Tuberculose pulmonaire à frottis négatif et culture positive chez les

INT J TUBERC LUNG DIS 15(1):67–70
© 2011 The Union
Tuberculose pulmonaire à frottis négatif et culture positive
chez les patients atteints de toux chronique à Cotonou, Bénin
D. Affolabi,* R. Akpona,* M. Odoun,* K. Alidjinou,* P. Wachinou,* S. Anagonou,* M. Gninafon,*
A. Trébucq†
* Programme National Contre la Tuberculose, Cotonou, Bénin ; † Union Internationale Contre la Tuberculose et
les Maladies Respiratoires, Paris, France
RÉSUMÉ
Au principal centre antituberculeux au Bénin, en Afrique de l’Ouest, seulement 2% des tuberculoses (TB)
pulmonaires sont à microscopie négative chez les patients adultes.
O B J E C T I F : Evaluer le nombre de TB pulmonaire à microscopie négative mais culture positive ; et estimer le nombre
global des cas de TB pulmonaire à microscopie négative attendus au niveau national.
M É T H O D E S : Pour cette étude, pendant un an, on a effectué systématiquement une culture chez tous les suspects (selon les recommandations nationales, patients présentant une toux chronique de plus de 3 semaines) avec trois examens microscopiques négatifs (sur technique de fluorescence). La culture a été faite sur le premier crachat du matin.
R É S U LTAT S : Sur 214 suspects pour lesquels on a fait une culture, on n’a trouvé que 22 cas à culture positive, alors
que pendant la même période 831 cas à frottis positifs ont été diagnostiqués. La culture a ainsi contribué pour 2,6%
seulement à l’identification des cas prouvés par la bactériologie.
C O N C L U S I O N : Le développement de la culture pour le diagnostic de TB ne semble pas pertinent actuellement au
Bénin. Par ailleurs, le nombre de cas de TB qui ne sont pas à frottis positifs publié annuellement par l’Organisation
Mondiale de la Santé semble beaucoup trop élevé.
M O T S - C L É S : tuberculose ; microscopie ; culture ; Bénin
CADRE :
DANS DE NOMBREUX PAYS, l’examen microscopique (la bacilloscopie) des frottis reste le seul outil
pour le diagnostic bactériologique de la tuberculose
(TB). Toutefois, comparée à la culture, la sensibilité
de la bacilloscopie du frottis est considérée comme
faible, et on insiste sur la nécessité d’employer un
autre test et/ou un algorithme pour diagnostiquer les
patients atteints de TB pulmonaire à bacilloscopie
négative.
Au Bénin, en Afrique de l’Ouest, comme dans la
plupart des contextes à faibles ressources, la TB pulmonaire à bacilloscopie négative est généralement
diagnostiquée en faisant appel à l’algorithme suivant :
1) au moins trois échantillons de crachats négatifs
pour les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR),
2) des anomalies à l’examen radiographique compatibles avec une TB active, 3) l’absence de réponse à
une cure d’antibiotiques non-spécifiques et 4) la décision prise par un clinicien de traiter par une cure
complète de chimiothérapie antituberculeuse.1
Selon le rapport 2008 de l’Organisation Mondiale
de la Santé (OMS),2 le Bénin est un des pays africains
qui connait les taux les plus élevés de détection de la
TB à bacilloscopie positive des crachats (86%), mais
un taux faible de détection (44%) pour la TB toutes
formes. Ceci est en relation avec la proportion la plus
faible (7%) de TB pulmonaire à bacilloscopie négative par rapport à l’ensemble des nouveaux cas pulmonaires enregistrés dans la région Afrique (moyenne
41%, extrêmes 7–76).
Dans cette étude, 1) nous estimons le fardeau de la
TB pulmonaire à bacilloscopie négative mais à culture
positive parmi les suspects de TB (c’est-à-dire avec
une toux persistant plus de 3 semaines, comme définie dans les recommandations nationales au Bénin) à
Cotonou, la plus grande ville du Bénin, 2) nous évaluons les diagnostics manqués de TB pulmonaire à
bacilloscopie négative des crachats, et nous discutons
le nombre attendu de cas de TB au Bénin à bacilloscopie des frottis de crachats non-positive.
