Vol. 13 No 2, 2002 - groupetraduction.ca

Groupe traduction
PHARMATERM
Bulletin terminologique
de l’industrie pharmaceutique
Volume 13, n° 2, 2002
De novo, un terme d’avenir (2e partie)
L’exploration amène à parcourir des chemins inconnus et difficiles. De même, cette
recherche nous a conduite à suivre des pistes multiples dans des domaines de plus en plus
spécialisés et fort complexes. Le résultat que nous vous livrons ne répondra peut-être pas
aux besoins concrets et immédiats du langagier. Néanmoins, le terme de novo foisonne
dans les textes scientifiques et se rattache aux domaines les plus prometteurs de la
recherche de nouveaux composés thérapeutiques. Pour ces raisons, ne mérite-t-il pas
d’être un peu apprivoisé?
Dans notre précédent article (Vol. 12, no 3, 2001), nous avons vu que le latinisme de
novo s’utilise, notamment, dans des textes portant sur le cancer, pour désigner une lésion
sans cause préexistante connue. On le trouve ainsi défini dans divers dictionnaires relatifs à la génétique et à la biologie cellulaire1,2,3. Dans le domaine de la génétique, la locution s’emploie également dans l’expression de novo mutation4, que nous nous
attacherons, dans le présent article, à situer en contexte et à définir. Nous tenterons également d’élucider le sens d’autres termes formés avec de novo et relevant de disciplines très
interreliées comme la biochimie, la biologie moléculaire, le génie génétique, la génétique
moléculaire, la bio-informatique et les sciences biologiques en général où des expressions
comme de novo synthesis, de novo pathway, de novo sequencing et de novo design sont
d’usage.
En anglais, l’expression de novo mutation ne semble pas encore faire l’objet d’une
définition officielle, mais de nombreux contextes permettent d’en cerner le sens.
En voici un :
« Andy’s doctor explains that while two-thirds of cases are familial, about a
third of DMD cases are de novo, or sporadic, meaning that the mutation
arose spontaneously and is not possessed by other family members. […] If
Andy’s mutation is de novo, his mother is not a carrier and his siblings are
not at risk for inheriting the mutation5. »
En français, on trouve dans l’Internet un glossaire de termes relatifs à la génétique
moléculaire et au génie génétique où l’expression neo-mutation [sic], synonyme de
mutation de novo6, est définie sommairement comme « une mutation apparaissant chez
un enfant et non présente chez son parent ». La mutation de novo serait, en quelque sorte,
une mutation nouvelle, spontanée, sans cause préexistante connue. On retrouve ici le sens
général de de novo dont nous avons fait état dans notre précédent article, à propos du
cancer.
Par ailleurs, de nombreux livres et dictionnaires de génétique7,8, mais aussi de
biochimie9,10,11 et de biologie moléculaire12,13 donnent encore une autre signification au
latinisme dans les expressions de novo synthesis et de novo pathway. Selon ces ouvrages,
de novo s’applique, de façon générale, à un processus biologique spontané de synthèse de
molécules « from simple precursors14,15,16,17 », « from dissimilar compounds18 or
groups19,20 » et, de façon plus particulière, à une voie métabolique de biosynthèse des
nucléotides [purines et pyrimidines] à partir de précurseurs, intermédiaires dans cette voie
de synthèse21,22,23. Dans ce dernier cas, de novo [pathway] s’oppose à salvage [pathway].
