EPU-Dynalb-Cepheid

Apport de la biologie moléculaire
dans le dépistage
des infections génitales
Jérôme Venturella
04/12/2014
1 Cepheid
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– v1
Programme
1- La PCR?
2- IST : situation globale et impact chez la femme enceinte et
le nouveau-né
3- Recherche de Chlamydia trachomatis et Neisseria
gonorrheae
4- Cancer du col de l’utérus : détection Papillomavirus
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PCR
• La PCR est une technique de biologie moléculaire mise au point en
1985, par Karry Mullis.
• C'est une technique d'amplification génique, c'est-à-dire qu'elle permet
de repérer un fragment d'ADN ou de gène précis, même présent
en quantité infime dans un mélange, puis de le multiplier
rapidement.
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Réaction de polymérisation en chaine (PCR)
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Cycles PCR
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GeneXpert : un seul instrument pour toutes les étapes de la
PCR
Amplification
Identification
Extraction
Cartouche GeneXpert®
Ultrasonication
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Echantillon patient
Résultats
Le temps d’obtention du résultat est crucial
0
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Culture
Batch PCR
Valeur Médicale
Cepheid GX System
PCR GeneXpert vs. PCR en série et Culture
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Résultat (Heures)
Articles that look at time to result as crucial to maximizing diagnostic value:
1. Lance R. Peterson, M.D., Donna M. Hacek, M.T. (A.S.C.P.), Ari Robicsek, M.D., Case
Study: An MRSA Intervention at Evanston Northwestern Healthcare, printed in The Joint
Commission Journal on Quality and Patient Safety Volume 33 Number 12, December
2007
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2. Lance R. Peterson, M.D., Rapid Diagnosis of Community-Acquired MRSA, printed in
Clinical Updates in Infectious Diseases, Volume Issue 3, October 2008
3. Eli N. Perencevich, MD, MS et al., SHEA Guideline: Raising Standards While Watching
the Bottom Line: Making a Business Case for Infection Control, Infection Control and
Hospital Epidemiology, Volume 28, Number 10, October 2007
Situation globale
• Chaque jour, plus d’un million de personnes contractent une IST.
• Chaque année, 500 millions de personnes contractent l’une des quatre
IST suivantes: chlamydiose, gonorrhée, infection à HPV et trichomonase.
• Plus de 290 millions de femmes souffrent d’une infection à HPV, l’une
des IST les plus courantes.
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs110/fr/
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Conséquences
Outre leurs conséquences immédiates, les IST peuvent avoir de graves effets.
• Certaines IST peuvent multiplier par trois voire plus le risque de contracter le
VIH.
• La transmission d’une IST de la mère à l’enfant peut entraîner une mortinaissance, un décès néonatal, un faible poids de naissance, une septicémie, une
pneumonie, une conjonctivite du nouveau-né ou des malformations congénitales.
• L’infection à HPV est responsable chaque année de 530 000 cas de cancer du
col de l’utérus entraînant 275 000 décès.
• Les IST comme la gonorrhée et la chlamydiose sont des causes majeures
d’inflammation pelvienne, d’issues défavorables de la grossesse et de stérilité.
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs110/fr/
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Chlamydia trachomatis
Neisseria gonorrheae
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Impact Chlamydiose: femmes enceintes et nouveaux nés
Impact chez la femme enceinte
• Certaines femmes peuvent être infectées sans le savoir car sans symptômes.
• Patientes infectées : 0,1 à 6 % de risque de développer une infertilité tubaire.
=> 2/3 des infertilités tubaires et > 1/3 des GEU.
Impact chez le nouveau-né
• Transmission mère-enfant pendant l'accouchement.
Parmi les enfants exposés à la naissance :
‒ Incidence conjonctivite néonatale = 15 %
‒ Incidence pneumonie néonatale = 7 %
‒ Hospitalisations = 1,4 %1
1Chlamydiae
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et grossesse, Joël Muhlstein, JNI 2012
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Poster CNR Bordeaux
Prévalence C. trachomatis parmi les femmes
enceintes âgées de 18-24 ans nécessitant un
avortement: 11.5% ou en consultation de
routine anténatale: 7.1%.
En comparaison prévalence dans la population
générale: 3.6%.
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Impact Gonococcie: femmes enceintes et nouveaux nés
Impact chez la femme enceinte
• L’infection gonococcique peut influer sur l’évolution de la grossesse au cours des trois
trimestres.
• Corrélation entre une cervicite gonococcique non traitée au cours de la grossesse et un
risque 4 fois supérieur d’accouchement prématuré.
• Risque de rupture prématurée des membranes, de chorio-amniotite, de retard de
développement intra-utérin ou d’infection postnatale plus fréquemment observé chez les
femmes infectées.
• Risque d’accouchement prématuré estimé entre 14 et 23 %, et taux de mortalité in utero
à environ 33 %, chez les femmes ayant une gonococcie non traitée.
Impact chez le nouveau-né
• Cervicite gonococcique responsable d’infection chez le nouveau-né, lors de l ’accouchement.
L’infection se manifeste le plus souvent par une ophtalmie à gonocoques purulente et
bilatérale, dont le risque est la cécité.
HAS / Service évaluation économique et santé publique / Décembre 2010
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En France
Infections à N. gonorrheae (NG)
Nombre en augmentation entre 2000 et 2010. 52% entre 2008 et 2009.
Infections à C. trachomatis (CT)
- Le nombre de dépistage et de diagnostiques de chlamydioses urogenitales continue à
augmenter dans les 2 sexes
- Propagation et gravité de cette infection liée à sa découverte souvent tardive, avec un
retentissement plus grave chez les femmes [risques de salpingite, grossesse extra-utérine,
stérilité]
- Contamination inaperçue chez 60 à 70 %
- Prévalence maximale chez les femmes de 18 à 24 ans.
