Le porc, hôte intermédiaire pour l`apparition de virus influenza

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revue
Virologie 2010, 14 (6) : 407-22
Le porc, hôte intermédiaire pour l’apparition de virus
influenza réassortants à potentiel zoonotique
Gaëlle Simon
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Anses,
Laboratoire de Ploufragan-Plouzané,
Unité de virologie et d’immunologie
porcines,
Laboratoire national de référence virus
influenza porcins,
BP 53, 22440 Ploufragan, France
<[email protected]>
Résumé. Des virus influenza A de sous-types H1N1, H3N2 et H1N2 sont
devenus enzootiques chez le porc dans toutes les régions à forte densité
porcine. Les virus influenza porcins (SIV) sont issus d’introductions, chez le
porc, de virus influenza humains ou aviaires, ou résultent de réassortiments
entre virus de ces différentes espèces. Ainsi, de nombreuses lignées génétiques
différentes existent-elles au sein de chaque sous-type viral. Les SIV sont à
caractère zoonotique. L’infection humaine à SIV est généralement bénigne,
mais quelques cas graves ont été rapportés. Le virus pandémique (H1N1)
2009 présente une constellation inédite de gènes de SIV et a acquis un potentiel de transmission interhumaine très efficace. L’espèce porcine étant ellemême très sensible à ce virus, on peut craindre qu’il ne s’y adapte, avec le
risque de futurs réassortiments. Les facteurs limitant la transmission et l’adaptation des virus influenza d’une espèce à une autre apparaissent multigéniques
mais sont encore largement incompris. Il apparaît donc indispensable, tant
d’un point de vue de la santé animale que de la santé publique, de renforcer
la surveillance des virus influenza chez le porc et d’accentuer les efforts de
recherche pour mieux évaluer le rôle du porc comme hôte intermédiaire pour
l’adaptation de virus aviaires à l’hôte mammifère et/ou la génération de virus
réassortants à potentiel zoonotique.
Mots clés : grippe, influenza, porc, zoonose, pandémie, réassortiments
doi: 10.1684/vir.2010.0326
Abstract. Swine influenza, due to swine influenza viruses (SIV) H1N1, H3N2
and H1N2, has become enzootic in densely pig-populated areas worldwide.
Several genetic lineages can be distinguished within each subtype, as pigs are
susceptible to both avian and human influenza viruses and can generate reassortant viruses. SIV is a zoonotic pathogen. Transmission to humans is usually
without symptoms, but some cases of severe infections have been reported.
Pandemic virus (H1N1) 2009 contains a new gene constellation originating
from several SIVs and has acquired an efficient inter-human transmission
capacity. Pigs being also very susceptible to this pandemic virus, it could
adapt to swine and further reassort with other influenza viruses. This emergence again poses the question about the role played by pigs as an intermediate host for the adaptation of avian viruses to mammalian hosts and the
generation of new reassortant viruses. Thus, it is necessary to reinforce surveillance of SIV for Public Health and Animal Health issues. Factors that limit
interspecies transmission and adaptation to a new host are polygenic but
poorly understood as yet.
Key words: flu, influenza, pig, swine, zoonosis, reassortment, pandemic
Tirés à part : G. Simon
Virologie, Vol. 14, no 6, novembre-décembre 2010
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revue
Rôle du porc dans la transmission
interespèces des virus influenza A
Chez le porc, la grippe est une maladie aux conséquences
économiques importantes. Elle est due à des influenzavirus
A, famille des Orthomyxoviridae, devenus enzootiques
dans toutes les zones de forte production. On entendra par
virus influenza porcin ou SIV pour swine influenza virus,
un virus influenza de type A isolé à partir d’un prélèvement
biologique de suidé (porc ou sanglier).
Bien que le spectre d’hôte des virus influenza A soit généralement restreint à une espèce donnée, des événements de
franchissement des barrières d’espèces sont régulièrement
observés et le schéma de la transmission interespèces n’a
cessé de se complexifier au cours des dernières années
(figure 1). Les oiseaux aquatiques sauvages, notamment
les canards, constituent le réservoir de la diversité
génétique des virus influenza A. Les virus influenza aviaires
se répliquent préférentiellement dans les cellules épithéliales
du tractus gastro-intestinal des oiseaux sauvages, entraînant
des infections subcliniques avec excrétions virales à hautes
concentrations dans les fientes. Les virus libérés dans l’eau
et propagés du fait des migrations saisonnières peuvent
occasionnellement être transmis aux oiseaux domestiques.
Les virus aviaires, issus d’oiseaux sauvages ou de la
volaille, peuvent être transmis à des espèces mammifères.
Ainsi, des virus se sont-ils adaptés aux espèces humaine,
porcine, équine et canine, entraînant des infections à
tropisme respiratoire plus ou moins sévères. Le porc peut
être infecté par des virus aviaires, des virus humains et
Figure 1. Place du porc dans le schéma de la transmission interespèces des virus influenza A. Les flèches indiquent les transmissions
documentées de virus influenza A d’une espèce donneuse vers une espèce receveuse. Les flèches rouges concernent la transmission
des virus influenza A vers et depuis l’espèce porcine. L’épaisseur des flèches donne une indication relative quant aux fréquences
apparentes de transmissions. Les flèches en pointillés indiquent que l’hypothèse de la transmission interespèce repose uniquement sur
des investigations sérologiques et non virologiques.