En français, les termes correspondants formés avec de novo comme synthèse de
novo24, biosynthèse de novo25, voie de novo26 et voie de synthèse de novo27, ne semblent
pas encore figurer dans les dictionnaires, mais ils sont largement utilisés. Certains auteurs
emploient aussi le terme néosynthèse comme synonyme de synthèse de novo. (Une
recherche dans l’Internet a donné près de 200 occurrences pour le premier et près de
80 occurrences pour le second.) Voici un exemple de de novo dans ce contexte :
« Pour la biosynthèse des purines, les cellules T et B dépendent d’abord de
la voie de novo, leur capacité d’utiliser la voie de récupération étant moins
grande. Le mycophénolate bloque la voie de novo de biosynthèse des
purines et devrait donc inhiber spécifiquement la prolifération des cellules T
et B sans avoir beaucoup d’effets sur d’autres organes importants28. »
Pour proliférer, les cellules doivent d’abord synthétiser de l’ADN, dont les purines
sont l’un des constituants. La plupart des cellules peuvent synthétiser les purines par deux
voies : la voie de novo et la voie de récupération. Prenons comme analogie la fabrication
du papier. On peut fabriquer du papier à partir d’arbres (ce qui serait la voie de novo) ou
à partir de papier que l’on recycle (ce serait la voie de récupération). Dans l’exemple, pour
empêcher les cellules T et B de proliférer, il suffit de bloquer la voie de novo de synthèse
des purines (de les priver d’arbres en quelque sorte). Privées d’un des constituants essentiels de l’ADN, elles ne peuvent plus se multiplier. Les phénomènes cellulaires associés
aux voies de synthèse de novo sont d’un intérêt indéniable pour l’industrie pharmaceutique, car l’étude des cibles cellulaires de différentes agressions et des conséquences
métaboliques qui en résultent permet d’espérer la mise au point de médicaments qui
agiront spécifiquement sur ces cibles29.
Dans le contexte de la recherche de cibles thérapeutiques, de novo prend encore une
autre coloration particulière pour s’appliquer, cette fois, à un processus qui n’est pas spontané, comme celui de la synthèse de novo, mais provoqué, créé « from the start30 ». Cette
évolution de sens est attestée par des termes comme de novo sequencing31 et de novo
design32.
De novo sequencing : « Determination of sequences (of gene or amino
acids) whose sequence is not yet known. […] From the Latin “de novo” from
the beginning33. »
Avant d’expliquer ce qu’est le séquençage de novo (9 occurrences dans l’Internet),
expliquons d’abord ce qu’est le séquençage. Une protéine est un chapelet d’acides aminés.
Le séquençage d’une protéine est l’« identification de la séquence en acides aminés d’une
protéine34 ». Lorsqu’on connaît l’ordre d’enchaînement des bases d’un gène, on peut
déduire l’ordre d’enchaînement des acides aminés de la protéine codée par ce gène.
Toutefois, lorsqu’on ne connaît pas la séquence des bases du gène, il faut effectuer le
séquençage de novo de cette protéine en identifiant chacun des acides aminés qui forment
la protéine après les avoir séparés.
De novo design : « […] is the design of bioactive compounds by the incremental construction of a ligand model within the receptor or enzyme active
site, the structure of which is known from X-ray or nuclear magnetic
resonance (NMR) data35. »
Avant d’aborder cette notion, il nous faut dire quelques mots sur la recherche pharmaceutique de pointe. Dans le passé, les médicaments étaient généralement découverts et
développés sans que l’on ait connaissance de la structure chimique de leurs cibles
thérapeutiques. Les études récentes ont au contraire cherché à remonter à la structure
tridimensionnelle des biomolécules, par les travaux en biologie structurale, et à la
séquence de toutes les biomacromolécules, par les projets relatifs au génome. L’accès aux
séquences et aux structures a alors engendré des méthodes de conception rationnelles de
médicaments. Il s’agit d’un mode de conception assistée par ordinateur et basée sur la
structure 3D de la cible, rendue possible par le nombre de structures 3D de protéines désormais disponibles et la puissance de calcul des ordinateurs. Approche interdisciplinaire,
elle fait appel, outre la bio-informatique, à la biochimie, à la biophysique et à la biologie
structurale dont elle utilise les techniques de modélisation comme la cristallographie aux
rayons X et la résonance magnétique nucléaire. Elle rend ainsi possible la synthèse de
novo36, aussi appelée design de novo37, conception de novo ou création de novo38 de
nouveaux médicaments [manifestement, l’appellation n’est pas fixée]. La conception de
novo des médicaments, comme le criblage virtuel qui lui fait pendant, ouvrent de nouvelles avenues de découverte de composés thérapeutiques :
« En outre, l’étude précise de la structure moléculaire du GEF ouvre la voie
à la recherche de petites molécules antagonistes, par criblage virtuel et/ou
conception de novo39. »
« Virtual screening of known compounds and de novo structure generation
of novel compounds promise to revolutionise drug discovery40. »
On peut en expliquer les principes ainsi : Tout comme la forme d’une clé est complémentaire de celle d’une serrure, la forme d’un ligand est complémentaire de celle
de son récepteur. Pour activer ou bloquer un récepteur, on cherche des molécules (ligands)
qui s’encastrent bien dans ce récepteur. Supposons qu’on a déjà entré dans l’ordinateur la
forme de milliers de clés (ligands). Après avoir entré dans l’ordinateur la forme de la serrure (récepteur) qui nous intéresse, on peut rechercher parmi les milliers de clés dans la
mémoire de l’ordinateur s’il en existe une qui s’adapte parfaitement bien à la serrure qui
nous intéresse. C’est le criblage virtuel. On peut aussi créer une nouvelle clé à partir de la
forme de la serrure, c’est la conception de novo. L’utilisation des méthodes de novo41
permet d’espérer une accélération importante du processus de découverte et d’optimisation de nouveaux principes actifs et s’avère du plus haut intérêt pour l’industrie pharmaceutique.
