TNF cas

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TNF cas
UNIVERSITE D'ALGER 1 BENYOUCEF BENKHEDDA
FACULTE DE MEDECINE D'ALGER
DEPARTEMENT DE MEDECINE
THESE POUR L'OBTENTION DU DIPLOME DE DOCTORAT
EN SCIENCES MEDICALES
Prédisposition génétique et
tuberculose pulmonaire
À propos de 250 cas
Soutenue par le docteur: BENBETKA Yacine
Maître assistant en Pneumologie
Le
/10 /01/2016/
Directeur de thèse: PROFESSEUR Rabah AMRANE
Membres de jury :
Président : Pr YAHIA BERABAH
Membre : Pr AZIZA FISSAH
Membre : Pr MOHAMED MAKRELOUF
Membre : Pr HABIBA AMROUN
ANNEE: 2015/2016
Je dédie cette thèse à:
Dédicace
Mon père qui ma toujours encouragé et qui m'a protégé avec son affection dans les
moments difficiles.
Ma chère maman pour ces sacrifices et ces bons soins, elle m’a donné le courage pour
affronter tous les obstacles, et supporter toutes les difficultés.
Merci pour vos prières qui m’accompagnaient tout au long de mes études
Ma chère épouse pour son soutient et sa patience.
Mes enfants : Ikram, Aymen, Mahdi et Imene.
Mes chères sœurs, leurs maris et leurs enfants.
Tous les amis et médecins de ma promotion
En particulier : Lyes Bendiaf, Nedjma Bouyagoub, Kais Naili et Nadir Siouani.
La mémoire de mon ami Halim Bennouas : Je ne serais exprimer mon grand chagrin en
ton absence.
La mémoire de notre collègue Djelloul Hadjimi qui a initié le recrutement des premiers
malades. Que ce travail soit une prière pour le repos de votre âme.
A toute l’équipe médicale et paramédicale du service de pneumologie CHU BEO
A tous ceux que j’aime
A tous les patients ayant une tuberculose en particulier à ceux qui ont accepté de
participer à cette étude.
Remerciement
Je tiens à adresser mes plus vifs et sincères remerciements :
A mon directeur de thèse monsieur le Professeur Amrane Rabah, Professeur de
pneumologie à la Faculté de Médecine d’Alger à qui j'exprime toute ma reconnaissance
pour sa rigueur scientifique, ses précieux conseils et sa disponibilité. Veuillez trouver
ici, cher maitre, l’expression de ma gratitude et mon profond respect.
A mesdames et messieurs les membres du jury :
Pr Yahia Berrabah, président de jury, Professeur de pneumologie à la Faculté de
Médecine d’Oran et chef de service de pneumologie du CHU d’Oran.
Nous sommes très sensibles à l’honneur que vous nous faites en acceptant de présider le
jury de notre soutenance. Veuillez trouvez en ce travail l’expression de notre profond
respect et notre affectueuse reconnaissance.
Pr Aziza Fissah, Professeur de pneumologie à la Faculté de Médecine d’Alger
et chef de service de pneumologie du CHU BEO.C’est un grand honneur de vous
avoir parmi le jury de cette thèse. Je vous remercie pour avoir accepté d’examiner ce
travail et pour toute l’aide que vous nous avez fournie. Veuillez considérer ce travail
comme l’expression de mes remerciements et de ma reconnaissance.
Pr Mohamed Makrelouf, professeur à la Faculté de Médecine d’Alger et chef
d’équipe au Laboratoire de recherche Biochimie Génétique CHU BEO.
Pour l’honneur que vous me faite de siéger parmi les membres de jury, et pour vos
précieux conseils dans la rédaction de cette thèse. Veuillez trouver ici l’expression de
mes remerciements et de ma reconnaissance.
Pr Habiba Amroune, maitre de conférences A, chef de service du laboratoire
d'immunogénétique et d’histocompatibilité a l’Institut Pasteur d’Alger. C’est un grand
honneur de vous avoir parmi le jury de cette thèse. Je vous remercie pour avoir accepté
d’examiner ce travail et pour toute l’aide que vous nous avez fournie.
Un grand merci au Pr Amroune.
Au Dr Messabih, qui m’a aider depuis le début a la fin, dans la réalisation de ce
travail, la recherche bibliographique et la rédaction. Veuillez trouver ici l’expression de
mes remerciements et de ma reconnaissance.
Au Dr Makhlouf ,Dr Belaoudmou et Dr Dahmoune du service d’épidémiologie
CHU BEO qui m’on aider a établir la base la donnée et réaliser les calcules
statistiques. Veuillez trouver ici l’expression de mes remerciements et de ma
reconnaissance.
A toutes les personnes avec qui j’ai partagé mes heures de travail : pr souilah, pr
yahiaoui, Dr khenouf, Dr Djami, Dr dermeche, Dr saadi, Dr khoudja, DrKacimi,
Dr Laalia pour l’aide qu’ils m’ont apporté et leur soutient lors de la réalisation de cette
thèse.
A tout le personnel du laboratoire d'immunogénétique et d’histocompatibilité, Institut
pasteur d'Alger : Bachira Fenouh, Kahina Babaci, Malika Akachouche.
A tout le personnel du service de pneumologie : résdents, infermiers, secrétaires, agents,
femmes de ménage… pour leur aide direct ou indirect.
A tous mes amis qui m'ont beaucoup aidé dans mon travail pour les taches qu'ils ont
accompli pour moi en particulier : Mr Souilah (statisticien), Dr Fouzi Derrar
(microbiologiste), Messaoud Ait Kaci, Sid Ahmed Sitayeb, S.Abi (infermiers au
service de pneumologie CHU BEO), M. Belahcene, F.Ouberkouk (secrétaires),
Mustapha Laouami, Yacine Bennouas et Mr et Mme Chami.
En témoignage de toute ma gratitude
Sommaire
Sommaire
I) Introduction ............................................................................................................... 1
II) Partie théorique et revue de la littérature ………………………………....6
II-1 Histoire de la tuberculose .......................................................................................... .7
II-2 Épidémiologie ............................................................................................................. .7
II-3 Les facteurs de risques endogènes ............................................................................ 10
II-4 Les facteurs de risques exogènes .............................................................................. 11
II-5 Etiologie de la tuberculose ........................................................................................ 12
II-6 Clinique et moyens lutte contre la tuberculose pulmonaire ............................... 14
II-6-1 Les formes cliniques ............................................................................................... 14
II-6-2 PNLAT ..................................................................................................................... 14
II-6-3 Les outils de lutte actuelle et les enjeux de la recherche .......................................... 15
II-7- La réponse immunitaire anti M.t ........................................................................... 16
II-7-1- Histoire naturelle de la maladie ............................................................................. 16
II-7-2- La dissémination de M.t ........................................................................................ 17
II-7-3- Immunité innée anti- M.t ....................................................................................... 18
II-7-4- Immunité adaptative anti- M.t ................................................................................ 23
II-7-5- La phase effectrice et la formation de granulome .................................................. 24
II-7-6-Persistance de M.t (infection latente) ...................................................................... 27
II-8- Immunopathologie de la tuberculose ...................................................................... 28
II-8-1- Histopathologie .......................................................................................... 28
II-8-2- Le phénomène de Koch ............................................................................. 28
II-8-3- Profil immunologique des malades atteints de la tuberculose .................... 29
II-8-4- La fibrose et nécrose ................................................................................ 29
II-9- Facteurs genetiques de susceptibilité a la tuberculose : ..................................... 31
II-9-1-
Arguments pour une composante génétiques dans la susceptibilité à la
tuberculose .................................................................................................................. 31
II-9-2-Méthodes de recherche de gènes de susceptibilité ......................................... 32
II-9-2-1- Analyses de liaison ................................................................................. 34
II-9-2-2- Etudes d’association .............................................................................. 34
II-10-Gènes candidats ....................................................................................................... 35
II-10-1- Human leukocyte antigens (HLA) ............................................................. 35
II-10-2- Cytokines et récepteurs des cytokines ....................................................... 36
II-10-2-1- IFN-γ ............................................................................................... 36
II-10-2-2- IL-12, IL-1, IL-10, TNF-α, IL-8 ..................................................... 36
II-10-2-3- Vitamin D receptor ................................................................................. 36
II-10-3- Toll-like receptors ...................................................................................... 37
II-10-4- DC-SIGN ................................................................................................... 37
II-10-5- NRAMP ..................................................................................................... 37
II- 11- Intérêt ..................................................................................................................... 40
II-12-Les limites ................................................................................................................. 40
III) Matériels et méthodes ........................................................................................ 41
III-1- But de l’étude .......................................................................................................... 42
III-2- Protocole d'étude..................................................................................................... 42
III-2-1- Type d'étude ............................................................................................... 42
III-2-2- Lieu de l'étude ........................................................................................... 42
III-2-3- Les moyens ................................................................................................ 42
III-2-4- Matériel biologique ................................................................................... 43
III-2-5- Population de l'étude ................................................................................. 43
III-2-5-1- Echantillon ........................................................................................ 43
III-2-5- 2- Critères d'inclusion ........................................................................... 44
III-2-5-3- Critères de non inclusion ................................................................... 44
III-2-5-4- Caractéristiques générales de la population ....................................... 44
III-2-5-4-a Caractères de la population malade ........................................... 45
III-2-5-4-b Caractères
des témoins ........................................................... 49
III-2-6- Déroulement de l'étude ............................................................................... 53
III-2-7- Techniques d’études immunogénétiques.................................................... 53
III-2-7-1- Extraction d’ADN par la technique du phénol / chloroforme .......... 53
III-2-7-2- Techniques d’étude des polymorphismes allelique ......................... 54
III-2-7-2-a- La réaction de PCR.................................................................. 54
III-2-7-2-b- PCR digestion enzymatique ou PCR-RFLP .......................... 54
III-2-7-2-c- Réaction PCR-SSP…………………………………………...54
III-2-7-2-d- Génotypage par hydrolyse de sondes fluorescentes ou sondes
TaqManTM ..................................................................................................... 55
III-3-7-3 Techniques utilisées pour chaque gène ………………………….. 58
III-2-8- Problèmes et difficultés rencontrés .......................................................... 58
III-2-9- Analyses statistiques................................................................................. 59
IV) Résultats .................................................................................................. 61
IV-1- Caractères de la population
IV-1-1 Caractères de la population malade .................................................................... 62
IV-1-1-a Caractéristiques cliniques ......................................................................... 62
IV-1-1-b Caractéristiques radiologiques ................................................................. 63
IV-1-1-c Caractéristiques bactériologiques ............................................................. 63
IV-1-1-d Traitement reçu ........................................................................................ 64
IV-2- Résultats des polymorphismes étudiés ................................................................ 64
IV-2-1 Résultats des 14 polymorphismes étudiés .................................................. 64
IV-2-1-a Gènes de l’immunité innée .......................................................... 64
IV-2-1-b
Gènes de l’immunité adaptative ................................................. 66
IV-2-1-c
Gènes des cytokines .................................................................... 66
IV-2-1-d
Gènes de la phase effectrice ....................................................... 70
IV-2-2 Résultats de l’anlyse globale pour TNFα-308 G/A
et TLR2G/A………71
IV-2-2-a- Répartition des polymorphismes du gène TNF α-308 et TLR2 (2258) chez
les patients atteints de TP (cas) et chez les témoins apparentés (T1)... ............ 71
IV-2-2-b- Répartition des polymorphismes du gène TNF α-308 et TLR2(2258)
chez les patients atteints de TP (cas) et chez les témoins non apparentés (T2).. 72
IV-2-2-c- Répartition des polymorphismes selon l’âge et le sexe ....................... 73
IV-2-2-d-Relations entre les polymorphismes et les formes radio-cliniques et
biologique .......................................................................................................... 77
IV-2-2-e- Relations entre les polymorphismes et l’évolution sous traitement...... 87
V) DISCUSSION…………………………………………………………………...88
V-1- Caractéristique générale de la population étudiée ................................................ 90
V-1-1-Caractère épidémiologique de la population malade (cas) ........................... 90
V-1-2-Caractères des témoins ................................................................................. 94
2-a- Témoins apparentés aux malades (T1) ............................................... 94
2-b- Témoins non apparentés aux malades (T2) ..................................... 95
V-2- caractéristiques de Polymorphisme des gènes chez les malades et les témoins :...95
V-2- 1- Caractéristiques globaux des résultats d’analyse des14 polymorphismes
étudiés ...................................................................................................................... ...95
V-2- 2- Etude des résultats d’analyse des polymorphismes de TLR2 et TNF α .. 100
V-2-1-a-Etude du polymorphisme TNF α .................................................. 100
V-2-1-b-Etude du polymorphisme TLR2 .................................................... 101
V-2-1-c-Etude des polymorphismes TLR2 et TNFα selon l’âge et le
sexe……………………………………………………..102
V-2-1-d-Etude selon le sexe ........................................................................ 102
V-2-1-e-Etude selon l’âge ........................................................................... 104
V-2-1-f Répartition selon le tableau radio-clinique.................................... 107
V-2-1-g-Répartition selon l’association ou non à TEP ............................... 107
V-2-1-h-Répartition selon la biologie ........................................................ 108
V-2-1-i- Répartition selon le traitement ..................................................... 108
VI) CONCLUSION ..................................................................................................... 109
VII) PERSPECTIVES .................................................................................. 112
VIII) Liste des abréviations ………………………………………………...115
IX) Liste des tableaux ………………………………………………………120
X) Liste des figures ………………………………………………………….124
XI) Liste des schémas ……………………………………………………….127
XII) Annexes ………………………………………………………………...129
XIII) Bibliographie …………………………………………………………151
XIIII) Résumé ………………………………………………………………179
I) INTRODUCTION
1
La tuberculose pulmonaire est une maladie infectieuse à transmission interhumaine liée au
mycobacterium tuberculosis(M.t). On compte chaque seconde, selon l’OMS, une nouvelle
infection par le BK dans le monde. En 2012, 8,7 millions de nouveaux cas ont été recensés
avec une incidence annuelle de 139 par 100000 habitants[1].
C’est une maladie multifactorielle résultant d’une interaction complexe hôte
(génétique)/bactérie (virulence du BK et charge bactérienne)/ et environnement (conditions
socio-économiques, promiscuité). M.t, le germe responsable de la maladie, est un germe à
multiplication intracellulaire, transmis principalement par voie aérienne. La virulence
intrinsèque d’une espèce mycobacterienne n’est pas le seul facteur déterminant la sévérité de
la maladie, 33% de la population du globe est infectée par le BK, environ 10% de ces cas
seulement vont développer une tuberculose maladie. Il est démontré actuellement que le
développement de la maladie dépend pour une large part de la susceptibilité, de la résistance
génétique déterminée de l’hôte infecté[2]. Notre système de défense immunitaire, inné ou
adaptatif, sélectionné depuis notre premier contact ancestral avec M.t est très efficace, il s'agit
d'un état d'équilibre en faveur de l'hôte et donc d'une guérison apparente après infection, mais
sans élimination du germe qui persiste sous forme quiescent. Cet équilibre peut être rompu en
cas d'altération du système immunitaire.
Schéma-1- interaction hôte-gène environnement [9]
Le germe (virulence)
L’environnement
Profil immunologique
Exposition a M.t
Immunité innée immunité adaptative Profil clinique
L’Hôte (facteurs génétique et non
génétique)
2
La base génétique de la susceptibilité à la tuberculose se traduit phénotypiquement par
l’incapacité de l’hôte à développer une réaction immunitaire assez forte pour protéger contre
l’infection. Le rôle de facteurs génétiques dans la prédisposition à la tuberculose a été
suggéré par plusieurs études épidémiologiques : La différence inter ethnique montrant en
particulier une prévalence de maladie plus forte dans les populations d’origine africaine que
dans celles d’origine caucasienne, ceci est attribuée à l’histoire de l’exposition des
populations au germe [3, 4], la différence inter-individuelle avec l’exemple de l’infection
accidentelle de 251enfants par une souche de M.t en 1926 à Luiebeck(Allemagne) qui a
provoqué des décés ; des patients symptomatiques et d’autre asymptomatiques [5, 6] , les
études de jumeaux qui ont montrés un taux de concordance pour la tuberculose plus grand
chez les jumeaux monozygotes que chez les dizygotes [7], et les modèles animaux qui ont
montrés le rôle majeur des facteurs génétiques[5, 6]. Cette susceptibilité génétique à la
tuberculose a été étudiée par plusieurs équipes dans le monde entier, le premier gène majeur a
été identifier dans la région 8q12-q13 par l’analyse de l’ensemble du génome humain dans
une population marocaine[8], d’autres gènes ont été analysés mais les résultats sont
contradictoires ; ce qui nous incite à faire une sélection précise dans la méthode d’étude des
gènes. Plusieurs méthodes peuvent être utilisées pour la mise en évidence d’un facteur
génétique dans la susceptibilité à une maladie[9],
Les plus utilisés sont : a- Les analyses de liaison génétique : études familiales utilisées pour
localiser la région chromosomique contenant un ou plusieurs gènes d’intérêt.
b- Les études d'association : pour identifier les gènes dans les régions
d'intérêt, il faut tester le rôle des polymorphismes du gène candidat situé dans les régions
ainsi localisées. Le principe général est de comparer la fréquence des polymorphismes entre
sujets malades et sujets sain. Cette méthode consiste en la sélection d’un gène candidat à
partir de certaines informations, suivie par la recherche d’une différence statistiquement
significative entre les fréquences des génotypes et des allèles de ce gène chez les malades
(cas) et des sujets sains (témoins).
Dans le cas de la tuberculose,qui est une maladie multifactorielle, l’étude d’association est
plus rentable avec les gènes candidats ou criblage génomique(GWA :génome-wide analysis
studies). Certains gènes, codant des molécules qui peuvent jouer un rôle dans la défense
contre la tuberculose, ont été étudiés pour voir s’il y a un polymorphisme qui, associé à un
changement de la fonction de la protéine, peut avoir un rôle dans la susceptibilité ou la
résistance à la tuberculose. [39]
Dans le monde,et au Maghreb,parmis les études intéréssantes, il faut citer celles réalisées avec
le gène NRAMP1 dont l’association avec la tuberculose pulmonaire est rapportée dans une
population gambienne[270] ainsi que dans une méta-analyse pour les populations africaines et
asiatiques mais pas dans des populations européennes [10].
3
Tableau -1- différentes études génétiques dans le monde et au Maghreb.
Gènes
Polymorphismes
Populations
Association à Références
la tuberculose
HLA
HLA-DR2
HLA- DQB1
KOREA
INDONESIE
OUI
OUI
[12] ,[15],[216]
[12] ,[15]
DC SIGN
-336 G/A
TLR2
R753Q
R677W
S160L
SOUTH AFRICA
COLOMBIA
TUNISIE
TURQUIE
TUNISIE
WEST AFRICA
CHINA (méta-analyse)
GUINEA-BISSAU
ASIA (méta-analyse)
AFRICA (méta-analyse
TANZANIA
COLOMBIA, IRAN
TAIWAN(Metaanalyse)
GAMBIEN
IRAN
CROATIA
OUI
NON
NON
OUI
OUI
OUI
NON
OUI
OUI
NON
NON
OUI
OUI
[16], [15],[216]
[18], [15]
[17], [15]
[19], [15]
[20],[36] , [15]
[21] , [15],[216]
[22] , [16]
[23]
[25]
[25]
[24]
[27]
[271] [29] [30]
NON
OUI
OUI
[31]
[32]
[33]
GAMBIA
TAIWAN
TAIWAN
INDE (Meta-analyse)
BRESIL
COLOMBIE
Italie
OUI
OUI
OUI
OUI
NON
OUI
OUI
[28], [15]
[29]
[29]
[34]
[37]
[38]
[26]
TIRAP
VDR
APAL
BSML
FOLKL
TNF α
-308 G/A
INF γ
INF γGR1
Il1β
-511
IL12
-1188
NOS
NOS2A-954G/C
MBL
HYA
Le tableau (1) expose les differents gènes étudiés dans plusieurs pays du monde avec la
notion de présence ou non de susceptibilité à la tuberculose pulmonaire.
4
Les polymorphismes du système HLA ont également fait l’objet de multiples études, avec
certains antigènes de classe II comme HLA-DR2 et certains variants de HLA-DQB1 [11,12,
13,14]. De très nombreux autres gènes candidats ont été testés par des études d’association
comme ceux impliqués dans l’immunité innée et adaptative, en particulier ceux codant pour
l’IFNγ, DC-SIGN, TNF α, IL 1 β, IL12 ou encore les récepteurs Toll-like 1 (TLR1 et TLR2),
TIRAP ainsi que le gène codant le récepteur de la vitamine D (VDR).
En Algérie, à ce jour, aucune étude génétique d’association concernant la tuberculose
pulmonaire n’a été menée. Au terme de ces données, nous nous proposons de réaliser une
étude d’association, qui est la méthode de choix pour l’étude des maladies multifactorielles
comme la tuberculose avec comme :
Objectif principal l’identification de certains polymorphismes de gènes, dont les produits
sont impliqués dans la défense anti M.t, et qui pourraient être impliqués dans la susceptibilité
ou la résistance à la tuberculose pulmonaire donc de déterminer le profil génétique des
patients atteints de tuberculose pulmonaire et leur prédisposition vis-à-vis de celle-ci.
Objectif secondaire de comparer les réponses thérapeutiques en fonction du ou des
profils génétiques retrouvés.
5
II) Partie théorique et revue
de la littérature
6
II-1 histoire de la tuberculose
« La tuberculose a une longue histoire. Elle était présente et a laissé sa marque sur la
créativité humaine, la musique, l'art et la littérature; et a influencé l'avance des sciences
biomédicales et des soins de santé. Son agent responsable, M.t, pourrait avoir tué plus de
personnes que tout autre pathogène microbien. Il est présumé que le genre Mycobacterium a
existé il y a plus de 150 millions d’années. » (Daniel, 2006). [40,41]
Les conditions socio-économiques et la théorie de maladie hériditaire étaient les premiers
facteurs incriminés. En 1882, Robert Koch a découvert le bacille (Bacille de Kokh=BK). En
1921, une souche vaccinale atténuée dérivée de Mycobacterium bovis fut isolée à l’Institut
Pasteur par Albert Calmette et Camille Guérin (« bacille de Calmette et Guérin »=BCG). La
découverte des antibiotiques en a contribué a la diminution de l’incidence de la tuberculose
mais sans jamais disparaitre. En 1944, Waksman à découvert le premier antibiotique actif
sur le BK, la streptomycine, puis a succédé la découverte des autres médicaments
antituberculeux: Ethionamide (Grumbach, 1956), Ethambutol (Wilkinson, 1961), Rifampicine
(Sensi, 1966)) [42]. L’histoire naturelle de la tuberculose a été définie en 1950. [41,42]
Dans les années 1930, des études de jumeaux rigoureusement conduites ont apporté la preuve
que la susceptibilité à cette maladie met en jeu des facteurs génétiques. Au cours des années
1920-1950, des données d’épidémiologie génétique ont clairement indiqués que la
prédisposition génétique jouait un rôle déterminant dans le déterminisme des maladies
infectieuses. Archilbald Garrod, le fondateur de la génétique humaine et de la génétique
clinique, consacre en 1931 un chapitre entier de son célèbre ouvrage « The inborn factors in
disease » à cette question. Depuis les années 1950 ces données cliniques et épidémiologiques
ont été confirmées au plan moléculaire et cellulaire par un domaine scientifique en constante
évolution : la génétique humaine des maladies infectieuses. [8, 9, 39, 40, 41,42]
Malgré les progrès dans les connaissances de la physiopathologie de la maladie ainsi que les
progrès thérapeutiques, la tuberculose est toujours une maladie grave et mortelle, elle
représente la 7ème cause de décès dans le monde et la première cause de décès dus à un seul
germe. [43,44]
II-2 Épidémiologie
II-2-1 Définition des cas de tuberculose pulmonaire : Les cas de tuberculose sont définis
par la localisation de la tuberculose dans le parenchyme pulmonaire, prouvés par les résultats
de l’examen microscopique des expectorations, et ceux de la culture du M.t. [1,45]
II-2-2 La tuberculose dans le monde
La tuberculose reste un problème de santé publique majeur. Pour l’année 2012, on estime que
8,6 millions de personnes ont contracté cette maladie et que 1,3 million en sont morts (y
compris 320 000 décès parmi les personnes séropositives pour le VIH). Le nombre de décès
par tuberculose est inacceptable, trop élevé sachant que la plupart d’entre eux sont évitables.
Près de 20 ans après que l’OMS a déclaré « la tuberculose urgence de santé publique
mondiale », des progrès très importants ont été enregistrés en direction des cibles mondiales
fixées pour 2015 dans le contexte des objectifs du Millénaire pour le développement (OMD).
La plupart des cas de tuberculose et des décès dus à cette maladie concernent des hommes,
mais la tuberculose demeure l’une des principales causes de décès chez la femme dans le
monde. [1,46]
7
• La majorité des cas apparus dans le monde en 2012 étaient originaires des Régions de l’Asie
du Sud-Est (29%), africaine (27%) et du Pacifique occidental (19%). L’Inde et la Chine
représentaient à elles seules 26% et 12% respectivement du nombre total de cas.
• Le taux d’incidence de la tuberculose au niveau des pays était fortement variable, avec
environ 1000 cas ou plus pour 100 000 habitants en Afrique du Sud et au Swaziland, et moins
de 10 pour 100 000 habitants dans certaines parties des Amériques, dans plusieurs pays
d’Europe occidentale et au Japon, en Australie et en Nouvelle-Zélande.
Entre 1995 et 2012, 56 millions de personnes ont été traitées avec succès contre la tuberculose
dans les pays ayant adopté la stratégie OMS de lutte contre cette maladie, ce qui a permis de
sauver 22 millions de vie.
22 pays (sur 212), représentant 63% de la population mondiale, hébergent 82% des nouveaux
cas de tuberculose toutes formes, parmi eux :
- 11 pays d’Asie dont l’Inde et la Chine qui compte à eux seules 40% des cas déclarés en
2010,
- 9 pays d’Afrique dont l’Afrique du Sud, le Nigeria, l’Ethiopie et la RD du Congo,
- 1 pays d’Europe: la Russie,
- 1 pays d’Amérique latine: le Brésil.
Tableau 2 : La tuberculose dans le monde, 2011 [47]
En millions
Taux
Population mondiale
6869
100%
Personnes infectées par BK
2267
33%
Prévalence TB
10,7
156/100.000
Incidence TB
8 ,8
123/100.000
Incidence TP M+
4,1
59,7/100.000
Mortalité
1,4
20,4/100.000
Taux de succès de traitement pour
87%
TPM+
Tableau 3 : La tuberculose dans la région Afrique
EN MILLION
POPULATION DE LA REGION
TAUX
8370
MORBIDITE :
Prévalence TB
2,3
277/100.000
incidence TB
2,1
256/100.000
35%
co-infection HIV
1,1
150/100.000
TB
0,35
45/100.000
TB-HIV
0,37
48/100.000
Incidence TpM+
MORTALITE :
8
Figure-1- : La tuberculose dans le monde, 2010/2011 [47]
II-2-3 la tuberculose en Algérie: [45 ,48]
Selon le rapport annuel de l’institut national de la santé publique (INSP) sur la situation
épidémiologique de la tuberculose en Algérie pour l’année 2011, la prévalence de la
tuberculose (toutes formes confondues) est de 21532 cas, dont 44,3% des cas (9543 cas)
étaient des cas de tuberculose pulmonaire, 55,6% des cas (11989 cas) étaient des cas de
tuberculose extra-pulmonaire. Le taux de l’incidence annuelle était de 59,9 cas/100000
habitants pour la même année, par rapport à un taux de l’incidence mondiale de 140
cas/100000 habitants.
La répartition géographique de la maladie montre un gradient Nord/Sud de l’incidence, avec
72 cas/100000 habitants au nord, 48 cas/100000 habitants au niveau des hauts plateaux, et
27,08 cas/100000 habitants seulement au Sud. Les taux les plus forts d’incidence sont
observés à Oran (109 cas/100000 habitants), Blida (107 cas/100000 habitants), Mostaganem
(100 cas/100000 habitants), Relizane (94 cas/100000) et Mascara (83 cas/100000).
La tuberculose sévit tout au long de l’année avec une répartition des cas plus ou moins
régulière, l’incidence mensuelle oscille entre 4 à 6 cas /100000 habitants avec un léger pic en
mois de mai.
9
La répartition globale des cas de tuberculose en fonction du sexe montre un sex-ratio H/F de
1,07 (51,7% de cas chez les hommes). La répartition en fonction des localisations, montre des
variations plus importantes, avec une prédominance masculine pour la tuberculose
pulmonaire (sexe ratio H/F de 2/1) et une légère prédominance féminine pour la tuberculose
extra-pulmonaire (58% de cas de sexe féminin contre 42% de cas de sexe masculin).
La répartition des cas de tuberculose selon les tranches d’âge montre que la maladie touche
l’individu à tous les âges de la vie, plus rarement chez les enfants, avec deux pics : l’adulte
jeune, entre 25 et 34 ans avec une incidence de 96 cas/100 000 habitants et le sujet âgé de 65
ans et plus (112cas /100000 habitants).
Tableau -4-Incidence de la tuberculose en Algérie 2008-2014(INSP)
Année
Incidence TPM+
Incidence TB
2008
25.2
58.6
2009
24.5
63.3
2010
23.1
60.7
2011
21.7
59.9
2012
19.4
56.7
2013
18.6
53.5
2014
17.2
57.2
II-3 Les facteurs de risques endogènes :
II-3-1 L’âge : L’âge est un facteur majeur dans le développement de la maladie et le type de
tuberculose développée. En effet, les jeunes enfants de moins de 2 ans ont plus de risque de
développer une tuberculose suite à une primo-infection que des enfants plus âgés ou que des
adultes ; les enfants ont aussi davantage de risque de développer des tuberculoses extra
pulmonaires [49]. Une des hypothèses pour expliquer ces différences est liée à la maturité du
système Immunitaire. Des études comparatives effectuées chez la souris ont montré que les
animaux âgés sont plus résistants à l’infection que des animaux jeunes, et ceci est associé à
une meilleure réponse CD8 permettant de renfermer l’infection au sein des granulomes.
[50,51]
II-3 -2 Le sexe : Dans la plupart des pays, la tuberculose est deux fois plus élevée chez les
hommes que chez les femmes. Cependant, il n’existe pas d'information sur le mécanisme
biologique. Ainsi, des enquêtes devraient être menées pour comprendre clairement le rôle des
hormones sexuelles et le contexte génétique lié au sexe. [52]
10
II -3 -3 La génétique : Une grande partie de la controverse sur la susceptibilité génétique à la
tuberculose dans la première partie du 20ème siècle portait sur les allégations de différences
raciales [53]. Un nombre important d’individus développe cette maladie sans aucun facteur
de risque identifiable. Ceci suggère qu’il puisse exister des variations génétiques pouvant être
associées à la maladie [54].
La concentration des cas au sein des familles laissait penser à une origine hériditaire.
Ainsi, des études ont permis d’associer la susceptibilité à cette infection avec les différents
gènes de la réponse immunitaire, tous ces gènes codant des médiateurs de la réponse
immunitaire innée et adaptative. Cependant ces études de génétique humaine sont difficiles à
interpréter et conduisent parfois à des résultats contradictoires. Casanova et Abel parlent d’un
« spectre continu » de prédisposition génétique à la tuberculose, allant d’un contrôle mono
génique simple à une hérédité polygénique complexe en passant par des effets intermédiaires
de gène majeur. [8 ,55]
Figure-2-L'hypothèse d'une architecture génétique des maladies infectieuses (Casanova et Abel) [303]
« Les infections fatales de l’enfance seraient déterminées par des mécanismes mendéliens ou de gène majeur, tandis que les infections moins
sévères des adultes (réactivations ou infections exogène) seraient déterminées par des mécanismes polygéniques ou somatiques » [303]
II-4 les facteurs de risques exogènes :
II-4-1 Les facteurs sociaux de la tuberculose :
La tuberculose est considérée comme une maladie « de la pauvreté et de la promiscuité ». Son
incidence est étroitement associée à la stabilité socio-économique des pays concernés et leur
PIB par habitant. Dans les pays développés, la réapparition de cette pathologie est due à
l’impact de l’infection HIV, à l’existence de flux migratoires en provenance de régions
endémiques, et a l’interférence avec des traitements utilisés contre d’autres pathologies (anti
TNF). [56]
II-4-2 Malnutrition et tuberculose : L’un des facteurs aggravant de l’évolution de
l’ensemble des pathologies infectieuses dans le monde est la malnutrition avec un impact
majeur sur l’évolution des épidémies dans le monde et leurs impacts économiques.
Le système immunitaire, lors d’une infection, nécessite une activité métabolique cellulaire
très élevée, supérieure à l’état basal. Ainsi, le stock énergétique de l’organisme est un facteurclé permettant de contrôler une infection. [57]
11
La Malnutrition Energétique et Protéique (MEP) à
des effets importants sur le
développement du système immunitaire et sur l’efficacité de la réponse immunitaire. De plus,
un état infectieux peut contribuer à accentuer l’effet de la malnutrition. Dans le cas du VIH et
de la tuberculose, mais aussi d’infections par des parasites intestinaux, ces pathologies
induisent des états de déficit tels que cachexie et anémie.
L’association entre tuberculose et dénutrition est très claire lorsque l’on regarde la répartition
des régions où l’incidence est la plus élevée, en effet celles-ci correspondent aussi aux régions
où le PIB est le plus faible et donc le niveau de MEP le plus élevé. D’autre part, une des
causes directes de la mauvaise alimentation est l’augmentation du risque de développer un
diabète de type 2, ou diabète non insulinodépendant, qui est une dérégulation hormonale du
métabolisme et qui entraîne une immunodéficience augmentant ainsi la susceptibilité aux
maladies infectieuses et notamment à la tuberculose. [57, 58,59]
II-4 -3 L’impact de la coïnfection VIH-tuberculose : La tuberculose se développe très
rapidement dans un contexte d’immunosuppression, ainsi les personnes atteintes par le VIH
sont très sensibles à l’infection par M.t. Le VIH se réplique dans différents types cellulaires
dont principalement les lymphocytes T CD4+, entraînant leur destruction et l’apparition d’un
syndrome d’immunodéficience (SIDA). Nombreux sont les séropositifs qui développent une
tuberculose comme première expression du SIDA, dans la mesure où l'infection par le VIH
constitue le plus fort facteur de risque de transformation d'une tuberculose latente en infection
active, ou de rechute chez les patients ayant déjà subi un traitement. Par ailleurs, en cas de
coïnfection, chacune de ces maladies accélère le développement de l’autre. [60,61]
II-4-4 : Autre facteurs : Il existe de nombreux facteurs de risques associés au développement
de la pathologie, tels que la consommation de tabac, la consommation de drogues et d’alcool
mais aussi l’augmentation de la pollution environnementale. « Où il y a de la fumée, il y a de
la tuberculose » (Gordon and Rylance, 2009). [62 ; 63]
Enfin la mortalité due à la tuberculose est significativement plus élevée chez les fumeurs et
les anciens fumeurs que chez les non-fumeurs (Slama et al. 2007) [63]. La toxicité de la
fumée de tabac associée à la tuberculose ne se limite pas aux simples fumeurs mais aussi aux
fumeurs passifs et plus particulièrement les jeunes enfants qui sont aussi plus susceptibles de
développer la pathologie. [64]
II-5 Etiologie de la tuberculose
II-5-1 Les mycobactéries et le complexe « Tuberculosis » : Etymologiquement, le terme
Mycobacterium provient de deux racines empruntées au grec "Myces" pour champignon et
"Bakterion" petit bâton. Les mycobactéries appartiennent à l’ordre des Actinomycetales où la
famille des Mycobacteriaceae ne comporte qu’un seul genre, le genre Mycobacterium.
