La recherche bibliographique et documentaire

La recherche bibliographique et documentaire
sur l’internet
pour l’action en santé
Georges Borgès Da Silva
Paris, Avril 2011
Sommaire
La recherche bibliographique et documentaire sur l’internet
pour l’action en santé
Georges Borgès Da Silva1
Avant propos
Les opérateurs booléens
Les traducteurs du Web
Les recherches bibliographiques sur Medline® : le MeSH
Les traducteurs du MeSH
Recherche bibliographique sur Pubmed®
Les revues scientifiques proposant des articles en texte intégral.
Les bases bibliographiques et documentaires en économie de la santé.
Messages aux participants à nos stages
1) Ce document constitue une mise à jour d’une partie de mon ouvrage « l’utilisation des
ressources de l’internet pour la médecine et la santé publique », publié en avril 2000.
Le texte intégral de l’ouvrage est disponible à cette adresse :
http://www.ameli.fr/l-assurance-maladie/statistiques-et-publications/la-revue-pratiques-etorganisation-des-soins/les-articles-de-la-revue/revue-medicale-de-l-assurance-maladie-2000n-2/sommaire-du-numero-2-2000.php
2) Suite à vos recherches bibliographiques, vous souhaiterez vous procurer les articles
scientifiques dont vous avez besoin. Il existe différentes possibilités d’obtenir de nombreux
articles en texte intégral dans nos institutions. Renseignez vous auprès de votre service de
documentation.
Si vous ne disposez pas de facilités d’accès aux textes intégraux des articles, il vous est
possible de faire des recherches limitées aux articles en accès libre qui sont de plus en plus
nombreux, notamment en anglais.
3) L’internet change tous les jours, les sites se modifient, leurs adresses sont volatiles. Ce
document a donc une durée de validité limitée.
La plupart des ressources de l’internet citées dans ce document sont référencées dans le
portail des sites de santé publique de l’association Anasys2 (http://www.anasys.org). Les
adresses y sont classées en ordre logique et mises à jour. L’usage du portail d’Anasys permet
de ne pas avoir d’adresse à retenir. Quand une adresse n’est plus valide, dans l’intérêt de la
collectivité, il appartient à tout utilisateur de signaler le changement.
1
[email protected] et [email protected]
Anasys : Association nationale des praticiens-conseils pour la promotion de l'analyse du système de santé.
Association scientifique affiliée à la Société française de santé publique (SFSP).
2
Avant-propos
Aujourd'hui, le professionnel venant dans nos stages parle, écrit, consulte,
dialogue et imagine. Ses outils de travail sont un ordinateur, un téléphone et de
la documentation. Son activité se dématérialise. Elle consiste en discussion,
rédaction, transmission d'informations. Il travaille dans le domaine de la
connaissance.
Ce que nous entendons par "connaissance" est de l'information finalisée et
contextualisée pour servir à l'action (J Pomian et C Roche). Celle-ci fait partie
du capital du service où il travaille et où elle se produit au quotidien. Le vrai
capital de nos institutions n’est pas les murs ou le mobilier. Cette connaissance
partagée que nous portons en nous constitue la vraie valeur de nos institutions,
et de nos services. Notre production de connaissances fait de nous des
sentinelles aux confins du savoir. Elle permet aux décideurs de disposer des
informations nécessaires au pilotage du système de santé et d’agir pour en
optimiser la performance.
Le savoir professionnel est un socle de connaissance. Seul ou en équipe, chacun
participe à le construire par son activité, ses doutes, ses recherches et ses
résultats. C’est de ce socle que s’érigent les connaissances nouvelles.
Le professionnel ne peut réaliser de travaux sans tenir compte du savoir acquis :
vouloir construire hors de ce socle serait élever un monument d’illusion sur un
piédestal de vanité.
Le partage des connaissances entre tous les professionnels travaillant dans le
même domaine est indispensable à la progression du savoir. Un professionnel
isolé ne peut envisager de refaire tout le parcours de la connaissance acquise par
sa profession, en retombant dans les mêmes embûches, avant de redécouvrir le
bon chemin. L’absence d’échanges interprofessionnels expose au renouvellement
des défauts évitables si les expériences précédentes avaient été décrites.
Le partage de l’expérience collective, validée par les pairs, permet de faire
passer le déterminant de la pratique professionnelle, de l’opinion vers les faits.
Pour construire ensemble une mémoire collective partagée, les professionnels se
sont donnés des outils de communication et d’échange. Les congrès et les revues
remplissent un rôle de cristallisateurs du savoir.
Les bases de données bibliographiques sont les dépositaires de la connaissance la
plus actuelle. Elles en deviennent progressivement les diffuseurs.
Participer à la construction de la connaissance humaine est une nécessité
professionnelle. Pour cela, il convient de maîtriser les méthodes de requêtes sur
les bases où cette connaissance est archivée.
L'objectif de nos stages est de développer chez nos stagiaires leur capacité à
gérer leur connaissance, sur l'internet, avec une efficacité opérationnelle. C'est
à dire :
- Savoir rechercher : rechercher des données utiles, installer des veilles
stratégiques automatisées, réaliser des veilles technologiques.
- Savoir trier : sélectionner la connaissance opérationnelle.
- Savoir s'approprier et faire partager : valoriser la connaissance pour la
mettre au service de la production.
S'approprier c'est aussi changer, évoluer.
3
Les opérateurs booléens sur les moteurs de recherche
Sur les moteurs de recherche comme sur les bases de données bibliographiques, le moindre
mot-clé rapporte des milliers de documents ou d'articles. Il est donc impossible de trouver
l’information la plus pertinente car elle est noyée dans un océan d’informations inutiles. On
appelle ça « le bruit » par opposition au « silence » d’une requête qui ne rapporte rien quand
le mot-clé n’est pas adéquat.
Nous devons donc préciser notre requête.
Si nous inscrivons plusieurs mots-clés séparés par un espace, le moteur de recherche
rapportera, le plus souvent, les articles contenant chacun des mots-clés.
Par exemple, pour fracture fémur, le moteur va rapporter tous les articles contenant le mot
« fracture » (il y en a beaucoup !) et tous ceux contenant le mot « fémur » !
Nous verrons plus loin que chaque espace entre les mots est souvent interprété comme un
opérateur « AND » qui signifie "et" (l'un et l'autre mot).
Les moteurs de recherche ne comprennent pas la syntaxe des phrases que nous utilisons.
Quand nous devons procéder à une requête ciblée, il est nécessaire d’employer une syntaxe
accessible au matériel informatique : les équations booléennes.
Il s’agit d’un langage rudimentaire associant nos mots-clés et des opérateurs logiques, souvent
en anglais.
Les plus employés de ces opérateurs sont : AND, OR, NOT (ou AND NOT).
Certains sites francophones remplaceront ces opérateurs par : ET, OU, SAUF
Sur la Banque de données de santé publique (version 2010 actuellement en test :
http://test.bdsp.ehesp.fr/), les opérateurs sont acceptés dans les deux langues.
