BOTALISTA : MODULE INDEX SEMINUM BORDEAUX 5 ET 6

BOTALISTA : MODULE INDEX SEMINUM
BORDEAUX 5 ET 6 NOVEMBRE 2015
COMPTE RENDU ATELIER
L.KASSEN ET D.VIVENT
CONTEXTE
Le Jardin Botanique de Bordeaux (beta-testeur) collabore avec le Jardin Botanique de Paris
(Beta-testeur et financeur) au projet « Botalista » initié et développé par les Conservatoire et
Jardin Botaniques de la Ville de Genève (développeur et financeur).
Actuellement en cours de développement « Botalista » sera un logiciel à licence gratuite
destiné, entre autre, à la gestion des collections botaniques et des accessions. Il est planifié
que l’annonce de la mise à disposition de tous de « Botalista » soit faite dans le cadre du 6ème
congrès international des Jardins Botaniques qui se déroulera à Genève en 2017.
Aujourd’hui, le module de gestion de la nomenclature est pratiquement terminé. Dans le cadre
du projet international WFO (World Flora Online), Les Conservatoire et Jardin Botaniques de la
Ville de Genève ont réalisé une vidéo de présentation du module Nomenclature de
« Botalista », qui est disponible sous https://www.youtube.com/watch?v=Igxo57jbBFY.
OBJECTIFS
Dans le cadre de ce développement, le module « Index seminum » a été ainsi précisément
abordé. Afin de réaliser une approche la plus exhaustive et la plus rigoureuse, nous avons
sondé nos collègues des Jardins Botaniques de France qui ont en charge dans leur
établissement respectif un Index seminum pour connaître leurs procédures et leurs souhaits.
Deux phases ont été entreprises :
- 1 : Recueillir les remarques, interrogations voire validations à propos des architectures
métiers* proposées et relatives à l’Index seminum.
* schématisation des principales étapes pour l’édition d’index, la gestion des commandes et des
tests de germination.
- 2 : Présenter, analyser et discuter lors de cet atelier les retours de l’enquête afin de permettre
ultérieurement aux développeurs présents d’élaborer les principaux schémas informatiques
relatifs à l’Index seminum.
PARTICIPANTS
C’est au total 21 personnes qui ont collaboré à cet atelier et qui représentent 13 institutions ou
collectivités différentes (Annexe 1).
Qu’ils soient tous ici sincèrement remercier pour leurs contributions et participations.
PROGRAMME
Le jeudi 5 novembre après un accueil des participants présidé par Philippe RICHARD
Conservateur en chef du Jardin Botanique de la Ville de Bordeaux, Raoul PALESE
Conservateur au CJB de Genève a présenté la genèse et le contenu du projet Botalista
(Annexe 2) suivis d’un temps pour les questions.
Puis c’est Cyril BOILLAT, informaticien et développeur pour le CJB de Genève qui a présenté le
module Nomenclature de Botalista avec en fin toujours un temps pour les questions.
Après une visite du Jardin Botanique de Bordeaux (secteur Bastide), Dominique VIVENT a
commencé à présenter à son tour les résultats de l’enquête sur l’architecture métier Index
seminum qui se composait de 4 grandes parties (Annexe 3). Durant les discussions, seule la
première partie a pu être abordée lors de cette fin de journée.
Lors du vendredi 6 novembre, durant toute la journée, les autres parties de l’enquête ont été
discutées en présence de tous les protagonistes avec comme seul intermède la visite du Jardin
Botanique de Bordeaux (secteur Jardin Public).
Durant ces deux journées, les nombreux échanges ont permis à nos collègues du CJB de
Genève d’affiner les principaux schémas du module informatique relatifs à l’Index seminum
pour Botalista.
REMARQUES
Genèse et contenu du projet Botalista
- L’architecture globale de Botalista repose sur la redéfinition de celle du Système
d’Information Botanique de Genève (SIBG) avec son module JIC (Jardin – Index
seminum – Conservation).
- Il n’existera pas de synchronisation entre les différentes bases installées, c'est-à-dire
entre les différents jardins qui utiliseront cet outil.
- Les principaux modules de Botalista doivent être achevés pour juin 2017 à l’occasion du
bicentenaire du CJB de Genève.
- Pour les transferts des données des anciennes bases sur Botalista, il est impératif
d’envisager des solutions techniques simples et peu couteuses. L’utilisation du Darwin
Core est proposée (TDWG.org). Cependant avec la base de données Sonnerat il y aura
une incompatibilité.