Caractérisé par une propriété tinctoriale essentielle, ce sont des Bacilles Acido-Alcoolo
Résistants (BAAR). Cette propriété est due à la richesse de leur paroi en lipides qui les rend
imperméables aux colorants usuels mais qui fixe intensément les colorants alcalins comme la
fuschine basique et s’oppose à leur décoloration après un traitement conjoint par l’acide et
l’alcool. Toutes les mycobactéries sont des B.A.A.R. mais toutes les bactéries acidorésistantes ne sont pas des mycobactéries. [65.66]
Sur le plan du pouvoir pathogène, chez l’homme, M.t, M. leprae, M. ulcerans, M. marinum,
provoquent des infections spécifiques : la tuberculose, la lèpre, l’ulcère de Buruli, le
granulome des piscines. [65.66]
12
Schéma-2-Filiation
des
mycobactéries
[65]
Actinomycetale
Famille
Genre
Espèces
Mycobacteriaceae
Mycobacterium
Actinomycetaceae
Nocardia
Complexe tuberculosis
Streptomycetaceae
Actinomyces
M. leprae
Streptomyces
Mycobacterie atypiques
M tuberculosis (hominis)
M bovis et BCG
M africanum
II-5-2Mycobacterium tuberculosis : Agent principal de la tuberculose humaine, il n’est pas
retrouvé dans la nature en dehors des produits contaminés par l’homme infecté.
Rarement, la tuberculose humaine peut être aussi due : M. bovis, M. Africanum.
La symptomatologie clinique est identique. Seule l’identification biochimique précise les
différences. [66]
II-5-2-1- Morphologies :
Bacilles fins, légèrement incurvés, immobiles et difficilement colorables par les colorants
usuels : Colorés par la Fuschine phéniquée à chaud selon la méthode de Ziehl-Neelsen
ou par l’auramine phéniquée. Au microscopie électronique, la paroi est épaisse de 10 à 20 nm
et apparaît constituée de 4 couches différentes. [66]
II-5-2-2 Caractères culturaux:
C’est un germe aérobie strict et sa culture se fait sur milieu de Lowensteïn Jensen. [66]
II-5-2-3-Pouvoir pathogène:
La transmission est aérienne (gouttelette de pflugge) : voix haute, toux et éternuement.L’agent
principal de la transmission est le malade tuberculeux porteur d’une caverne pulmonaire
(réservoir du germe). Ceci est expliqué par la teneur en germes qui diffère selon les lésions :
la caverne contient 109 à 10 12 BK, le nodule de 2cm 102 a 103 BK, et l’abcès pottique 104
a 105 BK). [66]
13
II-6 clinique et moyens de lutte contre la tuberculose pulmonaire
La tuberculose pulmonaire survient, chez un sujet sain, en cas de contage massif et/ou de
déficience immunitaire par l’un des trois mécanismes suivants :
• soit par aggravation progressive du foyer initial de la primo-infection.
• soit par réactivation endogène de bacilles restés quiescents après la primo-infection.
En l’absence de traitement et d’immunodéficience ce risque a été estimé à 5 à 10% dans les 3
à 5 ans qui suivent la primo-infection, et à 5% pour le reste de la vie.
• soit par réinfection exogène : les bacilles à l’origine de cette tuberculose proviennent d’une
nouvelle contamination.
La répartition des différents mécanismes dépend de la densité des sources d’infection dans
une collectivité : dans les pays où le nombre de sources d’infection est élevé, la réinfection
exogène est fréquente ; dans les pays où les sources d’infection sont moins nombreuses, la
réactivation endogène est le mécanisme le plus important de survenue de la tuberculose postprimaire. Quel que soit le mécanisme, la réaction immunitaire secondaire à la primo-infection
est insuffisante pour éviter la multiplication des bacilles dans un foyer qui devient le siège
d’une nécrose caséeuse. Sa liquéfaction et son évacuation caséeuse par les bronches entraînent
la formation d’une cavité dans le poumon : la caverne pulmonaire. [48]
II-6-1 Formes cliniques : L’identification des cas de tuberculose a pour objectif de
reconnaitre les cas de tuberculose présents dans la collectivité en vue de les traiter par une
chimiothérapie spécifique. Parmi ces cas, plusieurs groupes de malades doivent être
individualisés en raison de leur contagiosité inégale, ou des difficultés de leur diagnostic. On
reconnaîtra donc [48] :
- En priorité les cas de tuberculose pulmonaire à microscopie positive, qui sont les plus
contagieux et constituent la principale source d’infection et de transmission de la
maladie : leur traitement permet de briser la chaîne de transmission du bacille de la
tuberculose.
- Les cas de tuberculose pulmonaire à microscopie négative, qui risquent, s’ils sont
négligés, de devenir des sources actives d’infection.
- Les cas de tuberculose extra pulmonaire, dont certains peuvent menacer la vie du malade
ou entraîner un handicap fonctionnel plus ou moins sévère.
II-6-2 PNLAT : le but général de la lutte anti tuberculeuse est de réduire la transmission du
bacille de la tuberculose dans la population algérienne, et de diminuer progressivement la
morbidité et la mortalité liée à la tuberculose.
Pour la période 2006-2015, les nouveaux objectifs à atteindre s’inscrivent dans les objectifs
de développement du millénaire et dans la nouvelle stratégie « Halte a la tuberculose »
recommandée par l’OMS : stopper l’augmentation de l’incidence de la tuberculose et
commencer à la réduire dans tous les secteurs sanitaires du pays, pour cela il faut surtout
réduire l’incidence annuelle de la TP à microscopie positive à moins de 25 cas /100000
habitants en moyenne nationale [48].
14
II-6-3- Les outils de lutte actuelle et les enjeux de la recherche
II-6-3-1- Le traitement et nouvelles thérapeutiques : Le traitement de première ligne dont
la première étape comprend une phase d’attaque de 2 mois combinant quatre antibiotiques :
isoniazide, rifampicine, pyrazinamide et ethambutol, puis une seconde étape de quatre mois
avec deux antibiotiques isoniazide et rifampicine, consiste en une seule prise et quotidienne
[48]. Les trois enjeux majeurs du développement de futurs antituberculeux sont ainsi de
diminuer le temps de traitement, et de traiter efficacement les formes résistantes ainsi que les
formes latentes de la maladie. Un des problèmes majeurs du traitement est lié à la capacité de
persistance du bacille. En effet on estime qu’environ 1% des bacilles échappent au traitement
sans pour autant y être résistant génétiquement (Gomez and McKinney, 2004) [69].
Ces bacilles en état de quiescence sont très peu sensibles aux antibiotiques conventionnels
qui ciblent surtout les bacilles réplicatifs. Par ailleurs, M. t est très bien adapté à l’hypoxie et
les bacilles non-réplicatifs en état d’hypoxie ne sont pas susceptibles aux drogues
conventionnelles [69]. Les problèmes de résistance et de persistance sont des points critiques
à intégrer dans les différents projets de recherche de nouveaux antituberculeux. Ces futurs
traitements devront permettre de réduire significativement le temps de prescription, présenter
une toxicité réduite, être compatibles avec des médicaments anti-rétroviraux, limiter
l’émergence de souches résistantes et permettre de soigner les formes actuelles de pathologies
multi-résistantes.
II-6-3-2- Le vaccin: Le fait qu’un tiers de la population mondiale soit infecté par M. t et que
seule une faible proportion des personnes infectées développe la pathologie démontre
l’efficacité de notre système immunitaire pour contenir l’infection. Dès lors, il est légitime
d’envisager de pouvoir mettre au point un vaccin efficace. Cependant, « un problème
conceptuel se pose car on constate que les personnes ayant développé des tuberculoses
primaires ne sont pas mieux protégés contre la réinfection ou la réactivation » (Kaufmann and
McMichael, 2005) [70]
Ainsi, « contrairement à d’autres infections où la stratégie vaccinale classique est efficace,
dans le cas de la tuberculose, il semble que la mémoire immunitaire ne soit pas assez efficace
pour protéger l’individu à long terme. Plusieurs stratégies sont envisagées pour pouvoir
prévenir la maladie sous toutes ses formes. Les nouveaux vaccins devront permettre de
prévenir à la fois les primo-infections mais aussi la réactivation en visant les formes latentes
et devront par ailleurs permettre de mettre en place une réponse mémoire plus efficace que
celle induite par le BCG. De plus, l’existence de nombreuses souches différentes en fonction
des régions doit être intégrée au projet de production de nouveaux vaccins » (Young et al.
2008) [68].
15
II-7 LA REPONSE IMMUNITAIRE ANTI M.t
Les différentes manifestations de l'infection par Mycobacterium tuberculosis reflètent
l'équilibre entre les mécanismes de défense de l’hôte et le bacille. Ces mécanismes impliquent
les macrophages, les cellules dendritiques, les lymphocytes et les médiateurs tels que les
cytokines, les chémokines. Cette défense est favorisée par une organisation finale de tous les
effecteurs en granulome, au niveau du site de l’infection, qui est la véritable forme de contrôle
de l’infection. [71,72].
II-7-1 Histoire naturelle de la maladie
M.t est un germe à multiplication intracellulaire, transmis par voie aérienne. Après inhalation
de microgoutelettes provenant d’un patient contagieux, la majorité des bacilles inhalés est
piégée dans les voies aériennes supérieures et expulsée par les cellules ciliées de la muqueuse.
Une partie, habituellement moins de 10%, atteint les alvéoles. A ce niveau le bacille
tuberculeux rentre en contact avec les macrophages et les cellules dendritiques et les infecte,
c’est l’infection tuberculeuse. 5 à 10 % des sujets infectés progressent vers la tuberculose
maladie 1 à 2 ans après l’infection, tandis que la majorité des cas (90%) arrive à contrôler
l’infection grâce aux mécanismes de défense mis en place par le système immunitaire, faisant
intervenir l’immunité innée et l’immunité adaptative [72,73]. Dans la plupart des cas le
développement d’une immunité cellulaire spécifique limite la multiplication des bacilles et le
sujet reste asymptomatique. Cet état est défini comme une «tuberculose infection» ou primoinfection qui témoigne de la rencontre avec M.t.
Une fois infectée, une personne est susceptible de développer une maladie tuberculeuse en
fonction de différents facteurs de vulnérabilité qui peuvent être représentés par des élements
endogenes (age, sexe, génétique) et/ou exogenes (HIV, malnutrition.).[74]. Schéma -3-4-.
SCHEMA-3-Histoire naturelle de la tuberculose [70]
Contact
contamination aérienne
BK dans l’organisme
facteurs exogènes et endogènes
Tuberculose infection
90% guérison apparente
10% Tuberculose maladie
Facteurs
De réactivation
5%
TEP
Tuberculose maladie
Patient contagieux
16
TP active
II-7-2 La dissémination de M.tuberculosis : l’infection primaire siège dans les alvéoles où
M.t se multiplie et provoque des dommages tissulaires et atteint le flux sanguin, ou bien il
traverse les voies lymphatiques pour atteindre les ganglions lymphatiques drainant le poumon,
puis passage sanguin a partir de ces derniers via les lymphatiques efférents el le canal
thoracique. La dissémination hématogène survient soit dans les semaines qui suivent
l’infection primaire, soit de façon plus tardive. Les tissus les plus vascularisés sont les plus
fréquemment atteints. Les pneumocystes de type I et de type II peuvent etre une autre voie de
dissémination de M.t [76]. En effet il a été démontré que M.t infecte aussi des cellules
épithéliales dont les pneumocytes qui sont les cellules majoritaires des alvéoles [75], il se
réplique à l’intérieur de ces cellules entrainant une cytotoxicité et une nécrose cellulaire [76].
De ce fait, il peut avoir un accès direct à la circulation sanguine après l’invasion primaire en
perturbant cette barrière de pneumocytes. M.t utilise aussi certaines molécules d’adhésion
présentes à sa surface pour adhérer et envahir les pneumocytes, dont la molécule HBHA
(Heparin-Binding Hemaglutinin adhesion), qui se lie avec le protéoglycane contenant
l’héparine sulfate présent sur les cellules épithéliales incluant les pneumocytes type II
humains [77, 78,79].
Schéma-4- Défenses de l’épithélium
infectieuses38(2008)433-437)
respiratoire.
17
(J.-M.
Alonso.
Médecine
et
maladies
Schéma-5- Le cycle infectieux de la tuberculose : Des personnes saines sont contaminées par des personnes
infectées via l’inhalation de gouttelettes contenant des bacilles [266]
(i) Le bacille peut être spontanément éliminé.
(ii) L’infection peut induire le développement d’une tuberculose primaire parfois disséminée
(iii) L’infection ne conduit pas à la mise en place de la pathologie.
(iiii) La réactivation (facteurs favorisants)
II-7-3 immunités innée anti-M.tuberculosis : les immunités innée et adaptative sont
complémentaires et synergiques. Les cellules phagocytaires jouent un rôle clé dans l'initiation
et la direction de l'immunité adaptative des cellules T par la présentation des antigènes des
mycobactéries et l'expression des signaux de co-stimulation et cytokines , en effet les études
fondamentales de Lurie sur les lapins consanguins résistants et susceptibles à la tuberculose,
ont montrés que 7 jours après l’infection primaire par l’inhalation de bacilles tuberculeux, les
poumons des lapins sensibles aux mycobactéries contiennent 20 à 30 fois plus de bacilles
viables que les poumons des lapins résistants[81].
18
Les bactéries se déposent au niveau des alvéoles pulmonaires et sont phagocytées par des
macrophages dans lesquels elles meurent, restent au repos ou se multiplient. Dans ce dernier
cas, les macrophages sont détruits et les bactéries sont libérées puis de nouveau phagocytées
par d’autres cellules du systhème immunitaire.Après une à deux semaines, l’immunité
adaptative se met en place, des cellules T activées quittent le ganglion et vont migrer vers les
foyers infectieux initiaux où elles reconnaissent les cellules infectées c’est à dire présentant
des antigènes de bactéries tuberculeuses a leur surface. [80]
II-7-3-1- Récepteurs de reconnaissance de M.t : Les macrophages et les cellules
dendritiques reconnaissent à l’aide de leurs récepteurs de membrane (PRRs : Pattern
Recognition Receptors) des motifs membranaires du bacille tuberculeux appelés PAMPs
(Pathogen Associated Molecular Patterns) qui sont des motifs conservés durant l’évolution,
présents chez les germes et absents chez l’hôte humain. Cette interaction via les PRRs est à
l’origine de la phagocytose du germe, l’activation des macrophages et les cellules
dendritiques. Les PRRs utilisés pour la reconnaissance de M.t sont subdivisés en trois
grandes classes :
Les CLR (récepteurs de type lectine C) impliqués dans la phagocytose, les récepteurs
sécrétés impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire et l’activation du
complément, et les TLRs (Toll Like receptors) impliqués dans l’activation cellulaire. [81]
03 classes de récepteurs
Secrétés
cellulaire (membranaire)
MBL
CD14
BPI
signaux (activation
cellulaire)
TLR (membranaires)
DC-SIGN
MR
LBP
BPI: bacterial permeability increasing protein
CD: Dendritic Cell
DC-SIGN : Dendritic Cell-Specific Intercellular adhesion molecule-3-Grabbing Non-integrin
LBP: Lipopolysaccharide-binding protein MBL: Mannose-binding lectin
MR:recepteur de mannose
TLR: Toll-like receptor
19
a.
Toll like recepteurs (TLRs):
Les TLRs sont une famille de molécules conservées structuralement, qui sont des protéines
membranaires de type I, contenant un domaine extracellulaire riche en leucine (19-25 copies
de répétitions riches en leucine) et un domaine intracellulaire similaire à celui de l’IL1R,
l’engagement des TLRs aboutit à une cascade de signaux intracellulaires, dont la résultante
est l’activation du facteur de transcription NFκB. Les macrophages et les cellules dendritiques
alvéolaires reconnaissent des antigènes de M.tuberculosis via les TLRs. Les TLR2, TLR4,
TLR1 et TLR6 sont les membres de la famille des TLRs, qui interagissent avec les antigènes
de M.tuberculosis. La fraction thermostable de l’enveloppe de M.tuberculosis incluant le
LAM, interagit avec le TLR2, tandis que la fraction thermolabile interagit avec le TLR4.
Les antigènes de M.tuberuculosis qui interagissent avec les TLRs sont le LAM
(lipoarabinomannane), LM (lipomannane), PIM (phosphatidyl-myo-inositol mannoside) et la
lipoproteine 19Kd qui se trouve sous forme membranaire ou bien sécrétée. [82, 83, 84,85]
Figure-6-Types de récepteurs dans l’immunité innée. [266]
« Le bacille et les antigènes mycobactériens peuvent interagir à la surface des cellules de l’hôte avec de
nombreux récepteurs de la réponse immunitaire innée. Parmi ces récepteurs certains peuvent médier la
phagocytose de la mycobactérie de manière directe (i) ou dépendante de l’opsonisation du bacille (ii).
Certains récepteurs tels que certaines des lectines de type C sont à la fois endocytaires et aussi capables
d’induire des cascades de transduction de manière indépendante ou en collaboration avec les TLRs. Une fois
endocytés le bacille et des antigènes mycobactériens peuvent interagir avec des PRRs endosomaux tels que
le TLR9 mais aussi avec des PRRs intracytoplasmiques tels que les NLRs (iii). L’induction des cascades
transductionnelles aboutissent à la modulation de l’état cellulaire et à l’induction de la sécrétion de
cytokines. M. tuberculosis est un pathogène intracellulaire qui pénètre dans les cellules de manière passive
via les récepteurs phagocytaires. Parmi ces nombreux PRRs interagissant avec le bacille certains contribuent
à l’activation de la réponse immunitaire alors que d’autres permettent au bacille de persister. »
20
Figure – 7- « Les différentes localisations subcellulaires des TLRs.
« Les TLRS présentent différentes localisations sub-cellulaires ce qui leur confère à chacun une accessibilité
variable aux différentes molécules exogènes. Les TLRs 1-2-4-5-6 sont des formes membranaires.
Les formes 3-7-8-9 sont des formes endolysosomales qui interagissent avec des ligands pouvant résulter de
processus de lyse. Le TLR4 peut être très rapidement endocytée lors d’évènements d’internalisation médiés par
d’autres récepteurs. Il peut ainsi interagir avec des antigènes présents dans les endosomes. Via leur
domaine TIR les TLRs interagissent avec différents effecteurs des cascades de signalisation tels que MyD88
et TRIF. Ces interactions dépendent parfois de protéines adaptatrices TIRAP et TRAM. »
(Jo, E.K. 2008. Mycobacterial interaction with innate receptors: TLRs, C-type lectins, and NLRs. Curr Opin Infect Dis 21:279-286.)
II-7-3-2- Les Macrophages :
Dans les alvéoles pulmonaires, M. t est principalement reconnu et phagocyté par les
macrophages alvéolaires. La paroi mycobactérienne est complexe et comprend de nombreux
motifs antigéniques reconnus par les différents PRR. De ce fait, l’interaction avec les
macrophages engage plusieurs types de récepteurs, aboutissant à une réponse contrastée, plus
ou moins activatrice ou inhibitrice selon les récepteurs exprimés à la surface de la cellule. De
plus, un même récepteur peut jouer plusieurs rôles suivant lesmolécules qu’il reconnait. La
reconnaissance via les TLRs (TLR2 et TLR4) entraîne l’activation du macrophage, avec la
synthèse des radicaux oxygénés, les dérivés nitrés (NO)[89] qui sont de puissants produits
antibactériens, la libération des cytokines proinflammatoires tels que le TNFα, l’IL1 et l’IL6
qui activent à leur tour les autres macrophages et préparent l’endothélium vasculaire pour le
recrutement d’autres effecteurs, ainsi que la libération des chimiokines inflammatoires tels
que l’IL8, MCP-1 (monocyte chimiotactic protein 1), MIP1α et β (monocyte inflammatory
protein 1) et Rantes qui provoquent le recrutement d’autres macrophages, cellules
dendritiques et les effecteurs vers le site de l’inflammation ou se déroule l’infection
initiale[86,87,88].
Juste après la phagocytose, le phagosome débute sa mutation. Le
phagosome précoce interagit avec les endosomes précoces et les corps multivésiculaires.
21
Il passe par un stade de maturation intermédiaire avant de présenter les caractéristiques d’un
phagosome tardif. Enfin, après fusion avec les lysosomes, le phagosome atteint l’étape ultime
de sa mutation, le phagolysosome où ils seront détruits par les enzymes lysosomales tel que
les hydrolases acides, les peptidase et subiront l’action des dérivés antibactériens tels que les
dérivés oxygénés et nitrés [90,92]. Certains M.t parait réfractaire à l’action des dérivés
oxygénés tels que l’anion superoxyde et le péroxyde d’hydrogène d’où le mécanisme
d’échappement. [89, 90,91] Des antigènes mycobactériens tels que les sulfatides et le LAM
ainsi que les protéines sécrétées (superoxyde desmutases et catalases) neutralisent ces dérivés
oxygénés [91, 92,88]. M.t inhibe aussi la fusion des phagosomes avec les lysosomes [93,94],
ce qui lui permet d’être à l’abri des enzymes lysosomales et le NO. Ces mécanismes
d’échappement permettent ainsi au M.t de survivre et même de se multiplier au sein même du
macrophage. [95].
II-7-3-3 Les cellules dendritiques :
Les cellules dendritiques sont des cellules présentatrices d’antigène spécifiques, lorsqu’elles
phagocytent un élément étranger, elles migrent vers les ganglions lymphatiques locaux afin de
présenter les antigènes aux lymphocytes naïfs et permettre le développement de la réponse
adaptative.Les lymphocytes T reconnaissent les antigènes mycobactériens portés par des
cellules présentatrices, telles que les cellules dendritiques. Les peptides antigéniques sont
présentés par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) de type I et II,
tandis que les antigènes lipidiques sont présentés par les molécules de type CD1. Les
lymphocytes T CD4 reconnaissant les antigènes présentés par les molécules du CMHII que
l’on retrouve au niveau des vacuoles, des phagosomes et des vésicules endocytiques, ils sont
donc les principaux lymphocytes activés lors de l’infection par M.tuberculosis. Les
lymphocytes T CD8 reconnaissent les antigènes présentés par les molécules duCMHI, qui se
forment dans le réticulum endoplasmqiue des cellules, et les lipides présentés par les
molécules CD1. [94,95]
Les CD rentrent en contact avec le bacille et la phagocytose de M.t se fait l’aide des CLRs
faisant intervenir principalement DC-SIGN qui est considéré comme le récepteur majeur de
M.t sur les CD [96,97]. La reconnaissance de M.t par les TLRs induit l’activation des CD et
leur migration vers les ganglions lymphatiques régionaux ainsi que leur maturation. Les CD
activées, sécrètent des cytokines pro inflammatoires tels que l’IL6, TNFα, IL1 et des
chimiokines. Les CD synthétisent aussi l’IL12 qui oriente vers une réponse Th1 [89]. La
maturation des CD, après interaction avec M.t, s’accompagne de l’augmentation des
molécules HLAII et les molécules de costimulation tel que B7.1,CD40 et ICAM-1
[98,99,100 ,101,102].
22
II-7-4 Immunité adaptative anti-M.tuberculosis :
Les lymphocytes T (LT) sont les principaux effecteurs de l’immunité adaptative. Les LT sont
générés dans le thymus et expriment un récepteur dimérique à l’antigène appelé TCR (pour Tcell receptor). Il existe deux grands types de TCR : les TCR composés d’un hétérodimère de
chaînes α et β exprimés par les LT ou TCR αβ, et ceux composés d’un hétérodimère de
chaînes γ et δ (LT ou TCR γδ). Au cours de la vie foetale, le thymus génère majoritairement
des LT γδ, puis, après la naissance, la proportion de LT αβ augmente et ces derniers
constituent plus de 90% des LT générés. Les LT γδ chez l’adulte sont essentiellement
adressés vers les épithéliums, et leurs fonctions seront abordées à la fin de ce chapitre. Les LT
αβ sont distribués en deux populations selon la nature du co-récepteur membranaire du TCR :
les LT CD4+ et les LT CD8+ [103].
L’immunité adaptative à médiation cellulaire est représentée par l’implication des différentes
populations lymphocytaires principalement les lymphocytes T CD4+ qui ont un rôle central
et les autres populations lymphocytaires T tels que les lymphocytes T CD8+, lymphocytes
Tγδ et les lymphocytes T CD1-réstreints. Cette immunité est spécifique des antigènes
mycobactériens [103,104]. Chez la souris une semaine après l’infection, des lymphocytes T
CD4+ et CD8+ sont détectés dans les canaux lymphatiques drainant les ganglions
lymphatiques régionaux, et 2 à 4 semaines après, ces lymphocytes sont présents dans le
parenchyme pulmonaire au niveau du site de l’infection. [105, 106,107]
II-7-4-1- Lymphocytes T CD4+ :
La fréquence élevée de la tuberculose chez les sujets infectés par le HIV est dùe a une
diminition de nombre des Lymphocytes T CD4+ et de leur fonction, ce qui entraine une
susceptibilité a faire une tuberculose maladie par voie endogène ou exogene d’où le role des
Lymphocytes T CD4+ dans la réponse anti-M.t. [108, 60, 61,109] Les souris déplétées des
gènes du CD4+ et du CMHII sont remarquablement susceptibles au M.t [109,110] . Les
cellules dendritiques provenant du site de l’infection présentent des antigènes mycobactériens
aux lymphocytes T CD4+ dans le contexte des molécules du CMHII. [111]
In vitro, les TCD4+, spécifiques de M.t, activés par des cellules dendritiques se différencient
vers un profil Th1 avec la production d’INFγ et TNFα/β permettant au macrophage de
contrôler le bacille [90, 112, 113, 114, 115,116]
II-7-4-2- Lymphocytes T CD8+ à TCRαβ CMHI restreints :
Chez les personnes vaccinées infectées par le BK avec un test à la tuberculine positive, les
lymphocytes T à TCRαβ CD8+ spécifiques du M.t sont retrouvés dans les granulomes et dans
le sang périphérique. [117,118] Ces cellules activées synthétisent de l’INFγ mais moins que
les T CD4+, qui expriment les Granzymes, et les perforines en leur permettant de lyser les
macrophages infectés [119,120]. Les lymphocytes T CD8+ reconnaissent les antigènes
mycobactériens (ESAT-6, 85B, 85A, lipoproteine 19 Kd et CFP10) dans le contexte des
molécules HLAI [121,122 123,124].
23
II-7-4-3- Lymphocytes T CD1 restreints :
Les lymphocytes T à TCRαβ CD1 restreints reconnaîssent M.t. Chez l’homme la majorité
de ces cellules n’expriment ni CD4 ni CD8, elles sont doublement négatives, une minorité de
ces cellules exprime le CD8. Le CD1 est une molécule CMHI-like exprimé sur les cellules
présentatrices et impliqué dans la présentation des antigènes glycolipidiques. [125, 126,127]
Les lymphocytes T CD1 restreints reconnaissent des antigènes mycobactériens tels que :
l’acide mycolique, le phosphoinositolmannoside (PIM), le lipoarrabinomannane (LAM) et le
glucose monomycolate (GGM) qui sont tous des glycolipides, abondants de la paroi de M.t
[128]. Les lymphocytes T CD1 restreints, spécifiques des antigènes mycobactériens,
sécrètent des cytokines de type Th1, tels que l’INFγ et le TNF. [129].
II-7-4-4- Lymphocytes Tγδ :
Les lymphocytes Tγδ (sous populationVg9/Vd2) reconnaissent M.t. Les lymphocytes Tγδ
sont retrouvés dans les poumons des sujets atteints de la tuberculose [130,132].
Les lymphocytes Tγδ reste une population minoritaire du sang périphérique, ils sécrètent de
l’INFγ, les granulysines et ont une activité cytolytique contre les macrophages infectés par
M.t. [131, 132, 133,139].
II-7-4-5- Lymphocytes B et les anticorps :
Le rôle des lymphocytes B dans la protection contre l’infection tuberculeuse est contreversé.
Historiquement, il était considéré qu’ils ne jouaient aucun rôle dans la défense contreM.t.
Pourtant de plus en plus d’études démontrent le contraire. Les lymphocytes B pourraient avoir
un effet protecteur en favorisant la formation du granulome, en baissant la charge bactérienne
dans les poumons et en améliorant leur survie, via l’action d’anticorps [134]
II-7-5 La phase effectrice et la formation de granulome:
Les lymphocytes effecteurs spécifiques de M.t activés dans les ganglions lymphatiques
régionaux migrent vers le site initial de l’infection. Cette migration est dirigée par les
chimiokines libérées par les macrophages et les CDs dans le site initial de l’infection.
Plusieurs études ont montré que M.t induit l’expression de ces chimiokines, appelées
« chimiokines inflammatoires », dont : l’IL8 (CXCL8), MCP-1 (monocyte chimiotactic
protein-1 :) (CCL2), MIP1a (monocyte inflammatory protein-1) (CCL3), MIP1b (CCL4) et
RANTES (regulated on activation, normal T-cell expressed and secreted) (CCL5) [135, 136,
137, 138,139].
Les lymphocytes effecteurs expriment les récepteurs de ces chimiokines (importantes pour le
recrutement des effecteurs et le contrôle de l’infection) : CCR1, CCR2, CCR5, CXCR8,
CXCR3 et CXCR5 [140, 141,142]. Ce recrutement nécessite l’expression d’une ou plusieurs
adhésines sur les cellules endothéliales des vaisseaux au niveau du site de l’infection et qui
est provoquée par l’inflammation, et des intégrines dont l’activation est induite par les
chimiokines sur les cellules effectrices [143,144].
24
Schéma-9- Immunité innée et immunité adaptative (inspiré de [266])
BK
Macrophage
CD
NO ,TNF ,IL12
inhibition
TNF,INF-G
NK
Activation cellulaire
INF-G
TH1
TCD4
BACTERICIDIE
IL12
TH2
IL2
TCD 8
II-7 5-1- Formation du granulome :
Le remodelage cellulaire au site de l’infection marque le début de la formation du granulome.
La caséation est due à la nécrose des macrophages infectés, détruits sous l’action des
lymphocytes. Il s’agit là d’une nécrose limitée qui permet de contenir l’infection avant la
formation complète du granulome. Le granulome caséeux contient des lymphocytes au
centre qui se regroupent en anneau autour des macrophages infectés et non infectés, et se
trouvant en différents états d’activation, entourés de cellules géantes de Langerhans (résultant
de la fusion de macrophages) et de macrophages contenant des granules lipidiques dits «
foamy macrophages», ou macrophages spumeux ainsi que de fibroblastes.
25
Plus le granulome mature, plus il est vascularisé et plus la limite fibreuse entre les
macrophages et les lymphocytes est marquée. Au centre, M. t est soumis à l’hypoxie et la
privation en nutriments. Il entre alors dans un état de dormance avec une activité métabolique
faible et un taux de croissance quasiment nul. L’infection est alors contenue [134, 145,146].
Schema-10-Granulome [145]
II-7-5-2- Mécanismes effecteurs dans le contrôle de M.t :
II-7 5-2-a Rôle des cytokines :
La reconnaissance de M.t par les cellules phagocytaires conduit à l'activation et la
production de cytokines, ce qui induit l'activation et la production de celci dans un processus
complexe de réglementations cellulaires. Ce réseau de cytokine joue un rôle crucial dans la
réponse inflammatoire et le résultat d'infections mycobactériennes. [151,152]
-a1 -L’INFγ : Le rôle protecteur de l'IFN-γ de la tuberculose est bien établie,
principalement dans le contexte de l'immunité de cellules T spécifiques de l'antigène
[153,154]. L’INFγ est secrété principalement par les lymphocytes T CD4+ du granulome, et
en moindre degré par les lymphocytes T CD8+, les lymphocytes T γδ, et les lymphocytes T
CD1 restreints spécifiques de M.t. Il active les macrophages, et induit l’expression de NO
synthase 2 (NOS2, iNOS), qui permet aux macrophages de synthétisr des quantités suffisantes
de NO, une molécule antibactérienne puissante, et la destruction de M.t [89] [155,156].
26
-a2 -Le TNFα : La production de TNF-α est faite près stimulation des monocytes,
macrophages, et les cellules dendritiques.C’est une cytokine pro-inflammatoire qui joue un
rôle clé dans la formation de granulome, induit une activation des macrophages et possède des
propriétés immunorégulatrices. [145,159] [91]. Chez les souris, TNF-α est aussi important
pour le confinement d'une infection latente dans les granulomes(Le granulome des souris
déficientes en TNFα est désorganisé, avec une augmentation de la sévérité de l’infection qui
est plus marquée que chez les souris HLA classe II déficientes). [147,148] Chez les patients
atteints de la tuberculose, la production de TNFα est présente sur le site de la maladie et
représente le principal inducteur de la sécrétion des chimiokines inflammatoires, qui sont
responsables du recrutement des effecteurs et leur organisation dans le granulome [150].
L'utilisation de puissants anticorps monoclonaux anti-TNFα de dans la maladie de Crohn et de
la polyarthrite rhumatoïde a été associée à une réactivation accrue de la tuberculose. [149]
Il a un rôle aussi dans la formation et le maintien des granulomes, en paralelle avec l’INFγ
[154, 157, 158]
-a3 -Granulysines et perforines : Les lymphocytes T participent aussi à l’immunité
anti M.t par la libération des granulysines et des perforines qui sont des protéines
cytolytiques présentes dans les granules des lymphocytes cytotoxiques (CTLs) humains et les
cellules NK (la granulysines est absente chez la souris) [160,161,162,163,164,165][132].
Les granulysines en combinaison avec les perforines tuent les bacilles à l’intérieur des
macrophages infectés. Les perforines créent des pores, par lesquelles, la granulysine atteint le
bacille à l’intérieur des macrophages [160] [132].
II-7-6- Persistance de M.tuberculosis : Chez un nombre important des malades infectés,
le bacille persiste à l’état latent, qui pourra se réactiver après une longue période
cliniquement silencieuse. [174] Une caractéristique unique de M.t qui a la capacité d’exister
dans le granulome d'un hôte asymptomatique. L'état de l'infection latente constitue un
obstacle
majeur
à
l'éradication
de
la
tuberculose.
La réponse immunitaire de l'hôte contribue au maintien de l'infection tuberculeuse latente
jusqu’a ce qu’un état d’immunodifficience s’instale : virus de l'immunodéficience humaine,
traitement par l’anti-TNF…, qui est associé a une augmentation des risques de développer
une maladie de réactivation. [167,168] Ce contrôle de la réplication est dû surtout aux
conditions défavorables au niveau des granulomes. [169,170] M.t change durant cette phase
de latence le profil des gènes exprimés avec l’expression de nouveaux gènes lui permettant la
synthèse des protéines et enzymes nécessaires pour sa survie [169,171, 172, 173, 174, 175,
176,177].
27
Schema-11-régulation de l’immunité antituberculeuse [68]
II-8 IMMUNOPATHOLOGIE DE LA TUBERCULOSE
II-8-1 Histopathologie : Sur le plan histopathologique, apres stimulation antegenique, le
granulome caséeux se forme, il est représenté par une nécrose caséeuse au centre, les cellules
épithélioides et les cellules géantes multinuclées, le tous est entouré par une couronne
fibroblastique. La forme cavitaire est la plus contagieuse. [178,179]
II-8-2 Le phénomène de Koch (l’hypersensibilité retardée) : Deux semaines après
l’inoculation sous-cutanée d’une culture de BK à un cobaye neuf apparaît une ulcération au
point d’inoculation qui va persister. Les ganglions locorégionaux sont simultanément envahis
puis la rate et le foie. L’animal cachectique meurt en 2 mois .Robert Koch avait remarqué
qu’un cobaye tuberculinisé depuis plusieurs semaines réagissait très différemment à la même
inoculation. La réaction locale est précoce 24 a 48 H ,il se produit au point d’injection une
papule qui va se nécroser puis guérir définitivement .Cette réaction consiste en un rejet
accéléré de la nouvelle inoculation en montrant successivement une réaction locale
inflammatoire indurée, puis une nécrose centrale, puis une ulcération et une guérison de la
nouvelle inoculation. Cependant, la première inoculation qui a tuberculisé l’animal se
poursuit sans modification jusqu’à la mort de l’animal. Le phénomène de Koch révèle les
modifications survenues dans l’organisme en réponse à l’introduction de M. tuberculosis.
D’une part, la réaction locale accélérée correspond à un état d’hypersensibilité de l’organisme
vis-à-vis du bacille, en particulier des protéines dont la plus importante est la tuberculine.