Certains moteurs n’acceptent qu’un nombre réduit de type d’opérateurs. Il faudra vérifier,
dans les pages d'aide, les modalités adaptées.
Bien que la casse des opérateurs, préconisée par les moteurs de recherche, ne soit pas
identique, nous ferons le choix d’essayer d’abord de mettre les opérateurs en majuscule (et les
mots-clés en minuscule). C'est cette syntaxe qui est utilisée par la fenêtre de requête de
PubMed (Medline).
Il faut savoir que certains moteurs ne disposent pas de toutes les fonctions booléennes
décrites.
Voici la signification générale de différents opérateurs :
AND (ou +) : les mots-clés unis par AND doivent obligatoirement, tous les deux,
figurer dans la page recherchée.
OR : les pages doivent contenir l’un ou l’autre des mots-clés (ou bien les deux).
NOT ou de préférence AND NOT (ou -) : le mot qui suit est obligatoirement absent des
pages recherchées.
NEAR : les deux mots-clés sont proches (c’est une garantie de relation entre eux). Par
exemple : hanche NEAR fracture, fournit les fractures de la hanche.
ADJ : les deux mots-clés sont à deux mots ou moins, l’un de l’autre.
* : remplace une chaîne de caractères manquant (informati* = information,
informatique, etc).
Les terminaisons n’étant pas identiques en français et en anglais, l’opérateur * peut
servir à effectuer une recherche simultanée dans les deux langues (scan* trouvera toutes
les occurrences de scanner et scanning).
? : remplace un caractère manquant (psycholog?e = psychologue, psychologie)
L’utilisation de parenthèses permet de regrouper des phases de traitement de la recherche.
Dans l’exemple suivant, nous recherchons les pages parlant de la schizophrénie et du
traitement par psychotropes ou neuroleptiques. Nous excluons les pages qui traitent de la
forme borderline de la schizophrénie :
(psychotrope OR neuroleptique) AND schizophrenie AND NOT borderline
La syntaxe ci-dessus peut être essayée sur le site de la BDSP.
Voici d'autres combinaisons possibles d’opérateurs :
low back pain
low back pain OR sciatica
(low back pain OR sciatica) AND guideline
(low back pain OR sciatica) AND NOT guideline
Sur leur moteur de recherche, les éditions Masson ont proposé cet exemple, pour rechercher
les documents écrits par les Professeurs Dupont et Jones traitant de fracture :
professeur AND (Dupont NEAR Jones) AND ((Dupont OR Jones) NEAR fracture).
Pour ceux qui préfèrent une explication visuelle, le CHU de Rouen image ainsi l’usage des
opérateurs booléens (figure 1).
5
Figure 1 : L’usage des opérateurs booléens
dans les pages d’aide du CISMEF-CHU de Rouen (cette page n’est plus en ligne)
Sur PubMed (Medline), vous disposerez d'interfaces graphiques qui vous guideront dans la
sélection des opérateurs booléens, dans l'utilisation de la syntaxe acceptée par le moteur de
recherche et dans l'élaboration de vos équations de recherche.
Depuis 2006, un moteur spécialisé en santé, créé par L’Assurance maladie, vous permet des
recherches ciblées, en allant sur l’option « recherche avancée » :
http://www.recherchesante.fr
6
Les traducteurs du Web
Les données des plus importantes bases bibliographiques - et notamment Medline® - sont en
langue anglaise.
Pour faciliter l'utilisation de ces bases, vous pouvez faire appel à des sites-traducteurs. Leur
utilisation est gratuite. Vous les trouverez dans le portail d’Anasys, à la rubrique Les outils de
traduction.
Les logiciels de traduction ne sont pas très performants en terme de qualité linguistique. Ils
sont à peine plus efficaces qu’une traduction mot-à-mot. Mais ils ont l’avantage d’être
d’utilisation facile et d’une surprenante rapidité.
Nous utilisons l’outil linguistique de Google, car sa fenêtre de traduction n’est pas
(actuellement) limitée en nombre de mots à traduire :
http://www.google.com/language_tools?hl=fr
Le traducteur de Bing est d’une performance équivalente :
http://www.microsofttranslator.com/?ref=SALL&br=ro
Le mode de fonctionnement est le suivant :
− vous faites un copier-coller de votre texte dans la fenêtre du traducteur, vous
choisissez la langue de départ et la langue d’arrivée et vous appuyez sur la touche de
traduction.
Vous pouvez aussi entrer directement, au clavier, le texte à traduire.
− le deuxième mode de traduction (sur Google) permet de copier-coller une URL et
d’obtenir la page Web traduite avec conservation de toute sa présentation.
Même si leur performance est discutable, ces traducteurs suppriment réellement la barrière de
la langue lors de la navigation sur le Web !
Cependant, ces traducteurs ne sont pas efficaces pour traduire :
-
une page issue de certaines requêtes (requêtes issues des bases de données). Le
résultat affiché sur votre écran peut être volatil et sans existence physique : le
serveur ne le retrouve pas pour le traduire.
-
les mots-clés du MeSH car la traduction est conventionnelle.
Les recherches bibliographiques sur Medline® : Le MeSH
L’accès gratuit à la meilleure base mondiale de données de santé a été décidé par le viceprésident des Etats-Unis Al Gore le 26 juin 1997.
Il faut savoir que l’entrée sur Medline® la plus utilisée est celle de PubMed®, car plus
performante.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Medline® (nom dérivé de Medlars: Medical Litterature Analysis and Retrieval System) est la
base de données bibliographiques la plus fréquemment interrogée.
Cette base de données est proposée par la National Library of Medicine aux Etats-Unis.
Environ dix neuf millions d’articles parus dans 6 000 revues médicales ou scientifiques y sont
indexés depuis 1966 (dont 86 revues éditées en France). Une mise en ligne d'archive
antérieure à 1966 et en cours.
Environ deux tiers des articles ont un résumé disponible.
A partir du résumé, certaines revues permettent un accès au texte intégral. Ce qui ne veut pas
dire que cet accès soit libre (gratuit). Le plus souvent, il faut être abonné à l'édition sur papier
pour bénéficier du code d'accès au texte intégral de l'article.
Des revues, de plus en plus nombreuses permettent un accès gratuit au texte intégral. Ces
revues sont parfois indexées dans la base de PubMed Central. Ces revues se sont engagées à
fournir l'accès gratuit au texte intégral, au plus tard six mois après la publication de l'article.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Pour pouvoir classer ces millions d’articles, Medline® emploie un thésaurus d’environ 32 000
mots-clés particuliers.
Ils sont organisés en arborescence. L’ensemble forme le MeSH (Medical Subject Heading).
Le MeSH s’est imposé comme le thésaurus des classements de documentations médicales sur
le Web. Le CHU de Rouen l’utilise aussi pour constituer une base de données de ressources
du Web médical francophone.