- L’évaluation du coût des transferts des données dans Botalista implique la mise à
disposition de données initiales déverrouillées et une charte de confidentialité entre les
protagonistes.
- Pour ce qui concerne la nomenclature, il s’agit d’un outil de proposition basé sur l’IPNI.
Des bases régionales pourront utilisées d’autres référentiels.
- Il est souhaité la création d’un entrepôt de données informatiques accessible par tous les
utilisateurs de l’outil Botalista afin de pouvoir compléter sa propre base ou mettre à
disposition des données.
- Il ressort l’importance dans cette nouvelle base de pouvoir disposer d’un module dédié
spécifiquement à des indicateurs type tableau de bord.
- Si tous les participants reconnaissent Botalista comme un outil indispensable, structuré,
intéressant et comme une vraie opportunité ils attirent l’attention sur la probable
nécessité de disposer d’un ETP pour le gérer.
- Les participants insistent sur la nécessité d’un glossaire par exemple entre autre sur la
notion de SA = Spécimen Acquis. Pour le CJB, un SA est un spécimen qui entre au
jardin et pas nécessairement visible par le public. Ce dernier peut être multiplié et
devient un Spécimen Cultivé SC1, SC2…
- Le CJB de Genève lance un appel à tous les volontaires désireux de tester les modules
existants.
Module Nomenclature de Botalista
- L’application Botalista est une application WEB qui nécessite un serveur JAVA avec
comme langage d’exploitation du SQL ou PostgreSQL et un navigateur.
- La philosophie principale est une approche conviviale et évolutive.
- On retrouve donc 1 champ unique de recherche avec de nombreuses aides (Spotlight =
documents d’utilisation) ce qui réduit l’abondance des champs et implique une
simplification de lecture.
- Chaque spécimen est définit par un code de type XX0000…. Les lettres indiquent s’il
s’agit d’un Spécimen Acquis SA, d’un Spécimen Cultivé SC, de graines à l’Index
Seminum IS ou dans la Banque de Semences BS. Elles sont suivies par un numéro
d’accession qui peut être propre à chaque institut ou qui reprend le n° IPEN
- Les projets sont définis par le manager. Il peut donc y avoir des droits par personne et
par projet qui accède à la base. Il peut exister un accès simple visiteur (accède à la base
uniquement en mode consultation).
- Pour ceux qui veulent tester : https://146.148.6.173/botalista/ avec comme user : cjb et
password : cjb.
Principales Composantes du Module Index seminum
- Voir observations Annexe 3
Principales étapes des tests de germination.
- Voir observations Annexe 3
- Lorsque qu’un lot de graines a été testé, il serait important de pouvoir cocher une case
viable ou non viable.
- La durée des tests doit être prise en compte et donc indiquée.
- Il a été demandé s’il y avait une nécessité de pratiquer des tests sur les graines à l’IS.
Actuellement peu d’établissement pratique ces types de tests. Par contre il serait
intéressant de disposer de retours sur les capacités germinatives des graines envoyées.
- Après les tests, il semble nécessaire de faire apparaître dans la gestion des stocks
toutes les graines épuisées, propres à l’établissement, dans la séminothèque, en
conservation, détruites, ou sortie via l’IS.
Principales étapes lors de l’édition de l’Index seminum IS.
- Voir observations Annexe 3
- La faisabilité de publier directement l’IS via le web n’a pas été étudiée.
- Il serait très intéressant de disposer d’un page ou l’on pourrait sélectionner librement
toutes les requêtes par taxon que l’on souhaiterait voir imprimer.
- Il est important de considérer qu’un même taxon peut être présent plusieurs fois dans un
même index si il s’agit de lots différents (différents lieux de récoltes, différentes
années…).
- Il serait, intéressant de connaître les quantités distribuées soit en nombre de lots,
nombre de graines ou poids.
- Il est important également d’être vigilant sur les statuts de protection des taxons.
Pourrait-il exister des accessions à des mises à jour ?
- Il est rappelé que la notion de traçabilité est primordiale soit via le n° IPEN soit avec le
n° N-1 (identité du jardin, n° IS…).
- Botalista, lorsque l’IS est terminé devrait pouvoir assurer une diffusion électronique aux
différents correspondants en évitant d’être identifier comme des spams.