D’autre part, la résistance à l’infection au point de la seconde inoculation traduit un état
d’immunité antituberculeuse acquise : l’immunité de surinfection. Celle-ci a un support
cellulaire et non humoral et est à la base de la vaccination antituberculeuse par le BCG.[180]
28
II-8 -3 Profil immunologique des malades atteints de la tuberculose: L’immunité antituberculeuse protectrice est une immunité cellulaire de type Th1. Lors de la primoinfection,
les antigènes de M.t sont présentés à des lymphocytes T naïfs par des cellules dendritiques.
Les lymphocytes Th0 sous l’influence de l’interleuline-12 se différencient en Ly Th1
producteurs d’IL-2, d’IFN-g; de TNF-a, et d’IL-3. Ces lymphocytes Th1 en migrant vers les
zones de présence du BK vont activer l’immunité à médiation cellulaire qui repose sur des
cellules T cytotoxiques, des lymphocytes NK et l’activation des macrophages. [181, 182, 183,
184, 185, 186].
La réponse Th2 et plus particulièrement l’IL4, diminue l’expression de NOS2 [187], et de
TLR2 [188,189], et diminue aussi l’activation des macrophages ce qui favorise la tuberculose
maladie
II-8 -4 La fibrose et nécrose : Le TNFα est la cytokine responsable des dommages
tissulaires représentés par la fibrose et la nécrose. [190] En effet chez l’homme, les
symptômes généraux de la tuberculose tels que la fièvre, la perte du poids et les dommages
tissulaires ressemblent aux effets pathologiques du TNFα comme cytokine pro inflammatoire
[189,191]
Le TNFα induit la nécrose et l’inflammation s’il est présent dans un environement Th1+
Th2. Quand la réponse immunitaire est dominée par une réponse Th1, la nécrose ne se produit
pas. Le profil cytokinique dans le site de l’inflammation chez les sujets malades était de type
mixte Th1+Th2 ce qui favorise les effets pathologiques du TNFα, favorisant ainsi les
dommages tissulaires.
Tandis chez les sujets qui contrôlent l’infection, la réponse est majoritairement de type Th1,
le TNFα n’a pas donc d’effets pathologiques et leur granulome n’évolue pas vers la nécrose
et la fibrose. Le mécanisme possible qui explique la toxicité du TNFα dans un
environnement Th1+Th2 est représenté par une diminution de TRAF-2 (TNF receptor
associated factor 2) par les cytokines de type Th2 (IL4 principalement), qui va entrainer une
anomalie de la voie de transduction de signal du TNF, et un changement de l’effet du TNFα
d’une fonction d’activation cellulaire vers une mort cellulaire [192,193]
29
Tableau-5- types de réponse immunitaire (Meya et MC Adam)
Th1
Th2
CD4+ et CD8+ lymphocyte T helper1
CD4+ et CD8+ lymphocyte T helper
Sécrétion des cytokines
Sécrétion des cytokines
IL2, IL12, IL15, INFƳ
IL4, IL-5, IL-6, IL9, IL10 et TNFα
et TNFα
Maturation de l’immunité a médiation Maturation de l’immunité a médiation
humorale
cellulaire
contre maladie chronique
Elimination des germes extracellulaire
et parasites
par activation du macrophage
formation du granulome
Destruction tissulaire et défaillance
immunitaire
protection contre MT
Susceptibilité à la tuberculose
30
II-9 FACTEURS GENETIQUES DE SUSCEPTIBILITE A LA TUBERCULOSE :
Selon Juan Carlos Palomino du « Mycobacteriology Unit Institute of Tropical Medicine
Nationale straat », « Dès les premières descriptions de la maladie, à l’époque des romains et
des grecs, ces causes ont été discutées avec trois principales hypothèses ayant pour but
d’expliquer les cas familiaux : l’hypothèse héréditaire, l’hypothèse de la contagion et
l’hypothèse des conditions défavorables de vie. Hippocrate pensait qu’elle était héréditaire,
tandis qu’Aristot et Galien pensaient qu’elle était due a la contagiosité “ [41]. L'énigme
fondamentale dans le domaine des maladies infectieuses est la variabilité clinique énorme
entre les individus au cours de l’infection notament dans la tuberculose où une personne sur
dix exposées et infectées par le BK devient malade, ce qui explique l’existance de variations
interindividuelles pouvant être en relation avec des facteurs de prédisposition génétiques.
[194, 195, 196,197]
II-9-1 Arguments pour une composante génétiques dans la susceptibilité à la
tuberculose: L’implication des facteurs génétiques dans la susceptibilité à la tuberculose a
été constatée dans plusieurs situations :
- l’existence d’une différence de susceptibilité à la tuberculose selon les races et les
ethnies : Une étude portant sur 250 398 vieillards dans les maisons de retraite en Arkansas
(USA) ayant benificiés d’une IDR a la tuberculine, a montrée que les résidents de la race
noire étaient plus susceptibles à la tuberculose (13,8%) que les américains de race Blanche
(7,5%). [3,41, 197, 198, 199,200] Cette différence de susceptibilité est attribuée à l’histoire
de l’exposition des populations au germe. »Stead et Bates » En effet, après 50 à 100 ans, la
mortalité et la morbidité atteignent maximum puis régressent progressivement, à cause de
l’émergence des gènes de résistance sélectionnés par l’épidémie. [3, 4,201]
- Dans l’expérience de Lübeck (Allemagne) en 1926, où 249 bébés ont été contaminés par
erreur par l’administration d’un M.t vivant virulent à la place du BCG, 173 d’entre eux ont
survécu [5, 6, 41, 202].
- Les études réalisées chez des jumeaux ont montré un taux de concordance pour la
tuberculose maladie plus grand pour les sujets monozygotes que pour les dizygotes.
[7,41 ,203]
Tableau -6-: principales études de la tuberculose chez les jumeaux
L’étude
Jumeaux
Taux
de Jumeaux Taux
de Référence
monozygotes concordance dizygotes concordance
Diehl (1936)
80
65%
125
25%
[203,41]
DEHLINGER(1938) 12
58%
230
66%
[41]
78
88%
230
28%
[203,41]
54
33%
148
14%
[203, 41,7]
Kallman
(1943)
Comstock
(1978)
31
-Les modèles animaux: L’experience avec les souris a montrée que les lignées
consanguines sont hautement sensibles à l’infection par M.t (souris CBA, DBA/2, C3H et
129/svj) et d’autres sont hautement résistantes (BALB/c, C57BL/6). [208, 209,210] Un gène
dominant présent sur le chromosome 1, désigné Bcg a été identifié et ensuite désigné sous le
nom NRAMP-1(Natural résistance-associated macrophage protein-1). [206, 207, 208,212,
213,214]
II-9-2 Méthodes de recherche de gènes de susceptibilité : L’approche dite « test
d’hypotheses » consiste à selectionner des genes candidats sur la base d’observations et
d’etudes realisées chez l’Homme ou dans le cadre de modeles experimentaux par exemple
chez la souris. L’approche dite « generation d’hypotheses » a pour objectif d’identifier des
genes d’interet potentiel en criblant dans un premier temps l’ensemble du genome. Les etudes
de liaison ont pour objectif d’identifier une ou plusieurs regions du genome segregeant de
façon non aleatoire avec le phenotype d’interet au sein d’un echantillon de familles. Les
etudes du profil de transcription ont pour objectif de determiner un ensemble de genes dont la
transcription est differentielle entre un groupe de malades et un groupe de temoins. Le
sequençage de la seule partie codante du genome (ou exome) et du genome entier permet
d’identifier l’ensemble des variants genetiques qui semblent specifiques des sujets atteints.
L’implication des genes candidats ainsi identifies est ensuite testee par des etudes
d’association entre les polymorphismes communs de ces genes et lephenotype d’interet. Le
principe general de ces etudes d’association consiste a comparer la distribution des frequences
alleliques de ces polymorphismes communs entre un echantillon de malades et un echantillon
de temoins. (Tableau7 et Schéma12)[215, 216, 217, 218, 219,220].
Chez l’homme, la stratégie générale pour identifier les gènes de prédisposition à une maladie
multifactorielle comme la tuberculose repose sur les méthodes de génétique épidémiologique,
avec deux grands types d’études : les analyses de liaison génétique et les études d’association.
Ces méthodes sont complémentaires, car chacune à ces intérêts et limittes, une méthode seule
ne peut pas identifier tous les gènes d’intérêt [221].
32
Tablaeu-7-méthodes de recherche génétique[219]
* Observations epidemiologiques
(variations individuelles)
génétique épidemiologique
Concept de génétique humaine
*Modèles expérimentaux
génétique mendélienne
Génétique mendélienne
Génétique épidémiologique
-phénotype rare et sévère
-phénotype commun
-petit échantillon
-grand échantillon
-pour identifier les mutations causales
-information épidémiologique (environnement et
génétique (lien familiaux, marqueurs)
-1 ou 2 gènes
Schéma-12- Stratégie générale de la recherche des gènes de susceptibilité dans une maladie
multifactorielle comme la tuberculose [215] (J. Gaschignard et al. / Pathologie Biologie 61 (2013) 120–128)
33
II-9-2-1- Analyses de liaison: Utilisées pour localiser une région chromosomique contenant
un ou quelques gène(s) d’intérêt. Cette approche permet d’explorer l’ensemble du génome par
criblage complet appelé « genome screen » et de détecter l’implication de gènes dont le rôle
est inconnu. [222]. L’analyse des résultats se fait par des programmes de déséquilibre de
liaison (Lod scor). [223, 224, 225,226]
Une étude de liaison à la tuberculose pulmonaire chez l’adulte a été effectuée dans la
population gambienne [226], analysant 85 couples de frères (sib-pairs). Une étude semblable
a été effectuée dans la population de l’Afrique du Sud analysant 88 couples de frères [229].
L’analyse complète du génome dans ces deux études n’a pas montré une liaison évidente
entre une région du génome et la tuberculose pulmonaire, montrant l’absence d’un gène
majeur de susceptibilité dans ces deux populations. Dans l’étude sur les Sud africains, deux
régions du génome 15q et Xq montrent une évidence limitée d’une liaison (LOD-scores de 2
et de 1,77 respectivement) non significative statistiquement.
Dans ce type d’études, pour que la région du chromosome soit associée à la maladie d’une
façon évidente, le Lod Scor doit être supérieur à +3 avec un p<10-4. [226]
Une étude réalisée sur la population Brésilienne portant sur 98 familles (704 individus)
présentant plusieurs cas de tuberculose pulmonaire, a montré une association du locus
17q11.2-q12 avec la susceptibilité à la tuberculose (LOD-score 1.3 P=0.01). Cette région
contient un certain nombre de gènes codant des molécules, dont certaines sont impliquées
dans la défense anti-M.t. Ces gènes sont : NOS2A, les chimiokines CCL2/MCP1,
CCL3/MIP1-α, CCL4/MIP1-β, CCL5/RANTES, CCR7, et certains gènes codant des
molécules de transduction de signal, et des activateurs de transcription tels que STAT3,
STAT5A et STAT5B. [227]
Une association statistiquement significative à été retrouvée entre le locus 8q12-q13
(LOD=3,49) et la susceptibilité à la tuberculose pulmonaire dans une étude portant sur 96
familles Marocaines, ayant au moins deux frères atteints de la maladie [228]. Cette
association n’était évidente que lorsqu’un des parents était atteint de la tuberculose, suggérant
un mode de transmission autosomal dominant du gène de prédisposition qui se trouve
probablement dans la région chromosomique mentionnée.
II-9-2-2- Etudes d’association :
Le polymorphisme génétique correspond à des variations naturelles d’une séquence d’ADN
au sein d’une population. Ces variations de séquence sont dues à des mutations successives
au cours de l’évolution et qui expliquent la diversité entre les individus et les populations.
En générale, la majorité des polymorphismes sont neutres mais une partie de ces variations
est fonctionnelle et influence les différences phénotypiques observée entre individus. [Fay,
Wrychoff et Wu 2002]. Ces polymorphismes pourraient modifier certains voies
physiologiques responsables de la résistance ou la susceptibilité à certain maladies
notamment la tuberculose. Il existe quatre types de polymorphismes : Chromosomique,
d’insertions, De taille et Ponctuel. [222, 223, 224, 225,255]
34
Le polymorphisme ponctuel correspond à des variations à l’échelle du nucléotide appelées
Singles Nucléotide polymorphisme (SNP) (Burton 2010) et on trouve en moyenne une
différence nucléotique tous les milles paires de bases entre 02 individus (Linder 2010), Ces
variations sont utilisées comme marqueurs moléculaires dans les études d’association
génétique .La diversité génétique observée chez l’homme dépend de la région génomique
étudiée et des populations considérées. [224, 225,255]
Les études d’associations ont pour principe général de comparer la fréquence des
polymorphismes d’un gène candidat entre des sujets malades et des sujets sains (différence
statistiquement significative entre les fréquences des allèles et des génotypes de ce gène chez
les malades (cas) et des sujets sains (témoins).
Cette méthode à un pouvoir de détection du gène très élevé, et si quelques centaines de
malades et de contrôles sont analysés, elle permet, avec 80% de chance, de mettre en évidence
une association entre un allèle du gène, contribuant avec un RR = 1,5 dans la susceptibilité à
la maladie [224,225].
Elle à l’inconvénient d’avoir des associations faussement positives si le contexte génétique
(les comorbidités, l’ethnie, l’âge,) des patients et des contrôles est différent [215].
Dans tous les cas, le rôle d’un polymorphisme dans la susceptibilité à la maladie ne peut pas
être validé que par des études fonctionnelles : faire une comparaison entre les
polymorphismes étudiés et leurs produits sur le plan d’expression et de fonctionnalité.
Certains gènes codant des molécules qui peuvent jouer un rôle dans la défense contre la
tuberculose, ont été étudiés pour voir s’il y a un allèle ou un polymorphisme qui peut avoir un
rôle. Le système HLA (CMH : complexe majeur d’histocompatibilité) à été le premier gène
examiné pour une éventuelle association à la tuberculose, d’autres études immunogénétiques
d’association ont été menées portant sur les TLR, TNF, IL, … [230, 231, 232,233]
II-10 Gènes candidats :
L’identification des gènes a permis de voir les éléments essentiels de la défense immunitaire
anti mycobactéries. Ces gènes ont également été étudiés pour voir s’ils peuvent exister
différents allèles ou des polymorphismes qui causent des changements essentiels dans la
fonction qui pourraient expliquer la variation individuelle dans la susceptibilité à la
tuberculose. Le polymorphe antigène humain leucocytaire (HLA) a été la première protéine à
examiner pour les associations à la tuberculose. [234](Tableau 9)
II-10 - 1 les alleles HLA de susceptibilité a la tuberculose : De nombreuses études ont
recherché des associations de sensibilité à la tuberculose avec notamment des allèles HLA du
complexe majeur d'histocompatibilité (CMH). Les loci du CMH sont divisés en classes I etII.
La classe I, HLA- A, B, et C , sont considérées comme étant principalement impliquées dans
la présentation de peptides générés dans le cytosol des cellules infectées par le virus à des
cellules T CD8 + , alors que la molécules de classe II , DR , DQ et DP présentent les
antigènes phagocytés , tels que les mycobactéries, à des cellules T CD4 +.[235 ,246].
35
Une méta -analyse (Kettaneh 2006) [247] a examiné la plupart des études antérieures ayant
déclaré l’association HLA avec la sensibilité à la tuberculose et a conclu qu'il n'y avait pas
d'association significative de la tuberculose pulmonaire avec des antigènes de classe I, mais il
y avait un effet protecteur pour le HLA B13 (OR 0,64, IC 95% 0,50 à 0,81, p = 0,0001). Les
porteurs de HLA-DR8 ont une grande probabilité (72%) de développer la tuberculose. Les
résultats pour les patients porteurs de HLA-DR2 étaient hétérogènes. [242]
II-10 -2 Cytokines et récepteurs des cytokines : les cytokines sont des médiateurs
intercellulaires essentiels pour notre système immunitaire, qui interviennent dans les
mécanismes de défense et de réparation tissulaire, mais aussi lors des réactions
anti-infectieuses et inflammatoires. Elles partagent des sous-unités de récepteurs
et leur systeme de signalisation. Leur fonction biologique peut varier selon le statut des
cellules cibles [189]
II-10-2-1- IFN-γ, IL-12 : l'IFN- γ est essentiel pour la défense contre les mycobactéries,
et par conséquent, le gène codant est un candidat évident pour des polymorphismes qui
pourraient affecter sa fonction et modifier la sensibilité à la tuberculose commune d’après des
études chez la souris (Flynn, 1993)[249]. Des études en Sicile ( Lio 2002), l'Afrique du Sud
(Rossouw 2003), Hong Kong (Tso 2004) , et l'Espagne ( Lopez- Maderuelo 2003), ont montré
que l'allèle A du gène de l'IFN- γ(( +874 T/A) ) était plus fréquente chez les patients atteints
de tuberculose, alors que l'allèle T était plus fréquente chez les contrôles [240,241,242]. Dans
les études sur l’IL- 12BR1 gène, codant pour la sous-unité bêta du récepteur de l'IL – 12, les
associations a la tuberculose ont été trouvées au Maroc (Remus 2004). [243]
II-10-2-2- TNF-α: Le polymorphisme TNF- α -308 G/A a été retrouvé protécteur contre
la tuberculose en Sicile (Scola 2003)[244] ; et l’ haplotype - 308A – 238G a été retrouvé en
Colombie ( Correa 2005) [245]. L’association du polymorphisme des gènes TNF- α et l’IL
10 semble protéger contre la tuberculose dans la population Tunisienne [246],
mais aucune association n'a été trouvée dans les études en Turquie (Oral 2006)[ 247] et l'Inde
( Selvaraj 2001) [248]. Une méta-analyse faite sur l’association des polymorphismes du
TNF- α et la susceptibilité à la tuberculose a montré des résultats différents selon les régions
et le statut HIV du malade. [249]
II-10-2-3- recepteur de la Vitamin D : la tuberculose a été traitée avec des suppléments de
vitamine D et la lumière du soleil qui était à la base du mouvement des sanatoriums ( Evans,
1994 )[250]. s'il existe des preuves que la vitamine D favorise l’activation des macrophages
dans la lutte contre M. tuberculosis ( Liu 2006 Rockett1998)[252], le mécanisme effecteur
n'est pas clair, et l'association de polymorphismes VDR avec la susceptibilité à la tuberculose
reste à prouver.[253]
36
II-10 -3- Toll-like receptors: L'une des premières lignes de défense du système immunitaire
est la reconnaissance et l'absorption des micro-organismes par les phagocytes professionnels:
les macrophages et les cellules dendritiques. Les TLR humains sont une famille de protéines
qui reconnaissent différents agents pathogènes et stimulent les voies qui activent le système
immunitaire inné, la production de cytokines, et le processus de l'immunité adaptative [255].
Les mycobactéries sont reconnus par TLR1 , 2 , 4 et 6 qui interagissent avec les protéines
adaptatrices MyD88 et le récepteur interleukine1 (TIR ) contenant des domaines protéines
d'adaptation ( TIRAP ) , pour activer les macrophages et les cellules dendritiques ( Heldwein
2002 )[254] . Trois études, en Turquie ( Ogus 2004), Corée ( Yim 2006) et Tunisie ( Ben Ali 2004) [ 19,256,257], ont examiné différents polymorphismes dans TLR- 2 , et tous les
allèles trouvés étaient plus fréquents chez les patients tuberculeux que chez les témoins.
Un polymorphisme de TLR4 (Asp299Gly) s'est révélé n’avoir aucun lien avec la tuberculose
dans une étude en Gambie (Newport 2004). [258].
D’autres polymorphismes ont été étudiés dans différents pays et pour différentes ethnies
(Caucasiens, Afro-Américains et Africains) et dont la plupart des résultats sont en faveur
d’une association entre le TLR2, TLR4, TLR6 et TLR9 et le risque d’une TP.[259, 260, 261,
262, 263, 264]
II-10 -4- DC-SIGN (dendritique spécifique de cellule - molécule d'adhésion
intercellulaire -3 ( ICAM- 3)) : DC-SIGN est une lectine présente sur les macrophages et les
cellules monocytes qui reconnaît de nombreux agents pathogènes. Il a été rapporté que la
liaison DC-SIGN empêche la maturation des DC par la signalisation médiée par un TLR,
ainsi diminue la réponse des cellules T et favorise la survie des pathogènes (Van Kooyk et
Geijtenbeek 2003) [265]. Chez l’homme l’induction de DC-SIGN par M.tb semble produire
des cytokines inflammatoires ce qui soulève clairement la question de savoir si DC-SIGN doit
être encore considéré comme un récepteur permettant l’échappement de M.tb à la réponse
immunitaire ou plutôt comme un récepteur impliqué dans la protection de l’hôte [266, 267,
268,269].
II-10-5- NRAMP (Natural Resistance-Associated Macrophage Protein): Le gène
NRAMP1 (natural resistance associated macrophage protein 1) code pour une protéine
intégrale des cellules phagocytaires professionnelles, macrophages et granulocytes, localisée
dans la membrane de leurs phagosomes. Il participe à la résistance naturelle aux infections :
en son absence, ou lorsqu’il est muté, la croissance des parasites intracellulaires,
Mycobacterium tuberculosis, leishmania, salmonelles… n’est plus contrôlée. Ce gène
appartient à une famille conservée dans l’évolution et ses analogues ont été mis en évidence
dans les plantes, les champignons, les bactéries, les levures et les vertébrés. L’analyse des
séquences déduites prédit un modèle topologique compatible avec un rôle de transporteur ou
d’échangeur ionique. [251].
Plusieurs polymorphismes de NRAMP1 sont associés à la susceptibilité à la tuberculose dans
l’ouest africain [270]. L’association de polymorphisme des gènes NRAMP, VDR et TNF- α
semble protéger contre la tuberculose en IRAN. [271]
37
Tableau -9- Roles des gènes
Gènes
Roles
HLA
TLR 2
TNF α
TIRAP
Les locus CMH (complexe majeur d'histocompatibilité)
sont divisés en classes I et II allèles. La classe I,HLA-A, B,
et C, sont supposés être principalement impliqués dans la
présentation de peptides générés dans le cytosol de cellules
infectées par le virus à des cellules T CD8 +, alors que les
molécules de classe II, DR, DQ et DP, présentent les
antigènes des agents pathogènes phagocytés, tels que les
mycobactéries, à des cellules T CD4 +.
M.tb est reconnu par le TLR2 et le TLR4, qui induisent
une activation des cellules dendritiques et une libération
des cytokines pro inflammatoires (TNF, IL-6 etc.)
formation et maintient du granulome, activation des
macrophages, induction de la NOS2.
protéine d’adaptation (impliquer dans la transmission des
signale des TLR).
IL12
agit sur les cellules NK induisant la synthèse d’interféron
(INF) qui en combinaison avec le TNF augmente la
résistance des macrophages.
INF γ
Recrutement et activation des monocytes sanguins.
IL1 B
action sur le système immunitaire inné qui induit la
prolifération
de
plusieurs
types
cellulaires
et
l’augmentation de l’expression de nombreux gènes qui
contrôlent la synthèse de médiateurs de l’inflammation (NO
synthétase, cyclo-oxygénase 2 et phospholipase A2).
NOS2
V D R(vit D)
la résistance des macrophages se fait à l’aide de la
génération des dérivées bactéricides efficaces tel que le NO
(nitric oxyde), qui est le produit de l’activation de la NOS2
par l’INFγ et TNFα.
augmente la capacité des macrophages à éliminer M.
tuberculosis, par induction de l'expression accrue de
réactifs intermédiaires d'azote .
38
NRAMP
MBL
DC SIGN
une protéine membranaire qui est exprimée dans les
macrophages qui sont responsable de la phagocytose et
présentation de l'antigène, il aide à développer des réponses
granulomateuses précoces et effectives, qui sont
essentielles pour contenir des bactéries.
MBL est une protéine de sérum de collagène produite par
le foie qui participe au système immunitaire inné, par la
liaison de ses ligands, il active le complément (cascade).
c’une lectine présente sur les macrophages et les monocytes
dérivés de cellules dendritiques qui reconnaît de nombreux
agents pathogènes, et peuvent modifier leur pathogenèse .
c’est un récepteur majeur pour M. t sur les cellules
dendritiques, probablement par liaison au mannose .
39
II-11 INTERET:
L'identification des principaux gènes de prédisposition à la tuberculose permettra une
meilleure compréhension
des mécanismes biologiques intervenant dans la réponse
immunitaire protectrice et l'expression clinique de la maladie [266].
* Sur le plan médical, les applications pour la stratégie de contrôle de cette infection seront
importantes:
- Détecter précocement les individus à risque, [273]
- Distinguer entre sujets susceptibles et résistants à la tuberculose, pour évaluer
les programmes de vaccination et l’efficacité du traitement.
* Sur le plan thérapeutique, ouvrir de nouvelles possibilités thérapeutiques plutôt orientées.
[274, 275, 276, 277]. La sélection pour la résistance ou la susceptibilité à la maladie est
considérée comme un défi dans le domaine de la génétique.
La sélection des sujets à risque sera faite en fonction de leur profil génétique.
Cette sélection ne remplacera pas les autres méthodes de lutte contre cette maladie, mais elle
doit s'intégrer à ces méthodes pour atteindre le maximum d'efficacité.
Les nouvelles techniques de biologie moléculaire et la connaissance croissante du génome
humain ont permis d’envisager un nouveau type de médecine : la médecine prédictive[278].
A l’aide de tests génétiques, la médecine prédictive cherche à évaluer les risques de maladie.
Les résultats permettent parfois de prévenir l’apparition de symptômes par la mise en place de
mesures de surveillance. [279,280]
II-12 LES LIMITES:
- Les multiplications des tests statistiques générés sur ces études nécessitent d'effectuer des
corrections par tests multiples [281].
- Le choix des témoins : La sélection des témoins doit être appropriée. Elle nécessite des
personnes de la même ethnie, vaccinée au BCG, ayant été en contact avec un tuberculeux sans
avoir développer une tuberculose maladie [222 ,233].
40
III) MATERIELS ET
METHODES
41
III-1- But de l’étude :
Notre travail consiste à rechercher des facteurs génétiques prédisposant à la tuberculose qui
permettront une meilleure compréhension des mécanismes biologiques intervenant dans la
réponse immunitaire aux M.t et dans l'expression clinique de la maladie (éventuelle
corrélation avec la sévérité et avec la réponse thérapeutique).
III-2- protocole d'étude :
III-2-1- Type d'étude:
Ce travail consiste en une étude cas-témoins. C’est une étude d’association basée sur l’analyse
de la distribution des allèles d’un polymorphisme d’un gène candidat entre une population
malades "cas-index" et des sujets sains "témoins" apparentés aux malades et non apparentés.
III-2-2- Lieu de l'étude:
Les patients ont été recrutés au service de pneumologie du CHU BEO et de l'unité de
contrôle de la Tuberculose et Maladies Respiratoires (SCTMR) de BEO dans la période allant
de 2009 à 2014.
III-2-3- Les moyens:
III-2-3-1- Structure de coordination: La SCTMR de Bab el oued est la structure principale.
III-2-3-2- Personnels:
- Promoteur: Pr Amrane (service de pneumologie, CHU BEO).
- Chercheur principal: Dr Benbetka (service de pneumologie CHU BEO).
-Chercheurs:
Dr Messabih (laboratoire d'immunogénétique et d’histocompatibilité,
Institut pasteur d'Alger),
Pr Amroune (laboratoire d'immunogénétique et d’histocompatibilité,
Institut pasteur d'Alger)
Pr Abadi (laboratoire d'immunogénétique et d’histocompatibilité,
Institut pasteur d'Alger)
Dr Tamouza (Laboratoire d’immunologie et d’Histocompatibilité,
INSERM U662, Hôpital Saint Louis, Paris, France.)
Dr Belaoudmou (service d’épidémiologie CHU BEO)
Dr Makhlouf (service d’épidémiologie CHU BEO)
- Techniciens: *Hadjimi Djelloul, Laouami Mustapha, Si tayeb sid Ahmed, Ait kaci
Messaoud, Abi Saliha. (Service de pneumologie CHU BEO et SCTMR).
*Bachira Fenouh, Kahina Babaci, Malika Akachouche (laboratoire
d'immunogénétique et d’histocompatibilité, Institut pasteur d'Alger).
42
III-2-3-3- Les examens para cliniques:
- Les examens des crachats à la recherche de BK (examen direct et culture) ont été réalisés
à l’institut pasteur d'Alger et à l'EPSP EL KETTAR.
-L'IDR à la tuberculine (tuberculine purifiée lyophilisée 0,1ml) a été faite à la SCTMR de
BEO et au Service de pneumologie du CHU Lamine Debaghine.
- La radiographie thoracique a été faite à la radiologie centrale de BEO et à l'EPSP de BEO.
-l’éxtraction d’ADN pour tous les prélèvements sanguins de nos malades a été faite a
l’institue pasteur d’Alger.
- L'étude génétique a été réalisée en 02 temps :
Pour les premiers prélèvements (75 cas et 204 témoins), l’analyse génétique a été faite par
l’équipe de l’IP au Laboratoire d’immunologie et d’Histocompatibilité, Hôpital Saint Louis
(Dr TAMOUZA et Dr MESSABIH) avec étude de 14 polymorphismes.
Pour tous nos malades et témoins l’analyse génétique
des deux polymorphismes
((TLR2 (2258) et TNFα -308)), a été faite par Dr Messabih à l'institut Pasteur d'Alger
(laboratoire d'immunogénétique et d’histocompatibilité Pr AMROUN.
III-2-3-4- matériels:
- Matériels de prélèvement (seringues, tubes spéciaux),
- Réfrigérateur pour conserver des prélèvements),
- Analyse génétique (réactifs et accessoires consommables),
- la tuberculine (tuberculine purifiée lyophilisée 0,1ml),
- la radiographie thoracique,
- Analyse statistique (logiciel et matériels informatiques,
- Papier blanc pour les fiches de renseignements et de prélèvements,
III-2-4- Matériel biologique : Cette étude à été effectuée sur l’ADN des malades et des
témoins extrait à partir de sang total prélevé sur anticoagulant selon la technique
d’extraction au phénol/chloroforme (voir chapitre III-3-7- techniques d’études
immunogénétiques).
III-2-5- Population de l'étude:
III-2-5-1- Echantillonnage :
La taille minimale de l’échantillon a été calculée grâce à un logiciel Epi-info V6 selon la
formule suivante : (Annexe11)
* p2 =p1xOR/ [1+p1 (OR-1)]
n=nombre de cas. n= m/4[1+ 1+ (2(c+1)/(mc(p2‐p1))]2 m=[zα (c+1)pq+z(1‐β) cp1q1 /p2q2]2/c((p2‐p1)2 43
*p= (p2+cp1) (1+c)
*q=1-p
*p1=proportion d’exposition
parmi les témoins
*c=ratio témoin/cas
*zα=risque α et z(1-β)=la puissance
Avec un risque d’erreur de 1ère espèce α = 5%, une puissance de 80%, un rapport témoin/cas
a 2 (1cas pour 2 témoins), un OR intéressant à détecter est de 2 et une proportion d’exposition
chez les témoins a 10% :
-n=cas index= 250.
- cn = Nombre de témoins=500 avec 250 non apparentés et 250 apparentés.
III-2-5-2- Critères d'inclusion:
*Cas index: Sont admis à l'étude tous les patients âgés de plus de 15 ans quelque soit leur sexe
présentant une TP prouvée (Microscopie+ et/ou Culture+ et/ou histologie positive), avec ou
sans TEP (tuberculose extra pulmonaire).
*Cas témoin: âgé de 15 ans et plus, sans antécédent de TP, volontaire et consentant.
- Non apparenté au malade (T2),
- Apparenté au malade (T1): père, mère, frère, sœur (vivant sous le même toit que le cas
index), avec une IDR négative et une radiographie thoracique normale.
III-2-5-3- Critères de non inclusion:
Ne seront pas admis:
-Les TEP isolées.
- Les patients ayant une maladie et/ou un traitement pouvant altérer les moyens de
défense (corticoïdes au long cours, diabète insulinodépendant, traitement aux
immunosuppresseurs, HIV positif).
III-2-5-4- Caractéristiques générales de la population : Les caractéristiques générales des patients et des sujets témoins sont résumées dans le
(tableau10). L’âge moyen des patients été de 38,3 ± 15,11 ans comparé a celui des témoins
apparentés qui était a 42,6 ± 14,79 et celui des témoins non apparentés qui était a 40,68 ±
13,42.La prédominance masculine est retrouvée chez les patients (59,2%), chez les témoins
apparentés (52,4%) et non apparentés (55,6%) avec un sexe ratio à 1,45 chez les malades ;
1,1 chez les témoins apparentés et 1,25 chez les témoins non apparentés.
Tableau - 10-: Caractéristiques générales de la population étudiée (SD: standard déviation)
Caractéristiques
Age (moyenne ± SD)
Patients
(cas)
(n = 250)
38,3 ± 15,11
Témoins
apparentés(T1)
(n = 250)
42,6 ± 14,79
Témoins
non P
P
apparentés(T2)
(cas/T1) (cas/T2)
(n=250)
0,01
0,06
40,68 ± 13,42
Age moyen des Hommes
39,49±14,34
44,41±14,34
41,36±12,87
0,001
0,12
Age moyen des Femmes
36,61±16,06
40,61±15,09
39,82±14,08
0,004
0,10
Sujet de sexe masculin
148 (59,2 %)
131 (52,4 %)
139 (55,6%)
0,12
0,41
Sujet de sexe féminin
102(40,8 %)
119 (47,6 %)
111 (44,4 %)
0,12
0,41
Sexe ratio
1,45
1,1
1,25
/
/
44
III-2-5-4-a caractéristiques de la population malade : L’étude inclut 250 patients recrutés au service de pneumologie CHU BEO et de l'unité de
contrôle de la Tuberculose et Maladies Respiratoires (SCTMR) de BEO durant la période
allant de 2009 à 2014.
a-1- caractéristiques épidémiologiques :
*Age :
L’âge moyen des malades est de 38,3 ± 15,11 ans avec des âges extrêmes de 15 et 89 ans.
Tableau-11- Répartition des malades selon l’âge
Masculin
15-20
20 - 29
30 - 39
40 - 49
50 - 59
60 - 69
70 - 79
80 – 89
Total
Nb
6
35
35
35
19
13
4
1
148
Féminin
%
4,1
23,8
23,8
23,8
12,9
8,8
2,7
0,6
59,2
Nb
9
32
22
20
6
7
6
0
102
Total
%
8,7
31,1
21,5
19,4
5,8
6,8
5,8
0
40,8
Nb
%
15
67
57
55
25
20
10
1
250
6.0
26.8
23.2
22
10
8
4
0,4
100.0
La répartition selon l’âge et le sexe montre un pic de fréquence entre l’âge de 20 ans et 49 ans avec
une prédominance masculine.
Figure-8-Répartition des malades selon l’âge et sexe
45
* Sexe :
Il existe une prédominance masculine chez nos patients avec un sexe ratio à 1,45.
Figure-9 -Répartition des malades selon le sexe
*Origine géographique :
Tous nos malades résident a Alger avec 139 (56%) patients sont de Bâb el oued, 62 (25%)
de oued koriche, 33 (13%) de la casbah, 11 patients (4%) de Bologhine, et 5(2%) sont de
Beau fraisier.
Figure-10 - Répartition des malades selon l’origine géographique.
46
* Habitudes toxiques
198 (79,2%) des patients n’étaient pas fumeurs.
Figure- 11-Répartition des malades selon la consommation du tabac
*Situation familiale
142 (57%) de nos malade étaient célibataires et 104 (42%) mariés.
Figure-12 -Répartition des malades selon la situation familiale
* Habitat
122 (48%) de nos malades habitaientt dans des appartements, 52(20,8%) dans des maisons
traditionnelles, 37(14,8%) dans des HLM (Habitation à Loyer Modéré), 25(10%) dans des
habitats précaires et 14 (5,6%) dans des villas.