MATÉRIELS ET MÉTHODES
Contexte
L’étude a été réalisée au Centre national hospitalier
de Pneumo-Phtisiologie (CNHPP) de Cotonou, Bénin
Auteur pour correspondance : Arnaud Trébucq, Union Internationale Contre la Tuberculose et les Maladies Respiratoires,
68 boulevard Saint Michel, 75006 Paris, France. Tel : (+33) 1 56 80 28 22. Fax : (+33) 1 46 33 71 44. e-mail : atrebucq@
theunion.org
[Traduction de l’article : « Smear-negative, culture-positive pulmonary tuberculosis among patients with chronic cough in
Cotonou, Benin » Int J Tuberc Lung Dis 2011 ; 15 : 67–70]
2
The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease
(Centre de référence national pour la tuberculose). Le
laboratoire de Référence des Mycobactéries (LRM)
est situé dans cet hôpital et depuis plus de 20 ans, on
y réalise systématiquement les examens microscopiques en fluorescence pour tous les suspects de TB.
Dans ce laboratoire, la culture est réalisée en routine
dans le cadre de la recherche, mais pas pour le diagnostic de routine. Au CNHPP, on emploie l’algorithme évoqué plus haut pour le diagnostic de la TB
pulmonaire à bacilloscopie négative. En 2006, parmi
l’ensemble des cas pulmonaires, le pourcentage de cas
de TB pulmonaire à bacilloscopie négative a été de
6% au CNHPP et de 7% pour l’ensemble des autres
centres TB du Bénin.
Patients
Entre août 2006 et août 2007, on a recruté les patients de manière prospective et consécutive. Les critères d’inclusion ont été la toux depuis 3 semaines ou
davantage (sans tenir compte d’autres symptômes),
un âge de 15 ans ou davantage et trois échantillons
de crachats (sur place-le matin-sur place) avec une
bacilloscopie négative des frottis. On a exclu les patients qui avaient été traités antérieurement pour TB.
Pour chaque patient, on a recueilli les données démographiques et réalisé un cliché thoracique, un test
sérologique après accompagnement pour le virus de
l’immunodéficience humaine (VIH) et une culture d’un
échantillon de crachats du matin. En vue de cette
étude, on a administré aux patients une cure complète de 15 jours d’érythromycine et on leur a recommandé de revenir après le traitement. Ceux qui ne
sont pas revenus n’ont pas été recherchés sauf en cas
de culture positive des crachats.
En fonction des résultats du traitement, on a réalisé un examen microscopique supplémentaire des
frottis à partir de 3 échantillons de crachats (sur
place- le matin- sur place). Si les résultats étaient encore négatifs, le patient a été examiné du point de vue
clinique et radiologique par un médecin qui a décidé
s’il mettait ou non le patient sous traitement antituberculeux en utilisant l’algorithme de routine. Les
étapes de l’inclusion sont résumées dans la Figure 1.
En vue de cette analyse, les résultats de la population de l’étude ont été comparés au nombre de nouveaux patients à bacilloscopie positive des crachats
diagnostiqués au CNHPP durant la même période.
Comme dans ce centre de référence, un examen de
frottis est réalisé chez tous les patients signalant de
la toux, sans tenir compte de sa durée, la définition
de « suspect de TB » y est beaucoup plus large que
dans les recommandations officielles.
Examen microscopique des frottis
Un frottis a été réalisé pour chaque échantillon de
crachat ; il a été séché à l’air, fixé à la chaleur et coloré au moyen d’auramine à 0,3% pendant 10 minutes, d’alcool à 74% contenant 1% d’acide chlor-
Figure 1 Algorithme pour l’inclusion du patient. VIH = virus
de l’immunodéficience humaine ; BAAR = bacille acido-alcoolorésistant ; TB = tuberculose.
hydrique pendant 4 min et de permanganate de
potassium à 0,1% pendant 30 s.3 A côté du contrôle
de qualité standardisé de tous les réactifs préparés,
deux systèmes sont utilisés en routine pour garantir
la qualité de l’examen microscopique par fluorescence
utilisé au laboratoire :
1 Un contrôle de qualité journalier : chaque matin,
avant de commencer le travail de routine, on colore et on lit un frottis provenant d’un échantillon
avec frottis négatif connu et un frottis provenant
d’un échantillon avec frottis positif 1+ connu.
2 Un système de contrôle de qualité avec relecture :
chaque semaine, un technicien superviseur choisit
de façon aléatoire 5 lames de routine. Ces lames
sont recolorées et lues à l’aveugle par un technicien expérimenté et non impliqué dans la routine
de l’examen microscopique de fluorescence pendant la période de contrôle. En cas de discordance
entre le premier contrôle et le travail de routine,
un autre technicien relit la même lame le même
jour. Tous les résultats sont revus à l’occasion des
visites trimestrielles de supervision.
