Rapport d`activités annuel 2010 - CNR des infections à chlamydiae

Transcription

Rapport d’activités annuel
2010
Centre National de Référence des infections à chlamydiae
1. Introduction
1.1. Présentation des missions
Les missions du CNR concernent les infections à C. trachomatis, C. pneumoniae et C.
psittaci.
En ce qui concerne les infections à C. trachomatis, le CNR :
o
doit avoir une expertise concernant les tests de dépistage, les résultats de
sérologie positive,
o
doit contribuer au développement des techniques de détection, à la
surveillance épidémiologique des chlamydioses uro-génitales en typant les
souches,
o
doit avoir une activité de veille en ce qui concerne l’antibiorésistance,
o
doit participer aux systèmes de surveillance européens.
En ce qui concerne C. pneumoniae, le CNR :
o
doit contribuer au développement de techniques de détection
o
doit avoir une expertise concernant les résultats des sérologies positives.
En ce qui concerne C. psittaci, le CNR :
o
doit contribuer au développement des techniques de détection,
o
doit avoir une expertise concernant les résultats de sérologie positive,
o
doit contribuer à la surveillance épidémiologique des psittacoses en signalant
les cas à l’Institut de Veille Sanitaire et en collaborant avec les laboratoires de
référence vétérinaires.
Institut de veille sanitaire, DMI, Janvier 2011
1
1.2. Résumé des activités de l’année 2010
Le CNR a mis à disposition un site
http://www.cnrchlamydiae.u-bordeaux2.fr/
web
dont
l’adresse
est
la
suivante :
1.2.1. Infection à C. trachomatis
o
Afin d’améliorer la prise en charge et de recueillir des données cliniques et
comportementales des patients atteints de rectite à C. trachomatis, le CNR a
élaboré une nouvelle stratégie de surveillance plus réactive en partenariat
avec les laboratoires et les cliniciens qui collaboraient déjà avec le CNR et
l’InVS. Le protocole et les fiches de recueil d’informations cliniques,
comportementales et biologiques sont disponibles sur le site.
Un retour d’information à mi-parcours a été mis sur le site web et envoyé par
courrier à tous les participants au réseau de surveillance. Le suivi
épidémiologique de la lymphogranulomatose vénérienne (LGV) anorectale qui
sévit depuis 2004 en France montre que l’épidémie, après avoir augmenté
jusqu’en 2008 (191 cas) et diminué en 2009 (160 cas), remonte en 2010 avec
185 cas. Au total 1087 cas ont été enregistrés au CNR depuis 2002 en France
dont 89,5% situés à Paris. On note toujours une progression des cas en
Province (18% vs 13% 2009). A noter également que l’épidémie jusque là
restreinte aux HSH HIV+, semble s’étendre aux HSH HIV-. D’autre part, le
CNR a décrit le premier cas de LGV rectale féminin en France.
o
La poursuite du dépistage systématique au CIDDIST et CDAG de Bordeaux
financée par le Conseil Général de la Gironde. Les taux de prévalence en
2010 de 6,3% chez l’homme et de 9,5 % chez la femme au CDAG montrent
la pertinence d’un tel projet. Les taux de prévalence sont en augmentation en
2010 par rapport à 2009 (5,5% et 8,5% respectivement). On constate
également une nette augmentation du nombre d’échantillons à tester qui a
doublé en 3 ans (de 885 en 2006, 1773 en 2009 et 2139 en 2010 au CDAG).
o
L’évaluation du dispositif Bio-Rad Dx CT/NG/MG Assay pour la détection
simultanée de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma
genitalium dans les échantillons urogénitaux a montré ses excellentes
performances en terme de sensibilité et spécificité. De même pour la nouvelle
plateform 4800 de Roche diagnostics, qui associe extraction et amplification
pour la détection de C. trachomatis et N. gonorrhoeae en duplex.
1.2.2. Infection à C. pneumoniae
o Un total de 324 patients ont été inclus dans un projet hospitalier de recherche
clinique dont l’objectif était de déterminer la prévalence de Mycoplasma
pneumoniae et C. pneumoniae dans l’asthme de l’enfant et de l’adulte et
d’évaluer leur association avec la crise d’exacerbation. Les résultats en cours
d’analyse montrent que la prévalence était globalement de 9% pour M.
pneumoniae et 4.6% pour C.pneumoniae sans différence significative entre
les deux états d’asthme analysés, stable ou en exacerbation, sauf chez
l’enfant où C. pneumoniae est plus fréquent chez l’enfant en état stable
(10.2%) que chez l’enfant en crise (0.6%) (p=0.005)
1.2.3. Infection à C. psittaci
2
L’inclusion des cas de l’étude descriptive sur la psittacose humaine dans le SudOuest de la France dirigée par l’InVS, s’est déroulée sur les années 2008 et
2009. Il s’agissait d’une étude associant des médecins et biologistes volontaires
d’hôpitaux de la zone concernée, les CIRE, l’AFSSA et le CNR pour son volet
biologique. Sur ces deux années, on dénombre 115 cas suspects, parmi lesquels
54 ont été classés psittacose dont 29 étaient une psittacose confirmée, 8 une
psittacose probable, et 17 des cas possibles. Pour 8 cas, un autre diagnostic était
établi alors que pour 53 cas aucun diagnostic n’était fait. Le nombre de cas de
psittacose est donc faible. A partir des résultats de cette étude, des
recommandations concernant le diagnostic clinique et la confirmation biologique
des cas pourraient être établies et des recommandations de prévention diffusées.
1.3. Equipe : personnels dévolus dans les activités du CNR
Noms et Prénoms
Bébéar Christiane
de Barbeyrac Bertille
Le Roy Chloé
Imounga Laure
Qualifications
Professeur des
Universités/praticien
hospitalier
Maître de
Conférence/praticien
hospitalier
Ingénieur d'études
contractuel
Monitrice d’études
Clerc Maïthé
Françoise Obeniche
Praticien hospitalier
technicien
ETP
Source de financement
1/4
budget universitaire
budget hospitalier
1/2
budget hospitalier
1
InVS 100%
1/2
InVS 100%
1/2
1/10
budget hospitalier
1/8
budget hospitalier
1.3.1. Organigramme
LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE
Infections humaines à mycoplasmes et chlamydiae
Equipe d’accueil EA 3671
Bât 2B – 2e étage
Faculté de Médecine Hyacinthe Vincent
Pr Cécile Bébéar
2010
3
PU - PH
HDR
Cécile M. BÉBÉAR
directeur
HDR
PU - PH
Christiane BÉBÉAR
Co-responsable du CNR
HDR
MCU - PH
Bertille de BARBEYRAC
Responsable du CNR
MCU - PH
Jeanne TEXIER-MAUGEIN
MCU - PH
Sabine PEREYRE
AHU
Olivia PEUCHANT
Post-Doctorant
Cyril FERRANDON
Ingénieur d’études contractuel
(post doctorant)
HDR
Chloé LE ROY
CNR
Charles CAZANAVE
Olivia PEUCHANT
Doctorants
Alain CHARRON
Maïthé CLERC
CNR (1/2)
Monitrice d’études
Laure IMOUNGA
CNR
Secrétaire d’Administration Scolaire et
Universitaire
Brigitte COUDERC
Agent des Services Techniques
Catherine GARBUIO ALIS
Associés à l’équipe :
PU-PH (Réanimation médicale)
Didier GRUSON
Technicien de haut rang
scientifique (CHU de Bordeaux)
Hélène RENAUDIN
HDR
1.3.2. Description de la démarche qualité du laboratoire
Toutes nos procédures (tests PCR, sérologies) sont écrites, référencées et accessibles à
tous les utilisateurs. Nous réalisons tous les ans le contrôle de qualité européen concernant
la détection de C. trachomatis et celle de M. pneumoniae et C. pneumoniae. Nous rentrons
dans la démarche qualité initiée au sein de l’Université Bordeaux 2.
Bertille de Barbeyrac est expert pour les chlamydiae auprès de la commission de l’AFSSAPS
et du G-Med (groupement pour l’évaluation des dispositifs médicaux).
4
1.4. Locaux et équipements
1.4.1. Matériel de base de bactériologie et de sérologie
 Centrifugeuses dont une thermostatée et refroidissante
 Laveur de plaques
 spectrophotomètre
 4 congélateurs à –80°C
 5 congélateurs à – 20°C
 4 hottes à flux laminaire, chacune ayant sa spécificité propre (culture de cellules
saines, culture cellulaire d’échantillons contaminés, préparation d’échantillon pour
la PCR, dépôt des échantillons dans le mix de PCR)
 Etuves à CO 2
1.4.2. Equipement de biologie moléculaire :
 Thermocycleurs, électroporateur
 Amplificateur Light Cycler 480, version 96, des laboratoires Roche équipé d’un
logiciel de pilotage de l’instrument comprenant : quantification absolue, détection
qualitative, identification de produits, analyses de génotypage par courbes de
fusion et d’un logiciel de quantification relative et d’un logiciel de génotypage.
 Logiciel BioNumerics permettant des alignements de séquences, des analyses de
fragments sur gels, des analyses de profils à partir de tableau excel dans l’objectif
de construire des arbres phylogéniques et des dendogrammes.
 Matériel d’électrophorèse conventionnelle et en champ pulsé
 Chambre photo UV
 Ordinateur disposant des logiciels d’alignement et de
séquences
comparaison de
 Speed-vac
1.4.3. Accès à :
 Microscopie électronique
 Séquenceur automatique
 Cytomètre en Flux
 Laboratoire de haute protection de type P3 pour la culture de C. psittaci
 Plateforme génomique fonctionnelle de l’université Victor Segalen Bordeaux2
1.4.4. Equipement hospitalier à disposition :
 Automates de PCR en temps réel
-
Cobas Taqman Roche (détection de C. trachomatis par PCR)
Appareil Abi Prism 7000: Applied biosystem (détection de C. pneumoniae et C.
psittaci)
5
-
Amplificateur Light Cycler 1.5, format capillaire des Laboratoires Roche
Amplificateur Lighy Cycler 480, version 96, Roche
 Extracteur MagNaPure (Roche)
 Automate de sérologie pour Elisa, Etimax
 Microscope à fluorescence pour la sérologie C. psittaci en Immunofluorescence
indirecte et détection de C. trachomatis en culture cellulaire
 Hôte dédiée culture cellulaie (culture de C. trachomatis)
1.4.5. Matériel bureautique : Téléphone, Fax, ordinateurs, photocopieur, scanner,
liaison internet
Le CNR est localisé dans le laboratoire de bactériologie de l’Université Victor Segalen
Bordeaux 2 dont la thématique de recherche est les Infections humaines à mycoplasmes et
à chlamydiae. Le laboratoire a été reconnu Equipe d’Accueil EA 3671 en 1991 renouvelé
depuis à chaque contractualisation, la dernière remontant à janvier 2007. La responsable de
l’EA 3671 est depuis cette date, le Pr Cécile Bébéar.
L’activité diagnostique du CNR est effectuée au sein du laboratoire de bactériologie de
l’hôpital Pellegrin, pôle de biologie, CHU de Bordeaux, dont le chef de Service est le
Professeur Francis Megraud depuis septembre 2007.
2. Activités d’expertise
2.1. Capacités techniques du CNR
2.1.1. Liste des techniques disponibles
C. trachomatis

Recherche directe : tests d’amplification génique in vitro
 Extraction automatisée sur MagNa Pure des Laboratoires Roche
 Trousses PCR automatisées
o Cibles : plasmide cryptique et chromosomique sur le gène
omp1. Le test détecte désormais la souche suédoise délétée
sur son plasmide
o Principe : PCR en temps réel en chimie TaqMan
o Appareil dédié : Cobas TaqMan
o Fournisseur : Laboratoire Roche
 Tests PCR « maison »
o Détection de tous les sérovars : nous avons développé 2 tests,
l’un ciblant le plasmide cryptique dans une région identique à
celle de la PCR Roche et l’autre ciblant le gène omp1 par PCR
en temps réel en chimie Sybr Green sur Light cycler 480
(Roche)
o Détection spécifiques des souches L : d’après la publication de
Morré SA (Morre SA, Spaargaren J, Fennerna JSA, de Vries
6
HJC, Coutinho RA, Pena AS. Real-time polymerase chain
reaction to diagnose lymphogranuloma venereum. Emerg Infect
Dis. 2005; 11: 1311-1312.). Ce test met à profit la particularité
des souches L d’être délétées de 34pb sur le gène pmpH, en
utilisant une sonde TaqMan dessinée de part et d’autre de la
délétion. Un signal de PCR n’est présent que si la sonde
s’hybride c'est-à-dire si la délétion est présente c'est-à-dire que
la souche et de type L. Ce test permet d’identifier en une seule
étape la présence d’une souche de type L dans les échantillons
rectaux et uro-génitaux positifs à C. trachomatis.

