L`actualité R4ciam L`actualitéR ciam - Informatique de MIA

AVRIL 2014, N° 0
L’actualité R4ciam
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S’il existe de nombreux documents concernant le logiciel R accessibles sur Internet, il est parfois laborieux de trouver l’information
d’intérêt.
Le site R4ciam (ciam.inra.fr/r4ciam) a pour objectifs d’aider la communauté d’utilisateurs de R à obtenir plus facilement de l’information et de l’aide sur ce logiciel et à mutualiser les connaissances et
pratiques quant à son utilisation.
La rubrique « Sites référencés » contient une sélection de liens relatifs
à R que nous avons jugés utiles et pertinents. Chaque site comporte
une description plus ou moins détaillée et quelques mots-clés permettant une recherche ciblée.
La rubrique « Fiches techniques » contient un ensemble de fiches pratiques plus spécifiques, rédigées par nous-mêmes
ou librement disponibles sur des sites extérieurs. Là aussi, des mots-clés aident à la recherche.
Contribuez à l’enrichissement du site.
Le site sera d’autant plus vivant et intéressant, que vos suggestions et participations seront nombreuses.
— suggérez un nouveau sujet de fiche technique en utilisant le lien « Contact » en haut de chaque page ;
— proposez une fiche technique en utilisant le lien « Proposer une fiche » en haut de chaque page.
N’hésitez pas à nous transmettre votre propre fiche technique, surtout si le sujet traité est mal documenté ou difficile
à trouver sur Internet. Une fiche technique peut être très courte. Sa publication se fera sur les critères de la pertinence,
de l’intérêt pour les autres utilisateurs de R et de la rareté de l’information.
A vos claviers ! Nous attendons vos nombreuses suggestions et propositions de fiches !
Les animateurs du site
R4ciam : nouveaux sites
De nouvelles adresses de sites internet ont été ajoutées :
The R Inferno ou les bizarreries de R
Démarrer avec R
CRANberries Ce site recense les informations sur les ajouts,
mises à jour ou suppressions de packages sur le site du
CRAN.
R-cookbook Comme tous les cookbooks, ce site contient une
collection de « recettes » de R.
R4ciam : nouvelles fiches
Plusieurs nouvelles fiches ont fait leur apparition sur le site :
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Le package plyr : première partie
Formater un script R : le package formatR
Le package sos : pour rechercher des fonctions
Les vignettes
Faire un CodeBook avec RStudio
Gestion des fichiers et répertoires sous R
Éliminer les modalités d’un facteur qui n’existent plus
Le package manipulate de RStudio
D’autres fiches ont été mises à jour.
— Introduire du code et des sorties R dans un document
LaTeX avec Sweave
— Initiation à Roxygen, un outil d’autodocumentation du
code R
— Tracer le graphe des appels entre fonctions R par la commande foodweb()
— Gérer la documentation et les versions de fonctions R par
la commande fixr()
— Gérer la connectivité aux bases de données dans R par
l’intermédiaire de l’ODBC
que l’on doit réunir pour avoir une chance sur deux que deux
personnes de ce groupe aient leur anniversaire le même jour de
l’année.
R propose la fonction qbirthday() pour calculer cette probabilité :
Agenda : annonces
> qbirthday(prob=0.5, classes=365, coincident=2)
Il se trouve que ce nombre est 23, ce qui est finalement assez
• La dernière version de R est sortie en mars 2014. Il s’agit de
peu. On peut aussi chercher quelle devrait être la taille du groupe
la version 3.0.3 (2014-03-06) appelée Warm Puppy.
pour qu’il y ait 1 chance sur 2 que 3 personnes aient leur anni• La dernière version de RStudio est sortie le 29 janvier 2014.
versaire le même jour :
Il s’agit de la version 0.98.501 (www.rstudio.com/).
> qbirthday(prob=0.5, classes=365, coincident=3)
Agenda : séminaires, conférences
Dans ce cas, il faudrait réunir 83 personnes.
Enfin, on peut calculer la probabilité d’avoir 2 personnes nées
• La prochaine conférence useR ! se tiendra à Los Angeles le même jour dans un groupe d’une taille donnée, par exemple
(USA) du 30 juin au 3 juillet 2014. Parmi les conférenciers invités, 50 personnes
on trouve John C HAMBERS (S, R), David D IEZ (OpenIntro), Dirk
E DDELBUETTEL (Rcpp, Debian), Jan DE L EEUW (Journal of Statis- > pbirthday(n=50, classes=365, coincident=2)
tical Software), Martin M ÄCHLER (R Core, R Foundation), Karline
Cette probabilité est supérieure à 0,97.
S OETAERT (Solving Differential Equations in R). La date limite
d’inscription est fixée au 25 mai 2014 (user2014.stat.ucla.edu/).
• Les 3ıème Rencontres R auront lieu à Montpellier du 25 au
Focus : un package
27 juin 2014. La date limite d’inscription est fixée au 16 juin 2014
(r2014-mtp.sciencesconf.org/).
24 packages sont suivis (Maintainers) par des personnes ayant
Agenda : ouvrages, publications
• Le dernier numéro de The R Journal est sorti en décembre
2013 (journal.r-project.org/archive/2013-2/).
• Le dernier numéro de Journal of Statistical Software est sorti
en mars 2014 (www.jstatsoft.org/v57).
• Plusieurs ouvrages dans la collection « Pratique R » : Psychologie statistique avec R de Yvonnick N OËL et Analyse factorielle
multiple avec R de Jérome PAGÈS
Focus : une fonction
Le paradoxe des anniversaires. Dû à Richard VON M ISES, il est
à l’origine une estimation probabiliste du nombre de personnes
une adresse mèl en « inra.fr ». Le package planor proposé
par H. M ONOD, A. B OUVIER, A. KOBILINSKY et suivi par A. B OU VIER permet . . . « the automatic generation of regular factorial
designs, including fractional designs, orthogonal block designs,
row-column designs and split-plots » (plus d’information dans la
vignette).
Focus : une task view
Les Task views sont des compilations, regroupant par grands
thèmes/disciplines, les packages R jugés les plus pertinents pour
le thème ou la discipline (voir la fiche Les Task views et le package ctv). Ces compilations proposent une offre documentée et
régulièrement mise à jour de ce qu’il est utile/nécessaire d’installer pour commencer rapidement un nouveau thème.
La task view « Design of Experiments (DoE) & Analysis of Experimental Data » recense les packages R traitant de la conception
de plans d’expérience et de l’analyse des données qui en sont
issues. Elle présente une petite cinquantaine de packages (dont
le package planor).
Rédaction :
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[1] "F. Dessaint, V. Vidal, C. Bruchou, A. Bouvier, B. Schaeffer, C. Chabanet"
Contact : ciam.inra.fr/r4ciam/contact