La recherche sur de novo nous a permis de survoler des sujets très pointus en matière
de recherche de nouveaux médicaments. Le terme, en effet, semble évoluer
parallèlement à cette recherche. Pour aider le langagier, nous résumons dans le tableau qui
suit les principaux résultats de notre travail.
DOMAINE*
TERME ANGLAIS
DÉFINITION
TERME FRANÇAIS
MÉDECINE
De novo (injury,
disease)
First onset; new, fresh, not
superimposed on an existing
lesion; not recurrent
De novo; nouveau, qui
survient pour la
première fois;
d’apparition récente
MÉDECINE;
GÉNÉTIQUE
Melanoma arising de
novo
De novo
myelodysplastic
syndrome
Not from a preexisting
melanoma
Developed without any
known cause
De novo; sans cause
préexistante connue
MÉDECINE;
GÉNÉTIQUE
De novo mutation
The mutation arose
spontaneously and is not
possessed by other family
members
Mutation de novo;
néomutation
Synthesis of a biomolecule
from simple precursors or
synthesis of a compound
from dissimilar compounds
or groups
Pathway for synthesis of a
biomolecule
Synthèse de novo;
biosynthèse de novo;
néosynthèse
Determination of unknown
sequences
Design of bioactive
compounds by the
incremental construction of
a ligand model within the
receptor
Séquençage de novo
BIOCHIMIE;
De novo synthesis
BIOLOGIE
MOLÉCULAIRE;
GÉNÉTIQUE
De novo pathway
De novo sequencing
GÉNOMIQUE;
BIOLOGIE
STRUCTURALE; De novo [drug] design
GÉNIE
GÉNÉTIQUE
Voie de novo, voie de
synthèse de novo
Conception de novo;
création de novo de
nouveaux médicaments;
design de novo; synthèse
de novo
*La liste des domaines n’est pas exhaustive.
Il est sans doute normal, dans un contexte où l’évolution des techniques et des idées
est aussi très rapide, que les expressions formées avec de novo ne jettent pas toujours le
même éclairage sur le terme. Il y aurait beaucoup de recherches à faire encore pour comprendre toutes les acceptions de ce latinisme qui semble jouir d’une grande faveur auprès
des auteurs de textes scientifiques, et nous ne considérons pas nos conclusions comme
définitives. Nous croyons avoir simplement déblayé le terrain pour jeter quelque lumière
sur ce terme qui fait partie intégrante du vocabulaire des technologies de l’avenir et qui
évolue sans doute au même rythme qu’elles.
Diane Bouilhac
Références
1
Maclean, N., MacMillan Dictionary of Genetics and Cell Biology, MacMillan Reference Books, London, The
MacMillan Press Ltd., 1987, p. 110.
King, R. C. et Stansfield, W. D., A Dictionary of Genetics, New York, Oxford University Press, 1997.
3 Juo, P.-S., Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Boca Raton, CRC Press, 1996,
p. 285.
4 NDI Terminology, http://www.ndif.org/Terms/mutation.html.
5 AthenaSure, Diagnostics Education, Genetics Primer, Part III, http://www.athenadiagnostics.com/site/content/genetics_part3.asp.
