Programme détaillé des enseignements

Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
Programme détaillé des enseignements
SEMESTRE S1
Tronc commun à tous les parcours
Type
d'U.E.
F
mutualisé
NSA (1)
F
mutualisé
NSA et
Bioinfo
F
mutualisé
NSA
F
mutualisé
NSA
F
Intitulé et descriptif des U.E.
Langues, (service commun de langues
vivantes).
Formation
à
la
compréhension
des
documents
scientifiques, la rédaction de résumés
et exposés, la participation à des
conférences
Bioanalyse
1
(bioinformatique)
(UBP). L’objectif consiste à acquérir la
maîtrise des outils standards pour
l’analyse
bioinformatique
des
séquences.
La
représentation
informatique des concepts de la
biologie et la notion d’algorithmique
pour la biologie seront abordés à
travers la modélisation du concept de
gène, l’étude de l’algorithme N&W et
du programme BLAST
Contrôle de l’expression des gènes
eucaryotes (UBP) : Contrôle au niveau
transcriptionnel.
Contrôle
posttranscritionnel au niveau du message
(stabilité du message, régulation par
épissage alternatif, épissage cis et
trans, édition) . Contrôle traductionnel
(mécanisme d’initiation externe et
interne, stratégies de régulation).
Contrôle
post-traductionnel
(phosphorylation, contrôle du cycle
cellulaire).
Transgenèse,
clonage,
modèles
animaux (UBP) : Présentation des
approches de mutagenèse dirigée,
ciblage de gènes transferts de gènes in
vivo. Apports et développement en
physiologie
et
physiopathologie.
Transgénèse
animale
additive,
substitutive et applications. Cellules
souches. Animaux clonés. Modèles
expérimentaux de cancer.
Régulations épigénétiques (UBP) :
Chromatine
et
régulations
épigénétiques
(Chromatine,
remodelage des nucléososmes, code
histone, méthylation). Les RNAi et les
ARNnc (silencing, ARN interférence et
siRNAs, ARNnc diversité et mode
d’action pour les ARNnc de petite
Coef.
1
1
1
1
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
Nombre d'heures par
semestre
CM
TD
TP
50
14
4
22
12 UBP
2 UdA
2 UBP
2 UdA
17 UBP
5 UdA
26
14
22UBP
4UdA
12 UBP
2 UdA
30
10
30 UBP
10 UBP
26
14
26 UBP
14 UBP
Crédits
5
5
5
5
5
Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
F
mutualisé
NSA et
ScM
taille mi RNAs et sno RNAs et de
grande taille riborégulateurs.
Signalisation cellulaire (UBP) :
Présentation d’ensemble des
récepteurs membranaires et nucléaires
et mécanismes de transduction
intracellulaire. Effets cellulaires et
contrôles géniques. Physiopathologie
et Modulation pharmacologique.
TOTAL HORAIRE S1
1
TOTAL HORAIRE ETUDIANT S1
30
10
30 UBP
10 UBP
126
120
UBP
6 UdA
102
48 UBP
4 UdA
50
SCLV
102
126
5
22
17 UBP
5 UdA
22
(1) Pour les modules mutualisés avec d’autres Masters, NSA= Nutrition, sciences des aliments,
élevage ; ScM= Sciences du médicament ; Bioinfo = Bioinformatique (AMTDB)
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
SEMESTRE S2
Un parcours (Génétique et Signalisation, Oncologie, Neuro-physio-pharmacologie) est
validé par l’obtention d’au moins 3 modules optionnels siglés au nom du parcours.
Type
d'U.E. (1)
F
mutualisé
NSA
Op
GenSig
Onco
mutualisé
ScM et
Bioinfo
Op
GenSig
Onco
mutualisé
ScM et
Bioinfo
Op
GenSig
Onco
Intitulé et descriptif des U.E.
Préparation à l’insertion
professionnelle et au stage (UBP)
Réalisation d’un projet technique
avec recherche bibliographique,
expérimentation, rédaction de
mémoire et soutenance orale.
Dynamique
du
génome
des
eucaryotes (UBP) : Les éléments
transposables (divers types, contrôle
de la transposition, impact sur les
génomes,
utilisation),
réarrangements de l’ADN créant des
unités
de
transcription.
L’amplification génique. Dynamique
des séquences répétées et évolution
concertée
Contrôle de la prolifération, de la
survie et de l’apoptose cellulaires
(UBP) : Présentation des acteurs, des
mécanismes et des régulations de :
La division cellulaire (cycle, facteurs
mitogènes,
cibles
et
acteurs
intracellulaires), l’apoptose (Signaux,
mécanismes, rôle), Exemples de
dysfonctionnements du contrôle de
la prolifération et de l’apoptose
(tumorigenèse,
dégénerescence
neuronale, modèles animaux).
