ORE DiaPFC

ORE DiaPFC
Observatoire de Recherche en Environnement sur
les Poissons Diadromes dans les Fleuves Côtiers
Forum des utilisateurs
Paris,
le 25 novembre 2015
Didier AZAM, Nadine HERRARD, Frédéric MARCHAND U3E 1036 INRA ORE DiaPFC, Pôle Onema Inra Gest’Aqua
ORE DiaPFC
Pourquoi ?
Observatoire de Recherche en Environnement sur
les Poissons Diadromes dans les Fleuves Côtiers
L’observatoire est focalisé sur les grands migrateurs amphihalins : saumon, truite, anguille, lamproies, aloses... composantes embléma(ques de la biodiversité des fleuves cô(ers. Milieu du XVIIIe
Fin du XIXe
Fin du XXe
Evolu(on des cours d’eau colonisés par le saumon en France Embléma(que mais fragilisée par l’ac(on de l’Homme. En France et en Europe, les fleuves cô(ers sont les principaux refuges de ces espèces qui ont considérablement régressées sur les hydrosystèmes fluviaux de plus grande taille. Objec(fs : comprendre, prévoir l'évolu(on de ces popula(ons sous l'effet des changements environnementaux (CC et agriculture) affectant les fleuves cô(ers. ORE DiaPFC
C’est quoi ?
Une infrastructure de recherche Observatoires in natura
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Installations expérimentales
Bases de données
&
collections
Modèles
&
simulateurs
Connaissances
Applica(ons pour la ges(on Soutenu par l’INRA Applications pour la gestion des populations
Membre d’Ecoscope ORE DiaPFC
Comment ?
•  Des disposi(fs de suivi à long terme, •  Des installa(ons expérimentales •  Des ou(ls de simula(on in silico 3 fleuves côtiers fortement
instrumentés
Oir, Basse-Normandie
Des installations expérimentales
Long : 21 km, BV : 86 km²
Scorff, Bretagne
Long : 78 km, BV : 483 km²
L’Oir Rennes Le Scorff Rennes St Pée sur Nivelle Des outils de modélisation
IBASAM Individual Based Atlan(c Salmon Model Sta(on de contrôle des poissons Migrateurs de Pont-­‐Scorff (56) La Nivelle St Pée Nivelle, Pays Basque
Long : 39 km, BV : 236 km²
Simula(ons démo-­‐géné(ques / popula(ons virtuelles / T°C, débits, condi(ons marines … ORE DiaPFC
Avec qui ?
Un partenariat
Scien(fique Interfaces Ges(on / usages ORE DiaPFC
Quelles productions ?
35 ans de données Par an : ~15 publica(ons 2 à 5 thèses ~ 6000 poissons échan(llonnés /an et suivis individ. (CMR) Des données sur l’environnement 1 collec(on de + de 200 000 échan(llons de (ssus Modifica(on des périodes de pêche, défini(on de quotas (TAC) / limites de conserva(on… ORE DiaPFC
Collections : quoi ?
•  Collec(on d’échan(llons de (ssus •  Écailles •  Otolithes •  Opercules •  Bouts de nageoires… •  + de 200 000 échan(llons •  Des sites de l’ORE DiaPFC (depuis 1971) •  Des déclara(ons obligatoires de captures sur toute la France (via les pêcheurs) •  Du SOERE OLA Observatoire des LAcs alpins ORE DiaPFC
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Collections : pourquoi ?
Marque de fraie Analyses de traits d’histoire de vie Analyses géné(ques Analyses microchimiques … Nombre de reproduc(on Age, croissance… Changes in the gene(c structure of Atlan(c salmon popula(ons over four decades reveal substan(al impacts of stocking and poten(al resiliency. Charles Perrier ·∙& al. Ecology and Evolu(on 2013 Stable isotope analyses on archived fish scales reveal the long-­‐term effect of nitrogen loads on carbon cycling in rivers. Jm Roussel & al Global Change Biology 2014 •  Intérêt historique  analyses rétrospec(ves (depuis 1971) ORE DiaPFC
Collections
Collections
Banque de Données d’Echantillons
Ichtyologiques (BDEI)
ORE DiaPFC
Collections
Les données
  Données sur l’individu
  Espèce, stade de développement, phénotype, sexe, âge, etc.