Figure-13- -Répartition des malades selon l’habitat
47
* Niveau d’instruction
35 (14%) sont illettrés, 58 (23,2%) de niveau primaire, 129 (51,6%) de niveau secondaire et
28 (28%) universitaire.
Figure- 14-Répartition des malades selon le niveau d’instruction
* Profession
En utilisant la classification internationale des professions (Office nationale des statistiques :
code des professions), 110 (44%) de nos patients étaient sans profession, 52(20%) avaient
une profession libérale, 28 (11,2%) étaient des étudiants, 25 (0,8%) étaient des employées
public ou privé, le reste étaient des femmes aux foyers, retraités et des lycéen ou stagiaire.
Figure-15 -Répartition des malades selon la profession (Nr de la classification internationale des professions)
%
48
* Notion de contage tuberculeux :
Un contage tuberculeux dans l’entourage a été retrouvé seulement chez 26 cas (10%).
Figure-16 - Répartition des malades selon la notion de contage
III-3-2-4-b Caractéristiques des témoins :
b -1- Témoins apparentés aux malades (T1):
* Age :
L’âge moyen est de 42,60+-14,79 ans avec des extrêmes de 15 et 79 ans.
Tableau -12- Répartition des T1 selon l’âge
Masculin
15-20
20 - 29
30 - 39
40 - 49
50 - 59
60 - 69
70 - 79
Total
Nb
2
17
25
36
26
18
7
131
Féminin
Nb
%
1,5
13
19,1
27,5
19,8
13,7
5,3
52,4
Nb
2
30
28
19
21
15
4
119
%
1,7
25,2
23,5
16
17,6
12,6
3,4
47,6
Total
%
4
47
53
55
47
33
11
250
Figure-18 -Répartition des témoins apparentés selon l’âge et le sexe.
49
1.6
18.8
21.2
22.0
18.8
13.2
4.4
100.0
*Sexe:
Prédominance masculine (131 cas) chez les témoins apparentés, Le sexe ratio est à 1,1.
Figure-17 -Répartition des témoins T1 selon sexe
b -2- Témoins non apparentés (T2) :
*Age : L’âge moyen est de 40,68+-13,42 ans avec des extrêmes de 15 et 79 ans.
Tableau-13- Répartition des T2 selon l’âge
Masculin
15-20
20 - 29
30 - 39
40 - 49
50 - 59
60 - 69
70 - 79
Total
Nb
6
20
36
33
34
8
2
139
Féminin
%
4,3
14,4
25,9
23,7
24,5
5,8
1,4
55,6
Nb
1
34
25
19
21
9
2
111
Total
%
0,9
30,6
22,5
17,1
18,9
8,1
1,8
44,4
Nb
7
54
61
52
55
17
4
250
Figure- 20-Répartition des T2 selon l’âge et le sexe
50
%
2.8
21.6
24.4
20.8
22.0
6.8
1.6
100.0
*Sexe : Prédominance masculine (139 cas) chez les témoins non apparentés. Le
sexe ratio est à 1,25.
Figure-19 -Répartition des témoins T2 selon sexe
III-2-6- Déroulement de l'étude :
Tous les malades et les témoins recrutés répondaient aux critères d’inclusion et non inclusion
de l’étude et le déroulement de l’étude c’est fait comme suit après avoir expliqué aux malades
et aux témoins le but de l’étude et leur avoir fait signer la fiche de consentement au début de
l’intérogatoire :
III-2-6-1- pour les malades (cas index):
Ils avaient tous bénéficié d’un bilan initial réalisé dans le cadre de la prise en charge de
routine des malades présentant une tuberculose pulmonaire.
Ils étaient pris en charge soit à l’hôpital pour les cas compliqués (miliaire, pyopneumothorax), soit au SCTMR de Bab el oued pour les cas simples et déclarés sur le registre
de déclaration des cas de tuberculose. L’enquête familiale à la recherche d’autres cas de TP
etait systématique chez les enfants et les adultes.
-L’interrogatoire : renseignait sur l’état civil du malade, les conditions socio-économiques,
ses antécédents et les comorbidités éventuelles, ainsi que sur la notion de contage
tuberculeux.
Il recherche les signes fonctionnels respiratoires, extra-respiratoires et les signes généraux.
-L’examen clinique : permettait d’apprécier l’état général du patient, le poids et les signes
cliniques de gravité ainsi que les signes extra-respiratoires à la recherche d’une localisation
autre que pulmonaire (adénopathie périphérique…).
-Dans le cas ou le médecin chargé de l'étude n'a pas pu prendre en charge le patient à
l'admission, tous les renseignements enregistrés étaient vérifiés quant le patient était convoqué
pour le prélèvement.
-La radiographie du thorax a été faite pour chaque malade et les lésions étaient évaluées
selon classificalation « British Médical Research Council (BMRC) ». (Annexe4)
51
- L’éxamen des crachats à la recherche des BK (sans culture) ont été réalisés au niveau du
SCTMR de BEO ou au niveau du laboratoire central de BEO. L’examen direct avec culture a
été réalisé au laboratoire de l'EHS EL-KETTAR (Annexe 6)
-Dans le cas ou le diagnostic bactériologique n’a pas pu être obtenu, d’autres examens
complémentaires ont été réalisés (fibroscopie bronchique, biopsie transpariétale, biopsie
ganglionnaire…)
-Un prélèvement sanguin a été fait, sur tube EDTA. Le sang est soit acheminé directement à
l’institut pasteur d’Alger, soit mis à -200c et acheminé ultérieurement pour extraction d’ADN
et analyse génétique.
-Le traitement ainsi qu’un suivi du patient ont été instaurés selon les recommandations du
PNLAT (2RHZE/4RH en fonction du poids)
-La surveillance du traitement a été faite durant 6 mois et la déclaration de la guérison a été
décidée sur examen direct négatif au 5eme et 6eme mois du traitement.
III-2-6-2- Pour les témoins :
Le recrutement des témoins apparentés se faisait en même temps que l’enquête familiale des
sujets contacts. Pour les témoins non apparentés le recrutement se faisait par différentes
méthodes : personnes volontaires ou lors d’établissement d’un certificat de phtisiologie.
Etaient réalisés :
-un interrogatoire et un examen clinique complet à la recherche d’antécédents de tuberculose
et/ou de tuberculose extra pulmonaire,
- une radiographie du thorax normale,
- une IDR a la tuberculine négative,
-Un prélèvement sanguin a été fait, sur tube EDTA. Le sang est soit acheminé directement à
l’Institut Pasteur d’Alger, soit mis à -200c et acheminé ultérieurement pour extraction d’ADN
et analyses génétiques. (Annexe-2-et -3-)
III-2-6-3- Recueil des données:
Le recueil des données a été fait sur un questionnaire établi spécialement pour l'étude et
comprenant tous les items indispensables à la réalisation des objectifs, et rempli pour chaque
malade (Annexe-1-) et témoin (Annexe-2-)
Un numéro d'enregistrement a été attribué à chaque cas admis, le malade etait inscrit dans
un registre spécial comprenant le nom, prénom, âge, adresse et le numéro de déclaration.
III-2-6-4- Un consentement éclairé a été signé par les sujets participant à l'étude (au début de
l’intérogatoire). (Annexe 5)
III-2-6-5- Organisation des contacts entre les centres participants :
Le recrutement des malades et des témoins se faisait en collaboration entre les unités
d’hospitalisation et l’UCTMR de BAB EL OUED ; ainsi chaque admission etait enregistrée.
Chaque prélèvement acheminé vers l’Institut Pasteur était muni d’une fiche de renseignement.
52
III-2-6-6- Organisation du suivi de l'étude, et analyse des données :
Le suivi de l’étude se faisait régulièrement sur les deux fronts : la vérification des fiches de
renseignements et des critères d’inclusion et de non inclusion lors du recrutement des
malades et des témoins et l’évaluation de la qualité du prélèvement et la disponibilité du
matériel pour l’analyse génétique.
L’analyse des données a été faite après avoir terminé l’étude génétique de tous les cas.
III-2-7- Techniques d’études immunogénétiques :
III-2-7-1- Extraction d’ADN par la technique du phénol / chloroforme
III-2-7-1-a- Principe :
Les acides nucléiques sont extraits du sang total par un procédé classique utilisant le couple
phénol/chloroforme. En effet, le phénol est un excellent agent dénaturant permettant de
séparer efficacement les protéines des acides nucléiques. Il est ensuite éliminé par du
chloroforme, agent non miscible avec l’eau. La séparation de la phase aqueuse contenant les
acides nucléiques de la phase organique peut se faire par centrifugation. Les acides nucléiques
sont finalement récupérés sous forme solide après précipitation par l’alcool éthylique ou
isopropylique, et peuvent être conservés plusieurs années à +4°C. [283]
III-2-7-1-b- Technique :
L’extraction de l’ADN s’effectue à partir de sang veineux prélevé sur anticoagulant
(EDTA5%). Elle peut se faire soit sur sang frais ou sur un échantillon conservé à – 20°C. Elle
se déroule en trois étapes :
b-1 Préparation du culot globulaire.
b-2 Extraction et purification de l’ADN
b-3 Dosage et contrôle de la qualité de l’ADN
* Dosage de l’ADN : Ce dosage s’effectue par spectrophotométrie à 260 nm.
La concentration de l’ADN est exprimée en µg.
* Contrôle de qualité d’ADN par électrophorèse :
Avant toute utilisation, on
vérifie que l’ADN extrait est de haut poids moléculaire, c'est-à-dire qu’il n’a
pas été dégradé au cours des différentes manipulations d’extraction et de
purification. Pour cela, on a recours à l’électrophorèse sur gel d’agarose à 1%
dans du tampon Tris-Borate-EDTA 1X (TBE 1X), avec un dépôt de 1µg
d’ADN en présence de bromure d’ethidium. Si l’ADN n’est pas dégradé
l’électrophorèse montre une seule bande qui migre très lentement. [283]
53
III-2-7-2- Techniques d’études biologiques utilisées : Les trois types de techniques utilisées
sont : la PCR-SSP, PCR-RFLP et PCR-TaqMan.
III-2-7-2-a- La réaction de PCR : La méthode d’amplification de séquences nucléiques
par polymerase chain reaction (PCR), chef de fil des méthodes d’amplification génique, a été
décrite par Kary Mullis en 1983 et publiée en 1987. [283 bis]
a-1 Principe : La PCR est basée sur la capacité de l’enzyme ADN polymérase à synthétiser
le brin complémentaire d’un ADN servant de matrice. Pour initier le processus, un couple
d’amorces d’acide nucleique (primers) doit s’y associer afin de servir d’amorce. Cette
amorce ou primer, de séquence complémentaire à celle du brin matrice, est un oligonucléotide
synthétique d’une longueur de 17 à 30 bases. Son association à l’ADN cible est suivie de son
élongation par la polymérase, aboutissant ainsi à la synthèse d’un ADN double brin.
III-2-7-2-b - Etude des polymorphismes par PCR digestion enzymatique ou PCR-RFLP
(Restriction fragment lenght polymorphism)
b-1 Principe : La PCR-RFLP permet de détecter des mutations ponctuelles par la mise en jeu
d’une enzyme de restriction capable d’hydrolyser le produit PCR au niveau de la séquence
où se situe la mutation ou le SNP d’intérêt. Cette approche n’est possible que si un site de
restriction est effectivement présent sur cette séquence, qu’il s’agisse de l’allèle muté ou de
l’allèle sauvage. Après hydrolyse des produits PCR, on obtient un ou deux fragments d’ADN
qui sont ensuite révélés par électrophorèse. [283]
III-2-7-2-c- Réaction PCR-SSP
c-1 principe : Principe : La PCR-SSP (PCR - Séquence Spécific Primers), mise au
point en 1992 par Ole Ollerup et Zetterquist est basée sur le principe que l’amplification par la
Taq Polymérase, n’est effective que lorsque l’amorce est parfaitement complémentaire de la
séquence de l’ADN cible. Les couples d’amorces sont définis pour être spécifiques d’un seul
allèle ou d’un groupe d’allèles. Ils permettent leur amplification et l’obtention d’un résultat
positif. Si, par contre, le couple d’amorces ne correspond pas à la séquence cible, il n’y aura
pas d’amplification et le résultat sera négatif.
Après la PCR, les fragments d’ADN amplifiés sont séparés par électrophorèse sur un gel
d’agarose et visualisés par coloration avec le bromure d’éthidium sous lumière UV.
L’interprétation des résultats PCR-SSP est basée sur la présence ou l’absence de fragments
spécifiques amplifiés. Un couple d’amorces de contrôle interne est intégré dans chaque
réaction PCR. Ce couple d’amorces témoin amplifie une région conservée du gène de la βglobine humaine qui est présente dans tous les échantillons d’ADN et permet de vérifier
l’efficacité de la réaction PCR.
54
III-2-7-2-d-
Génotypage par hydrolyse de sondes fluorescentes ou sondes TaqManTM
d-1 principe : Le principe de cette technique est basé sur l’activité 5’
exonucléasique de l’ADN polymérase, enzyme qui hydrolyse une sonde hybridée à la
séquence cible (figure 20) au cours de la PCR durant la phase combinée d’hybridation et de
polymérisation. [283]
Les typages alléliques ont été réalisés en ayant recours à des sondes fluorescentes TaqMan®
MGB (Minor Groove Binder) marquées avec :
• Un fluorophore à l’extrémité 5’ qui peut être FAM pour l’allèle normal et VIC ou
autre pour l’allèle muté.
• L’extrémité 3’est marquée par un quencher non fluorescent (NFQ) ;
• Une molécule marquée MGB (minor groove binder) qui est accrochée au quencher, en
position 3’
La molécule MGB a une structure moléculaire lui permettant de s’insérer dans les petits
sillons de la double hélice formée par la sonde et sa séquence cible complémentaire ce qui a
pour avantage d’améliorer la sensibilité et la spécificité de la technique.
L’analyse et la lecture de la fluorescence se fait en point final avec le logiciel de l’appareil
ABI 7000 (Applied Biosystems) en considérant qu’une augmentation du signal :
• en VIC uniquement indique une homozygotie pour l’allèle 1,
• en FAM uniquement indique une homozygotie pour l’allèle 2,
• en VIC et en FAM une hétérozygotie.
Figure -21- : Principe de la discrimination allélique par TaqManTM [283-284]
d-2- Protocole opératoire : * Etape de pré-PCR :
• Equilibrer le AD-Mix (contient les amorces el les sondes)et le master-MIX (contient le
tampon, dNTP et taq polymérase) avec la température du laboratoire : faire sortir 30
min avant la manipulation
55
• Dans un eppendorf préparer le mix représenté par
o L’AD-MIX (40X) : 0.5µl * (n+1) échantillons
o Le masterMix (2X) : 10 µl * (n+1) échantillons
o Eau distillée (qsp 20µl) : 8.5 µl * (n+1) échantillons
• Vortexer le mélange et déposer 19 µl dans chaque puits
• Vortexer légèrement les ADN (à tester et les contrôles) et déposer 1µl dans les puits
correspondants
• Déposer 1 µl d’eau distillée dans les puits contrôles négatifs
• Fermer la plaque, s’assurer de l’absence de bulles d’air au fond des puits, faire une
légère centrifugation de la plaque.
• Mettre dans l’appareil de la PCR temps réel (7500 Real-Time PCR System dans notre
cas)
•
•
•
•
*Programmation de la PCR temps réel :
Cliquer sur l’icône du logiciel 7500 software v2.01
Cliquer sur “Advanced set-up”
Remplir la case « Experiment name » : donner un nom à la plaque
Vérifier et sélectionner les cases suivantes :
o 7500 (96 wells)
o Genotyping
o TaqMan reagents
o Standard
o Pre-PCR read, Amplification
Figure-22- programmation de l’appareil TaqMan
56
• Cliquer sur « plate-setup » (préparation de la plaque).
• sélectionner le SNP à étudier : cliquer sur « Saved SNP assay » puis sur TNF -308
• pour chaque puits :
o Identifier le patient : « Add new sample »
o Choisir le SNP à lancer
o Identifié (patient, ADN contrôle ou contrôle négatif) :
ƒ Contrôle homozygote VIC : sélectionner la position du puits, cocher sur
SNP et changer « Unknown » vers « Positive control allele1/1 »
ƒ Contrôle homozygote FAM : sélectionner la position du puits, cocher
sur SNP et changer « Unknown » vers « Positive control allele2/2 »
ƒ Contrôle Négatif : contrôle NTC, sélectionner la position du puits,
cocher sur SNP et changer « Unknown » vers « négative control »
Figure-23- la sélection de polymorphisme.
• Cliquer sur« Run methode » : Changer le volume réactionnel à 20µl. et laisser le
programme standard qui est
o 1 cycle : 95°C 10 min
o 40 cycles :
ƒ 95°C 15 sec
ƒ 60 °C 60 sec
• Mettre la plaque dans l’appareil
• Cliquer sur « start run »
• Sauvegarder le fichier de lecture de la plaque dans l’ordinateur
57
Figure-24- programme standard
III-2-7-3 Techniques utilisées pour chaque gène :
Pour les 14 polymorphysmes, plusieurs techniques ont été utilisées pour l’analyse génétique :
PCR –RFLP (Restriction fragment lenght polymorphism) a été utilisée pour les
polymorphismes TIRAP 180Ser/Leu (rs8177374, IL1RN86pb, L1B -511A/G (rs3087258)
et IL 12B 1188T/G (rs3212227). La PCR (polymerase chain reaction) simple a été utilisée
pour le polymorphisme HLA.
Alors que pour les deux polymorphysmes TNFα et TLR2 le génotypage par hydrolyse de
sondes fluorescentes ou sondes TaqManTM a été utilisée.
III-3-8- problèmes et difficultés rencontrés:
Durant la réalisation de notre travail, nous étions confrontés à des problèmes d’ordre pratique
aux différentes phases et d’ordre techniques pour les analyses génétiques.
-a : Le choix des gènes à étudier : Il a été difficile de réaliser les tests sur tous les
gènes choisis pour deux raisons : soit les réactifs n’étaient pas disponibles, soit l’analyse du
produit de ces gènes, qui est indispensable, était iréalisable pour des raisons téchniques ou de
coùt et l’exemple du recepteur du gène du vit D est le plus significatif. C’est pour ces raisons
que l’analyse des 14 polymorphismes a été faite à Paris(France) par l’équipe de l’IPA pour
les 75 cas index et 204 témoins puis complétée par l’exploration des deux gènes (TNFα-308
et TLR2(2258)) à l’Institut Pasteur d’Alger (par la meme équipe) pour tout les cas et témoins
recrutés.
-b : Le recrutement des cas et témoins : les cas index ont posé peu de problèmes, par
contre l’obtention du consentement des témoins était difficile ainsi que le recrutement pour
l’appariement des T1 selon l’âge et le sexe.
-c : Consommables et réactifs : Il n’y a qu’un seul distributeur Algérien des réactifs
indispensables
et
les
délais
de
livraisons
ont
été
longs.
-d : L’analyse immunogénétique : elle a subit quelques aléas, perte de quelques
prélèvements par défaut de tubes (éclatement après centrifugation), et interprétation difficile
pour certains suite a une mauvaise conservation des échantillons. (Annexe 13)
58
III-3-9- Analyses statistiques:
III-3-9-1 - Analyse descriptive :
La saisie des données a été faite sur le logiciel Epi-info V6 tandis que leur analyse a été
réalyser à l’aide du logiciel Epi DATA analysis V2.1. Les résultats sont exprimés en nombre
et pourcentage.
III-3-9-2- Analyse des facteurs de prédisposition génétique
La différence entre les fréquences génotypiques et alléliques entre les malades et témoins est
appréciée par le calcule du p (test de khi2 de Pearson), si le nombre d’individus est réduit (<5)
la correction de Yates s’impose. La différence entre malades et témoins est significative
quand le p est inferieur à 0,05. L’Odd ratio (équivalent du risque relatif) est calculé aussi pour
apprécier le risque de développer la maladie en ayant un génotype ou un allèle particulier.
III-3-9-3 Définitions retenues :
¾ La fréquence d’un allèle dans une population est le nombre d’allèles divisé par le
nombre total d’allèles au locus génétique considéré, pour une espèce diploïde, une
population de N individus contiendra 2N allèles pour chaque locus génétique. Les
sujets homozygotes pour l’allèle A seront comptés deux fois.
Fréquence allélique = (nombre d’allèles / 2N) 100
¾ La fréquence génotypique (c’est l’association des deux allèles situés chacun sur un
chromosome) est les nombre d’individus ayant un génotype particulier rapporté au
nombre total des individus (exemple pour un polymorphisme avec deux allèles A et
G, les génotypes possible sont AA, AG et GG).
Fréquence génotypique= (nombre de génotypes AA / N) 100
59
IV) RESULTATS
60
IV-1- Caractères de la population étudiée :
La population de l’étude comparait 250 patients ayant une tuberculose pulmonaire dont l’âge
moyen été de 38,3 ± 15,11 ans, et 250 témoins apparentés dont l’âge moyen été à 42,6 ±
14,79 ainsi que 250 témoins non apparentés dont l’âge moyen été à 40,68 ± 13,42.La
prédominance masculine a été retrouvée chez les patients (59,2%), chez les témoins
apparentés (52,4%) et non apparentés (55,6%) avec un sexe ratio à 1,45 chez les malades ;
1,1 chez les témoins apparentés et 1,25 chez les témoins non apparentés.
IV-1-1- Caractéristiques de la population malade
IV-1-1-a Caractéristiques cliniques :
*Mode de début de la maladie:
Le début était souvent progressif 233 (93,2 %).
Fig.26 Répartition des malades selon le mode de début
*Les Signes généraux :
Les signes généraux ont été retrouvés chez la majorité des malades, l’amaigrissement était
le plus fréquemment présent.
Fig. 27 les signes généraux
61
*Les signes fonctionnels : le symptôme majeur retrouvé dans notre série etait la
toux sèche (64,4%), l’hémoptysie a été retrouvée chez 24 patients (9,6%). Un cas de
TP a été découvert fortuitement.
Une malade s’est présentée avec une thrombophlébite des membres inferieurs sans
autres signes fonctionnels et deux patients avaient des signes généraux isolés.
A noter qu’un malade pouvait avoir un ou plusieurs signes en même temps.
Fig. 28 Répartition des malades selon les signes fonctionnels
Signes fonctionnels
161
26
19
toux avec expectoration muco‐purulente (m‐p)
toux sèche
toux avec expectoration hémoptoique
29
24
douleur thoracique
hémoptysie
14
dyspnée
1
1
découverte fortuite
Autre Tableau-14- Répartition des malades selon les Signes fonctionnels
Signes fonctionnels
toux avec expectoration muco-purulente (m-p)
toux sèche
tous avec expectoration hémoptoique
douleur thoracique
Hémoptysie
Dyspnée
découverte fortuite
Autre (thrombophlébite des membres inferieurs)
62
Nombre
19
161
26
29
24
14
1
1
%
7,60
64,40
10,40
11,60
9,60
5,60
0,40
0,40
IV-1-1-b Caractéristiques radiologiques :
Dans notre série 84% des malades avaient au moins une lésion cavitaire (type 9 de la
classification radiologique de la tuberculose selon l'OMS), souvent de siège bilatérale (B) et
d’étendue modérée ou importante (II ou III).
Parmi ces malades, il y eu 9 cas de miliaire hématogène et 4 Pyo-pneumothorax.
Fig.29 Répartition des malades selon les lésions radiologiques
Localisation
G
D
B
Etendue
III
Nb
49
81
120
%
19,60
32,40
48
106
42,40
II
119
47,60
I
25
25
210
40
84
16
Type
lésion
9
8
de
IV-1-1-c Caractéristiques bactériologiques : Le diagnostic a été fait dans 192 cas (77,7%)
par l’examen direct des crachats, dans 54 (21,6%) cas par culture, 9 (3,6%) cas par biopsie
bronchique ou biopsie transpariétale (BTP) et 20 cas (8%) par biopsie d’une TEP. Tous nos
malades a microscopie négative et culture négative (M-C-) ont eu une preuve par biopsie
(localisation extra-pulmonaire associée). A noter que parmi les malades dont la preuve a été
faite par biopsie, quelques uns ont eu entretemps une culture positive qui a été comptée parmi
les C+.A noter aussi que chez un malade le diagnostique peut être fait par plusieurs méthodes.
Fig. 30 Répartition des malades selon le mode de diagnostique
Tableau-13bis - le mode diagnostique
Mode
Nb
%
diagnostique
M+
192
70
C+
63
54
21,40
BTP
2
0,80
BIOPSIE
BRONCHIQUE
TP+TEP
(biopsie)
7
2,80
20
8
03 catégories de malades étaient identifiés: TP isolée=226 patients, TP avec TEP unique=20
cas et TP avec TEP a localisations multiples=04cas. (Tableau 14bis)
Tableau- 14 bis- Répartition selon l’association ou non avec TEP
l’association ou non avec TEP (n, %)
TP
TP avec TEP :
isolée
Epanchement Adénopathie
pleurale
Nb
(%)
Nb
(%) Nb
(%)
226 90,4
12
4,8
06
2,4
Ostéoarticulaire
Nb
02
(%)
0,8
TEP
(localisations
multiples)
Nb (%)
04
1,6
IV-1-1-d Prise en charge des cas de TP : Tous les malades ont été pris en charge selon les
recommendatios du PNLAT et ont reçu le schéma de la première ligne : 2 RHZE/4RH
pendant 06 mois.
IV-2- Résultats des polymorphismes étudiés
Seront exposés d’abord les résultats des polymorphismes de 14 gènes pour 75 malades et 204
témoins non apparentés dont les analyses ont été réalisés par l’équipe de l’IPA au
Laboratoire d’immunologie et d’Histocompatibilité, INSERM U662, Hôpital Saint Louis,
France puis ceux des résultats globaux des 02 gènes TNFα-308(rs 1800629) et TLR2 (2258
rs5743708) pour tous les malades comparés aux témoins apparentés et non apparentés dont
les analyses ont été fait a l’Institut Pasteur d’Alger, avec répartition des polymorphismes
selon l’âge, le sexe, le tableau radio-clinique et biologique.
Les résultats expriment le génotype de l’individu étudié (fréquence génotypique) ainsi que la
fréquence allélique. En exemple : pour le polymorphisme TNFα-380, les génotypes sont GG,
GA, AA et les allèles sont G et A.
IV-2-1 Résultats des 14 polymorphismes étudiés
Les tableaux représentent la répartition des génotypes et allèles des polymorphismes des
gènes entre cas et témoins non apparentés.
L’analyse des fréquences alléliques et génotypiques des polymorphismes étudiés a été
réalisée selon le type d’immunité.
IV-2-1-a Gènes de l’immunité innée
a-1 Analyse du polymorphisme TLR2 +596T/C :
Le génotype TC du polymorphisme TLR2 +596T/C (rs3804099) est légèrement plus fréquent
chez les témoins comparés aux patients (51,96% chez les témoins versus 39,7% chez les
patients avec un p=0.073) donc une tendance forte vers une association sans que la
différence significative soit atteinte. (Tableau 15)
64
Tableau- 15- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme de gène TLR2 +596T/C de
l’immunité innée entre les patients et les témoins.
TLR2 +596T/C (rs3804099)
Génotypes
Patients (n=73)
Témoins (n=204)
P
Nb
%
Nb
%
TT
23
31,5 106
51,9
0,211
TC
29
39,7 49
24,0
0,073
CC
21
28,7
49
24,0
0,423
Allèle
T
75
51,37 261
63,9%
0,776
C
71
48,63 147
36 ,1%
OR
IC
1,46
0,61
1,28
0,81-2,62
0,35-1,05
0,7-2,33
1,06
0,72-1,54
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, Nb=taille de l’échantillon, OR=ODD RATIO, IC=intervalle de
confiance)
a-2 Analyse du polymorphismeTLR2-16934A/T, TLR2+1349T/C et
TIRAP180Ser/Leu :
L’analyse de TLR2 -16934A/T (rs4696480), TLR2+1349T/C (rs3804100) et TIRAP
180Ser/Leu (rs8177374) n’a pas montré une différence statistiquement significative entre les
patients et les contrôles. (Tableau 16-17-18)
Tableau-16 - Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TLR2 -16934 A/T de
l’immunité innée entre les patients et les témoins.
AA
AT
TT
TLR2 -16934 A/T (rs4696480)
Patients (73)
Témoins(204)
Nb
%
Nb
%
21
28 ,77%
48
23,52%
34
46,58%
104
50,98%
18
24,66%
52
25,49%
Allèle
A
T
76
70
Génotypes
52,05%
47,95%
200
208
P
OR
IC
0,375
0,518
0,888
1,31
0,84
0,96
0,72-2,39
0,49-1,43
0,52-1,78
49,02% 0,529
50,98%
1,13
0,77-1,65
Tableau-17- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TLR2 +1349T/C de
l’immunité innée entre les patients et les témoins.
Génotypes
TT
TC
CC
Allèle
T
C
TLR2 +1349T/C (rs3804100)
Patients(73)
Témoins(204)
Nb
%
Nb
%
63
86 ,3 180
88,24
10
13,7
23
11,27
0
1
0,49
P
OR
IC
0,666
0,583
0,549
0,84
1,25
0,38-1,85
0,65-2,77
136
93,1
38
93,87
0,758
0,89
0,42-1,90
10
6,85
25
6,13
65
Tableau- 18- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TIRAP 180Ser/Leu
l’immunité innée entre les patients et les témoins.
TIRAP (975C/T) S180L (rs8177374)
Patients
Témoins
Nb
%
Nb
%
56
76,71 161
78,92
15
20,55
40
19,61
2
2,74
3
1,47
73
204
Génotypes
SS
SL
LL
Total
Allèle
S
L
Total
127
19
146
86,99
13,01
362
46
408
88 ,73
11,27
de
P
OR
IC
0,694
0,863
0,485
0,88
1,06
1,89
0,46-1,67
0,55-2,06
0,31-11,53
0,575
0,85
0,48-1,50
IV-2-1-b Gènes de l’immunité adaptative :
Le tableau 20 représente la répartition des génotypes et allèles du polymorphisme HLA E
(101/103) du gène de l’immunité adaptative entre malades et témoins.
Aucune différence significative n’a été retrouvée avec ce polymorphisme. (Tableau 20)
Tableau-20- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme HLA E (101/103)
l’immunité adaptative entre les patients et les témoins.
Génotype
101/101
101/103
103/103
Alleles
101
103
IV-2-1-c
Patients(73)
Nb
27
31
15
%
36,99
42,47
20,55
HLA E (101/103) rs 101/10364457
Témoins(204)
OR
P
Nb
%
78
38,24 0,850
0,95
92
45,10 0,698
0,90
34
16,67 0,456
1,29
85
58,22
248
61
41,7
160
Gènes des cytokines :
60,78
39,22
0,587
0,90
de gène de
IC (95%)
0,55-1,65
0,52-1,54
0,66-2,54
0,61-1,32
c-1 Analyse du polymorphisme TNFα -308G/A
Le génotype GG du polymorphisme TNFα -308G/A (rs1800629) est légèrement plus
fréquent chez les patients comparés aux témoins (81,06% chez les patients versus 71.08%
chez les témoins avec un p=0.094), et le génotype hétérozygote GA est légèrement plus
fréquent chez les témoins (17,57% chez les patients versus 27.45 % chez les témoins avec un
p=0.092) donc une tendance vers une association sans différence significative. (Tableau 21)
66
Tableau-21- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNFα -308G/A du gène des cytokines
entre les patients et les témoins.
TNFα -308G/A (rs1800629)
Génotypes
Patients(74)
Témoins(204)
Nb
%
Nb
%
GG
60
81,06 145
71,08
GA
13
17,57
56
27,45
AA
01
03
Allèles
G
133
89,86 346
84,80
A
15
10,14
62
15,2
P
OR
IC (95%)
0,094
0,092
0,941
1,74
0,56
0,92
0,91-3,36
0,29-1,10
0,09-8,96
0,127
1,59
0,87-2,89
c-2 Analyse du polymorphisme TNFα -1031T/C
Pour le polymorphisme du gène TNFα -1031T/C aucune différence significative n’a été
retrouvée entre les malades et les témoins. (Tableau 22)
Tableau-22- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNFα -1031T/C
cytokines entre les patients et les témoins.
Génotypes
TT
TC
CC
Allèles
T
C
Nb
43
22
10
111
37
TNFα -1031T/C (rs1799964)
Patients(75)
Témoins(204)
P
%
Nb
%
58,11
109
53,43 0,489
33,88
78
38,24 0,497
8,11
17
8,33 0,952
75
25
296
112
72,55
27,45
0,564
du gène des
OR
IC (95%)
1,21
0,82
0,97
0,71-2,07
0,47-1,44
0,37-2,56
0,74
0,74-1,75
c-3 Analyse du polymorphisme TNFα -238G/A
Pour le polymorphisme du gène TNFα -238G/A, pas de différence significative entre les
patients et les témoins. (Tableau 23)
Tableau-23- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNFα -238G/A du gène des cytokines
entre les patients et les témoins.
Génotypes
GG
GA
AA
Allèles
G
A
TNFα -238G/A (rs361525)
Patients(74)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb
%
63
85,14 177
86,76 0,727
11
14,86 26
12,75 0,646
0
1
0,546
137
11
92,57 380
7,43
28
93,14
6,86
67
0,816
OR
IC (95%)
0,87
1,2
0,41-1,86
0,56-2,56
0,92
0,44-1,89
c-4 Analyse du polymorphisme IL1RN 86pb VNTR :
Pour le polymorphisme du gène IL1RN 86pb VNTR (variable number of tandem repeats), pas de différence significative entre les patients et les témoins. (Tableau 24)
Tableau-24- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1RN 86pb VNTR du gène des
cytokines entre les patients et les témoins.
Génotypes
44
42
22
45
43
23
Allèles
4
2
5
3
IL1RN 86pb VNTR (variable number of tandem repeats )
Patients(73)
Témoins(204)
P
OR
Nb
%
Nb
%
54 73,97 133 65,2 0,588 1,40 11 15,07 56 67,45 0,146 0,19 2 2,74 2 0,98 0,178 0,17 2 2,74 4 1,96 0,580 1,50 3 4,11 7 3,43 0,816 1,66 1 1,37 2 0,98 0,994 2,1 124 84,93 333 81,62 0,826 1,44 16 10,96 62 15,20 0,784 / 2 1,37 4 0,98 0,901 / 4 2,74 9 2,21 0,910 / IC (95%)
0,18‐1,12 0,12‐1,20 0,12‐1,23 0,16‐1,15 0,20‐1,33 1,17‐1,30 0,81‐1,80 / / / c-5 Analyse du polymorphisme IL1B-511A/G :
Pour le polymorphisme du gène IL1B -511A/G pas de différence significative entre les
patients et les témoins. (Tableau 25)
Tableau-25- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1B -511A/G du gène des cytokines
entre les patients et les témoins.
L1B -511A/G (rs3087258)
Génotypes
Patients(71)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb
%
9 12,68 41 20,10 0,163 AA
41 57,75 102 50 0,260 AG
21 29,58 61 29,9 0,959 GG
Allèles
59 41,55 184 45,5 0,463 A
83 58,45 224 54,9 G
OR
IC (95%)
0,58 1,37 0,98 0,26‐1,26 0,79‐2,36 0,55‐1,78 0,78 0,59‐1,27 c-6 Analyse du polymorphisme IL1B+3953 G/A :
Pour le polymorphisme du gène IL1B +3953G/A, pas de différence significative entre les
patients et les témoins. (Tableau 26)
68
Tableau-26- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1B +3953G/A
cytokines entre les patients et les témoins.
Génotypes
GG
GA
AA
Allèles
G
A
IL1B +3953G/A (rs1143634)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb
%
35 47,95 92 45,10 0,675 30 41,10 85 41,67 0,932 8 10,96 27 13,24 0,615 100 68,49 269 65,93 0,573 46 31,51 139 34 Patients(73)
du gène des
OR
IC (95%)
1,12 0,98 0,081 0,66‐1,92 0,57‐1,68 0,35‐1,87 1,12 0,75‐1,68 c-7 Analyse du polymorphisme IL12B1188T/C :
Pour le polymorphisme du gène IL 12B 1188T/G, pas de différence significative entre les
patients et les témoins. (Tableau 27)
Tableau-27- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL 12B 1188T/G
cytokines entre les patients et les témoins.
