Rapport de synthèse BIO 12(17((12(05 (fr) - NF VALIDATION
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Rapport de synthèse BIO 12(17((12(05 (fr) - NF VALIDATION
ACCREDITATION N°1-0144 PORTEE DISPONIBLE SUR WWW.COFRAC.FR bioMérieux Chemin de l’Orme 69280 MARCY L’ETOILE NF VALIDATION Validation des méthodes alternatives d’analyse Application à la microbiologie alimentaire Rapport de synthèse Validation EN ISO 16140 de la méthode TEMPO® TC pour le dénombrement des coliformes totaux Ce document comprend 45 pages dont 1 annexe. La reproduction de ce document n’est autorisée que sous sa forme intégrale. L’accréditation du COFRAC atteste de la compétence du laboratoire pour les seuls essais couverts par l’accréditation qui sont identifiés par le symbole. Version 0 22 octobre 2013 ADRIA DEVELOPPEMENT Creac’h Gwen - F. 29196 QUIMPER Cedex - Tél. (33) 02.98.10.18.18 - Fax (33) 02.98.10.18.08 E-mail : [email protected] - Site web : http://www.adria.tm.fr ASSOCIATION LOI DE 1901 - N° SIRET 306 964 271 00036 - N° EXISTENCE 532900006329 - N°TVA FR4530696427100036 bioMérieux Sommaire 1 RAPPEL SUR LA METHODE ALTERNATIVE _________________________ 6 1.1 Date de la première validation et date de reconduction ___________ 6 1.2 Protocole et principe de la méthode alternative __________________ 6 1.3 Méthode de référence à laquelle la méthode alternative a été comparée _________________________________________________ 7 1.4 Principaux résultats obtenus lors de la validation initiale (2005), des études d’extension (2011) et de reconduction (2013) _____________ 8 1.4.1 Etude comparative des méthodes (Validation initiale - 2005) ______ 8 1.4.1.1 Linéarité ______________________________________________________ 8 1.4.1.2 Exactitude relative _____________________________________________ 15 1.4.1.3 Complément d’étude d’exactitude sur les produits végétaux ____________ 21 1.4.1.4 Limite de détection (LOD) et limite de quantification (LOQ) _____________ 25 1.4.1.5 Sensibilité relative _____________________________________________ 26 1.4.1.6 Spécificité/Sélectivité ___________________________________________ 27 1.4.1.7 Praticabilité __________________________________________________ 28 1.4.1.8 Conclusion ___________________________________________________ 31 1.4.2 Etude d’extension (laits crus) – 2011 ___________________________ 32 1.4.2.1 Nombre et nature des échantillons ________________________________ 32 1.4.2.2 Résultats bruts ________________________________________________ 32 1.4.2.3 Interprétation _________________________________________________ 34 1.4.2.4 Conclusion ___________________________________________________ 36 1.4.3 Etude interlaboratoire _________________________________________ 37 2 1.4.3.1 Organisation de l’étude _________________________________________ 37 1.4.3.2 Contrôle des paramètres expérimentaux ____________________________ 38 1.4.3.3 Calculs et interprétation statistique (Etude de reconduction – 2013) ______ 40 1.4.3.4 Conclusion ___________________________________________________ 45 ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE _____________________________________ 45 Annexe 1 – Méthode de référence NF ISO 4832 _________________________________________ 47 ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 4/45 22 octobre 2013 bioMérieux Avant Propos L’ensemble des renseignements permettant de valider la garantie des analyses est tenu à la disposition de la Société bioMérieux. Les résultats sont synthétisés au sein de tableaux et interprétés selon la norme NF EN ISO 16140. o Fabricant : bioMérieux Chemin de l’Orme 69280 MARCY L’ETOILE o Laboratoire expert : ADRIA Développement ZA Creac’h Gwen 29196 QUIMPER Cedex o Méthode à valider : Méthode TEMPO® TC pour le dénombrement des coliformes totaux o Référentiel de validation : Norme NF EN ISO 16140 (octobre 2003) : protocole pour la validation des méthodes alternatives o Méthode de référence : NF EN ISO 4832 (février 2003) : directives générales pour le dénombrement des coliformes méthode par comptage des colonies o Etendue de la validation : Tous produits d’alimentation humaine et aliments pour animaux de compagnie o Organisme de validation : AFNOR Certification Essai effectué sous le couvert de l’accréditation ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 5/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1 RAPPEL SUR LA METHODE ALTERNATIVE 1.1 Date de la première validation et date de reconduction La méthode TEMPO® TC a été validée le 8 décembre 2005 (n° attestation BIO 12/17 - 12/05). La méthode a été reconduite le 4 décembre 2009. Une extension a été réalisée le 3 février 2011 afin d’étendre le champ d’application à l’analyse des laits crus. La validation a été reconduite en octobre 2013. 1.2 Protocole et principe de la méthode alternative TEMPO® est une solution automatisée qui permet de réaliser le dénombrement des germes indicateurs de la qualité sanitaire dans les produits d’alimentation humaine et pour animaux de compagnie. La numération des micro-organismes est basée sur la méthode NPP : Nombre le Plus Probable associée à la technologie des cartes TEMPO®. Le système TEMPO® réalise l’interprétation de la croissance microbienne de chaque carte TEMPO® et calcule le résultat des numérations (UFC/g). TEMPO® est composé en deux postes d'activité distincts : - poste de préparation TEMPO® pour réaliser l’ensemencement, avec distribution d'un échantillon alimentaire dilué dans un flacon de milieu, puis remplissage et le scellage des cartes TEMPO® au moyen d'un instrument : TEMPO® Filler. - poste de lecture TEMPO® pour effectuer la lecture et l’interprétation des cartes TEMPO® par l'intermédiaire d'un instrument : TEMPO® Reader. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 6/45 22 octobre 2013 bioMérieux Le protocole général est présenté ci-après : Préparation échantillon 1/10ème en sac TEMPO® Diluant : peptone-sel Dilution 1/4000 3,9 ml eau distillée Dilution 1/400 Dilution 1/40 3,9 ml eau distillée stérile 3 ml eau distillée ® en flacon TEMPO TC 0,1 ml suspension 1/100 0,1 ml suspension 1/10 1 ml suspension 1/10 dans flacon (une carte) Incubation 24 h - 27 h à 30°C 1°C Lecture La dilution au 1/40ème permet une numération dans la gamme 10 à 49 000 ufc/g. La dilution au 1/400ème permet une numération dans la gamme 100 à 490 000 ufc/g. La dilution au 1/4000ème permet une numération dans la gamme 1 000 à 4 900 000 ufc/g. 1.3 Méthode de référence à laquelle la méthode alternative a été comparée La méthode de référence est la norme NF EN ISO 4832 (février 2003) : directives générales pour le dénombrement des coliformes - méthode par comptage des colonies. Le protocole est schématisé en annexe 1. Essai effectué sous le couvert de l’accréditation ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 7/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4 Principaux résultats obtenus lors de la validation initiale (2005), des études d’extension (2011) et de reconduction (2013) 1.4.1 Etude comparative des méthodes (Validation initiale - 2005) 1.4.1.1 Linéarité Matrices utilisées et protocole de contamination Cinq catégories de produits ont été analysées (une matrice par catégorie), à cinq niveaux de contamination et deux répétitions ont été réalisées par échantillon. Au total, 50 analyses ont été effectuées à la fois par la méthode de référence et la méthode alternative. Les niveaux de contamination, les matrices testées, ainsi que les souches utilisées sont listés dans le tableau suivant : Matrice testée Souche Taux d’inoculation Steak haché Klebsiella oxytoca 42 100 - 500 - 1 000 - 5.103 - 5.104 Tablettes au bœuf pour chien Citrobacter freundii 35 100 - 500 - 1 000 - 5.103 - 5.104 Concombre tranché E. coli 19 100 - 500 - 1 000 - 5.103 - 5.104 Crème pâtissière Enterobacter agglomerans 74 100 - 500 -1 000 - 5.103 - 5.104 Poisson cru Enterobacter cloacae Ad 230 100 - 500 - 1 000 - 5.103 - 5.104 Une dilution 1/40 a été effectuée pour l’analyse d’échantillons inoculés à des taux compris entre 100 et 5.103 UFC/g. Une dilution 1/400 a été effectuée pour l’analyse d’échantillons inoculés à des taux compris entre 100 et 5.104 UFC/g. Une dilution 1/4000 a également été réalisée pour l’analyse d’échantillons inoculés à des taux compris entre 5 000 et 5.10 4 UFC/g. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 8/45 22 octobre 2013 bioMérieux Résultats bruts Les échantillons ont été testés en double par chacune des deux méthodes. Deux interprétations de résultats ont été effectuées : - Interprétation avec des dilutions combinées : Niveau 1 : 1/40 Niveau 2 : 1/40 Niveau 3 : 1/400 Niveau 4 : 1/400 Niveau 5 : 1/4000 - Interprétation en minimisant la variation des dilutions : Niveau 1 : 1/40 Niveaux 2-3-4-5 : 1/400 Les graphiques bidimensionnels pour chaque couple matrice / souche sont donnés Figure 1. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 9/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 1 - Graphiques bidimensionnels Dilutions combinées Barres pour chien 9,00 9,00 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) Steak haché 5,00 4,00 3,00 5,00 4,00 3,00 2,00 2,00 1,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 1,00 2,00 log(Méthode de référence) 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) 9,00 5,00 4,00 3,00 1,00 5,00 8,00 9,00 7,00 8,00 9,00 3,00 1,00 4,00 7,00 4,00 2,00 3,00 6,00 5,00 2,00 2,00 5,00 Crème patissière 9,00 1,00 4,00 log(Méthode de référence) Concombres 0,00 0,00 3,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 log(Méthode de référence) log(Méthode de référence) Filet de cabillaud 9,00 8,00 log(Méthode alternative) 7,00 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 9,00 log(Méthode de référence) ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 10/45 22 octobre 2013 bioMérieux Dilutions les plus usuelles Barres pour chien 9,00 9,00 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) Steak haché 5,00 4,00 3,00 5,00 4,00 3,00 2,00 2,00 1,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 1,00 2,00 log(Méthode de référence) 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) 9,00 5,00 4,00 3,00 1,00 5,00 8,00 9,00 7,00 8,00 9,00 3,00 1,00 4,00 7,00 4,00 2,00 3,00 6,00 5,00 2,00 2,00 5,00 Crème patissière 9,00 1,00 4,00 log(Méthode de référence) Concombres 0,00 0,00 3,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 log(Méthode de référence) 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 log(Méthode de référence) Filet de cabillaud 9,00 8,00 log(Méthode alternative) 7,00 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 9,00 log(Méthode de référence) ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 11/45 22 octobre 2013 bioMérieux Interprétation statistique Les résultats des interprétations statistiques sont donnés dans les tableaux suivants pour l’interprétation avec les dilutions combinées ou non. - Dilutions combinées : Matrice Steak haché Crème pâtissière Concombres Filet de cabillaud Tablette au bœuf pour chien R 2,29 4,43 1,43 3,00 2,50 Régression utilisée OLS1 OLS1 GMFR OLS1 OLS1 Rob.F 5,529 2,549 9,573 1,473 23,280 Valeur critique 5,41 5,41 5,41 5,41 5,41 P% 5 17 2 33 0 Coefficient de corrélation 0,987 0,972 0,994 0,990 0,982 Droite de régression* log Alt= 0,072+0,980 log Réf. log Alt= -0,133+1,071 log Réf. log Alt= -0,723+1,219 log Réf. log Alt= -0,562+1,132 log Réf. log Alt= -0,172+1,053 log Réf. * le choix de l’abscisse et de l’ordonnée dépend du type de régression retenue. Interprétation statistique : P5% : pas significatif P<1%: très significatif 1 % < P < 5 % : significatif - Dilutions (1/40 – 1/400) : Matrice Steak haché Crème pâtissière Concombres Filet de cabillaud Tablette au bœuf pour chien R 4,86 6,29 2,57 3,00 7,75 Régression utilisée OLS1 OLS1 OLS1 OLS1 OLS1 Rob.F 0,231 2,055 3,921 1,907 5,152 Valeur critique 5,41 5,41 5,41 5,41 5,41 P% 87 22 9 25 5 Coefficient de corrélation 0,982 0,947 0,987 0,988 0,961 Droite de régression* log Alt = 0,254+0,909 log Réf. log Alt = -0,057+1,030 log Réf. log Alt = -0,639+1,175 log Réf. log Alt = -0,639+1,175 log Réf. log Alt = -0,488+1,134 log Réf. * le choix de l’abscisse et de l’ordonnée dépend du type de régression retenue. Interprétation statistique : P5% : pas significatif P<1%: très significatif 1 % < P < 5 % : significatif Les droites de régression pour chaque couple matrice / souche sont données Figure 2 (dilutions combinées ou non). ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 12/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 2 - Droites de régression Dilutions combinées ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 13/45 22 octobre 2013 bioMérieux Dilutions usuelles Steak haché - Régression OLS 1 6,00 y = 0,9099x + 0,254 Alternative 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 2,00 4,00 6,00 Référence ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 14/45 22 octobre 2013 bioMérieux Discussion Les tests de linéarité sont acceptés d’emblée dans la plupart des cas : - interprétations des dilutions 1/40 – 1/400, - interprétations des dilutions combinées pour les matrices « steak haché », « crème pâtissière » et « filet de cabillaud ». Dans la plupart des cas, les coefficients de corrélation sont supérieurs à 0,98, valeurs élevées pouvant mettre en défaut la robustesse des tests de linéarité. Ainsi, la linéarité ne peut être réfutée pour les matrices concombres et tablettes au bœuf pour chien lors de l’interprétation de dilutions combinées. Le test de linéarité est accepté dans tous les cas. 1.4.1.2 Exactitude relative Nombre et nature des échantillons Les catégories et types d’aliments analysés sont répertoriés dans le tableau 1. Tableau 1 - Nombre et nature des échantillons Catégories Produits carnés Produits laitiers Fruits et végétaux Produits de la mer Aliments pour animaux de compagnie Types Viande crue - Charcuterie - Plats cuisinés Fromages au lait cru - Fromages frais - Glaces - Divers Légumes IVème gamme Déshydratés et divers - Congelés Crus - fumés - plats traiteurs produits déshydratés - pâtés viandes crues Nombre d’échantillons analysés Nombre de résultats exploités 18 10 27 10 22 10 19 14 27 10 Les échantillons non exploités sont dus à l’obtention de résultats inférieurs ou supérieurs au seuil de numération de l’une et/ou de l’autre des méthodes. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 15/45 22 octobre 2013 bioMérieux Contamination artificielle des échantillons Quatre échantillons ont été contaminés par contamination croisée : - échantillons n° 1218 et 1219 : contaminés par du fromage au lait cru - échantillons n° 1222 et 1223 : contaminés par un produit pour animaux de compagnie cuit type saucisson. Résultats bruts Les échantillons ont été analysés en double par chacune des deux méthodes. Tableau 2 Catégorie d’aliments Domaine de contamination (log) Produits carnés 1,00 à 4,63 Aliments pour animaux de compagnie 1,00 à 5,43 Fruits et végétaux 1,85 à 6,15 Produits laitiers 1,52 à 5,48 Produits de la mer 1,40 à 5,04 Les graphiques bidimensionnels pour chaque catégorie et pour l’ensemble des échantillons sont donnés Figure 3. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 16/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 3 - Graphiques bidimensionnels Produits alimentation animale 9,00 9,00 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) Produits carnés 5,00 4,00 3,00 5,00 4,00 3,00 2,00 2,00 1,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 1,00 2,00 log(Méthode de référence) 8,00 8,00 7,00 7,00 6,00 6,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) 9,00 5,00 4,00 3,00 1,00 5,00 8,00 9,00 7,00 8,00 9,00 7,00 8,00 9,00 3,00 1,00 4,00 7,00 4,00 2,00 3,00 6,00 5,00 2,00 2,00 5,00 Produits laitiers 9,00 1,00 4,00 log(Méthode de référence) Produits végétaux 0,00 0,00 3,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 1,00 2,00 log(Méthode de référence) 3,00 4,00 5,00 6,00 log(Méthode de référence) Produits de la mer Tous produits 9,00 9,00 8,00 8,00 7,00 log(Méthode alternative) log(Méthode alternative) 7,00 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 6,00 1,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 8,00 0,00 0,00 9,00 log(Méthode de référence) ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 log(Méthode de référence) 17/45 22 octobre 2013 bioMérieux Interprétation Tableau 3 Catégorie n R Régression utilisée P% a t(a) b t(b) T critique Ordonnée Pente à à0 1 Produits carnés 10 2,15 OLS1 -0,357 0,097 0,864 1,224 2,306 93 26 Produits laitiers 10 1,32 GMFR -0,166 0,397 1,052 0,430 2,306 70 68 Fruits et végétaux 10 3,90 OLS1 0,997 1,235 0,611 2,094 2,306 25 7 Produits de la mer 14 1,73 GMFR -0,555 1,401 1,061 0,526 2,179 19 61 10 6,00 OLS1 0,0405 0,145 0,960 0,552 2,306 89 60 54 2,42 OLS1 0,184 0,835 0,855 2,397 2,00 41 2 Aliments pour animaux de compagnie Tous produits Les limites de répétabilité obtenues pour la méthode alternative et la méthode de référence ainsi que le biais D obtenu entre les deux méthodes sont données dans le tableau 4. Tableau 4 Biais D Limite de répétabilité méthode alternative Limite de répétabilité méthode de référence Produits carnés - 0,368 0,411 0,191 Produits laitiers 0,015 0,367 0,279 Fruits et végétaux - 0,418 0,572 0,147 Produits de la mer - 0,188 0,382 0,220 Aliments pour animaux de compagnie - 0,063 0,705 0,117 Toutes catégories confondues - 0,303 0,435 0,176 Catégorie Les droites de régression (sous la forme de graphiques et d’équations) pour chacune des matrices et pour l’ensemble des matrices sont données Figure 4. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 18/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 4 - Droites de régression pour chacune des matrices et pour l’ensemble des matrices Produits carnés - Régression OLS 1 Produits d'alim entation anim ale Régression OLS 1 6,00 6,00 y = 0,9597x + 0,0405 5,00 5,00 4,00 4,00 Alternative Alternative y = 0,8638x - 0,0347 3,00 2,00 1,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 0,00 3,00 4,00 5,00 6,00 Référence Produits végétaux - Régression OLS 1 Produits laitiers - Régression GMFR 6,00 y = 0,6109x + 0,9972 y = 1,0522x - 0,1655 5,00 4,00 4,00 Alternative 5,00 3,00 2,00 1,00 0,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 0,00 1,00 Référence 3,00 4,00 5,00 6,00 Tous produits - Régression OLS 1 6,00 5,00 5,00 4,00 4,00 Alternative 6,00 3,00 2,00 y = 0,8551x + 0,1842 3,00 2,00 1,00 1,00 0,00 0,00 0,00 2,00 Référence Produits de la m er - Régression GMFR y = 1,0608x - 0,555 Alternative 2,00 Référence 6,00 Alternative 1,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 0,00 6,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 Référence Référence ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 1,00 19/45 22 octobre 2013 bioMérieux Certains écarts de dénombrements sont observés entre les deux méthodes : - dénombrement supérieur par la méthode de référence : échantillon 505, jambon cuit échantillon 509, plat préparé à base de poisson échantillon 423, cubes de tomate échantillon 1130, betteraves rouges échantillon 1132, petits pois surgelés Dans tous les cas, les colonies étaient de diamètre supérieur à 0,5 mm sur gélose VRBL, avec une coloration rouge en absence d’auréole. Des colonies ont été prélevées sur gélose VRBL : elles présentent toutes une activité oxydase négative. Des caractérisations et identifications ont été réalisées par galerie API. Ainsi, des souches montrant un phénotype lactose négatif ont été identifiées aux espèces : Enterobacter agglomerans pour l’échantillon 509, 423 et 1132 Serratia liquefaciens pour l’échantillon 1132. - dénombrement supérieur par la méthode TEMPO® TC : échantillon 1218, glace à la vanille Discussion Les tests statistiques valident des ordonnées à l’origine proches de 0 et les pentes proches de 1 pour chacune des catégories étudiées séparément. Une dispersion des résultats est observée entre les deux méthodes pour la catégorie végétaux. Cette dispersion semble être imputable aux dénombrements de colonies caractéristiques avec toutefois absence d’auréole sur gélose VRBL et montrant un phénotype [lactose] négatif. Si l’on s’accorde sur le phénotype lactose positif des entérobactéries rassemblées dans le groupe des coliformes, la méthode de référence montre alors un manque de spécificité. Les biais entre les deux méthodes sont compris entre -0,418 Log UFC/g et 0,015 Log UFC/g. Ces observations permettent d’appréhender les résultats de tests statistiques indiquant une pente différente de 1 pour toutes catégories confondues. Enfin, les limites de répétabilité de la méthode alternative varient de 0,367 à 0,705, celles de la méthode référence de 0,117 à 0,279. Les limites de répétabilité de la méthode alternative sont supérieures à celle de la méthode de référence, telle qu’observée de manière générale entre une méthode basée sur le principe NPP et une méthode de dénombrement sur gélose (Gangar 1 et Gambrel-Lenarz, 1999). 1 Gangar V., Curiale M.S., Lindberg K., Gambrel-Lenarz S. (1999) Dry rehydratable film method for enumerating confirmed Escherichia coli in poultry, meats and seafood: collaborative study. J. AOAC Int., 82 (1) :73-8 ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 20/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.1.3 Complément d’étude d’exactitude sur les produits végétaux Protocole Vingt produits végétaux ont été analysés en double, à la fois par la méthode TEMPO® TC et par la méthode de référence NF EN ISO 4832, avec deux marques de milieu VRBL afin d’évaluer la variabilité entre milieux provenant de fournisseurs différents. Résultats Les échantillons analysés sont tous naturellement contaminés. Une attention particulière a été portée à l’analyse de types peu représentés lors de l’étude présentée le 19 septembre 2005, afin d’augmenter la variabilité des matrices. Vingt-trois échantillons ont été analysés pour obtenir vingt-deux résultats exploitables. Les graphiques bidimensionnels sont donnés Figure 5. Deux représentations et interprétations ont été réalisées pour le milieu A : - la première en cumulant les données acquises lors du complément d’étude à celles acquises lors de l’étude préliminaire, soit trente-deux résultats, - la deuxième avec uniquement les données du complément pour que cette interprétation soit comparable à celle réalisée avec le milieu B. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 21/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 5 - Graphiques bidimensionnels TEMPO® TC / VRBL A (22 échantillons) TEMPO® TC / VRBL A (32 échantillons) TEMPO® TC / VRBL B (22 échantillons) TEMPO® TC / VRBL A / VRBL B Produits végétaux 8 7 6 VRBL 5 4 3 2 1 0 0 2 4 6 TEMPO TC VRBL A ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 22/45 VRBL B 22 octobre 2013 8 bioMérieux Interprétation Les interprétations relatives à l’acceptation des pentes à 1 et des ordonnées à 0 sont indiquées ci-dessous : n R Régression a + (a) b + (b) Tcritique P(0) P (1) utilisée Milieu A 32 2,31 OLS1 0,374 0,824 0,814 1,836 2,042 42 8 Milieu B 22 1,42 GMFR - 0,630 1,765 1,067 0,840 2,086 9 41 Milieu A 22 2,08 OLS1 - 0,022 0,066 0,940 0,795 2,086 95 43 Les limites de répétabilité pour la méthode alternative et pour la méthode de référence, ainsi que le biais obtenu entre les deux méthodes sont donnés tableau ci-après : Limite de répétabilité Biais D Méthode alternative Méthode de référence Milieu A (n = 32) - 0,205 0,440 0,191 Milieu A (n = 22) - 0,140 0,396 0,191 Milieu B (n = 22) - 0,217 0,396 0,279 Les droites de régression pour chacune des interprétations sont reportées Figure 6. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 23/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 6 - Droites de régression ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 24/45 22 octobre 2013 bioMérieux Discussion Les résultats obtenus avec les deux milieux VRBL montrent une différence importante au niveau de l’ordonnée à l’origine : celle-ci est de - 0,630 avec le milieu B et de - 0,022 avec le milieu A. Selon le nombre d’échantillons considérés, les pentes varient de 0,814 à 0,940 lors d’une comparaison avec le milieu A. Elle est de 1,067 pour le milieu B. Le graphique bidimensionnel présenté figure 5 permet d’évaluer la variabilité des résultats générés par la méthode de référence selon le milieu VRBL utilisé, indiquant l’hétérogénéité de la flore dénombrée entre deux milieux différents utilisés dans une même méthode de référence. Alors, selon le cas, le dénombrement par la méthode TEMPO ® TC est davantage similaire à celui obtenu sur milieu VRBL A, ou au contraire, à celui obtenu sur milieu VRBL B. 1.4.1.4 Limite de détection (LOD) et limite de quantification (LOQ) Protocole La limite de détection de la méthode a été réalisée en cultures pures. Trois niveaux d’inoculation ont été testés, à raison de six réplicats par niveau, soit dix-huit analyses par la méthode alternative. Une dilution 1/40 a été effectuée. Une souche d’E. coli a été utilisée pour la limite de détection de la méthode TEMPO® TC. La limite de quantification a été effectuée pour six déterminations indépendantes de diluant stérile. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 25/45 22 octobre 2013 bioMérieux Résultats Les données sont intrinsèques à la méthode. Les résultats sont donnés dans les tableaux suivants : Tableau 5 Niveau 0 UFC/g 10 UFC/g 50 UFC/g Nombre d’échantillons positifs 0/6 4/6 6/6 Ecart-type Biais / 12,785 207,29 / 10 71 Tableau 6 Formules Valeurs obtenues LC 1,65 S0 + X0 31,1 LOD 3.3 S0 + X0 52,2 LOQ 10 S0 + X0 137,9 1.4.1.5 Sensibilité relative Les données sont intrinsèques à la méthode. Elles sont obtenues à partir des résultats obtenus dans l’étude de linéarité. Les profils de précision obtenus pour les différentes matrices sont présentés figure 7. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 26/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 7 - Profils de précision obtenus pour les différentes matrices 100,0% 90,0% 80,0% 70,0% CV(<x(y)>) 60,0% Steak haché Barres pour chien Concombres Filet de cabillaud cru congelé Crème patissière 50,0% 40,0% 30,0% 20,0% 10,0% 0,0% 0 1 2 3 4 5 6 7 Méthode de référence log ufc/g (x) 1.4.1.6 Spécificité/Sélectivité Protocoles d’essai Après décongélation et cultures en bouillon BHI aux températures appropriées, des dilutions décimales ont été effectuées et dénombrées en double à la fois par la méthode TEMPO ® TC et la méthode ISO 4832. Un dénombrement a été effectué en parallèle en gélose PCA par inclusion afin de vérifier le taux d’inoculation. Résultats d’inclusivité Sur les 30 souches testées, 4 n’ont pas répondu par le système TEMPO ® TC. Il s’agit de : - Enterobacter sakazakii 90, de phénotype lactose positif, Escherichia hermanii 395, de phénotype lactose négatif, Hafnia alvei 40, de phénotype lactose négatif, Hafnia alvei 167, de phénotype lactose négatif. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 27/45 22 octobre 2013 bioMérieux Sur la base de la définition du groupe des coliformes rassemblant des entérobactéries de phénotype [lactose]positif, la croissance de trois de ces souches sur gélose VRBL met en défaut la sélectivité de la méthode de référence. 11 souches non cibles montrent une croissance sur gélose VRBL : Lactobacillus paracasei ATCC 10746, Morganella morganii CIP A236, Proteus mirabilis 54, Proteus vulganis 56, Providencia rettgeri 12, Providencia stuartii 46, 3 souches de Salmonella, Shigella flexneri CIP 8248 et Xanthomaras maltophilia CIP 6077. La méthode TEMPO® TC détecte 5 d’entre elles : 3 souches de Salmonella, Lactobacillus paracasei ATCC 10746 et Proteus mirabilis 54. La méthode TEMPO® TC montre une spécificité et une sélectivité supérieures à celles de la méthode de référence, permettant d’expliquer certains écarts de dénombrements entre les deux méthodes observés lors de l’étude d’exactitude relative, principalement pour la catégorie Végétaux. 1.4.1.7 Praticabilité Temps réel de manipulation et flexibilité de la technique par rapport au nombre d’échantillons à analyser Temps en minutes Etape Prélèvement Ajout diluant Broyage Préparation des boîtes (2) Dilutions Ensemencements Lecture Temps total Temps pour 1 échantillon (2) Méthode NF ISO 4832 1 échantillon 20 échantillons 4 45 Méthode TEMPO TC 1 échantillon 20 échantillons 4 45 2 15 2 15 0,3 13 / / 4 64 2 20 2,5 12,8 60 197 0,45 8,45 2 82 12,8 9,9 8,45 4,1 3 dilutions x 2 boîtes ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 28/45 22 octobre 2013 bioMérieux Les temps indiqués ne tiennent pas compte de la préparation des milieux qui vient s’ajouter uniquement pour la méthode de référence. La méthode TEMPO utilise le milieu TEMPO® TC qui est prêt à l’emploi. L’utilisation de la méthode TEMPO® TC réduit considérablement les temps de manipulation, en particulier au niveau du poste de lecture. Il faut deux fois moins de temps pour réaliser la méthode TEMPO ® TC que la méthode NF ISO 4832 lors de l’analyse d’une grande série (20 échantillons). Il faut souligner également le gain de temps au niveau de la gestion des déchets. Le volume des consommables par la méthode TEMPO ® TC est négligeable par rapport au volume des consommables nécessaires pour la méthode NF ISO 4832. Pour un échantillon, il faut : - pour la réalisation de la méthode TEMPO : * 90 ml de diluant, * 1 carte TC, * 1 flacon TC, - pour la réalisation de la méthode NF ISO 4832 : * 90 ml de diluant, * 2 tubes de TS de 9 ml, * 6 boîtes de VRBL. L’espace d’incubation nécessaire pour la méthode TEMPO ® TC est particulièrement restreint par rapport à celui de la méthode NF ISO 4832. Un portoir de 20 cartes TEMPO (20 tests TC) mesure 22,5 cm x 10,5 cm ; pour la méthode NF ISO 4832 (analyse de 20 échantillons), il faut 120 boîtes, soit 20 piles de 6 boîtes de Pétri. Délai d’obtention des résultats Etape Méthode NF ISO 4832 Méthode TEMPO TC J0 J0 J1 J1 Prélèvement Broyage Analyse Lecture Le délai d’obtention des résultats est identique pour les deux méthodes. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 29/45 22 octobre 2013 bioMérieux Traçabilité des résultats Une traçabilité complète est assurée au niveau du TEMPO Filler et du TEMPO Reader, à savoir : - identification de l’échantillon, heure de réalisation du test, manipulateur ayant réalisé le test, lots de réactifs et consommables utilisés, durée d’incubation écoulée ou restant avant lecture des cartes, heure de lecture des cartes, nombre de lecture réalisée pour chaque carte - manipulateur ayant réalisé la lecture, - édition des résultats, associant le résultat (UFC/g) à l’échantillon, au paramètre testé et à la date d’analyse, - transfert possible vers un LIMS (Laboratory Information Management System). Maintenance par le laboratoire Les performances du TEMPO Reader sont contrôlées une fois par mois à l’aide du kit TEMPO QC qui est composé de : - 3 flacons TEMPO QC 8 µM, 2 flacons TEMPO QC 20 µM, 3 cartes TEMPO QC 8 µM, 2 cartes TEMPO QC 20 µM, 1 notice. Ce kit permet de vérifier que le niveau de fluorescence donné par le TEMPO Reader se situe bien dans la plage de valeurs attendues, signifiant que l’appareil est conforme. ® L’intérêt majeur de la méthode TEMPO TC réside : - dans le gain de temps important au niveau de l’analyse et de la lecture, - dans le gain de place à l’incubation des cartes TEMPO® TC et la gestion facilitée des déchets, - dans la traçabilité complète de l’analyse. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 30/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.1.8 Conclusion La méthode TEMPO® TC montre une linéarité et une exactitude relative satisfaisantes. Certains écarts de dénombrements sont observés entre les deux méthodes, plus particulièrement dans la catégorie végétaux. Vingt produits végétaux supplémentaires ont été analysés, par la méthode TEMPO® TC et par la méthode de référence NF EN ISO 4832, avec deux marques de milieu VRBL. Lors de la comparaison des données avec les dénombrements issus de la méthode TEMPO ® TC, les résultats montrent l’hétérogénéité de la flore dénombrée entre deux milieux différents utilisés dans une même méthode de référence. Alors, selon le cas, le dénombrement par la méthode TEMPO® TC est davantage similaire à celui obtenu par l’un ou l’autre des milieux VRBL testés. Les identifications menées à partir de colonies sur milieu VRBL indiqueraient de meilleures sélectivité et spécificité de la méthode TEMPO ® TC en comparaison à celles de la méthode de référence, méthode de référence dont les caractéristiques de spécificité et sélectivité dépendraient de la marque de milieu utilisé. Les limites de répétabilité de la méthode alternative sont supérieures à celle de la méthode de référence, mais montrent des valeurs satisfaisantes. Les biais entre les deux méthodes -0,368 Log UFC/g et 0,015 Log UFC/g. sont faibles, compris entre La méthode TEMPO® TC montre une sélectivité et spécificité satisfaisantes L’intérêt majeur de la méthode TEMPO® TC réside : - dans le gain de temps important au niveau de l’analyse et de la lecture, - dans le gain de place à l’incubation des cartes TEMPO® TC et la gestion facilitée des déchets, - dans la traçabilité complète de l’analyse. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 31/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.2 Etude d’extension (laits crus) – 2011 Lors de l’étude d’extension en 2011, seule l’étude d’exactitude relative a été réalisée, le protocole à appliquer pour le lait cru étant identique à celui validé pour les autres catégories de matrices 1.4.2.1 Nombre et nature des échantillons 19 échantillons ont été analysés ; 10 ont donné des résultats exploitables par les 2 méthodes. 6 échantillons ont été contaminés artificiellement, 3 ont donné des résultats exploitables. Les souches inoculées, les stress appliqués ainsi que l’évaluation du stress sont données ci-après : Tableau 7 N° Ech Produit Inoculations artificielles Souche Origine Protocole de stress Stress 5100 Lait cru de vache Escherichia coli 14 Lait cru 4°C 7 jours 0,5 5101 Lait cru de vache Escherichia coli 94 Fromage Bethmal 4°C 7 jours 0,5 5102 Lait cru de vache Escherichia coli E17 Lait cru 4°C 7 jours 0,5 5103 Lait cru de vache Escherichia coli 14 Lait cru 4°C 7 jours 0,5 5104 Lait cru de vache Escherichia coli 119 Lait cru 4°C 7 jours 0,5 5105 Lait cru de vache Escherichia coli 94 Fromage Bethmal 4°C 7 jours 0,5 1.4.2.2 Résultats bruts Le domaine de contamination se situe entre 2,15 et 3,81 log. Les graphiques bidimensionnels pour la catégorie « Laits crus » sont donnés figure 8 et pour tous produits figure 9. A noter que des milieux VRBL de fournisseurs différents ont été utilisés selon les échantillons : - fournisseur A pour les échantillons n° 4714 à 4717, - fournisseur B pour les échantillons n° 4912 à 5114. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 32/45 22 octobre 2013 bioMérieux Figure 8 – Graphique bidimensionnel Catégorie « Laits crus » Tempo TC 5,00 log(Méthode alternative) 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 log(Méthode de référence) 4,00 5,00 Figure 9 – Graphique bidimensionnel Catégorie « Tous produits » Tous produits 9,00 8,00 log(Méthode alternative) 7,00 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 2,00 4,00 6,00 log(Méthode de référence) 33/45 8,00 10,00 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.2.3 Interprétation Tableau 8 Catégorie n R Régression utilisée a t(a) b t(b) T critique Laits crus 10 2,89 OLS1 0,629 0,906 0,833 0,756 Tous produits 86 2,42 OLS1 0,143 0,792 0,889 2,336 P% Ordonnée à 0 Pente à 1 2,306 39 47 1,989 43 2 Un dénombrement plus élevé des coliformes est observé pour la méthode alternative, en particulier, pour les échantillons n° 4714, 4715 et 4912. A noter que les deux premiers échantillons ont été analysés avec des géloses VRBL provenant du fournisseur A, l’échantillon 4912 avec des géloses provenant du fournisseur B. Des identifications ont été réalisées pour ces échantillons à partir des puits positifs observés sur les cartes TEMPO. Les résultats sont présentés ciaprès : Tableau 9 N° éch. Dilution Résultat (UFC/g) Isolement des puits moyens positifs sur gélose COLI ID Isolement des petits puits positifs sur gélose COLI ID 4714-1 1/400 >490000 Présence de Coliformes et E. coli Présence de Coliformes et