map viewer

Fiche technique : logiciel Map Viewer
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/
Objectif : ce site en ligne, hébergé par la NCBI
(National Centre for Biotechnology Information),
permet de rechercher des informations relatives au
génome d’une espèce :
Les 7 nains : nom scientifique = Homo sapiens
Il serait intéressant de connaître le gène de l’hormone de croissance !
Caryotype d’une espèce
Nombre de gènes sur un chromosome, pour une espèce
Rechercher précisément un gène sur un chromosome
Connaître la séquence de nucléotides d’un gène
Objectif 1 : sélectionner l’espèce à étudier pour connaître son caryotype
Votre recherche concerne par exemple le génome d’un des 7 nains ! Il faut recherche le nom en latin,
langage universellement reconnu pour désigner les espèces au sein de la communauté scientifique : Homo
sapiens.
Dans le menu « Search », dérouler la liste afin
de rechercher votre espèce.
Valider en cliquant « Go »
La fenêtre ci-dessous apparaît avec les
chromosomes alignés.
!!! Pour simplifier, un seul des 2 chromosomes
de chaque paire est figuré. Le nombre total de
chromosomes est donc le double !!!
Le caryotype de l’Homme est donc de 46
chromosomes : 2 fois 22 + 1 chromosome X +
1 chromosome Y
L. Guérin
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Ecole Active Bilingue Jeannine Manuel
Objectif 2 : étudier les gènes d’un chromosome
Sur le caryotype obtenu précédemment,
cliquer sur le chromosome à étudier. La
fenêtre ci-contre apparaît.
Les principaux gènes sont indiqués avec un
code… plutôt secret !
La longueur du chromosome, c’est à dire le
nombre de nucléotides, est indiquée. L’unité
est Mbp… un peu compliqué !
M signifie 1 million
Bp pour paires de bases
250 M bp signifie donc 250 000 000
nucléotides
Le nombre de
chromosome.
gènes
connus
sur
Objectif 3 : rechercher un gène précis dans le génome
Taper le nom du gène, en anglais, puis sur
« Find » pour lancer la recherche. La fenêtre cidessous apparaît. Elle indique 447 références
avec le mot « growth ». Toutes ne sont pas
l’hormone de croissance. Il faut donc déchiffrer
et retrouver la bonne référence : c’est l’étape
fastidieuse !
Le gène de l’hormone de croissance
est sur le chromosome 17, avec
plusieurs variantes. Cliquer sur la
référence pour en connaître le détail.
L. Guérin
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le
Dans la fenêtre qui s’affiche, vérifier
qu’il s’agit bien du gène recherché.
Puis cliquer sur « FASTA » pour
connaître la séquence du gène.
L. Guérin
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