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revue
même des virus équins (voir plus loin). Inversement, les SIV
peuvent être transmis à certaines volailles, comme la dinde
et la caille, entraînant alors des chutes de ponte chez les
animaux reproducteurs, et des segments génomiques de
SIV ont été retrouvés chez des canards sauvages, illustrant
l’ampleur des échanges pouvant exister dans la nature [1-4].
Les SIV peuvent également être transmis à l’Homme
(voir plus loin), et il a été rapporté l’infection de visons
par un SIV [5].
Dès le milieu des années 1980, l’hypothèse était avancée
selon laquelle l’espèce porcine constituerait un maillon
d’importance dans la génération de virus à potentiel pandémique, car permettant, d’une part, l’adaptation de virus
aviaires à l’espèce mammifère, d’autre part des échanges
de matériel génétique entre virus de lignages différents et
donc la génération de nouveaux virus réassortants [6-10].
Les analyses de virus pandémiques avaient montré qu’il
s’agissait de virus réassortants humain/aviaire [6, 11], et le
porc est le premier mammifère domestiqué chez qui on a
retrouvé à la fois des récepteurs pour virus aviaires et des
récepteurs pour virus humains [7]. Cependant, le virus
H2N2, responsable de la pandémie de 1957, n’a jamais été
isolé chez le porc. Par ailleurs, les premières détections,
chez le porc, des virus H1N1 et H3N2 responsables des
pandémies de 1918 et 1968 respectivement, n’ont pas
précédé mais suivi l’émergence de ces virus chez l’Homme.
Par ailleurs, des cas d’infections humaines par des virus
aviaires de sous-types H5, H7 et H9 ont été rapportés depuis
1997, sans intervention d’hôte mammifère intermédiaire
[12]. Certains de ces virus ont ponctuellement été détectés
chez des porcins mais ne s’y sont pas adaptés. Des inoculations expérimentales ont en outre montré la faible susceptibilité de ces animaux aux infections par des virus humains
ou aviaires, même hautement pathogènes [13-20]. Des anticorps sont détectés dans le sérum des animaux inoculés,
mais les virus se multiplient peu efficacement dans le tractus
respiratoire supérieur. Ils ne provoquent pas de signes cliniques et ne sont pas transmis aux porcs contacts. L’ensemble
de ces observations constitue autant d’arguments en faveur
d’une barrière d’espèce forte et a pu conduire à minimiser,
voire controverser, le rôle du porc comme hôte intermédiaire
potentiel et « creuset de mélange » pour la génération de
virus réassortants à caractère zoonotique [21]. L’émergence,
en avril 2009, du virus réassortant H1N1, responsable de la
première pandémie du XXIe siècle, a relancé le débat, puisque
tous les segments génomiques de ce virus proviennent de
virus influenza A préalablement adaptés à l’espèce porcine.
Variabilité des SIV
Le génome des SIV, comme celui des autres influenzavirus
A, est composé de huit segments uniques d’ARN
P
P
5’-c
ORF
c -3’
ARNv
1
PB2
PB1
PA
HA
NP
NA
M
NS
2
3
4
5
6
7
8
Produit(s) d’expression
PB2
Protéine basique 2
PB1
Protéine basique 1
PB1-F2
N40
PA
HA
M1
M2
NA
NP
NS1
NEP
Protéine acide
Hémagglutinine
Protéine de matrice 1
Canal ionique
Neuraminidase
Nucléoprotéine
Protéine non structurale 1
Protéine d’export nucléaire
Figure 2. Organisation génomique des virus influenza A et produits d’expression des ARN viraux (ARNv). ORF : phase ouverte
de lecture. 5’-C et 3’-C : séquences nucléotidiques non codantes,
conservées aux extrémités des huit segments d’ARNv et pour toutes les souches de virus influenza A. P : séquences nucléotidiques
impliquées dans l’empaquetage des ARNv.
monocaténaire de polarité négative, de 890 à 2 341 nucléotides de long (figure 2). Les segments 1, 3, 4, 5 et 6 codent
chacun une protéine virale, à savoir respectivement, la protéine basique 2 (PB2), la protéine acide (PA), l’hémagglutinine (HA), la nucléoprotéine (NP) et la neuraminidase
(NA). Les segments 7 et 8 produisent deux ARN messagers
par épissage différentiel et codent ainsi chacun deux
protéines différentes : la protéine de matrice M1 et le
canal ionique M2 pour le segment 7, la protéine non structurale NS1 et la protéine d’export nucléaire NEP pour le
segment 8. Enfin, le segment 2 code la protéine basique 1
(PB1), mais chez certaines souches, une deuxième phase
ouverte de lecture permet aussi de coder un petit polypeptide nommé PB1-F2, voire une troisième protéine, N40,
correspondant à la protéine PB1 tronquée en N-terminal.
Les sous-types sérologiques sont définis par la nature des
deux glycoprotéines de surface HA et NA, antigènes viraux
impliqués dans l’induction d’une immunité protectrice.