6 Glossaire, Génétique moléculaire-Génie génétique, http://www.globenet.org/myonet/GENETIQUE/glossaire.html.
7 Maclean, N., loc. cit.
8 King, R. C. et Stansfield, W. D., loc. cit.
9 Biochemglossary, http://www.fhsu.edu/chemistry/twiese/glossary/biochemglossary.htm.
10 Glick, D. M., Glossary of Biochemistry and Molecular Biology, New York, Raven Press, 1990, p. 40.
11 Nucleotides, Nucleotide Metabolism, source : Wyeth-Ayerst Canada Inc.
12 Concise Encyclopedia Biochemistry and Molecular Biology, 3e édition revisée et augmentée, New York,
Walter de Gruyter, 1997, p. 572.
13 Juo, P.-S., loc. cit.
14 Maclean, N., loc. cit.
15 Juo, P.-S., loc. cit.
16 King, R. C. et Stansfield, W. D., loc. cit.
17 Biotech Life Science Dictionary, http://biotech.icmb.utexas.edu/search/dict-search.phtml.
18 Glick, D. M., loc. cit.
19 Ibid.
20 Expert Reviews in Molecular Medicine, Glossary, http://www-ermm.cbcu.cam.ac.uk.
21 King, R. C. et Stansfield, W. D., loc. cit.
22 Juo, P.-S., loc. cit.
23 Concise Encyclopedia Biochemistry and Molecular Biology, loc. cit.
24 DES DIS d’oncologie 1997, http://perso.wanadoo.fr/pierre.fargeot/CHIMIOGEN2.htm.
25 Dictionnaire de médecine, Paris, Flammarion Médecine-Sciences, 1982, p. 612.
26 Spyratos, F. et coll., Standardisation et mise en place d’une assurance qualité dans l’évaluation des
paramètres de prolifération de 1 003 cancers du sein T1T2, N0N1, M0 : étude multicentrique,
http://www.john-libbey-eurotext.fr/articles/bdc/86/7/678-84/.
27 Comptes rendus : American Institute for Cancer Research, http://www.artp.org/pros-tum/BAS_pt19k.htm.
28 Principes fondamentaux de gastro-entérologie, Ch. 14, http://gastroresource.com/GITextbook/Fr/chapter14/1415.htm.
29 Trypanosomiase humaine africaine, http://www.essentialdrugs.org/programs/e-med-hma/
e-med.200004/msg00007.html.
30 Lactation Biology, Milk Fat Synthesis, source : Wyeth-Ayerst Canada Inc.
31 Cambridge Healthtech Institute, Genomics Glossary,
http://www.genomicglossaries.com/content/sequencing_gloss.asp.
32 Tollenaere, J.P. et Moret, E.E., Hyper-glossary of terminology, http://wwwcmc.pharm.uu.nl/webcmc/glossary.html.
33 Cambridge Healthtech Institute, Genomics Glossary, http://www.genomicglossaries.com/default.asp.
34 Garnier, M. et coll., Dictionnaire des termes de médecine, 26e édition, Paris, Maloine, 2000, p. 748.
35 van de Waterbeemd, H. et coll., Glossary of Terms Used in Computational Drug Design,
http://www.iupac.org/reports/1997/6905vandewaterbeemd/glossary.html.
36 Annales de biologie clinique, vol. 55, no 5, sept.-oct. 1997, p. 514-520.
37 James, E., Nouvelles stratégies de design de principes actifs en chimie médicinale,
http://www.ibcp.fr/GGMM/Dourdan/c4.html.
38 Ibid.
39 Souchet, M., Apport de la bio-informatique à l’étude des relations structure-fonction. Exemple des GAPs
(GTPase-activating proteins) et des GEFs (guanine nucleotide exchange factors), modulateurs de GTPases de la
superfamille Ras, http://www.irisa.fr/BioInfoOuest/séminaire/abstractsouchet.htm.
40 http://www.denovopharma.com/company_information/.
41 Fourme, R., Cristallographie et génomique structurale, http://www.cnrs.fr/SDV/biofourme.html.
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Dépôt légal — 1er trimestre 1990 ISSN 0847 513X
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