Génotypes
TT
TG
GG
Allèles
T
G
IL 12B 1188T/G (rs3212227)
Patients(73)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb
%
36 49,32 98 48 0,852 33 45,21 82 40,2 0,456 4 5,48 24 11,76 0,126 73 204 105 71,72 278 68,14 0,396 41 28 130 31,86 du gène des
OR
IC (95%)
1,05 1,23 0,43 0,62‐1,80 0,72‐2,10 0,15‐1,30 1,20 0,79‐1,82 En conclusion pour les gènes de cytokines, l’analyse des polymorphismes TNF -1031T/C
(rs1799964), TNF -238G/A (rs361525), IL1RN 86pb VNTR, IL1B -511A/G (rs3087258),
IL1B +3953G/A (rs1143634) et IL 12B 1188T/G (rs3212227) n’a pas montré une différence
statistiquement significative entre les patients et les contrôles hormis une tendance vers la
significativité pour le polymorphisme TNFα -308G/A (rs1800629). (Tableau 22-23-24-25-2627)
69
IV-2-1-d
Gènes de la phase effectrice
d-1 Analyse du polymorphisme NOS2-277T/C :
Le génotype TT du polymorphisme NOS2-277T/C est légèrement plus fréquent chez les
patients comparés aux témoins (29,73% chez les patients versus 23,04% chez les
contrôles avec un P=0.090) avec une tendance vers une association sans différence
significative. (Tableau 28)
Tableau-28- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme NOS2-277T/C du gène de la phase
effectrice entre les patients et les témoins.
Génotypes
TT
TC
CC
Allèles
T
C
NOS2-277T/C (rs2779248)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb%
22 29,73 47 23,04 0,090 33 44,51 101 49,51 0,469 19 25,68 56 27,45 0,768 77 52,03 195 47,79 0,378 71
47,97 213
52,21 Patients(74)
OR
IC (95%)
1,41 0,82 0,91 1,18 0,78‐2,56 0,48‐1,40 0,50‐1,67 0,56‐1,73 d-2 Analyse du polymorphisme NOS2-1659G/A :
Pour le polymorphisme du gène NOS2-1659G/A, pas de différence significative entre les
témoins et les patients. (Tableau 29)
Tableau-29- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme NOS2-1659G/A de gène de la phase
effectrice entre les patients et les témoins.
NOS2-1659G/A (rs8078340)
Génotypes
Patients(74)
Témoins(204)
P
Nb
%
Nb
%
48 64,86 125 61,58 0,617 GG
25 33,78 66 32,51 0,842 GA
1 1,35 12 5,91 0,112 AA
Allèles
121 81,76 316 77,83 0,317 G
27 18,24 90 22,17 A
70
OR
IC (95%)
1,15 1,06 0,22 0,66‐2,01 0,60‐1,86 0,03‐1,71 1 ,28 0,79‐2,06 IV-2-2 Résultats de l’anlyse globale pour TNFα-308 G/A (rs 1800629) et TLR2G/A
(2258 rs 5743708):
Nous allons présenter les résultats des analyses des polymorphismes des gènes TNFα -308
G/A (rs 1800629) et TLR2G/A (2258 rs 5743708) chez les malades en comparaison avec les
témoins apparentés (T1) et non apparentés(T2). Une répartition de ces polymorphismes sera
faite ensuite en fonction du sexe, de l’âge et du tableau radio-clinique et biologique.
IV-2-2-a – Répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 (rs 1800629) et TLR2
(2258 rs 5743708) chez les patients atteints de TP et chez les témoins apparentés (T1) Nous avons comparés la répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 et TLR2
(2258) chez les patients atteints de TP et chez les témoins apparentés (T1), (tableau 30).
Pour le génotype GG du polymorphisme TNFα-308, les cas représentaient 75,61% et les
T1 75,11% avec un p =0,2.
De même pour l’allèle G qui représentaient 86,98% chez les cas et 86,66% chez les T1
avec un p=0,885.
Pour le génotype GG du polymorphisme TLR2(2258): les cas représentaient 99,37% et les
T1 99,4% avec un p=0,61.
De même pour l’allèle G qui représentaient 99,69% chez les cas et 99,42% chez les T1
avec un P=0,61.
Il n’existe pas de différence significative pour les polymorphismes des gènes TNF α-308 et
TLR2(2258) chez les cas de TP en comparaissant avec les T1. Le génotype GG était
prédominant sans différence significative.
Tableau-30- Répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 (rs 1800629) et TLR2 (2258 rs
5743708) chez les patients atteints de TP et chez les témoins apparentés (T1) Polymorphismes
TNFα308
T1
P
OR
IC (95%)
GG
%
75 ,61
N
169
%
75,11
0,89
1,03
0,67-1,57
GA
AA
55
4
22,72
01,65
52
4
23,11
1,77
0,92
0,80
0,98
0,93
0,64-1,61
023-3,76
13,3
86,7
99,42
1,15
0,885
1,03
0,70-1,50
0,61
0,94
1,84
0,54
1,16-20,46
0,05-6,03
0,61
1,84
1,17-20,42
242
TOTAL
TLR2
(2258)
Cas
N
183
A
G
GG
GA
AA
63
421
158
1
0
A
G
159
1
317
TOTAL
225
13,01
86,98
99,37
0,63
0,31
99,69
60
390
172
2
0
174
2
344
0,57
99,42
71
IV-2-2-b- Répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 (rs 1800629) et TLR2
(2258 rs 5743708) chez les patients atteints de TP et chez les témoins non
apparentés (T2): b-1- Sans appariement selon l’âge et sexe:
Nous avons comparés la répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 et TLR2
(2258) chez les patients atteints de TP et chez les témoins non apparentés (T2) sans
appariement selon l’âge et le sexe (tableau 31) :
Le génotype GG était prédominant sans différence significative pour le polymorphisme
TNFα-308 avec 75,9 % pour les cas de TP versus 72,68% pour les T2 avec un p=0,46 ; un
OR=1,17 et un IC=0,77-1,75. La fréquence allélique était dominée par l’allèle G pour les cas
(86,98%) et les Témoins (85,92%).
Ainsi que pour le polymorphisme TLR2(2258) le génotype GG était prédominant sans
différence significative avec 99,37% pour les cas de TP versus 99,01% pour les T2 avec un
p =0,71 ; un OR=1,56 ; et un IC =1,14-17,4. La fréquence allélique était dominée par l’allèle
G pour les cas (99,69%) et les Témoins (99,5%).
Notre étude ne retrouve pas d’association pour les polymorphismes des gènes TNFα -308 et
TLR2(2258) du fait de l’absence de différence significative des fréquences génotypiques et
allélique entre les cas et les T2. (Tableau 31)
Tableau-31- Répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 (rs 1800629) et TLR2 (2258 rs
5743708) chez les patients atteints de TP et chez les témoins non apparentés (T2) sans appariement.
Polymorphismes
TNFα-308
T2
%
75,9
22,82
1,66
N
173
63
2
%
72,68
26,47
0,84
14,07
P
OR
IC(95%)
0,46
0,34
0,69
1,17
0,82
1,98
0,77-1,75
0,54-1,24
0,36-10,93
GG
GA
AA
A
242
63
13,01
238
67
G
GG
421
158
86,98
99,37
409
202
85,92
99,01
0,68
0,71
1,08
1,56
0,75-1,57
0,14-17,4
GA
1
0,63
2
0,98
0,82
0,64
0,06-7,11
AA
0
0,68
1,64
0,15-18,20
TOTAL
TLR2
(2258)
Cas
N
183
55
4
0
A
159
1
0,31
204
2
0,49
G
317
99,69
406
99,50
TOTAL
72
b-2- Avec appariement selon l’âge et le sexe :
Nous avons donc comparés la répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 et TLR2
(2258) chez les patients atteints de TP et chez les témoins non apparentés (T2) avec
appariement selon l’âge et le sexe (tableau 32) :
Il n’existait pas de différence significative pour les patients et T2 entre l’âge et le sexe, de
ce fait l’appariement était possible.
Tableau-32- Répartition des polymorphismes des gènes TNFα-308 (rs 1800629) et TLR2 (2258 rs
5743708) chez les patients atteints de TP et chez les témoins non apparentés (T2) avec appariement.
Polymorphisme
Cas
T2
P< 0,05
OR
IC (95%)
N
%
N
%
GG
183
75,9 173 72,68 < 10-3
2,93
2,16-3,98
TNFα308
GA
55
22,82
63
26,47
< 10-3
0,34
0,25-0,45
AA
4
1,66
2
0,84
< 10-3
0,01
0,00-0,03
A
242
63
13,01
238
67
14,07
G
421
86,98
409
85,92
< 10-3
6,5
4,94-8,54
GG
158
99,37
202
99,01
< 10-3
2,20
1,78-2,83
GA
1
0,63
2
0,98
< 10-3
0,01
0,00-0,03
AA
0
0
A
159
1
0,31
204
2
0,49
G
317
99,69
406
99,50
< 10-3
4,06
62,00-7795,3
TOTAL
TLR2
(2258)
TOTAL
L’analyse montre une différence fortement significative pour les deux polymorphismes
TLR 2 et TNFα avec p<10-3 et OR >2 pour le génotype GG et l’allèle G.
IV-2-2-c Répartition des polymorphismes selon l’âge et le sexe
c-1 : Le sexe
La répartition génotypique pour le polymorphisme TLR2 (2258 rs5743708) entre les patients
et les témoins selon le sexe a retrouvé : (Tableau 33) (Tableau 3 /Annexe12)
Une fréquence significativement élevée du génotype GG chez les T2 de sexe masculin
(79,1%) en comparaison avec les patients du même sexe (63,9%), avec un p=0,0045, un
OR=0,47, et un IC=0,28-0,79.
73
Une fréquence significativement élevée du génotype GG pour chez les T2 du sexe féminin
(82,8%), en comparaison avec les patients du même sexe (62,19%) ; avec un p=0,001 ; un
OR=0,34 ; et un IC=0,18-0,64.
La répartition allélique montre une différence significative entre cas et T2 du sexe
masculin pour l’allèle G avec 99,4% chez les patients et 99,1% chez les T2, un p=0, 03,
un OR=17, 1 et un IC=11,5-19,7.
Aucune différence significative n’a été retrouvée pour le génotype GG entre les cas de TP et
les T1 pour les deux sexes.
Tableau- 33 - La répartition génotypique et allélique pour le polymorphisme TLR2 (2258 rs5743708) entre
les patients et les témoins selon le sexe.
Geno
Type
TLR2
(2258)
GG
G
MASCULIN
cas
FEMININ
T2
Cas
T2
(%)
N (%)
P
OR
IC
N
(%)
N (%)
P
OR
IC
94 (98,9)
110(98,8)
0,004
0,47
0,28-0,79
64
(100)
92
0,001
0,34
0,18-0,64
222 (99)
0,03
17,1
1,5-19,7
128 (100)
/
/
/
N
189 (99)
(100)
184 (100)
Aucune différence significative n’a été retrouvée entre les cas et T1 et T2 selon le sexe pour
le polymorphisme TNF α -308. (Tableau 34) (Tableau2/Annexe12)
Tableau- 34 - La répartition génotypique et allélique pour le polymorphisme TNF α-308(rs1800629) entre
les patients et les témoins selon le sexe.
Geno
type
MASCULIN
Cas
TNFα308
GG
GA
AA
A
G
FEMININ
N(%)
T1
N(%) p
N(%)
P
N(%)
N(%)
P
N(%)
p
110
(74)
35
(23)
2
(1,3)
87
(70,7)
32
(26)
4
(3,3)
100
(75,7)
30
(22,7)
2
(1,5)
0,67
73
(76,8)
20
(21)
2
(2,1)
82
(80,3)
20
(19,6)
0
0,86
73
(68,6)
33
(31,1)
0
0,51
147
39
255
123
40
206
95
24
166
102
20
184
0,12
0,98
0,57
0,64
T2
132
34
230
Cas
0,75
0,56
0,99
74
T1
T2
0,74
0,37
106
33
179
0,112
0,39
c-2 : L’âge
La stratification selon l’âge
pour le polymorphisme TLR2 (2258 rs5743708)
montre :(Tableau35) (fig31)
-Dans le groupe d’âge 30-39 ans : une différence significative (P=0,02 ; OR=0,37 ; IC=0,160,85) entre le génotype GG des malades qui représentaient 97,22% et ceux des T2 qui
représentaient 100% .
-Dans le groupe d’âge 50-59 ans : une différence significative (P=0,01 ; OR=0,22 ; IC=0 ,070,71) entre le génotype GG des malades (100%) et des T2 (100%).
-Dans le groupe d’âge 60-69 ans : Une tendance vers
différence significative (P=0,06 ;
OR= 0,27; IC=0,08-0,98) le génotype GG des malades (100 %) et des T1 (100%).
Tableau- 35 -Répartition du génotype GG de polymorphisme TLR2 (2258 rs5743708) selon l’âge entre les
cas de TP et les témoins (avec appariement).
Groupe
Patient
témoins
P
OR
(IC)
χ2
T2 : 100%
0 ,02
0,37
(0,16-0,85)
1,72
d’âge (ans)
30-39
97,22%
50-59
100%
T2 : 100%
0,01
0,22
(0,07-0,71)
0,44
60-69
100%
T1 : 100%
0,06
0,27
(0,08-0,98)
5,27
Fig.31 Répartition du génotype GG de polymorphisme TLR2 (2258 rs5743708)
de TP et les témoins.
75
selon l’âge entre les cas
La stratification selon l’âge et pour le polymorphisme TNFα -308 montre,
(Tableau 36)(Fig.32) :
-Dans le groupe d’âge 20-29 ans, une tendance vers une différence significative (P=0,08 ;
OR=2 ; IC=0,98-4,45) entre le génotype GG des patients qui représentaient 64,28% et ceux
des T1 qui représentaient 68,29%.
-Dans le groupe d’âge 50-59 ans, une tendance vers une différence significative (P=0,08 ;
OR=0,79 ; IC=0,26-2,37) entre le génotype GG des patients qui représentaient 72% et ceux
des T1 qui représentaient 81,81%.
Dans le groupe d’âge 60-69 ans : Une tendance vers différence significative (P=0,08 ;
OR=4,5 ; IC=1,05-19,2) entre le génotype GG des patients (84,21 %) et des T2 (53,33 %).
Tableau-36- Répartition du génotype GG de polymorphisme TNFα-308 (rs 1800629) selon l’âge entre les
cas de TP et les témoins
Groupe d’âge
Patient
témoins
p
OR
(IC)
χ2
(ans)
20-29
64,28%
T1 : 68,29% 0 ,08
2
(0,98-4,45)
1,59
50-59
72%
T1 : 81,81% 0,08
0,79
(0,26-2,37)
0,44
60-69
84,21%
T2 : 53,33% 0 ,08
4,5
(1,05-19,2)
5,27
Fig.32 répartition du génotype GG de polymorphisme TNFα-308 (rs 1800629) selon l’âge entre les cas de
TP et les témoins
76
IV-2-2-d Relations entre les polymorphismes et les formes radio-cliniques et biologiques.
d-1 : Antécédents de tuberculose pulmonaire :
Parmi les malades, ceux qui ont présentés une tuberculose pulmonaire antérieurement avaient
une fréquence génotypique GG du polymorphisme TLR2(2258) prédominante en
comparaison avec ceux sans antécédent avec une différence fortement significative (P=10-3 ;
OR= 0 ; IC=0-0,2).
Tableau-37- Répartition des génotypes des deux polymorphismes selon la présence ou non de tuberculose
dans les antécédents du malade.
Génotypes
TNFα
-308
TLR2
(2258)
GG
GA
AA
Total
A
G
GG
GA
AA
Total
A
G
Malade avec
ATCD de TP
Nb
%
8
80
2
20
0
10
2
18
2
20
0
0
02
0
4
Malade sans ATCD P
de TP
Nb
%
174
72,5 0,73
53
22,1 0,82
4
1,7
231
110
0,21
401
156
65
10-3
1
0,4
0
157
1
313
OR et IC (95%)
1,31(0,27-6,35)
0,84(0,17-4,07)
0,4(0,09-1,77)
0(0-0,2)
d-2 : Le mode de début :
Le début progressif était plus fréquent chez nos malades par rapport au mode aigu pour les 02
polymorphismes avec une prédominance de fréquence génotypique GG et allelique G.
Tableau-38- Répartition des polymorphismes TNFα -308 et TLR2(2258) selon le mode de début
Début (n, %)
TNFα -308
TLR(2258)
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
Aigu
Progressif
14(82,4)
3(17,6)
0
17
3
31
10(58,8)
0
0
17
0
20
168(72,1)
52(22,3)
4(1,7)
233
388
148(63,5)
1(0,4)
0
233
1
297
77
d-3 : les signes fonctionnels respiratoires :
La toux sèche était le symptôme prédominant avec une prédominance du génotype GG et
allèle G pour les 02 polymorphismes TNFα -308et TLR2(2258). (fig33-34)
Fig.33 Répartition des génotypes du polymorphisme TNF α -308 selon les signes fonctionnels
Fig.34 Répartition des génotypes du polymorphisme TLR2(2258) selon les signes fonctionnels.
78
d-4 : Le tableau radiologique :
Une prédominance des lésions cavitaires (type 9), d’étendue moyenne (II) ou importante(III)
et de siège bilatéral pour les 02 polymorphismes TNF α-308 et TLR2(2258) a été retrouvée.
(Fig. 35-36)
• Répartition des polymorphismes des cas selon le type, l’étendu et le siège
radiologique :
Le génotype GG est prédominant quelque soit le type, l’étendue et le siège des lésions
radiologiques pour les deux polymorphismes TNFα-308 et TLR2(2258).
Fig.35 Répartition des polymorphismes des cas selon le type, l’étendue et le siège radiologique
pour TNF α -308.
Fig.36 Répartition des polymorphismes des cas selon le type, l’étendue et le siège radiologique pour
TLR2(2258).
79
• Répartition des polymorphismes TLR2(2258) et TNFα -308 des les patients ayant
une TP avec des lésions non cavitaires (type 8 radiologique) et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Aucune différence significative n’a été retrouvée entre les patients ayant une TP avec des
lésions non cavitaires (type 8 radiologique) et les témoins T1 et T2. (Tableau 39)
Tableau-39- Répartition des polymorphismes TLR2(2258) et TNFα-308 chez les patients ayant une TP
avec des lésions non cavitaires (type 8 radiologique) et les témoins apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Lésions non cavitaires (Type 8 radiologique)
TNFα
-308
TLR2
(2258
)
GG
Patient
Nb
(%)
28
(70)
GA
10
AA
1
TOTAL
A
G
39
12
66
GG
31
GA
AA
TOTAL
A
G
0
0
31
0
62
T1
Nb
(%)
169 (75,1)
P
OR
0,66 0,84
T2
Nb
173
P
OR
(%)
(72,6)
0,90
0,96
(26,4)
0,91
0,96
(25)
52
(23,11)
0,73
1,15
63
(02,5)
04
(01,7)
0,73
1,45
2
(0,84) 0,33
3,11
0,85
238
67
409
0,75
0,90
225
60
390
(77,5)
0,62
158
(99,3)
202
1
0
159
0
317
(0,6)
02
0
204
0
406
(99)
(0,9)
• Répartition des polymorphismes des lésions cavitaires (type 9radiologique) et les
témoins apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Aucune différence significative n’a été retrouvée entre les patients ayant une TP avec des
lésions cavitaires (type 9 radiologique) et les témoins T1 et T2. (tableau40)
80
Tableau-40- Répartition des polymorphismes TLR2(2258) et TNFα-308 chez les patients ayant une TP
avec des lésions cavitaires (type 9 radiologique) et les témoins apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Lésions cavitaires (Type 9 radiologique)
TNF
α308
GG
cas
Nb
154
(%)
(73,3)
GA
45
(21,4)
52
AA
3
(1,4)
4
TOTAL
TLR
2
(2258
)
T1
P
OR
0,85
1,04
(23,11)
0,81
0,95
63
(1,7)
0,88
1,11
2
0,75
1,06
238
67
409
202
Nb ( %)
169
(75,11)
A
G
203
51
353
GG
127
(60,5)
158
(99,3)
0,87
0,8
GA
1
(0,5)
1
(0,6)
0,87
124
AA
0
128
1
255
TOTAL
A
G
225
60
390
0
159
0
317
0
T2
Nb ( %)
173
(72,6)
02
P
OR
0,44
1,18
(26,4)
0,29
0,79
(0,84)
0,30
2,37
0,52
1,13
(99)
0,85
1,26
(0,9)
0,85
0,80
0
204
0
406
• Répartition des polymorphismes des cas de miliaire radiologique et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Une stratification selon le type nous a permis de retrouver dans les cas de miliaire, une
différence significative pour le génotype GG du polymorphisme TLR2(2258) des malades
et des témoins (T1 et T2): (tableau 41et Fig.37-38)
Les patients représentaient 88,9% versus 99, 3 % pour les T1 avec un P=0,04 ; un
OR=0,05 ; et un IC=0-0,089.
Les patients représentaient 88,3% versus 99 % pour les T2 avec un P=0,01 ; un OR= 0,08;
et un IC=0,01-0,97.
NB : Test t de Student a été utilisé dans ce cas (échantillon <30)
81
Tableau-41- Répartition des polymorphismes TLR2(2258) et TNFα-308 des cas de miliaire et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2)
Type radiologique : miliaire
TNFα
-308
GG
GA
2
AA
0
9
2
16
TOTAL
A
G
TLR2
(2258
)
cas
Nb
7
GG
8
GA
AA
0
0
8
0
16
TOTAL
A
G
(%)
(77,8)
T1
Nb
(%)
169
(75,11)
(22,2)
(88,9)
52
(23,11)
4
225
60
390
(1,7)
158
(99,3)
1
0
159
0
317
(0,6)
Fig.37 Répartition des génotypes du
apparentés(T1) et non apparentés(T2)
P
OR
T2
Nb
(%)
173
(72,6)
0,85
1,16
0,95
0,95
63
(0,84)
0,78
1,23
2
238
67
409
0,04
0,05
202
(99)
02
0
204
0
406
(26,4)
P
0,73 1,32
0,77
0,79
0,72
1,31
0,01
0,08
(0,9)
polymorphisme TNFα -308 des cas de miliaire et les témoins
82
OR
Fig.38 Répartition des génotypes du polymorphisme TLR2-308 des cas de miliaire et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2)
d-5 : Répartition selon la présence ou non d’une TEP :
Dans notre échantillon de patients, 226 (90,4%) des malades avaient une TP seule, 20 (8 %)
avaient une TP associée à une TEP, et 4 (3,6%) avait une TP associée à plusieurs (≥2) TEP.
Une prédominance du génotype GG et de l’allèle G pour les 02 polymorphismes a été
retrouvée.
Aucune différence significative n’a été retrouvée en comparant les génotypes des 02
polymorphismes, entre les malades avec TP seul, et TP avec une TEP et ceux des TP seule et
TP avec TEP multiples. (tableau-42-)
Tableau -42–Comparaison des analyses des polymorphismes des cas de TP isolées avec ceux les cas
associés aux TEP uniques puis aux TEP multiples.
TNFα
-308
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
TLR2 GG
(2258) GA
AA
TOTAL
A
G
l’association ou non avec TEP (n, %)
TP isolée
TP avec TEP unique
Nb
(%) Nb (%) P
OR
TP avec TEP multiples
Nb (%)
P
OR
166
49
3
226
58
341
137
1
0
226
1
275
3
1
0
4
1
7
4
0
0
4
0
8
(73,5)
(21,7)
(1,3)
(60,6)
(0,4)
13 (65)
5 (25)
1
(5)
20
7
31
17 (85)
0
0
20
0
34
83
0,43
0,73
0,21
1,46
0,83
0,26
0,68
0,10
1,33
0,36
(75)
(25)
(100)
0,94
0,65
0,92
0,83
0,72
0,84
La comparaison entre les cas de TP isolées et les TP associées à une ou plusieurs TEP montre
une prédominance du génotype GG et de l’allèle G pour les 02 polymorphismes.
Aucune
différence significative n’a été retrouvée
en comparant les génotypes des 02
polymorphismes, entre les malades avec TP isolée, et les cas de TP avec une TEP unique ou
multiple (tableau-42bis-)
Tableau -42 bis– Comparaison des cas de TP isolées avec les cas associés aux TEP uniques aux TEP
multiples.
l’association ou non avec TEP (n, %)
TP isolée
TP avec TEP unique et multiple
Nb
(%)
Nb
(%)
p
OR
TNFα
-308
GG
166
(73,5)
16
(65)
0,55
1,80
GA
49
(21,7)
6
(25)
0,92
0,60
AA
3
(1,3)
1
(5)
0,18
0,17
TOTAL
226
23
A
58
7
G
341
38
0,54
1,23
TLR2 GG
137
(60,6)
21
(85)
0,15
0,38
(2258) GA
1
(0,4)
0
AA
0
0
TOTAL
226
21
A
1
0
G
275
42
Une comparaison entre les patients ayant une TP associée au TEP et les T2 nous a permis de
trouver une différence significative (P=10-3) pour le génotype GG des deux polymorphismes.
(Fig. 39)
Fig.39 comparaison des cas de TP associés aux TEP avec les T2.
84
d-6 : Bactériologie:
Dans notre série, 70% (192) de nos malades avaient un examen direct positif (+) ; 21%(54
cas) avaient une culture positive (+) et 2,8% (08 cas) avaient un examen direct et une culture
négative (M-C-) mais dont le diagnostic a été fait par une preuve extra pulmonaire(TEP).
Une prédominance du génotype GG et de l’allèle G pour les 02 polymorphismes a été
retrouvée quelque soit le statut bactériologique. (Tableau 43)
Tableau-43- Répartition des génotypes et des allèles des 02 polymorphismes selon la bactériologie
TNFα -308
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
TLR2(2258)
Résultats bactériologiques (n, %)
M+
C+
Nb
%
Nb
%
139
(72,4)
40
(74,1)
44
(22,9)
9
(16,7)
2
(1)
2
(3,7)
192
54
48
13
322
89
122
(63,5)
34
(63)
1
(0,5)
0
0
0
192
54
1
0
245
68
M-CNb
8
2
0
10
2
18
6
0
0
10
0
12
%
(80)
(20)
(60)
(M+=examen direct positif, C+= culture positif, M-C-= examen direct et culture négative)
La comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes
TNFα-308 et TLR2(2258) selon la bactériologie entre les cas à M+et les cas à C+ ne
montre pas de différence significative. (Tableau 44)
Tableau-44- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes selon
la bactériologie entre les cas à M+et les cas à C+.
M+
TNFα
-308
GG
G
Nb
139
322
TLR2
(2258)
GG
G
122
245
C+
%
(72,4)
Nb
40
89
%
(74,1)
(63,5)
34
68
(63)
p
OR
IC
0,62
0,95
0,8
0,9
0,39-1,75
0,51-1,89
/
/
/
/
/
/
(M+=examen direct positif, C+= culture positif, M-C-= examen direct et culture négative)
La comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes
TNFα-308 et TLR2(2258) selon la bactériologie entre les cas à M+et les cas à M-C- ne
montre pas de différence significative. (Tableau 45)
85
Tableau-45- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes selon
la bactériologie entre les cas a M+et les cas a M-C-.
M+
TNF
TLR
GG
G
GG
G
Nb
139
322
122
245
M-C%
(72,4)
(63,5)
Nb
8
18
6
12
%
(80)
(60)
p
OR
IC
0,7
0,6
/
/
0,7
0,7
/
/
0,15-3,60
0,17-3,3
/
/
(M+=examen direct positif, C+= culture positif, M-C-= examen direct et culture négative)
La comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes
TNFα et TLR2 selon la bactériologie entre les cas à C+et les cas à M-C- ne montre pas de
différence significative. (Tableau 46)
Tableau-46- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02 polymorphismes selon
la bactériologie entre les cas à C+ et les cas à M-C-
C+
TNF
TLR
GG
G
GG
G
Nb
40
89
34
68
M-C%
(74,1)
(63)
Nb
8
18
6
12
%
(80)
(60)
p
OR
IC
0,9
0,7
/
/
0,9
0,7
/
/
0,17-4,91
0,16-3,67
/
/
(M+=examen direct positif, C+= culture positif, M-C-= examen direct et culture négative)
L’analyse des cas de TP selon le type radiologique et le statut bactériologique précis ne
nous a pas permis de trouver une différence significative (Tableau 47) :
*Pour le génotype GG du polymorphisme TNFα :
Entre les cas ayant des lésions cavitaires et un examen direct positif (9M+) et les T1 (un p
=0,70 ; un OR =0,91et un IC= 0,58-1,44).
Entre les cas ayant des lésions cavitaires et une culture positive (9C+) et les T1 (un p=0,75;
un OR=1,18 et un IC=0,42-3,28)
Entre les cas ayant des lésions non cavitaires et un examen direct positif (8M+) et les T1 (un
p= 0,20;un OR= 1,90 et un IC=0,59-6)
Entre les cas ayant des lésions non cavitaires et une culture positive (8C+) et les T1 (un
p=0,20 ; un OR=1,69et un IC=0,63-4,5)
Entre les cas ayant des lésions cavitaires et un examen direct positif (9M+) et les T2 (un
p=0,41 ; un OR=1,20 et un IC=0,78-1,84)
Entre les cas ayant des lésions cavitaires et une culture positive (9C+) et les T2 (un p= 0,52 ;
un OR=0,91 et un IC =0,33-2,5).
86
*Pour le génotype GG du polymorphisme TLR2 l’absence de différence significative :
Entre les cas ayant des lésions cavitaires et un examen direct positif (9M+) et les T1 (un p=0,
61, un OR=0,99 et un IC=0,17-7,14) et entre les cas (9M+) et les T2 (un p=0,73, un
OR=0,85 et un IC=0,12-6)
Tableau-47- Répartition des génotypes des 02 polymorphismes selon la combinaison entre la
radiologie et la bactériologie
TNFα
-308
TLR2
(2258)
IV-2-2-e
GG
GA
AA
TOTAL
GG
GA
AA
TOTAL
Radiologie/bactériologie (n)
9M+
9 C+
8M+
8C+
M-C-
127
43
3
173
171
1
7
179
20
6
0
26
23
0
0
23
14
6
0
20
7
0
0
7
15
4
0
19
12
0
0
12
3
2
1
6
4
0
0
4
T1
T2
169
52
4
225
172
2
0
174
173
63
2
248
202
2
0
204
Relations entre les polymorphismes et l’évolution sous traitement.
Tous nos malades ont reçu le même traitement et seulement 01 reprise évolutive et 01
récidive ont été signalées.
87
V) Discussion
88
La tuberculose pulmonaire causée par M.t, demeure un problème mondial de santé publique.
L’environnement et le germe ne peuvent pas expliquer, seuls, l’apparition de la maladie, étant
donné que dans les mêmes conditions et avec le même germe, dans une population donnée,
10% seulement de la population exposé développe la tuberculose maladie. Ceci a été
expliqué par plusieurs théories : socio économique, virulence du germe et/ou génétique de
l’hôte.
Chez l’homme la grande majorité des recherches génétiques réalisées dans la tuberculose
pulmonaire ont été des études d’association cas- témoins avec certains gènes candidats «Par
hypothèse ».Ces études sont plus faciles à réaliser car elles ne nécessitent pas la coopération
de toute la famille et un plus grand nombre de cas peut être recruté. [8] [222] [282] [286]
[285]
Dans notre étude, la 1ere étape a consisté à définir les critères de choix des malades et des
témoins « Moller et all » [39] :
Pour les malades le diagnostic de la tuberculose a été fait selon les critères standards. [222]
Les témoins apparentés aux malades (T1) sont des parents proches, avec une forte probabilité
d’exposition à un cas de tuberculose pulmonaire(TP).
Les témoins non apparentés(T2) étaient exposés à des cas de tuberculose puisqu’on est dans
un pays d’endémie de tuberculose.
La preuve de non atteinte par tuberculose pulmonaire ou extrapulmonaire des témoins .T1 et
T2 a été faite par l’interrogatoire, l’examen clinique complétée par un clichet radiologique et
l’IDR à la tuberculine.
Ce travail consiste en une étude d’association basée sur l’analyse de la distribution des allèles
d’un polymorphisme de gènes candidats entre une population de malades(cas) et des sujets
sains "témoins" apparentés aux malades(T1) et non apparentés(T2) pour l’identification de
certains polymorphismes de gènes, dont les produits sont impliqués dans la défense anti M.t,
et qui pourraient être impliqués dans la susceptibilité ou la résistance à la tuberculose
pulmonaire .
Notre discussion va se baser sur l’analyse des caractéristiques des malades et des témoins,
puis sur les résultats globaux du polymorphisme des 14 gènes et enfin détailler les deux
polymorphismes TNF α-308 et TLR2(2258) avec comparaison des phénotypes radiocliniques et biologiques.
Ces deux gènes ont été choisis en se basant sur le role physilopathologique de leurs produits
dans l’histoire naturelle de la tuberculose et sur les résultats de notre première partie de
l’étude et des études internationales et maghrebines.
Aucune étude d’association génétique à la tuberculose pulmonaire n’ayant été menée à ce
jour en Algérie. La comparaison de notre travail sera faite avec les résultats des études
Maghrébine et internationales.
89
V-1- Caractéristiques de la population étudiée :
L’Algérie, jadis un pays à haute prévalence de tuberculose avec un RAI éstimé a
0,48(AMRANE 1980-1984), est devenue depuis l’application de PNLAT un pays à
prévalence modérée avec une incidence annuelle de la tuberculose toutes forme de 57 cas
/100000h (MSPRH 2014) [46-48].
Tableau-48- Epidémiologie de la tuberculose en Algérie (MSPRH 2014)
Tuberculose
Algérie
Incidence
toute forme
57/100000
Incidence
TP M+
17,2
(TPM+: tuberculose pulmonaire à microscopie positive,
MSPRH=ministère de la santé publique et de la recherche hospitalière).
V-1-1-Caractères épidémiologiques de la population malade (cas) :
L’ensemble de nos malades étudiés présentent une TP prouvée par examens bactériologique
et/ou histologique, avec ou sans TEP.
Nous avons exclu de cette étude les malades avec comorbidités, sous traitement
immunosuppresseurs et à sérologie HIV positive, pouvant influencer les résultats et être un
biais de sélection. Il a été démontré que ces cas courent un risque important de développer
une tuberculose pulmonaire. [56-59-60]
Une prédominance masculine (59,2%) a été retrouvée, comme déjà décrite dans toutes les
autres séries internationales [48, 249, 246, 245, 287, 244, 19, 289, 257, 263], avec un sexe
ratio 1,45. (Tableau récapitulatif 46)
Dans notre série, la tuberculose pulmonaire etant l’apanage du sujet jeune de sexe masculin
avec un âge moyen de 38,5 ± 15,11 et un pic de fréquence entre 20 et 50 ans (fig.39), ce qui
rejoint le profil des patients tuberculeux dans les pays en voie de développement à haute
prévalence de tuberculose.
Fig.39 Répartition des cas de TP selon l’âge et le sexe dans notre étude
Nous avons procédé à une comparaison des caractéristiques épidémiologiques des cas et
des témoins des différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose dans
les différents pays afin de pouvoir comparer la répartition des polymorphismes selon le pays,
le sexe et l’âge. (Tableau récapitulatif 49)
90
Tableau récapitulatif -49- Les différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose en
fonction des caractéristiques épidémiologiques des cas et des témoins.