Comme pour les autres espèces cibles des influenzavirus A,
l’émergence chez le porc de « nouvelles » souches
virales, i.e. antigéniquement différentes des souches circulant précédemment dans l’espèce, peut résulter de divers
mécanismes :
– le transfert in toto d’un virus d’une autre espèce animale, en l’occurrence l’espèce aviaire ou l’espèce humaine,
les cellules de l’arbre respiratoire du porc exprimant les
récepteurs des virus influenza aviaires et/ou les récepteurs
des virus influenza humains ;
– le réassortiment génétique, dû au fait que le génome
viral est segmenté. Lorsqu’une cellule est co-infectée
par deux virus différents, il peut se former, lors de
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l’assemblage et du bourgeonnement, un virus réassortant
ayant emprunté des segments génomiques à l’un et l’autre
des virus originaux. Quand le réassortiment concerne les
gènes codant HA ou NA, il entraîne une cassure antigénique, i.e. le remplacement d’un antigène majeur. Le
réassortiment peut parfois correspondre à l’émergence de
souches de pathogénicité accrue. Chez le porc, il apparaît
que la fréquence des réassortiments a augmenté au cours
des dernières années (voir plus loin) ;
– le glissement antigénique, sous-tendu par des modifications génétiques ponctuelles dues à l’infidélité de l’ARN
polymérase ARN-dépendante virale, enzyme dépourvu
de mécanisme de relecture et d’activité de correction.
Les modifications non silencieuses introduites dans les
séquences des gènes peuvent, si elles affectent un site antigénique, contribuer à l’échappement du virus à l’immunité
spécifique de l’hôte. On notera que le glissement antigénique des virus influenza A s’opère sur des périodes plus
longues chez le porc que chez l’Homme et que les souches
évoluent donc différemment dans les deux espèces. Ainsi,
il existe peu de relations antigéniques entre les souches
humaines saisonnières et les SIV de mêmes sous-types,
même ceux ayant acquis, à un moment donné, des HA
d’origine humaine [22-24].
Dans les populations de porcs, l’apparition d’un nouveau
sous-type viral ou d’un nouveau variant au sein d’un
sous-type donné n’entraîne pas toujours la disparition du
ou des virus précédemment en circulation.
Historique des différents lignages de SIV
Tous ces mécanismes ont contribué à la situation épidémiologique actuelle des SIV. Trois sous-types, H1N1, H3N2 et
H1N2, circulent simultanément de manière enzootique
depuis plusieurs années chez le porc dans toutes les régions
à forte densité porcine. Cependant, la nature et l’origine de
ces trois sous-types varient en fonction des continents, et il
faut distinguer les souches circulant en Europe de celles
affectant les porcs du continent nord-américain et de celles
affectant les porcs du continent asiatique (figure 3A, B, C).
La grippe porcine fut pour la première fois observée, en
1918, pendant la pandémie de grippe espagnole, mais le
virus responsable ne fut isolé et identifié par Shope qu’en
1930 [25]. Ce virus de sous-type H1N1, descendant du
virus pandémique de 1918, devint le prototype d’un
lignage dénommé classical swine H1N1. Ces virus circulent encore aujourd’hui chez les porcs des continents
américain et asiatique. Ils ont, en revanche, disparu des élevages européens dans les années 1990, ayant été peu à peu
supplantés par un virus H1N1 de canard sauvage, dit avianlike swine H1N1, introduit in toto chez le porc, en 1979 [26].
Ce virus a diffusé dans les élevages asiatiques en 1993, don410
nant naissance au lignage Eurasian avian-like swine H1N1
[27], mais n’a jamais été isolé sur le continent américain à ce
jour [28]. En Asie, on isole également des virus d’origine
humaine dits human-like swine H1N1 [29, 30].
Suite à la pandémie de Hongkong en 1968, le virus humain
H3N2 fut retrouvé chez le porc, auquel il s’est adapté [31].
Les virus de ce lignage human-like swine H3N2, généralement responsables d’infections asymptomatiques, circulent
encore en Asie [32]. Les virus H3N2 humains saisonniers
seraient d’ailleurs régulièrement transmis au porc [33]. En
Europe, l’expression clinique des infections à virus H3N2
n’est vraiment apparue qu’en 1984, suite à un réassortiment
entre la souche human-like swine H3N2 et le virus avianlike swine H1N1 [34]. Ce nouveau variant dit European
reassortant human-like swine H3N2 a acquis les gènes
HA et NA du virus H3N2, les six autres segments génomiques provenant du virus H1N1. En Asie, on décèle également un sous-type avian-like swine H3N2 résultant de la
transmission totale d’un virus H3N2 depuis la volaille [35].
Les premiers virus H1N2 ont émergé dans la population
porcine mondiale suite aux réassortiments de la souche
human-like swine H3N2, avec la souche classical swine
H1N1 au Japon, en 1978 [36] ; avec la souche avian-like
swine H1N1 en France, en 1987 [37]. Ce dernier a cependant peu diffusé en Europe, ayant été supplanté en 1994
par un autre variant H1N2 apparu au Royaume-Uni, dit
human-like reassortant swine H1N2 et issu du réassortiment entre la souche European reassortant human-like
swine H3N2 et une souche H1N1 d’origine humaine
apparentée au virus responsable de l’épidémie russe de
1977 [38]. Seul le gène HA du virus H3N2 fut échangé,
mais cette modification génomique conduisit à l’apparition
de souches d’antigénicité différente.
À la fin des années 1990, plusieurs autres générations de
virus réassortants sont apparues en Amérique du Nord.
Des virus H3N2 issus du mélange entre une souche
H3N2 humaine saisonnière et le virus classical swine
H1N1 ont émergé en 1998, mais ce sont des virus H3N2
triple réassortants, virus ayant en outre acquis des segments
génomiques d’une souche aviaire, probablement de
sous-type H9N2, qui se sont adaptés et ont acquis un fort
potentiel de diffusion au sein de l’espèce [39]. Ces virus
triple réassortants présentent une constellation très particulière de gènes internes qui semble s’être stabilisée et qui
a été dénommée cassette TRIG (pour triple reassortant
internal gene) : les gènes PB2 et PA sont d’origine aviaire,
le gène PB1 d’origine humaine et les gènes NP, M et NS
d’origine classical swine (figure 4). Dès 1999, ont ensuite
été isolés des virus H1N2 résultant du réassortiment entre le
triple réassortant H3N2 et le virus classical swine H1N1.
