiquitylation in vitro.
Audience
This workshop is open to a large audience of scientists, PhD students,
engineers, physicians.
Programme
Ubiquitin and ubiquitin-like proteins (SUMO, ISG15, Nedd8): conjugation and
deconjugation mechanisms, ubiquitin binding domains.
Proteasome: proteolytic and other functions, regulation.
Functions of ubiquitin and ubiquitin-like proteins.
Ubiquitin, Proteasome and pathologies.
October 2009 • Paris/Montpellier
Programme
Purification and characterization of ubiquitylated proteins.
Proteasome: purification and activity measurement.
In vitro Ubiquitylation.
Selection
Maximum 6 participants will be selected among participants to phase I on the
basis of individual project..
Sélection
6 participants sélectionnés parmi les participants de la phase I sur la base de
projets personnels.
Olivier Coux (Montpellier, France), Catherine Dargemont (Paris, France), Mickaël Glickman (Haïfa, Israel), Fred Goldberg (Boston, USA), Ron Hay
(Dundee, UK), Jon Huibrebregtse (Austin, USA), Alain Israel (Paris, France), Stefan Jentsch (Munnich, Germany), Frauke Melchior (Göttingen, Germany),
Martin Scheffner (Constance, Germany), Thomas Sommer (Berlin, Germany), Keiji Tanaka (Tokyo, Japan), William Tansey (Cold Spring Harbor, USA),
Rosine Tsapis (Paris, France).
Date limite d'inscription : 27 mars 2009 • Registration deadline: March 27, 2009
Organisateurs / Organizers: Benoît Dubertret (ESPCI, Paris), Olivier Haeberle (Université de Haute Alsace, Mulhouse), Vincent Loriette (ESPCI, Paris)
Nouvelles techniques d'imagerie pour
la biologie : super-résolution et superlocalisation
Objectifs
Aujourd’hui peu d’équipes dans le monde maîtrisent les techniques optiques
de super résolution ou de super localisation. L’impact scientifique et l’intérêt
stratégique d’utiliser de tels outils, qui ouvrent la voie à l’étude de phénomènes
biologiques totalement inaccessibles il y a encore une décennie, est indéniable.
Certains de ces nouveaux outils sont aujourd’hui accessibles aux biologistes;
d’autres sont encore au stade du développement dans les laboratoires d’optique,
mais seront commercialisés avant les cinq prochaines années. La mise en œuvre
de ces systèmes d’imagerie est délicate et impose des contraintes particulières
de préparation d’échantillons et d’intégration. Comprendre le fonctionnement
de ces instruments est une étape indispensable pour arriver à tirer pleinement
profit de leur potentiel (super-résolution, localisation 3D, coupe optique plein
champ…).
Public
Utilisateurs de microscopes de fluorescence ; responsables de plateformes
d’imagerie ; développeurs d’instruments ou de logiciel de traitement d’images ; biologistes intéressés par les techniques d’imagerie permettant d’obtenir
une augmentation de la résolution ou de la localisation.
Programme
Cet atelier présentera les techniques les plus récentes, déjà commercialisées ou
encore en stade de développement en laboratoire ainsi que leur intégration:
1 - Microscopie super résolue
Les outils les plus performants (STED) et les plus ouverts (Illumination structurée) permettant éventuellement de réaliser des coupes optiques.
2 - Techniques de super localisation
Basées sur l’emploi de marqueurs spécifiques (PALM, STORM) ou utilisant des
méthodes purement optiques (imagerie multifocale).
3 - Intégration
Contrôle de l’illumination
Interface matériel/logiciel
Choix des sondes
Algorithmique liée à l’acquisition
Juillet 2009 • Paris / Bordeaux
Novel imaging techniques for biology:
super-resolution and super-localization
June 3-5,2009 • Saint-Raphael
Aims
Few laboratories presently develop or master super-resolution or super-localization techniques in optical microscopy. The scientific interest of these new
techniques is tremendous, opening the way to the investigation of biological
phenomena which were totally inaccessible ten years ago. Some of these new
tools are already available for biologists, while others are still under development in optical laboratories, but should be commercially available within the
next five years. Implementing such imaging systems is however not easy, and
imposes peculiar or new constraints for the preparation and handling of the
samples. Understanding the operation of these new instruments is a crucial
step in view of mastering the use and getting the best of their imaging capabilities (super-resolution, 3-D localization, tight full-field optical sectioning…).