Culture
L’échantillon de crachats du matin a été décontaminé en utilisant la méthode modifiée de Petroff et
mis en culture dans le milieu 7H9 et sur le milieu de
Löwenstein-Jensen (LJ). Toutes les colonies qui sont
apparues ont été confirmées par le test à l’acide paranitrobenzoïque et par celui de la catalase.4
TB et toux chronique au Bénin
3
Test du virus de l’immunodéficience humaine
Le test du VIH a été réalisé par un test rapide (Determine HIV-1/2®, Abbott, Diagnostics, Chicago, IL,
États-Unis). Les échantillons séro-positifs ont été
confirmés par un test HIV 1/2 discriminatoire (Genie
II HIV1/HIV2®, Biorad, Marnes-la-Coquette, France).
Tous les tests de laboratoire ont été réalisés au LRM.
Traitement de l’information
Les données ont été codées, validées par un double
codage et comparées au moyen de la version 3.1 du
logiciel EpiData Entry (Epidata Association, Odense,
Danemark, http://www.epidata.dk) ; une analyse a
été réalisée en utilisant Epidata Analysis (version
2.2, Epidata).
Considérations éthiques
Tous les patients ont donné un consentement éclairé.
Tous les patients TB confirmés par l’examen bactériologique ont été traités pour TB. L’étude a reçu l’approbation du Bureau du Programme National de la
Tuberculose (PNT) du Bénin.
RÉSULTATS
Au total 251 patients ont été éligibles pour l’étude ;
on a disposé des résultats de la culture pour 214
d’entre eux (les crachats destinés à la culture ont été
perdus pour 37 patients ; il n’y a pas de différence
pour le sexe et la distribution des âges entre les cas
manquants et les cas pour lesquels la culture des crachats a pu être réalisée). La culture des crachats s’est
révélée positive pour 22 patients (10,3%), négative
pour 185 (86,4%) et contaminée pour 7 (3,3%). Les
résultats ont été identiques avec les deux méthodes de
culture à l’exception de deux échantillons de crachats
pour lesquels la culture s’est révélée positive en milieu liquide et négative sur milieu solide. Chez un patient à culture positive, on avait porté le diagnostic de
TB à bacilloscopie négative sur des données cliniques
et radiologiques et on avait commencé le traitement
antituberculeux avant de disposer du résultat de la
culture.
Au total, 83 patients sont revenus pour la deuxième
visite après une cure de 15 jours d’érythromycine ;
chez quatre d’entre eux, la bacilloscopie s’est révélée
positive lors de la deuxième visite et la culture était
positive à la première visite (Figure 2). La décision du
traitement a toujours été prise avant de disposer des
résultats de la culture ; rétrospectivement, aucun patient à culture négative n’a été traité pour TB. Durant
la période de l’étude, parmi 4662 suspects de TB qui
ont subi une bacilloscopie pour diagnostic au CNHPP,
on a diagnostiqué 831 (18%) nouveaux cas à bacilloscopie positive.
Les résultats de la sérologie pour le VIH ont été
obtenus chez 208 patients : 91 (43,8%) étaient positifs. Parmi les 164 patients pour qui le résultat de la
Figure 2 Résultats bactériologiques. * Contaminé avec les
deux méthodes de culture. TB = tuberculose ; SS+ = crachat à
bacilloscopie positive des frottis.
culture était interprétable, 13% des patients séropositifs (10/75) pour le VIH et 8% des patients séronégatifs (7/89) avaient une bacilloscopie négative et
une culture positive ; la différence n’était pas significative. Sur le total de 22 cas avec culture positive (Figure 2), 10 étaient séropositifs pour le VIH.
DISCUSSION
Parmi les 22 patients à culture positive, chez quatre
d’entre eux, la bacilloscopie était positive lors de la
deuxième visite (le traitement TB avait été commencé
avant de disposer des résultats de la culture) et un
patient avait été mis sous traitement immédiatement
après la première consultation en raison des signes
cliniques et radiologiques. Durant la même période,
on a diagnostiqué 831 cas à bacilloscopie positive des
crachats. Le nombre supplémentaire de cas confirmés
par l’examen bactériologique qui n’auraient pas été
traités si la culture n’avait pas été réalisée est dès lors
seulement de 17, c’est-à-dire 2%.
Aucune technique spéciale n’a été utilisée pour l’exécution de l’examen microscopique puisque l’objectif
était d’évaluer, dans les conditions de routine à Cotonou, le fardeau de la TB pulmonaire à bacilloscopie
négative et culture positive parmi les suspects de TB.
La technique de fluorescence est utilisée en routine
depuis de nombreuses années à Cotonou avec un
contrôle de qualité régulier avec relecture.