Depuis, les virus triple réassortants nord-américains ont
gagné l’Asie, notamment des virus H1N2 [32, 40, 41]
mais n’ont jamais été isolés en Europe [42].
revue
Figure 3. Historiques simplifiés des virus influenza porcins (SIV). A : Historique simplifié des SIV en Amérique du Nord. B : Historique
simplifié des SIV en Europe. C : Historique simplifié des SIV en Asie.
411
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Cassette TRIG
(triple reassortant internal genes)
Classical swine H1N1
Human H3N2 (1998)
Avian H9N2 (1998)
Figure 4. Composition de la cassette TRIG (triple reassortant
internal genes) des virus triple réassortants nord-américains.
En Amérique du Nord, de nombreux autres virus réassortants H1N1, H1N2 et H3N2 ont été décrits au cours des dix
dernières années, issus de mélanges des premiers triple
réassortants H3N2 et H1N2, avec le virus classical swine
H1N1 ou avec des virus humains saisonniers contemporains [43-47]. Les gènes HA et/ou NA sont échangés, mais
les nouveaux virus maintiennent tous la cassette TRIG.
La phylogénie des gènes HA de sous-type H1 des virus
H1N1 et H1N2 nord-américains est aujourd’hui devenue
si complexe, qu’il a été convenu de les classer selon quatre
clades : α pour les gènes H1 des virus H1N1 de la lignée
initiale classical swine H1N1, β pour les gènes H1 des virus
H1N1 issus de réassortiments entre virus porcins (rH1N1),
γ pour les gènes H1 des virus H1N2 triple réassortants et
enfin δ pour les gènes H1 de virus H1N1 ou H1N2 ayant
acquis une HA de virus humains saisonniers [47] (figure 5).
En 2007, il a été mis en évidence, aux États-Unis, une nouvelle génération de virus triple réassortants H1N1 comportant cette fois un gène HA du clade γ, un gène NA de
la lignée classical swine H1N1 et une cassette TRIG
[48-50]. Ces virus ont été responsables de syndromes
respiratoires aigus en élevages porcins dans l’Ohio et le
Kansas en 2007 et caractérisés comme étant « hautement
virulents » suite à des inoculations expérimentales
(rH1N1/07 HV) [50].
Au cours des dix dernières années, d’autres virus réassortants H1N1, H3N2 et H1N2 ont également été caractérisés
chez les porcs des deux autres continents producteurs. En
Asie, ont été décrits des virus H3N2 issus de réassortiments
entre le virus human-like swine H3N2 et les virus avian-like
swine H1N1 ou classical swine H1N1 [32]. Un réassortiment entre virus avian-like swine H1N1 et virus classical
swine H1N1 a été décrit en Thaïlande, en 2005 [51]. En
Chine, ont été isolés, entre 2006 et 2009, plusieurs SIV
ayant acquis des gènes de virus aviaires H5N1 et H9N2
[41], et il vient d’être décrit, pour la première fois, un
virus H1N1 issu d’un réassortiment entre virus de la
lignée Eurasian avian-like swine H1N1 (ayant fourni HA,
NA et M) et un virus triple réassortant H1N2 à cassette
TRIG (ayant fourni les cinq autres segments) [52].
En Europe, ce sont essentiellement des réassortiments entre
virus porcins qui ont été décrits. En Allemagne, des SIV
H3N2 et H1N2 contemporains ont échangé leurs gènes
Clade swH1-α
cH1N1
1930
Clade swH1-β
rH1N1
2001
Clade swH1-γ
H1N2
1999
Clade swH1-δ
hu-like
H1N1
et H1N2
2003 -2001
H1N2
2003
rH1N1 HV
2007
Figure 5. Classification des virus influenza porcins nord-américains comportant des gènes HA de sous-type H1.
412
revue
NA [53, 54]. En France, ce sont des SIV H1N1 et H1N2 qui
ont ponctuellement échangé leurs gènes HA, respectivement d’origines aviaire et humaine, générant des virus réassortants antigéniquement très différents des virus parentaux
[24, 42]. Des virus réassortants H1N2 portant une HA
d’origine aviaire ont également circulé en Italie entre
1998 et 2005, ont investi la population porcine au Danemark depuis 2005 et ont ponctuellement été isolés en Suède
[24, 42, 55-57]. Les prévalences respectives des sous-types
H1N1, H3N2 et H1N2 varient d’un pays européen à l’autre
[58]. Des données sont surtout disponibles pour les pays de
l’Europe de l’Ouest, la surveillance virologique et sérologique du SIV étant plus limitée à l’est [42]. La prévalence
du sous-type H3N2, très forte au début des années 1990,
reste élevée en Italie, en Espagne, en Belgique et en Allemagne, mais tend à diminuer en Grande-Bretagne et surtout
en France où aucune souche H3N2 n’a plus été isolée
depuis 1999 [42]. La prévalence du sous-type H1N2, en
revanche, n’a cessé d’augmenter au cours des dernières
années, principalement dans les pays où le virus H3N2
tend à disparaître [24]. En France métropolitaine, une
enquête de séroprévalence à l’abattoir, menée en 20082009, a montré que près de 50 % des élevages sont touchés
par la grippe et que les prévalences respectives des soustypes H1N1, H3N2 et H1N2 sont de 28, 0 et 33 % respectivement, confirmant les résultats de la surveillance virologique. Quarante-trois pour cent des élevages touchés
connaissent des épisodes successifs d’infections par des
virus H1N1 et H1N2, illustrant la cocirculation des souches
et les possibilités de réassortiments.