Audience
Users of fluorescence microscopy techniques; persons in charge of imaging
platforms; developers of instruments; image processing specialists; biologists
interested in new instrumental techniques for high resolution and high precision imaging.
Programme
This workshop will present the most advanced microscopic imaging techniques, commercially available or still under developments in various laboratories, as well as their integration constraints:
1- Super-resolution techniques
The highest performances (STED) as well as more open techniques (structured
illumination), which permit optical sectioning
2- Super-localization techniques
Based on the use of specific labels (PALM, STORM), or using purely optical
approaches (multifocal imaging)
3- Integration
Control of the illumination
Hardware/Software integration
Choice of appropriate probes
Specific data processing
July 2009 • Paris/Bordeaux
Programme
Programme
Les objectifs de la partie pratique sont de sensibiliser les utilisateurs aux potentiels mais aussi aux difficultés de la microscopie super résolue.
La partie pratique visera à sensibiliser les participants aux possibilités et aux
limitations du système de super résolution commercial actuel le plus performant : le STED.
The goal of practical courses is to introduce end-users to the performances but
also to specific difficulties of super-resolution and super-localisation techniques.
In particular, the high performance, presently commercially available superresolving system (STED microscopy) will be presented, highlighting its possibilities but also potential limitations.
Sélection
Selection
8 trainees will be selected among participants to phase I.
Joerg Bewersdorf (The Jackson Laboratory, USA), Laurent Cognet (Bordeaux, France), Rainer Heintzmann (King’s College, UK), Lars Kastrup (Goettingen,
Germany), Jérôme Mertz (Boston University, USA), Mark Neil (Imperial College, UK), Raimund Ober (University of Texas, USA), Gleb Shtengel (Howard
Hughes Medical Institute, USA), Jean-Baptiste Sibarita (Paris, France), Jean-Luc Vonesch (Strasbourg, France), Tony Wilson (Oxford, UK).
Date limite d'inscription : 20 Avril 2009 • Registration deadline: April 20, 2009
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Organisateurs / Organizers: Joëlle Amédée (Inserm U577, Bordeaux), Jérôme Guicheux (Inserm U791, Nantes), Didier Letourneur (Inserm U698, Paris)
Ingénierie Tissulaire : étude des interfaces
cellule / tissu / matériau
Tissue engineering: study of the interfaces
materials/cells/tissues
27-29 mai 2009 • Saint-Raphaël
May 27-29,2009 • Saint-Raphael
Objectifs
Aims
La médecine régénératrice a pour objectif de restaurer les tissus et les activités
fonctionnelles des organes en utilisant le concept de l’Ingénierie Cellulaire et
Tissulaire. Ce concept intègre l'ensemble des technologies utilisant des cellules
vivantes et/ou des matériaux (synthétiques ou naturels) dans le but de reconstruire, régénérer ou remplacer la fonction de tissus ou d'organes déficients.
Ce concept dépasse ainsi largement les notions classiques de biomatériaux et de
biocompatibilité et requiert une très forte interdisciplinarité entre la physicochimie, la biologie du vivant et la clinique. L'objectif de cet atelier est de présenter à
un large public les bases de l'ingénierie tissulaire et cellulaire en faisant le point
sur les dernières avancées scientifiques et technologiques dans les domaines des
matériaux et de leurs interfaces avec les cellules et les tissus. Ce forum constitué
de chercheurs fondamentalistes, cliniciens et industriels permettra d'échanger
les points de vue sur les techniques de caractérisation physicochimiques et
moléculaires des interfaces cellules/tissus/matériaux et de dégager les intérêts et
limites des solutions thérapeutiques actuelles en ingénierie tissulaire.