Cas
Auteur Gène
étudié
Pays
Contrôle (non apparentés)
Sexe
(%)
Age
Tunisie
M
35
F
41
T
76
//
Inde
133
52
185
Oral
2007
//
Turque
/
/
81
Fitness
2004
Scola
2003
//
Malaoui /
/
279
//
Italie
/
Ugler
2013
//
Turque
BEN
SELMA
2011
Sharma
2010
TNFα308
Sexe
(%)
M
85
F
10
T
95
32,1+/
-13,8
54
46
155
/
/
/
50
≥ 15
/
/
416
45
35-60
/
/
114
84
32,5+/
-15,9
93
17
110
151
35,4+/
-13,5
53
63
116
34.9
+/11.4
25-70
106
106
212
/
/
44
/
71
TLR2(2 Turque
13
99
258)
Selveradj
//
Inde
105
101
206
//
Tunisie
/
/
33
//
Chine
392
151
543
34,7+/
-16,6
404
140
544
Notre
TLR2
Notre
148
série
et
série
(Algérie
TNFα
)
(M=male, F=femelle, T=total)
102
250
38,3+/
-15,1
139
111
250
BenALI
2004
Maiyan
2010
Age
Statut
Particulier
35
HIV-
[249]
[246]
28,1 /
+/13,6
/
HIV -
[249]
rs1800629
Ogus
2004
2010
Réf.
52
rs5743708
91
33
≥ 15
HIV- et +
/
29,4 HIV+/11,5
35,9
+/14 ,
8
32,3
+/9,9
2550
38,1
7+/17,3
40,6
+/13,4
[245]
[249]
[287]
[249]
[244]
[288]
/
[19]
/
[289]
/
[257]
/
[263]
HIV -
L’ensemble de nos malades faisait partie de l’ethnie caucasienne qui représente la majorité
des habitants du nord africain et demeurait à Alger. Cette origine commune est recommandée
dans les études génétiques qui doivent se faire dans la même ethnie. [03][04] [158] [219]
[222]
Nos patients menaient une vie citadine avec des niveaux d’instruction et socio-économique
différents : la majorité vivaient en famille soit mariés (41,6%), ou célibataires (57%), et
habitaient dans des appartements (48,8%) avec un taux d’occupation moyen par chambre qui
est de 03(office nationale des statistiques), seulement 10% habitaient dans des maisons
précaires et 5,6 % dans des villas. Pour le niveau intellectuel, environ 80% des cas avaient
un niveau secondaire ou plus. Il n’y avait pas de profession exposée à la tuberculose pour nos
malades.
IL nous a été impossible d'analyser le revenu familial chez nos malades en raison de
l’organisation de la structure de la famille en Algérie où plusieurs membres peuvent travailler
et subvenir a leur besoins et de la réticence des malades à parler du revenu exact, ainsi que
l'impossibilité pour nous d'avoir un contrôle objectif des renseignements fournis par les
malades.
La grande majorité des patients ne fumait pas (79,2%) sachant que le tabac peut être un
facteur de risque favorisant la tuberculose et être probablement un biais. [62-63] [290]
La cicatrice du vaccin BCG était présente dans 98,8%, ce qui est un bon élément pour faire
la comparaison avec les autres études.
Sur le plan clinique, le mode de début était progressif dans (93,2%), la forme aigue a été
retrouvée dans les cas qui présentaient une miliaire et dans quelques cas de pyopneumothorax.
Les signes généraux étaient présents avec au moins un seul signe.
Le symptôme prédominant était la toux sèche (64,4%).
Fig.40 Répartition des signes fonctionnels
Signes fonctionnels
161
26
19
toux avec expectoration muco‐purulente (m‐p)
toux sèche
toux avec expectoration hémoptoique
29
24
douleur thoracique
hémoptysie
92
14
dyspnée
1
1
découverte fortuite
Autre Sur le plan radiologique, et selon la classification des cas de tuberculose (OMS) :
Le type 09 prédomine avec 210 cas (84%), l’étendue moyenne 119 (47%) à important 106
(42%) dominent le tableau radiologique par rapport aux lésions a étendue minime. La
localisation bilatérale est fréquemment retrouvée 120 (48%).
09 cas de miliaires et 4 cas de pyo- pneumothorax ont été retrouvés.
Cette stratification va nous permettre l’étude des polymorphismes génétiques selon l’aspect
radiologique.
Fig. 41 Répartition selon le type, l’étendu et le siège radiologique
Le diagnostic a été fait dans 192 des cas (77,7%) par examen direct (M+) ; dans 54 cas
(21,6%) par culture (C+) et le reste a été fait par biopsie bronchique dans 2 cas, par biopsie
transpariétale (BTP) dans 7 cas ou par biopsie d’une TEP dans 20 cas.
Fig.42 Répartition selon le mode de diagnostic positif
Tous nos malades ont eu un diagnostic positif (bactériologique et/ou histologique) de
tuberculose et sont classés dans la catégorie I selon les recommandations du PNLAT, et ont
tous reçus le même régime thérapeutique standard (2RHZE/4RH).
93
L’ensemble de ces caractères épidémiologiques se rapproche de ceux mentionnés par les
différentes études Maghrébines [1] [24] [45] [56] [65] [66] et internationales [222][249]
[260] [291] [292] sur la prédisposition à la TP, ceci nous permet de faire la comparaison des
polymorphismes entre les différentes populations.
L’étude d’association génétique est extrêmement sensible à la définition des phénotypes des
malades recrutés. [39] On donne l’exemple des critères diagnostiques positifs de la TP où
certaines études n’ont pris que les frottis positif (BEN SELMA 2011 et Sharma2010) alors
que d’autres ont pris les cultures positives (Selveraj 2010). Il faut dire qu’actuellement le
diagnostic de la TP est basé sur la positivité de l’examen direct (frottis), de la culture et/ou
de la présence du granulome tuberculoïde avec nécrose caséeuse sur les prélèvements
histologiques des différents sites infectés (OMS, PNLAT).
Néanmoins, quelques études n’ont pas donné toutes les caractéristiques cliniques,
radiologiques et bactériologiques de leurs malades, se contentant de quelques critères
diagnostiques de tuberculose pulmonaire, en basant leurs analyses sur la comparaison du
polymorphisme génétique des malades avec ceux des témoins non apparentés (Scola 2003).
V-1-2-Caractères des témoins :
La population étudiée etait composée d’un échantillon homogène du fait que la vaccination
au BCG systématique dans notre pays ; la sérologie HIV négative, et l’ethnie unique. De
plus, le taux de l’incidence de la tuberculose dans notre pays rend possible l’hypothèse d’une
exposition large à M.t pour les témoins.
Le choix des témoins doit répondre à certains critères. Il est préférable de faire la
comparaison avec ceux vaccinés ayant fait la primoinfection tuberculeuse (PIT) sans
développer une tuberculose maladie. Les témoins qui n’ont pas fait de PIT latente ou patente
peuvent être utilisés aussi.
2-a-Témoins apparentés aux malades (T1)
Ce sont les personnes vivant dans les mêmes foyers ayant une forte probabilité d’exposition à
la tuberculose, et chez lesquels le diagnostic d’une TP et/ou TEP cliniquement évidente a été
éliminé avec radiographie thoracique normale et IDR a la tuberculine négative. [293]
Nos témoins sont de prédominance masculine (52%) avec un sexe ratio =1,1 et un âge moyen
de 42,60±14,79.
L’appariement selon l’âge et le sexe n’a pas pu se faire au cours du recrutement (problème de
disponibilité de parents des patients).
La différence entre leur âge et celui des patients était significative avec p= 0,001, mais cette
différence n’était pas significative entre les sexes :
- p = 0,12 entre les patients de sexe masculin et les témoins (T1) de sexe masculin
- p=0,12 entre les patients de sexe féminin et les témoins T1.
94
2-b- Témoins non apparentés aux malades (T2) :
Ces témoins sont d’origine algérienne, habitant à Alger. Le diagnostic d’une TP et/ou TEP
cliniquement évidente a été éliminé par l’intérrogatoire et l’examen clinique complété par
une radiographie thoracique et une IDR à la tuberculine.
La prédominance est masculine (56%) avec un sexe ratio a 1,25 et un âge moyen de 40,68
±13,42.
L’appariement selon l’âge et le sexe a été fait. La différence d’âge était non significative avec
p= 0,06, ainsi que celle du sexe :
- p = 0,41 entre les cas de sexe masculin et les témoins (T2) de sexe masculin
-p=0,41 entre les cas de sexe féminin et les témoins T2 du même sexe.
V-2- caractéristiques des Polymorphismes des gènes chez les malades et les témoins:
L’objectif général des études d’associations génétiques est l’identification des cibles pouvant
éclaircire les mécanismes physiopathologiques qui va aider à développer de nouvelles
méthodes de prévention et/ou de traitement de la maladie. [285]
V-2- 1- Caractéristiques globales des résultats d’analyse des 14polymorphismes étudiés :
Dans notre étude, aucune valeur significative vers une association n’a été retrouvée pour les
polymorphismes des gènes de l’immunité innée : TLR2 -16934 A/T (rs4696480), TLR2
+1349T/C (rs3804100), TIRAP 180Ser/Leu (rs8177374). (tableau50)
Une tendance vers une association sans différence significative a été retrouvée dans notre
série pour le polymorphisme : TLR2 +596T/C (p=0,073).
Dans la littérature, une susceptibilité à la TP a été retrouvée associée avec les
polymorphismes TLR2 dans plusieurs populations : en Turquie pour le génotype AA du
polymorphisme TLR2 Arg753Gln avec un p=0,022[19-230] et en Tunisie pour le génotype
CC du polymorphisme TLR2 Arg677Trp avec un p=0,0001[36]. A signaler que le nombre
des cas recrutés chez les turques était à 151 alors que chez les tunisiens il était de 33.
Pour le polymorphisme TIRAP 180Ser/Leu (rs8177374) une méta analyse (2010,09 études
et 6584maladess/7294 témoins) a démontré son association avec la susceptibilité à la TP
alors que des valeurs non significatives ont été retrouvées dans l’afrique de l’ouest. [22-230].
95
Tableau-50- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la tuberculose
pour les gènes de l’immunité innée.
gènes
TLR2
Polymorphisme
(rs)
TLR2 753A/G
(rs 5343708)
TLR2 677A/T
(rs6265786)
Populatio
n
Turquie
(Ogus
2004)
Tunisie
(Benali
2004)
N
(cas)
151
33
n
(témoins)
116
33
TLR2-16934 A/T
(rs4696480)
TLR2 +596T/C
(rs3804099)
TLR2 +1349T/C
Notre
série
75
204
Réf.
0,022
OR
(IC (95%))
6,04
0,001
0,41
[36]
0,375
1,31
(0,72-2,39)
0,61
(0,35-1,05)
0,84
(0,38-1,85)
0,073
0,66
(rs3804100)
TIRAP
P
TIRAP 975 C/T Métaanalyse
L180S
9études
(rs8177374)
675
605
0,90
0,99
(0,87-1,13)
75
204
0,694
0,88
(0,46-1,67)
Notre
série
[230
-19]
[230
-22]
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, n=taille de l’échantillon, OR=ODD RATIO, IC=intervalle de
confiance)
Dans notre série, aucune valeur significative vers une association n’a été retrouvée pour les
polymorphismes des
gènes
de
l’immunité
adaptative:
HLA
(101/103)
rs
101/10364457(tableau 51)
Tableau-51- Comparaison des différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose
pour les gènes de l’immunité adaptative.
Gènes
HLA-E
101/103
Polymorphisme
(rs)
rs
101/103
64457
Populatio
n
Notre
série
N
(cas)
75
n
(témoins)
204
P
0,850
OR
(IC (95%))
0,95
(0,55-1,6)
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, n=taille de l’échantillon, OR=ODD RATIO, IC=intervalle de
confiance)
Aucune association n’a été retrouvée, dans notre étude, pour les polymorphismes des
gènes des cytokines : TNF -1031T/C (rs1799964), TNF -238G/A (rs361525), IL1RN 86pb
VNTR, IL1B -511A/G (rs3087258), IL1B +3953G/A (rs1143634), IL 12B 1188T/G
(rs3212227) (tableau 52).
96
Nos résultats retrouvent une tendance vers une association sans différence significative pour
le polymorphisme TNF -308G/A (p=0,094 pour le génotype GG).
La comparaison de nos résultats avec des travaux internationaux sur le gène TNFα -308
montre une susceptibilité à la TP pour le génotype GA à Taiwan avec un p=0,0001. [29]
Cette susceptibilité n’est pas retrouvée dans une méta analyse faite en Chine (2012,23 études
et 3630 malades/4055 témoins) [27] et dans une étude faite au Brésil (2004,113 malades) pour
le TNF -308G/A. [02-230]
Pour les polymorphismes IL1B +3953G/A (rs1143634, IL 12B 1188T/G (rs3212227), TNF
-1031T/C (rs1799964) et TNF -238G/A (rs361525) peu de différences ont été observées
entre les différentes régions de Taïwan, par contre, 02 régions ont montré des différences
significatives avec les peuples autochtones. [29]
Tableau-52- Comparaison des différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose
pour les gènes des cytokines.
Gènes
Polymorphisme
(rs)
Population
TNFα
TNFα-308 G/A
(rs1800629)
Metaanalyse
23 études
TNFα-1031T/C
(rs1799964)
TNFα-238G/A
(rs361525)
IL1B
IL1B+3953
(rs1143634)
L1B -511A/G
(rs3087258)
IL12B
IL12B 1188G/T
(rs3212227)
n
(cas)
N
(témoins)
p
3630
4055
Notre série
75
204
0,094
Bresil(2004
205
113
0,17
Notre série
75
204
0,44
0,489
0,727
OR
(IC
(95%))
0,85
(0,551,30)
1,74
(0,913,36)
0,61
166
0,001
0,3
204
0,675
//
//
//
0,163
1,12(0,6
6-1,92)
0,58(0,2
6-1,26)
Gambia
(2005)
/
/
S*
0,852
[23027]
[02]
1,21(0,7
1-2,07)
0,87(0,4
1-1,86)
Colombie
122
(2005)
Notre série 75
Maroc
(2004)
Réf.
1,05(0,6
2-1,80)
[230-]
[1528]
[243]
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, n=taille de l’échantillon, S*=significatif (non mentionnée par les auteurs)
OR=ODD RATIO, IC=intervalle de confiance)
97
Une tendance vers une association sans différence significative a été retrouvé pour le
polymorphisme NOS2-277T/C (P=0,090 pour l’allèle TT) mais aucune valeur significative
vers une association n’a été retrouvée pour le polymorphisme du gène de la phase effectrice :
NOS2-1659G/A (rs8078340) (tableau 53).
Une susceptibilité à la milliaire tuberculeuse a été retrouvée associé avec le polymorphisme
NOS2A en Colombie pour le génotype TC avec un p=0,005 [38-230]
Tableau-53- Comparaison des différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose
pour les gènes de la phase effectrice.
Gènes
NOS2
Polymorphisme
(rs)
NOS2-277T/C
(rs2779248)
Population
n
(cas)
Notre série
75
n
(témoins)
204
P
NOS2-1659
(rs8078340)
//
//
//
0,617
1,15
(0,66-2,01)
NOS2A
(rs2779249)
Colombie
114
304
0,005
0,63
0,090
OR
(IC (95%))
1,41
(0,78-2,56)
Réf.
[230
-38]
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, n=taille de l’échantillon, ns=non significatif, s=significatif, OR=ODD
RATIO, IC=intervalle de confiance)
Pour les autres polymorphismes non étudiés dans notre travail, des études intéressantes,
parmi lesquelles il faut citer le travail réalisé sur le NRAMP1 [10,17] où une association est
rapportée dans une population Gambienne [15] ainsi que dans une méta-analyse(2006 ,14
études) dans des populations africaines et asiatiques mais pas dans une population
européenne. [10, 16,18] (Tableau 54)
De même pour le DC-SIGN où une différence significative a été retrouvée en Afrique du sud
avec un p=0,00008. [230] (Tableau 54)
98
Tableau-54- Comparaison des différentes études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose
pour les autres gènes
Gènes
Polymorphisme Population
(rs)
DC SIGN
Rs735239
VDR
Bsml (exon)
NRAMP1-
SLC11A1
Afrique du
sud
Tunisie
Métaanalyse
Afrique 2007
Metaanalyse 2006
n (cas)
n
(témoins)
P
351
360
0,00008
138
140
0.72
321
347
0,46
1388
1585
0,008
OR
(IC
(95%))
1,85
Réf.
0.93
(0.65–
1.34)
1.048
(0.83–
1.32)
1,33
(1,081,63)
[17]
[230]
[1523]
[101618]
(rs=cluster identifiant du polymorphisme, n=taille de l’échantillon, OR=ODD RATIO, IC=intervalle de
confiance)
L’interprétation globale de ces résultats reste difficile car ils sont parfois contradictoires,
expliquée par la variabilité des ethnies, la conception de l’étude (le choix des cas et des
témoins) et l’existence de souches différentes de M.t [08], en effet une étude (raporté par
Catherine M. Stein. Épidémiologie génétique de la susceptibilité de la tuberculose : Impact de
la conception de l'étude .2011) suggère une interaction entre le Mt (génotype x) et le
polymorphisme de TLR2 dans la prédisposition à la tuberculose [222].
Pour notre série et à ce stade d’étude, on ne peut pas parler de la susceptibilité ou résistance a
la tuberculose, mais d’une tendance qui a été mise en évidence pour plusieurs
polymorphismes (Tableau 50-52-53), et qui peut être confirmée par l’augmentation de la taille
de l’échantillon, l’étude associée de plusieurs génotypes et /ou l’étude par forme radioclinique de la maladie.
Au Vietnam, une étude (raportée par Jean-Laurent Casanova and Laurent Abel. genetic
dissection of immunity to mycobacteria: The Human Model. 2002) à mis en évidence que
l’association entre un polymorphisme TLR2 et la méningite tuberculeuse était nette chez les
patients infectés par la souche Bidjine de M.t. [219]. Cette interaction entre certains
polymorphismes génétiques et certaines souches de Mt peut aussi expliquer l’hétérogénéité
des résultats et doit être confirmée par d’autres études en coordination entre les différents
chercheurs.
99
V-2- 2- Etude des résultats d’analyse des polymorphismes des gènes TLR2(2258) et
TNFα-308 :
Le chois des polymorphismes a été fait sur la base des résultats des études réalysés (études
d’association, de liaison, GWS…) sur des gènes qui ont un intérêt physiopathologique pour
identifier leur rôles exacts et parfois sur des projets HAP-MAP (HAPLOTYPE-MAP est un
catalogue des variations génétiques les plus fréquentes chez l’être humain).
V-2- 2-a- le polymorphisme TNFα -308 :
Le TNFα est produit par plusieurs cellules (monocytes, macrophages, …) et joue un rôle
important dans la détermination du phénotype du malade. Ces cytokines interviennent dans la
balanceTh1/Th2 qui, après altération, a une implication majeure dans la tuberculose maladie.
[246, 27, 29,30]
Le gène du TNF α est situé dans le chromosome 6(6p21) à côté du CMH.
Notre étude rejoint la majorité des résultats sur la non association entre tuberculose et le
polymorphisme du gène TNFα -308 (Tableau52), mais cela ne peut pas exclure le rôle de ce
dernier dans la prédisposition à la tuberculose, ce qui nécessite un approfondissement de nos
analyses avec une stratification selon l’âge, le sexe, et le tableau radio clinique et de faire
une étude sur les récepteurs de ces cytokines.
Un nombre de polymorphisme des gènes de cytokines a été étudié dans plusieurs populations.
Dans une méta analyse faite sur 18 études (2012, 2584malades/3817 témoins) [294], aucune
association n’a été retrouvée pour l’ensemble des populations de différentes ethnies, mais une
implication de TNF -308 a été observée chez les Asiatiques non caucasiens [294].
Dans une autre méta analyse(2012,23 études et 3630 mlades /4055 témoins), plusieurs
polymorphismes de TNF α ont été étudiés (TNF α-308 TNF α 863, TNF α 857), pour le TNF
α-308 aucune association n’a été retrouvée dans les différentes populations [249]. (Tableau55)
Dans ces 02 méta analyses, 02 études Africaines seulement (Benselma et all et Fitness et all)
ne montrent pas d’association avec un « p » non significatif . [249, 246]
Dans l’étude Tunisienne (Benselma 2011) qui se rapproche du concept de notre travail,
l’analyse de 131 des malades qui avaient une tuberculose pulmonaire et extra pulmonaire
avec un âge moyen de 44 ans, versus 95 témoins, aucune association n’a été retrouvée .
[246]
En comparant le génotype GG du polymorphisme TNFα-308 dans cette même étude, mais
cette fois sans TEP soit 76 cas, aucune association n’a été retrouvée aussi avec un P=0,45 et
OR=0,77(0,38-1,59).
Selveraj et all ont mené une étude sur 210 malades de tuberculose pulmonaire et 120
contrôles dans la même ethnie (Inde). Cette étude n’a pas montré d’association entre les
polymorphismes TNFα -238 et TNFα -308 avec la tuberculose [248].
100
Tableau-55- Comparaison des différentes études sur le polymorphisme TNFα-308.
(témoin
non
apparenté)
P
OR (IC (95%))
Réf.
Meta-analyse 2584
2012(QinWang
Meta-analyse 3630
2012(HangZhu 3817
0,91
1,03(0,89-1,19)
[294]
4055
0,44
0,85 (0,55-1,30)
[249]
45
114
0,050
0,77(0,38-1,59)
[244]
210
120
0,69
0,89(0,52-1,89)
[295]
76
95
0,45
0,64(0,38-1,06)
[246]
242
225
0,89
1,31(0,67-1,92)
Gènes Polymorphisme Population
TNFα
-308
rs1800629
Italie
2002(L. Scola)
Inde
2010(S.Charma
Tunisie
2011(W.Benselma
Notre série
n (cas) n
(n=taille de l’échantillon, OR=Odd Ratio, IC=intervalle de confiance)
V-2- 2- b- le polymorphisme TLR2(2258) :
Le TLR2 est capable de reconnaitre le M.t, et son gène est retrouvé sur le chromosome 4q32.
C’est le principal médiateur de l’activation des macrophages en réponse au M.t [83,296].
La comparaison du polymorphisme du gène TLR2 des patients avec celui des témoins ne
montre pas de différence significative dans notre série. (Tableau55 bis)
Une étude faite dans l’Uganda et l’Afrique du sud a montré qu’il n’existe pas d’association
entre polymorphisme TLR2 (2258) et TP chez les malades (143 cas) comparés aux témoins.
[262]
Dans une méta analyse (2013, 06 études et 1301 malades /1217 témoins) aucune association
n’a été retrouvée dans la population Asiatique (caucasienne), sauf pour les Turcs (caucasiens)
avec un échantillon de 129 cas et 116 témoins, et un P=0,001[264]
Une autre méta analyse faite (2013, 16 études et 3757malades / 3616 témoins) a montré que
dans l’étude de la population Africaine (Ma et all) les même résultats de non association ont
été retrouvé avec p=0,80 alors qu’une différence significative a été retrouvée chez les
asiatiques et les européens. [260]
101
Tableau-55bis- Comparaison des différentes études faites sur le polymorphisme TLR2(2258).
Gènes
Polymorphisme Population
TLR2
rs5743708
(2258)
Uganda-Afrique
de sud
2012
Meta-analyse
n
(cas)
114
1301
N (témoin P
non
apparenté)
96
1
OR
(IC (95%))
Réf.
/
[262]
1217
2,23(0,756,95)
[264]
0,02
5,82(1,3020,6)
[260]
[19264]
(06 études)
2013(Jia-Jia Wang
Meta-analyse
0,15
3757
3616
Turque
2004
129
116
<0,001
3,02(2,224,12)
Notre série
159
174
0,61
1,84
(0,16-20,4)
(16 études)
2013(Yuxiang
Zhang
(n=taille de l’échantillon, OR=Odd Ratio, IC=intervalle de confiance)
V-2- 2- c- l’étude de TLR2(2258) et TNFα -308 selon l’âge et sexe, entre les patients et
les T2 :
L’appariement a été fait selon l’âge et le sexe entre les patients et les témoins non apparentés
(T2). Il n’existait pas de différence significative entre l’âge et le sexe des patients et les
témoins T2, de ce fait l’appariement était possible.
Aucune étude, à notre connaissance n’a été faite avec appariement.
Les résultats retrouvés montre une différence significative pour les deux polymorphismes
TLR2 et TNFα avec p<10-3 et OR >2 pour le génotype GG et l’allèle G. ces polymorphismes
constituent un facteur de risque pour la tuberculose.
Ceci peut être expliqué par le rôle de l’âge et du sexe dans l’apparition de la tuberculose, et
va être détaillé dans le chapitre âge et sexe.
V-2- 2- d- Etude selon le sexe
Dans notre étude aucune association n’a été retrouvée pour le polymorphisme TNF α -308 en
comparant les deux sexes séparément des patients avec les témoins T1 et T2, mais cette
stratification nous a permis de retrouver une différence significative entre les patients de sexe
masculin et les témoins non apparentés (T2) du même sexe (p=0,0045) ainsi que pour les
patients de sexe féminin et les T2 du même sexe (p=0,001) pour le génotype GG du
polymorphisme TLR2 avec un effet protecteur (Tableau3/annexe12).
102
Cette différence peut être expliquée par le rôle des hormones sexuelles ou par d’autres
facteurs non encore identifiés et renforce la théorie sur le rôle du sexe dans la tuberculose.
[52] (tableau 56)
Tableau-56- Répartition du polymorphisme du gène TLR 2(2258) stratifié selon le sexe chez les patients
et témoins
Geno
type
TLR2
(2258)
GG
GA
AA
Total
A
G
MASCULIN
FEMININ
Cas
T2
N (%) N (%)
P
Or
IC
94 (98,9)
0,0045
0,47
0,28-0,79
64
0,96
0,47
0,04-5,23
0
1
(1)
110 (98,2 )
2
(1,3)
cas
N (%)
(100)
T2
N (%)
P
OR
IC
92
0,001
0,34
0,18-0,64
0
/
/
/
(100)
0
0
/
/
/
0
0
/
/
/
95
112
/
/
/
64
92
/
/
/
1
2
/
/
/
0
0
/
/
/
189
222
0,03
17,1
1,5-19,7
128
184
/
/
/
Dans la plupart des pays, la tuberculose pulmonaire est de prédominance masculine par
rapport au sexe féminin, avec un sexe ratio de 1.960 dans le monde entier, à tout âge, hormis
pour les enfants et les jeunes adolescents. Fig.-43-et -44-[297] [52]
Bien que plusieurs facteurs peuvent intervenir, notamment socio-économiques et culturels, la
consommation du tabac, de l’alcool et de la drogue, en particulier dans les pays sous
développés, les mécanismes biologiques peuvent expliquer une partie de cette différence :
Le rôle des hormones sexuelles, le fond génétique et le métabolisme.
Une récente étude cas-témoins multicentrique menée dans trois pays de l’ouest-africain
a conclu que le sexe masculin est en effet un facteur de risque pour la tuberculose,
indépendamment d'autres facteurs examinés. Dans cette analyse multi variée
des facteurs environnementaux et liés à l’hôte, un sexe ratio de 2,03 chez les patients atteints
de tuberculose a été retrouvé. [297].
Les différences biologiques dans la susceptibilité à la tuberculose entre les hommes et les
femmes, ont été vérifiées par une grande enquête de prévalence menée au Bangladesh (M. A.
Hamid Salim 2004), dans laquelle plus de 260.000 personnes (51% d'hommes) ont été visités
dans une enquête porte-à-maison conçu pour détecter les cas de suspicion de tuberculose, qui
vont être confirmés ultérieurement par frottis. Un excès de cas chez les hommes, avec un sexratio de 3,1 (48 hommes et 16 femmes atteints de tuberculose confirmée), était observé. [298]
Ce thème a été largement ignoré dans les études scientifiques et médicales, malgré
l'importance du processus biologique qui peut expliquer les différences observées entre les
sexes et aide à la compréhension des mécanismes impliqués dans la susceptibilité de l'hôte à
la tuberculose dans la population générale.
103
Fig.43 A/ Dot-plot : chaque point correspond à un pays. EUR=Europe; SEAR=Asie du SudEst; WPR= Pacifique occidental; AMR : l’Amérique; AFR=Afrique.
La barre indique la moyenne.
B/ Box graphique : montrant les tranches d’âge comparés au minimum et
maximum ratio hommes / femmes pour les nouveaux cas de tuberculose. [52]
Les effets des hormones stéroïdes sexuelles sur la réponse immunitaire à l'infection et
l'interaction entre le système endocrinien et le système immunitaire, sont largement
documentés chez l'homme et les modèles animaux [301-300]. Des expériences simples de
castration des animaux peuvent révéler l'influence des hormones sexuelles sur les fonctions
immunitaires. Ainsi, il a été rapporté que la privation des androgènes due à la castration des
souris mâles conduit à une augmentation du nombre absolu de lymphocytes T dans les
ganglions lymphatiques périphériques et une augmentation de la prolifération de ces cellules
suite a la reconnaissance de l'antigène [299]. D'autres exemples sont fournis par les rapports
montrant que l'œstradiol améliore l’activation des macrophages. [300]
Très peu d'études ont examinés le rôle des stéroïdes sexuels chez l'hôte.
Le taux élevé de TP dans le sexe masculin peut impliquer les hormones comme c’est évident
après la maturité sexuelle, Fig43/B. Ceci suggère que les hormones sexuelles peuvent jouer
un rôle dans la résistance et la susceptibilité à la tuberculose chez les humains.
V-2- 1- e- Etude selon l’âge :
Dans notre étude une association significative a été retrouvée dans le groupe d’âge [30-39]
pour le polymorphisme TLR2(2258) entre les malades et les T2 (P=0,02) ; ce polymorphisme
peut avoir un effet modéré sur la prédisposition à la tuberculose dans ce groupe d’âge.
104
D’autres polymorphismes ont été retrouvés mais sans atteindre le seuil de significativité
statistique : (Tableau 4 /annexe 12)
-Pour le polymorphisme TNFα -308 entre les malades et les témoins T1 (P=0,08) dans le
groupe d’âge [20-29], entre les malades et les témoins T1 (P=0,08) dans la tranche d’âge
[50-59] et entre les malades et les T2 (P=0,08) dans la tranche d’âge [60-69].
- Pour le polymorphisme TLR2 entre les malades et les témoins T 1 (P=0,06) dans le groupe
d’âge [60-69].
Ceci explique cette tendance vers une susceptibilité ou résistance à la tuberculose pour les
polymorphismes TNFα-308 et TLR2(2258) dans les groupes d’âge où interviennent les gènes
majeurs de susceptibilité.
Dans le groupe d’âge 30 et 39 ans, une fréquence plus élevée du génotype GG du
polymorphisme TLR2 chez les témoins non apparentés par rapport au malades a été retrouvé
avec une différence significative (p=0,02). Fig. 44
L’âge représente le principal facteur non génétique.
«
L. Abel » relie cette prédisposition génétique à la forte liaison avec l’âge [8], avec :
«
-Prédisposition mendélienne précoce chez l’enfant.
-Prédisposition commune avec effet intermédiaire des gènes majeurs chez l’adulte jeûne.
-Prédisposition ou hérédité polygénique d’effet modéré plus tardif. »
L’implication des récepteurs TLR dans la reconnaissance du M.t explique cette susceptibilité
à la maladie tuberculeuse chez les patients ayant une fréquence diminuée du génotype GG en
comparaison avec les témoins non apparentés.
105
Fig.44 Corrélation entre nos résultats et L'hypothèse d'une architecture génétique des maladies
infectieuses (Casanova et Abel)
A
B[303]
C
La figure 44 shematise la corrélation entre nos résultats (A, C) et la théorie d'une architecture
génétique des maladies infectieuses faite par Casanova et Abel (B)
106
V-2- 1-f- Répartition selon le tableau radio-clinique :
La tuberculose pulmonaire peut se manifester par différentes formes avec un tableau
clinique, une forme radiologique (type, étendue, siège) et une expression bactériologique
et/ou histologique variables.
En ce qui concerne le mode de début et les signes radio cliniques, il y avait une
prédominance nette du génotype GG et de l’allèle G des deux polymorphismes pour toutes
les formes. (Tableau 5-6 /Annexe 12)
Quelques études faites dans ce sens révèlent dans la population péruvienne l’association de
génotype AA du polymorphisme LTA368 dans la tuberculose extrapulmonaire (épanchement
pleural) et le génotype AA et GA dans la miliaire. [292] Mais aucune association n’a été
retrouvée dans toutes les formes cliniques dans cette même étude avec le polymorphisme
TNF-308.
Une stratification selon le type radiologique nous a permis de constater qu’il n’y avait aucune
différence significative entre cas et les témoins T1, et cas et les témoins T2 pour le type
radiologique 8 et 9, mais une différence significative a été retrouvée dans la miliaire pour le
génotype GG du polymorphisme TLR2 entre les patients et les témoins T1 (P=0,04) et entre
les patients et les témoins T2 (P=0,01). (Tableau 57).
Tableau -57- Comparaison de la prédisposition génétique pour les cas de miliaire et de TEP entre la
population péruvienne et notre population.
polymorphismes Forme radio-clinique
TP
TNFα-308
TEP (épanchement pleural)
Miliaire
TP
LTA+368
(ancien TNF β) TEP (épanchement pleural)
Miliaire
Miliaire
TLR2(2258)
pays
Pérou
//
Notre série
P
0,93
0,74
0,56
0,79
0,0001
0,004
10-3
[292]
//
Des études sur des animaux ont montrées le rôle des TLR2 dans les infections
mycobactériennes aigue sévères notamment la miliaire [291]. Le rôle exact que joue la
fonction de TLR2 dans la pathogenèse des infections aigues devrait être recherché par
d’autres travaux. Joëlle Texereau » à l’institut Cochin [291] a montré le rôle des TLR2 dans
l’apparition des infections sévères.
V-2- 1- g- Répartition selon l’association ou non à TEP :
La forme TP isolée est prédominante dans notre étude avec une prédominance du génotype
GG pour les deux polymorphismes TNF-308 et TLR2, aucune différence significative n’a été
retrouvée. (Tableau 7-8/Annexe 12)
Néanmoins, une étude avec un plus grand échantillon pour les cas de TEP doit être faite pour
pouvoir expliquer le mécanisme exact de l’atteinte extra pulmonaire pour certains malades.
Une étude faite par les Tunisiens sur les TEP a retrouvé une différence significative entre des
cas de TEP et les témoins pour le génotype GG du polymorphisme TNF α -308. [246]
107
V-2- 1-h- Répartition selon la bactériologie :
Aucune différence significative n’a été retrouvée pour les deux polymorphismes (TNFα et
TLR2) des malades dans tous les examens bactériologiques et histologiques utilisés. La
comparaison entre ces différents groupes de patients ayant différents profils bactériologiques
n’a pas montré de différence significative.
Des études ont montré que la richesse en BK pourrait refléter la différence dans la sévérité de
la maladie [222].
Une question reste posée. Y a-t-il une différence sur le plan génétique entre :
-Les malades ayant une caverne(9) avec microscopie positive (M+) ou culture
positive(C+) ;
-Les malades sans caverne(8) avec M+ ou C+ ;
-Les maladesmicroscopie négative (M-)et culture négative (C-) ?
Une comparaison des malades selon le type radiologique et la bactériologie (microscopie ou
culture) n’a pas trouvé une différence significative entre les génotypes (GG -GA -AA) des
deux polymorphismes (TNFα, TLR2) des cas stratifiés (voir exemple dans la Fig.45), alors
qu’une fréquence génotypique du GG et GA plus importante chez les témoins par rapport aux
cas a été retrouvée.
Les malades à microscopie négative n’ont pas été discutés en raison du petit échantillon et la
possibilité d’interférence d’autres facteurs notamment la mauvaise méthode de récolte des
crachats et la lecture des lames.
Fig.45 Exemple d’une comparaison entre les cas avec lésions excavées(9) M+ et les témoins du
polymorphisme TNFα-308.
V-2- 1-i- Répartition selon le traitement :
Tous nos malades ont reçus le même traitement et la surveillance se faisait régulièrement,
pour éventuelle prise en charge (effets secondaires, récidives, rechutes...).L’intérêt dans ce cas
est d’étudier des polymorphismes des cas de rechute et des échecs, et de déterminer le profil
génétique des cas ayant fait des effets secondaires.
Dans notre étude le nombre des rechutes(1) et d’échec(1) était trop faible pour réaliser ce type
d’analyse statistique.
