Appel d`offres pour un logiciel de gestion de biobanque expérimentale

 Appel d’offres pour un logiciel de gestion de biobanque expérimentale 1) Description et objectif du marché Le présent appel d'offres a pour objet l'acquisition, l'installation et l'adaptation d'un logiciel de gestion de biobanque expérimentale. Ce logiciel est destiné à remplacer l'actuel logiciel de la base de données du Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) avec ajout de certaines fonctionnalités devenues indispensables. La description de ce marché est détaillée dans les Spécifications Techniques annexées à ce cahier des charges (cf. Annexe A). L’annexe B est un tableau récapitulant les besoins fonctionnels pour chaque module ou profil d’utilisateur. Ce document sera complété par chaque soumissionnaire à cet appel d’offres. L’annexe C est un tableau récapitulant le prix des fournitures et services. Enfin, l’annexe D liste les besoins additionnels non couverts par cet appel d’offres mais qui néanmoins nécessite une évaluation des coûts pour éventuel achat ultérieur. L'appel d'offres vise à sélectionner un fournisseur capable de proposer un tel logiciel pouvant s'intégrer au système d’information de l’unité CNRS hébergeur et se conformer à la Politique du Système d’Information. Si la version de base du logiciel proposé par un fournisseur ne dispose pas de toutes les fonctionnalités requises, il sera nécessaire de l’adapter selon les spécifications du présent cahier des charges. L'appel d'offres comprend également des prestations de service associées prévoyant la gestion par le lauréat, pour toute la durée du contrat, de divers aspects de service qu'il doit obligatoirement assurer, tels :  l'installation du logiciel avec toutes les éventuelles adaptations;  la récupération des données et des documents du système actuel et leur intégration dans le nouveau logiciel; UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected]  la maintenance applicative et corrective;  l'aide et l'assistance aux utilisateurs;  la consultance sur site;  la formation. La formation devra tenir compte des modifications, adaptations et développements, par rapport à la version "standard" ou de base du logiciel, réalisés spécifiquement pour RHEM. Le RHEM souhaite obtenir un schéma de formation structuré et complet qui sera proposé aux différents types de profils utilisateur. La solution informatique doit permettre la consultation web par au moins 200 utilisateurs nommés. Tous les services demandés dans le contrat devront être assurés en langue anglaise uniquement. 2) Critères de pré‐sélection a) Capacité financière et économique Le soumissionnaire doit disposer d'une capacité économique et financière suffisante pour lui permettre d'exécuter le marché dans le respect des dispositions contractuelles. Si à la lumière des informations fournies, le RHEM a de sérieux doutes quant à la capacité financière du soumissionnaire ou si celle‐ci s'avère clairement insuffisante pour exécuter le marché, l'offre pourra être rejetée sans que le soumissionnaire puisse prétendre à une quelconque compensation financière. Le chiffre d'affaires spécifique annuel (pour chacun des 3 derniers exercices financiers) pour la partie vente de LIMS (Laboratory Information Management System) et les services associés seront pris en compte pour évaluer la capacité financière et économique des soumissionnaires. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] De ce fait, l'évaluation de la capacité financière et économique sera effectuée à partir des éléments contenus dans les documents suivants, à fournir par les soumissionnaires: ‐ des bilans ou extraits des bilans portant au minimum sur les trois derniers exercices clôturés, dans les cas où la publication des bilans est prescrite par la législation sur les sociétés du pays où l'opérateur économique est établi. Si le soumissionnaire n'est pas en mesure de produire les références demandées, il est autorisé à prouver sa capacité économique et financière par tout autre moyen jugé approprié par le pouvoir adjudicateur. Egalement, le soumissionnaire pourra faire valoir les capacités d'autres entités, quelle que soit la nature juridique des liens existant entre lui‐même et ces entités. Il doit dans ce cas prouver au pouvoir adjudicateur qu'il disposera des moyens nécessaires pour l'exécution du marché, par exemple par l'assurance de l'engagement de ces entités à les mettre à sa disposition. Dans ce cas, le pouvoir adjudicateur a le droit de refuser la candidature ou l'offre soumise s'il