Transparents - indico in2p3

Rôle de la dynamique des ADN
dans la formation du nucléosome
Brigitte Hartmann & Olivier Mauffret
(LBPA, UMR 8113)
Christophe Oguey
(LPTM, UMR 8089)
ADN
Structure, flexibilité
?
séquence
Biologie Structurale
RMN & Modélisation
Quelles sont les propriétés
de structure et de flexibilité de l’ADN
qui
influencent les interactions ADN-protéines
RMN:
ADN de 12 à 40 bp
Familles de structures
Échelle TRX : effet de la
séquence sur la flexibilité
Increasing
flexibility
TRX scale: DNA nano-timescale flexibility
directly inferred from NMR data (no modeling)
Heddi et al, 2010
TRX
Heddi et al 2009; Oguey et al, 2010
Prédiction de la taille des sillons
TRX
Périodicité
alternance de régions rigides/flexibles
Heddi et al, 2010
toutes les 10bp, région rigide
TRX
toutes les 10bp, région flexible
Séquence 601
Périodicité de ~ 10bp
Heddi et al, 2010
En cours : RMN d’oligomères représentatifs de la
séquence 601
1ier résultat:
L’échelle TRX est réellement prédictive
Heddi et al 2009; Oguey et al, 2010
ADN dans le
nucléosome
mgW
8
6
4
Flexibility
40
30
20
10
ADN « nu »
13
23
33
43
53
63
73
83
93
Sequence601
Séquence
103
113
123
133
Correspondance entre
propriétés de l’ADN « nu »
et distorsions dans le
nucléosome
mgW
8
6
4
Flexibility
40
30
20
10
13
23
33
43
53
63
73
83
93
Sequence601
Séquence
103
113
123
133
Mutations → forte
baisse de l’affinité
Collaborations au sein du LBPA, UMR 8113 :
Malcolm Buckle, Stéfanie Bury-Moné, Uriel Hazan,
Hervé Leh, Claude Nogues
&
David Perahia