- Il pourrait être envisagé un « Entrepôt de données » dans lequel on pourrait retrouver
tous les correspondants de chaque jardin et /ou stocker tous les IS. Pour accéder à un
maximum IS via le web ou rechercher un taxon particulier on peut également reproduire
le protocole élaboré par le Consortium Européen des Jardins Botaniques
(http://www.botanicgardens.eu/seedlist.htm).
- Dans la liste des correspondants il faudrait pour chacun préciser si l’IS est sous format
papier ou électronique.
Principales étapes des commandes
(il ne sera aborder ici que les commandes entrantes à savoir la gestion par une
institution des commandes sur son propre IS )
- Voir observations Annexe 3
- La gestion d’une commande doit pouvoir établir l’identité du correspondant, son n° IPEN
oui/non, la signature de l’agreement oui/non, la liste des taxons commandés
(établissement d’une liste), la demande de certificats phytosanitaires et des étiquettes
(lot et enveloppe).
- A partir des listes de taxons commandés une gestion des stocks est opérée afin
d’identifier les lieux de stockages pour mieux préparer les commandes mais également
entreprendre une planification des futures récoltes (étude pour V.2).
- La taille des lots est importante à prendre en compte d’un point de vue génétique
(protocole Ensconet).
- Les étiquettes proposées devraient porter les logos des institutions,
- Il est impératif de renseigner les dates de réception des desideratas et les dates d’envoi
des commandes afin d’assurer un suivi statistique.
- Il est important pour chaque commande d’y associer un texte de prévention sur les
plantes « exotiques envahissantes ».
- Il faut envisager la possibilité de gérer une commande hors IS.
BOTALISTA : MODULE INDEX SEMINUM
BORDEAUX 5 ET 6 NOVEMBRE 2015
ANNEXE 1 / : LISTE DES PARTICIPANTS (ENQUETE ET ATELIER)
Thierry ALEBERTEAU
Philippe GUIHNUT
Groupe ROCHER, La Gacilly.
Camifolia
Tél : 02 99 08 28 12
[email protected]
Alain BADOC
Jardin Botanique de Talence.
Tél 05.57.57.59.51
[email protected]
Laura KASSEN
Jardin Botanique de Bordeaux
Tél : 05 57 14 23 62 /Fax 05 57 14 23 60
[email protected]
Vincent LIPIA
Karim BENKHELIFA
Conservatoire et Jardins Botaniques de Nancy.
[email protected]
Patrick BERMUDES
Jardin Botanique Henri Gaussen, Toulouse.
Tél : 06 18 96 00 42
[email protected]
Nicolas BESSONART
DGINSI de Bordeaux
Tél : 05 56 10 19 82
[email protected]
Cyril BOILLAT
CJB Genève Suisse
Jardin Botanique de Paris.
[email protected]
Jean-Yves MARC
Jardin Botanique Henri Gaussen, Toulouse.
Tél : 06 18 96 00 42
[email protected]
Alain MERTZ
Jardin Botanique Jurrassica, Porrentruy Suisse.
Tél : +41 32 420 3750 Fax : +41 32 420 37 51
[email protected]
Jean-Michel MEURIOT
Jardin Botanique de Nice
Tél : 04 97 25 48 62 / 06 85 79 15 23 /Fax : 04 97 25 49 02
[email protected]
[email protected]
Laurent BRAY
Jardin Botanique de Paris.
Tél : 01 71 28 53 36
[email protected]
Raoul PALESE
CJB Genève Suisse
Tél : +41 22 418 5220 / Fax. +41 22 418 510
[email protected]
Evelyne DANOS
Yves PAUTHIER
Jardin Botanique de Tours.
MNHN - PARIS
Tél : 02 47 36 72 16
[email protected]
Tél. 01 40 79 33 19 / fax: 01 40 79 38 23
[email protected]
Jean-Gabriel FOUCHE
Pierre Fabre Castre.
[email protected]
Nicolas FREYRE
CJB Genève Suisse
[email protected]
Paul GICQUIAUD
Philippe RICHARD
Jardin Botanique de Bordeaux
Tél : 05 57 14 23 61 / 06 20 33 04 70 /Fax 05 57 14 23 60
[email protected]
Jeremy TRITZ
Jardin Botanique de la Ville de Neuchâtel Suisse
Tél : 0041 76 80 30 04 86 / 032 718 23 59
[email protected]
Camifolia
Tél : 06 85 26 42 73
[email protected]
Dominique VIVENT
Jardin Botanique de Bordeaux
Tél : 05 57 14 23 62 / 06 20 33 04 70 /Fax 05 57 14 23 60
[email protected]