Interactions
cellulaires
&
développement
(UBP) :
Bases
moléculaires
de
l’adhérence
cellulaire et de la migration
cellulaire.
Continuum
matrice
extracellulaire
/
Membrane
plasmique / cytosquelette interne et
l’impact de cette inter-relation sur la
morphogénèse et la différenciation
cellulaire. Seront détaillés plus
avant : les interactions cellulaires
dans le développement précoce
(inductions
et
formation
des
feuillets, tissus, organes) ou tardif
chez les vertébrés (reconnaissance
gamétique, fécondation, adhésion,
différenciation, tumorisation, CMH,
TcR)
Coef.
(2)
1
Nombre d'heures par semestre
CM
TD
TP
120
Crédits
5
120 UBP
1
1
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
24
16
24 UBP
16 UBP
32
8
24 UBP
8 UdA
4UBP
4UdA
32
8
24 UBP
8 Lim.
8 UBP
5
5
5
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
Op
GenSig
Onco
Op
GenSig
Neuro
Op
GenSig
mutualisé
NSA
Op
GenSig
mutualisé
NSA
Op
Onco
Génétique
humaine
/
oncogénétique
fondamentale
&
appliquée (UdA) : Spécificités du
génome
humain,
génétique
chromosomique,
hérédité
monogénique et mutations géniques,
génétique des populations et
évolution, génétique des maladies
communes,
prédispositions
au
développement de tumeurs, de la
recherche au diagnostic et au
traitement
Systèmes endocrinien et neuronal
(UBP) :
Présentation d’ensemble du sytème
endocrinien et de son rôle dans
l’homéostasie métabolique, la
morphogenèse, la croissance, la
reproduction et l’adaptation de
l’organisme. Glandes endocrines,
réseaux endocriniens, rythmes, rôles
physiologiques des hormones et
physiopathologies endocriniennes,
Présentation des systèmes de
neuromédiation et de réceptologie.
Génétique et physiopathologies
infectieuses (UdA) : Mécanismes
d’action et déterminisme génétique
des facteurs de pathogénicité
bactériens dans l’immunité innée,
processus d’adhésion et d’invasion,
production de toxines, aspects
thérapeutiques.
Physiopathologie
des infections virales chez l’homme,
multiplication virale, défenses de
l’hôte,
virulence,
résistances,
évolution génétique des souches.
Régulation des gènes par les
nutriments (UBP) : Nutriments,
contrôles géniques, équilibres intracellulaires
hormono-dépendants,
effets bénéfiques ou délétaires.
Contrôle
endocrinien
de
l’alimentation, régulation du glucose
et
métabolisme
énergétique,
maintien de l’homéostasie lipidique,
acides aminés et expression génique,
protéosynthèse, protéolyse.
Physiopathologie de la cellule
cancéreuse & oncogenèse multifactorielle (UdA) : Physiopathologie
de la cellule cancéreuse, Mécanisme
de
l’oncogénèse,
biologie
moléculaire de quelques cancers,
prédisposition
aux
cancers,
biothérapies cellulaire et génique,
multi-chimiorésistance des cancers,
1
1
1
1
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
32
8
32 UdA
8 UdA
30
10
22 UBP
8 UdA
10 UBP
32
8
32 UdA
8 UdA
30
10
30 UBP
10 UBP
32
8
32 UdA
8 UdA
5
5
5
5
5
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
Op
Onco
Op
Onco
mutualisé
NSA
Op
Neuro
Op
Neuro
mutualisé
ScM
Op
Neuro
mutualisé
ScM
Op
Neuro
Op
Neuro
modulation par la thérapeutique
Tissu cancéreux - Relations hôte
/tumeur (UdA) : Interactions stroma
/ cellules tumorales (interactions
physiques, cytokines, stratégies de la
cellule
tumorale,
angiogenèse
tumorale, envahissement locale et
régional par les cellules malignes).
Immunité
anti-tumorale.
Le
processus métastatique ;
Nutrition et cancer (UdA) : Les
facteurs de risque nutritionnels de
cancer (épidémiologie, mécanismes
d’action
des
nutriments
en
oncogenèse, nutri-génétique). Nutriprévention du cancer (nutriments
impliqués, mécanismes moléculaires,
prévention). Nutrition en oncologie.
Neuro-Physiologie
(UBP) :
Embryologie-Structure
et
organisation du système nerveux.
Somesthésie et fonctions sensorielles.
Motricité.
Système
nerveux
autonome
Physio-Pharmacologie
de
la
douleur (UdA) : Neurophysiologie
de la douleur. Neuropharmacologie
de la douleur. Comportements
alimentaires.