Pour être pertinente, les recherches sur Medline nécessitent l’utilisation de ces mots-clés
spécifiques du MeSH.
Par exemple, une recherche sur la mucoviscidose ne doit pas se faire avec la traduction
littérale mucoviscidosis mais avec le mot-clé correspondant du MeSH : cystic fibrosis. De
même, infection nosocomiale sera cross infection. Nous voyons donc qu'un simple traducteur
ne donne pas, à coup sûr, la bonne traduction du mot-clé nécessaire à sa recherche.
Pour faire le bon choix, il faut consulter les versions électroniques disponibles sur différents
sites.
L’INSERM, chargée de la traduction en français, fournit l’ensemble des arborescences des
termes du MeSH en anglais et en français sur son site :
http://ist.inserm.fr/Static/mesh/html/mesh.html
Ce site permet la traduction automatique des mots-clés et fournit le mot-clé du MeSH le plus
proche de sa proposition.
La fondation HON (Health on the Net) rend le même service sur son site :
http://www.hon.ch/HONsearch/Pro/honselect_f.html
Sur le portail d'Anasys, ces adresses se trouvent à la rubrique « Les bases de données
bibliographiques ».
9
Les traducteurs du MeSH
Chaque thème de recherche correspond à un mot-clé inscrit dans l’arborescence du MeSH.
Lors d’une recherche bibliographique, il est impossible de traduire son thème de recherche à
partir d’un lexique courant. Il est nécessaire d’utiliser un outil spécialisé dans la traduction
du MeSH.
Nous vous proposons d’en découvrir deux : celui du réseau DIC-DOC de l’INSERM et celui
de la fondation Health on the Net..
Sur le portail d’Anasys, vous les trouverez à la rubrique outils de traduction.
Réseau DIC-DOC de l’INSERM
Ce traducteur de l’INSERM se trouve à l’URL suivante :
http://ist.inserm.fr/Static/mesh/html/mesh.html
En allant sur la version de l’année, vous aurez accès à la navigation dans l’arborescence du
MeSH. Nous vous conseillons, particulièrement en santé publique, de regarder l’arborescence
N-Santé.
Fondation Health on the Net (HON)
Cette fondation suisse dispose d’un site moteur de recherche spécialisé dans la médecine :
http://www.hon.ch/MedHunt/MedHunt_f.html
Elle dispose d’un traducteur du MeSH très performant sur l’URL :
http://www.hon.ch/HONsearch/Pro/honselect_f.html
C'est ce traducteur que nous utilisons le plus souvent.
On peut rechercher l’existence d’un mot en l'écrivant dans la fenêtre de requête.
On peut aussi le rechercher, de proche en proche, sur l’arborescence, où se situe le thème de
notre recherche. Pour cela, sur le portail d’Anasys, il faut cliquer sur « parcourir » et ainsi se
rendre à la page du navigateur du MeSH : http://debussy.hon.ch/cgi-bin/HONselect
10
Figure 2. Les grandes branches de l’arborescence du MESH sur le site de Health On the Net
La traduction (ou plutôt le transfert sur la page équivalente de la version américaine) s’obtient
à tout moment de la recherche dans l’arborescence, en cliquant, en haut de la page, sur le petit
rectangle partagé entre le drapeau anglais et le drapeau américain.
En fin de recherche, le site nous propose de lancer une requête sur PubMed avec le terme
MeSH que nous avons choisi, ou bien de lancer cette requête sur le moteur MedHunt à la
recherche de pages de sites Web, en anglais ou en français.
La requête sur PubMed se lance en cliquant sur tous les articles récents. On remarquera
qu’elle limite la recherche aux articles an français, ce qui est rarement notre objectif. Nous
verrons plus loin que ce mode de recherche manque de précision. Elle devra donc être
précisée manuellement, directement sur PubMed. La méthode à employer sera décrite plus
avant.
Il est possible d’utiliser des filtres pour limiter sa recherche à une thématique précise :
thérapie, diagnostic, étiologie, pronostic. On peut aussi orienter sa recherche d’articles de
manière spécifique (moins d’articles) ou sensible (plus d’articles).
11
Recherche bibliographique sur PubMed®
Les multiples outils de PubMed
Le site de PubMed se trouve à l’URL :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
PubMed est indexé sur le portail d’Anasys à la rubrique : Les bases de données
bibliographiques.
Il est possible de chercher un terme MeSH en cliquant à droite sur MeSH Database et en
inscrivant votre thème de recherche dans la fenêtre qui vous est proposée (nous y reviendrons
plus loin).
Pour visualiser l’arborescence complète du MeSH, sur la fenêtre MeSH Database, cliquez sur
MeSH , puis encore sur MeSH browser (dans le texte).
Là vous appuyez sur Navigate to tree top pour accéder à l’arborescence du MeSH.
Il est possible de rechercher les références et abréviations du nom d’une revue.
Pour cela, sur la page d’accueil de PubMed , à droite, cliquez sur Journal Database en
indiquant un des mots du nom de la revue. Attention, si le mot comporte un article et une
apostrophe, il faut le mentionner avec l'article. Par exemple pour la RESP il faut marquer
"d'epidemiologie" et non "epidemiologie" seul.
Single Citation Matcher permet de rechercher une référence bibliographique précise ou
bien d’en vérifier le libellé. Il suffit d’incrémenter un champ (revue, volume, numéro, etc.)
pour pouvoir lancer la recherche.
La rubrique Clinical Queries sera utile à ceux qui s’intéressent à l’Evidence-Based Medicine
(médecine fondée sur les données probantes). La recherche par filtres propose les choix :
thérapeutique ou diagnostique ou étiologique ou pronostique et sensitivité ou spécificité.
13
Ces filtres sont censés fonctionner avec une orientation Evidence-based medicine (EBM).
Donc le traitement oriente vers les essais cliniques contrôlés, le diagnostic vers les études de
sensibilité ou de spécificité, l’étiologie vers les études de cohortes et de cas-témoins, le
pronostic vers les études de cohortes.
Les modes de recherche bibliographique
Il existe trois modes de recherche usuels :
- par le MeSH Database
- par la recherche directe sur la fenêtre de requête
- par la recherche avancée (advanced search).
Les équations de recherche peuvent être affinées par des choix dans l’interface limits.
Ces trois modes peuvent être associés pour une seule équation de recherche.
La rédaction directe d’une équation booléenne est un mode de recherche rarement usité car les
interfaces graphiques sont très pratiques pour les faire écrire par le système.
A tout moment de la rédaction de votre équation de recherche, vous pouvez vous faire aider
dans la recherche du mot-clé pertinent en allant sur un site traducteur (par exemple celui de
Health on the Net).
Il est possible d’associer plusieurs requêtes déjà réalisées séparément grâce aux instructions
que vous trouverez dans l’Advanced search, au niveau Search History.
