objet : programme du cours d`introduction à l`analyse d`images

Le 25 Mars 2015
>>ENGLISH VERSION FOLLOWS<<
AUX PARTICIPANTS DU COURS D’INTRODUCTION À L’ANALYSE D’IMAGES NUMÉRIQUES
OBJET : PROGRAMME DU COURS D’INTRODUCTION À L’ANALYSE D’IMAGES
NUMÉRIQUES
DATES DU COURS : 25, 26 et 27 Mai 2015
DATE LIMITE INSCRIPTION : 15 Mai 2015
INTRODUCTION À L'ANALYSE D'IMAGES NUMÉRIQUES CRCHUM - Plateforme Imagerie cellulaire
Nous vous convions à une formation qui sera donnée à la fin mai 2015 et est ouverte à tous. Elle
comportera plusieurs volets tels la dissection d'une image digitale, les méthodes d'évaluation de la qualité
d'une image, les techniques de mesures topographiques, la segmentation d'image, la quantification de la
fluorescence ainsi qu'une brève introduction à l'écriture de scripts pour automatiser les analyses. La
formation, axée sur des exemples pratiques, sera donnée sur le logiciel FIJI, un programme gratuit,
facilement modifiable et facile à installer.
Sections du cours :
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
Présentation du logiciel FIJI
Pré-requis pour une analyse rigoureuse
Anatomie des images digitales
Étapes-types d'une analyse
Bases de la manipulation d'images
Mesures topologiques (distances, angles, aires, etc.)
Segmentation d'images
Quantification de la fluorescence
Manipulation des ZStacks
Manipulation des séries temporelles
Introduction à la programmation de macros
La formation, d'une durée d'environ 4 heures, sera donnée à des groupes de 8-10 personnes. Comme le
cours est basé sur la pratique, les participants doivent apporter leurs ordinateurs portables. Cette formation
est donnée gratuitement par le centre de recherche.
Pour vous inscrire, remplir le formulaire web suivant, les détails vous serons communiqués par la suite.
https://docs.google.com/forms/d/1-iJWdfYZWVg3lApmiJbIeTsPj6kXbGzWcbOEW4pkY/viewform?usp=send_form
Pour toute question et/ou commentaires
Guillaume Chouinard, [email protected]
Greg Fitzharris, [email protected]
Direction de la recherche
Plateforme d’imagerie cellulaire
Téléphone : 514 890-8000, ext.30948
www.crchum.com
Pavillon R
900, rue Saint-Denis
Montréal (Québec)
H2X 0A9
Pavillon S
850, rue Saint-Denis
Montréal (Québec)
H2X 0A9
>>ENGLISH VERSION <<
TO THE INTRODUCTORY COURSE ON IMAGE ANALYSIS PARTICIPANTS
OBJET : TOPICS OF THE IMAGE ANALYSIS PRIMER COURSE
DATES: 25, 26, 27 OF May 2015
INSCRIPTION LIMIT DATE : 15th of May 2015
CRCHUM IMAGE ANALYSIS PRIMER - Cell imaging core facility
You are invited to participate to a training session opened to everybody and that will be held in late
May 2015. The topics discussed range from the dissection of a digital image, image quality evaluation
methods, topographical measurements, segmentation, fluorescence quantification and a brief introduction
to scripting automated analysis methods. The training will use the FIJI platform which is a free, expendable
and easy to install software.
Topics covered:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
FIJI software presentation
Pre-requisites for meaningful image analysis
Digital image anatomy
Typical analysis experimental workflow
Image processing basics
Topological measurements (length, angle, area, etc.)
Image Segmentation
Fluorescence quantification
ZStack manipulation
Time series manipulation
Macro scripting introduction
The training is going to be dispensed to 8-10 persons groups and have a duration of approximately 4
hours. Since the course goal is to provide a real image analysis experience, participants have to bring their
laptops. This training session is provided by the research center at no cost.
To register, fill the following web-based form. Details about the course are going to be communicated to
you later on.
https://docs.google.com/forms/d/1-iJWdfYZWVg3lApmiJbIeTsPtj6kXbGzWcbOEW4pkY/viewform?usp=send_form
Pour toute question et/ou commentaires
For all inquiries and/or comments:
Guillaume Chouinard, [email protected]
Greg Fitzharris, [email protected]
Direction de la recherche
Plateforme d’imagerie cellulaire
Téléphone : 514 890-8000, ext.30948
www.crchum.com
Pavillon R
900, rue Saint-Denis
Montréal (Québec)
H2X 0A9
Pavillon S
850, rue Saint-Denis
Montréal (Québec)
H2X 0A9