RIBES Vanessa - L`Institut de Formation Doctorale

ED BIO SORBONNE PARIS CITE Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2016-2017
Renseignements relatifs à l’Unité de Recherche :
Label et intitulé : Institut Jacques Monod UMR7592
Nom et prénom du Directeur : Giuseppe Baldacci
Téléphone :
01 57 27 81 39
Télécopie : 01 57 27 81 35
Courriel: [email protected]
Renseignements relatifs à l’Equipe :
Nom de l’Equipe d’Accueil : Réseaux transcriptionnels et différenciation neurale
Nom et prénom du responsable : Ribes Vanessa
Qualité du responsable : Chargée de Recherche de classe 1, INSERM
Téléphone :
06 49 45 08 82
Télécopie : 01 57 27 81 35
Courriel : [email protected]
Renseignements relatifs au sujet de thèse :
Nom et prénom du Directeur de thèse (HDR) : Ribes Vanessa
Qualité : Chargée de Recherche de classe 1, INSERM
Téléphone :
06 49 45 08 82
Télécopie : 01 57 27 81 35
Courriel : [email protected]
Titre du sujet proposé :
(En français) Variations dans les paysages génomiques induits par les facteurs de transcription
PAXFOXO1 responsables de la plasticité phénotypique des rhabdomyosarcomes
(En anglais) Dynamics in genomic landscapes triggered by PAXFOXO1 and underlying
Rhabdomyosarma plasticity
Département (cocher le département correspondant au sujet de thèse qui n’est pas obligatoirement le
vôtre) :




Biologie Cellulaire et moléculaire, Physiologie et Physiopathologie
Immunologie
Développement Génétique Neurobiologie et Vieillissement
Infectiologie, Microbiologie
Summary (5 lines maximum) :
The PhD project aims to determine the cellular and molecular mechanisms by which fusion transcription
factors emanating from chromosome translocations induce tumorigenic cellular transformations leading
to Rhabdomyosarma. It will involve the manipulation of chick embryos and of Embryonic Stem cells and
is based on the use of cutting edge approaches such as ATACseq or Mass-spectrometry. Finally,
collaborations with clinicians will be developed
Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2016-2017
(L’ensemble de cette fiche ne doit pas dépasser 1 page)
Nom, prénom du directeur de l'unité de recherche : Baldacci Giuseppe
Numéro de l'unité de recherche (et établissement de rattachement) : UMR7592
Nom, prénom du responsable de l'équipe d'accueil (EAD) : Ribes Vanessa
Nom, prénom du directeur de thèse : Ribes Vanessa
Titre du sujet de thèse proposé :
(en anglais)
Dynamics in genomic landscapes triggered by PAXFOXO1 and underlying Rhabdomyosarma plasticity
Citer 5 mots clés :
(key words)
Rhabdomyosarcomes, Cellular transformations, Transcriptional regulation, Protein partners,
PAX transcription factors
Candidat pressenti :

OUI

Contenu scientifique du programme de la thèse (en anglais)
The project aims to make significant contributions in understanding the molecular mechanisms by which
PAX3FOXO1 and PAX7FOXO1 fusion transcription factors trigger trans-differentiation into tumourigenic
cells and cause Rhabdomyosarma (RMS). For this, we will use two distinct and new models. First,
overexpression of these fusion genes in chick embryos enable the characterization of cell and non-cell
autonomous effects, as well as the invasive behaviour of transdifferentiated cells. Second, an embryonic
stem cell based model will allow us to tune 3 parameters: the levels of expression of the fusion genes,
the types and the differentiation stage of cells in which they will be expressed. We plan to analyse the
impact of these 3 parameters onto the transcriptome and phenotypic cell states by combining RNAseq
experiments with classical histological analyses. Then, we will test whether the propensity of
PAXFOXO1 protein to trigger transdifferentiation relies on pioneer properties, by notably examining the
opening state of chromatin in PAXFOXO1 bound domains. Finally, we will fish out and determine the role
of their protein partners in the control of the transcriptional state of cells; these proteins represent new
drug targets to overcome the shortened life span of children affected by RMS.
Indiquez les cinq meilleures publications récentes de l’équipe :
1) Curto GG, Gard C, Ribes V. 2015. Structures and properties of PAX linked regulatory networks
architecting and pacing the emergence of neuronal diversity. Semin Cell Dev Biol. Aug;44:75-86.
2) Moore S, Ribes V, Terriente J, Wilkinson D, Relaix F, Briscoe J. 2013. Distinct regulatory
mechanisms act to establish and maintain Pax3 expression in the developing neural tube. Plos Genetics.
2013;9(10):e1003811.
3) Balaskas N, Ribeiro A, Panovska J, Dessaud E, Sasai N, Page KM, Briscoe J, Ribes V. 2012. Gene
regulatory logic for reading the sonic hedgehog signaling gradient in the Vertebrate neural tube. Cell.
148:273-284.
4) Cruz C, Ribes V, Kutejova E, Cayuso J, Lawson V, Norris D, Stevens J, Davey M, Blight K, Bangs F,
Mynett A, Hirst E, Chung R, Balaskas N, Brody SL, Marti E, Briscoe J. 2010. Foxj1 regulates floor plate
cilia architecture and modifies the response of cells to sonic hedgehog signalling. Development.
137:4271-82.
5) Ribes V, Balaskas N, Sasai N, Cruz C, Dessaud E, Cayuso J, Tozer S, Yang LL, Novitch B, Marti E,
Briscoe J. 2010. Distinct Sonic Hedgehog signaling dynamics specify floor plate and ventral neuronal
progenitors in the vertebrate neural tube. Genes Dev. 24:1186-200.