La forte sensibilité de l’examen microscopique observée ici est probablement due à l’utilisation de la
microscopie par fluorescence dont la sensibilité est
généralement plus élevée que celle de la technique de
Ziehl-Neelsen.5 Elle est certainement due aussi à l’excellente qualité du travail des techniciens de laboratoire et au fait qu’au Bénin, comme dans beaucoup
de contextes africains, de nombreux patients recherchent les soins tardivement et sont déjà atteints
4
The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease
de lésions pulmonaires étendues lorsqu’ils consultent
le centre de santé. Si l’on choisit la culture comme
gold standard, cette sensibilité élevée est similaire à
celle rapportée dans d’autres pays africains chez les
patients séropositifs ou séronégatifs pour le VIH :
98% en Ouganda,6 89% au Kenya7 et 90% au Zimbabwe.8 Toutefois, la sensibilité de l’examen microscopique n’est pas toujours aussi élevée parmi les patients séropositifs pour le VIH dans d’autres pays
d’Afrique sub-saharienne.9,10 Il faudrait aussi noter
qu’en Afrique, la sensibilité de l’examen microscopique des frottis est toujours beaucoup plus élevée
que dans les pays industrialisés, où généralement
moins de 50% des échantillons de crachats à culture
positive s’accompagnent d’une bacilloscopie positive.11
Ceci est très probablement en relation avec la gravité
de la maladie : dans les pays en développement, il
peut y avoir des délais importants avant le recours
aux soins par les patients.12
Parmi les 208 patients signalant une toux chronique et chez qui trois bacilloscopies de frottis de
crachats étaient négatives, 91 (43,8%) étaient séropositifs pour le VIH, une proportion très importante
par comparaison avec le taux de séropositivité pour
le VIH (17%) trouvée parmi les patients traités pour
TB et avec le taux de 2% estimé dans la population
générale, mais beaucoup plus basse qu’au Zimbabwe
(83%),8 démontrant une fois encore que les épidémies de TB et de VIH sont beaucoup plus faibles au
Bénin qu’en Afrique du Sud. Les taux de positivité
des cultures de M. tuberculosis n’ont pas été significativement plus élevés parmi les patients séropositifs
pour le VIH (13%) que parmi les patients séronégatifs (8%), une preuve supplémentaire de la sensibilité
élevée de la bacilloscopie des frottis à Cotonou, même
parmi les patients séropositifs pour le VIH.
Cette étude comporte plusieurs limitations : 1) un
seul crachat a été mis en culture ; toutefois on a montré dans de nombreuses études que les échantillons de
crachats du matin contenaient un plus grand nombre
de bacilles.13,14 2) La technique de culture peut ne
pas avoir été optimale ; toutefois, le LRM a plus de
20 ans d’expérience et est supervisé régulièrement
par le Laboratoire Supranational d’Anvers ; de plus,
on a utilisé deux milieux (solide et liquide) pour augmenter la sensibilité du test. 3) L’étude a été réalisée
au CNHPP, l’hôpital national de référence pour la
TB, et la situation dans le reste du pays pourrait être
différente de celle existant à Cotonou. Néanmoins, la
qualité du réseau du PNT est évaluée régulièrement
et s’avère généralement excellente. 4) Bien que les résultats de la culture aient fait défaut pour 37 patients
et qu’il y ait eu 7 contaminations, la distribution du
sexe et de l’âge des cas manquants n’a pas été significativement différente et nous ne nous attendons
à aucun biais dû à la non-inclusion de ces patients.
5) Enfin, la définition officielle de suspect de TB a été
strictement observée dans cette étude (toux persistant
plus de 3 semaines). Toutefois, comme le CNNHP est
un centre de référence, la politique est de rechercher
la présence de BAAR chez tout patient qui tousse
sans tenir compte de la durée de la toux. Evidemment
de nombreux patients TB à bacilloscopie positive (la
proportion est inconnue) se plaignaient d’une toux
depuis moins de 3 semaines, et il est probable qu’on
aurait diagnostiqué un plus grand nombre de cas à
bacilloscopie négative et à culture positive si l’on
avait réalisé une culture des crachats pour chacun des
patients qui ont subi une bacilloscopie. Néanmoins,
si l’on considère le rendement supplémentaire limité
fourni par la culture parmi les patients signalant une
toux chronique, il est peu probable que parmi le
nombre total de patients tousseurs, on aurait détecté
beaucoup plus de patients TB à bacilloscopie négative et à culture positive. Nous croyons donc que les
résultats de cette étude sont fiables et qu’ils impliquent plusieurs conséquences importantes pour le
PNT du Bénin.
Premièrement, une mise en œuvre à large échelle de
la culture ne semble pas nécessaire au Bénin pour augmenter la détection des cas de TB pulmonaire (<2%).