Ecrire une équation de recherche avec le MeSH data base et l’interface Limits
Exemple 1 : Nous voulons recueillir les articles, avec résumé disponible en ligne, parus
depuis 2000, sur l’utilisation du Béclométasone dans le traitement de l’asthme.
A partir de la page d’accueil de PubMed, nous cliquons sur le lien vers le MeSH Database.
Sur la fenêtre de requête du MeSH Database, nous inscrivons : béclométazone.
14
Si vous avez mis un accent, votre mot pourrait être refusé sans autre recours.
Là notre mot est refusé mais on nous propose le mot-clé du MeSH. Celui-ci comporte un
« th ». Ainsi nous avons été aiguillé vers le mot-clé adéquat.
Parfois, le système refuse les lettres accentuées. Dans ce cas, refaites la requête sans accents.
Dans le cas où nous y serions pas arrivé directement, en cliquant, à nouveau sur le terme
Beclomethasone, nous arrivons sur une page comportant une liste de qualificatif du mot-clé
(les subheading).
En bas de page, sous All MeSH Categories, nous trouvons différentes arborescences
comportant notre mot-clé.
Sur toutes les arborescences, nous constatons que notre mot-clé constitue une terminaison de
branche.
15
Cette page permet de réaliser des choix d'options importantes pour la réalisation de notre
requête :
- Le choix d’un subheading, c’est à dire d’une subdivision particulière (un
qualificatif) qui orientera notre recherche sur un axe précis.
- La limitation de notre recherche aux articles pour lesquels notre mot-clé est
leur sujet majeur (Major Topic)
- Le choix de ne pas exploser le terme. Nous y reviendrons plus loin.
Dans le cas présent, nous cliquons sur therapeutic use et sur Major Topic.
A présent, revenons vers le haut de la page.
16
Dans le menu déroulant Add to search builder, nous choisissons d'associer notre mot clé à
l'opérateur bouléens AND. Nous aurions pu faire le choix d’un autre opérateur booléen (OR
ou NOT), selon notre stratégie de recherche.
Ce choix d’un opérateur booléen permet de débuter l'écriture de notre équation de recherche.
17
Ainsi, nous voyons le début de notre équation s'inscrire en dessous de la fenêtre de recherche
du MeSH Database.
Poursuivons la rédaction de notre équation. Par un nouveau cycle dans le MeSH Database
identique au premier, avec un nouveau mot-clé.
Nous inscrivons asthma dans la fenêtre de requête du MeSH Database et nous cliquons sur
Go.
Il s’agit d’un terme MeSH. Il nous est donc proposé avec une définition.
On nous propose de choisir entre asthme, asthme d'effort et dyspnée paroxystique.
Nous pourrions nous en arrêter là et, comme dans la figure ci-dessous, cocher la case située
devant asthma et envoyer ce terme dans l'équation de recherche, accompagné d'un opérateur
bouléen AND.
Nous préférons améliorer la pertinence de notre requête en utilisant les qualificatifs
disponibles. Nous cliquons sur le mot asthma. Ainsi nous arrivons sur la page des choix
d'options. Nous choisissons therapy et Do not include MeSH terms found below this term in
the MeSH hierarchy.
Cette dernière option nous permet de cibler notre recherche sur des articles traitant de
l'asthme, en général, et en éliminant les articles en rapport avec les mots-clés inférieurs dans
l'arborescence du MeSH (en l'occurrence asthme d'effort et status asthmatique).
Nous choisissons l’opérateur booléen AND pour ajouter cette nouvelle phase à l’équation que
nous avions déjà débutée.
Notre équation est prête. Nous lançons la recherche sur PubMed en cliquant sur PubMed
Search.
Nous obtenons un certain nombre d’articles.
Pour limiter notre recherche aux articles parus depuis 1990, nous cliquons sur Limits.
Cette interface nous propose différents filtres. Nous en verrons certains plus loin.
Dans le menu Published in the Last: nous choisissons Specify date range.
Nous écrivons « 1990 » dans la fenêtre qui vient de s’ouvrir.
Nous cochons Humans et Abstracts.
18
Ainsi nous obtenons en résultat, une réduction du nombre d’articles par rapport à la phase
précédente.
Exemple 2 : Nous voulons recueillir les articles en rapport avec la modélisation statistique
de la projection de la charge des affections de longue durée (ALD).
Nous allons sur le MeSH database débuter l’équation de requête. Les ALD sont des maladies
chroniques. Nous écrivons chronic disease.
Ce terme est accepté comme étant un terme du MeSH.
Nous souhaitons que les maladies chroniques soient l’un des sujets majeurs des articles que
nous trouverons.
Les articles vont certainement tenir compte de la démographie. Nous écrivons demography.
Ce terme est aussi accepté.
La charge est en rapport avec les questions d’économie de la santé. Nous inscrivons
economics. Il s’agit bien d’un mot du MeSH.
Cependant, nous relevons sur l’arborescence du MeSH le terme Health Care Economics and
Organizations, placé au-dessus. Nous choisissons de prendre ce dernier mot pour mieux
préciser notre requête.
Enfin, en écrivant model sur la fenêtre de requête du MeSH, on nous propose Models,
Statistical qui nous convient.
19
Ainsi, nous n’avons plus qu’à cliquer sur Search PubMed pour trouver quelques dizaines
d’articles correspondant à notre requête.
Utiliser le traducteur de Health on the net
Exemple 3 : Nous voulons recueillir les articles parus dans les dix dernières années sur le
traitement de la cataracte en chirurgie ambulatoire.
Admettons que nous ne connaissons pas le terme MeSH correspondant à la chirurgie
ambulatoire. Nous pourrions noter ambulatory dans le MeSH Database et le trouver en
tâtonnant.
Nous choisissons de chercher le terme adéquat sur le site traducteur du MeSH de Health on
the net.
Là nous écrivons « chirurgie ambulatoire » dans la fenêtre de recherche, avec le choix du
MSH français.
On nous propose « intervention en chirurgie ambulatoire ». Nous poursuivons.
On nous propose ce terme dans l’arborescence des « équipements et techniques analytiques,
diagnostic et thérapeutiques ». La traduction donne : Ambulatory surgical procedures.
Nous faisons la même recherche pour cataracte. On nous propose cataracte (maladie) ou
extraction de la cataracte. Nous choisissons la deuxième occurrence. Elle se traduit par
cataract extraction.
Pour écrire l’équation de requête sur PubMed, nous pouvons soit l’écrire directement, soit
utiliser le MeSH Database qui inscrira automatiquement les qualificatifs que nous souhaitons
associer à ces termes.
Nous considérerons cataract extraction comme étant le sujet majeur (major topic).
L’équation utilisée le 17 avril 2010 est la suivante :
"Ambulatory Surgical Procedures"[Mesh] AND "Cataract Extraction"[Majr] AND
(hasabstract[text] AND "2000/04/20"[PDat] : "2010/04/17"[PDat])
Les filtres concernant les résumés (abstracts) et les dates (de 2000 à 2010) ont été ajoutés par
l’interface Limits, suite à nos choix.
