fiche-stage2-perahia.. - Les Formations Biologie

Université Paris Diderot - Paris 7
Master « Sciences et Applications »
Mention « Biologie-Informatique »
MBI 2ème année
Fiche de proposition de stage - Année 2008 - 2009
NOM:
PERAHIA
Prénom
David
Adresse Professionnelle : Institut de Biochimie et Biophysique Moléculaire et Cellulaire (IBBMC, UMR8619)
Bât 430, Université Paris-Sud XI, 91405 Orsay
HDR :
OUI
Ecole doctorale de rattachement :
B2M
Appartenance Unité, nom et code:
IBBMC, UMR8619
Tel:
Fax: 0169853715
0169156320
Courriel: [email protected]
Spécialité du stage : - Bioinformatique, Génome et Transcriptome (BGT)

- Structure et dynamique des systèmes macromoléculaires (SDSM)
- Ingénierie Logicielle en Biologie (ILB) 

Titre du stage: Etude d’arrimage protéine-ligand prenant en compte la flexibilité globale de la protéine.
Ce sujet constitue-t-il un premier pas vers un travail de thèse: OUI
Description du sujet: Il s’agira dans ce stage de mettre en œuvre des nouvelles techniques de simulation
mises au point dans notre équipe pour l’étude de l’arrimage d’un ligand à une protéine dont la flexibilité globale
affecte la configuration du site de fixation. Les techniques qui seront utilisées sont d’une part les modes
normaux, mais aussi la minimisation d’énergie et la dynamique moléculaire. Ces techniques seront utilisées
conjointement d’une façon intégrée pour générer un ensemble représentatifs de conformations de basse énergie
présentant des configurations différentes pour le site de fixation. Différents programmes d’arrimage, tels que
autodock, dock, gold seront utilisés. L’efficacité de l’arrimage en fonction de la variation de la configuration du
site de fixation sera évaluée sur un ensemble de ligands connus pour leur forte affinité vis-à-vis de la protéine.
La dihydrofolate réductase (DHFR) qui est une protéine cible pour laquelle un grand nombre d’inhibiteurs ont
été déjà synthétisés pour lutter le cancer sera choisie pour une telle étude, car il a été établi que la flexibilité
globale de cette protéine joue un rôle dans la fixation de ligands. Ce travail pourra être complété par un criblage
virtuel de banques de ligands. D’autres protéines pourront être choisies dans le cadre de ce stage.