Regenerative medicine aims to restore the functional activities of tissues and
organs by using the concept of cellular and tissue engineering. This concept
includes all the technologies that use living cells and / or materials (synthetic
or natural) in order to improve, regenerate or replace the impaired function
of tissues or organs. This concept largely exceeds the traditional concepts of
biocompatibility and requires a strong interdisciplinary work between physic,
chemistry, cell biology, material science, and clinic. The aim of this workshop
is to provide a broad public basis of cell and tissue engineering reporting on the
latest scientific and technological advances in the fields of materials and their
interfaces with the cells and tissues. The audience consists of basic researchers,
clinicians and engineers that will exchange their views on the advanced techniques of molecular and physicochemical characterization of the interfaces cells /
tissues / materials in an attempt to identify the advantages and the limits of the
current therapeutic solutions based on tissue engineering concepts.
Public
Academic and industrial researchers, clinicians, engineers and technicians,
doctoral and post-doctoral students, working in laboratories, hospitals or centers of investigations and regulation agency.
Chercheurs et enseignants-chercheurs, cliniciens, ingénieurs et techniciens,
doctorants et post-doctorants, travaillant dans les laboratoires de recherche, les
centres hospitaliers ou les centres d’investigations et de réglementations.
Programme
Les récents progrès dans le domaine des matériaux et cellules pour l'ingénierie
tissulaire seront présentés, en particulier, la biodégradabilité, la nanostructuration et la biofonctionnalisation des matériaux. Les méthodes de caractérisation physicochimiques et moléculaires des matériaux et de leur interface
avec les cellules et tissus feront l'objet d'une attention particulière. L'intérêt des
méthodes de culture cellulaire en conditions statiques et dynamiques ainsi que
les méthodes d'imagerie moderne seront également largement discutés. Enfin,
des exemples d'application dans les domaines de l'ingénierie de la peau, de l'os,
du cartilage et des vaisseaux seront présentés et également analysés au travers
d’une table ronde dédiée aux transferts des technologies depuis les laboratoires
jusqu'aux lits des patients.
2-4 septembre 2009 • Nantes
Programme
Lors de cette phase pratique, les outils de caractérisation physicochimiques et
moléculaires des interfaces matériaux/cellules/tissus seront privilégiés :
- Préparation et caractérisation physicochimiques de phosphate de calcium,
alliages de titane et hydrogels : rhéométrie, RX, microindentation, porosimétrie, profilométrie, microscopie électronique, et microscopie à force
atomique,
- Méthodes d'études interfaces cellules/matériaux : isolement et caractérisation
de cellules souches adultes, méthode d'ensemencement et de culture sur biomatériaux, adhésion cellulaire, organisation du cytosquelette en immunofluorescence, caractérisation phénotypique des cellules PCR en temps réel et analyse protéomique,
- Méthodes d'investigation de la relation tissu/matériaux : histologie (inclusion,
coupes, coloration), analyse de la réponse inflammatoire, méthode quantitative d'évaluation de la réparation tissulaire (microtomographie aux rayons X,
MEB...).
Audience
Programme
Recent progresses in the field of materials and cells for tissue engineering will
be presented. In particular, biodegradability, nanostructuration and biofonctionalization of materials will be discussed. The methods of physicochemical
and molecular characterization of materials and their interfaces with cells
and tissues will be investigated in detail. Methods of cell cultures in static and
dynamic conditions and relevant methods for cell imaging will be also widely
discussed. Finally, examples of applications in the field of skin, bone, cartilage
and vessels engineering will be presented and analyzed through a round table
dedicated to the transfer of technology from the bench to the bedside.
September 2-4, 2009 • Nantes
Programme
During this technical workshop, physicochemical and molecular tools for the
characterization of the interfaces materials / cells / tissues will be studied:
- Preparation and physicochemical characterizations of calcium phosphate,
titanium alloys and hydrogels: rheology, X-ray spectroscopy, microindentation, porosimetry, profilometry, scanning electron microscopy and atomic
force microscopy,
- Studies of the interfaces cells / materials: isolation and characterization of
adult stem cells, method of cell seeding on biomaterials, cell adhesion, organization of the cytoskeleton by immunofluorescence, phenotypic characterization of the cells by real-time PCR analysis and proteomic approach...,
- Investigation of the relationship tissues / materials: histology (embedding,
sections, staining), analysis of the inflammatory response, quantitative
method for the evaluation of tissue repair (X-ray micro CT, SEM, TEM, his
tomorphometry).