Recherche directe par culture cellulaire





Support cellulaire : cellules McCoy
Format : tube unitaire à lamelle
Révélation à l’aide d’anticorps monoclonal anti MOMP fluorescent
Lecture au microscope à fluorescence
Sérologie
Recherche des IgG et IgA par méthode Elisa (Medac, Dia Sorin) sur automate
Etimax

Typage moléculaire
- Méthode de PCR-RFLP du gène omp1 validée et publiée en 1992 :
détermination du génovar de la souche
- soit après culture cellulaire,
- soit directement sur l’échantillon biologique
- Séquençage du gène omp1 : mise en évidence de la mutation A→G (AAT
Ser 162→ AGT Asp) de la souche épidémique L2b retrouvée dans l’épidémie de
LGV.
- Séquençage du plasmide cryptique de la souche de C. trachomatis mutée
pour mettre en évidence la délétion de 377pb.
- Typage en cours de développement : MLVA (multi locus VNTR analysis ),
MLST (multi Locus Sequence Typing), SNP (Single Nucleotide Polymorphism) omp1
gene. Ce typage permet de différencier les souches de C. trachomatis appartenant à
un même sérovar, l’analyse d’un même sérovar pouvant étayer l’hypothèse d’une
épidémie, d’identifier un mode de transmission ou de distinguer une recontamination
d’un échec thérapeutique dans le cas d’une réinfection.

Sensibilité aux antibiotiques
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques de C. trachomatis ne se fait pas en routine étant
donné la lourdeur de la technique. Le principe repose sur l’utilisation de tapis cellulaire
infecté par un inoculum quantifié en présence de concentrations croissantes d’antibiotiques.
La CMI (concentration minimale inhibitrice) est la concentration d’antibiotiques où l’on
n’observe plus d’inclusions normales au microscope. La CMB (Concentration mi,male
bactéricide) peut être appréciée par une technique moléculaire de RT-PCR que nous avons
7
mise au point au laboratoire et publiée. Par cette technique, nous avons montré que l’activité
des antibiotiques sur C. trachomatis n’est que bactériostatique (1).
C. pneumoniae

Recherche directe : tests d’amplification génique in vitro
o Cible : Gène de la protéine majeure de membrane externe
Amorce sens Cp-F 5’-GAT CCG CTG CTG CAA ACT ATA CT-3’
Amorce anti-sens Cp-R 5’-GTGAAC CAC TCT GCA TCG TGT AA-3’
Sonde QMOMP S 5’-FAM – TAG GCC GGG TTA GGT CTA TCT ACG
GCA GT- TAMRA -3’
o Thermocycleur : Applied BioSystems 7000 ou Light cycler 480
(Roche)

Recherche directe : culture cellulaire
 Support cellulaire : cellules Hep2
 Format : tube unitaire à lamelle
 Révélation à l’aide d’anticorps fluorescent ayant une spécificité de
genre Chlamydia
 Lecture au microscope à fluorescence

Sérologie
Recherche des IgG et IgM par méthode Elisa (Medac, Dia Sorin) sur automate
Etimax
C. psittaci

Recherche directe : test d’amplification génique in vitro
o Cibles :
Nous utilisons 2 types de cible :
Une cible spécifique de C. psittaci, le géne de la protéine d’inclusion Inc(2)
Amorce sens F1-incA-Cpsi : 5' CGGCGTGCCACTTGAGA 3'
Amorce anti sens R1-incA-Cpsi : 5' GCCATCATGCTTGTTTCGTTT 3'
Une cible spécifique de genre Chlamydophila dans le gène 23S(3)
Ch23S-F
Ch23S-R
5' CTGAAACCAGTAGCTTATAAGCGGT 3'
5' ACCTCGCCGTTTAACTTAACTCC 3'
8
Sonde Cpsi incA- NM : FAM-TCATTGTCATTATGGTGATTCAGGANFQ-MGB
Sonde Ch 23SFAM 5’ CTCATCATGCAAAAGGCACGCCG3’ TAMRA
o

Thermocycleur : Applied BioSystems 7000 ou Light cycler 480
des laboratoires Roche
Recherche directe par culture cellulaire en laboratoire de type P3
 Support cellulaire : cellules McCoy
 Format : tube unitaire à lamelle
 Révélation à l’aide d’anticorps fluorescent ayant une spécificité de
genre Chlamydia
 Lecture au microscope à fluorescence

Sérologie
Recherche des IgG et IgM sur lames par immunofluorescence (3 spots
antigènes de C. trachomatis, C. pneumoniae et C. psittaci) (lames Focus, Eurobio)