a des doutes quant à l'engagement du tiers. b) Capacités technique et professionnelle Le soumissionnaire doit disposer d'une capacité technique et professionnelle suffisante pour lui permettre d'exécuter le marché dans le respect des dispositions contractuelles. Si à la lumière des informations fournies, le pouvoir adjudicateur a de sérieux doutes quant à ses capacités techniques et professionnelles ou celles‐ci s'avèrent clairement insuffisantes pour exécuter le marché, l'offre pourra être rejetée sans que le soumissionnaire puisse prétendre à une quelconque compensation financière. Pour le marché objet de cet appel d'offres, le pouvoir adjudicateur exige des soumissionnaires qu'ils disposent des capacités techniques et professionnelles suivantes: ‐ Ressources humaines UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Une équipe d'experts dans le domaine du développement, du support et de la maintenance du logiciel proposé, composée d'un minimum de 2 personnes, dans laquelle au moins le chef de projet doit avoir une expérience confirmée de 5 années dans le domaine de l'appel d'offres. ‐ Nombre de clients‐Expérience dans le domaine ‐ Une expérience d'au moins trois ans dans des prestations/livraisons de LIMS est demandée aux soumissionnaires. L'évaluation de la capacité technique et professionnelle sera effectuée à partir des éléments contenus dans les documents suivants, à fournir par les soumissionnaires:  Il devra être produit un document faisant état de la composition de l'équipe responsable des prestations sur ce contrat.  La présentation d’une liste des principaux services et livraisons de fournitures effectués au cours des trois dernières années, indiquant leur montant, leur date et leur destinataire, public ou privé. Le soumissionnaire pourra faire valoir les capacités d'autres entités, quelle que soit la nature juridique des liens existant entre lui‐même et ces entités. Il doit dans ce cas prouver au pouvoir adjudicateur qu'il disposera des moyens nécessaires pour l'exécution du marché, par exemple par l'assurance de l'engagement de ces entités à les mettre à sa disposition. Dans ce cas le pouvoir adjudicateur a le droit de refuser la candidature ou l'offre soumise s'il a des doutes quant à l'engagement du tiers. 3) Critères d’attribution a) Evaluation des offres Le marché sera attribué à l'offre économiquement la plus avantageuse. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Le nombre de points obtenus pour le critère prix sera additionné au nombre de points obtenus lors de l'évaluation des critères qualitatifs. La pondération accordée au nombre de points de chaque type de critère est indiquée dans la formule suivante: (Points critère prix) * [40%] + (Points critères qualité) * [60 %] L'offre ayant le plus grand nombre de points après application de la formule ci‐avant sera classée en première position. b) Méthodologie d'évaluation Les offres des soumissionnaires restants en compétition à l'issue de la vérification des critères d'exclusion et de pré‐sélection seront évaluées sur la base des critères d'attribution à l'aide du dossier d'offre du soumissionnaire incluant les annexes B, C et D complétées. Les soumissionnaires seront contactés par le RHEM pour réaliser une démonstration de leur logiciel sur site. Durant cette démonstration, le RHEM se chargera notamment de vérifier la bonne adéquation du logiciel proposé avec ses besoins. Les données recueillies à la suite de cette phase d'analyse complémentaire permettront d'affiner les cotations initiales et d'obtenir la note finale pour la partie qualité. Pour être retenues dans la phase suivante d'évaluation du prix, les offres des soumissionnaires devront obtenir les minima requis pour la partie qualité : ‐ un minimum de [39] points sur [55] pour le critère 1: qualité fonctionnelle ‐ un minimum de [12] points sur [15] pour le critère 3: qualité technique c) Evaluation des critères qualité L’évaluation des offres sera effectuée sur la base des critères suivants. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Critère qualité 1La qualité fonctionnelle de la solution proposée (Maximum 55 points) La qualité sera évaluée en s’appuyant sur la description des besoins (Annexe A) et à travers les réponses au questionnaire (Annexe B) portant, entre autre, sur les aspects suivants:  Présence des fonctionnalités demandées dans la version de base du logiciel;  Possibilité de développer les fonctionnalités manquantes et leurs délais de livraison;  Possibilité de développements spécifiques pour les versions futures du logiciel (Annexe D);  Récupération des données existantes; Critère qualité 2La qualité des Services (Maximum 20 points) La qualité des services sera évaluée à travers les informations fournies par les soumissionnaires et portant, entre autre, sur les aspects suivants:  Formation des utilisateurs (sur la version du produit déjà adaptée);  L'aide à l'utilisation (de la version du produit déjà adaptée): disponibilité, temps de réaction;  Disponibilité et temps de réponse pour la maintenance et les mises à jour;  Disponibilité et temps de réponse pour le support téléphonique, outils mis en place;  Qualité des services associés. Critère qualité 3La qualité technique (Maximum 15 points)  La conformité avec les standards informatique du système d’information de l’unité CNRS hébergeur (Annexe A);  Composants logiciels fournis et intégration;  Installation, configuration et administration;  Exploitation et tests de performances;  Sécurité;  Paramètres d’accès décrits en Annexe B. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Critère qualité 4L'ergonomie, à évaluer après démonstration auprès du RHEM (Maximum 10 points)  Facilité d'utilisation du LIMS selon les profils utilisateurs;  Facilité d’utilisation du module d’interrogation de la biobanque;  Appréciation de l’ergonomie et des outils proposés (Cf Annexe B);  Aspects techniques. d) Evaluation du prix des offres Le cahier des charges comprend une ventilation des prix unitaires pour les fournitures et les services. Le critère d'attribution "prix" prend en considération les prix unitaires et les quantités de fournitures et de services annoncées pour couvrir le contrat‐cadre sur sa durée totale. Ces prix unitaires seront pris en compte, aux fins de l'évaluation des offres sans que cela ne représente un engagement de l'institution quant aux prestations réelles. Il est donc impératif que les questionnaires Prix (Annexe C & Annexe D) soient complétés de manière exhaustive. Afin de comparer les offres financières, un Prix total sera calculé sur base des éléments suivants: ‐ Prix de la fourniture de base (Annexe C) Le prix forfaitaire pour l'acquisition du logiciel de gestion de biobanque expérimentale répondant aux critères décrits en Annexe A et B et son installation. ‐ Prix de la récupération des données (Annexe C) Ce prix comprend la récupération des données et les documents existants dans la solution informatique utilisée à ce jour par le RHEM et leur intégration dans le nouveau. ‐ Prix des besoins fonctionnels additionnels (Annexe D) UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Pour chaque besoin fonctionnel additionnel, le soumissionnaire précisera sa capacité à la développer et le coût que cela représentera. ‐ Prix des Services (Annexe C) ‐ Maintenance applicative et corrective y compris l'aide et l'assistance aux utilisateurs (Coût pour 3 ans) ‐ Formation (2jrs) + support Les évaluateurs accorderont un maximum de 100 points au Prix total. L'offre la moins chère (ayant atteint le minimum fixé au niveau de l'évaluation qualitative) obtiendra le maximum de points. Les autres offres se verront attribuer des points proportionnellement à l'offre la moins chère. La formule à utiliser pour l'attribution des points au critère prix sera la suivante: (Pm / Po) * 100 (Pm: prix de l'offre la moins chère‐Po: prix de l'offre à évaluer) 4) Communication des résultats Le pouvoir adjudicateur informera simultanément et individuellement chaque soumissionnaire écarté, par lettre et par email ou télécopie que son offre n'a pas été retenue. Tout soumissionnaire écarté peut obtenir des informations complémentaires sur les motifs du rejet de son offre, sur demande écrite, par lettre, par télécopie ou par courrier électronique. Seuls les soumissionnaires ayant fait une offre recevable pourront demander les caractéristiques et avantages relatifs de l'offre retenue ainsi que le nom de l'attributaire. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Sont jugées recevables les offres des soumissionnaires qui ne sont pas exclus et qui satisfont aux critères de pré‐sélection. Toutefois, la communication de certains éléments peut être omise dans le cas où elle ferait obstacle à l'application des lois, serait contraire à l'intérêt public, porterait préjudice aux intérêts commerciaux légitimes d'entreprises publiques ou privées ou pourrait nuire à une concurrence loyale entre celles‐ci. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Annexe A Ce document liste successivement les besoins fonctionnels, d’usage, d’intégration, de reprise et de maintenance. Les besoins fonctionnels listés ci‐dessous sont tous attendus dans la version finalisée de ce nouveau logiciel. Le RHEM accepte la livraison séquentielle des différentes fonctionnalités. Néanmoins le délai de livraison pour chacune d’elles devra être spécifié dans l’annexe B. 1) Besoins fonctionnels obligatoires a) Gestion des commandes comprenant :  Le passage de commande qui doit prendre en compte toutes les informations sur :  le projet expérimental, (nom, N° saisine, définition de la question scientifique, niveau de visibilité des blocs)  les animaux (nom de la lignée, génotype, âge, sexe)  les échantillons à traiter (type d’organes, spécifications),  les traitements préalables réalisés sur les échantillons par l'utilisateur (fixation et décalcification),  les traitements des échantillons demandés par l'utilisateur au service technique paraffine et au service technique cryotomie. Selon le service sélectionné, la procédure de commande différera pour s’adapter au mieux aux pratiques des 2 plateaux,  la réalisation des lames à produire à partir de chaque échantillon (méthode de coupe, nombre de lames, nombre de coupes par lames…),  les traitements à réaliser sur les lames par le plateau (colorations, immunomarquages, HIS, etc),  la numérisation des lames (objectif de numérisation, crédit utilisé),  L’attribution à chaque commande d’un N° unique et l’identification spécifique de chaque bloc selon la nomenclature suivante : Animal : AA‐SS‐aaaa Bloc : AA‐SS‐aaaa‐NN Lame: AA‐SS‐aaaa‐NN‐LLLL‐Abbréviation type de traitement UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected]  Le passage de commandes à partir d'échantillons déjà inclus,  Le prêt des échantillons à un autre utilisateur afin qu'il puisse passer une commande sur ces échantillons,  La gestion des transferts de commandes (suivi des expéditions entre les sites et le plateau technique),  Le suivi de l'avancement du traitement des commandes par l'utilisateur,  L’accès aux informations associées à chaque bloc dont le nombre de lames réalisées et leurs traitements ainsi que l’épuisement du bloc,  L’affectation d’un bloc, voire d’un lot de blocs appartenant à une commande ou à un projet, à la biobanque expérimentale en le (les) rendant consultable(s) en ligne.  Des fonctionnalités pour les référents de site : ‐de la validation de l’expédition et de la réception des commandes.  Des fonctionnalités pour le chef d’équipe: ‐de retrait d’un membre de son équipe, ‐de don de blocs à une personne quittant son équipe. b) Gestion du plateau technique comprenant :  Des fonctionnalités pour le personnel du plateau technique avec un tableau de bord permettant une vue d’ensemble des commandes en cours et la possibilité :  d’enregistrer la réalisation de chaque étape du traitement d'une commande  d’enregistrer des modifications potentielles entre ce que l'utilisateur a demandé et ce qui a été réalisé  d’enregistrer l’épuisement d’un bloc  de gérer les réceptions et les expéditions des commandes  de gérer les expéditions des lames à la numérisation  d’imprimer un format d’impression prédéfini par rôle  d’éditer les codes‐barres des lames sur la commande papier pour que ces derniers soient reconnus par un graveur de lames (dans le cas d’un nombre limité de lames)  de télécharger pour chaque commande la liste sous format Excel des lames à produire afin que ce fichier soit reconnu par un graveur de lames ou un scanneur de lames.  Des fonctionnalités de paramétrage pour les administrateurs des 2 plateaux techniques:  des programmes d'inclusion en paraffine, UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] 
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des méthodes de congélation, des méthodes de coupes, des types de traitement des lames des traitements de lames.  Des fonctionnalités pour l’administrateur global :  d’export sous format Excel des données sur les prestations de services selon des périodes définies par l’administrateur (par site, par équipe, par chercheur, par technicien).  de paramétrage : ‐des utilisateurs ‐des groupes de recherche ‐des sites ‐des espèces animales ‐des organes traités ‐des génotypes ‐des méthodes de fixation ‐des fixateurs ‐des décalcifiants c) Module d’interrogation en ligne : Les modalités de fonctionnement de la biobanque seront les suivantes : 