Selection
Sélection
Karine Anselme (Mulhouse, France), Mario Barbosa (Porto, Portugal), Odile Damour (Lyon, France), Nicolas L’Heureux (Novato, CA/USA), Laurent
Laganier (Mions, France), Patrice Laquerriere (Reims, France) Philippe Lavalle (Strasbourg, France) Didier Mainard (Nancy, France), Ivan Martin (Basel,
Switzerland), Josep A. Planell (Barcelona, Spain), Luc Sensebe (Tours, France), Clemens van Blitterswijk (Enschede, The Netherlands) Michel Vert (Montpellier, France), Pierre Weiss (Nantes, France).
Date limite d'inscription : 20 mars 2009 • Registration deadline: March 20, 2009
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Organisateurs / Organizers: Emmanuel Barillot (Inserm U900, Mines Paris Tech, Institut Curie, Paris), Yves Moreau (Université de Leuven, Belgique)
Polymorphisme et remaniements
génomiques : analyse des données
de puces CGH et SNP, et de grand
séquençage
15-17 avril 2009 • Saint-Raphaël
Objectifs
La technologie des biopuces CGH ou SNP est de plus en plus communément
utilisée pour l'étude des cancers et des pathologies constitutionnelles, et celle
du grand séquençage, encore en émergence, devrait lui succéder dans une
certaine mesure, et la complémenter. D'un point de vue bioinformatique, ces
technologies posent des problèmes spécifiques, aussi bien aux premiers niveaux
de l'analyse (plan d'expérience, normalisation, recherche des points de cassure
et des régions anormales récurrentes) que pour l'interprétation biologique des
résultats (classification, croisement avec l'expression, intégration de données,
annotation fonctionnelle...). L'utilisation des outils bioinformatiques doit s'appuyer sur une compréhension approfondie des modalités d'obtention des données, des biais expérimentaux inhérents à ce type d'approche, ainsi que des
hypothèses qui président à leur modélisation. Nous nous attacherons au cours
de cet atelier Inserm à transmettre aux participants les concepts et éléments pratiques nécessaires à l'analyse de ce type de données. Le but est à la fois d'acquérir
la maîtrise de ces approches pour des projets de biologie fondamentales, et pour
des applications de recherche ou de pratiques cliniques (pronostic/diagnostic).
Public
Tout scientifique et personnel médical (chercheurs, médecins, techniciens,
ingénieurs, étudiants et post-docs) intéressés par l'analyse des génomes et de
leurs variations de structure, par exemple dans le cadre de l'étude des cancers
ou de pathologies constitutionnelles. Des notions de génétique moléculaire de
base sont requises.
Programme
1. Méthodes de mesure du nombre de copies d'ADN et du polymorphisme
2. Analyse bioinformatique : plans d'expérience, normalisation, détection des
points de cassure, recherche de régions récurrentes
3. Méthodes d'analyse biologique : classification, croisement avec l'expression,
intégration de données, annotation fonctionnelle
4. Application à des pathologies somatiques
5. Application à des anomalies congénitales
9-10 juin 2009 • Paris
Programme
Travaux pratiques sur ordinateur, visant à l'analyse des polymorphismes ou
des altérations génomiques depuis les données brutes (images de puces et
caractérisation clinique ou biologique des échantillons) jusqu'à l'exploitation
biologique ou clinique.
Polymorphism and genomic rearrangements: analysis of CGH and SNP
array data, and deep sequencing data
April 15-17,2009 • Saint-Raphael
Aims
CGH and SNP microarrays are being used more and more frequently for the
study of cancers and constitutional disorders. The emerging deep sequencing technology should succeed microarrays, and complement them. From a
bioinformatics point of view, these technologies raise specific problems, at the
level of primary data analysis (design of experiment, normalization, identification of chromosomal breakpoints and of recurrent aberrant regions) as well
as for the biological interpretation of the results (classification, correlation
with expression data, data integration, functional annotation, and so on).
The use of bioinformatics tools must rely on a comprehensive understanding of
data acquisition and of experimental biases, as well as of the assumption that
underlie the modeling of this data. During this Inserm workshop, we will aim
at providing to the participants the concepts and practical tools necessary for
the analysis of this kind of data. The goal is both to master these approaches
for fundamental research in molecular biology and for applications in clinical
research or practice (diagnosis and prognosis).