20
L’utilisation de l’interface Limits
PubMed admet le langage naturel. Mais ce mode d’interrogation de la base est moins
performant que l’emploi de termes MeSH.
Avant de se lancer dans une requête, il faut avoir bien ciblé ses objectifs et ses besoins.
Des connaissances minimales en médecine et en épidémiologie sont nécessaires pour une
recherche pertinente.
Exemple 4 : Nous voulons étudier l’état des connaissances sur le cancer bronchique. Ceci
pour mener une action de modification des pratiques de diagnostic de cette affection.
Pour une première approche, nous indiquons « cancer du poumon » (lung cancer) dans la
fenêtre de requête de la page d’accueil.
Cette requête rapporte 183 416 articles. Il nous faut admettre dès maintenant que nous ne
pourrons pas les étudier pour choisir les plus pertinents !
A noter que nous avons aussi dans les résultats deux articles d’un auteur s’appelant Lung ML
et ayant publié dans la revue dont le titre est « Cancer » !
Dans l’écran de résultats, en allant à la rubrique (en bas, à droite) Search Detail, et en cliquant
sur See more, nous visualisons l’équation utilisée par PubMed.
21
Comme « lung cancer » n’est pas un terme MeSH, le système est allé chercher le terme MeSH
le plus approchant (lung neoplasms) et l’a associé à « lung cancer » avec l’opérateur OR.
Nous remarquons que la recherche de « lung cancer » se fait sur tous les champs (All Field).
Il s’agit là d’une modalité de recherche large appelée mapping : la recherche portera sur les
mots du titre, du résumé, les termes MeSH, les qualificatifs, les noms de substances, les noms
d’auteurs (d’où le résultat trouvé concernant l’article de Mr Lung !).
Sur le même écran, nous lançons une nouvelle recherche avec le terme MeSH adéquat (lung
neoplasms).
Elle rapporte 138 864 articles.
C’est mieux mais nous ne sommes toujours pas en mesure de traiter une telle masse
d’informations !
Notre sujet de recherche était le cancer bronchique et non le cancer du poumon. A l’aide du
MeSH Database, nous allons positionner le terme « cancer du poumon » (lung neoplasms) sur
l’arborescence du MeSH pour trouver ensuite le terme hiérarchiquement inférieur qui serait
plus adéquat.
Sous le terme (lung neoplasms) nous trouvons l’arborescence dans le quel il s’inscrit. Le
terme Bronchial, Neoplasms apparait plus pertinent puisque l’énoncé nous demandait de
trouver les articles sur le cancer bronchique.
Nous cliquons sur Bronchial, Neoplasms pour modifer l’objet de notre recherche.
22
Avec les fonctions Send to et PubMed Search, nous transferons Bronchial, Neoplasms sur la
fenêtre de PubMed. La recherche est lancée et rapporte 37 922 articles.
Nous effaçons « [MESH] » qui s’est inscrit lors du transfert et nous ouvrons l’interface Limits
pour y reporter les filtres rendant notre requête pertinente.
23
Ces choix sont fonction de ce que nous connaissons de l’affection, de son épidémiologie, de
notre stratégie et du sens que nous souhaitons donner à nos travaux et à notre action.
Dans le champ Dates nous choisissons 10 years et dans Language nous cochons French. La
stratégie que nous avons choisie, nous conduit à ne retenir que les articles en français (le
milieu, sur lequel va porter notre action, accorde plus de légitimité aux travaux nationaux),
ayant moins de 10 ans (les travaux antérieurs sont considérés obsolètes).
Nous décidons de ne retenir que les articles sur les humains et ayant un résumé disponible en
ligne (ainsi nous pourrons trier les plus pertinents tout de suite sur l’écran). Donc dans la
rubrique Species nous cochons Humans et dans la rubrique Text options nous cochons
Abstracts.
Enfin, nous avons la possibilité de demander au système de ne retenir que les articles où notre
mot-clé sera le thème majeur de l’article (MeSH Major Topic). C’est le choix que nous
faisons dans la rubrique Search Field Tags.
Avec ces précisions, seuls 259 articles sont retenus (résultats trouvés le 20 avril 2010 et
susceptibles d’évoluer à la hausse dans le futur).
Nous sommes arrivés à trier l’information pour ne retenir que les données les plus
pertinentes !
Il nous faut à présent vérifier les 259 articles et confirmer notre intérêt pour leur contenu.
24
Ce tri est aisé car tous les articles retenus disposent d’un résumé accessible (nous verrons
comment un peu plus loin).
Avec cet exemple, nous avons vu que pour disposer d’informations pertinentes, il faut :
−
une stratégie de requête conforme aux motifs de la requête,
−
des connaissances minimales en médecine et en épidémiologie,
−
la possibilité d’affiner la stratégie en cours de requête, devant l’écran, si elle se révèle
inadaptée.
a) La fenêtre Search Field Tags dans Limits
Au cours de cet exemple nous avons vu que le menu déroulant Search Field Tags permet un
choix très large. Voici la signification des choix les plus importants :
Affiliation [AD, AFFL] : adresse et appartenance de l’auteur qui assure la
correspondance
All fields [ALL] : recherche tous les mots de la référence dans le titre, le résumé, les
mots-clés explosés si on a utilisé des termes MeSH. S’il ne s’agit pas d’un terme
MeSH, la recherche se fera avec le terme ainsi qu’avec son correspondant MeSH. A
utiliser quand aucun mot-clé MeSH n’est pertinent ou quand les mots-clés donnent
peu de résultats. L’usage de ce champ est recommandé pour consulter PreMedline
qui contient les articles non encore indexés avec les mots du MeSH. L’indexation
sur Medline peut se faire plusieurs mois après la publication de l’article et il vaut
mieux chercher les nouveautés dans la base PreMedline.
Author name [AU, AUTH] : recherche dans les noms d’auteurs. Vous pouvez en
inscrire jusqu’à 25. Il faut les inscrire sous la forme : nomdelauteur suivi d’un
espace et de l’initiale du prénom, le tout entre guillemets. On peut inscrire deux
initiales accolées (jf pour Jean François). Si l’on ne met pas d’initiale, le moteur
rapportera tous les homonymes du nom. De même si l’on ne met pas de guillemets.
Exemple : « borges da silva g », ou bien si l’on écrit directement dans la fenêtre de
requête, sans l’aide de Limits : « borges da silva g » [AU].
EC/RN number [RN,ECNO] : référence d’un enzyme selon la classification de
l’Enzyme Commission.
Entrez date [EDAT] : date d’entrée dans l’indexation de Medline. A ne pas
confondre avec la date de publication. Elle s’écrit : AAAA/MM/JJ ou AAAA/MM
ou AAAA. Nous vous recommandons de ne pas être trop précis sur les dates dans
vos requêtes.
Ce choix de date d’entrée est aussi possible dans un autre menu déroulant de la
même interface.
Filter [FILTER] : tag employé par LinkOut pour des qualifications particulières.