Typage moléculaire
Réalisé au laboratoire vétérinaire de Maisons-Alfort par une méthode MLVA (4)
2.1.2. Collections de souches, antigènes ou immun-serum de référence
 Description : le CNR dispose de souches de référence de :
C. trachomatis (18 sérovars)
C. pneumoniae (3 souches)
C. psittaci (7 souches)
Et plus de 1000 souches cliniques de C. trachomatis, 2 souches cliniques
de C. psittaci et 3 souches cliniques de C. pneumoniae
 Conditions de stockage : ces souches sont conservées en milieu de
transport à –80°C, en double dans deux congélateurs différents.
 Conditions de mise à disposition de ces collections : le CNR envoie sur
demande les souches ou les extraits d’acides nucléiques pour contrôle
positif de PCR.
2.1.3. Techniques
Les techniques (diagnostic/identification, typage, sensibilité aux anti-infectieux...) sont
décrites dans des chapitres de livres ou des revues écrits par le CNR (Revue Française des
laboratoires, Précis de Microbiologie Clinique, l’Antibiogramme, collection Medibio, Rémic,
Campus de microbiologie médicale …). Le chapitre Chlamydia a été refait dans le Rémic
4ème edition paru en 2010.
Une révision de la nomenclature concernant C. trachomatis, dont nous avons fait
l’argumentaire, est en cours de discussion à la CHAB (Commission de hiérarchisation des
actes de biologie) et à la CNAM.
9
2.1.4. Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses : méthode,
état d’avancement, principaux résultats
En 2010, le CNR a évalué deux trousses de détection de C. trachomatis
développées par les industriels Bio-Rad et Roche.
2.1.4.1. Evaluation des performances de la trousseBio-Rad Real-Time
CT/NG/MG Assay
L’objectif de cette étude était d’évaluer les performances de sensibilité et de
spécificité du test Bio-Rad Real Time CT/NG/MG pour la détection des bactéries
responsables d’Infections Sexuellement Transmissibles (IST) sur les
prélèvements vaginaux, endocervicaux, urétraux, anorectaux ainsi que sur les
urines. Ce test permet la détection simultanée par PCR en temps réel de
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium dans
les échantillons cliniques.
La trousse a été évaluée sur des prélèvements urogénitaux collectés de
manière prospective et rétrospective, d’une part chez des patients
symptomatiques d’IST venant consulter au Centre d’Information et de Dépistage
des Infections Sexuellement Transmissibles (CIDDIST), d’autre part chez des
patients asymptomatiques souhaitant un dépistage d’IST venant consulter au
Centre de Dépistage Anonyme et Gratuit (CDAG) de la Maison Départementale
de la Santé de Bordeaux (MDS).
Les résultats obtenus avec cette trousse ont été comparés à ceux obtenus
avec la technique utilisée en routine au laboratoire de Bactériologie de l’hôpital
Pellegrin, CHU de Bordeaux, pour chaque agent bactérien.
Habituellement, la recherche de C. trachomatis, M. genitalium ou N.
gonorrhoeae est effectuée sur un prélèvement endocervical chez la femme
symptomatique et sur un auto-prélèvement vaginal chez la femme
asymptomatique. Pour l’étude, un échantillon d’urine supplémentaire a été
demandé pour toutes les femmes ainsi qu’un auto-prélèvement vaginal chez la
femme symptomatique.
Pour les hommes, le dépistage est effectué sur un prélèvement urétral
chez l’homme symptomatique et sur un échantillon urinaire chez l’homme
asymptomatique. Pour l’étude, un échantillon d’urine supplémentaire a été
demandé pour les hommes symptomatiques.
Une note d’information a été donnée à chaque patient. Un consentement
éclairé a été demandé aux patients symptomatiques consultant au CIDDIST et un
formulaire de non opposition a été proposé aux patients asymptomatiques
consultant au CDAG et signé par le médecin pour l’obtention de prélèvements
supplémentaires. Pour chaque patient, ont été renseignés le sexe, l’âge et la
présence ou non de symptômes. L’anonymisation s’est fait selon les règles
habituelles en vigueur dans ces deux structures.
Au total 659 échantillons de 193 femmes et 260 hommes consultant la
MDS de janvier 2010 au 15 avril 2010 ont été inclus dans l’étude. Les résultats
étaient concordants dans 97,3% des cas. Dans cette étude, la prévalence des
ces IST étai de 8.8% pour C. trachomatis, 2% pour M. genitalium et 1,5% pour N.
gonorrhoeae. L’utilisation de la trousse Bio-rad permet le diagnostic des coinfections en seule expérience. Dans cette étude, près de 10% (5/52)
présentaient une double infection, trois par C. trachomatis/M. genitalium et 2 par
C. trachomatis /N. gonorrhoeae.
10
L’ensemble de ces résultats montrent que la trousse Bio-Rad Real Time
CT/NG/MG présente des performances de sensibilité et de spécificité excellentes
dans cette étude de comparaison avec le test Cobas TaqMan de Roche pour la
détection de C. trachomatis, avec un test de PCR TaqMan « maison » pour la
détection de M. genitalium et la culture pour N. gonorrhoeae. Chez les hommes,
la sensibilité de la détection est de 100 % quelque soit la bactérie et le type
d’échantillon, urètre ou urine et la spécificité va de 99,1 à 100 %. Chez les
femmes, la sensibilité de la détection de C. trachomatis est de 95,8 % dans les
échantillons prélevés par écouvillon et de 99,3 % dans les urines avec une
spécificité de 99,5 % à 100 %. Pour M. genitalium, la sensibilité de la détection
est de 100% avec une spécificité de 99,5 % à 100 % selon les échantillons tandis
que chez les femmes, la sensibilité et la spécificité de la détection de
N. gonorrhoeae est de 100 % dans les échantillons prélevés par écouvillon.
Les résultats de l’évaluation de ce tests Bio-Rad CT/NG/MG sur les
échantillons uro-génitaux seront présentés lors du prochain congrès de l’ECCMID
à Milan du 7 au 11 mai 2011 (Résumé en annexe). La publication de ce travail est
en cours.
BIO-RAD Dx CT/NG/MG assay
658 échantillons de 453 patients
H : 253 urine + 13 éc uréthraux
F : 180 urine + 191 auto-ec vaginal + 21 col
Comparaison : cobas TaqMan CT 48 et PCR maison MG
Prévalence
CT
MG
1.9%
H
7.7%
F
10.3%
2%
7 cas NG PCR+, confirmés par culture (1,5%)
Co-infection : 5/56 (9%)
Sensibilité
Spécificité
CT/MG 3 cas
100%
99.5% - 100%
CT/NG 2 cas
Inconvénient: extraction manuelle
2.1.4.2. Evaluation des performances du Cobas 4800 Roche pour la
détection de C. trachomatis et N. gonorrhoeae
Les objectifs de ce travail étaient doubles :
1) Evaluer les performances de spécificité et sensibilité du système cobas
4800™ de Roche pour la détection de Chlamydia trachomatis et Neisseria
gonorrhoeae, bactéries responsables d’Infections Sexuellement Transmissibles
(IST) sur les prélèvements vaginaux, endocervicaux, urétraux et urine
réceptionnés au laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital Pellegrin du CHU de
Bordeaux, dans le circuit et avec les milieux de transport habituels.
2) Déterminer le protocole d’extraction des spermes et le seuil de
détection de C. trachomatis dans le sperme.
11
Le système cobas 4800™ comprend un extracteur automatisé, cobas®
x480 instrument, et un amplificateur de type Light Cycler 480, cobas® z480
analyser, appareil de PCR en temps réel.
Cette plateforme a été évaluée sur des prélèvements urogénitaux
collectés de manière prospective chez tous les patients pour lesquels était
demandée une recherche de C. trachomatis,, soit dans le cadre d’un dépistage
soit dans le cadre du diagnostic d’une infection génitale. Les résultats obtenus
avec le système cobas 4800™ de Roche sur ces échantillons ont été comparés à
ceux obtenus avec la technique utilisée en routine, extraction sur un automate
MagNaPure LC™ (Roche) et amplification par PCR sur le cobas® TaqMan 48 CT
Roche permettant uniquement la détection de C. trachomatis. Sans comparateur
disponible pour NG, seuls les résultats de C.trachomatis ont été analysés.
Les échantillons de spermes étaient recueillis chez des patients consultant
le laboratoire de Biologie de la Reproduction du CHU de Bordeaux dans le cadre
de la fécondation in vitro et du Cecos. Différents volumes de spermes ont été
dilués dans le milieu de transport-lyse du système cobas 4800™ pour déterminer
le volume optimal à utiliser sans effet inhibiteur. Des échantillons ont été
additionnés d’un inoculum connu de C. trachomatis afin de déterminer le seuil de
détection de C. trachomatis dans le sperme et de trouver le meilleur compromis
pour un volume de sensibilité optimale et le moins inhibiteur.
Au total 708 échnatillons uro-génitaux de 401 femmes et 307 hommes ont
été analysés sur la période di 1er juillet au 30 septembre 2010. Les résultats
étaient concordants dans 97,3% des cas.
L’ensemble de ces résultats montre que le système cobas 4800™
présente des performances de sensibilité et de spécificité satisfaisantes dans
cette étude de comparaison avec le test cobas TaqMan 48™ de Roche pour la
détection de C.trachomatis dans les conditions de cet essai. Chez les hommes, la
sensibilité de la détection de C.trachomatis va de 94,11 à 100% et la spécificité
de 99,2 à 100%. Chez les femmes, la sensibilité de la détection de C.trachomatis
va de 90,90 à 100% et la spécificité de 99,07 à 100%. Chez les hommes, les
performances de sensibilité et spécificité sont excellentes et le rendement
d’extraction des urines est meilleur comme le montre la moyenne de cycles seuils
de PCR des échantillons positifs qui est de moins 2,66 cycles pour la plateforme
4800™, versus le cobas TaqMan 48™.
Le système cobas 4800™ associant un extracteur cobas® x480 instrument
et un amplificateur cobas® z480 analyser présente l’avantage de détecter en une
seule réaction de PCR en temps réel et par la technologie TaqMan deux agents
12
bactériens responsables d’IST ainsi qu’un contrôle interne. Dans notre étude,
n’ayant pas de comparateur pour N. gonorrhoeae, seuls les résultats de
C.trachomatis ont été analysés. Néanmoins, 14/708 échantillons soit 1,97% des
résultats se sont révélés positifs à N. gonorrhoeae par PCR. Cette prévalence est
à rapprocher de celle obtenue sur une population semblable, 1.5%, entre janvier
et juillet 2010 par la technique Bio-Rad de PCR triplex, C. trachomatis, N.
gonorrhoeae et M.genitalium.
Accuracy of the cobas 4800 CT/NG vs.
CTM CT 2.0 - Urine
• Patient infected status*
cobas 4800
Infected
Non-infected
Total
+
16
2
18
-
1
274
275
Total
17
276
293
Prevalence
Sensitivity
Specificity
17/293 5.8%
16/17
274/276 99.2%
94.1%
PNV
PPV
16/18
274/276
88.8%
99.2%
* Determined by discrepant analysis.
Accuracy of the cobas 4800 CT/NG vs.
CTM CT 2.0 - Swabs
• Patient infected status*
cobas 4800
Infected
Non-infected
Total
+
35
3
38
-
3
374
377
Total
38
377
415
Prevalence
Sensitivity
Specificity
38/415 9.1%
35/38
92.1%
374/377 99.2%
PPV
NPV
35/38
374/377
92.1%
99.2%
* Determined by discrepant analysis.
Les spermes sont des échantillons difficiles à analyser du fait de la
présence d’inhibiteurs de la Taq polymérase. L’analyse d’un volume de 50 µl de
13
sperme a montré une fréquence d’échantillons inhibiteurs anormalement élevée,
12%, et une amplification non optimale prouvée par une mauvaise amplification
du contrôle interne. L’analyse d’un volume inférieur, de 40 µl, permet d’améliorer
les résultats mais le meilleur compromis entre sensibilité et élimination des
inhibiteurs semble être obtenu avec un volume de 25 µl. Le protocole retenu est
simple : il suffit de diluer 25 µl de sperme dans 4,5 ml de milieu de transport-lyse
et d’appliquer le protocole UUT.
Les résultats de l’évaluation de la plateforme 4800 sur les échantillons
uro-génitaux seront présentés lors du prochain congrès de l’ECCMID à Milan du 7
au 11 mai 2011 (Résumé en annexe). La publication de ce travail est en cours
2.2. Activités d’expertise de l’année 2010
2.2.1. Nombre de souches de C. trachomatis ou de prélèvements reçus au
CNR pour typage :
1. Le CNR a reçu 286 prélèvements ano-rectaux en 2010, 249 en
2009, 301 en 2008, 257 en 2007, 232 en 2006, 185 en 2005, 136 en
2004 et 30 pour les années 2002- 2003. Au total, le CNR a typé 1676
souches d’échantillons ano-rectaux.
2. Le CNR procède également au typage de toutes les souches isolées
dans son laboratoire hospitalier. En 2009, le nombre de prélèvements