D’autres sous-types viraux ont été isolés chez le porc, mais
contrairement aux virus H1N1, H3N2 et H1N2, ils ne se
sont pas adaptés à l’espèce. Certains de ces virus ont été
associés à des épisodes cliniques, mais d’autres ont été
caractérisés chez des porcs non malades, au hasard de la
surveillance. Parmi les virus entièrement d’origine aviaire,
ont été isolés des virus de sous-types H4N6, H3N3 et
H1N1, au Canada [59, 60] ou encore de sous-types
H9N2, H5N1 (HP) et H5N2, en Asie [18, 61-63].
Des études sérologiques ont montré que le virus H7N7
HP responsable d’une épizootie chez des volailles aux
Pays-Bas, en 2003, a été transmis à des porcs. Un virus
H1N7, probablement issu du réassortiment entre une
souche humaine H1N1 et une souche équine H7N7, a été
identifié en Angleterre, en 1992 [64, 65]. Récemment,
diverses souches de sous-type H3N1, issues de réassortiments entre virus porcins, aviaires et/ou humains, ont été
isolées aux États-Unis, en Corée et en Italie [66-69]. Un
virus H2N3, issu du réassortiment entre plusieurs virus
aviaires et un virus porcin triple réassortant, a été isolé aux
États-Unis à deux reprises [70]. Enfin, une équipe chinoise a
rapporté l’isolement du virus H3N8 équin chez le porc [71].
La grippe porcine est une zoonose
Les SIV peuvent infecter l’Homme. L’infection étant probablement généralement asymptomatique, ou la symptomatologie restant similaire à la grippe saisonnière, on ne
connaît pas la fréquence réelle de transmission des SIV à
l’Homme. Ce sont des cas aux conséquences graves (grippe
sévère, voire pneumonie aiguë ayant entraîné des décès),
dus pour la plupart à des SIV de sous-type H1N1, qui ont
permis de se rendre à l’évidence du passage interespèces et
qui ont conféré à la grippe porcine son caractère zoonotique
[42, 72, 73]. Parmi les quelques cas pathologiques qui ont
été recensés, on dénombre des enfants, des personnes
immunodéprimées ou encore une femme enceinte, mais
également de jeunes adultes en bonne santé n’appartenant
pas, a priori, à des catégories de patients dits à risque au
regard de facteurs d’aggravation de la grippe. Les investigations épidémiologiques ont montré que plusieurs des
personnes touchées avaient été en contact direct avec des
porcs (malades ou non), mais l’origine de l’infection n’a
pas toujours pu être déterminée. Dans la plupart des cas,
le virus transmis n’a pas acquis la capacité pour une transmission interhumaine efficace. Elle a tout de même été
mise en évidence dans le New Jersey, en 1976, lorsque le
virus classical swine H1N1 a provoqué une épidémie parmi
les soldats de l’enceinte de Fort Dix [74]. Treize militaires
furent gravement malades, un décès fut enregistré et quelques 500 militaires furent déclarés séropositifs vis-à-vis de
la souche responsable. Une transmission interhumaine
limitée a également été suspectée à plusieurs autres reprises
[42, 72, 75].
Les rares études sérologiques réalisées ont révélé une plus
forte prévalence d’anticorps anti-SIV chez les personnes
fréquentant régulièrement les élevages de porc, par rapport
à une population citadine, confirmant le risque d’infection
pour ces personnes [73, 76-78]. En 1991, il était rapporté
que 76 % des personnes ayant visité un élevage au moment
où les porcs présentaient un syndrome grippal avaient
séroconverti vis-à-vis de la souche incriminée [79].
Au vu de l’évolution très rapide des SIV sur le continent
américain depuis la fin des années 1990, de la complexité
phylogénique résultant de nombreux réassortiments successifs, de la remarquable stabilité de la cassette TRIG et
des cas réguliers de transmission à l’Homme au cours des
dernières années, des auteurs ont tenté de convaincre les
communautés scientifiques, vétérinaires et médicales de
la nécessité de surveiller les SIV et d’inclure les personnes
travaillant au contact des porcs dans les programmes de
surveillance et de vaccination préparés dans le cadre des
plans d’urgence en cas de pandémie [77, 80]. Début
2008, le CDC (Centers for Disease Control and Prevention) des États-Unis demandait aux cliniciens d’investiguer
et de déclarer les cas de transmission de SIV à l’Homme
413
revue
[81]. De plus en plus de cas, dus principalement à des virus
triple réassortants H1N1, ont alors été rapportés [82]. On
relèvera que le virus rH1N1/07 HV a été responsable de
syndromes grippaux chez 26 personnes ayant été au contact
de porcs malades lors d’une foire agricole dans l’Ohio, en
août 2007 [48]. Par ailleurs, des virus H1N1 réassortants
comportant la cassette TRIG des SIV nord-américains et
les gènes HA et NA du virus H1N1 humain saisonnier
ont été isolés, en juin 2009, chez trois ouvriers d’un
même élevage canadien [83].
Origines du virus pandémique (H1N1) 2009
et zoonose réverse
C’est dans le cadre du programme de surveillance des virus
influenza humains qu’ont été déclarés en Californie, le
21 avril 2009, les deux premiers cas d’infection d’enfants
par un nouveau virus influenza A de sous-type H1N1, ce,
quelques jours seulement avant l’annonce d’une épidémie
sévissant au Mexique et due à un virus similaire [84, 85].