Issue [IP,ISSUE] : numéro du périodique
25
Journal name [TA, JOUR] : titre de la revue, complet ou agrégé selon l’Index
Medicus (voir la rubrique « journal browser » dans la marge gauche de l’écran).
Certaines revues sont des termes MeSH. Il est donc possible de faire une recherche
sur l’intégralité du sommaire d’un numéro déterminé (précisez la requête par la
date).
Language [LA, LANG] : langue de parution. On peut l’écrire en entier ou bien se
limiter au 3 première lettres. Exception : pour le japonais, il faudra mettre jpn et
non jap.
Ce choix de langue est aussi possible dans un menu déroulant situé plus à droite.
MeSH date [MSDA] : date de l’indexation avec des termes MeSH.
MeSH major topics [MAJR] : la recherche sera pondérée : elle se réduira aux
références les plus pertinentes. Selon Thirion (CHU de Rouen), elle réduit les
références de 40% pour une pathologie et de 70% pour une technique chirurgicale.
Il faut utiliser ce champ avec quelques précautions car on risque de passer à côté
d’une information recherchée. Faites un essai avec les termes MeSH : sciatica [MH]
et [MAJR], cholecystectomy [MH] et [MAJR].
MeSH terms [MH, MESH] : la recherche se fera exclusivement sur le terme MeSH
correspondant au terme que l’on a indiqué. Cela exclut les références de
PreMedline. L’explosion est systématique, sauf si l’on note « noexp » comme nous
l’avons vu plus haut.
Page number [PG, PAGE] : numéro de la première page de l’article.
Publication date [DP, PDAT] : date de publication. Utilisez de préférence l’année,
si vous n’êtes pas sûr de la date.
Ce choix peut aussi se faire dans un autre menu déroulant de l’interface.
Publication type [PT, PTYP] : type de publication. Pour les consulter, cliquer sur
index et choisissez le champ publication types. Vous remarquerez certains types
comme : consensus development conference, guideline, practice guideline, metaanalysis, etc.
Nous retrouvons les principaux types dans un autre menu déroulant juste en
dessous.
Dans l’interface Index que nous traiterons plus loin, la liste présentée est plus
complète. C’est là l’un des avantages de l’interface Index par rapport à l’interface
Limits.
Secondary Source ID [SI] : identifie des sources secondaires de données.
Subheadings [SH] : indique qu’il s’agit d’un qualificatif ou d’un sous-terme. Pour
éviter leur explosion vers des sous-classes, il faut indiquer [SH:noexp]. La copie
d’écran ci-dessus en fournit un grand nombre. On peut les utiliser seuls ou
combiner avec un terme MeSH. Par exemple : diabetes mellitus/drug therapy[SH]
ou l’équivalent : diabetes mellitus [MH] AND drug therapy[SH]
Substance name [NM, SUBS] : nom de substances chimiques.
26
Text word [TW, WORD] : la recherche portera sur les mots du titre, du résumé, les
termes MeSH, les qualificatifs, les noms de substances, les noms propres.
Title word [TI, TITL] : mot du titre.
Benoît Thirion (CHU de Rouen) suggère de cibler ses requêtes sur un mot-clé
contenu dans le titre des articles, quitte à élargir la recherche dans un deuxième
temps avec la fonction related articles (cf figure 25)
Title/abstract word : mot du titre ou du résumé.
Volume [VL, VOL] : volume du périodique.
UID [UI] : identification des articles sur la base de Medline. Les numéros de
plusieurs articles doivent être séparés par un espace.
b) Le menu Dates
Il permet de préciser la période couverte par la requête. On peut choisir de 30 jours
à 10 ans ou bien un intervalle de dateq précises. Le format est AAAA/MM/JJ et les
mois et jours sont optionnels. Il est déconseillé de fournir une date trop précise car,
ici, la précision augmente le risque d’erreur.
c) Le menu Subset
Il offre un choix possible, principalement entre les bases de données Dental
(références dentaires), Nursing (références infirmières), AID (base sur le SIDA),
PubMed Central (les articles fournis en texte intégral par certaines revues),
Complementary médicine (base sur les médecines « parallèles »), Core clinical
journals (les revues de l'Index medicus abrégé c'est à dire les 120 meilleures revues
mondiales), etc.
d) Le menu « gender » et le menu « human or animal »
Le genre peut présenter un intérêt. Celui sur les humains doit nécessairement être
fait lors de recherche sur des pathologies touchant les animaux (cancer du sein,
cataracte, etc). N'oublions pas que Medline indexe des articles vétérinaires.
e) articles avec résumé (abstracts) ou avec Links to full text, ou Links to free full
text
Vous pouvez aussi cocher une case vous permettant de n’obtenir que des articles
dont le résumé (abstract) est disponible (un quart des articles n’ont pas de résumé
dans la base).
27
Les articles disposant d’un lien vers du texte intégral ne sont pas nécessairement
accessibles gratuitement. Seul les articles ayant un lien en free full text sont
certainement gratuits.
Le choix d’un groupe d’âges détermine que la recherche se fera sur les humains et non sur les
animaux (l’indexation de leurs tranches d’âges n’a pas été prévue).
Si l’on n’utilise pas l’interface Limits, il est possible de marquer un mot-clé suivi de
l’abréviation du champ entre crochets. Ces abréviations peuvent être saisies en majuscule ou
en minuscule. Les majuscules permettent de mieux les différencier des mots-clés dans les
équations complexes.
Les opérateurs booléens sont à noter obligatoirement en majuscule.
Après avoir lancé votre requête avec la touche Search, vous remarquerez que Limits est actif :
un bandeau placé au dessus des résultats vous l’indique. Pour supprimer les limites instaurées,
il faut cliquer sur Remove.
L’utilisation de l’interface Index de Advanced Search
Exemple 5 : Nous allons rechercher les publications de recommandations de pratique
clinique sur le diabète, parues entre 2005 et 2010.
Quand on maîtrise bien le Thésaurus du MeSH on peut se passer de l’interface MeSH data
base et construire directement son équation de recherche sur Advanced Search (sur la page
d’accueil).
Après avoir choisi Advanced Search, nous allons sur le menu déroulant qui se trouve dans la
rubrique Search Builder. Là nous choisissons MeSH terms.
Ensuite, nous inscrivons diabetes sur la fenêtre vide, à coté de Index. Nous cliquons sur Index.
On nous propose le terme MeSH diabetes mellitus (avec deux « l ») et entre parenthèse, une
information sur le nombre d’articles rattachés à ce terme.
En cliquant sur AND, nous débutons la construction de l’équation de recherche. Celle-ci se
positionne, en haut, dans la fenêtre de requête usuelle.
Nous pouvons à présent passer au deuxième mot de notre requête.
28
Nous effaçons diabetes. Dans le menu déroulant de gauche, nous choisissons Publication type
et nous cliquons sur index.