108
VI) Conclusion
109
La tuberculose pulmonaire présente un problème de santé publique dans notre pays. C’est une
maladie multifactorielle faisant intervenir plusieurs facteurs. La recherche des facteurs
génétiques de prédisposition à pour objectif de déterminer quelques polymorphismes de
gènes qui interviennent dans les mécanismes physiopathologiques de l’infection par M.t
afin de perfectionner les moyens diagnostiques, le dépistage précoce des sujets à risque et
aboutir à un traitement anti tuberculeux plus précis. Notre études à ciblée une population
d’origine nord Africaine, qui habite dans un même environnement avec des conditions socioéconomiques variables, et nous a permis d’établir les fais suivants :
-plusieurs polymorphismes de gènes (TNFα, TLR2, NOS2) qui peuvent être un facteur
de risque pour une prédisposition à la tuberculose, sont à prendre en considération dans les
études génétiques en faisant augmenter l’échantillonnage et en stratifiant les malades en sous
groupes par sexe, par groupes d’âge et par formes cliniques, en particulier les formes sévères.
-Aucune différence significative n’a été retrouvée en comparant les polymorphismes
des patients et des témoins apparentés et non apparentés aux malades (T1, T2) .
L’appariement selon l’âge et le sexe entre les malades et les T2 nous a permis de retrouver
une différence significative pour le génotype GG des deux polymorphismes TLR2 et TNFα
avec un p<10-3 et OR>2,9, donc le risque d’avoir une tuberculose est multipliée par trois.
Ceci peut être expliqué par l’influence de l’âge et du sexe sur la prédisposition génétique à la
tuberculose.
- L’étude des polymorphismes selon le sexe a montrée une différence significative en
comparant les sexes masculins et féminins séparément pour le génotype GG du
polymorphisme TLR2 entre les malades et les T2 avec un effet protecteur pour le sexe
féminin.
-La répartition selon les groupes d’âges a révélée une superposition de nos résultats avec
l’hypothèse de l’architecture génétique, proposée par Casanova et Abel, en montrant des
valeurs significatives pour le génotype GG du polymorphisme TLR2 dans la tranche d’âge
où il ya un pic de fréquence pour la tuberculose pulmonaire.
- La stratification selon les formes radio-cliniques et bactériologiques démontre d’une
part une prédisposition à faire une miliaire (forme sévère) pour le génotype GG du
polymorphisme TLR2 avec un effet protecteur pour les témoins. D’autre part la non
association entre les cas du phénotype 9M+ (avoir une caverne a la radiologie et une
microscopie positive) et les deux polymorphismes TLR2 et TNFα.
110
Ceci prouve la présence d’une prédisposition génétique à la tuberculose dans la progression
de l’infection tuberculeuse et des manifestations cliniques et radiologiques. Tandis que la
contribution de chaque polymorphisme reste à clarifier.
Le rôle de la génétique humaine dans la prédisposition à la tuberculose peut se résumer dans
le fait que chez les enfants et les jeunes adolescents c’est la prédisposition mendélienne qui
prédomine avec le rôle de l’axe IL12/IFγ. Après l’adolescence, c’est en général l’intervention
d’un gène (mutation ponctuelle) qui fait la différence, ainsi que le sexe par l’intervention
des mécanismes sus cités. Après la cinquantaine, c’est plusieurs gènes qui jouent un rôle dans
ce cas. L’ensemble des études faites sur la prédisposition génétique à la tuberculose montre
qu’elle présente un spectre continu de prédisposition génétique allant d’un contrôle mono
génétique simple à une hérédité poly génétique complexe en passant par des effets
intermédiaires de gène majeur ( Abel, Casanova, Bousfiha )[8,9,220]
Avec toutes ces recherches nous sommes loin de parvenir à une conclusion concernant les
gènes impliqués dans le risque à la tuberculose. Les progrès technologiques notamment les
études d’association génome entier (étude GWA), d’expression pan-génomique (études du
transcriptome), de liaison génétique (stratégie de clonage positionnel), ou encore plus
récemment par des études de séquençage direct du génome, ont permis d’avancer sur ce
domaine de génétique humaine.
La recherche des facteurs génétiques prédisposant à la tuberculose est fondamentale sur
plusieurs plans : physio pathologique, immunologique, clinique, et thérapeutique. Elle
permettra une meilleur compréhension des mécanismes physio pathologiques intervenant
dans la réponse immunitaire aux M.t, dans l’expression clinique de la maladie, dans le
développement de certain méthode de diagnostique notamment le diagnostique précoce ainsi
que l’essai de nouveau vaccin ou traitement plus efficace, et l’exemple pratique est celui des
enfants ayant une tuberculose pulmonaire liée à un défaut du l’axe INFγ /ILR12, donc à un
déficit d’ INFγ nécessitant un traitement par l’ INFγ recombinant .[8][303]
En raison de l’impact important de cette maladie sur la santé public, des études
supplémentaires avec de nouvelles techniques sont nécessaires et doivent être
multidisciplinaires (clinicien, généticien, immunologiste et statisticien) avec un bon choix
des cas et témoins.
Notre travail doit être compléter par l’étude d’autre génotypes et polymorphismes, d’autres
formes cliniques de la tuberculose notamment la miliaire et la tuberculose extra pulmonaire
en essayant d’augmenter l’échantillon, et enfin d’étudier l’expression fonctionnelle des
produits de ces gènes et l’interaction gène-gène.
111
VII/ Perspectives
112
Les progrès technologiques en génomique, ont permis d’aborder plus récemment la question
de la prédisposition génétique a la tuberculose par des stratégies explorant l’ensemble du
génome .Ces techniques ouvrent les portes pour identifier les molécules et les circuits
nécessaires pour la réponse immunitaire anti M.t.
La connaissance de l’histoire naturelle de la tuberculose allant de la primo-infection à la
tuberculose maladie, la disponibilité des chiffres sur la situation épidémiologique de celle-ci
dans notre pays, et la présence de moyens adéquats pour les analyses génétiques doit
conduire à une recherche précise des facteurs de prédisposition à la tuberculose.
Nous vous proposant une série de recommandations, en prenant en considération les moyens
disponibles dans notre pays :
¾ Etablir une fiche spéciale pour tous les malades atteint de tuberculose, classées par
formes cliniques, comprenant les informations épidémiologiques (âge, sexe,
habitat..), cliniques, thérapeutiques et évolutives.
¾ Pour chaque malade tuberculeux, un prélèvement sanguin doit etre réaliser sur tube
spécial pour études génétiques et le conserver a -20°c, ceci va nous permettre
d’avoir une banque d’ADN, et éventuelle cartographie SNP pour notre population
afin de participer dans les projets « HAP-MAP »
¾ Mener une étude génétique globale en analysant les prélevements des malades ayant
toutes formes de tuberculose, puis stratifier cette étude selon les formes cliniques.
¾ Le choix des gènes doit s’éffectuer selon des critères précis (sur des études déjà
faites, l’effet du gène sur le contrôle du M.t et la possibilité de faire une étude
fonctionnelle). Néanmoins, un criblage génomique va être le moyen idéal qui
donne une vision globale sur tous les polymorphismes.
¾ Pour les témoins, il est recommandé de réalyser une comparaison (étude
d’association type cas –témoins) avec plusieurs types de sujets, non apparentés au
malade, notamment les témoins sains et vaccinés par le BCG ayant fait une PIT
latente ou patente sans faire une tuberculose maladie.
¾ Initier un travail sur la tuberculose familiale par une étude génétique de liaison.
¾ En dernier, C’est de mener une étude sur la tuberculose pulmonaire chez les
malades ayant une immunodépression notament sérologie HIV positif.
Une collaboration multidisciplinaire est recommandée afin d’affiner les résultats, avec la
participation de cliniciens, de généticiens, d’immunologues, de bactériologistes et de
statisticiens. Ceci va nous permettre de clarifier la situation épidémiologique génétique de nos
malades tuberculeux.
Les résultats attendus sont multiples :
Sur le plan immunologique, la compréhension des mécanismes de réponses immunitaires
contre le M.t et leur retentissement sur l’expression des phénotypes.
Sur le plan médical, l’implication dans les moyens diagnostiques et de prévention.
Ceci va permètre la distinction des sujets susceptible et résistant à la tuberculose et donne des
possibilités des essais de nouveau vaccin et traitement ciblé contre la tuberculose pulmonaire.
[302]
113
Sur le schéma nr 13, en se basant sur l’histoire naturelle de la tuberculose (schéma -13-I),
plusieurs gènes peuvent etre proposer comme candidat pour les études d’association
génétique (schéma-13-II) et utiliser ulterieurement comme moyens diagnostique, préventif ou
thérapeutique de la tuberculose (schéma-13-III).
Schéma -13–proposition des gènes à étudier et leur impact sur l’avenir diagnostique, thérapeutique et
préventif de la tuberculose.
Vaccin IL12/IFƳ TNFα, vitD, IL (Douglas B.2008) III) Possibilité de prévention ou de traitement : I) Dans les mêmes conditions et avec le même germe : Guérison Mt Reconnaissance PIT patente ou latente BK quiescent TB maladie II) Etudes possibles des gènes Marlo Moller, Tuberculosis 90 (2010) 71–83
114
Neutrophil ‐Vit D‐ NK cell VIII) ABREVIATIONS 115
A
A: Adenine nucleotide
AC : anticorps
ADP: adénopathie
ADN : Acide désoxyribonucléique
Ag : Antigène
AIDS : Acquired Immune Deficiency Syndrome
ARN : Acide ribonucléique
ATP: Adenosine triphosphate
B
BAAR : Bacille acido-alcoolo-résistan
BCG: Bacillus Calmette-Guérin
BK : Bacille de Koch
BPI: bacterial permeability increasing protein
C
CCl2 : Chemokine Ligand 2
CD : Dendritic Cell
CD4+ : Cluster of différentiation (glycoprotéine exprimée à la surface des lymphocytes T CD4+)
CLR : récepteurs de type lectine C
CMH-I : complexe majeur d’histocompatibilité de type I
CMH-II : complexe majeur d’histocompatibilité de type II
CMH : Complexe majeur d’histocompatibilité
CNK : Cellules Natural Killer
CPA : Cellules Présentatrices d’Antigènes
CR: Complement Receptor
CTL : lymphocyte T cytolytique
CTLs : des lymphocytes cytotoxiques
D
DC-SIGN : Dendritic Cell-Specific Intercellular adhesion molecule-3-Grabbing Non-integrin
DC: Dentritic cell
E
ELISA: Enzyme-linked immunosorbant assay
ESAT-6 6-kDa early secretory antigenic target
G
GGM : glucose monomycolate
GWAS: Genome-wide association studies
H
HIV: Human immunodeficiency virus
HLA: Human leukocyte antigen
HLA- DR2: Human Leukocyte Antigen D Related 2
HWE: Hardy-Weinberg equilibrium
116
I
ICAM : Inter-Cellular Adhesion Molecule
IDR : intradermo réaction
IFN : Interferon
IFN-γ: Interferon-gamma
IFNGR1: Interferon-gamma receptor 1
Ig : immunoglobuline
iNOS: Inducible nitric oxide synthase
IkB kinase : Inhibitor of NF-kB Kinase
IL : Interleukin
IL-1Ra : Interleukin-1 receptor antagonist
IL-1α : Interleukin-1 alpha
IL-1β : Interleukin-1 beta
IL12B : Interleukin 12 Beta gene, coding for the p40
IL12RB1 : Interleukin 12 receptor beta1 gene
INSP : l’institut national de la santé publique.
IRF : Interferon Regulatory Factor
K
Kb: kilo base
kDA : Kilodalton
L
LAM : Lipo-Arabino Mannan
LB : Lymphocytes B
LBP: Lipopolysaccharide-binding protein
LM : lipomannane
LT reg : LT régulateur
LT : Lymphocyte thymiques
LT γ:δ :lymphocytr T γ:δ LT CD4 :lymphocytr T CD 4
M
ManLAM : mannose−capped lipoarabinomannan
MBL : Mannose-binding lectin
M. bovis :Mycobacterium bovis
MD2 : protéine de signalisation
MHC ou CMH : Major histocompatibility complex
MCP-1 : Monocyte Chemoattractant Protein-1
MCs : monocytes circulants
MDR : multi drug resistant
MEP : Malnutrition Energétique Protéique
MIP-1α : Macrophage inhibitory protein -1 alpha
M.t: Mycobacterium. Tuberculosis;
M. paratbc : Mycobacterium paratuberculosis;
MΦ : Macrophage
MEP :La Malnutrition Energétique et Protéique .
MIP1α et β : monocyte inflammatory protein 1
117
MR:recepteur de mannose
N
NF-kB : Nuclear Factor-kappa B
NH2: Amino group
NK : Natural killer
NKt :Natural Killer T cell NO : monoxyde d’azote
NLR : NOD-like receptor (recepteurs intracytoplasmique)
NOD : Nucleotide oligomerization domain
NRAMP1 : Natural Resistance-Associated Macrophage Protein
NOS2A: Nitric oxide synthase 2A gene
NOS : Synthase de l'oxyde nitrique
O
OMS: Organisation mondiale de la santé
OR : Odds ratio
P
PAMPs :Pathogen Associated Molecular Patterns
PCR :polymerase chain reaction=amplification génique
PIM : phosphoinositolmannoside
PIB : Produit Intérieur Brut
PG :peptidoglycan
PMA: Phorbol 12-myristate 13-acetate
PNO :pneumothorax
PNLAT : Programme National de Lutte Antituberculeuse
PRR : Pathogen Recognition Receptor
PRRs : Pattern Recognition Receptors
R
r: Correlation coefficient
RANTES Regulated upon activation, normal T-cell expressed and secreted
RAG: Recombination Aactivating Gene
RANTES : Regulated on Activation, Normal T Expressed and Secreted
S
SCTMR : unité de contrôle de la tuberculose et maladies respiratoires
SIDA : Syndrome d’Immunodéficience Acquise
SIGNR : (DC)-SIGN Related
SNP : Single Nucleotid Polymorphism
sSNP : Synonymous single nucleotide polymorphism
STAT : Signal de transduction et d'activation de la transcription
T
TB: Tuberculose
TCR : T-Cell Receptor
TCD8+ :
T CD4+ :
TEP: tuberculose extrapulmonaire
TGF : Transforming growth factor
Th1/Th2 /Th17: T helper 1/2/17
118
TIR : Toll-Interleukin-1 Receptor
TIRAP : Toll-Interleukin 1 Receptor (TIR) domain Containing Adaptor Protein
Th1: T helper 1
Th2: T helper 2
TLR: Toll-like receptor
TNF: Tumor necrosis factor
TNF-R : Tumor Necrosis Factor Receptor
TNF α : tumor necrosis factor
TP : Tuberculose pulmonaire
TRAF : TNF Receptor Associated Factor
TRAM : Toll-like Receptor Adaptor Molecule
U
UV : Ultra violet
V
VDR : Vitamin D Receptor
VIH : Virus d’immunodéficience humaine
VIH: Virus de l’immunodéficinece humaine
VitD3: Vitamine D3
W
WBA: Whole blood assay
WHO: World Health Organization
X
χ2 : Chi square
3’: 3 prime end
5’: 5 prime end
% Percent
oC : Degrees Celsius
µl : microlitre
µM : micro molar
µg: microgram
119
IX) Liste des Tableaux
120
Tableau -1- Différentes études génétiques dans le monde et au Maghreb. ........................
Tableau -2- La tuberculose dans le monde, 2011 [47] ....................................................
Tableau -3- La tuberculose dans la région d’Afrique ........................................................
Tableau -4-Incidence de la tuberculose en Algérie 2008-2014(INSP) ..............................
Tableau-5- Types de réponse immunitaire .......................................................................
Tableau- Principales études de la tuberculose chez les jumeaux .......................................
Tableau-7-Méthodes de recherche génétique[219] ............................................................
Tableau-8- Les principales études de liaison faites sur la tuberculose ..............................
Tablaeu -9-Rôles des gènes ................................................................................................
Tableau -10-Caractéristiques générales de la population étudiée ....................................
Tableau-11- Répartition des malades selon l’âge .........................................................................
Tableau-12- Répartition des T1 selon l’âge ............................................................................
Tableau-13- Répartition des T2 selon l’âge ...............................................................................
Tableau-13 bis -Le mode diagnostique ..............................................................................
Tableau-14- Répartition des malades selon les Signes fonctionnels ...........................................
Tableau -14 bis- Répartition selon l’association ou non avec TEP................................................
Tableau-15- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme de gène TLR2 +596T/C
de l’immunité innée entre les patients et les témoins. .......................................................
Tableau-16- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TLR2 -16934
A/T de l’immunité innée entre les patients et les témoins. ..............................................
Tableau-17- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TLR2
+1349T/C de l’immunité innée entre les patients et les témoins. ...............................
Tableau-18- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme de gène TIRAP
180Ser/Leu de l’immunité innée entre les patients et les témoins. ................................
Tableau-20- Répartition des génotypes et allèles de polymorphisme HLA (101/103) de gène
de l’immunité adaptative entre les patients et les témoins. ..............................................
Tableau-21- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNF -308G/A du gène
des cytokines entre les patients et les témoins. ..................................................................
Tableau-22- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNF -1031T/C du
gène des cytokines entre les patients et les témoins. ..........................................................
Tableau-23- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme TNF -238G/A du gène
des cytokines entre les patients et les témoins. ..................................................................
Tableau-24- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1RN 86pb VNTR
du gène des cytokines entre les patients et les témoins. .....................................................
Tableau-25- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1B -511A/G du gène
des cytokines entre les patients et les témoins. ..................................................................
Tableau-26- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL1B +3953G/A du
gène des cytokines entre les patients et les témoins. ..........................................................
Tableau-27- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme IL 12B 1188T/G du
gène des cytokines entre les patients et les témoins. ..........................................................
Tableau-28- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme NOS2-277T/C du
gène de la phase effectrice entre les patients et les témoins...............................................
Tableau-29- Répartition des génotypes et allèles du polymorphisme NOS2-1659G/A du
gène de la phase effectrice entre les patients et les témoins...............................................
121
Tableau-30- Répartition des polymorphismes du gène TNF α-308 et TLR2 (2258) chez les
patients atteints de TP (cas) et chez les témoins apparentés (T1) .......................................
Tableau-31- Répartition des polymorphismes du gène TNF α-308 et TLR2 (2258) chez les
patients atteints de TP (cas) et chez les témoins non apparentés (T2) sans appariement. .
Tableau-32- Répartition des polymorphismes du gène TNF α-308 et TLR2 (2258) chez les
patients atteints de TP (cas) et chez les témoins non apparentés (T2) avec appariement. .
Tableau-33- La répartition génotypiques et allélique pour le polymorphisme TLR2(2258)
entre les patients et les témoins selon le sexe......................................................................
Tableau-34- La répartition génotypique et allélique pour le polymorphisme TNF α -308 entre
les patients et les témoins selon le sexe...............................................................................
Tableau-35- Répartition du génotype GG de polymorphisme TLR2selon l’âge entre les cas de TP
et les témoins ..................................................................................................................................
Tableau-36- Répartition du génotype GG de polymorphisme TNF α selon l’âge entre les cas
de TP et les témoins. .........................................................................................................
Tableau-37- Répartition des génotypes des deux polymorphismes selon la présence ou non de
tuberculose dans les antécédents du malade. ...................................................................................
Tableau-38- Répartition des polymorphismes TNF α et TLR2 selon le mode de début ..........
Tableau-39– Répartition des polymorphismes TLR2 et TNF α des cas de type 8 radiologique et les
témoins apparentés(T1) et non apparentés(T2) .........................................................................
Tableau-40- Répartition des polymorphismes TLR2 et TNFα des cas de TP avec des lésions
cavitaires (type 9 radiologique) et les témoins apparentés(T1) et non apparentés(T2) ...........
Tableau-41- Répartition des polymorphismes TLR2 et TNFα des cas de miliaire et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2) .............................................................................................
Tableau-42- Comparaison des cas seuls avec les cas associés aux TEP unique
puis aux TEP .....................................................................................................................
Tableau -42 bis- Comparaison des cas de TP isolées avec les cas associés aux TEP uniques
aux TEP multiples. ..............................................................................................................
Tableau-43- Répartition des génotypes des 02 polymorphismes selon la bactériologie. ..
Tableau-44- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02
polymorphismes selon la bactériologie entre les cas à M+et les cas à C+ .......................
Tableau-45- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02
polymorphismes selon la bactériologie entre les cas a M+et les cas a M-C-. ..................
Tableau-46- Comparaison de la répartition du génotype GG et de l’allèle G des 02
polymorphismes selon la bactériologie entre les cas à C+ et les cas à M-C- ...................
tableau-47- Répartition des génotypes des 02 polymorphismes selon la combinaison entre la
radiologie et la bactériologie .................................................................................................
Tableau-48- Epidémiologie de la tuberculose en Algérie (MSPRH 2014)........................
Tableau-49- Comparaison des caractéristiques épidémiologiques des différentes études faites
sur la prédisposition génétique à la tuberculose ..................................................................
Tableau-50- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la
tuberculose pour les gènes de l’immunité innée. ................................................................
Tableau-51- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la
tuberculose pour les gènes de l’immunité adaptative..........................................................
122
Tableau-52- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la
tuberculose pour les gènes des cytokines. ...........................................................................
Tableau-53- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la
tuberculose pour les gènes de la phase effectrice. ..........................................................................
Tableau-54- Comparaison des différentes études faite sur la prédisposition génétique a la tuberculose
à la tuberculose pour les autres gènes ..............................................................................
Tableau-55- Comparaison des différentes études faite sur le polymorphisme TNFα.......
Tableau-55bis- Comparaison des différentes études faites sur le polymorphisme TLR2.
Tableau-56 - Répartition du polymorphisme du gène TLR 2(2258) stratifié selon le sexe chez les
patients et témoins ................................................................................................................
Tableau-57-Comparaison de la prédisposition génétique pour les cas de miliaire et de TEP
entre la population péruvienne et notre population. ............................................................
123
X) Liste des Figures
124
Figure :
Figure-1- La tuberculose dans le monde, 2010/2011 [47] ..............................................
Figure-2-L'hypothèse d'une architecture génétique des maladies infectieuses ................
Figure -3-Organisation schématique d’un bacille ..............................................................
Figure-4- Quelques images radiologiques de la tuberculose pulmonaire ..........................
Figure-5- Méthodes de coloration ......................................................................................
Figure-6-Types de récepteurs dans l’immunité e innée (Tanne Antoine). [266] ...............
Figure -7- Les différentes localisations subcellulaires des TLRs.......................................
Figure-8 -Répartition des malades selon l’âge et le sexe ...............................................................
Figure-9 -Répartition des malades selon sexe ..........................................................................
Figure-10 -Répartition des malades selon l’origine .......................................................................
Figure- 11-Répartition des malades selon la consommation du tabac ..........................................
Figure-12 -Répartition des malades selon la situation familiale ....................................................
Figure-13- Répartition des malades selon l’habitat ........................................................................
Figure- 14-Répartition des malades selon le niveau d’instruction .................................................
Figure-15 -Répartition des malades selon la profession ................................................................
Figure-16 -Répartition des malades selon la notion de contage .....................................................
Figure-17 -Répartition des témoins apparentés selon sexe ................................................
Figure-18 -Répartition des témoins apparentés selon l’âge et le sexe ...............................
Figure-19 -Répartition des témoins non apparentés selon le sexe ....................................
Figure- 20-Répartition des témoins non apparentés selon l’âge .......................................
Figure -21-Principe de la discrimination allélique par TaqManTM ..................................
Figure-22- Programmation de l’appareil TaqMan .............................................................
Figure-23- La sélection de polymorphisme ........................................................................
Figure-24- Programme standard ...........................................................................................
Figure-26 -Répartition des malades selon le mode de début ..........................................................
Figure-27 -Répartition des malades selon les signes généraux ......................................................
Figure-28 -Répartition des malades selon les signes fonctionnels .................................................
Figure-29 -Répartition des malades selon le tableau radiologique ....................................
Figure- 30-Répartition des malades selon le mode de diagnostique ................................
Figure-31- Répartition du génotype GG de polymorphisme TLR2selon
l’âge entre cas et témoins ................................................................................................................
Figure-32- Répartition du génotype GG de polymorphisme TNF α selon
l’âge entre cas et témoins ................................................................................................................
Figure-33- Répartition des génotypes du polymorphisme TNF α selon
les signes fonctionnels. ....................................................................................................................
Figure-34- Répartition des génotypes du polymorphisme TLR2 selon
les signes fonctionnels .....................................................................................................................
Figure-35- Répartition des polymorphismes des cas selon le type, l’étendu et le siège radiologique
pour TNF α. .....................................................................................................................................
Figure-36- Répartition des polymorphismes des cas selon le type, l’étendu et le siège
radiologique pour TLR. .......................................................................................................
125
Figure-37- Répartition des génotypes du polymorphisme TNF α des cas de miliaire et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2) .............................................................................................
Figure-38- Répartition des génotypes du polymorphisme TLR2 des cas de miliaire et les témoins
apparentés(T1) et non apparentés(T2) .............................................................................................
Figure-39-Comparaison des cas de TP associés aux TEP avec les T2 .............................
Figure-40- Répartition des signes fonctionnels ..................................................................
Figure-41- Répartition selon le type, l’étendu et le siège radiologique .............................
Figure-42- Répartition selon le mode de diagnostique positif ...........................................
Figure-43- A/ sexe ratio/régions (Dot- plot): chaque point correspond à un pays. ...........
EUR=Europe; SEAR=Asie du Sud-Est; WPR= Pacifique occidental; AMR :
l’Amérique; AFR=Afrique.
B/ Box graphique montrant les tranches d’âge comparés au minimum et
maximum ratio hommes / femmes pour les nouveaux cas de tuberculose.
Figure-44- Corrélation entre nos résultats et L'hypothèse d'une architecture génétique des
maladies infectieuses (Casanova et Abel) ...........................................................................
Figure-45-Exemple d’une comparaison entre cas 9M+ et les témoins du polymorphisme
TNF α. .................................................................................................................................
126
XI) Liste Schémas
127
Schémas :
Schéma-1- Interaction hôte-gène environnement [9] .........................................................
Schéma-2-Filiation des mycobactéries [65] .....................................................................
Schéma-3-Histoire naturelle de la tuberculose. [70] ........................................................
Schéma-4- Défenses de l’épithélium respiratoire. (J.-M. Alonso.) ....................................
Schéma-5- Le cycle infectieux de la tuberculose. [266] ....................................................
Schéma-7-Rôle du Macrophage. ......................................................................................
Schéma-9- Immunité innée et immunité adaptative (inspiré de [266]) ..........................
Schéma-10-Granulome. [145] ............................................................................................
Schéma-11-Régulation de l’immunité antituberculeuse [68] .............................................
Schéma-12- Stratégie générale de la recherche des gènes de susceptibilité dans une maladie
multifactorielle comme la tuberculose [219] ......................................................................
Schéma -13-Position des gènes à étudier et leur impact sur l’avenir diagnostique,
thérapeutique et préventif de la tuberculose. ......................................................................
128
XII) ANNEXES
129
ANNEXE-1"Fiche de renseignement de cas index"
Date:
N° dossier :
Nom :
Age :
Date de naissance :
Adresse :
Téléphone :
; N° de déclaration :
; Prénom :
; Sexe :
I/Antécédents :
1- Tuberculose :
*Personnels : - TP/TEP :
- Traitement :
Durée :
- BCG :
*Familiaux : - TP/ TEP :
- Lien de parenté :
- Traitement :
Durée :
* Entourage :
2- Autre antécédents :
* Médicales :
* Chirurgicales :
Année :
Année :
II/ Condition socio-économiques :
* Profession:
*Etat-civil: -célibataire
-marie
-veuf
-divorcé
-nombre d'enfant:
-logement:
(Habitat précaire, maison traditionnelle, HLM, appartement, villa).
-instruction:
(Illettré, niveau primaire, niveau secondaire, universitaire).
130
III/ Signes cliniques :
1- Date de début :
; Année :
;Mois :
2- Mode de début :
3- Signes généraux :
- amaigrissement (Kg/mois)
- Anorexie :
; Fièvre :
; Poids actuel :
; sueur nocturne :
4- Signes fonctionnels :
5- Signes physiques :
IV/ Examen complémentaire :
1- Radiologie du thorax (face+p) : -type de lésion:
-étendu:
-localisation:
2- Biologique : (FNS, ECBU)
3- Recherche de BK :
- Crachats :
Examen direct Positif le:
Culture:
-Tubage gastrique :
V/ Traitement reçu :
Le:
VI/ Prélèvement du sang pour étude génétique :
Le:
131
, -Fibroscopie bronchique :
ANNEXE -2-
" Fiche de renseignement de cas témoin apparenté"
N° dossier :
Nom :
Prénom :
Age :
Sexe :
Lien de parenté
Antécédents pathologique :
Tuberculose :
Oui :
Non :
Siège :
Traitement :
Radiographie thoracique:
IDR a la tuberculine:
Prélever pour étude génétique le :
132
ANNEXE -3-
" Fiche de renseignement de cas témoin non apparenté"
N° dossier :
Nom :
Prénom :
Age :
Sexe :
Lien de parenté
Antécédents pathologique :
Tuberculose :
Oui :
Non :
Siège :
Traitement :
Radiographie thoracique:
IDR a la tuberculine:
Prélever pour étude génétique le :
133
ANNEXE -4"Classification radiologique de la tuberculose selon l'OMS et la national
tuberculosis association"[48]
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Classification selon l’étendue
O: normal
1: anomalies extrarespiratoire
2: anomalies consideré comme non
TB
3: calcification
4: petite opacité pleurales sans
signification clinique
5:opacité hilaire(gg) isolée
6:opacité pleurale avec ou sans
ADP mais sans atteinte
parenchymateuse ,PNO ou
hydroPNO
7:opacité pulmonaire non cavitaire
sans signification clinique
8: opacité pulmonaire non cavitaire
avec signification clinique
9:opacité pulmonaire avec cavités
avec signification clinique
¾ Etendue I: lésions
minime
¾ Etendue II: lésions
modérément importante
¾ Etendue III: lésions très
importante
134
ANNEXE -5-
"Consentement éclairé pour étude génétique"
Des informations précises et détaillées, concernant le but de cette
étude, m'ont été données par Dr ……………………….; et j'estime avoir été
suffisamment informé.
J'accepte librement et volontairement de participer à l'étude sur la
tuberculose et génétique humaine, en autorisant de faire un prélèvement sanguin.
Lu et approuvé.
Date:
Signature:
135
ANNEXE -6-
"Fiche de demande des examens bactériologiques"
Nom:
Prénom:
Age:
Service:
Date:
Type de prélèvement:
- Crachat
-Tubage gastrique
-Liquide bronchique
-Autre s
:
Examen demandé:
136
Annexe -7Méthode d’interprétation des résultats de l’examen direct des prélèvements
bactériologiques
Statut de frottis
Nombre de bacilles observés par
nombre de champs microscopiques
Résultat de la
microscopie
Frottis négatif
0 bacille sur 300 champs
(0)
Frottis douteux
1 à 9 bacilles sur 300 champs
Douteux, refaire
l’examen
Frottis positif faible
10 à 99 bacilles sur 300 champs
(1+) ou (+)
Frottis positif moyen
1 à 10 bacilles par champs
bacilles sur 10 champs)
(2+) ou (++)
Frottis positif riche
>10 bacilles par champs, (moyenne sur
10 champs)
137
(> 10
(3+) ou (+++)
Annexe -8Méthode d’interprétation des résultats de la culture des prélèvements bactériologiques
« Enregistrement des résultats de la culture «
Résultats
Pas de colonie
1-19 colonies
20-100 colonies
100-200 colonies
Colonies confluentes
Culture contaminée
Enregistrement
Négative
Nombre de colonies comptées
Positives 1+ ou +
Positive 2+ ou ++
Positives 3+ ou +++
Culture contaminée, refaire un nouveau
prélèvement
138
Annexe-9IDR a la tuberculine
1
3
2
139
Annexe-10Catégorie du malade tuberculeux
140
Annexe-11"Calculer la taille d'échantillon pour étude cas-témoin grâce à un logiciel Epi-info V6"
141
Annexe -12« Tableaux utiles »
Tableau-1- répartition des malades selon la profession
Professions (classification)
nombre
%
libérale(20)
52
20
Sans (11)
110
44
Femme au foyer avec revenue(13)
15
6
Femme au foyer(14)
02
0,8
Employer privé ou public(6)
25
10
Retraité(10)
04
1,6
Stagiaire(18)
01
0,4
Lycéen(15)
10
4
Etudiant(19)
28
11,2
Enseignant fondamentale(5)
03
1,2
142
Tableau-2-Répartition du polymorphisme du gène TNFα-308 stratifié selon le sexe chez les patients
(cas) et témoins apparentés(T1) et non apparentés (T2).
Geno
type
TNFα308
GG
GA
AA
A
G
MASCULIN
FEMININ
Cas
T1
T2
N
(%)
110
(74
%)
35
(23
%)
2
(1,3
%)
147
39
255
N
(%)
87
(70,7)
p
or
IC
0,12
1,5
0,892,53
32
(26)
0,98
0,97
0,561,68
4
(3,3)
0,57
0,44
0,082,43
123
40
206
0,64
1,12
N
(%)
100
(75,
7)
30
(22,
7)
2
(1,5
)
132
34
230
0,691,81
p
OR
IC
0,67
1,16
0,691,96
0,75
1,14
0,651,98
0,56
0,94
0,186,80
0,99
0,97
cas
T1
N
(%)
73
(76,
8)
20
(21)
N
(%)
82
(80,
3)
20
(19,
6)
0
2
(2,1
)
95
24
166
0,591,58
T2
p
?
N
(%)
73
(68,
6)
33
(31,
1)
0
0,37
106
33
179
0,86
0,74
102
20
184
O
R
1,1
0
1,1
9
0,7
5
IC
0,6
1,9
0,6
2,3
0,4
1,4
p
IC
0,5
1
O
R
1,
27
0,1
12
0,
57
0,31,0
8
0,3
9
1,
28
0,72,2
0,72,2
?
Tableau-3- Répartition du polymorphisme du gène TLR 2(2258) stratifié selon le sexe chez les
patients et témoins.
Geno
type
MASCULIN
FEMININ
TLR2
(2258)
cas
T1
N
(%)
N
(%)
p
OR
IC
N
(%)
p
OR
GG
94
93
0,26
0,72
0,44-
110
0,004
0,47
(98,9)
(98,9)
GA
1(1)
1(1)
AA
TOT
A
G
0
0
0
0
0
0
95
94
112
64
80
92
1
1
2
0
0
0
189
187
128
184
184
T2
1,20
0,52
0,89
0,06-
2
0,96
0,47
14,38
0,48
1,01
0,0616,02
cas
T1
IC
N
(%)
N
(%)
p
0,28-
64
79
0,60
0,79
(100)
(98,7)
0,04-
0
1
5,23
222
0,03
17,1
1,519,7
143
T2
?
OR
0,83
IC
N
(%)
P
O
R
IC
0,48-
92
0,001
0,34
0,18-
1,44
(100)
0
(1,3)
0,64
Tableaux -4- répartition des génotypes des polymorphismes selon les tranches d’âges.
TNF
Age = 15-19ans
cas
T1
N=15 N=4
P
OR
IC
GG
9
0,83
1,50
0,16-13,75
Geotype
GA
AA
A
G
2
5
0
5
23
cas
N
2
0
2
6
T1
N
0,97
0
0,50
0
0,05-4,67
0,95
1,53
0,24-9,95
P
OR
IC
GG
GA
AA
A
G
13
0
0
0
26
4
0
0
0
8
?
0
0
Geotype
Age = 20-29 ans
cas
T1
N=67 N=47
TLR
TNF
GG
GA
AA
A
G
TLR
GG
GA
AA
A
G
T2
N=7
6
1
0
1
13
T2
N
6
0
0
0
12
P
OR
IC
50
15
0
15
115
cas
N
28
13
0
13
69
T1
N
0,08
0,51
2
0,75
0
0,98-4,45
0,32-1,78
0
0,36
1,44
0,65-3,22
P
OR
IC
45
0
0
0
90
35
0
0
0
70
0,40
0,70
0
0
0,31-1,61
0
0
144
T2
N=5
4
35
17
1
19
87
T2
N
44
0
0
0
88
p
OR
IC
0,47
0,25
0,02-2,64
0,67
0
3
0,28-32,2
0,63
0,35
0,04-3,36
p
OR
IC
0,54
0
0
1,08
0,08-14,4
p
OR
IC
0,33
0,35
?
