Protein and Peptide Chemistry Facility (PPCF) et Tumor Proteome

Protein and Peptide Chemistry Facility (PPCF) et Tumor Proteome Analysis Facility
(CTPAF)
La mission de la plate-forme “Protein and Peptide Chemistry Facility” (PPCF) consiste à
informer les chercheurs sur la synthèse de peptides et la structure de protéines, ainsi que de
proposer les ressources leur permettant de développer leurs propres compétences en
synthèse de peptides, en purification de peptides ou de protéines et en analyse par
spectrométrie de masse. Les prestations de la PPCF s’appliquent aussi bien à des projets de
recherche fondamentale qu’à des projets de recherche clinique, grâce au soutien
opérationnel des chimistes de la plate-forme, spécialistes en protéomique.
La PPCF offre un soutien technologique à un grand nombre de groupes travaillant en
recherche sur le cancer dans la région lausannoise (Institut Ludwig, ISREC, CePO, CHUV).
La PPCF s’investit depuis 2001 dans le programme d’oncologie moléculaire NCCR.
La plate-forme a un intérêt particulier à developper des technologies pour l’analyse de
protéines par spéctrométrie de masse en collaboration avec le “Biomolecular Mass
Spectrometry Laboratory” (LSBM) de “ l’Institute of Chemical Sciences and Engineering”
(ISIC) de l’EPFL. Au niveau administratif, la PPCF est liée au Département de Biochimie
(DB/FBM/UNIL, www.unil.ch/ib/page9229.html). Le but de la PPCF est de proposer un
soutien technologique, des activités de recherche et d’enseignement touchant à divers
aspects de la chimie des peptides et des protéines. Ces prestations sont destinées à la
communauté scientifique aussi bien de Lausanne que d’autres régions géographiques.
Depuis sa création au DB (1992), la PPCF a développé les activités suivantes:
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La PPCF fournit des outils et des produits de synthèse à des prix abordables pour la
recherche fondamentale et clinique.
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La PPCF propose aux demandeurs des conseils et des services de consultant dans les
divers domaines de la chimie des protéines.
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La PPCF participe à l’enseignement (cours et travaux pratiques) organisés par le DB
dans le cadre des programmes destinés aux étudiants, aux Masters et aux PhD.
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La PPCF a développé un essai de dégradation in vitro pour l’analyse de production
d’antigènes peptidiques tumoraux (J. Immunol., 2002, 169, 4161-4171).
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Depuis 2005, les ressources et les instruments de la PPCF sont mis à disposition de la
“Clinical Tumor Proteome Analysis Facility” (CTPAF), dans l’attente de la mise en place
opérationnelle de cette dernière, dans le cadre de la “Molecular Biomarker Facility” du
« Lausanne Cancer Center » qui est en cours de création.
Tumor Proteome Analysis Facility (CTPAF)
La mission de la “Tumor Proteome Analysis Facility” (CTPAF) (www.nccroncology.ch/scripts/index.aspx?idd=154) est de caractériser le protéome d’échantillons
cliniques et d’élucider son lien avec un état de santé, un cancer, ou une intervention
thérapeutique. Les échantillons analysés par cette plate-forme proviendront de la recherché
aussi bien expérimentale que clinique.
La plate-forme sera à même de préparer des d’échantillons cliniques (fluides biologiques,
cellules, tissus) de sujets sains ou des patients atteints de cancer et d’établir le profil des
protéines contenues dans ces échantillons, par spectrométrie de masse.
Son intégration à la “Molecular Biomarker Facility” (MBF) du « Lausanne Cancer Center »
(LCC) en cours de création est essentielle pour les projets impliquant des patients et des
échantillons cliniques et permettra une étroite collaboration avec les chercheurs en clinique.
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Identification et études de marqueurs biologiques par les méthodes de la protéomique
(CTPAF)
La technologie de la protéomique s’est avérée précieuse pour l’identification de protéines ou
de fragments protéiques présents dans l’environnement d’une tumeur cancéreuse dont
d’infimes quantités sont décelées dans le sang. Ces marqueurs tumoraux peuvent être utiles
à des fins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques. A ce jour, 1261 protéines ont été
identifiées comme des biomarqueurs potentiels de tumeurs dont le taux d’ expression
diffère entre les malades et les sujets sains et qui, moyennant des méthodes de dosage
suffisamment sensibles, sont utiles en particulier pour le dépistage précoce .
Notre plateforme technique de protéomique basée sur la Spéctrométrie de Masse (MS), a
précisemment pour objectif l’identification et la caractérisation de tels marqueurs associés au
développement tumoral et à l’angiogénèse dans les liquides biologiques de patients
cancéreux. Ces méthodes permettent aussi de déceler des modifications des structures posttraductionnelles de protéines qui résultent de la présence de tumeurs.
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