Nous voyons que la base contient un certain nombre de guidelines et un peu moins de
practice guidelines. Nous sélectionnons ce dernier terme.
29
Il est possible de faire plusieurs choix sur le menu déroulant en utilisant la touche Ctrl de
votre clavier. Dans ce cas, le système prendra les qualificatifs entre parenthèses et les séparera
par des OR.
Les touches AND, OR, et NOT permettent, toutes les trois, d’envoyer le libellé de chaque
fraction de notre requête vers la fenêtre de requête de PubMed située en haut de la page. Selon
la touche, l’un ou l’autre des opérateurs booléens sera attribué à la fraction de requête
concernée.
Dans le cas présent, il nous faut cliquer sur AND.
Nous retournons au menu déroulant pour choisir Publication date. Le système nous propose
alors de définir l’intervalle de temps concerné par notre requête. Nous indiquons notre
intervalle : 2005 à 2010 (à noter que nous aurions pu laisser « present » au lieu de mentionner
2010. Avec la touche AND, nous envoyons cette fraction de requête sur la fenêtre de
PubMed.
Nous lançon la recherche en cliquant sur Search.
Avec la fonction Search Detail (en bas, à droite de la page de résultats) vous pouvez vérifier
votre équation et trouver celle-ci:
("diabetes mellitus"[MeSH Terms] AND "practice guideline"[Publication Type]) AND
"2005"[PDAT] : "2010"[PDAT]
Information sur la fenêtre Search Detail
Dans cette fenêtre, il est possible de modifier l’équation de la requête. Mais, après être
intervenu manuellement dans l’écriture de l’équation, vérifiez bien que vous avez autant de
parenthèses ouvrantes que de parenthèse fermantes (piège bien connu des programmeurs
informatiques).
Dans cette fenêtre, la fonction URL sert à inclure sa requête dans une adresse internet (une
URL). Ceci permet de rejouer la requête à tout moment et donc d’obtenir des résultats à jour.
Cette URL des résultats devient ré-exécutable à un autre moment. Ainsi, vous pourrez
rechercher, chaque mois, les articles parus dans les 30 derniers jours, sur un thème donné, ou
bien le sommaire d’une revue. Il suffit d’indiquer cet intervalle de temps avec l’interface
Limits.
La sauvegarde par URL n’est pas possible pour les requêtes combinées à partir d’History.
Compléter sa recherche
Vous remarquez, sur la droite des articles, un lien proposant la fonction Related citations. Elle
permet d’obtenir les articles de Medline dont le thème est proche de celui sélectionné.
30
La recherche se fait à partir des mots du titre, du résumé et des mots-clés du MeSH. Les
résultats sont classés à partir du plus pertinent. Les articles provenant des mêmes auteurs sont
placés en premier.
Il s’agit d’une fonction très utile quand on ne trouve pas d’articles par les méthodes de requête
décrites plus haut. Il suffit alors disposer d’un seul article adéquat pour en trouver ensuite
souvent une centaine sur un sujet semblable ou proche.
Ordonner ses résultats
Sur l’écran des résultats et quelle que soit la méthode utilisée, les menus Display Setting et
Send to permettent de choisir la présentation et la gestion des résultats.
Par défaut, c’est la présentation Summary qui s’affiche.
Le choix de Abstract permet d’obtenir une visualisation des références avec les résumés,
quand ils sont disponibles, et de même pour les liens vrs le texte intégral des articles (liens
vers le site de l’éditeur ou, le cas échéant, vers PubMed Central). Pour cela, choisissez
Abstract puis cliquez sur Apply.
.
Le choix Medline est le plus complet.
Les options « text » permettent d’obtenir une présentation récupérable sur les logiciels de
traitement de texte, pour les intégrer à un document. Après avoir enregistrer la nouvelle
présentation sur votre disque dur, vous pouvez renommer ce fichier en format « .doc » et le
lire avec le logiciel Word.
Pour limiter la nouvelle présentation à certains articles, il faut cocher ces articles, faire le
choix de présentation et appuyer sur Apply.
31
Le menu de droite Send to présente des fonctions intéressantes :
E .mail permet d’envoyer des résultats par messagerie.
Dans ce même menu, le choix Clipboard envoie dans le presse-papiers les références choisies.
Clipboard est un presse-papiers pouvant contenir jusqu’à 500 références. Il permet de
conserver des résultats. Il suffit de cocher les références choisies et de sélectionner cette
option Clipboard.
Le contenu du presse-papiers disparaît après huit heures d’inactivité.
Le serveur de Medline implante des cookies sur votre disque dur. Vous pouvez éteindre
votre ordinateur et le rallumer pour reprendre votre travail. Si votre inactivité ne dépasse
pas huit heures, le serveur vous reconnaîtra, à l’aide des cookies. Il vous permettra ainsi
de retrouver votre presse-papiers.
Vous accéder au presse-papier en cliquant sur Clipboard : x items, qui vient d’apparaître à
droite de Send to.
Pour effacer des références du presse-papiers, cochez-les et sélectionnez Remove selected
items.
Le menu déroulant Show sert à choisir le nombre de documents affichés par page. Il est
possible de faire varier ce choix de 5 à 500. Cela est très utile pour préparer le résultat final à
imprimer.
Sur la même barre nous trouvons l’information du nombre de documents disponibles sur cette
requête et le nombre de pages (ici masqué par le menu déroulé).
En cliquant Page : Next ou sur Last on peut changer de page présentée.
Dans Advanced Search, la rubrique Search History permet de visualiser les requêtes faites
pendant la session de travail en cours (ou bien celles qui précédaient dans la dernière heure).
L’affichage disparaît après un temps d’inactivité.
32
Il est possible de combiner plusieurs requêtes déjà réalisées. Ainsi, il est possible de procéder
par étapes (maximum de 100) et ensuite de les regrouper par une requête complexe.
Le regroupement se fait avec les opérateurs booléens. Il s’inscrit dans la fenêtre de requête.
Prenons l’exemple d’une requête 1 et d’une requête 2, on peut utiliser les syntaxe suivante :
#1 AND #2
ou
#1 OR #2
ou bien
#1 NOT #2
Ensuite, on appuie sur la touche Search pour lancer la requête.
En cliquant sur un des «# », le choix d’opérateurs booléens (AND, OR, NOT) nous est
proposé. Il est alors possible d’attribuer un opérateur bouléen à une requête et ainsi constituer
une nouvelle requête composée de plusieurs requêtes précédentes.
La fonction My NCBI
Elle offre différents services.
Il s’agit d’un coffre virtuel dans lequel vous pouvez stoker vos requêtes pour les relancer plus
tard.
Ainsi vous pourrez vérifier si de nouveaux articles sont parus sur le même sujet ou bien voir
régulièrement les articles paraissant dans une revue ciblée.
33
Dans l’écran des résultats, à droite de la fenêtre de recherche, la fonction Save search permet
de sauvegarder vos équations de recherche dans My NCBI.