Développement
du
système
nerveux et neurodégénerescence
(UdA) : Interaction neurone-glie.
Cellules souches. Mécanisme de la
neuro-dégénérescence.
Dégénérescence cochléo-rétinienne.
Neuropsychopharmacologie (UdA) :
Psychopharmacologie:
Physiologie et neurochimie des
fonctions supérieures et cognitives.
Pathologies psychiatriques et
physiopathologie : syndromes
dépressifs, troubles anxieux, troubles
du sommeil, états psychotiques,
conduites addictives.
Psychopharmacologie. Méthodes
d’étude des médicaments
psychotropes
Physiopathologie
humaine
et
pharmacologie
(UdA) :
Physiopathologie
et
pharmacologie
générales :
mécanismes
physiopathologiques des grandes
maladies.
Principes
des
thérapeutiques pharmacologiques.
Physio-pathologie et pharmacologie
spécifiques centrées sur les maladies
neurologiques,
psychiatriques,
1
40
5
40 UdA
25
15
22 UdA
3 UBP
13UdA
2 UBP
32
8
14 UdA
18 UBP
3 UdA
5 UBP
34
6
34 UdA
6 UdA
32
8
32 UdA
8 UdA
1
32
32 UdA
8
8 UdA
1
40
1
1
1
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
40 UdA
5
5
5
5
5
5
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
F
mutualisé
NSA
cancéreuses et génétiques. En
harmonie avec les thèmes de la
mention.
Insertion Professionnelle - Stage
dans des laboratoires publics ou
privés en fonction du projet
professionnel de l’étudiant, en
France ou à l’étranger. Suivi du
stage par un maître de stage sur le
lieu
du
stage
et
par
un
correspondant universitaire qui suit
son déroulement. Rédaction d’un
mémoire et soutenance orale.
TOTAL HORAIRE S2
1
10
semaines
mini.
479
121
145 UBP, 326
UdA, 8 Lim.
TOTAL HORAIRE ETUDIANT S2
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
200
55 UBP
66 UdA
5
120 + stage
120 UBP
120 + stage
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
SEMESTRE S3
Spécialité Recherche Génétique et Physiologie, Les parcours « Génétique et
Signalisation », « Oncologie » et « Neuropharmacologie » sont déterminés par le choix des
modules portant les qualificatifs GenSig, Onco ou Neuro respectivement
Type
d'U.E.(1)
Intitulé et descriptif des U.E.
Coef.
(2)
Stratégies d’analyses intégrées des
génomes (UdA) : Stratégies d’analyses du
génome humain appliquées à la
pathologie, identification de gènes
(maladies
monogéniques
et
mutualisé multigéniques), variabilité du génome
Bioinfo (normale et pathologique), analyses
transcriptomiques, protéomiques, métabolomiques,
bioinformatiques,
génomique
fonctionnelle.
Stratégies
d’analyse et d’accès aux gènes chez les
plantes,
validation
fonctionnelle,
nouveaux variants alléliques, TILLING,
synténie, génomique comparative.
Op
Dynamique du génome (UBP) :
GenSig Mécanismes moléculaires et contrôles
Onco
géniques impliqués dans le maintien de
l’intégrité des génomes et leur capacité de
variation et d’adaptation : élements
transposables
(Drosophile,
plantes),
Réparation et recombinaison de l’ADN
(recombinaison homologue ou illégitime,
mécanismes de détection et de réparation
des lésions de l’ADN chez l’homme et
leurs perturbations pathologiques
Signalisation cellulaire et régulations
Op
GenSig géniques (UBP) : Analyse des réseaux de
Neuro
signalisation chez les végétaux supérieurs
Onco
et chez les mammifères (Souris, homme) :
Contrôles des équilibres cellulaires (Cycle
mutualisé cellulaire, fonctions différenciées, survie,
Bioinfo apoptose)
par
des
récepteurs
membranaires et nucléaires ; interactions
de voies et incidences physiologiques.
Apports des modèles transgéniques
animaux et végétaux. Dérèglements et
pathologies.
Relations hôtes-pathogènes (UdA) :
Op
GenSig Analyse bibliographique approfondie des
Onco
mécanismes d’adhésion, d’invasion et de
production de toxines par les bactéries
mutualisé pathogènes. Analyse des structures
Bioinfo impliquées, de leur déterminisme
génétique, de la régulation de leur
expression par des facteurs bactériens ou
liés à l’organisme hôte. Conséquences
physiopathologiques.