détectés positifs s’élève à 373, appartenant à 254 femmes et 119
hommes consultant à la maison départementale de la santé pour
50,78% des femmes et 87% des hommes. Le CNR a réussi à typer
293 échantillons (78,5%).
2.2.2. En 2010, Le CNR n’a pas poursuivi la recherche de la souche mutée sur les
échantillons positifs à C. trachomatis du CERBA car d’une part les industriels
ont mis à disposition des biologistes des trousses capables de détecter le
variant, et d’autre part seulement 2 échantillons sur 4461 analysés en 20082009, ont montré la présence d’une souche mutée.
2.2.3. Sensibilité aux antibiotiques
En 2009, le CNR n’a pas fait de surveillance de la sensibilité aux antibiotiques de
souches de C. trachomatis. Dans les perspectives 2011, il est prévu de tester
l’activité de la doxycycline et de l’azithromycine sur des souches de LGV isolées
en 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009.
2.2.4. Nombre de souches ou échantillons de matériel biologique issus des
collections du CNR distribués
Le CNR a donné :
-
la souche mutée de C. trachomatis isolée à Bordeaux au laboratoire Bio-Rad.
-
Quinze souches L2 à Björn Herrmann (Suède) pour typage par une méthode
MLST(5)
-
3 souches de références, C. trachomatis, C. pneumoniae, et C. psittaci à la société
14
Servibio pour la fabrication de leur lame de sérodiagnostic
-
des extraits d’ADN de souche de C. pneumoniae pour les laboratoires désirant des
témoins positifs pour leur technique d’amplification maison.
2.2.5. Analyse de l’évolution des tendances en termes d’activités
Concernant C. trachomatis : toutes les études faites par le CNR sur le dépistage
de l’infection à C. trachomatis chez les femmes asymptomatiques ont permis de
proposer un dépistage systématique aux personnes asymptomatiques à risque
(femme < 25 ans, homme < 30 ans, et plus d’un partenaire dans les 12 derniers
mois), se présentant au CDAG de la maison départementale de la santé à
Bordeaux. Le bilan de l’année 2010 fait état de 2139 dépistages dont 166 positifs
soit une prévalence de 7,7%. La demande augmente chaque année et la
prévalence également. (6,2% en 2006, 5,8% en 2007, 7,2% en 2008, 7% en
2009, 7,7% en 2010).
L’activité d’expertise du CNR concerne également C. pneumoniae et C.
psittaci.
Le laboratoire reçoit des demandes de sérologie et de recherche directe de C.
psittaci. En 2010, le laboratoire a reçu 1077 demandes de sérologie, 939 en
provenance du CHU de Bordeaux et 138 hors CHU.
15
La demande de PCR C. psittaci a été en augmentation tous les ans passant de 2 en 2003 à
43 en 2007. En 2008-2009, le nombre de demande de PCR et le nombre de cas PCR + ont
augmenté, en raison de l’étude descriptive sur la psittacose humaine dans le Sud-Ouest de
la France dirigée par l’InVS. En 2010, le nombre de demande est redescendu à 53 en lègère
augmentation par rapport à 2007. Sur le graphique, les losanges indiquent le nombre de cas
PCR+, 1 cas en 2003, 2 cas en 2005, 5 cas en 2006, 5 cas en 2007, 13 cas en 2008, 8 cas
en 2009 et 3 cas + en 2010.
3. Activités de surveillance
3.1. Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections
3.1.1. Surveillance de la LGV
Le nombre de cas de LGV en 2010 est de 185 en hausse par rapport à 2009 (153 cas) et
rejoint presque le nombre de cas de 2008 (191). Au total, le nombre de cas de LGV s’élève à
16
1080 cas sur les années investiguées dont 968 viennent de Paris (82%) et 112 de Province.
Les données de la surveillance jusqu’à fin 2009 sont en cours de publication dans le BEH.
Le tableau récapitule le nombre d’échantillons rectaux typés au CNR depuis 2002.
Origine
Nbre
Année
géographique d'échantillons
2002-2003 Paris
27
Province
3
total
30
L
20
2
22
Non L
6
1
7
Non
amplifiable
1
0
1
2004 Paris
Province
total
131
5
136
98
4
102
25
1
26
8
0
8
2005 Paris
Province
total
167
18
185
103
14
117
50
4
54
14
0
14
2006 Paris
Province
total
211
21
232
133
7
140
56
14
70
22
0
22
2007 Paris
Province
total
229
28
257
157
13
170
62
14
76
10
1
11
2008 Paris
Province
total
259
42
301
173
18
191
72
19
91
14
5
19
2009 Paris
Province
total
201
37
238
140
20
160
53
14
67
19
3
22
2010 Paris
Province
total
Total
222
64
286
1676
151
34
185
1087
71
30
101
492
*
97
*en 2010, le résultat de la technique utilisée, PCR spécifique souche L, est présence ou non
d’une souche L.
17
Les souches parisiennes proviennent essentiellement de 3 laboratoires, un
LABM situé dans le Marais, l’Institut Fournier et le laboratoire de l’Hôpital SaintLouis. Le CNR procédait à un ramassage trimestriel sur ces 3 laboratoires
jusqu’en 2009. Les souches de province étaient envoyées au fur et à mesure de
la découverte d’un échantillon rectal positif. En 2009 également, nous avons reçu
les échantillons rectaux du Cerba, soit 25 échantillons dont 20 viennent de la
région parisienne. Les résultats de la surveillance jusqu’en 2009 fait l’objet d’un
article dans le BEH à paraître.
Afin d’améliorer la prise en charge et de recueillir des données cliniques et
comportementales, le CNR a élaboré une nouvelle stratégie de surveillance plus
réactive en partenariat avec les laboratoires et les cliniciens qui collaboraient déjà
avec le CNR et l’InVS. Cette nouvelle modalité a démarré en 2010. Les
laboratoires envoient au CNR leurs échantillons ano-rectaux positifs,
accompagnés d’une fiche de résultats de laboratoire documentant les IST
associées, dès le jour de leur identification. Dès réception, le CNR effectue le
typage par la méthode rapide de PCR en temps réel spécifique du sérovar L. Le
résultat est faxé le jour même au laboratoire et le clinicien reçoit le résultat par
courrier avec une fiche de renseignements cliniques à renvoyer au CNR ainsi
qu’une note d’information et une demande de consentement de recueil de
données à faire signer par le patient.
18
RESEAUX DE
LABORATOIRES HOSPITALIERS
OU PRIVES
 Prélèvement ano-rectal
 Réalisation des PCR et des
sérologies Chlamydia
trachomatis (CT)
1
Prélèvements
Résultats
Labo
RESEAUX DE
MEDECINS
HOSPITALIERS OU LIBERAUX
 Réalisation ou Prescription d’un
prélèvement ano-rectal et d’une
sérologie CT
 Information du patient et recueil
de son consentement éclairé
Rétro-information des Résultats du génotypage (Labo + Med.)
ET envoi des Fiches Cliniques aux médecins, accompagnées des
1
Notes d’information au patient et des Formulaires de
4
consentement
Envoi des Fiches
Retour des
Labo complétées
Fiches Cliniques
2
2
avec ou sans les extraits
complétées au CNR
et échantillons rectaux
PCR CT+ au CNR
3
PATIENTS CHLAMYDIA
TRACHOMATIS POSITIFS (CAS CT+)
Information
Recueil du
consentement
 Cas certains LGV
 Cas probables LGV
 Cas d’ano-rectites à CT à
sérovar autre que L
3
CENTRE NATIONAL DE REFERENCE des infections à chlamydiae (CNR)
 Génotypage des souches de Chlamydia trachomatis
 Rétro-information des résultats du génotypage aux laboratoires et aux médecins
 Animation du réseau de surveillance des ano-rectites à CT
• Mise à disposition des différents formulaires aux acteurs de la surveillance
• Recueil, saisie, analyse descriptive des données
Transmission des données
5
INSTITUT DE VEILLE SANITAIRE (InVS)
 Coordination du Réseau de Surveillance des ano-rectites à Chlamydia trachomatis
 Synthèse des données / Diffusion / Information ciblée
Schéma récapitulatif du circuit des données du réseau de surveillance des
anorectites à C. trachomatis.
Les fiches de recueil des données biologiques et cliniques sont données en
annexe ainsi qu’un rapport détaillé sous forme d’affiche de l’ensemble des
résultats de 2010.
Ce réseau a permis d’étendre la surveillance et la proportion de cas parisiens
est en diminution. Via le CERBA de nouveaux laboratoires ont été contactés en
ïle de France (Groupe hospitalier Diaconesse Croix saint Simon 75, Paris saint
Joseph 75, BIONORD 75, OLIVIER 92, UNICELL 93) et en Province (CH de
Vendée 85 et dispensaire MST de Nïmes 30). En province participent au réseau :
Le CH de Tourcoing, Annecy, Caen, Toulouse, Bordeaux, Saint-Etienne,
Orléans, Lyon, et des laboratoires privés (Saint Louis à Bordeaux vis Biomnis,
Docteur SCHUH 67, et de la fondation du Diaconat 68.
Le nombre de cliniciens contactés ets de ….. celui des répondants de …
Sur les 286 cas investigués en 2010, ….. fiches cliniques et ….fiches
biologiques ont été renseignés.
Les données biologiques montrent que les anorectites à C. trachomatis sont
souvent associées à d’autres IST comme la syphilis (48%) et le gonocoque (27%)
sans différence significative entre les rectites à souches L et non L. Par contre les
LGV rectales sont significativement associées à l’infection VIH (82%). Un fait
marquant est toutefois la diminution du nombre de cas VIH + parmi ces derniers,
ce qui fait craindre une dérive vers les populations VIH- , ce qui pose la question
de la prise de risque des HSH VIH-.
Concernant les données cliniques, la LGV rectale est significativement plus
symptomatique que les rectites à souche non L associant, écoulement anal et
ulcération anale. La grande majorité des patienst sont des hommes ayant des
rapports sexuels avec des hommes et on n’observe de différences significatives
19
entre les patients infectés par une souche une souche L ou non L quant au statut
et nombre de partenaires. Dans la majorité des cas, le lieu de contamination est
la France.
Cette surveillance a permis d’identifier trois cas de récidive sur 5 à 6 mois
montrant que cette infection ne protège pas contre les recontaminations.
Les documents nécessaires au fonctionnement du réseau peuvent être consultés
et imprimés à partir du site web du CNR, http://www.cnrchlamydiae.ubordeaux2.fr/
La proportion de rectite à génovar L et non L à Paris et en Province est illustrée dans
l’histogramme suivant :
Globalement, sur l’ensemble de la France, la répartition des cas de LGV est de 90% à Paris
et 10% en Province. Si on compare les cas de Paris et de Province, on observe que 71%
des cas parisiens sont des LGV rectales contre 53% en Province. .
Paris
Province
Génovar
L
Non L
Total
Total
975 (89,7%)
395
1370
112(10.3%)
97
209
1087
492
1579
La demande de typage venant de la Province augmente régulièrement de 1 en 2004, à 6 en
2005, 17 en 2006, 22 en 2007, 32 en 2008, 34 en 2009, et la mise en place du réseau s’est
accompagnée d’une augmentation significative des demandes en province (64 en 2010)
Mais ceci n’a pas modifié la répartition des cas de LGV entre Paris et la province (68%
versus 53%).
Cette carte de France illustre la répartition des cas de LGV recensés par le CNR sur la
France métropolitaine.
20
M1
Répartition des cas d’anorectites à C. trachomatis
LGV/ non LGV (1087/492 cases) 2002-2010
Brest
0/1•
Lille 32/43
•
•
Amiens
1
•
Caen
1/1
•
Paris
975/395
•
Orléans •
Dijon
1/0
1/0
• Nancy 1/1
•
Strasbourg 7
•
Mulhouse
1/3
• Annecy
ST Etienne •
Lyon
2
•1
•
19/13
Bordeaux • Agen
1
Nîmes
32/18
•
Toulouse Montpellier
•
2/4
3/4
•
Marseille
3/7
La répartition des sérovars non L dans les rectites montre une répartition très
différente de celle observée dans les infections génitales à type d’urétrite ou de
cervicite. La comparaison des fréquences d’isolement des différents sérovars
montre que le sérovar Da est le plus fréquent parmi les souches rectales (35,8%)
alors qu’il ne représente que 4.8% chez les femmes à 9,8% chez les hommes
dans les prélèvements génitaux. A l’inverse, le sérovar E est majoritaire dans les
prélèvements génitaux (45.1% chez les femmes et 46.5% chez les hommes)
alors qu’il ne représente que 12.7% des cas de rectite. Le tableau ci-dessous
résume les fréquences des sérovars des souches rectales isolées entre 2002 et
2010 (425 échantillons) et des 792 souches génitales isolées entre 2007 et 2009
à Bordeaux (495 femmes et 297 hommes). Les données jusqu’en 2009 ont fait
l’objet d’une communication lors du 12th International Symposium on Human
Chlamydial Infections, June 20-25, 2010, Salzburg, Autriche (résumé en annexe).
Sérovars
Da
D
G
J
E
F
Souches rectales %
35,8
0
33.9
5.8
12.7
3.6
souches génitales F/H %
4.8 / 2.7
5.1/9.8
10.7 / 16.8
5.3 / 3.7
45.1/ 46.5
21.2/ 16.8
21
Le CNR reçoit également des échantillons positifs à C. trachomatis d’une origine autre