Ce nouveau virus humain a été qualifié de virus « d’origine
porcine ». Les premières reconstructions phylogéniques
ont en effet montré que les huit segments génomiques du
nouveau virus humain proviennent de virus influenza
A préalablement adaptés à l’espèce porcine [86, 87].
Ce virus a acquis un potentiel de transmission interhumaine
très efficace, qui lui a valu, le 11 juin 2009, d’être déclaré
responsable de la première pandémie du XXIe siècle par
l’Organisation mondiale de la santé (OMS). La plupart
des cas humains répertoriés sont associés à un syndrome
grippal sans gravité particulière, et l’infection peut même
être asymptomatique. Cependant, des formes graves et des
complications sont également observées. Elles peuvent survenir chez des personnes ayant une pathologie pulmonaire,
des asthmatiques, des immunodéprimés, des femmes
enceintes, des diabétiques, des obèses mais également
chez des enfants et de jeunes adultes (entre 20 et 45 ans)
sans aucun problème de santé préalable [88, 89]. Le 10 août
2010, l’OMS déclare la fin de la pandémie, un peu plus
d’un an après l’émergence du virus pH1N1/09 qui aura
été associé à près de 18 500 décès dans 214 pays (http://
www.who.int/csr/don/2010_08_06/en/index.html).
La constellation de gènes de ce virus est inédite (figure 6).
Ils proviennent très probablement de deux SIV différents.
L’un appartient à un des lignages « triple réassortant »
d’origine nord-américaine et a fourni les gènes HA, PB2,
PB1, PA, NP et NS. L’autre appartient au lignage Eurasian
avian-like swine H1N1 et a fourni les gènes NA et M.
Ainsi, tous les gènes internes, à l’exception du gène M, sont
similaires à ceux constituant la cassette TRIG, mêlant
gènes d’origines classical swine, humaine et aviaire (voir
plus haut). Sur la base des données de séquences actuellement disponibles, le virus triple réassortant donneur
American triple
reassortant swine,
clade
SwH1-γ
Eurasian avian-like
swine H1N1
(1979)
Europe/Asie
H1N2
(1999)
Amérique Nord/Asie
Date ?
Hôte ?
Lieu ?
ou ?
rH1N1 HV
(2007)
Amérique Nord
PB2
PB1
PA
HA
NA
Classical swine H1N1 (1930)
Human H3N2 (1998)
Avian (1998)
Avian H1N1 (1979)
pH1N1/09
NP
M
NS
A/California/04/2009
Figure 6. Origine des segments génomiques du virus pandémique H1N1 2009 (pH1N1/09).
414
revue
pourrait être dérivé des virus H1N2 apparus en Amérique
du Nord, en 1999 et ayant par la suite diffusé en Asie, ou
bien des virus rH1N1/07 HV ayant eux-mêmes été responsables d’infections chez l’Homme en 2007. Le gène HA du
virus pH1N1/09 appartient en effet, comme les gènes
HA de ces deux types viraux, à la clade γ des gènes de
type H1 [48].
La date, l’espèce et le lieu du réassortiment génétique ayant
été à l’origine de cette émergence virale restent pour
l’instant non élucidés. De même que les reconstructions
phylogéniques menées sur les virus responsables des pandémies de 1918, de 1957 et de 1968 suggèrent que des
précurseurs aient circulé pendant de longues périodes
avant que ne soient identifiés les virus pandémiques [90],
il est probable qu’un précurseur du virus pH1N1/09 ait
circulé, chez l’Homme ou le porc, avant d’être identifié
au travers de cas humains pathologiques [87]. Cependant,
aucun virus similaire n’a jamais été isolé à partir de prélèvements porcins avant d’avoir été détecté chez l’Homme.
On ne peut donc affirmer que le réassortiment ait eu lieu
chez l’animal, même si c’est l’hypothèse qui semble la plus
probable. Aucun virus du lignage Eurasian avian-like
swine H1N1 n’ayant jamais été détecté (ni chez le porc, ni
même chez l’Homme) sur le continent américain [28], le
réassortiment viral aurait-il eu lieu sur le continent asiatique où circulent des SIV des deux lignages donneurs ?
En effet, les SIV d’origine européenne avian-like swine
H1N1 ont diffusé en Asie à partir de 1993, et des virus
H1N2 triple réassortants d’origine américaine ont été isolés
à plusieurs reprises depuis le début des années 2000 dans
cette région (voir plus haut). Des reconstructions phylogéniques incluant des isolats chinois récemment caractérisés
montrent une grande homologie de séquences entre les
gènes du virus pH1N1/09 issus du lignage « triple réassortant » et les gènes correspondants de virus H1N2 triple
réassortants isolés à Hongkong puis en Chine, depuis
2002. De même, les gènes N1 et M du pH1N1/09 sont-ils
très proches de ceux d’isolats chinois isolés en 2008-2009.
À ce jour, aucun rapport n’a fait état d’un réassortiment
entre ces deux lignages avant l’émergence du virus
pH1N1/09. Mais le premier isolat du genre, datant de
janvier 2010, a été décrit en Chine, confortant l’hypothèse
que le réassortiment entre ces deux lignages peut avoir
lieu chez le porc [52]. Seul son gène HA, hérité au lignage
avian-like swine H1N1, le distinguerait du virus pH1N1/09
qui, lui, doit son gène HA au lignage « triple réassortant ».