1
Op
GenSig
Onco
Neuro
Nombre d'heures par semestre
CM
CI
TD
TP
20
Crédits
(5 ou
multiple
de 5)
5
10 UBP
10 UdA
1
20
5
12 UBP
8 UdA
1
20
5
20 UBP
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
20
5
20 UdA
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
Op
GenSig
Op
Onco
GenSig
Op
Neuro
Op
Limoges
GenSig
Génétique
du
développement
et
morphogenèse
(UBP) : Principaux
modèles utilisés en biologie du
développement, approches stratégiques
et technologiques (interactions cellulaires,
moléculaires, régulations géniques et
épigénétique, visualisation dynamique en
microscopie optique et laser confocale.
Etude combinée de plusieurs systèmes
pour
aborder
l’ovogenèse,
le
développement
précoce,
la
morphogénèse,
l’identité
cellulaire,
signaux extrinsèques et intrinsèques.
Implication en physiopathologie.
Oncologie moléculaire (UdA) :
La maladie cancéreuse sera abordée sur
les thèmes suivants : - Biologie des
cancers (Physiopathologie moléculaire
des principaux cancers, - Bio prédiction
en cancérologie (Prédiction du risque de
cancer, du pronostic et du comportement
biologique de la tumeur, - Principe des
traitements
anti-cancéreux,
bases
biologiques, biothérapies, vaccins)
Neurosciences (UdA) :
Trois thèmes seront abordés :
*Douleur : Aspects physiopathologiques
des douleurs chroniques, neuroplasticité
et
chronicisation,
cibles
pharmacologiques.
*Neurodégénérescence: Physiopathologie
des
maladies
neurodégénératives,
mécanismes
développementaux
et
régénération.
*Sciences du comportement: motivation,
émotion, cognition, bien-être.
Glycosylation & Modifications posttraductionnelles (Limoges)
Parmi les mécanismes qui contribuent à
la diversité d’expression des génomes la
glycosylation occupe une place éminente.
Ainsi, de façon alternative à la
phosphorylation, elle intervient pour
moduler la transcription ou contrôler la
signalisation
cellulaire.
Etroitement
associée à des processus normaux (Le
développement embryonnaire et la
différenciation
cellulaire)
ou
pathologiques (Métastases des cancers ou
pathogénicité du prion), la glycosylation,
constitue par ses modalités très variées,
l’un des principaux degrés de liberté que
se sont données les cellules eucaryotes au
cours de l’évolution. Les points suivants
seront abordés : - Rôle structural des
glycanes . Synthèse et fonctions des N- et
O- glycanes.- Rôle intracellulaire des
1
20
5
20 UBP
1
20
5
20 UdA
1
20
5
20 UdA
1
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
20
5
20 Lim.
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
Op
Limoges
GenSig
glycanes et fonctions des glycanes dans
les glycoprotéines extracellulaires. –
Maladies génétiques liées aux défauts de
glycosylation
Génétique du système immunitaire
normal et de la transformation maligne
(Limoges) : Les cellules de l’immunité
ont un fort potentiel de renouvellement
et de différenciation. Divers « switch »
biologiques contrôlent l’activation des
gènes de réponse immune, permettant
des réponses adaptées tout en
maintenant le système immunitaire dans
ses limites physiologiques. Des
perturbations de ces mécanismes sont à
l’origine des syndromes immunoprolifératifs. Les points suivants seront
abordés : - remodelage chromatinien des
loci actifs dans les cellules de l’immunité
et action des éléments cis- régulateurs. –
Récepteurs de surface, migration
cellulaire et homéostasie des
compartiments lymphoïdes. –
Immunologie et onco-hématologie.
1
TOTAL HORAIRE S3
TOTAL HORAIRE ETUDIANT S3
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
20
5
20 Lim.
180
62 UBP
78 UdA
40 Lim.
120
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Master Génétique et Physiologie
Spécialité Génétique, Physiologie
SEMESTRE S4
Spécialité Recherche Génétique et Physiologie
Stage ou
mémoire de
recherche
Stage de MII
(Pour le stage
de MI, voir
précédemment)
Nature et mode de validation
Stage de recherche dans un laboratoire d’accueil
appartenant à l’école doctorale « Sciences de la Vie et de
la Santé » (liste ci-après). Rédaction d’un rapport et
soutenance devant un jury d’une douzaine de membres et
constitué chaque année à partir de la liste de l’ensemble
des enseignants et responsables d’équipes d’accueil de
Clermont-Ferrand et de Limoges.
Procédure pour les choix de stages : 1- Sélection des sujets
proposés par le conseil de master et soumission des sujets
retenus aux étudiants, 2- Entretiens étudiants-porteurs de
stages, 3- Attribution des stages sur les vœux des
étudiants et la qualité de leurs entretiens avec les maîtres
de stage.
Université Blaise Pascal – www.univ-bpclermont.fr
Durée
(en semaines)
24
Crédits
(multiple
de 5)
30
(840 h)
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