qu’anorectale dans le cadre de la surveillance de la LGV.
Le tableau ci-contre rassemble les données des souches autres qu’anorectales en fonction
de la nature de l’échantillon, du sérovar, L2 ou non, de l’année et de l’origine géographique,
Paris ou la Province.
Origine
Année géographique
2004 Paris
2005 Paris
Province
2006 Paris
Province
2007 Paris
Province
2008 Paris
Province
2009 Paris
Province
2010 Paris
Province
Total
Nature des échantillons
Inguinal
Ulcération
Urètre
Urine
Gorge
L2 Non L2 L2 Non L2 L2 Non L2 L2 Non L2 L2 Non L2
1
1
1
11
1
2
1
1
1
1
1
1
1
2
1
2
1
3
1
1
2
1
1
3
2
1
1
1
1
1
3
2
1
1
1
12
0
3
1
10
1
1
2
2
1
3
3
22
3
11
1
0
3
8
Sur l’ensemble des années de surveillance, Il faut noter l’observation de 22 cas de LGV avec
ulcération et adénopathie inguinale, et 9 cas de souches L2 dans un site inhabituel, urètre,
urine et gorge. Un cas de LGV à souche L2b associée à une arthrite réactionnelle a été
observé et publié(6).
3.1.2. Surveillance de l’infection à C. trachomatis au CDAG/CIDDIST
La maison départementale de la santé de Bordeaux a établi une convention avec le
laboratoire de bactériologie du CHU de Bordeaux pour le dépistage de l’infection à C.
22
trachomatis chez les personnes consultant au CDAG (personne asymptomatiques). Les
critères d’inclusion sont l’âge (< 25 ans chez la femme et < 30 ans chez l’homme) et un
facteur de risque (plus d’un partenaire dans les 12 derniers mois).
Le bilan de l’année 2010 compte 2139 dépistages chez des personnes asymptomatiques
(CDAG) et 442 cas d’infection chez des personnes symptomatiques (CIDDIST). La
prévalence suivant le sexe et dans les deux centres est donnée dans le tableau suivant :
CDAG
Sexe
H
F
Nbre de personnes
1210
929
Nbre de cas +
77
89
%
6.3
9,5
249
161
34
19
15,6
11,8
CIDDIST
H
F
3.1.3. Surveillance de la psittacose
En 2010, Le CNR a fait 7 signalements de cas de psittacoses à L’InVS. Le signalement
se fait par un fichier Excel transmis par mail à Isabelle Capek dès que le CNR détecte un
cas. Un cas suspect est un malade présentant une symptomatologie respiratoire évocatrice
de psittacose et décrivant le mois qui précède la survenue des symptômes, une exposition
directe à des oiseaux, à leurs fientes ou à leurs plumes, quelle que soit l’espèce, dans un
cadre professionnel ou non.
Suivant les résultats biologiques, le cas suspect sera classé :
- certain (recherche directe positive, ou séroconversion ou augmentation de 4 fois le
titre des IgG avec ou sans IgM),
- probable (présence d’IgM ou un titre d’IgG ≥128)
- possible (un titre IgG ≤ 64 sans IgM, ou un lien épidémiologique avec un cas confirmé
en l’absence de prélèvement pour le cas).
Le tableau ci-dessous résume l’ensemble des données des cas des 6 dernières années
Classification
Cas certain
Cas probable
Cas possible
Total
2005
3
13
1
17
2006
4
3
4
11
2007
7
14
7
28
2008
25
6
6
37
2009
18
10
7
35
2010
3
3
1
7
total
60
49
26
135
Devant l'absence de données d'incidence de la psittacose en France et le peu de données
actuellement disponibles chez l'animal, la gravité potentielle de la maladie chez l'homme et
la persistance d'épisodes épidémiques dans des contextes professionnels avicoles divers,
une étude à la fois humaine et animale a été mise en place en 2008. Ses objectifs étaient :
- estimer l’incidence des cas de psittacose humaine hospitalisés, repérer les cas groupés et
décrire les expositions des cas.
- décrire les souches/génotypes présents sur le territoire et responsables de cas sévères ;
- décrire les caractéristiques des élevages en lien avec des cas graves humains
- améliorer les connaissances des souches/génotypes chez l’animal, évaluer le niveau
d’excrétion des animaux ;
- identifier les souches présentes chez les animaux en lien avec un cas humain ;
- élaborer une conduite à tenir face à un cas de psittacose chez l'homme, associant les
partenaires de la santé humaine et animale ;
- évaluer l’application des recommandations de protection chez les malades ;
23
- déterminer si un système de surveillance (médical et/ou vétérinaire) doit être mis en place
et sous quelle forme.
Cette étude prospective a été mise en œuvre dans les départements les plus concernés par
l'élevage avicole soit 15 départements répartis dans 5 régions : Bretagne (Ille-et-Vilaine,
Côtes d'Armor, Finistère, Morbihan), Pays-de-la-Loire (Loire-Atlantique, Mayenne, Sarthe,
Maine-et-Loire, Vendée), Poitou-Charentes (Deux-Sèvres), Aquitaine (Dordogne, Landes,
Pyrénées-Atlantiques) et Midi-Pyrénées (Gers, Hautes-Pyrénées).
Les inclusions se sont terminées fin 2009 et le rapport est dans sa phase finale. En voici les
principaux résultats.
Durant la période de l'étude, 115 cas suspects pour suspicion de psittacose ont été signalés
par les établissements participant au réseau : 68 (59%) en 2008 et 47 (41%) en 2009. Parmi
les 115 cas suspects investigués, 54 (47%) étaient classés psittacose dont 29 étaient une
psittacose confirmée, 8 une psittacose probable, et 17 une psittacose possible (figure1).
Parmi les 61 (63%) cas suspects non étiquetés psittacose, des diagnostics alternatifs étaient
posés pour 8 cas (7% des cas suspects) : 2 pneumopathies d'hypersensibilité (ou poumon
du fermier), 2 pneumopathies bactériennes communautaires, 1 pneumonie à mycoplasme, 1
fièvre Q, 1 reflux gastro-œsophagien et 1 pyélonéphrite. L'étiologie était restée indéterminée
pour les 53 cas suspects (46% des signalements).
La majorité des cas suspects (81 cas soit 70%) résidaient dans un département des Paysde-la-Loire : Vendée (37), Maine-et-Loire (21) et Loire-Atlantique (13) (tableau 3). Les cas
confirmés étaient plus nombreux en Vendée, Maine-et-Loire et Pyrénées-Atlantiques, les cas
probables en Vendée et Maine-et-Loire, et les cas possibles en Mayenne et en Vendée. Le
plus grand nombre de cas suspects dont le diagnostic était resté inconnu résidaient en
Vendée, Maine-et-Loire et Loire-Atlantique
Les expositions ont été documentées pour 90 cas : 47 expositions professionnelles et 57 non
professionnelles. Des investigations vétérinaires ont retrouvé la présence de C. psittaci dans
l’entourage de 6 cas confirmés ou probables. La présence d’une Chlamydiaceae distincte de
C. psittaci a été constatée dans l’entourage d’un cas non confirmé biologiquement. L’analyse
sérologique en western blot des serums du patient montre une réaction croisée avec toutes
les espèces de Chlamydia. Ce travail est en cours dans le laboratoire de l’Afssa.
24
Parmi les 115 cas suspects, 86 (75%) étaient des hommes. La répartition des sexes en
fonction de la catégorie de diagnostic était similaire.
La médiane des âges des cas suspects était de 50 ans (entre 17 et 81 ans). La répartition
par classes d'âge était similaire quel que soit le sexe et la majorité des cas suspects avaient
entre 40 et 59 ans (60 cas suspects soit 52% de la totalité des cas). La répartition des
classes d'âge en fonction de la catégorie de diagnostic était similaire.
Les services hospitaliers ayant signalés les cas suspects étaient le plus souvent des
services de pneumologie (48 cas, 42% : tableau 6). Cette répartition était similaire au cours
des deux années de l'étude. Les cas de psittacose confirmée étaient plus souvent
hospitalisés en réanimation que les autres cas (p=0,01). Parmi ces 20 cas hospitalisés en
réanimation, 17 (85%) présentaient une détresse respiratoire.
Tableau 6. Service d'hospitalisation par catégorie de diagnostic
Etude psittacose Ouest de la France 2008-2009
Service
Psittacose Psittacose Psittacose
Autre
Diagnostic Total
d'hospitalisation confirmée probable possible diagnostic inconnu
N (%)
Pneumologie
12
4
9
2
21
48 (42)
Réanimation
10
2
0
2
6
20 (17)
Médecine
2
1
2
3
11
19 (17)
Urgences
2
0
4
1
6
13 (11)
Infectiologie
3
1
2
0
5
11 (10)
Autre service
0
0
0
0
4
4 (3)
Le délai moyen entre les premiers symptômes et l'hospitalisation était de 7 jours (médiane 5
jours, étendue : 0 à 85 jours). Le délai était plus faible pour les psittacose confirmées et
possibles
Les signes cliniques les plus fréquents étaient la fièvre (94%), une pneumopathie (88%) et
de la toux (84%). Une détresse respiratoire était signalée pour 24% des cas suspects. La
toux était plus souvent absente chez les cas probables et possibles que chez les autres cas
(p=0.04).
Les autre signes cliniques signalés pouvaient être regroupés en signes généraux (altération
de l'état général, asthénie, anorexie, céphalées, courbatures : 49), signes digestifs (nausées,
vomissements, diarrhées, douleurs abdominales : 17), signes hépatiques (5), acouphènes
25
ou vertiges (5), signes neurologiques autres (2), signes cutanés (2). Une hématurie était
signalée pour 1 cas suspect et des adénopathies pour un autre cas.
Parmi les 112 cas pour lesquels l'évolution lors de la sortie de l'hôpital était indiquée, 102
cas (91%) étaient guéris et 8 (7%) avaient des séquelles.
Deux cas étaient décédés :
un homme de plus de 80 ans était décédé 6 jours après son hospitalisation pour une
pneumopathie sans fièvre, évoluant depuis 4 jours, compliquée d'une détresse
respiratoire et d'une défaillance cardiaque. L'étiologie de la pneumopathie n'a pu être
déterminée.
un homme de 27 ans était décédé 3 jours après avoir été hospitalisé avec une
détresse respiratoire débutant 5 jours après le début d'une pneumopathie fébrile non
traitée avant l'hospitalisation. Le diagnostic de psittacose a été confirmé par PCR.
Une recherche d'infection à C. psittaci a été réalisée pour 109 cas suspects. Les analyses
ont été réalisées au CNR des Chlamydiae sauf pour 3 cas suspects (1 au CHU d'Angers, 1
chez Biomnis et 1 dans un laboratoire dont l'identité est inconnue). Parmi les 6 cas suspects
qui n'ont pas eu de recherche d'infection à C. psittaci, 5 appartenaient à un cluster confirmé.
Au moins une PCR a été réalisée pour 93 (81%) cas suspects, 88 (95%) sur prélèvements
rhino-pharyngés et 5 sur liquide alvéolo-bronchique (LAB). Les PCR étaient positives pour
15 (16%) cas. Les prélèvements étaient réalisés entre 1 et 85 jours après le début des
signes (médiane à 8 jours). La proportion de PCR positives était significativement (p=0,05)
plus importante lorsque le prélèvement était réalisé dans un délai inférieur ou égal à 8 jours
après le début des signes cliniques (12 cas soit 23%) que lorsqu'il était réalisé après 8 jours
(3 cas soit 8%). Parmi les 5 prélèvements de LAB, la PCR d'un prélèvement réalisé 7 jours
après le début des signes était positive, les 4 autres, négatives, étaient réalisées sur des
prélèvements tardifs (11 jours ou plus après le début des signes cliniques).
Deux PCR ont été réalisées pour 3 cas suspects. Pour 2 d'entre eux, le prélèvement avait
lieu le même jour à 2 niveaux différents : expectoration et rhino-pharyngé pour l'un (seul le
prélèvement sur expectoration était positif) et LAB et rhinopharyngé pour l'autre, tous deux
négatifs. Le 3ème patient a eu deux prélèvements rhino-pharyngés successifs respectivement
2 jours et 51 jours après le début des signes ; tous deux étaient négatifs.
Parmi ces PCR, 8 cas avaient des prélèvements typables. Les profils MLVA ont été
déterminés : 7 profils étaient compatibles avec une souche habituellement retrouvée chez
les canards et 1 chez le pigeon.
Parmi les 115 cas suspects, 104 ont eu une sérologie (90%). Les IgM étaient positives pour
7 cas et le titre des IgG était supérieur ou égal à 32 pour 18 cas, supérieur ou égal à 128
pour 10 cas. Les IgM n'étaient jamais positives sur des prélèvements réalisés au-delà de 19
jours après le début des signes. En conclusion, après le premier prélèvement, les sérologies
étaient positives pour 13 cas, douteuses ou négatives pour 91 cas (dont 9 douteuses). Les
délais entre le début des signes cliniques et ces sérologies étaient disponibles pour 101 cas
et variaient entre 0 et 85 jours. Ce délai était inférieur ou égal à 8 jours pour 59 cas parmi
lesquels 5 (8.5%) étaient positifs.
Une deuxième sérologie était réalisée pour 45 cas dont 41 (45%) pour des cas ayant eu une
première sérologie négative ou douteuse. Les IgM étaient positives pour 15 cas, 5 cas
avaient une séroconvertion, 5 autres une augmentation de 4 fois du titre des IgG. Un cas