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Dépistage ciblé et régulier des IST
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Recommandations HAS 2010
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Description du test Xpert CT/NG
Détection et différenciation automatisées et rapides de l’ADN génomique
de Chlamydia trachomatis (CT) et de Neisseria gonorrhoeae (NG)
Diagnostic des infections urogénitales à chlamydias et/ou à gonocoques
Test utilisable pour analyse des échantillons suivants provenant
personnes asymptomatiques et symptomatiques:
- urines féminines et masculines (premier jet)
- écouvillonnages endocervicaux
- écouvillonnages vaginaux recueillis par les patientes.
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de
Pourquoi 3 cibles ?
Chlamydia trachomatis : bactérie intra cellulaire n’échangeant
qu’exceptionnellement son matériel génétique avec d’autres
espèces bactériennes.
ADN très bien préservé. Pas de risque de faux positifs.
Xpert CT/NG : cible d’ADN génomique beaucoup plus stable que
les cibles plasmidiques.
Neisseria gonorrhoeae : bactérie extra cellulaire
échangeant facilement et fréquemment son matériel
génétique avec d’autres espèces de Neisseria.
Problème de faux positifs résolu avec le choix de 2
nouvelles cibles.
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Importance du contrôle cellulaire
• Ecouvillons vaginaux auto-prélevés = échantillons de choix
– Facilité d’utilisation & préférence des patients par rapport aux examens pelviens
– Responsabilise le patient pour sa propre santé
– Diminue le temps technicien et les coûts associés
– Diminue le coût de l’équipement
– Sensibilité et spécificité équivalentes à celles des écouvillons endocervicaux
• Sample Adequacy Control
– Pour détecter la présence de matériel génétique humain
– SAC négatif: aucune cellule humaine détectée dans l’échantillon
Si prélèvement défectueux :
Avec Xpert CT/NG, résultat rendu invalide
Avec autres tests, résultat rendu négatif, en réalité faussement négatif.
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“LA” solution
Xpert CT/NG:
– Deux Nouvelles cibles pour NG, stables :
 Meilleure spécificité
– Sensibilité élevée
– Nouvelle génération de contrôles
– Résultats plus rapides et fiables pour une
meilleure maitrise du risque infectieux
– Résultat rapide (J0).
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Références bibliographiques
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Human Papillomavirus
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Situation globale Cancer du col de l’utérus
• L’infection persistante à Papillomavirus
humain est la principale cause de cancer du col
de l’utérus chez les femmes
• L’OMS estime à plus de 500 000 nouveaux cas
le nombre de cancer du col de l’utérus par an
• Chaque 2 minutes, une femme meurt d’un
cancer du col de l’utérus
• 85% des 275,000 décès annuels par an, se
situent dans les pays en voie de développement
où l’accès au dépistage et au traitement est
souvent limité.
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* http://www.uicc.org/gavi-roll-out-record-low-price-hpv-vaccines
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Cancer du Col de l’Utérus
Lien étiologique avec HPV
• HPV agent étiologique¹ dans 99% des cas de cancer du col de
l’utérus
• 71% des cas associés avec les génotypes HPV 16 et 18²
• 6% des cas associés avec le génotype HPV 45
¹Doorbar J. Molecular biology of human papillomavirus infection and cervical cancer. Clin Sci (Lond). 2006;110(5):525-541
²de SanJose, S.et al. Human papillomavirus genotype attribution in invasive cervical cancer: a retrospective cross-sectional
worldwide study. Lancet Oncol 2010; 11: 1048–56.
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Recommandations françaises
Les recommandations en France:
- un frottis tous les trois ans entre 25 et au moins 65 ans, après deux frottis
normaux à un an d'intervalle.
Les patientes présentant un frottis dont le résultat est incertain (ASCUS) peuvent bénéficier d'un test HPV, qui est une alternative à la
pratique d'un nouveau frottis après quelques mois ou d'une
colposcopie.
Le test HPV permet de faire le triage des femmes qui seront
adressées en colposcopie lorsqu'il est positif.
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Nouvelles indications
D'autres indications actuellement en évaluation :
- Suivi des femmes traitées (conisation):
Test HPV négatif
rassurer durablement sur l'absence de récidive
- Dépistage primaire après 30 ans en association avec le frottis
Frottis et test HPV négatifs
espacer intervalle du dépistage en toute
sécurité à trois ans. Projet CHU Reims
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Description du test Xpert® HPV
• Test qualitatif pour la détection d’ HPV à partir d’échantillons de patients
collectés dans le milieu en phase liquide.
• Amplification des cibles ADN par PCR en temps réel des 14 types HPV
à haut risque
‒ Différenciation des types HPV 16 et HPV 18/45 (canaux séparés)
‒ Onze autres types à haut risque détectés dans des canaux combinés :
- P3: 31, 33, 35, 52, 58; P4: 51, 59; P5: 39, 56, 66 et 68
• Technologie facile à utiliser et à mettre en œuvre
• Résultats disponibles en moins de 60 minutes
• Présence d’un contrôle cellulaire
Prélèvement correctement effectué et échantillon contenant des cellules humaines
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Performances cliniques – Castle et al
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Conclusion
Pour les CIN2+ et les CIN3+:
• Sensibilité clinique d’Xpert HPV équivalente à celle de COBAS
• Sensibilité clinique d’Xpert HPV légèrement meilleure que celle
d’Hybrid Capture 2
“hrHPV detection by the Xpert demonstrated excellent clinical performance
for identifying women with CIN2 and CIN3 that was comparable to that of
currently available clinically validated tests“
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Thank You.
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