E. coli 4714-2 1/400 >490000 Présence de Coliformes et E. coli Présence de Coliformes et E. coli 4715-1 1/40 =6000 Présence de Coliformes Présence de Coliformes 4715-2 1/40 =12000 Présence de Coliformes et E. coli Présence de Coliformes et E. coli 4912-1 1/40 1 500 / Présence de Coliformes et E. coli 4912-2 1/40 2 100 / Présence de Coliformes et E. coli La présence de coliformes est bien confirmée dans les puits positifs. Les mêmes constatations avaient été réalisées lors de l’étude initiale, en particulier pour la catégorie « Végétaux », les différences observées entre la méthode alternative et la méthode de référence dépendant de la marque de la gélose VRBL utilisée dans la méthode de référence. Les limites de répétabilité obtenues pour la méthode alternative et la méthode de référence, ainsi que les biais D obtenus sont donnés ci-après : ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 34/45 22 octobre 2013 bioMérieux Tableau 10 Catégorie Biais D (médiane) Répétabilité méthode alternative Répétabilité méthode de référence Laits crus - 0,010 0,382 0,132 Tous produits - 0,133 0,426 0,176 Les droites de régression sont données figure 10 pour la catégorie « Laits crus » et figure 11 pour « Tous produits ». Figure 10 – Droite de régression Catégorie « Laits crus » Régression OLS 1 5,00 y = 0,8333x + 0,6287 Alternative 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 Référence Figure 11 – Droite de régression Catégorie « Tous produits » Tous produits -Tempo TC- Régression OLS 1 y = 0,8899x + 0,1429 8,00 Alternative 6,00 4,00 2,00 0,00 0,00 ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 2,00 4,00 6,00 Référence 35/45 8,00 22 octobre 2013 bioMérieux Bien que le biais calculé entre les 2 méthodes soit faible, quelques écarts de dénombrements sont observés entre les 2 méthodes. Les résultats des confirmations montrent que la méthode TEMPO ® TC permet un meilleur recouvrement des coliformes par rapport à la méthode de référence. La limite de répétabilité de la méthode alternative est plus élevée que celle de la méthode de référence. L’équation de la droite de régression obtenue pour les laits crus est la suivante : log Alt = 0,833 log Réf. + 0,629 La droite de régression obtenue pour tous produits est la suivante : log Alt = 0,889 log Réf. + 0,143 La méthode TEMPO® TC montre des résultats d’exactitude satisfaisants pour l’analyses des laits crus. 1.4.2.4 Conclusion La méthode TEMPO® TC donne des résultats de dénombrements parfois supérieurs à ceux observés pour la méthode de référence, mais la présence de coliformes a toujours été confirmée. Ces résultats avaient déjà été observés lors de l’étude de validation initiale, en particulier pour les végétaux. Il est à noter que la limite de répétabilité observée pour la méthode TEMPO® TC est supérieure à celle observée pour la méthode de référence. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 36/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.3 Etude interlaboratoire 1.4.3.1 Organisation de l’étude Douze laboratoires ont participé à l’étude. Des instructions détaillées ont été transmises aux laboratoires par le laboratoire expert. Du lait pasteurisé demi-écrémé a été inoculé par Escherichia coli 94, isolée de produit laitier. Les taux d’inoculation visés ont été les suivants : - <10 UFC/ml, - 100 – 1 000 UFC/ml, - 1 000 – 10 000 UFC/ml, - 10 000 – 100 000 UFC/ml. Les échantillons ont été répartis à raison de 25 ml par flacon ; chaque laboratoire a reçu deux flacons par taux. Un échantillon non inoculé a été joint au colis pour dénombrement de la flore aérobie mésophile par la méthode NF ISO 4833. Les échantillons codés (code connu uniquement du laboratoire expert) ont été placés dans des caisses isothermes contenant des blocs réfrigérants et expédiés aux différents laboratoires à l’aide d’un transport express. Un flacon témoin température contenant un enregistreur de température a été joint au colis, afin de suivre la température au cours du transport et de la mesurer à réception. Les échantillons ont été livrés en 24 h aux laboratoires collaborateurs. La température des échantillons devait être inférieure ou égale à 8°C pendant le transport, et comprise entre 0°C et 8°C à l’arrivée. Les laboratoires collaborateurs et le laboratoire expert ont effectué les analyses à la fois par la méthode alternative et par la méthode de référence. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 37/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.3.2 Contrôle des paramètres expérimentaux Stabilité de la souche au cours du transport Afin de vérifier la stabilité de la souche d’Escherichia coli 94, un dénombrement des six flacons inoculés a été effectué le jour de l’inoculation, ainsi qu’après 24 h et 48 h de conservation à 2°C ; les résultats sont reportés dans le tableau 11. Tableau 11 - Dénombrement d’Escherichia coli 94 par la méthode NF EN ISO 4832 (en log UFC/ml) Taux 1 Taux 2 Taux 3 Répétition 1 Répétition 2 Répétition 1 Répétition 2 Répétition 1 Répétition 2 J0 1,91 2,04 2,97 2,93 3,96 3,83 J1 1,89 1,77 2,92 2,99 3,83 3,90 J2 1,98 2,04 2,88 2,93 3,84 3,90 Aucune évolution de la souche n’est observée au bout de 48 h de conservation dans la caisse isotherme. Résultats obtenus pour les deux méthodes Les résultats de dénombrement des coliformes par le laboratoire expert par la méthode ISO 4832 et par la méthode TEMPO ® TC sont présentés dans le tableau 8, ainsi que les résultats obtenus à partir des dilutions 1/40 et 1/400 pour la méthode TEMPO® TC. Tableau 12 - Résultats du laboratoire expert (en log UFC/g) Taux visé (log UFC/g) Méthode de référence ISO 4832 Duplicat 1 <1 1à2 2à3 3à4 < 1,00 1,89 2,92 3,83 Duplicat 2 < 1,00 1,77 2,99 3,90 Méthode alternative TEMPO® TC Duplicat 1 Duplicat 2 D 1/40 D 1/400 D 1/40 D 1/400 < 1,00 < 1,00 < 2,00 < 2,00 1,85 2,08 2,00 < 2,00 2,92 2,86 2,93 2,86 3,83 3,83 4,32 4,08 Les taux de contamination visés ont été atteints. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 38/45 22 octobre 2013 bioMérieux Température des échantillons à réception Les températures mesurées à réception sont données dans le tableau 13. Tableau 13 - Température des échantillons à réception Laboratoires A B C D E F G H I J K L Température mesurée à réception (°C) 2,6 3,4 4,9 2,0 4,2 3,2 3,2 4,8 2,7 1,4 4,9 4,8 Date de réception des échantillons Date d’analyse J1 (18/10/2005) J1 (18/10/2005) Température des échantillons pendant le transport Aucune anomalie n’a été observée pendant le transport ; la température mesurée pendant le transport était comprise entre 0 et 3,5°C. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 39/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.3.3 Calculs et interprétation statistique (Etude de reconduction – 2013) Les calculs ont été réalisés selon l’amendement 1 de la norme EN ISO 16140 (15 août 2011). Définitions Exactitude : « Etroitesse de l’accord entre un résultat d’essai et la valeur de référence acceptée ». Fidélité : « Etroitesse de l’accord entre les résultats d’essais indépendants obtenus dans des conditions de répétabilité et de reproductibilité stipulées ». Répétabilité : « Etroitesse d’accord entre des résultats successifs et indépendants obtenus avec la même méthode en utilisant un matériau d’essai identique, dans des conditions identiques (appareillage, opérateur, laboratoires et intervalles de temps courts, c’est-à-dire des conditions de répétabilité) ». Limite de répétabilité (r) : « Valeur inférieure ou égale à laquelle la différence absolue entre deux résultats d’essai obtenus dans des conditions de répétabilité est attendue avec une probabilité de 95 % ». Reproductibilité : « Etroitesse d’accord entre des résultats d’essai individuels effectués sur un matériau d’essai identique en utilisant la même méthode et obtenus par des opérateurs de différents laboratoires utilisant un équipement différent (c’est-à-dire dans des conditions de reproductibilité) ». Limite de reproductibilité (R) : « Valeur inférieure ou égale à laquelle la différence absolue entre deux résultats d’essai obtenus dans des conditions de reproductibilité est attendue avec une probabilité de 95 % ». Synthèse des résultats obtenus par les deux méthodes Une synthèse des résultats est présentée tableau 14 (résultats obtenus avec la dilution 1/40 par la méthode TEMPO® TC) et tableau 15 (résultats obtenus avec la dilution 1/400 par la méthode TEMPO® TC). ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 40/45 22 octobre 2013 bioMérieux Tableau 14 - Synthèse des résultats obtenus avec la dilution 1/40 par la méthode TEMPO® TC (en log UFC/g) Niveau 0 Laboratoires Méthode de Niveau 1 Niveau 2 Niveau 3 Méthode Méthode de Méthode Méthode de Méthode Méthode de Méthode référence alternative référence alternative référence alternative référence alternative A <1 <1 <1 <1 2,00 1,95 2,00 1,85 2,90 2,96 2,97 3,23 3,95 3,95 4,08 3,72 B <1 <1 <1 <1 2,04 2,00 2,00 2,11 2,93 2,98 3,04 3,04 4,00 3,92 4,32 4,04 C <1 <1 <1 <1 1,93 2,00 1,86 2,11 2,71 2,83 2,86 2,72 3,85 3,85 3,96 4,08 D <1 <1 <1 <1 1,98 1,90 1,64 2,00 2,91 2,91 3,00 2,72 3,89 3,95 4,08 4,04 E <1 <1 <1 <1 2,04 2,11 1,77 1,84 2,93 2,93 2,92 2,86 3,93 3,99 4,04 3,89 F <1 <1 <1 <1 1,88 1,95 2,00 1,85 2,83 2,90 2,80 2,86 3,94 3,93 4,04 4,08 G <1 <1 <1 <1 1,98 2,11 2,04 2,04 2,80 2,90 3,11 2,76 3,85 3,77 3,96 4,32 H <1 <1 <1 <1 2,00 1,78 2,15 2,15 2,77 2,82 2,96 3,00 3,89 3,95 4,32 4,40 I <1 <1 <1 <1 2,08 1,95 2,08 1,85 2,86 2,95 3,04 3,04 3,93 3,94 4,08 4,18 J <1 <1 <1 <1 1,81 1,85 1,00 1,86 3,04 2,90 2,86 2,92 3,85 3,87 3,96 3,89 K <1 <1 <1 <1 1,98 1,85 1,93 1,77 2,90 2,91 2,92 3,08 3,89 3,95 4,08 4,04 L <1 <1 <1 <1 2,04 1,93 1,65 2,11 2,92 2,97 2,95 3,08 3,96 4,00 4,18 4,48 Tableau 15 - Synthèse des résultats obtenus avec la dilution 1/400 par la méthode TEMPO®® TC (en log UFC/g) Niveau 0 Laboratoires Niveau 1 Niveau 2 Niveau 3 Méthode Méthode Méthode Méthode Méthode Méthode Méthode Méthode de référence alternative de référence alternative de référence alternative de référence alternative A <1 <1 <2 <2 2,00 1,95 <2 2,00 2,90 2,96 2,64 2,86 3,95 3,95 3,92 3,97 B <1 <1 <2 <2 2,04 2,00 2,32 <2 2,93 2,98 2,76 2,65 4,00 3,92 4,00 3,91 C <1 <1 <2 <2 1,93 2,00 <2 2,00 2,71 2,83 2,77 2,32 3,85 3,85 4,04 3,85 D <1 <1 <2 <2 1,98 1,90 <2 2,32 2,91 2,91 2,77 2,85 3,89 3,95 4,08 4,18 E <1 <1 <2 <2 2,04 2,11 <2 2,00 2,93 2,93 2,65 2,52 3,93 3,99 3,76 3,66 F <1 <1 <2 <2 1,88 1,95 2,32 2,00 2,83 2,90 3,18 2,04 3,94 3,93 3,84 3,86 G <1 <1 <2 <2 1,98 2,11 2,52 2,00 2,80 2,90 2,93 2,86 3,85 3,77 4,04 3,98 H <1 <1 <2 <2 2,00 1,78 <2 <2 2,77 2,82 2,76 2,65 3,89 3,95 3,92 3,90 I <1 <1 <2 <2 2,08 1,95 2,32 <2 2,86 2,95 2,51 2,95 3,93 3,94 4,11 3,81 J <1 <1 <2 <2 1,81 1,85 <2 2,32 3,04 2,90 3,11 3,00 3,85 3,87 4,00 3,76 K <1 <1 <2 <2 1,98 1,85 2,00 2,00 2,90 2,91 2,77 3,04 3,89 3,95 4,04 3,85 L <1 <1 <2 <2 2,04 1,93 <2 <2 2,92 2,97 2,77 2,85 3,96 4,00 4,26 4,08 ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 41/45 22 octobre 2013 bioMérieux Comparaison des caractéristiques de justesse et de fidélité de la méthode de référence et de la méthode alternative Les valeurs statistiques sont résumées ci-après : Méthode de référence Niveau Méthode alternative Médiane Ecart-type de répétabilité Ecart-type de reproductibilité Médiane Ecart-type de répétabilité Ecart-type de reproductibilité 1 1,971 0,082 0,104 1,926 0,202 0,198 2 2,909 0,066 0,077 2,960 0,125 0,134 3 3,229 0,039 0,049 4,060 0,151 0,191 Contrôle de la cohérence des résultats de mesurage Des graphiques de cohérence ont été appliqués pour identifier les résultats incohérents par rapport à l’ensemble des résultats : il s’agit des statistiques robustes h (cohérence interlaboratoire) et k (cohérence intralaboratoire) de Mandel. Le nombre de valeurs situées au-dessus des seuils pour h et K est donné dans le tableau ci-après : Nombre de valeurs observées au-dessus du seuil Valeurs de Mandel h>1% Méthode de référence Méthode alternative Labo G Niveau 3 Labo J Niveau 1 Labo C Niveau 2 Niveau 3 Labo J Niveau 1 Labo G Niveau 3 Labo K Niveau 1 Labo H Labo K Niveau 2 Niveau 1 h>5% k> 1 % / k>5% Labo I Niveau 1 Tous les résultats ont été conservés pour l’analyse statistique. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 42/45 22 octobre 2013 bioMérieux Comparaison des caractéristiques de justesse et de fidélité de la méthode de référence et de la méthode alternative Biais de la méthode alternative Afin d’estimer le biais de la méthode alternative par rapport à la méthode de référence pour chaque niveau, Dij et t sont calculés selon les équations suivantes : Dij Y ij , Alt Y ij , Ref t median i ( Dij ) / (2 p) Diff Si la valeur de t est supérieure à 2, la méthode alternative est significativement biaisée par rapport à la méthode de référence. Les valeurs obtenues sont données dans le tableau 16. Tableau 16 – Valeurs de t obtenues par niveau Niveau de contamination D (biais) t Conclusion Niveau 1 - 0,0515 1,26 Biais non significatif Niveau 2 0,0791 2,15 Biais significatif Niveau 3 0,1552 2,83 Biais significatif Le biais est non significatif pour le niveau 1, et significatif pour les niveaux 2 et 3, avec des valeurs correctes (0,08 et 0,16 log UFC/g). Comparaison des écarts-types de répétabilité Si le rapport des écarts-types de répétabilité de la méthode alternative et de la méthode de référence est supérieur à 2, la fidélité dans les conditions de répétabilité de la méthode alternative est considérée inférieure à celle de la méthode de référence. Si ce rapport est inférieur à 0,5, la fidélité de la méthode alternative est considérée comme supérieure à celle de la méthode de référence. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 43/45 22 octobre 2013 bioMérieux Les valeurs de ces rapports sont données dans le tableau 17. Tableau 17 Méthode de référence Méthode alternative Niveau Ecart-type de répétabilité Limite de répétabilité Ecart-type de répétabilité Limite de répétabilité Ratio méthode alternative / méthode de référence 1 0,082 0,230 0,202 0,566 2,476 2 0,066 0,185 0,125 0,350 1,904 3 0,039 0,109 0,151 0,423 3,847 La fidélité dans les conditions de répétabilité de la méthode alternative est équivalente à celle de la méthode de référence pour le niveau 2 ; elle est inférieure à celle de la méthode de référence pour les niveaux 1 et 3. Comparaison des écarts-types de reproductibilité Si le rapport des écarts-types de reproductibilité de la méthode alternative et de la méthode de référence est supérieur à 2, la fidélité dans les conditions de reproductibilité de la méthode alternative est considérée inférieure à celle de la méthode de référence. Si ce rapport est inférieur à 0,5, la fidélité de la méthode alternative est considérée comme meilleure que celle de la méthode de référence. Les valeurs de ces rapports sont données dans le tableau 18. Tableau 18 Niveau 1 Méthode de référence Ecart-type de Limite de reproductibilité reproductibilité 0,104 0,291 Méthode alternative Ecart-type de Limite de reproductibilité reproductibilité 0,198 0,554 Ratio méthode alternative / méthode de référence 1,906 2 0,077 0,216 0,134 0,375 1,753 3 0,049 0,137 0,191 0,535 3,923 Les rapports des écarts-types de reproductibilité pour les niveaux 2 et 3 sont inférieurs à 0,5 La fidélité dans les conditions de reproductibilité de la méthode alternative est équivalente à celle de la méthode de référence pour les niveaux 1 et 2 ; elle est inférieure à celle de la méthode de référence pour le niveau 3. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 44/45 22 octobre 2013 bioMérieux 1.4.3.4 Conclusion Le biais est non significatif pour le niveau 1, et significatif pour les niveaux 2 et 3, avec des valeurs correctes (0,08 et 0,16 log UFC/g). La fidélité dans les conditions de répétabilité de la méthode alternative est équivalente à celle de la méthode de référence pour le niveau 2 ; elle est inférieure à celle de la méthode de référence pour les niveaux 1 et 3. La fidélité dans les conditions de reproductibilité de la méthode alternative est équivalente à celle de la méthode de référence pour les niveaux 1 et 2 ; elle est inférieure à celle de la méthode de référence pour le niveau 3. 2 ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE Une recherche bibliographique a été réalisée dans les banques de données internationales : FSTA3, Biosis4, Medline5 et Foodline6. 5 articles ont été recensés : Références Stecanella de Oliveira CattaniI C., Pinheiro FuchsI I., CiroliniI A., Werneck VieiraI C.R., 2013 Alternative methods for the enumeration of microorganisms in swine carcasses Cienc. Rural 43 (6), Santa Maria June 2013 Epub May 28, http://dx.doi.org/10.1590/S010384782013005000072 3 4 5 6 Résumés Des échantillons de carcasses de porc ont été collectés dans les abattoirs et analysés par l’Inspection Fédérale de l’état de Santa Catarina au Brésil. La flore aérobie mésophile, les Enterobacteriaceae et les Escherichia coli ont été dénombrés par les méthodes TEMPO®, Petrifilm™, ainsi que les méthodes conventionnelles sur boite. Après analyses statistique, les auteurs concluent que les méthodes alternatives peuvent être recommandées pour analyser les prélèvements dans les abattoirs. IFIS, http://library.dialog.com/bluesheets/html/bl0051.html Biosis, une filiale de Thomson Scientific, http://library.dialog.com/bluesheets/html/bl0005.html U.S. National Library of Medecine, http://library.dialog.com/bluesheets/html/bl0154.html Leatherhead Food Research Center, http://library.dialog.com/bluesheets/html/bl0053.html ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 45/45 22 octobre 2013 bioMérieux Références Jackson, Emily E.; Erten, Edibe S.; Maddi, Neeraj; Graham, Thomas E.; Larkin, John W.; Blodgett, Robert J.; Schlesser, Joseph E.; Reddy, Ravinder M, 2012. Detection and Enumeration of Four Foodborne Pathogens in Raw Commingled Silo Milk in the United States Journal of Food Protection®, 75 (8), 1382-1393 U. Zitz, K. J. Domig, A. Hoehl, H. Weiss, P-Th. Wilrich, W. Kneifel, 2011. Evaluation of three applications of a semiautomated most-probable-number method for the assessment of microbiological parameters in dairy products Accreditation and Quality Assurance, 16 (6), 299309 Katase M, Tsumura K, 2011. Enumeration of micro-organisms in processed soy products with an automated most probable number method compared with standard plate method. Lett Appl Microbiol, 53(5), 539-45. Line JE, Stern NJ, Oakley BB, Seal BS., 2011. Comparison of an automated most-probablenumber technique with traditional plating methods for estimating populations of total aerobes, coliforms, and Escherichia coli associated with freshly processed broiler chickens. Food Prot. 74(9), 1558-1563. ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) Résumés Une étude a été menée pour déterminer les taux de contamination des laits crus et pasteurisés. Les dénombrements de flore totale aérobie, coliformes totaux, Enterobacteriaceae, Escherichia coli et Staphylococcus aureus ont été effectués avec le système TEMPO. Il s’agit ici d’une simple utilisation des méthodes, sans aucune conclusion sur les performances. Les performances des méthodes TEMPO ont été évaluées par comparaison avec les méthodes ISO correspondantes. Des fromages à pâtes molles contaminés par du matériel de référence avec E. coli ont été dénombrés par les méthodes TEMPO EC, TEMPO TC et TEMPO TVC, ainsi que les méthodes ISO. TEMPO® EC apparaît être plus précis que TEMPO TC, TEMPO TVC montrant le plus de variations. Les trois méthodes apparaissent toutefois fiables et justes. Le système TEMPO montre une praticabilité certaine. Une étude de vérification a été menée sur des produits de soja artificiellement contaminés, tels que les protéines de soja, du soja hydrosoluble, des laits de soja, et des aliments processés à base de soja. Cinq types de micro-organismes ont été analysés par les méthodes ISO et avec l’automate TEMPO : la flore aérobie mésophile, coliformes totaux, Enterobacteriaceae, levures et moisissures, ainsi que les Staphylococcus aureus. Les résultats des méthodes correspondantes sont fortement corrélés (r > 0·95). Des échantillons naturellement contaminés ont également été analysés, et aucun résultat discordant n’a été observé. Les auteurs concluent que les méthodes TEMPO sont équivalentes aux méthodes ISO pour l’analyse des produits à base de soja, et offrent une meilleure praticabilité. Les tests TEMPO et Petrifilm, ainsi que les méthodes sur boite, ont été comparés pour le dénombrement de la flore aérobie mésophile, des coliformes totaux et d’Escherichia coli au sein de carcasses de poulets (120 échantillons), et d’échantillons de poulet avant (36) et après l’étape de raidissage (40) La corrélation entre TEMPO TVC et les méthodes traditionnelles est élevée pour les échantillons préraidissage (0.972), avec des valeurs de dénombrements variant entre 3.09 and 3.02 Log UFC/g. La corrélation est plus faible pour les échantillons post-raidissage (0.710), les niveaux de contamination étant plus faibles et moins significatifs après transformation en log (entre 1.53 and 1.31 Log UFC/g). Les coefficients de corrélation sont respectivement de 0.812 et 0.880 pour TEMPO TC et TEMPO EC. 46/45 22 octobre 2013 bioMérieux Annexe 1 – Méthode de référence NF ISO 4832 Suspension mère (produit solide) Echantillon pour essai (produit liquide) et dilutions décimales en tryptone NaCl 1 ml par boîte Ajout de 15 ml de milieu sélectif solide : gélose lactosée biliée au cristal violet et au rouge neutre VRBL Solidification Ajout de 4 ml de VRBL (double couche) Incubation 24 h 2 h à 30°C 1 Comptage des colonies caractéristiques (violacées, d'un diamètre de 0,5 mm ou plus, parfois entourées d'une zone rougeâtre) ADRIA Développement (Synthèse TEMPO TC - Version 0) 47/45 22 octobre 2013