avait des IgG stables sans IgM et 3 restaient à interpréter soit avec un autre prélèvement soit
en fonction du contexte clinique et épidémiologique. En conclusion, après cette deuxième
sérologie, les sérologies étaient négatives pour 26 cas (58% des seconds prélèvements),
positives pour 15 cas (33%).
Deux cas ont eu une troisième sérologie à plus d'un mois du début des signes. Un des cas
restait négatif. L'autre était confirmé positif et les IgM étaient toujours positives à 41 jours du
début des signes.
26
Parmi les 67 cas pour lesquels une première sérologie était négative sans PCR ou avec une
PCR négative, 41 (61%) cas n'ont pas eu de deuxième sérologie.
Au total, 15 cas étaient confirmés par PCR et 14 par sérologies seules soit un total de 29.
Par ailleurs, parmi les 43 PCR réalisées sur des prélèvements effectués dans les 8 premiers
jours après le début de la symptomatologie clinique, la proportion de PCR positive était
significativement plus importante que la proportion de sérologie positives parmi les 59
sérologies réalisées sur des prélèvements réalisés dans le même délai (12 soit 23% versus
5 soit 9%, p=0,04).
Parmi les 12 cas ayant une PCR positive entre 1 et 12 jours après le début des symptômes
et ayant eu une sérologie, la 1ère sérologie était positive pour 2 cas dans ces mêmes délais
(figure 6). Parmi les 7 cas ayant eu une 1ère sérologie positive entre 3 et 19 jours après le
début des symptômes et ayant eu une PCR, cette PCR était positive pour 2 cas prélevés à
moins de 5 jours.
Les expositions des cas suspects ont été regroupées en expositions professionnelles et
expositions non professionnelles.
Une exposition non professionnelle a été identifiée pour 71 (63%) cas suspects et une
exposition professionnelle pour 57 (51%) cas suspects. Les 2 types d'expositions étaient
trouvées pour 16 (14%) cas suspects. Les psittacoses confirmées signalaient plus
d'expositions professionnelles que les autres catégories de diagnostic (69% versus 31%,
p=0,02) et moins d'expositions non professionnelles que les autres catégories de diagnostics
(48% versus 52%, p=0,05).
Quel que soit le type d'exposition, les cas suspects étaient exposés à des volailles pour 85
(74%) d'entre eux. Cette proportion était similaire quelle que soit la catégorie de diagnostic.
Les volailles auxquelles étaient exposés les cas suspects étaient le plus souvent des
canards (67 cas soit 79% des cas exposés à des volailles) ou à un moindre degré des
poule(t)s (42 cas soit 49% des cas exposés à des volailles). Les cas exposés à des canards
étaient plus souvent (p<0,01) des cas confirmés (24 cas soit 35% des cas exposés à des
canards).
Parmi les 57 cas suspects ayant eu une exposition professionnelle, la majorité (53%) des
cas suspects ont déclaré travailler dans l'agriculture ou en élevage, salariés ou non. Les cas
travaillaient le plus souvent (41%) en abattoir ou en élevage (38%). Les vêtements
spécifiques et les bottes étaient déclarées utilisées par quasiment tous les cas en abattoir.
Les gants étaient déclarés utilisés par environ 80% des cas suspects pour presque toutes
les activités. Les masques et les charlottes étaient déclarés utilisés pour environ 40% des
cas pour la plupart des activités sauf le masque pour le nettoyage et l'échaudage.
Hors abattoir, les activités le plus souvent citées par les cas suspects étaient le nettoyage
(25%), le chargement-déchargement (23%) et le ramassage (20%). Les mesures de
protection individuelle déclarées les plus utilisées étaient les vêtements spécifiques et les
bottes quelle que soit l'activité exercée. Les gants étaient déclarés utilisés par environ 50%
des cas suspects pour les activités de nettoyage, de chargement-déchargement, de
ramassage et de gavage. Les masques étaient peu déclarés utilisés pour le nettoyage, le
ramassage et le gavage et pas utilisés pour les autres activités et la charlotte uniquement
pour le nettoyage.
Des prélèvements animaux ont pu être réalisés pour 8 des 29 cas humains de psittacose
confirmée (28%) par PCR ou par sérologie. Tous ces cas humains confirmés pour lesquels
un prélèvement animal avait pu être réalisé avaient été en contact avec des animaux
excréteurs, pour 6 d'entre eux à des canards (dont 2 faiblement excréteurs), 1 cas à un
inséparable et 1 cas à un pigeon.
Les autres prélèvements animaux ont été réalisés pour 6 cas humains pour lesquels le
diagnostic de psittacose n'a pu être établi. Ces cas avaient été en contact pour 2 d'entre eux
avec des canards excréteurs (fortement excréteur pour l'un d'entre eux), pour 2 autres des
poule(t)s non excréteurs, pour 1 des poulets faiblement excréteurs. Pour le dernier cas, une
27
nouvelle souche de Chamydiaceae, non psittaci, a été identifié dans l'environnement des
poulets qui n'étaient plus dans l'élevage lors de l'investigation.
En conclusion, l’étude menée a comptabilisé un petit nombre de cas et peu de cas ont été
confirmés. La faible proportion (16%) de PCR positive est probablement en rapport avec des
prélèvements réalisés souvent plus de 8 jours après le début de signes cliniques car la
proportion de PCR positives était significativement plus importante lorsque le prélèvement
était réalisé dans un délai inférieur ou égal à 8 jours après le début des signes cliniques que
lorsqu'il était réalisé après 8 jours. La sérologie a permis de confirmer 14 autres cas. Mais il
faut souligner que presque 2/3 des cas suspects sans PCR ou avec une PCR négative et
pour qui une première sérologie était négative n'ont pas eu de deuxième sérologie. Un
deuxième prélèvement à distance du début des signes cliniques aurait peut être pu confirmer
d'autres cas. Ces résultats soulignent la difficulté à obtenir une confirmation de psittacose,
difficulté liée tantôt à des prélèvements réalisés trop tardivement pour qu'une PCR soit
encore positive ou à des prélèvements trop précoces pour qu'une sérologie soit concluante,
tantôt à l'absence d'un deuxième prélèvement sérologique.
Cependant il s’agissait parfois de cas graves. En effet, les cas de psittacose confirmée
étaient plus souvent hospitalisés en réanimation que les autres cas. Les hommes adultes
sont les plus concernés, exposés professionnellement à des canards plutôt qu’à des poulets
et n’utilisant pas de manière optimale les dispositifs de prévention individuels.
•
•
•
•
•
•
En Bref :
Une surveillance nationale spécifique de la psittacose (DO par exemple) ne semble pas
justifiée.
Une information en direction des médecins hospitaliers et de ville, ainsi que des
biologistes, devrait être envisagée. Elle pourrait viser :
la nécessité de penser à cette étiologie spécialement lorsque l'interrogatoire révèle la
présence d'une exposition soit à des volailles (en particulier les canards), notamment
en élevage et en abattoir, soit à des psittacidés entre autres lors d'exposition
d'oiseaux d'agrément,
les méthodes de diagnostic comprenant dès la 1ère consultation une recherche par
PCR sur un prélèvement peu invasif comme le prélèvement de gorge associée à une
sérologie. En cas de négativité de la PCR, une 2ème sérologie doit impérativement
être faite pour étudier la cinétique des anticorps et apporter un diagnostic de
certitude.
le rappel des traitements à mettre rapidement en œuvre,
la nécessite de signalement de tout évènement inhabituel ou de cas groupés à l'ARS.
Une information des médecins du travail sur les risques en abattoir et en élevage, les
mesures de protections individuelles et des bonnes pratiques d'élevage, les méthodes de
prévention collective et la nécessité pour les travailleurs de consulter rapidement un
médecin en cas de fièvre et de toux en signalant les expositions à des oiseaux.
L'information des éleveurs d'oiseaux ou amateurs d’oiseaux, sur les risques de
psittacose.
En cas de cas groupés, une investigation épidémiologique à la recherche d'une source
commune de contamination devrait être menée par les ARS avec le soutien
méthodologique des Cires. Cette investigation impliquerait les services vétérinaires pour
la traçabilité d'oiseaux excréteurs et de l'Afssa pour l'analyse d'éventuels prélèvements
animaux.
Enfin, des recherches sur la transmission, le portage et l'excrétion de la bactérie par les
oiseaux devraient se poursuivre avec pour but de déterminer les possibilités d'une
diminution du portage et de l'excrétion aviaire et donc limiter l'exposition à la bactérie des
personnes en contacts avec ses oiseaux. Ces recherches pourraient entrer dans les
programmes de l'Afssa et de l'Inra.
28
Ces mesures devraient permettre une amélioration du diagnostic de la maladie et de sa prise
en charge et à plus long terme une meilleure prévention et une meilleure connaissance des
conditions d'excrétion de la bactérie pour diminuer l'exposition des personnes.
3.1.4. Réseau de partenaires
La surveillance des infections à C. trachomatis n’est possible que grâce à des
collaborations :
- avec le CERBA et Biomnis.
- avec l’ensembles des laboratoires parisiens et de province qui participent au réseau
de surveillance des anorectites à C. trachomatis.
- avec un CIDDIST et un CDAG et des services hospitaliers tels que le CAUVA et un
centre de planification familiale et d’orthogénie
La surveillance de la psittacose s’est développée grâce à la mise en route de l’étude
descriptive dans l’Ouest et le Sud-ouest de la France sur l’initiative de l’InVS en
collaboration avec les Cires des régions Bretagne, Pays de Loire, Poitou-Charentes,
Aquitaine, Midi-Pyrénées.
3.1.5. Contribution à la surveillance nationale en interface avec l’InVS
Le CNR participe également au réseau de surveillance français des infections à C.
trachomatis et envoie ses données pour le réseau Rénachla sous la responsabilité
de Véronique Goulet
Le CNR signale toute suspicion de psittacose à l’InVS qui peut alors diligenter une
enquête si nécessaire. Depuis que ce dispositif est mis en place (mars 2005), 135
cas ont été signalés. Le signalement se fait par un fichier Excel transmis par mail dès
que le CNR détecte un cas. La définition des cas a été abordée plus haut.
3.1.6. Collaborations avec des réseaux ou partenaires nationaux dans les
domaines suivants : santé animale, alimentaire, environnement.
Il existe une collaboration étroite entre le CNR et le laboratoire vétérinaire de MaisonsAlfort dans le cadre de la surveillance de la psittacose. Le CNR envoie à Karine
Laroucau ses échantillons humains positifs à C. psittaci quand ils sont en lien avec un
élevage investigué. Une demande de laboratoire associé est faite dans le cadre du
renouvellement du CNR pour la période 2012-2017.
3.2. Surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux
-
En 2010, le CNR n’a pas fait de surveillance de la sensibilité aux antibiotiques des
souches de C. trachomatis. Dans les perspectives, il est prévu de tester d’une part
l’activité de la doxycycline et de l’azithromycine sur des souches de LGV isolées
depuis 2004, et d’autre part d’évaluer la sensibilité des souches de trachome isolées
avant et après traitement.
29
3.3. Détection et investigation des cas groupés et des phénomènes
anormaux
3.3.1. Investigation de cas groupés de psittacose
Dans le cadre de l’étude descriptive de la psittacose humaine dans le sud ouest et l’ouest de
la France, 2008-2009, dix clusters ont été identifiés concernant 36 cas suspects. Les clusters
comportaient le plus souvent 2 ou 3 malades. Un cluster concernait 10 cas (cluster 1 = 2
confirmés et 8 possibles), un autre 8 cas (cluster 2= 3 confirmés, 1 probable et 4 possibles)
suspects et un dernier 4 cas confirmés (cluster 3).
Le cluster 1, identifié en Pays-de-la-Loire, concernait 8 cas survenus entre août et
novembre 2008 dans un abattoir de canards. Ces 8 cas, tous des hommes entre 25 et 55
ans, avaient présenté une pneumopathie nécessitant hospitalisation et antibiothérapie suivie
d'une évolution favorable. Deux des cas ont été confirmé par PCR dont l'une a permis
d'établir que la C. psittaci présentait un profil de type canard. Le 3ème cas avait une sérologie
positive et était classé probable en l'absence d'un deuxième prélèvement.
