Mathieu EMILY 18/08/1979 Nationalité Française

Mathieu EMILY
18/08/1979
Nationalité Française
Informations
Personnelles
BiRC (Bioinformatics Research Center)
University of Aarhus
Hegh-Guldbergs Gade 10, Building 1090
8000 Aarhus C - Denmark
Domaines de
recherche
Statistiques spatiales, processus ponctuels marqués, génétique des populations, statistique bayésienne.
Position
actuelle
• Depuis Novembre 2006
Post-doctorant au Bioinformatics Research Center (BiRC) de l’Université d’Aarhus au Danemark.
Téléphone : (45) 8942 3132
Fax : (45) 8942 3077
E-mail : [email protected]
Page Personnelle : www.daimi.au.dk/∼memily/
− Sujet : Développement d’outils statistiques pour l’étude à grande échelle d’association de gènes à
des maladies complexes.
Formation
• Octobre 2003 - Septembre 2006
Doctorat de Statistiques à l’Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG), Grenoble, France.
Thèse préparée sous la direction d’Olivier François et soutenue le 22 Septembre 2006.
− Titre de thèse : « Modèles statistiques du développement de tumeurs cancéreuses »
− Composition du Jury :
Jacques Demongeot - Président - Professeur à l’Université de Grenoble I
Avner Bar-Hen - Rapporteur - Professeur à l’Université Paris XIII.
Carsten Wiuf - Rapporteur - Professeur à l’Université d’Aarhus (Danemark)
Florence Forbes - Examinatrice - Chargé de Recherche à l’INRIA Rhône-Alpes
Olivier François - Directeur de thèse - Professeur à l’INP Grenoble
Jean-Michel Billiot - Co-directeur - Maı̂tre de Conférences à l’Université Grenoble II
• Septembre 2002 - Juin 2003
Master de recherche en Mathématiques Appliquées à l’Université Joseph Fourier (UJF), Grenoble,
mention Bien.
− Sujet de stage : « Classification automatique de coupes histologiques : application au cancer du
sein », sous la direction du Dr. Etienne Bertin
• Septembre 2000 - Juin 2003
Diplôme d’ingénieur de l’Ecole Nationale Supérieur d’Informatique et de Mathématiques Appliquées
de Grenoble (ENSIMAG), Grenoble, mention Bien.
• Septembre 2000 - Juin 2001
Licence de Mathématiques, Université Joseph Fourier (UJF), Grenoble.
• Septembre 1997 - Juillet 2000
Classes Préparatoires aux Grandes Ecoles (MPSI, MP*). Lycée Kerichen, Brest.
• Juin 1997
Baccalauréat Scientifique spécialité Mathématiques, Lycée Félix Le Dantec, Lannion, mention Assez
Bien.
Publications
B. E. Madsen and M. Emily A fast alternative to Fishers Exact Test for large scale association
studies, Soumis.
M. Emily and O.François, Risk assessement for hospital-acquired infections and occupational diseases : a risk-theory approach, Soumis.
M. Emily, Détecter plus tôt le cancer ? Le mensuel de l’université, Vol 14, 2007.
M. Emily and O.François, A statistical approach to estimating the strengh of cell-cell interactions
under the diferrential adhesion hypothesis, Theoretical Biology and Medical Modelling, Vol. 4, 2007.
M. Emily, and O. François, Conditional coalescent trees with two mutation rates and their application to genomic instability, Genetics, Vol 172, pp 1809-1820, 2006.
M. Emily, D. Morel, R. Marcelpoil, and O. François, Spatial correlation of gene expression measures
in Tissue Microarray core analysis, Journal of Theoretical Medicine, Vol 6, pp 33-39, 2005.
