BRANS - CASTAING - Détection des viroïdes du pommier et

STAGES ANNÉE 2015
Maîtres de stage :
BRANS Yaonn – [email protected] / CASTAING Julie – [email protected]
THÈME :
« Détection des viroïdes du pommier et du poirier : Apple scar skin viroid, Apple dimple
fruit viroïd, Apple fruit crinkle viroid, Pear blister canker viroid ; mise au point et
développement d'un test de détection au laboratoire »
Le laboratoire de virologie et biologie moléculaire (LVBM) du Ctifl est chargé du contrôle des
maladies à virus, phytoplasmes, et viroïdes sur le matériel certifié "virus free" commercialisé par les
pépiniéristes adhérents au système de certification fruitière français. Le contrôle sanitaire du
matériel fruitier fait appel à un éventail assez large de techniques et de méthodes : observation
visuelle, tests biologiques en pépinière ou en serre, tests sérologiques, tests moléculaires PCR ou
hybridation moléculaire. Le contrôle des viroïdes du pommier et du poirier est réalisé par un
indexage biologique en pépinière. En effet, les maladies induites par ces organismes sont visibles
sur écorce ou sur fruit et nécessitent donc une observation en extérieur sur cultivars sensibles à
l’infection (indicateur biologique), pendant 3 ans. Les délais nécessaires à la réalisation de ces tests
biologiques étant longs, le LVBM souhaite mettre en place le diagnostic de ces organismes par la
réalisation de tests au laboratoire. Ces tests doivent notamment permettre de répondre aux
demandes spécifiques d’analyses visant les viroïdes, notamment dans le cadre de dossiers
d’inscriptions de cultivars fruitiers et pour les cultivars destinés à l’export vers les pays non
membres de l’UE.
Dans un premier temps, le stagiaire aura pour mission de recenser les méthodes déjà existantes dans
la littérature pour la détection des 4 viroïdes par hybridation moléculaire ou RT-PCR (Hassen et al.,
2006 ; Lin et al., 2011 ; Ragozzino et al., 2004). Puis il devra définir les conditions optimales
d’extraction d’ARN, et d’amplification ou détection génique (choix des amorces/sondes, des
réactifs, etc.). Il cherchera ensuite à mettre en place le test afin d’évaluer la faisabilité au
laboratoire. Les notions de coût de la méthode utilisée, de sa répétabilité et de sa reproductibilité
devront être abordées. Une approche par multiplexage pourra également être envisagée dans
l’objectif de réduire les coûts associés aux analyses.
Le stage sera réalisé sur le site de Lanxade (Dordogne) au sein de l’équipe du laboratoire de
biologie moléculaire et de virologie pour l'encadrement scientifique.
Le candidat sera de préférence de formation universitaire de niveau IUT-BTS ou Licence 3 ou
Master 1 ou Master 2 avec une finalité appliquée/professionnelle. Il devra montrer une compétence
en pathologie végétale et en biologie moléculaire (première expérience souhaitée). Il devra être
autonome et avoir l’esprit synthétique pour compiler les diverses données déjà existantes et devra se
montrer initiateur des protocoles qu’il proposera.
Centre Technique Interprofessionnel des fruits et légumes
28, route des Nébouts – 24130 PRIGONRIEUX - ℡ 05 53 58 00 05 – 05 53 58 17 42
STAGES ANNÉE 2015
Bibliographie
- Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four
genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid
E. Ragozzino, F. Faggioli, M. Barba- Journal of Virological Methods Volume 121, Issue 1, October
2004, Pages 25–29
- Development of a polyprobe to detect six viroids of pome and stone fruit trees
Liming Lin, Ruhui Li, Ray Mock, Gary Kinard- Journal of Virological Methods 171 (2011) 91–97
- Development of a Rapid RT-PCR Test for the Detection of Peach Latent Mosaic Viroid, Pear
Blister Canker Viroid, Hop Stunt Viroid and Apple Scar Skin Viroid in Fruit Trees from Tunisia
I. Fekih Hassen1,2, S. Roussel1, J. Kummert1, H. Fakhfakh2, M. Marrakchi2 and M. H. Jijakli- J.
Phytopathology 154, 217–223 (2006)
Supports Techniques
- Laboratoires de virologie fruitière et de biologie moléculaire composés de 5 personnes
(2 ingénieurs, 3 techniciens).
- Serre d'indexage et pépinières - vergers d'études
Période : 6 mois entre Mars et Septembre
Niveau : Etudiant en IUT-BTS ou Universitaire de Licence 3 à Master 2 avec une finalité
appliquée/professionnelle avec formation en pathologie végétale et biologie moléculaire.
Lieu : Prigonrieux (Dordogne), à 6 km de Bergerac et 90 km de Bordeaux
Indemnité : Indemnité forfaitaire révisable au 1er janvier de chaque année
(436,05 € au 1er janvier 2014)
Centre Technique Interprofessionnel des fruits et légumes
28, route des Nébouts – 24130 PRIGONRIEUX - ℡ 05 53 58 00 05 – 05 53 58 17 42