Ce sont de bonnes nouvelles si l’on prend en compte
la complexité du test et les exigences concernant l’infrastructure, les coûts et les techniciens bien formés et
motivés, exigés pour la culture. Deuxièmement, le
rapport de 1 (patients avec bacilloscopie positive)
pour 1,3 (patients sans bacilloscopie positive) utilisé
par l’OMS pour l’estimation du nombre de cas de TB
attendus2 semble excessivement élevé et il faut revoir
ces chiffres afin de tenir compte de données plus réalistes. Troisièmement, vu le taux élevé de la séropositivité du VIH parmi les patients toussant depuis plus
de 21 jours, même les patients chez qui la bacilloscopie n’est pas positive devraient bénéficier d’un test
pour le VIH et les patients séropositifs devraient être
référés vers un service clinique adéquat.
CONCLUSION
Comme déclaré par Mitchison, « l’examen de frottis
de plusieurs échantillons pour chaque patient est
presque aussi efficient que les examens par culture
dans les polycliniques des pays en développement ».12
Cette étude confirme que cette stratégie est toujours
effective au Bénin et que l’extension de la culture
pour le diagnostic de routine ne semble pas être une
priorité. Le pourcentage très faible de patients à bacilloscopie négative chez qui la culture est positive
correspond aux rapports du PNT et l’OMS pourrait
devoir réviser ses estimations du nombre de cas sans
bacilloscopie positive des crachats attendus au Bénin.
Références
1 World Health Organization. Treatment of tuberculosis: guidelines for national programmes. 3rd ed. WHO/CDS/TB/2003.
313. Geneva, Switzerland: WHO, 2003.
TB et toux chronique au Bénin
2 World Health Organization. Global tuberculosis control: epidemiology, strategy, financing. 2008 report. WHO/HTM/TB/
2008.393. Geneva, Switzerland: WHO, 2008.
3 Holst E, Mitchison D A, Radhakrishna S. Examination of
smears for tubercle bacilli by fluorescence microscopy. Indian J
Med Res 1959; 47: 495– 499.
4 Rieder H L, Van Deun A, Kam K M, et al. Priorities for tuberculosis bacteriology services in low-income countries. 2nd ed.
Paris, France: International Union Against Tuberculosis and
Lung Disease, 2007.
5 Cattamanchi A, Davis J L, Worodria W, et al. Sensitivity and
specificity of fluorescence microscopy for diagnosing pulmonary tuberculosis in a high HIV prevalence setting. Int J Tuberc
Lung Dis 2009; 13: 1130–1136.
6 Johnson J L, Vjecha M J, Okwera A, et al. Impact of human
immunodeficiency virus type-1 infection on the initial bacteriologic and radiographic manifestations of pulmonary tuberculosis in Uganda. Int J Tuberc Lung Dis 1998; 2: 397– 404.
7 Githui W, Nunn P, Juma E, et al. Cohort study of HIV-positive
and HIV-negative tuberculosis, Nairobi, Kenya: comparison of
bacteriological results. Tubercle Lung Dis 1992; 73: 203–209.
8 Munyati S S, Dhoba T, Makanza E D, et al. Chronic cough in
9
10
11
12
13
14
5
primary health care attendees, Harare, Zimbabwe: diagnosis
and impact of HIV infection. Clin Infect Dis 2005; 40: 1818–
1827.
Elliott A M, Namaambo K, Allen B W, et al. Negative sputum
smear results in HIV-positive patients with pulmonary tuberculosis in Lusaka, Zambia. Tubercle Lung Dis 1993; 74: 191–194.
Karstaedt A S, Jones N, Khoosal M, Crewe-Brown H H. The
bacteriology of pulmonary tuberculosis in a population with
high human immunodeficiency virus seroprevalence. Int J Tuberc
Lung Dis 1998; 2: 312–316.
Nelson S M, Deike M A, Cartwright C P. Value of examining
multiple sputum specimens in the diagnosis of pulmonary
tuberculosis. J Clin Microbiol 1998; 36: 467– 469.
Mitchison D A. Examination of sputum by smear and culture
in case-finding. Bull Int Union Tuberc 1968; 41: 139–147.
Andrews R H, Radhakrishna S. A comparison of two methods
of sputum collection in the diagnosis of pulmonary tuberculosis. Tubercle 1959; 40: 155–162.
Van Deun A, Hamid Salim A, Cooreman E, et al. Optimal tuberculosis case detection by direct sputum smear microscopy:
how much better is more? Int J Tuberc Lung Dis 2002; 6: 222–
230.