Interactions entre la proteine Rop/Rom d`Escherichia coli et des

Interactions entre la proteine Rop/Rom d'Escherichia coli et des
"kissing" complexes boucle-boucle formés à partir de tigesboucles chimères: délices d'hélices.
Christian Cazenave, Justine Michel et Jean-Jacques Toulmé
Laboratoire de Biophysique Moléculaire, INSERM U 386, Université de Bordeaux II,
146 rue Leo Saignat, 33076 Bordeaux cedex
L'association de deux tiges-boucles d'ARN par appariement Watson-Crick de leurs
boucles est couramment désigné sous le vocable de "kissing complex". Il est constitué de
l'empilement de 3 hélices d'ARN correspondant à la tige de la première tige-boucle, l'hélice
résultant de l'appariement des séquences complémentaires des boucles et enfin de la tige de la
2ème tige-boucle. De tels complexes sont fréquemment retrouvés dans les appariements d'ARN
sens et antisens naturels, les sites de dimérisation d'ARN viraux, mais également à l'issue
d'expériences de sélection réitératives "in vitro" de séquences dirigées contre des cibles ARN
structurées. Une protéine est connue pour stabiliser de tels complexes, la protéine Rop/Rom
codée par le plasmide colE1 et qui sert de co-répresseur lors de l'interaction de type "kissing"
établie entre deux ARN transcrits à partir du plasmide colE1: le RNAI (antisens) et le RNAII
(sens servant de primer pour l'initiation de la réplication du plasmide colE1). Rop/Rom est
une petite protéine dimérique entiérement constituée d'hélices alpha.
Par des expériences de retardement sur gel, nous avons examiné la reconnaissance par
Rop /Rom d'une interaction boucle - boucle réalisée entre un dérivé de l'élément TAR du
virus VIH-1 et un aptamère (R O6-24) sélectionné contre cet élément. En faisant varier de
facon symétrique ou non la nature chimique (ADN, ARN ou 2'O methyl) des tiges et/ou des
boucles de chacune des tiges-boucles partenaires, il apparait que les seules combinaisons
chimériques acceptées par Rop/Rom sont celles constituées d'ARN dans les deux boucles et
de 2' O methyl dans l'une ou les deux tiges.