L`actualité R4ciam L`actualitéR ciam - Informatique de MIA
Transcription
L`actualité R4ciam L`actualitéR ciam - Informatique de MIA
J UILLET 2014, N° 1 L’actualité R4ciam maic4R étilautca’L Le site R4ciam (ciam.inra.fr/r4ciam) s’enrichit de 2 nouvelles rubriques : • Une rubrique « Tutoriels » qui propose une liste de documents pédagogiques en français accessibles sur le site. • Une rubrique « FAQ » qui contient des trucs et astuces ainsi que des réponses courtes à des questions posées précises. Les réponses peuvent aussi être des liens vers des fiches techniques. A vos claviers ! Nous attendons vos nombreuses suggestions et propositions de fiches, tutoriels, . . . ! Les animateurs du site • Gestion des chaines de caractères R4ciam : nouvelles fiches Deux nouvelles fiches ont fait leur apparition sur le site : • Le package compiler • Calcul parallèle sous R avec snowfall Les fiches « Exécuter un script R » et « Faire un CodeBook avec RStudio » ont été mises à jour. R4ciam : tutoriels Plusieurs tutoriels sont présents : • • • • • • Initiation à R La fenêtre graphique et les sous figures Gestion des packages R Automatiser la production de documents Écrire dans la fenêtre Graphique Initiation aux statistiques, complément TP R avec corrigés Agenda : annonces • Une nouvelle version de R est sortie le 10 avril 2014. Il s’agit de la version 3.1.0 (2014-04-10) appelée Spring Dance. • La dernière version de RStudio est sortie le 18 juin 2014. Il s’agit de la version 0.98.942 (www.rstudio.com/). Agenda : ouvrages, publications • Le dernier numéro de Journal of Statistical Software est sorti en juin 2014 (www.jstatsoft.org/v58). • Initiation à la statistique avec R (2ed.) de F. B ERTRAND et M. M AUMY-B ERTRAND ; • Exploration de Données et Méthodes Statistiques, Data Analysis & Data Mining avec le Logiciel R de L. B ELLANGER et R. T OMASSONE. R4ciam : FAQ Actuellement plus d’une quinzaine d’items sont présents dans cette rubrique. Ils couvrent 4 catégories : • Les graphiques • Optimisation des programmes • RStudio Focus : une fonction Lors de l’installation d’un nouveau package, on observe parfois le chargement et l’installation d’autres packages. Ces packages sont nécessaires au bon fonctionnement du nouveau package. Si finalement, le nouveau package ne convient pas, on peut souhaiter le désinstaller ainsi que l’ensemble des autres Détente : un package insolite packages dont il dépendait. La fonction installed.packages() permet de lister les paLe sudoku (prononcé soudokou en français) est un jeu en ckages présents localement. On peut donc l’utiliser pour faire forme de grille défini en 1979 par l’Américain Howard G ARNS, un état avant installation. Il suffit ensuite de désinstaller les pamais inspiré du carré latin, ainsi que du problème des 36 officiers ckages installés entre les 2 états. du mathématicien suisse Leonhard E ULER. Un exemple d’utilisation : Le but du jeu est de remplir la grille avec une série de chiffres avant <- installed.packages()[,"Package"] (ou de lettres ou de symboles) tous différents, qui ne se trouvent install.package(pkgs=AER) jamais plus d’une fois sur une même ligne, dans une même coapres <- installed.packages()[,"Package"] lonne ou dans une même sous-grille. Quelques symboles sont remove.packages(apres[!apres %in% avant]) déjà disposés dans la grille, ce qui autorise une résolution progressive du problème complet (Source : Wikipedia). Le package sudoku permet de résoudre ce type de problème Focus : un package mathématique amusant. Le package compiler est fourni dans la distribution de base de R. Il propose une traduction sous forme de « bytecode » des fonctions R. Il utilise un « compilateurs à la volée » (JIT (justin-time) compilers en anglais), qui traduit le bytecode en code machine au fur et à mesure de l’exécution. Cela permet d’accélérer l’exécution sur les boucles ou les fonctions appelées plusieurs fois tout en évitant de stocker sur disque ou de transférer via les réseaux des données précompilées (Source : Wikipedia). La fiche « Le package compiler » propose un exemple d’utilisation. Focus : une task view Les Task views sont des compilations disponibles sur le site du CRAN, regroupant par grands thèmes/disciplines, les packages R jugés les plus pertinents pour le thème ou la discipline (voir la fiche Les Task views et le package ctv). Ces compilations proposent une offre documentée et régulièrement mise à jour de ce qu’il est utile/nécessaire d’installer pour commencer rapidement un nouveau thème. library(sudoku) # Charge le sudoku du 28 juin 2014 publié # sur le site http://www.sudoku.org.uk/ puza <- fetchSudokuUK(’28/06/2014’) printSudoku(puza) +-------+-------+-------+ | | 8 | 9 2 | | 9 | | | | 2 | 5 4 9 | 7 | +-------+-------+-------+ | 3 | 6 | 5 | | 4 2 | | 9 3 | | 6 | 7 | 8 | +-------+-------+-------+ | 4 | 6 8 3 | 2 | | | | 4 | | 9 5 | 1 | | +-------+-------+-------+ La task view « Optimization and Mathematical Program- La solution est donnée par ming » recense les packages R proposant des facilités pour la résolution des problèmes d’optimisation. Elle présente une soixan- printSudoku(solveSudoku(puza, print.it=FALSE)) taine de packages. Rédaction : > paste(sample(liste),collapse=", ") [1] "B. Schaeffer, F. Dessaint, C. Chabanet, A. Bouvier" ;-) fortunes::fortune() Soham: How to compute the p-value of a statistic generally? Berton Gunter: runif(1) -- Soham and Berton Gunter, R-help (May 2010) Pour nous joindre, proposer une fiche, s’inscrire à la liste de diffusion, . . ., une seule adresse : ciam.inra.fr/r4ciam/contact