Conférences
M. Emily, L. Schauser, T. Mailund and M. Schierup. Biological networks and epistasis in genomewide association studies, The Genomics of Common Diseases, Hinxton - Wellcome Trust Genome
Campus, Grande-Bretagne, 7-10 Juillet, 2007
M. Emily and O. François, Estimateur de pseudo-vraisemblance pour un processus ponctuel de
Markov : application à l’histologie, 38ème Journées de Statistique, Clamart, France, 29 Mai - 2 Juin,
2006.
M. Emily and O. François, Estimating the raised mutation rate in a sample of gene with mutators,
JOBIM, Lyon, France, 6-8 Juillet, 2005.
M. Emily and O. François, Number of segregating sites in a sample of genes under the genetic instability hypothesis, XIth International Symposium on Applied Stochastic Models and Data Analysis,
ASMDA, Brest, France, 17-20 Mai, 2005.
M. Emily, and O. François, Estimating the raised mutation rate from a sample of genes with
mutators, 33rd European Mathematical Genetics Meeting, EMGM, Le Kremlin-Bicetre, Paris, 1-2
Avril, 2005. Résumé publié dans Annals of Human Genetics Vol 69, page 767, Novembre, 2005.
M. Emily, D. Morel, R. Marcelpoil, and O. François, Spatial correlation of gene expression measures
in Tissue Microarray core analysis, JOBIM, Montreal, Canada, 28-30 Juin, 2004.
Expérience
Académique
Enseignement : Mars 2008 - Juin 2008 Université d’Aarhus (Danemark)
• Chargé de cours en « Bio-Statisques » au département de biologie de l’université d’Aarhus
Enseignement : Octobre 2003 - Septembre 2006 Moniteur CIES à l’Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)
• Chargé de cours en « Probabilités » au Cycle Préparatoire Polytechnique (CPP) de Grenoble.
• Chargé de Travaux Dirigés en « Probabilités Appliquées » à l’Ecole Nationale Supérieure d’Informatique et de Mathématiques Appliquées de Grenoble (ENSIMAG).
• Chargé de Travaux Pratiques en « Analyse et Apprentissage Statistique » à l’Ecole Nationale
Supérieure d’Informatique et de Mathématiques Appliquées de Grenoble (ENSIMAG).
Projet de Monitorat 2005 - 2006 Atelier “Maths Modeler”
• Objectif : Faire découvrir au grand public des concepts mathématiques par le jeu.
• Réalisation : Séances dans une classe de 6ème et organisation d’un séminaire.
Co-encadrement : Juillet 2004 - Septembre 2004 Stage de seconde année d’école d’ingénieur
ENSIMAG.
• Sujet : « Progammation d’une librairie R pour l’analyse statistique de Tissue Microarrays »
Expérience
Professionnelle
Juillet - Septembre 2003
Contrat à Durée Déterminée dans la section Recherche et Développement de l’entreprise Tripath
Imaging à Meylan.
Sujet : Réalisation d’une passerelle entre le logiciel R et un logiciel interne, MARS.
Septembre - Avril 2003
Enseignant de mathématiques à la « Fédération Compagnonique des Métiers du Bâtiment »
d’Echirolles.
Juillet - Août 2002
Stage de seconde année d’école d’ingénieur à la « Direction Régionale du Service Médicale de
Bretagne » à Rennes.
Sujet : Analyse statistique en santé publique à l’aide du logiciel SPSS.
Juillet 1998, 1999, 2000 et 2001
Coursier au laboratoire d’analyse médicale « Treguier-Lemoine » à Lannion.
Compétences
informatiques
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Langues
• Français : langue maternelle
• Anglais : bon niveau
• Allemand, Espagnol et Danois : des notions
Intérêts
personels
• Sports : football, handball, tennis, ski, randonnée
• Musique : Guitare
Logiciels statistiques : R, S-Plus, quelques notions de SPSS.
Langages : C, des notions de Java, C++ et Ada.
Applications : LATEX, Word, Excel, PowerPoint.
Systèmes d’exploitation : Unix/Linux, Windows.