Formation « Débogage » HPC IDRIS – Maison de la Simulation 12

Formation « Débogage » HPC
IDRIS – Maison de la Simulation
12 au 14 mai 2014
Objectifs
L'objectif de cette formation est d’ apprendre à déboguer efficacement des codes de calcul. Nous
présenterons la construction et l'architecture d'un programme ainsi que différents outils de débogage. Nous
couvrirons le spectre depuis la programmation séquentielle jusqu'à la programmation parallèle (MPI,
OpenMP, hybride) utilisée dans le domaine HPC (High Performance Computing). Ces outils seront
utilisés lors de séances de travaux pratiques.
Programme
Journée 1
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Introduction « théorique », méthodologie pour le débogage.
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Description de différents types d’erreurs.
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Rappels sur la compilation et .la structure d’un fichier exécutable,
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Présentation de gdb en ligne de commande.
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Travaux pratiques sur gdb.
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La visualisation de données comme aide au débogage.
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Principe du débogage
Journée 2
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Présentation des outils de la suite Valgrind (valgrind, memcheck, callgrind).
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Travaux pratiques sur valgrind.
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Travaux pratiques MPI avec gdb et valgrind.
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Le débogueur TotalView.
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Travaux pratiques MPI/OpenMP avec TotalView.
Journée 3
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Le débogueur DDT.
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Travaux pratiques MPI/OpenMP avec DDT.
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Débogage d'un code HPC Hybride MPI et OpenMP (Hydro), avec DDT et TotalView.
Prérequis
Connaissances de base d’Unix (Linux), expérience en programmation (Fortran 90, C), notions de calcul
parallèle (mémoire partagée et distribuée).
Formateurs
Isabelle Dupays (IDRIS), Marie Flé (IDRIS), Martial Mancip (Maison de la Simulation).