Tous les gènes du virus pH1N1/09 provenant de SIV, il a
été craint, dès l’annonce de son émergence, qu’il n’ait la
capacité de transgresser facilement la barrière d’espèce
entre l’Homme et le porc. Début mai 2009, un premier
élevage porcin était d’ailleurs déclaré infecté au Canada
[91, 92]. Au Mexique, d’où l’épidémie a pris de l’ampleur
en avril 2009, un élevage aurait été touché à cette époque
là (www.OIE.int). Un an après l’émergence du virus
pH1N1/09 chez l’Homme, une vingtaine de pays ont
déclaré l’infection d’élevages porcins (www.OIE.int)
[93-95]. En Europe, le virus pandémique a, tour à tour,
été détecté chez des porcs en Grande-Bretagne, en Irlande,
en Islande, en Norvège, en Allemagne, en Italie, au Danemark, en Russie. La Norvège, jusque-là indemne de grippe
porcine, a été particulièrement touchée, avec 23 foyers
déclarés en trois semaines [96]. En France métropolitaine,
le virus pH1N1/09 a été isolé pour la première fois au mois
d’octobre 2010 dans les sécrétions nasales de porcins
symptomatiques. Dans la plupart des cas, les porcs touchés
ont développé un syndrome grippal commun (apathie,
hyperthermie) sans gravité, n’entraînant pas de mortalité.
Le virus a également été détecté aux États-Unis et en
Corée du Sud chez des porcs ne présentant aucun syndrome
grippal, suggérant la possibilité d’infections asymptomatiques. Bien que les investigations épidémiologiques
n’aient pas toujours pu démontrer que l’Homme soit à l’origine de l’infection des animaux, la zoonose réverse a été
suspectée dans plusieurs élevages. À noter que des vétérinaires norvégiens mal protégés ont eux-mêmes contracté le
virus après avoir travaillé au contact de porcs malades.
Des études expérimentales d’infection ont démontré et
confirmé la susceptibilité de l’espèce porcine au virus
pH1N1/09 [97-100]. Les porcs inoculés ont présenté de
l’hyperthermie, de l’apathie, des difficultés respiratoires
et des lésions pulmonaires caractéristiques de la plupart
des infections monovalentes à virus influenza A chez le
porc. Du virus a été retrouvé dans les sécrétions nasales
jusqu’à dix jours postinfection et a été transmis à des
porcs contacts, sur les trois cycles testés [98]. Aucun
porc, inoculé ou contact, n’a présenté de virémie, et le
virus n’a pas été retrouvé dans le muscle ou les organes
internes [101]. À noter qu’un variant du pH1N1/09 isolé
chez le porc semble moins virulent que le virus humain
parental, ce qui pourrait signifier une atténuation au fur et
à mesure des passages chez le porc [92].
Un certain degré d’immunité croisée pourrait s’exercer et
protéger en partie les porcins précédemment infectés par
des SIV de sous-type H1 [100, 102, 103]. Cependant, on
peut craindre que le virus pandémique ne s’adapte au
porc et circule dans l’espèce, peut-être de manière quasi
asymptomatique, notamment dans les régions précédemment indemnes de grippe chez le porc. On notera qu’un
premier réassortant entre SIV et virus pH1N1/09 a été
détecté en janvier 2010 à Hongkong, dans le cadre d’un
programme de surveillance mené à l’abattoir [104].
Ce virus H1N1 comporte une HA issue du lignage Eurasian avian-like swine H1N1, une cassette TRIG (des virus
H1N2 triple réassortants ayant gagné l’Asie) et le gène NA
du virus pH1N1/09.
415
revue
Déterminants moléculaires du spectre
d’hôte et réassortiments chez le porc
Les travaux d’identification des déterminants moléculaires
du spectre d’hôte des virus influenza ont pour l’instant
essentiellement concerné les virus aviaires et humains.
Ils ont révélé qu’il s’agit d’un déterminisme multigénique
et complexe, un même tropisme pouvant être défini par
plusieurs constellations distinctes de gènes viraux [105].
Chez le porc, peu de travaux spécifiques ont pour l’instant
été dédiés à la recherche des déterminants moléculaires de
la transmissibilité et de l’adaptation des virus influenza à
l’espèce, à la compréhension des mécanismes de réassortiments ou à l’identification des facteurs de virulence.
Déterminants moléculaires de la restriction d’hôte
portés par les glycoprotéines d’enveloppe
Un des déterminants de la spécificité d’hôte des virus
influenza A réside dans l’affinité de HA et de NA pour des
acides sialiques (AS) membranaires, interactions assurant,
respectivement, l’adsorption du virus à la membrane cellulaire et la libération des virions néoformés. En fonction de la
nature de HA et de NA, les virus interagiront préférentiellement avec un AS de type acide N-acétylneuraminique
(NeuAc) ou acide N-glycolylneuraminique (NeuGc), AS
lui-même lié en α2,3 ou en α2,6 au sucre sous-jacent, un
galactose (Gal) le plus souvent [106]. La distribution des
types d’AS variant elle-même d’une espèce animale à
l’autre, il a été émis l’hypothèse que la nature du site de
fixation au récepteur contribue à la restriction d’hôte
des virus influenza [105]. Ainsi, il est admis que les virus
aviaires se lient préférentiellement aux ASα2,3Gal majoritairement exprimés à la surface des cellules épithéliales
intestinales des oiseaux, tandis que les virus humains se
lient préférentiellement aux ASα2,6Gal majoritairement
exprimés à la surface des cellules non ciliées du tractus
respiratoire supérieur de l’Homme [107].