Le cluster 2, identifié en Pays-de-la-Loire, concernait des participants à une "bourse
aux oiseaux" d'agrément en décembre 2008. Dix cas, 8 hommes et 2 femmes d'âge
échelonné de 45 ans à plus de 70 ans, ont été hospitalisés pour pneumopathie évoluant
favorablement sous antibiothérapie. La PCR était positive pour 2 cas, négative pour 1 cas.
La sérologie était négative pour 3 cas et aucun prélèvement ni sérologique ni pour PCR n'a
été réalisé pour les 5 autres cas. Deux cas étaient donc confirmés et 8 cas étaient possibles
du fait d'une exposition commune avec ces cas. Une investigation épidémiologique auprès
de tous les participants à cette bourse aux oiseaux a été réalisée et cette épidémie a été à
l'origine de recommandations pour ce type de manifestation et a été publiée (7).
Le cluster 3, identifié en Pays-de-la-Loire d'octobre à décembre 2009, concernait 3
hommes et 1 femme entre 45 et 65 ans, travaillant dans un couvoir. Tous 4 ont été
hospitalisés pour pneumopathies, ont guéri sous antibiothérapie. Ils ont été tous les 4
confirmés, 2 par séroconversion et 2 par une augmentation de 4 fois du taux des anti-corps,
les PCR étant négatives. Il n'y a pas eu d'investigation vétérinaire mais des prélèvements
réalisés en dehors de l'investigation de ce cluster par le laboratoire de l'Afssa ont identifiés
des C. psittaci dans un lot de canards mâles reproducteurs et des lots de cannes inséminées
avec des semences du lot de mâles positifs.
3.3.2. Découverte fortuite d’un cas de LGV rectale chez une femme.
Au cours de la surveillance de la LGV par typage systématique des échantillons rectaux
positifs à C. trachomatis, un échantillon féminin s’est révélé positif avec une souche L2
datant d’avril 2009 . Il s’agit d’une femme demeurant en Gironde, présentant des signes
cliniques sévères d’anorectite. Cette personne fréquente le milieu du libertinage et a 10 à 15
partenaires sexuels par mois, masculins et féminins. La contamination a eu lieu lors d’une
sodomie. Ce cas découvert chez une femme montre que cette maladie peut se transmettre
dans la population hétérosexuelle et montre la pertinence d’une surveillance rapprochée de
cette épidémie. Ce cas est en cours de publication dans Clinical Infectious Disease associé
à un cas danois décrit par Servaas Morré.
3.4. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier
européens
Le CNR collabore avec le réseau européen de surveillance des IST et a envoyé des
prélèvements rectaux positifs français et des souches de LGV françaises en Suède pour
30
typage et en Angleterre pour séquençage.
Une douzaine de souches de LGV isolées en France a fait l’objet d’une étude de typage
MLST en comparaison avec des souches isolées dans d’autres pays d’Europe et aux USA.
Ce travail montre la clonalité des souches et précise dons le caractère épidémique de cette
infection en Europe. Ce travail effectué sous la coordination de Björn Herrman à Stockholm a
été publié (5).
3.5. Enquête ou études ponctuelles concourant à la surveillance
L’étude « Féminist » intitulée « Etude de la prévalence des infections à Mycoplasma
genitalium
et à Chlamydia trachomatis chez les femmes infectées par le VIH-1
de la cohorte Aquitaine ANRS CO3 » dont le CHU de Bordeaux est promoteur, financée
pour une part par l’InVS, s’est poursuivi en 2010.
La prévalence des infections sexuellement transmissibles (IST) chez les patients VIH+ a été
évaluée dans de nombreuses études. Elle est généralement supérieure à celle de la
population séronégative concernant les différents agents infectieux. Quelques études de la
littérature ont évalué la fréquence des infections génitales à M. genitalium chez les hommes
VIH+, mais, à notre connaissance, aucune étude n’a analysé spécifiquement la prévalence
de l’infection à M. genitalium chez les femmes VIH+. De même, il n’y pas d’étude récente de
prévalence de l’infection à C. trachomatis chez les femmes VIH+.
L’objectif de cette étude est de préciser la prévalence du portage de M. genitalium et de C.
trachomatis chez les femmes VIH+ de la cohorte Aquitaine du GECSA, Groupe
d'Epidémiologie Clinique du SIDA en Aquitaine.
Il s’agit d’une étude prospective basée sur la réalisation d’auto-écouvillonnages vaginaux
chez les patientes VIH+ de la cohorte Aquitaine.
Cette étude est réalisée conjointement par les Services de Maladies Infectieuses du CHU de
Bordeaux, le Laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital Pellegrin, le CNR et l’ISPED, Institut
de Santé Publique et d'Epidémiologie Départementale, situés à l'Université Bordeaux 2. A ce
jour, 100 femmes ont été incluses. Aucun cas d’infection à C. trachomatis n’a été détecté et
5 cas sont positifs à M. genitalium. L’absence d’infection à C. trachomatis peut s’expliquer
par l’âge de la population étudiée dont la moyenne est de 40 ans [20-54 ans] avec
seulement 5 femmes de 25 ans ou moins.
4. Alerte
Aucun fait particulier n’a été à l’origine d’une alerte en provenance du CNR. Seule l’épidémie
de cas groupés de psittacose de la salle des Fêtes de Bonchamp a fait l’objet d’un rapport
auprès de l’InVS.
5. Activités d’information, de formation et de conseil
En 2010, Le CNR a participé à la formation continue des biologistes, des gynécologistes et
autres médecins travaillant sur les IST notamment ceux du CDGA/CIDIST.
B de Barbeyrac est invitée à faire des conférences au collège de gynécologie du Midi, et
d’Aquitaine, aux Médecins généralistes et participent à l’enseignement des Diplômes
universitaires des IST-VIH à Paris (Professeur Janier) , des Pathologies infectieuses de la
femme enceinte, du fœtus et du nouveau-né (Professeur Frydman) et au cours de
microbiologie de Pasteur
31
Nous recevons des biologistes qui viennent voir le mode de fonctionnement du laboratoire.
Le CNR ne dispose pas de secrétariat. B de Barbeyrac répond à toutes les demandes
téléphoniques, et à tous les courriers mail ou postaux.
B de Barbeyrac participe au groupe de travail de révision de la Nomenclature de biologie
présidé par le Professeur Christiane Bébéar. Elle a en charge l’organigramme du diagnostic
des infections à C. trachomatis et plus largement des IST.
6. Travaux de recherche en lien direct avec l’activité du CNR
Projets en cours :
-
Le typage des souches de C. trachomatis par une technique MLVA, sujet de thèse
d’Université d’Olivia Peuchant
-
Recherche de souches de sérovars L dans les prélèvements génitaux positifs, ceux
reçus du Cerba et ceux analysés dans notre laboratoire, de manière à surveiller la
dissémination éventuelle des souches de LGV dans la population hétérosexuelle.
-
Etude de la prévalence des infections à C. trachomatis, N. gonorrhoeae et M.
genitalium chez la femme enceinte (PHRC local).
7. Liste des publications et communications
7.1. Publications nationales
B. de Barbeyrac, M. Clerc, L. Imounga, F. obeniche, C. Le Roy, C. Bébéar. Le point sur
l’épidémiologie et le diagnostic des chlamydioses humaines en France. Revue Française des
Laboratoires, 2011, 429, 39-41
M. Clerc, A. Gallay, L. Imounga, C Le Roy, O. Peuchant, C. Bébéar, V. Goulet, B de
Barbeyrac. Evolution du nombre de LGV rectal et de rectites à Chlamydia trachomatis
souche non L en France au 31 décembre 2009. Bull Epidémiol Hebd, en cours
Emmanuel Belchior, Karine Laroucau, Bertille de Barbeyrac. La psittacose : évolution
actuelle, surveillance et investigations en france. Bull Epidemiol Hebd, 14 sept 2010, Hors
série. 12-15
7.2. Publications internationales
Belchior E, Barataud D, Ollivier R, Capek I, Laroucau K, de Barbeyrac de B, Hubert B.
Psittacosis outbreak after participation in a bird fair, Western France, December 2008.
Epidemiol Infect, 2011, 14, 1-5
Olivia Peuchant, Jean Philippe Duvert, Maïthé Clerc, Sophie Raherison, Cécile M.
Bébéar, Christiane Bébéar, Bertille de Barbeyrac Antibiotic effect on Chlamydia
trachomatis viability determined by real-time quantitative PCR. J Med Microbiol, 2011,
60, 508-14.
32
Linus Christerson, Henry J. C. de Vries, Bertille de Barbeyrac, Charlotte A. Gaydos, Birgit
Henrich, Steen Hoffmann, Julius Schachter, Johannes Thorvaldsen, Martí Vall-Mayans,
Markus Klint, Björn Herrmann and Servaas A. Morré. Typing of lymphogranuloma
venereum Chlamydia trachomatis strains.. Emerg Infect Dis, 2010, 16, 11, 1777-1779
Méchaï F, de Barbeyrac B, Aoun O, Mérens A, Imbert P, Rapp C. Doxycycline failure in
lymphogranuloma venereum. Sex Transm Infect. 2010 Aug;86(4):278-9
V. Goulet, B de Barbeyrac, S. Raherison, M. Prudhomme, C. Semaille, J. Warszawski,
for the CSF Team. Prevalence of C. trachomatis : results from the first national
population-based survey in France. Sex Transm Infect. 2010 Aug;86(4):263-270.
Dubois V, De Barbeyrac B, Rogues AM, Arpin C, Coulange L, Andre C, M'zali F,
Megraud F, Quentin C. CTX-M-producing Escherichia coli in a maternity ward: a likely
community importation and evidence of mother-to-neonate transmission.
J Antimicrob Chemother. 2010 Jul;65(7):1368-71.
Weill FX, Le Hello S, Clerc M, Scribans C, de Barbeyrac B. Serological reactivity and
bacterial genotypes in Chlamydia trachomatis urogenital infections in Guadeloupe,
French West Indies. Sex Transm Infect. 2010 Apr;86(2):101-5.
B de Barbeyrac, Benali L, Clerc M, Garapon S, Bébéar C, Gromb S. C. trachomatis
infection in children : do not forget perinatal acquisition: a case report of a 7-yeargirl
infected, presumed sexually assaulted. .J Forensic Leg Med, 2010, 17(2), 96-8.
Flexor G, Clarissou J, Gaillet M, de Barbeyrac B, Perronne C, de Truchis P
Genital lymphogranuloma venereum in an HIV-1 infected patient].
Ann Dermatol Venereol. 2010 Feb;137(2):117-20.
Béssède E, Renaudin H, Clerc M, de Barbeyrac B, Bébéar C, Pereyre S
Evaluation of the combination of the NucliSENS easyMAG and the EasyQ applications
for the detection of Mycoplasma pneumoniae and Chlamydia pneumoniae in respiratory
tract specimens..
Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2010 Feb;29(2):187-90.
.
7.3. Publications didactiques
B. de Barbeyrac. Chlamydia. in : P. Courvalin, R. Leclercq, L. B. Rice, (Eds). Antibiogram.
ESKA Publishing, ASM Press, 2010, 531-539.
B. de Barbeyrac. et le groupe REMIC. REMIC (Référentiel en Microbiologie médicale)
Version révisée : Chlamydia : Prélèvement, Biologie moléculaire, Sérologie 4e édition. 2010.
Société Française de Microbiologie.
7.4. Communications nationales et internationales
M. Clerc, O. Peuchant, T. Rasamiravaka, C. Bébéar, A. Gallay, B. de Barbeyrac
Lymphogranuloma venereum disease in France: : wher we are in 2010 and doesit spread in
the overall Chlamydia trachomatis population? Symposium on Human Chlamydial Infections.
Hof bei Salzburg, Austria, June 20-25, 2010
33
Bertille de Barbeyrac, Virginie Mehats, Maïthé Clerc, Chloé Le Roy, Cécile Bébéar.
Evaluation of the plateform cobas® 4800 CT/NG test for detecting Chlamydia trachomatis in
urogenital samples. ECCMID, Milan, 7-10 May, 2011
Chloé Le Roy1, Isabelle Le Hen2, Maïthé Clerc1, Véronique Arfel2, Françoise Normandin2,
Cécile Bébéar1, Bertille de Barbeyrac1 Performance of the Bio-Rad Dx CT/NG/MG Assay for
simultaneous detection of Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma
genitalium in urogenital samples.ECCMID, Milan, 7-10 May, 2011
7.5. Conférences sur invitations
B de Barbeyrac. Chlamydia and pregnancy. ESCMID Educational course. Infectious
Diseases in pregnant women, Fetuses and Newborns. Bertinoro, Italy, 7 october 2010.
B. Barbeyrac. Evaluation du Cobas 4800 CT/NG pour la détection de C. trachomatis.
Journées Internationales de Biologie, 3-5 novembre 2010.
B. de Barbeyrac. Evaluation of the Cobas 4800 CT/NG for the detection of C. trachomatis.
Symposium Roche. Rotkreuz, 10/11/2010
B. de Barbeyrac. Infection génitale, flore normale et pathologique : quelle prise en charge ?
Collège de Gynécologie d’Aquitaine. FMP : la journée des généralistes. Jeudi 25 mars 2010
34
Annexe 1
Abstract présenté en communication orale au 12th International Symposium on Human
Chlamydial Infections, June 20-25 2010, Salzburg, Autriche.
LYMPHOGRANULOMA VENEREUM DISEASE IN FRANCE: WHERE WE ARE IN