Audience
All scientific and medical staff (researchers, clinicians, technicians, engineers,
students and postdocs) interested in the analysis of structural variations in
the genome, for example, for the study of cancers or constitutional disorders.
Elementary knowledge of molecular genetics is required.
Programme
1. Technologies for the measurement of DNA copy number and polymorphism
2. Bioinformatics analysis: experiment design, normalization, detection of
chromosomal breakpoints, identification of recurrent aberrant regions
3. Biological analysis methods: classification, correlation with gene expression,
data integration, functional annotation
4. Application to somatic pathologies
5. Application to constitutional disorders
June 9-10, 2009 • Paris
Programme
Computer sessions presenting the bioinformatics analysis of polymorphisms
and genomic aberrations, from the raw data (array images and clinical and
biological characterization of the samples) up to their biological or clinical
interpretation.
Selection
A dozen of participants will be selected among participants to phase I.
Sélection
Une douzaine de participants sélectionnés parmi les participants de la phase I.
Alain Aurias (Paris, France), Olivier Delattre (Paris, France), Richard Durbin (Cambridge, UK), Janet Fridlyand (San Francisco/USA), Philippe Hupé
(Paris, France), Olli Kallioniemii (Turku, Finland), Björn Menten (Ghent, Belgium), Yves Moreau (Leuven, Belgium), H. Hilger Ropers (Munchen,
Germany), Steven Scherer (Toronto, Canada), Simon Tavaré (Cambridge, UK), Joris Veltman (Nijmegen, The Netherlands), Joris Vermeesch (Leuven,
Belgium), Martin Vingron (Munchen, Germany), Bauke Ylstra (Amsterdam, The Netherlands).
Date limite d'inscription : 6 février 2009 • Registration deadline: February 6, 2009
5/01/09 10:43:39
Organisateurs / Organizers: Claire Rougeulle (UMR Epigénétique et Destin Cellulaire, Paris), Marc Lalande (University of Connecticut, Farmington, USA)
Cellules souches pluripotentes humaines
Human pluripotential stem cells
March 8-10, 2009 • Saint-Raphael
Objectifs
Aims
Les cellules souches embryonnaires humaines (hESC) sont dérivées d’embryons précoces issus de fertilisation in vitro. Ces cellules offrent un potentiel
fondamental pour l’avancement de nombreux domaines de la recherche et de la
médecine régénérative. Elles ont en effet la capacité de se différencier en divers
types cellulaires pouvant être utilisés dans des approches thérapeutiques. Elles
peuvent servir en outre d’outil essentiel à la compréhension du développement
humain précoce, d’un point de vue génétique aussi bien qu’épigénétique. La loi
du 6 août 2004 relative à la bioéthique, qui autorise sous certaines conditions
les recherches sur les cellules souches embryonnaires dérivées d’embryons ne
faisant plus l’objet d’un projet parental, ouvre les portes de la recherche sur les
cellules souches embryonnaires humaines en France. L’objectif global de cet
atelier sera de faire le point sur les connaissances actuelles de ce domaine émergeant que représentent les cellules souches embryonnaires humaines. Seront
abordés d’une part les aspects techniques de la manipulation des hESCs et de
leur différenciation, et d’autre part les caractéristiques génétiques et épigénétiques de ces cellules, en mettant un accent particulier sur ce dernier point. Le
point sera fait sur les plateformes disponibles en France et à l’étranger et les
aspects législatifs et éthiques seront également discutés.
Public
Chercheurs en biologie, médecins ou pharmaciens, techniciens, ingénieurs,
étudiants et post-doctorants du milieu académique et des secteurs pharmaceutiques et biotechnologiques.
Les conférences seront données en anglais ou en français.
Programme
Une première partie sera consacrée aux aspects techniques liés à la dérivation,
à la culture et à la conservation des cellules souches embryonnaires humaines,
ainsi qu’aux contrôles qualité associés. La possibilité d’engager ces cellules
dans diverses voies de différenciation en vue d’applications thérapeutiques
sera ensuite discutée, et deux exemples seront plus particulièrement décrits.