1,6
0,63
0,73-3,50
0,28-1,41
p
OR
IC
0,11
0
0
0,46
0,20-1,09
Geotype
Age = 30-39 ans
TNF
Cas
N=58
T1
N=53
GG
GA
AA
A
G
43
13
1
15
79
Cas
N
GG
GA
AA
A
G
35
1
0
1
71
Geotype
Age = 40-49 ans
TNF
cas
N=55
T1
N=55
GG
GA
AA
A
G
39
13
0
13
91
cas
N
33
15
1
16
71
T1
N
34
0
0
0
68
33
1
0
1
67
TLR
TLR
GG
GA
AA
A
G
P
OR
IC
40
8
1
10
88
T1
N
0,95
0,45
0,93
1,63
0,91
0,39-2,20
0,61-4,30
0,06-14,9
0,23
0,60
0,25-1,41
P
OR
IC
33
1
0
1
67
0,99
0,51
0
0,92
0,91
0
0,43-1,98
0,06-14,9
0,50
1,06
P
OR
IC
44
16
0
16
104
T2
N
0,96
0,78
?
1,11
0,81
0,49-2,49
0,35-1,88
0,58
0,81
0,38-1,74
P
OR
IC
0,02
?
0
0,37
0,16-0,85
0,06-17,2
49
0
0
0
78
T2
N=52
p
OR
IC
34
13
1
15
81
T2
N
0,68
0,95
?
1,29
0,93
0,57-2,92
0,38-2,25
0,52
1,38
0,58-2,8
p
OR
IC
40
1
0
1
81
0,13
?
0
0,49
0,21-1,13
P
OR
IC
0,31
0,82
?
1,63
0,83
0,73-3,59
0,35-1,95
0,25
1,58
0,71-3,49
P
OR
IC
1,08
?
0
0,50-2,32
145
T2
N=61
Geotype
Age = 50-59 ans
TNF
cas
N=25
18
5
2
9
41
cas
N=16
T1
N=47
36
7
1
9
79
T1
N=36
GG
GA
AA
A
G
16
0
0
33
0
0
Geotype
Age = 60-69 ans
TNF
cas
N=20
T1
N=33
GG
GA
AA
A
G
16
3
0
3
35
cas
N=10
10
0
0
0
20
GG
GA
AA
A
G
TLR
TLR
GG
GA
AA
A
G
P
0,08
0,52
0,57
Or
0,79
1,43
4
IC
0,26-2,37
0,40-5,07
0,34-46,4
0,19
0,52
0,19-1,41
P
Or
IC
0,78
0
0
0,75
0,27-2,11
P
OR
IC
22
5
1
7
49
T1
N=36
0,46
0,70
?
2
0,99
0,54-7,44
0,21-4,67
0,71
1,67
0,40-6,90
P
OR
IC
36
0
0
0
72
0,06
0
0
0,27
0,08-0,98
146
T2
N=55
43
8
0
8
94
T2
N
p
0,74
0,77
?
or
0,72
1,47
IC
0,24-2,12
0,43-5,04
0,06
0,39
0,14-1,08
p
or
IC
0,01
0
0
0,22
0,07-0,71
p
OR
IC
8
7
0
7
23
T2
N
0,08
0,15
0
4,5
0,25
1,05-19,2
0,05-1,20
0,07
3,57
0,83-15,16
p
OR
IC
11
1
0
1
23
0,57
?
0
0,55
0,14-2,05
49
0
0
0
98
T2
N=17
Geotype
Age = 70-79 ans
TNF
cas
N=8
T1
N=11
P
OR
GG
6
8
0,67
GA
1
2
0,76
AA
A
G
1
3
13
cas
N=5
0
2
18
T1
N=10
?
GG
5
GA
AA
A
G
0
0
0
10
TLR
IC
T2
N=4
p
OR
IC
1,13
0,14-9
3
0,47
1
0,64
0,05-8,62
0
0,78
0,43
0,0615,99
0,029,36
?
p
OR
0 ,56 0 ,048 ,09
0,78
0,48
0,07-3,30
P
OR
IC
0
0
6
T2
N
8
0 ,97
0,63
0,09-4,48
3
0 ,82
0
0
0
16
0
0
0
0
0
6
0
0
147
IC
Tableau -5-répartition des polymorphismes selon les symptômes respiratoires
symptômes (n, %)
toux avec
expectoration m-p
T
N
F
α
GA
19
2
36
10
(52,6)
0
113
(70,2)
38
(23,6)
3
(1,9)
154
44
264
98
(60,9)
0
toux avec
expectoration
hémoptoique
15
(57,7)
8
(30,8)
1
(3,8)
26
10
38
16
61,5)
0
AA
0
0
0
21
(72,4)
7
(24,1)
1
(3,4)
29
9
49
22
(75,9)
1
(304)
0
Total
19
161
26
29
24
14
1
A
0
0
0
1
0
0
0
20
196
32
45
42
22
2
GG
GA
AA
T
L
R
2
Total
A
G
GG
G
17
(89,5)
2
(10,5
0
toux
sèche
Douleur
thoracique
hémptysie
dyspnée
découverte
fortuite
autre
20
(83,3)
0
0
1
(100)
0
11
(78,6)
1
(7,1)
0
20
0
40
21
(87,5)
0
12
1
23
11
(78,6)
0
1
1
0
1
0
0
0
1
0
1
6
1
(100)
0
1
2
Tableau -6- répartition des génotypes selon le type ,l’étendu et le siège radiologique
Type (n, %)
8
9
T
N
F
α
28
(70)
10
(25)
1
(2,5)
39
12
66
31(77,
5)
154
(73,3)
45
(21,4)
3
(1,4)
203
51
353
127(60,5
7
(77,8)
2
(22,2)
0
9
2
16
8
(88,9)
Pyo
PNO
3
(60)
1
(20)
1
(20)
4
3
7
4
(80)
GA
0
1(0,5
0
AA
0
0
TOTAL
31
A
G
GG
GA
AA
T
L
R
2
TOTAL
A
G
GG
miliaire
étendu (n, %)
I
II
20
(80)
4
(16)
0
III
siège (n, %)
G
D
B
86
(71,7)
25
(20,8)
4
(3,3)
115
33
197
88
(65)
78
(73,6)
23
(21,7)
3
(2,8)
104
29
179
62
(58,5)
35
(71,4)
13
(26,5)
0
61
(75,3)
17
(21)
0
24
4
44
17
(68)
84
(70,6)
28
(23,5)
1
(0,8)
113
29
196
79
(66,4)
48
13
83
27
(55,1)
78
17
139
53
(65,4)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
(0,9)
0
0
0
1
(0,8)
0
128
8
4
17
79
63
27
53
89
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
62
255
16
8
34
158
125
54
106
177
148
tableau-7-profil génétique selon l’association ou non avec TEP
TNF
TLR
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
GG
GA
AA
TOTAL
A
G
l’association ou non avec TEP (n,%)
TP seule
TP avec TEP unique
166(73,5)
13(65)
49(21,7)
5(25)
3(1,3)
1(5)
226
20
58
7
341
31
137 (60,6)
17(85)
1(0,4)
0
0
0
226
20
1
0
275
34
TP avec TEP multiples
3(75)
1(25)
0
4
1
7
4(100)
0
0
4
0
8
Tableau-8-répartition selon l’association ou non a une TEP
l’association ou non avec TEP (n, %)
cas de TP seule
n(%)
TNF
-308
TLR
2
T2
n
Cas de TP seules / T2
P
OR
IC
Associé à
une ou
plusieurs
TEP
n(%)
Cas associées / T2
P
OR
IC
16
<0,05
21
10-47
GG
166(73,5)
173
<0,05
2,8
2,1-3,9
GA
49(21,7)
63
<0,05
0,3
0,26-0,48
6
<0,05
3,5
2-6,1
AA
3(1,3)
4
<0,05
0,02
0,01-0,05
1
<0,05
0,2
0,06-0,65
TOTAL
A
G
226
58
341
240
GG
137 (60,6)
202
28
13-66,7
23
<0,05
GA
1(0,4)
2
<0,05
AA
0
0
<0,05
226
204
TOTAL
A
1
G
275
<0,05
2,27
1,7-2,9
17
<0,05
112
27-653
7
<0,05
0
<0,05
<0,05
149
Annexe-13EXEMPLE DE LECTURE
INDETERMINES :
D’UNE
01TM16
0
(Homozy
gous 2/2)
TP208
(Homozy
gous 2/2)
01TM14
4
(Homozy
gous 2/2)
1TM115
(Homozy
gous 2/2)
01TM15
4
(Homozy
gous 2/2)
TP233
(Homozy
gous 2/2)
TP148
(Heteroz
ygous
1/2)
2TM250
(Homozy
gous 2/2)
TP237
2TM242 2TM51
1TM86
(Homozy (Heterozy (Homozy (Heteroz
gous 2/2) gous 1/2) gous 2/2) ygous
1/2)
TP149
2TM01
TP186
2TM26
(Homozy (Homozy (Heteroz (Homozy
gous 2/2) gous 2/2) ygous
gous 2/2)
1/2)
TP205
TP110
TP123
2T46
(Heteroz (Homozy (Homozy (Homozy
ygous
gous 2/2) gous 2/2) gous 2/2)
1/2)
TM112
TP95
TP180
TP187
(Homozy (Undeter (Heteroz (Homozy
gous 2/2) mined)
ygous
gous 2/2)
1/2)
TM113
2T21
TP111
TP224
(Homozy (Heterozy (Heteroz (Homozy
gous 2/2) gous 1/2) ygous
gous 2/2)
1/2)
2T29
TM226
2T51
2T49
(Homozy (Homozy (Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2) gous 2/2) gous 2/2)
TM111
(Homozy
gous 2/2)
TM56
(Homozy
gous 2/2)
2T8
(Homozy
gous 2/2)
TP159
(Homozy
gous 2/2)
TM101
(Homozy
gous 2/2)
TP223
(Homozy
gous 2/2)
01TM14
7
(Homozy
gous 2/2)
1TM78
(Homozy
gous 1/1)
PLAQUE
AVEC
PRESENCE
01TM149 2TM248
(Heterozy (Homozy
gous 1/2) gous 2/2)
TM81
(Homozy
gous 2/2)
1TM80
(Homozy
gous 2/2)
TM86
(Homozy
gous 2/2)
TP146
(Homozy
gous 2/2)
1TM38
(Undeter
mined)
TP152
(Homozy
gous 2/2)
2TM243
(Homozy
gous 2/2)
TM76
(Homozy
gous 2/2)
TP235
(Homozy
gous 2/2)
2T2
(Homozy
gous 2/2)
TM204
TP94
(Heterozy (Undeter
gous 1/2) mined)
TM94
(Undeter
mined)
TP209
(Homozy
gous 2/2)
TP173
(Homozy
gous 2/2)
TP213
(Homozy
gous 2/2)
2T50
(Homozy
gous 2/2)
TM100
(Homozy
gous 2/2)
TM88
(Homozy
gous 2/2)
TP176
(Homozy
gous 2/2)
TP175
(Homozy
gous 2/2)
TP147
(Homozy
gous 2/2)
TP170
(Homoz
ygous
2/2)
TM225
(Homoz
ygous
2/2)
2TM244
(Homoz
ygous
2/2)
2TM245
(Homoz
ygous
2/2)
TP77
(Homoz
ygous
2/2)
TM51
(Homoz
ygous
2/2)
TP169
(Homoz
ygous
2/2)
TM49
(Homoz
ygous
2/2)
DE
RESULTATS
TP129
2TM241 2TM246
(Homozy (Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2) gous 2/2)
TM213
TM219
TP234
(Homozy (Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2) gous 2/2)
TP227
(Heteroz
ygous
1/2)
TP236
(Homozy
gous 2/2)
2TM247 TP93
(Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2)
TM102
TP231
(Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2)
2T40
2T20
TM197
(Homozy (Homozy (Heterozy
gous 2/2) gous 2/2) gous 1/2)
2T35
2T15
(Homozy (Heteroz
gous 2/2) ygous
1/2)
TP01181 2T16
(Homozy (Homozy
gous 2/2) gous 2/2)
TP86
(Homozy
gous 2/2)
TP218
(Undeter
mined)
NTC
TP178
(Homozy (Negativ
gous 2/2) e Control
(NC))
NTC
(Negative
Control
(NC))
Nombre et % de résultats obtenu (en éliminant les résultas indéterminés)
Le polymorphisme
Cas
T1
T2
TNFα
N
%
N
242
96,8 225
159
63,6
%
N
90 238
%
95,2
-308
TLR2
174
2258
150
69,6
204
81,6
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178
XIII) Résumé
179
Français :
La tuberculose pulmonaire est un problème de santé publique. C’est une maladie
multifactorielle faisant intervenir des facteurs liés à l’environnement (conditions
socioéconomiques), des facteurs liée aux germes (virulence) et des facteurs liés à l’hôte
(génétique).
Cette prédisposition humaine à la tuberculose a été suggérée par plusieurs études
épidémiologiques.
Notre travail a pour objectif de déterminer le profil génétique des patients atteints de
tuberculose pulmonaire et leur prédisposition vis-à-vis de celle-ci.
C’est une étude d’association génétique type cas-témoin, qui a été réalisée de façon
prospective sur un échantillon de 250 malades immunocompétents ayant une tuberculose
pulmonaire, dont l’âge moyen était de 38,3 ans et sexe ratio H/F de 1,45, comparés à 250
témoins apparentés aux malades dont l’âge moyen était de 42,6ans et sexe ratio de 1,1; et à
250 témoins non apparentés aux malades dont l’âge moyen était de 40,6 ans et sexe ratio de
1,25.
Cette comparaison se faisait entre les fréquences génotypiques et alléliques des malades et des
témoins sains.
L’analyse des caractéristiques épidémiologiques et des conditions socioéconomiques nous ont
permis de trouver une prédominance masculine, un pic de fréquence de la tuberculose entre
20 et 50 ans et l’existence d’un autre facteur, autre que le germe et l’environnement, pouvant
expliquer la survenue de la tuberculose maladie.
Dans un premier temps, plusieurs polymorphismes ont été repérés pour être des candidats à
la prédisposition à la tuberculose pulmonaire (TNFα, TLR2, NOS2) en analysant 14
polymorphismes.
Dans un deuxième temps, l’analyse de 02 polymorphismes TLR2(2258) et TNFα-308 n’a pas
trouvé de différence significative entre les cas et les témoins :
TNFα (cas-T1 : p=0,89 ;OR=1,03 ;IC=0,67-1,57 et cas-T2 : p=0,46 ;OR=1,17;IC=0,77-1,75)
et TLR2(cas-T1:p=0,61;OR=1,84 ;IC=1,16-20,4et cas-T2 : p=0,71 ;OR=1,56;IC=0,14-17,4 ).
Cependant, en appariant les cas de TP et les témoins T2 selon l’âge et le sexe, a révélé qu’il
y avait une différence significative entre les cas et les témoins pour les deux polymorphismes
(P= 10-3, OR=2,9). Ceci a été confirmé en stratifiant les cas et les témoins selon le sexe, et en
comparant les sexes masculin et féminin séparément pour le génotype GG du polymorphisme
TLR2 entre les cas et T2, ce qui a révélé une différence significative avec un effet protecteur
pour le sexe féminin (p=0, 001, OR=0,34 et IC=0,18-0,64)).
La répartition selon les tranches d’âge a retrouvé une différence significative pour le génotype
GG du polymorphismeTLR2 dans la tranche d’âge où il y avait un pic de fréquence de
tuberculose pulmonaire (dans la tranche d’âge [30-39] p=0,02, OR=0,37 et IC=0,16-0,85, et
dans la tranche d’âge [50-59] p= 0, 01, OR=0,22 et IC=0,07-0,71).
La stratification selon les formes radio cliniques et bactériologiques, démontre la
prédominance du génotype GG des deux polymorphismes, avec une prédisposition à faire
une miliaire pour le génotype GG du polymorphisme TLR2 et un effet protecteur pour les
témoins (cas-T1 : p=0,04 ; OR=0,05 ; IC=0-0,085 et cas-T2 : p=0,01 ; OR=0,08 ; IC=0,010,91)
180
Ceci démontre la présence d’une prédisposition génétique à la tuberculose en fonction de
l’âge et du sexe en faisant intervenir des gènes dont le rôle et la contribution de chaque
polymorphisme restent à clarifier.
La validation par une étude de plus grande envergure sur des échantillons représentatifs et
appariés est souhaitable.
En raison de l’impact important sur la santé publique, des études supplémentaires avec de
nouvelles techniques sont nécessaires et doivent être multidisciplinaires, ce qui va ouvrir des
portes pour identifier les molécules et les circuits nécessaires pour la réponse immunitaire anti
M.t, afin d’établir des moyens diagnostiques, préventifs et thérapeutiques de plus en plus ciblé
sur M.t.
Mots cléfs: tuberculose, polymorphisme génétique, prédisposition génétique
181
Anglai :
Pulmonary tuberculosis is a public health problem. It is a multifactorial disease involving the
environmental factors (economic conditions), factors related to germs (virulence) to the host
and related factors (genetics).
This predisposition to human tuberculosis has been suggested by several epidemiological
studies.
Our work aims to identify the genetic profile of pulmonary TB patients and vis-à-vis
predisposition thereof.
It is a genetic association study case-control, which was conducted prospectively on a sample
of 250 immunocompetent patients with pulmonary tuberculosis, whose average age was 38.3
years and sex ratio M / F 1.45, compared to 250 witnesses related to patients whose average
age was 42,6ans and sex ratio of 1.1; and 250 unrelated control patients whose mean age was
40.6 years and sex ratio of 1.25.
This comparison was made between the genotype and allele frequencies of patients and
healthy controls.
The analysis of epidemiological and socioeconomic conditions have allowed us to find a
male, a spike in TB incidence between 20 and 50 years and the existence of another factor,
other than the germ and the environment, which may explain the occurrence of the disease
tuberculosis.
Initially, several polymorphisms have been identified to be candidates for susceptibility to
pulmonary tuberculosis (TNFa, TLR2, NOS2) by analyzing 14 polymorphisms.
Secondly, the analysis of polymorphisms TLR2 02 (2258) and TNF-308 found no significant
difference between cases and controls:
TNF (case T1: p = 0.89; OR = 1.03, CI = 0.67 to 1.57 and case-T2: p = 0.46; OR = 1.17; CI =
0,77- 1.75) and TLR2 (case T1: p = 0.61; OR = 1.84; CI = 1,16-20,4et case T2: p = 0.71; OR
= 1.56; CI = 0.14 to 17.4).
However, by matching PTB cases and T2 controls by age and sex, revealed that there was a
significant difference between cases and controls for both polymorphisms (P = 10-3, OR = 2 ,
9). This was confirmed by stratifying cases and controls by sex, and comparing males and
females separately for the GG genotype of TLR2 polymorphism between cases and T2, which
revealed a significant difference with a protective effect for female (p = 0, 001, OR = 0.34 and
0.18 to 0.64 CI =)).
The distribution by age groups found a significant difference for the GG genotype
polymorphismeTLR2 in the age group where there was pulmonary tuberculosis frequency
peak (in the age group [30-39] p = 0.02, OR = 0.37 CI = 0.16 to 0.85, and the age range [5059] p = 0, 01, OR = 0.22 CI = 0,07- 0.71).
Stratification by clinical and bacteriological radio forms, demonstrates the predominance of
the GG genotype of the two polymorphisms, with a predisposition to a miliary for the GG
genotype of TLR2 polymorphism and a protective effect for the controls (case-T1: p = 0, 04;
OR = 0.05; CI = 0 to 0.085 and case-T2: p = 0.01; OR = 0.08, CI = 0.01 to 0.91)
182
This demonstrates the presence of a genetic predisposition to tuberculosis according to age
and sex involving genes whose role and contribution of each polymorphism remain to be
clarified.
The validation of a larger study on representative samples and matched desirable.
Because of the significant impact on public health, additional studies with new techniques are
required and must be multidisciplinary, which will the thing that give us to identify the
molecules and the circuitry to the immune response anti Mt, in order to develop diagnostic,
preventive and therapeutic means increasingly focused on Mt.
key- words : Tuberculosis, génétic polimorphism, génétic predisposition.
183
‫‪Arabe :‬‬
‫ﻳﻌﺘﺒﺮ ﻣﺮض اﻟﺴ ّﻞ اﻟﺮﺋﻮي ﻣﺸﻜﻠﺔ ﺗﺘﻌﻠّﻖ ﺑﺎﻟﺼﺤّﺔ اﻟﻌﻤﻮﻣﻴﺔ و هﻮ ﻣﺮض ﻣﺘﻌﺪد اﻟﻌﻮاﻣﻞ ﺗﺘﺪﺧّﻞ ﻓﻴﻪ ﻋﻮاﻣﻞ ﺑﻴﺌﻴﺔ )اﻟﻀﺮ وف‬
‫اﻻﻗﺘﺼﺎدﻳﺔ و اﻻﺟﺘﻤﺎﻋﻴﺔ( و ﻋﻮاﻣﻞ ﺗﺘﻌﻠّﻖ ﺑﺎﻟﺠﺮﺛﻮﻣﺔ )ﺣﺪّة اﻟﺠﺮﺛﻮﻣﺔ( و ﻋﻮاﻣﻞ ﻣﺘﻌﻠّﻘﺔ ﺑﺎﻟﻤﻀﻴﻒ )وراﺛﻴﺔ(‪.‬‬
‫ﻞ ﻣﻦ ﻃﺮف ﻋﺪّة دراﺳﺎت وﺑﺎﺋﻴﺔ‪ .‬و ﻳﻬﺪف ﻋﻤﻠﻨﺎ إﻟﻰ ﺗﺤﺪﻳﺪ اﻟﻤﻈﻬﺮ اﻟﻮراﺛﻲ‬
‫و ﻗﺪ ﺗ ّﻢ اﻗﺘﺮاح هﺬﻩ اﻟﻘﺎﺑﻠﻴﺔ اﻟﺒﺸﺮﻳﺔ ﻟﻤﺮض اﻟﺴ ّ‬
‫ﻞ اﻟﺮﺋﻮي و ﻗﺎﺑﻠﻴﺘﻬﻢ ﻟﻠﺘﻌﺮّض ﻟﻠﻤﺮض‪.‬‬
‫ﻟﻤﺮﺿﻰ اﻟﺴ ّ‬
‫هﻲ ﻋﺒﺎرة ﻋﻦ دراﺳﺔ ﻟﻠﺸﺮاآﺔ اﻟﺠﻴﻨﻴﺔ ﻣﻦ ﻧﻮع ﻣﺮﻳﺾ‪-‬ﺷﺎهﺪ ﺗ ّﻢ إﺟﺮاؤهﺎ ﺑﻄﺮﻳﻘﺔ رﺟﻌﻴﺔ ﻋﻠﻰ ﻋﻴﻨﺔ ﻣﺘﻜﻮّﻧﺔ ﻣﻦ ‪250‬‬
‫ﻞ اﻟﺮﺋﻮي و اﻟّﺬﻳﻦ ﻳﻘﺪّر ﻣﺘﻮﺳّﻂ أﻋﻤﺎرهﻢ ب ‪ 38,3‬ﺳﻨﺔ ﻣﻊ ﻧﺴﺒﺔ ذآﻮر‪ /‬إﻧﺎث =‪1,45‬‬
‫ﻣﺮﻳﺾ ﻣﺆهّﻞ ﻣﻨﺎﻋﻴﺎ ﻟﻺﺻﺎﺑﺔ ﺑﺪاء اﻟﺴ ّ‬
‫ﻣﻘﺎرﻧﺔ ب ‪ 250‬ﺷﺎهﺪ ﻣﻦ أﻗﺎرب اﻟﻤﺮﺿﻰ اﻟّﺬﻳﻦ ﻳﻘﺪّر ﻣﺘﻮﺳﻂ أﻋﻤﺎرهﻢ ب ‪ 40,6‬ﺳﻨﺔ ﻣﻊ ﻧﺴﺒﺔ ذآﻮر‪ /‬إﻧﺎث =‪ 1,1‬و ‪250‬‬
‫ﺷﺎهﺪ ﻣﻦ ﻏﻴﺮ أﻗﺎرب اﻟﻤﺮﺿﻰ ﻣﻊ ﻣﺘﻮﺳﻂ ﻋﻤﺮ ﻳﻘﺪّر ب ‪ 42,6‬ﺳﻨﺔ و ﻧﺴﺒﺔ ذآﻮر‪ /‬إﻧﺎث = ‪.1,25‬‬
‫ن ﺗﺤﺎﻟﻴﻞ اﻟﻤﻴﺰات اﻟﻮﺑﺎﺋﻴﺔ و اﻟﻌﻮاﻣﻞ اﻻﻗﺘﺼﺎدﻳﺔ و اﻻﺟﺘﻤﺎﻋﻴﺔ ﻗﺪ أوﺿﺤﺖ ﻟﻨﺎ وﺟﻮد هﻴﻤﻨﺔ ﻟﻠﺬآﻮر ﻣﻊ ﻗﻤّﺔ ﺗﺮدّد ﻟﻤﺮض‬
‫إّ‬
‫ﻞ‪.‬‬
‫ﻞ ﻣﺎ ﺑﻴﻦ ‪ 20‬و ‪ 50‬ﺳﻨﺔ و وﺟﻮد ﻋﺎﻣﻞ ﺁﺧﺮ ﻏﻴﺮ اﻟﺠﺮﺛﻮﻣﺔ و اﻟﻌﺎﻣﻞ اﻟﺒﻴﺌﻲ ﻳﻤﻜﻨﻪ ﺷﺮح ﻇﻬﻮر ﻣﺮض اﻟﺴ ّ‬
‫اﻟﺴ ّ‬
‫ﻞ اﻟﺮﺋﻮي ) ‪(TNF α, TLR2, NSO2‬‬
‫ﻓﻲ اﻟﺒﺪاﻳﺔ هﻨﺎك ﻋﺪّة أوﺟﻪ ﺗ ّﻢ ﺗﻌﻴﻴﻨﻬﺎ ﻟﺘﺤﺪﻳﺪ اﻟﻤﺘﺮﺷﺤﻴﻦ ﺣﺴﺐ ﻗﺎﺑﻠﻴﺘﻬﻢ ﻟﻤﺮض اﻟﺴ ّ‬
‫ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺗﺤﻠﻴﻞ ‪ 14‬ﻧﻤﻂ ﺟﻴﻨﻲ ‪ ،‬ﺛﻢ ﻗﻤﻨﺎ ﺑﺘﺤﻠﻴﻞ ﻧﻤﻄﻴﻦ ﺟﻴﻨﻴﻴﻦ ‪ (2258)TLR2‬و ‪ TNF α-308‬ﻟﻢ ﻧﺠﺪ أي ﻓﺮق ذو‬
‫دﻻﻟﺔ ﻣﺎ ﺑﻴﻦ اﻟﻤﺮﺿﻰ و اﻟﺸﻬﻮد ‪:‬‬
‫‪TNF α‬‬
‫) ﻣﺮﻳﺾ‪-‬ﺷﺎهﺪ ﻓﺌﺔ‪ P= 0,89, OR= 1,03, IC= 0,67-1,57 :1‬و ﻣﺮﻳﺾ‪-‬ﺷﺎهﺪ ﻓﺌﺔ‪P= 0,71, OR= 1,17, :2‬‬
‫‪(IC= 0,77-1,75‬‬
‫و‪TLR2‬‬
‫) ﻣﺮﻳﺾ‪-‬ﺷﺎهﺪ ﻓﺌﺔ‪ P= 0,61, OR= 1,84, IC=1,16-20,4 :1‬و ﻣﺮﻳﺾ‪-‬ﺷﺎهﺪ ﻓﺌﺔ‪P= 0,71, OR= 1,56, IC= :2‬‬
‫‪(0,14-17,4‬‬
‫ﻞ ﺑﺎﻟﺸﻬﻮد ﻣﻦ ﻓﺌﺔ ‪ 2‬ﺣﺴﺐ اﻟﻌﻤﺮ و اﻟﺠﻨﺲ ﻓﻘﺪ ﻇﻬﺮ وﺟﻮد ﻓﺮق ذو دﻻﻟﺔ ﺑﻴﻦ‬
‫ﻓﻲ هﺬﻩ اﻷﺛﻨﺎء و ﺑﻤﻘﺎرﻧﺔ ﻣﺮﺿﻰ اﻟﺴ ّ‬
‫‪-3‬‬
‫اﻟﻤﺮﺿﻰ و اﻟﺸﻬﻮد ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﻨﻤﻄﻴﻦ اﻟﺠﻴﻨﻴﻴﻦ ) ‪(P=10 , OR= 2,9‬‬
‫ﻞ ﻋﻠﻰ ﺣﺪا ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﺼﻨﻒ‬
‫و ﻗﺪ ﺗ ّﻢ ﺗﺄآﻴﺪ ذﻟﻚ ﺑﺘﻨﻈﻴﻢ اﻟﻤﺮﺿﻰ و اﻟﺸﻬﻮد ﺣﺴﺐ اﻟﺠﻨﺲ و ﺑﻤﻘﺎرﻧﺔ اﻷﺟﻨﺎس ذآﻮر و إﻧﺎث آ ّ‬
‫اﻟﺠﻴﻨﻲ ‪ GG‬ﻟﻠﻮﺣﺪة اﻟﺠﻴﻨﻴﺔ ‪ TLR2‬ﺑﻴﻦ اﻟﻤﺮﺿﻰ و اﻟﺸﻬﻮد ﻣﻦ ﻓﺌﺎة ‪ 2‬و اﻟﺬّي أﻇﻬﺮ وﺟﻮد ﻓﺮﻗﺎ ذو دﻻﻟﺔ ﻣﻊ ﺗﺄﺛﻴﺮ‬
‫وﻗﺎﺋﻲ ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﺠﻨﺲ اﻹﻧﺎث ‪P=0,001, OR= 0,34, IC= 0,18-0,64‬‬
‫ن اﻟﺘﻮزﻳﻊ ﺣﺴﺐ ﻓﺌﺎت اﻟﻌﻤﺮ ﻗﺪ أوﺿﺢ وﺟﻮد ﻓﺮق ذو دﻻﻟﺔ ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﺼﻨﻒ اﻟﺠﻴﻨﻲ ‪ GG‬ﻟﻠﻨﻤﻂ اﻟﺠﻴﻨﻲ ‪ TLR2‬ﻓﻲ ﻓﺌﺔ‬
‫إّ‬
‫ﻞ اﻟﺮﺋﻮي ﻟﻔﺌﺔ اﻟﻌﻤﺮ)‪P= 0,02, OR=0,37 et IC=0,16-0,85 (39-30‬و ﻓﺌﺔ اﻟﻌﻤﺮ )‪(59-50‬‬
‫اﻟﻌﻤﺮ ﻣﻊ ﻗﻤﺔ ﺗﺮدّد اﻟﺴ ّ‬
‫‪.P=0,01, OR=0,22, et IC=0,07-0,71‬‬
‫إّ‬
‫ن اﻟﺘﻮزﻳﻊ ﺣﺴﺐ ﻣﺪﻟﻮل اﻟﺘﺼﻮﻳﺮ اﻹﺷﻌﺎﻋﻲ و اﻟﻌﻮارض اﻟﻤﺮﺿﻴﺔ و اﻟﺠﺮﺛﻮﻣﻴﺔ ﻳﻈﻬﺮ هﻴﻤﻨﺔ اﻟﺼﻨﻒ اﻟﺠﻴﻨﻲ ‪GG‬‬
‫ﻞ اﻟﺪﺧﻨﻲ ‪.‬‬
‫‪.‬ﻟﻠﺸﻜﻠﻴﻦ اﻟﺠﻴﻨﻴﻦ ﻣﻊ ﻗﺎﺑﻠﻴﺔ اﻹﺻﺎﺑﺔ ﺑﻤﺮض اﻟﺴ ّ‬
‫ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﺼﻨﻒ اﻟﺠﻴﻨﻲ ‪ GG‬ﻟﻠﺸﻜﻠﻴﻦ اﻟﺠﻴﻨﻴﻴﻦ ‪TLR2‬و اﻟﺘﺄﺛﻴﺮ اﻟﻮﻗﺎﺋﻲ ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﺸﻬﻮد اﻟﻤﺮﻳﺾ‪ -‬ﺷﺎهﺪ ﻣﻦ ﻓﺌﺔ‪1‬‬
‫‪ P= 0,04, OR= 0,05, IC= 0-0,085‬و اﻟﻤﺮﻳﺾ‪ -‬ﺷﺎهﺪ ﻣﻦ ﻓﺌﺔ‪P= 0,01, OR= 0,08, IC= 0,01-0,91 : 2‬‬
‫‪184‬‬
‫ﻞ ﺣﺴﺐ اﻟﻌﻤﺮ و اﻟﺠﻨﺲ‪ ،‬و ﻳﺒﻘﻰ ﻋﻠﻴﻨﺎ ﺗﻮﺿﻴﺢ اﻟﺪور اﻟﺬي ﺗﻠﻌﺒﻪ هﺬﻩ اﻟﺠﻴﻨﺎت‬
‫و هﺬا ﻗﺪ أﻇﻬﺮ وﺟﻮد ﻗﺎﺑﻠﻴﺔ ﺟﻴﻨﻴﺔ ﻟﻤﺮض اﻟﺴ ّ‬
‫و ﻣﺴﺎهﻤﺘﻬﺎ ﻓﻲ إﻇﻬﺎر هﺬﻩ اﻟﻘﺎﺑﻠﻴﺔ ﻟﺪﻳﻬﻢ‪.‬‬
‫ووﺟﺐ ﺗﺄآﻴﺪ هﺬﻩ اﻟﺪّراﺳﺔ ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺗﻮﺳﻴﻊ ﻧﻄﺎق اﻟﻌﻴّﻨﺎت اﻟﻤﺪروﺳﺔ و اﻟﻤﻘﺎرﻧﺔ و آﻤﺎ أﻧﻪ ﺑﺴﺒﺐ ﺗﺄﺛﻴﺮ هﺬا اﻟﻤﺮض ﻋﻠﻰ‬
‫اﻟﺼﺤّﺔ اﻟﻌﻤﻮﻣﻴﺔ‪ ،‬ﻳﺘﻄﻠّﺐ ﻣﻨﺎ دراﺳﺎت إﺿﺎﻓﻴﺔ ﺑﺎﺳﺘﻌﻤﺎل ﺗﻘﻨﻴﺎت ﺟﺪﻳﺪة ﻣﺘﻌﺪدة اﻟﻌﻠﻮم و هﺪا ﺳﻴﻔﺘﺢ اﻟﻤﺠﺎل ﻟﻠﺘﻌﺮّف ﻋﻠﻰ‬
‫ﻞ و ذﻟﻚ ﻹﻳﺠﺎد ﻃﺮق ﻟﻠﺘﺸﺨﻴﺺ و اﻟﻮﻗﺎﻳﺔ و اﻟﻌﻼج أآﺜﺮ‬
‫ﺟﺰﻳﺌﺎت و ﺣﻠﻘﺎت ﺿﺮورﻳﺔ ﻟﻼﺳﺘﺠﺎﺑﺔ اﻟﻤﻨﺎﻋﻴﺔ ﺿ ّﺪ ﺟﺮﺛﻮﻣﺔ اﻟﺴ ّ‬
‫ﻞ‪.‬‬
‫اﺳﺘﻬﺪاﻓﺎ ﻋﻠﻰ ﺟﺮﺛﻮﻣﺔ اﻟﺴ ّ‬
‫ﻞ‪ ,‬اﻟﻨﻤﻂ اﻟﺠﻴﻨﻲ‪ ,‬ﻗﺎﺑﻠﻴﺔ ﺟﻴﻨﻴﺔ‬
‫اﻟﻜﻠﻤﺎ ت ا ﻟﺮﺋﻴﺴﻴﺔ ‪:‬اﻟﺴ ّ‬
‫‪185‬‬

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