2010 AND DOES IT SPREAD IN THE OVERALL CHLAMYDIA TRACHOMATIS
INFECTED population?
M. Clerc1, O. Peuchant1, T. Rasamiravaka1, C. Bébéar1, A. Gallay2, B. de Barbeyrac1
1 – Laboratoire de Bactériologie EA 3671, Centre National de référence des Infections à
Chlamydia, Université Victor Segalen Bordeaux 2, Bordeaux, France
2- Institut de Veille Sanitaire, Saint-Maurice, France
Introduction
Lymphogranuloma venereum (LGV), that was originally confined to equatorial areas with
sporadic cases in Europe and North America has reemerged since 2003, starting in
Netherlands in men who have sex with men (MSM) (8). Over the following 6 years, additional
cases have been reported from many countries in Europe including France, North America
and Australia (9). The cases were described in MSM, many of whom were coinfected with
HIV, the majority having proctitis.
A retrospective study in 2002 and the prospective sentinel survey set up in France following
the European alert in January 2004 allowed us to determine the presence of LGV and nonLGV associated serovars in rectal Chlamydia trachomatis infection in MSM. The question
about the extent of the LGV in the wider population than that of MSM arised.
The aim of this survey was to follow the outbreak and to study the possible spread in the
overall C. trachomatis –infected population in France.
Materials and Methods
Study population
MSM population
French laboratories, of which three large laboratories in Paris, had to send every C.
trachomatis MSM samples to the National Reference Center for Chlamydia Infections (NRC)
in Bordeaux, France. A total of 1214 MSM samples, mainly rectal samples, positive for C.
trachomatis were collected from April 2002 to september 2009.
General population
A total of 3762 urogenital C. trachomatis-positive samples from the general population (1504
urethral or male urine specimens and 2139 vaginal, cervical or female urine specimens and
119 specimens from the upper genital tract) were collected in Bordeaux (744 between 20052009), Paris (716 between 2004-2005) and from the Pasteur Cerba laboratory, a central
French laboratory that received specimens from all over the country, as well as French West
Indies (2302 in 2007 and 2008).
Genotyping
Nucleic acid extracts were obtained from rectal and genital samples using the MagNA Pure
LC DNA isolation kit (Roche) according to the manufacturer’s instructions.
All the C. trachomatis-positive samples from the MSM population were genotyped by an
35
omp1 nested PCR-RFLP (10, 11). The omp1 gene was sequenced for 300 L2 samples to
identify the L2b variant (12).
The genital specimens from the general population were tested for the presence of LGV by a
specific genovar L Taqman real-time PCR (13) in a Light Cycler 480 (Roche Diagnostics). All
genital specimens from Bordeaux were genotyped by the omp1 nested PCR-RFLP.
Results – Discussion
MSM population
Among the 1214 MSM samples genotyped, 852 (70%) belonged to the L2 genotype, the 362
others (30%) were non-LGV genotypes and belonged to genotypes Da (36%), G (29%), J
(22%), E (7%) and F (6%). Most of the cases were located in Paris.
The number of LGV cases in MSM increased continuously since 2002. They were 22 cases
in 2002-2003, 102 cases in 2004, 117 in 2005, 140 in 2006, 170 in 2007, 174 in 2008 (Fig.1).
For 2009 they were 127 cases for the first nine months (data not shown). The samples from
2009 last three months are in progress. The increasing number of LGV cases in France
since 2004 suggested that either transmission of the infection among the community of MSM
was increasing or that clinicians and laboratories have improved their diagnosis.
Moreover, the MSM population infected by the L2 strain were significantly older (39 years
versus 33 years, p < 10-3), and more often HIV-infected (95% versus 72%, p < 10-3) than
the MSM population infected by non-LGV genotype strains.
200
Fig. 1: LGV evolution in France between 2002 and 2008
LGV : 852
180
Non LGV : 362
160
140
L2
120
non L
100
80
60
40
20
0
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
Sequencing of the omp1 gene demonstrated that all 300 L2-positive samples exhibited the
mutation 162 A/G which characterized the variant L2b described by Spaargaren (12).
Interestingly, in this MSM population, 21 C. trachomatis-positive samples other than rectal
samples, 11 bubo, 5 penile ulcerations, 3 urines, 1 urethral sample and 1 pharyngeal swab
were genotyped as L2 and sequenced as L2b. These observations confirmed the possible
extra-rectal localisation of this outbreak L2b strain (14).
Other genotype strains of C. trachomatis commonly cause rectal infections in MSM but the
genotype distribution is not the same between MSM rectal and men genital infections, as
shown in figure 2. Genotype Da is the most dominant in rectal infection in MSM while it is
genotype E in genital infection in men. Moreover, genotypes J and G are also more common
in MSM than in genital-infected men.
36
Fig 2: Serovar distribution in rectal samples of MSM
and urethral/urine specimens in men
40%
rectal MSM
30%
urethral/urine
20%
10%
0%
Da
G
J
E
F
General population
In the general population, no LGV strain was found out of the 3762 samples tested. We can
conclude that, in France, LGV remains essentially a rectal infection in MSM. The
heterosexual population was not infected even in French West Indies.
The surveillance has to continue because of the description of two LGV cases in
heterosexual couple in Bilbao (Spain)(15). However, it is worthwhile to notice that C.
trachomatis L2 but not L2b was detected in both partners.
Conclusion
In France, LGV remains a current event and the persistent transmission of LGV suggests a
slackening in the prevention of sexual behavioural at risk.
Acknowledgments: we thank Georges Kreplack, Patrice Sednaoui, Catherine Scieux
Sabine Trombert, for providing C. trachomatis-positive specimens from Paris and Cerba
laboratory.
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38
Annexe 2
Performance of the Bio-Rad Dx CT/NG/MG Assay for simultaneous detection of Chlamydia
trachomatis, Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma genitalium in urogenital samples.
Chloé Le Roy1, Isabelle Le Hen2, Maïthé Clerc1, Véronique Arfel2, Françoise Normandin2,
Cécile Bébéar1, Bertille de Barbeyrac1
1
Laboratoire de Bactériologie, EA 3671, Infections humaines à mycoplasmes et chlamydiae,
CNR des infections à chlamydiae, Université Victor Segalen Bordeaux 2, Bordeaux, France.
2
Maison Départementale de la Santé, 2 Rue du Moulin Rouge, 33200 Bordeaux, France.
Objectives: To investigate the performance of the Bio-Rad Dx CT/NG/MG Assay with an
internal control for the detection of Chlamydia trachomatis (CT) and Mycoplasma genitalium
(MG) in urogenital samples in comparison with the Roche Cobas TaqMan CT test and an inhouse TaqMan PCR test for MG. For Neisseria gonorrhoeae (NG), only positive PCR results
were controlled by culture.
Methods: In this prospective study, urogenital samples were obtained from symptomatic and
asymptomatic patients attending the STI center of Bordeaux, France, from January to April
2010. For symptomatic women and men, two endocervical swabs and two urethral swabs
were collected, respectively. All patients and women collected first-catch urines and two
vaginal swabs, respectively. Two swabs per site were used, a flocked swab in the universal
transport medium and the Bio-Rad flocked swab in its transport medium. For the Bio-Rad
CT/NG/MG assay, the DNA was manually extracted and amplified according to the
manufacturer’s instructions. For the comparator PCR tests, DNA was extracted using the
MagNa Pure LC instrument (Roche Diagnostics) and amplified with the Cobas TaqMan CT
48 assay (Roche Diagnostics) and with a MgPa-targeted PCR assay on an ABI Prism 7000
(Applied Biosystems) for MG. The patient was considered as infected if at least two of the 4
or 6 PCR tests performed according to the gender and characteristics of patients, were
positive. For asymptomatic men, in case of discrepancy, the urine sample was retested by both
methods and the patient was considered infected if at least two of the four PCR results were
positive for the considered microorganism.
Results: A total of 658 clinical specimens (259 male and 180 female urines, 191 vaginal, 21
cervix and 7 urethral swabs) from 453 patients were analyzed. The prevalence of CT and MG
infections was 7.7% (20/260) and 1.9% (5/260) in men and 10.3% (20/193) and 2% (4/193) in
women, respectively. The Bio-Rad Dx CT/NG/MG test sensitivity was 100% for CT and MG
in men and women. In male urines, the specificity was 99.6% for CT and 100% for MG. In
women, the specificity was 99.5% for swabs and 100% for urines for CT and MG. All 7 NGPCR positive samples were positive by culture. Patients were co-infected in 5/56 (9%) with
CT/MG in 3 cases and CT/NG in 2 cases.
Conclusion: The Bio-Rad Dx CT/NG/MG Assay was found to be very effective for the
simultaneous detection of CT, MG, and NG infections in urogenital specimens.
Keywords : C. trachomatis ; M. genitalium, real-time PCR.
39
Annexe 3
Evaluation of the plateform cobas® 4800 CT/NG test for detecting Chlamydia trachomatis in
urogenital samples
Bertille de Barbeyrac, Virginie Mehats, Maïthé Clerc, Chloé Le Roy, Cécile Bébéar.
Laboratoire de Bactériologie, EA 3671, Infections humaines à mycoplasmes et chlamydiae,
CNR des infections à chlamydiae, Université Victor Segalen Bordeaux 2, Bordeaux, France.
Objectives: To assess the performance of the Roche fully automated cobas® 4800 CT/NG
test for the detection of C. trachomatis (CT) infection in clinical specimens compared to the
current routine practice.
Methods: Consecutive clinical specimens sent to the Bacteriology department of the
Bordeaux University Hospital, Bordeaux, between July and September 2010 were included.
Results of the cobas® 4800 CT/NG test were compared with those obtained with the cobas®
TaqMan CT 48 assay (Roche). For the latter, DNA from 200 µl of urine or swab resuspended
in transport medium, (2SP or universal transport medium) was extracted on the MagNA Pure
using the DNA I isolation kit (Roche) and amplified on the TaqMan 48 automates. The
cobas® 4800 CT/NG performed DNA extraction from urine specimens prepared by adding
4.5 mL to 4.5 mL of cobas® PCR media, and from swabs discharged in 1.0 mL of the same
media. The cobas® 4800 system loaded extracted DNA, controls and amplification reagents
into 96-well amplification plates. Plates were then covered and placed into the cobas® z480
real-time PCR instrument. Retesting in both cobas® 4800 and TaqMan 48 assays was
performed to further investigate specimens providing discrepant results.
Results: A total of 708 clinical specimens (293 male urines and 415 swab specimens, of
which 356 self-collected vaginal swabs, 45 swabs from cervix and 14 swabs from male
urethra) were analyzed. The results were concordant in 98.5% of cases (697/708). Out of 708
samples, 50 provided positive results (17 men, 33 women). Three urine specimens and 8
vaginal swabs provided discrepant results. Out of 5 specimens providing positive results in
the reference CT assay, 4 were false-negative in the cobas® 4800 CT test. Out of 6 positive
results by the cobas® 4800 assay, five were false-positive. After discrepancy analysis, the
prevalence of the CT infection was 7.7% (55/708). The sensitivity and specificity of the
cobas® 4800 CT/NG test were 92.7% (urine specimens 94.1%, swab specimens 92.1%) and
99.2%, respectively. The 3 false-negative results in swabs could be explained by the
procedure not consistent with the manufacturer’s instructions. Indeed, swabs were not inserted
directly into the cobas® media vials.
Conclusion: The cobas® 4800 CT/NG test is suitable for high through-put identification of
the C. trachomatis infection.
Keywords: C. trachomatis , PCR, cobas®
Protocole de surveillance des ano-rectites à C. trachomatis.(pièce attachée)
40
41

Rapport d`activités annuel 2010 - CNR des infections à chlamydiae

Transcription

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