Les technologies récentes permettant de manipuler génétiquement les cellules
ES humaines seront également abordées. Une partie importante sera consacrée aux cellules ES humaines comme outil de recherche fondamentale pour
la compréhension du développement humain précoce, en mettant un accent
particulier sur la caractérisation et la stabilité épigénétique de ces cellules. Le
lien avec les cellules pluripotentes induites (IPs) sera également discuté. Seront
enfin abordés sous forme de tables rondes l’existence de plateformes françaises, européennes et américaines de cellules souches embryonnaires humaines,
ainsi que les aspects éthiques et législatifs associés à l’utilisation de ces cellules.
Ces tables rondes seront l’occasion de discussions interactives avec les participants.
Phase II • Maîtrise technique • 9-13 novembre 2009
Université du Connecticut • Farmington, USA
Programme
Ce stage aura pour objet de familiariser les participants aux techniques de
bases liées à l’utilisation des cellules ES humaines, telles que la culture (avec et
sans cellules nourricières), les techniques de repiquage, de décongélation et de
congélation, ainsi que la différentiation en corps embryonnaire. Certaines techniques permettant de contrôler la qualité des cellules souches, comme l’analyse
de marqueurs par RT-PCR quantitative et immunofluorescence et l’analyse
caryotypique seront également abordées.
Sélection
Human embryonic stem cells (hESCs) are derived from embryos produced
by in vitro fertilization and are pluripotent in that they can be induced to
differentiate into different cell types. There is an enormous potential for
hESCs in regenerative medicine and, in particular, for the development of cell
replacement therapies. Human embryonic stem cells are also an essential and
powerful research tool for understanding early human development, both at
the genetic and epigenetic levels. The 2004 law in Bioethics authorizes, under
certain conditions, the use of hESC derived from supernumerary embryos,
opening the door for hESC research in France. The main goal of this workshop
is to provide to participants an overview of the current state of hESC research
as well as the most promising areas for future study. Technical aspects of hESC
manipulation and differentiation will be discussed as will their genetic and
epigenetics properties, with a specific emphasis on the latter topic. The core
facilities available in France and other countries will be described and legal and
ethical aspects discussed.
Audience
Researchers, post-docs and PhD Student, engineers of biotech.
Lectures will be given in French or in English. Slides will be in English.
Programme
The first part of the workshop will address technical aspects of hESC derivation, culture, preservation and quality control. We will then focus on the ability of hESC to differentiate into different cell types in relation to therapeutic
applications and two examples will be more thoroughly described. State-ofthe-art technologies for genetic manipulation of hESC will be also be discussed. An important part of the workshop will be devoted to hESCs as a tool
to study early human development, emphasizing on their epigenetic stability
and characteristics. The induced pluripotent cells (IPs) and their similarities
and differences compared to hESCs will be discussed. Finally, two round tables
will be organized, one concerning the hESC core facilities available in France
and other countries and the other debating on legal and ethical questions
associated with the use of hESCs, with significant time allotted for interactive
discussions among participants
Phase II • Technical workshop • November 9-13, 2009
University of Connecticut hESC core facility • Farmington,
USA
Programme
This part will be devoted to culture, phenotypic characterization and protocols
of differentiation of hESCs. The different techniques will include culture (with
and without feeder cells), serial passaging, thawing and freezing, embryoid
body formation, immunofluorescence and quantitative RT-PCR analysis of
stem cells markers.
Selection
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Peter Andrews (Sheffield, UK), Lyle Armstrong (Newcastle, UK), Véronique Azuara (London, UK), Annelise Bennaceur (Villejuif, France), Oliver Brüstle
(Bonn, Germany), Carine Camby (Paris, France), Chad Cowan (Boston, USA), John de Vos (Montpellier, France), Kevin Eggan (Boston, USA), Alison Murdoch (Newcastle, UK), Marc Peschanski (Evry, France), Michel Pucéat (Evry, France), Benjamin Reubinoff (Jerusalem, Israel), Ludovic Vallier (Cambridge,
UK), Ren-He Xu (Farmington, USA), Franck Yates (Villejuif, France), Lorraine Young (Nottingham, UK).
Date limite d'inscription : 19 décembre 2008 • Registration deadline: December 19, 2008
19/12/08 9:35:46

Historique des Ateliers

Transcription

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