Versailles

 G illes ROSSI et Sébastien CHAZALON Versailles Annexe 1- Mesure du taux d’homologie entre deux séquences
Notions de score d’alignement
et de pourcentages d’identité
Soit les deux séquences A et B dont l’alignement est représenté ci-dessous :
SEQUENCE A : ATGTTGCT---GTAAATGC-ATATGGCCTAAA
!!!!...----.-!!!-!!-!!!!.!!-!!!!
SEQUENCE B : ATGTGCT-AACC-AAACGCTATATCGC-TAAA
Trois types de correspondances peuvent être faites entre les nucléotides de la séquence A et ceux
de la séquence B :
• les identités : les deux nucléotides sont identiques sur les deux séquences. Elles sont
représentées par un « ! »
• les substitutions : une base est remplacée par une autre. Elles sont représentées par un
«.»
• les insertions et délétions: l’ajout d’un nucléotide sur une séquence entraîne une brèche
sur l’autre séquence (et vice versa). Elles sont représentées par un « - »
Il existe deux moyens simples de mesurer le taux d’homologie, c’est à dire le degré de parenté entre
deux séquences :
•
Le calcul du pourcentage d’identité : on place les deux séquences au mieux l’une de
l’autre pour obtenir un maximum de « ! » et on calcule le % de « ! » par rapport au nombre
total de correspondances.
Ce calcul est simple mais il n’est pas forcément le plus pertinent car il donne le même poids
aux substitutions qu’aux insertions-délétions.
•
Le calcul du score d’alignement est plus intéressant : il consiste à attribuer à chaque
correspondance un score élémentaire ;
par exemple : identité +1, mésappariement 0, brèche -1.
Pour l’alignement parfait de deux séquences de 32 nucléotides, le score serait de 32.
IMPORTANT :
. Pour deux séquences données, le meilleur alignement est celui qui donne le score
le plus élevé avec si possible le % d’identité le plus élevé.
. Il est possible de faire des alignements avec toutes les molécules possédant une
séquence : ADN, ARN, Protéines.
. Les gènes de très nombreuses espèces ont été entièrement séquencés et sont
stockés dans des banques de données en réseau. Elles sont toutes libres d’accès
sur internet et accessibles par le portail américain NCBI (National Center for
Biotechnology Information).