Au passage vous aurez la possibilité de décider de recevoir régulièrement, par courriel, des
mises à jour de vos résultats (en fonction des nouveaux articles qui seront indexés dans la
base) pour cette requête.
Ainsi, nous pouvons visualiser les équations que nous avons sauvegarder précédemment, voir
les nouveaux résultats apparus depuis notre précédente requête, modifier notre choix
concernant l’instauration d’une veille périodique des nouveaux résultats de cette requête, la
supprimer, etc.
34
Les revues de l’Index medicus abrégé
Les 120 meilleures revues anglophones de médecine clinique sont regroupées dans l’Abriged
Index Medicus (AIM) journals. On y trouve le Lancet, le British Medical Journal, le New
England Journal of Medicine, etc. Pour faire une recherche ciblée sur ce groupe des 120
revues, vous ajouterez à votre équation de requête :AND jsubsetaim
NLM Gateway
http://gateway.nlm.nih.gov/gw/Cmd
Depuis 2005, l’interface Gateway permet d’accéder de manière simplifiée et concomitante, à
plusieurs bases bibliographiques et documentaires :
- PubMed – Medline
- Medline-Plus : documentation de vulgarisation médicale
- Toxline : la base de références sur les effets des médicaments
- ClinicalTrials : base des déclarations d’essais cliniques aux USA
- Meetings abstracts : base des actes de congrès des USA
- Dirline : répertoire des organismes de santé
- Etc.
35
Les revues scientifiques
.
A partir du portail des sites de santé publique d’Anasys, à la rubrique « Les revues
scientifiques en ligne » vous trouverez une liste de quelques revues et sites d’informations sur
les publications. Ils ont la caractéristique d’offrir un accès à des articles en texte intégral.
L’accès gratuit est parfois limité à des articles ayant une certaine ancienneté (jusqu’à cinq
ans). Mais leur service évolue et souvent vers une plus grande ouverture.
Les trois catalogues suivants sont particulièrement recommandés :
Biomed Central(http://www.biomedcentral.com/browse/journals/)
Directory of open access journals : annuaire de publications scientifiques libres
(http://www.doaj.org/)
Free Medical Journals : les publications en texte intégral
(http://www.freemedicaljournals.com/).
De même, nous recommandons l’usage de PubMed Central qui est une base de donnée
permettant l’accès à plusieurs centaines de revues ayant fait le choix d’être libre d’accès, au
plus tard dans un délai d’un an après parution :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
L’option de recherche avancée permet des fonctionnalités de requêtes bibliographiques assez
semblables à celle de PubMed (cf plus haut).
36
Les bases bibliographiques et documentaires
en économie de la santé
Euronheed
Ce texte est une copie des informations disponibles sur le site (selon la formule consacrée,
j’assume seul les erreurs de copie …) :
http://infodoc.inserm.fr/euronheed/publication.nsf/wHome?OpenPage&site=FRANCE&lang
uage=FR
Le projet EURONHEED est financé par la Commission Européenne.
Le premier objectif d'EURONHEED est de développer un réseau européen de bases de
données dans le domaine de l'évaluation socio-économique en santé. L'évaluation économique
en santé permets de comparer plusieurs stratégies de santé (médicament, programme de
prévention, de dépistage, etc.) en terme de résultats de santé et de coûts.
Le Collège des Economistes de la Santé, l'association des économistes de la santé français, est
le Coordinateur du projet et est en charge de la collecte et de l'analyse des publications en
économie de la santé en France, en Belgique (régions francophones), Luxembourg et Suisse
(régions francophones).
La base de données EURONHEED France est une extension de la base de données CODECS
(COnnaissances et Décision en EConomie de la Santé) : la première base de données
francophone sur l'évaluation économique en santé. CODECS a été développée entre 1999 et
2005 par le Collège des Economistes de la Santé, en collaboration avec l'INSERM et grâce à
des financements publics et privés. La base CODECS s'est largement inspirée et est très
proche de la base développée par l'Université de York : NHS EED database, financée par le
NHS.
Depuis Septembre 2005, avec l'ouverture d'EURONHEED, CODECS est devenu
EURONHEED France.
Vous avez la possibilité de recourir à un moteur de recherche, qui comporte trois possibilités
de recherche :
1- Accéder à la rubrique Rechercher dans le menu :
Cette rubrique vous permet de faire des recherches par auteur, par mots contenus dans le
titre,par périodique, par type d'étude (étude coût-bénéfice, coût-efficacité, minimisation des
coûts,coût-utilité, coût-conséquences, portant sur les résultats et les préférences, de
méthodologie et les revues de la littérature), par type d'intervention (traitement, diagnostic,
dépistage, etc.), par pathologie (selon la classification du MeSH) et par mots-clés de l'auteur.
2- Utiliser la case chercher au bas de l'écran. Cette rubrique recherchera le mot que vous aurez
tapé dans toutes les rubriques des fiches.
3- Liste des études. cliquant dans le menu sur les rubriques Fiches bibliographiques, une liste
apparaîtra en dessous. Ce sont la classification des références par auteur, par type 'étude, par
année de publication, par pathologie et par type d'intervention.
IRDES
http://www.irdes.fr/
37
L’Institut de recherche et documentation en économie de la santé (IRDES) possède une solide
base de documents et de publications en ligne.
DREES
http://www.sante-sports.gouv.fr/publications-de-la-drees,3891.html
La Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES)° possède
aussi un site très riche en documentation.
38
La Cochrane library
http://mrw.interscience.wiley.com/cochrane/cochrane_search_fs.html
Elle permet l’accès à différentes bases médicales ou médico-économiques en relation avec
l’evidence based medicine :
- The Cochrane Database of Systematic Reviews (Cochrane Reviews)
- Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE)
- The Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL)
- The Cochrane Database of Methodology Reviews (Methodology Reviews)
- The Cochrane Methodology Register (CMR)
- Health Technology Assessment Database (HTA)
- NHS Economic Evaluation Database (NHS EED)
- The Cochrane Collaboration
Cependant, certaines ne sont parfois pas accessibles librement et il vaut mieux alors interroger
l’autre site :
CRD
39
http://www.crd.york.ac.uk/crdweb/
The Centre for Reviews and Dissemination (CRD) was established in January 1994, and aims
to provide research-based information about the effects of interventions used in health and
social care.
It helps to promote the use of research-based knowledge, by offering:
* Rigorous and systematic reviews of research on selected topics
* Scoping reviews which map the research literature
* Three databases: DARE, NHS EED and the HTA database
* 'Hitting the Headlines'
* Publications: CRD Reports, Effective Health Care, and Effectiveness Matters
* A dissemination service
* An information and enquiry service
Les pages santé de l’OCDE et de l’INSEE
http://www.oecd.org/topic/0,2686,fr_2649_37407_1_1_1_1_37407,00.html
http://www.insee.fr/fr/themes/theme.asp?theme=6
Deux sites fournissant de la documentation économique et un suivi d’indicateurs.
40