  Données sur l’échantillon
  Code de l’échantillon, type de l’échantillon, nombre, information
sur le stockage, etc.
  Métadonnées
  Site, point de prélèvement, date de la capture, etc.
Création d’une Banque de Données d’Echantillons Ichtyologiques
(BDEI)
ORE DiaPFC Collections
Système d’information BDEI
Périmètre
  Objectif : faciliter la mise à disposition des collections stockées
  Extraire les données selon des critères
  Afficher la disponibilité des échantillons
  Connaitre leur lieu de stockage
" Pas de suivi des échantillons
  Provenance des échantillons
  INRA (Rennes, St Pée, Thonon)
  Pôle ONEMA-INRA, CNICS (Centre national d'interprétation des
captures de salmonidés migrateurs)
  Echantillons concernés
  Ecailles
  Nageoires
  Otolithes
  Etc.
ORE DiaPFC Collections
Référentiels communs
  Interopérabilité avec d’autres systèmes d’information
  Service d'Administration Nationale des Données et Référentiels sur l'Eau (SANDRE)
SANDRE BDEI Bassin hydro Site En(té hydro Sta(on Type échan(llon Stade de développement Point de prélèvement Espèce Sexe Maturité sexuelle Phénotype ORE DiaPFC
Collections
Processus automatisé d’intégration des
données
Fichier d’échange Contrôles de cohérence Référent unité Données obligatoires Unicité Fichier lignes rejetées Taille Fichier lignes contrôlées Format Intégrité référen(elle BDEI ORE DiaPFC Collections : pourquoi ?
Système d’information
  Accès public via une interface WEB avec identification
  Extraction multi-critères (tous les champs de la base de données
avec un ET logique entre les champs)
  Téléchargement des données dans un fichier CSV
ORE DiaPFC
Collections
Calendrier
  2012-2013
  Définition des besoins
  2013-2014
  Création de la base de données
  Codification des données selon référentiel Sandre
  Test d’intégration des données U3E
  Développement des interfaces d’extraction (Stagiaire Master 1 - 4 mois)
  2015
  Développement des interfaces (CDD - 2 mois)
  Définition et mise en œuvre du processus d’intégration
  Intégration des données (CDD - 4 mois)
  Mise en ligne d’une première version sans authentification
ORE DiaPFC Collections
Etat d’avancement
  Données disponibles au 31/10/2015
  157 968 échantillons
  Ecailles et Nageoires
  À partir de 1971
  Une trentaine d’espèces
Espèces Saumon Truite Truite de mer Corégone Alose Lamproie fluvia(le Omble chevalier Lamproie marine Mulet Lamproie Planer Truite lacustre Etc. 1971 2014 2015 Nombre d’échan(llons 116 634 19 289 14 630 4 859 671 524 269 264 157 125 80 … ORE DiaPFC
Collections
Valorisation
  SI BDEI accessible via les sites web des unités INRA + ORE DiaPFC,
SOERE OLA
  Métadonnées référencées comme un jeu de données sur le portail
ECOSCOPE (EML)
  Jeu(x) de données déposé(s) sur le portail GBIF (2016)
  Attribution d’un DOI
  Réalisation d’un Datapaper (2016)
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les poissons Diadromes dans les Fleuves Côtiers
Merci de votre attention
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Paris,
le 25 novembre 2015
Didier AZAM, Nadine HERRARD, Frédéric MARCHAND U3E 1036 INRA ORE DiaPFC, Pôle Onema Inra Gest’Aqua