TD modélisation Fichier - Portail Pédagogique de l`Université d`Evry

Introduction à la bio-informatique
TD modélisation des molécules moléculaires
Exercice 1. Recherche des données structurales
Informations sur les structures 2D et 3D des protéines
Connectez-vous sur le portail suivant :
http://www.uniprot.org/
Cherchez la protéine : erythropoietin
Faites la recherche seulement pour l’espèce Homo sapiens
Ouvrir la page descriptive de la protéine et étudier les données disponibles, en particulier les
données structurales
http://www.uniprot.org/uniprot/P01588
1) Quelles sont les informations données pour la structure secondaire ?
2) Quelles sont les informations données pour la structure 3D ?
3) Quelle méthode a été utilisée pour obtenir la structure 3D de la protéine ?
4) Combien de structures 3D sont associées à votre protéine ?
5) Y a-t-il des informations sur les interactions d'erythropoietin avec d'autres protéines ?
Si oui, lesquelles ?
6) Avez-vous trouvé des informations sur les inter-actants ? Dans quelles bases de données ?
7) Faites la même chose avec les protéines suivantes : Hemoglobine (hemoglobin en anglais,
vous pouvez utiliser subunit gamma-1 ) et Cytochrome c
Exercice 2. Récupération d'une séquence protéique d’intérêt
Recherche de similarité de séquences avec Blast
Connectez-vous sur le site: http://www.uniprot.org/
Trouvez la séquence de la protéine erythropoietin
http://www.uniprot.org/uniprot/P01588#sequences
Sequence
1) Indiquez si la protéine présente un peptide signal :
Fasta format
Copier la séquence FASTA dans un fichier texte.
Sélectionner la base de données PDB et appuyer sur le bouton BLAST
2) Combien de hits sont retournés ? (pour Homo Sapiens ?)
Essayer maintenant en sélectionnant la base de données uniprotkb_swissprot
3) Combien de hits sont retournés ? (pour Homo Sapiens ?)
Maintenant aller sur le site :
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Choisir l'outil protein Blast(BlastP)
Copier la séquence ou charger le fichier puis sélectionner la base de données nr
Spécifier l'organisme (Homo Sapiens)
4) Combien de hits sont retournés ?
5) Quelle est la plus grande couverture d'alignement et quel est le plus grand pourcentage
d’identité obtenu ? Est-ce le même hit qui présente les deux caractéristiques ? (pour toutes les
bases de données utilisées)
Exercice 3. Prédiction de structures secondaires
Soumettre la séquence d'erythropoietin au serveur PRIPRED :
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
Cliquer sur le lien pour accéder au serveur
Copier et coller la séquence à l'endroit indiqué
Sélectionner l'option Predict Secondary Structure (PSIpred V3.3).
Décliquer les options de filtrage
Il est possible de donner votre e-mail universitaire pour recevoir les résultats
Indiquer un nom pour le job (par exemple votre Nom_PSIPRED)
Aller sur le site de Uniprot et comparer les résultats de PSIPRED avec la structure secondaire
proposée par la site
La structure trouvée avec PSIPRED est-elle en accord avec celle du site Uniprot ? (basée sur
des expériences)
Exercice 4. Prédiction de structures secondaires
Connectez-vous sur le site: http://swissmodel.expasy.org/
Partie 1: modélisation par homologie: la mise en route.
Modélisation de la glycosylase méthylpurine-ADN bactérien (AlkD, Uniprot AC: Q2PAD8)
Connectez vous sur le site:
http://www.uniprot.org/uniprot/Q2PAD8
Copier la séquence FASTA
Connectez-vous sur le site: http://swissmodel.expasy.org/
Appuyer sur Start Modelling
1) Tout d'abord rechercher des templates appropriés pour modéliser la glycosylase
méthylpurine-ADN.
2). Combien de templates différents trouvez-vous? Est-ce que les structures des
templates diffèrent? Observez la visualisation des structures des templates putatifs
dans View
3) Quel template utilisez-vous pour générer un modèle pour la protéine de
glycosylase méthylpurine-ADN bactérien?
4) Construire un modèle d'homologie pour la glycosylase méthylpurine-ADN en
utilisant l'un des templates disponibles. Comment est la qualité du modèle obtenu?
Partie 2: Modélisation par homologie de la cycline A1
Dans la première partie des exercices pratiques, nous allons construire un modèle d'homologie
pour la protéine humaine, cycline A1 (Swiss-Prot P78396 entrée).
Connectez-vous sur le site:
http://www.uniprot.org/uniprot/P78396
Copier la séquence FASTA
Connectez-vous sur le site: http://swissmodel.expasy.org/
1) regardez d'abord l'entrée Swiss-Prot pour en savoir plus sur la fonction de cette
protéine. Y a-t-il des domaines protéiques décrits pour la cycline A1?
2) Maintenant, nous pouvons rechercher un template approprié pour la construction
du modèle: Comment les différents templates diffèrent? Comment jugez-vous
l'alignement entre la cible et le modèle?
3) Construire un modèle d'homologie pour la protéine cycline A1 humain en utilisant
l'un des templates disponibles. Comment est la qualité du modèle obtenu?