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La biobanque expérimentale sera consultable en ligne sur une page web indépendante du logiciel de gestion de la biobanque. A l’aide d’une recherche avancée (espèce animal, génotype, organe, type de bloc) il sera possible de filtrer les informations et d’interroger les bases de données. Un tableau listera les blocs répondants à la recherche et affichera les infos associées (espèce animal, génotype, traitement, etc.). Un formulaire de demande d’accès à un bloc sera proposé et sera transmis à l’administrateur. Sur la commande devra apparaître que celle‐ci se fait dans le cadre de la valorisation de la biobanque => tagger une commande sur bloc prêté 2) Besoins fonctionnels additionnels UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] Ces besoins ne sont pas couverts par cet appel d’offre néanmoins ce sont des évolutions de l’application qui seront envisagées ultérieurement. Il est donc nécessaire que le soumissionnaire spécifie ces capacités à proposer ces évolutions et estime leurs coûts (Cf Annexe D à compléter). Ces besoins fonctionnels additionnels consistent à (classement selon un ordre de priorité croissante) : 1‐Passer des commandes de lames contenant des sections de 2 blocs différents (lames dîtes « multi‐blocs »). Cette fonctionnalité sera accessible à la fois pour le service paraffine et le service cryotomie. 2‐Demander un traitement sur une lame existante archivée. 3‐Passer des commandes de clarification d’échantillons auprès du service cryotomie. 4‐Créer un profil « Pathologiste ». Celui‐ci aura accès à de nouvelles fonctionnalités qui sont :  L’accès à la demande de l’utilisateur pour une analyse histopathologique et/ou histomorphométrique  l’accès aux blocs pour lesquels une analyse anatomopathologique est demandée.  l’accès à l'ensemble des informations sur les échantillons à partir desquels les lames à analyser ont été produites (projet expérimental, groupes expérimentaux, animaux, génotypes, traitements).  l’attribution d’un diagnostic lésionnel, mophologique et moléculaire pour un projet.  l’affectation d’images, de commentaires sous forme de compte‐rendu et de fichier excel ainsi que d’annotations sur les images.  l’attribution d’un diagnostic lésionnel, mophologique et moléculaire pour un bloc.  l’affectation d’images à une lame, de commentaires ainsi que d’annotations sur les images.  le passage d’une commande de lames et de marquages supplémentaires à partir de blocs existants sans faire appel au propriétaire des blocs. 5‐S’interfacer/communiquer avec un logiciel de gestion d'animalerie (web service). 6‐Créer un module de demande de création de blocs de Tissue Micro‐Arrays (TMA) à partir de blocs paraffine existants ou de demande de lames blanches issues de blocs TMA déjà existants et appartenant au RHEM. 3) Besoins d’usage La solution logicielle doit pouvoir être accessible via un navigateur (Safari, Chrome, Firefox) sans installation pré requise sur chaque poste de travail. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected] 4) Besoins d’intégration Cette application sera connectée à : 
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un annuaire LDAP, pour l’identification de chaque utilisateur ce qui permettra de d’obtenir certaines informations (adresse mail et N° de téléphone). Une application tierce qui gère les crédits d’imagerie des utilisateurs 5) Besoins de reprise La proposition devra comprendre l’activité de reprise des données existantes et leurs adaptations aux nouvelles nomenclatures adoptées. Le soumissionnaire devra expliquer comment il procédera et quels seront les délais estimés. Volumétrie estimée : 300 utilisateurs, 50 000 blocs, 90 000 lames. 6) Installation Le logiciel sera installé sur un serveur debian version stable. La proposition doit comporter un planning de mise en production avec le détail des différentes étapes, les moyens humains et techniques mises en œuvre ainsi que les documents d’installation de l’application et du serveur. 6) Besoins de maintenance La proposition devra préciser le montant de la maintenance curative forfaitaire annuelle. La solution devra évoluer avec les mises à jours de sécurité du serveur, des langages utilisés, des navigateurs. Le soumissionnaire devra spécifier le délai d’intervention en cas de panne. 7) Besoins de formation La proposition devra comprendre à minima deux journées de formation avec fourniture du support de formation : une dédiée aux utilisateurs et une autre pour le personnel technique et les administrateurs. UMS BioCampus Montpellier c/o Institut de Génomique Fonctionnelle ‐ 141 rue de la Cardonille – Montpellier – F‐34094 Cedex 5 – France Tel : +33 (0) 499 636 045 – Courriel : [email protected]