profil Anses-Cirad_Thèse Xanthomonas

Thèse cofinancée Anses-Cirad
Sujet de thèse : « Analyse génomique, écologique et épidémiologique de la résistance au
cuivre chez Xanthomonas citri pv. citri, bactérie responsable du chancre asiatique des
agrumes, dans les régions ultramarines françaises »
Xanthomonas citri pv. citri est l’une des contraintes sanitaires majeures à la production
agrumicole dans le monde et une menace pour celles de l’Union Européenne. La lutte
chimique à base de composés cupriques fait partie intégrante des stratégies de lutte intégrée
mises en œuvre quand l’éradication de la maladie est impossible. Décrite pour la première fois
dans les années 1980, la résistance au cuivre concerne un nombre croissant d’espèces de
Xanthomonas sur la base d’un déterminisme génétique variable (plusieurs groupes de gènes
impliqués, support plasmidique ou chromosomique selon les taxons). La seule description de
résistance chez X. citri pv. citri a été faite en Argentine où elle a été mise en évidence depuis
1994 et l’analyse d’une seule souche de ce pays a mis en évidence que la résistance était dans
ce cas portée par un plasmide conjugatif d’environ 300 kb. La résistance au cuivre a été mise
en évidence très récemment dans des populations de X. citri pv. citri de la Réunion isolées à
partir de 2010, et est actuellement en cours d'investigation dans d'autres régions.
Le projet de thèse proposé vise à (i) analyser le support génétique de la résistance au cuivre
chez X. citri pv. citri à l’aide de données de génomique comparative et situer les souches
résistantes dans la phylogénie globale, (ii) appréhender la structure génétique des populations
Réunionnaises sensibles et résistantes et les relations phylogénétiques entre souches
résistantes présentes dans différentes régions du monde à l’aide de marqueurs moléculaires
développés par l’équipe et adaptés au caractère monomorphe de cette bactérie, et (iii)
développer une approche expérimentale pour comparer la fitness de souches sensibles et
résistantes et évaluer la stabilité du plasmide de résistance en absence de pression de
sélection, les fréquences de transfert horizontal in vitro et in planta et la prévalence de
plasmides de résistance dans la microflore bactérienne saprophyte des agrumes.
Cette thèse va contribuer au renforcement de la collaboration entre l’UMR PVBMT (CIRADUniversité de la Réunion) et l’ANSES déjà engagée en phytobactériologie au Pôle de
Protection des Plantes à la Réunion. Elle s'inscrit également dans le cadre d'un projet étendard
financé par Agropolis Fondation fédérant les unités de recherches du labex Agro impliquées
en santé végétale et impliquant l'ANSES. Des séquences de travail hors de la Réunion sont
envisagées.
Le (la) candidat(e) idéal(e) doit avoir des compétences marquées en biologie des populations,
analyses phylogénétiques de données NGS et montrer un fort intérêt pour la pathologie
végétale. Au cours de cette thèse, il lui sera possible de perfectionner ses compétences dans
ces domaines. L’approche proposée permettra d’acquérir une large gamme de compétences :
épidémiologie moléculaire, PCR quantitative, analyse de séquences bactériennes issues de
technologies NGS, inférence Bayésienne.
Date de démarrage : Automne 2015
Directeur de thèse : Olivier Pruvost
Encadrement : Virginie Ravigné, Isabelle Robène, Adrien Rieux (CIRAD), Aude Chabirand
(ANSES)
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Contact : Olivier PRUVOST
CIRAD
UMR "Peuplements Végétaux
CIRAD/Université de la Réunion
et
Bioagresseurs
en
Milieu
Tropical"
(PVBMT)
Station de Ligne Paradis
7, chemin de l'IRAT
97410 SAINT PIERRE Cedex
REUNION - FRANCE
Références :
BEHLAU, F., CANTEROS, B. I., JONES, J. B. & GRAHAM, J. H. 2012. Copper resistance
genes from different xanthomonads and citrus epiphytic bacteria confer resistance to
Xanthomonas citri subsp citri. Eur. J. Plant Pathol., 133, 949-963.
BEHLAU, F., HONG, J. C., JONES, J. B. & GRAHAM, J. H. 2013. Evidence for acquisition
of copper resistance genes from different sources in citrus-associated xanthomonads.
Phytopathology, 103, 409-418.
GRAHAM, J. H., GOTTWALD, T. R., CUBERO, J. & ACHOR, D. S. 2004. Xanthomonas
axonopodis pv. citri: factors affecting successful eradication of citrus canker. Mol. Plant
Pathol., 5, 1-15.
LEDUC, A., TRAORÉ, Y. N., BOYER, K., MAGNE, M., GRYGIEL, P., JUHASZ, C.,
BOYER, C., GUÉRIN, F., WONNI, I., OUEDRAOGO, L., VERNIÈRE, C., RAVIGNÉ, V.
& PRUVOST, O. 2015. Bridgehead invasion of a monomorphic plant pathogenic bacterium:
Xanthomonas citri pv. citri, an emerging citrus pathogen in Mali and Burkina Faso.
Environmental Microbiol., DOI: 10.1111/1462-2920.12876.
PRUVOST, O., GOODARZI, T., BOYER, K., SOLTANINEJAD, H., ESCALON, A.,
ALAVI, S. M., JAVEGNY, S., BOYER, C., COTTYN, B., GAGNEVIN, L. & VERNIÈRE,
C. 2015. Genetic structure analysis of strains causing citrus canker in Iran reveals the
presence of two different lineages of Xanthomonas citri pv. citri pathotype A*. Plant Pathol.,
DOI: 10.1111/ppa.12324.
PRUVOST, O., MAGNE, M., BOYER, K., LEDUC, A., TOURTEREL, C., DREVET, C.,
RAVIGNÉ, V., GAGNEVIN, L., GUÉRIN, F., CHIROLEU, F., KOEBNIK, R., VERDIER,
V. & VERNIÈRE, C. 2014. A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus
pathogen Xanthomonas citri pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single
genetic lineage. PLoS One, 9, e98129.
VERNIÈRE, C., BUI THI NGOC, L., JARNE, P., RAVIGNÉ, V., GUÉRIN, F.,
GAGNEVIN, L., LE MAI, N., CHAU, N. M. & PRUVOST, O. 2014. Highly polymorphic
markers reveal the establishment of an invasive lineage of the citrus bacterial pathogen
Xanthomonas citri pv. citri in its area of origin. Environ. Microbiol., 16, 2226-2237.
Mots clés : Xanthomonas citri pv. citri, Réunion, résistance au cuivre, diagnostic, génomique
comparative, plasmide, écologie microbienne, biologie des populations.
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