Les tissus de l’arbre respiratoire porcin contiennent les
deux types d’AS, NeuAc et NeuGc [9]. Ils pourraient
donc être réceptifs à une plus grande diversité virale que
les tissus humains qui ne contiennent que de très faibles
quantités de NeuGc. Cependant, des études d’affinité
menées in vitro à l’aide de sialylglycopolymères synthétiques suggèrent que les récepteurs NeuGc ne sont pas
essentiels pour la multiplication des SIV chez le porc [108].
C’est en 1998 qu’il était montré, pour la première fois, que
l’arbre respiratoire porcin contient à la fois des ASα2,6Gal
et des ASα2,3Gal, confortant l’hypothèse que le porc
puisse servir de marmite de mélange pour la génération
de virus réassortants humain/aviaire [7]. Cependant, ce
n’est que récemment que des travaux visant à localiser plus
précisément les différents types de récepteurs le long du trac416
tus respiratoire du porc ont montré que les ASα2,6Gal
sont prédominants à la surface des cellules épithéliales
de l’arbre respiratoire supérieur (trachée et bronches), tandis que les ASα2,3Gal sont préférentiellement exprimés
dans les zones subépithéliales de ces régions [109].
Les ASα2,3Gal sont de plus en plus fréquemment exprimés
au fur et à mesure de la descente dans le tractus respiratoire
inférieur, inversement aux ASα2,6Gal. Ainsi, les taux
d’expression des deux types d’AS seraient-ils équivalents
dans les alvéoles, tandis que les ASα2,3Gal deviennent
prédominants à la surface des cellules pulmonaires. Il semblerait donc que les distributions respectives des différents
types d’AS-Gal soient finalement assez similaires chez
l’Homme et chez le porc.
En accord avec cette distribution tissulaire, la plupart des
SIV, comme les virus humains, ont une préférence pour les
ASα2,6Gal [110], ce qui serait un atout pour le franchissement de la barrière d’espèce porc/homme. Le SIV
avian-like swine H1N1 a acquis des caractères de spécificité (i.e. des mutations d’acides aminés dans les sites de
fixation au récepteur) pour les ASα2,6Gal, illustrant
l’adaptation de ce virus aviaire à l’espèce mammifère
[111]. On notera cependant que des SIV ayant une HA
d’origine aviaire ont maintenu une certaine affinité pour
les ASα2,3Gal [108, 111]. L’analyse d’autres virus d’origine aviaire isolés chez le porc, mais ne s’étant pas a priori
adaptés à l’espèce a révélé le maintien d’une affinité préférentielle pour les ASα2,3Gal [44, 112]. Inversement, certains virus aviaires, notamment de sous-type H9N2, présentent in vitro une certaine affinité pour les ASα2,6, ce
qui constituerait une des explications au fait qu’ils aient
été détectés chez le porc [112].
Suite à des inoculations expérimentales, il a été montré
qu’un virus aviaire non adapté à l’espèce porcine se multiplie préférentiellement au niveau pulmonaire, tandis que le
virus avian-like swine H1N1 adapté à l’espèce et ayant
acquis une affinité pour les Asα2,6Gal se réplique efficacement dans le tractus respiratoire supérieur [19]. De la même
manière, des essais de multiplications virales dans des
explants tissulaires ont montré qu’un virus aviaire H2N3
se réplique moins efficacement que le SIV avian-like
swine H1N1 dans des cellules de trachée [113]. On relèvera
cependant que les deux types viraux, aviaire d’une part et
porcin d’origine aviaire d’autre part, se multiplient de
manière similaire dans les cellules alvéolaires pulmonaires
et que ces cellules peuvent en outre coexprimer plusieurs
types de récepteurs, ce qui constitue une prédisposition
à la co-infection et donc à la génération de réassortants.
L’affinité des virus pour les récepteurs cellulaires, ainsi que
leur pouvoir infectieux, peuvent être modulés par le
nombre et la position des sites de glycosylation sur HA.
Il a été montré que des SIV de sous-type H1 contenant de
nombreux sites de glycosylation sur HA1 sont plus
revue
sensibles à une inhibition par la protéine antivirale pSP-D
(porcine surfactant protein D) que des virus dont la
HA porte peu de sites de glycosylation [114]. Ainsi, par
exemple, la perte du site de glycosylation en position 246
contribuerait à augmenter la résistance du virus à cette
protéine [16].
Le clivage du précurseur HA0 en HA1 et en HA2 par les
protéases extracellulaires est également une étape clé du
processus d’infection. Il est probable que le pouvoir infectieux des virus influenza chez le porc dépende également
de l’efficacité des protéases pulmonaires en fonction de la
nature du site de clivage, mais peu de travaux ont concerné
ces questions [115]. L’introduction d’une séquence
d’acides aminés multibasiques au site de clivage, permettant une infection systémique chez les oiseaux et conférant
aux virus influenza aviaires leur caractère HP, n’est pas, en
tout cas, un déterminant de l’efficacité de multiplication
des virus aviaires chez le porc, puisque les infections
de porcins par des virus aviaires HP restent cliniquement
inapparentes, sans transmission intra-espèce [14, 116].
Déterminants moléculaires de la restriction d’hôte
portés par les protéines internes
Le pouvoir infectieux des virus influenza chez le porc
dépend très étroitement de la nature de HA et de NA,
mais, comme montré pour les virus aviaires et les virus
humains, des déterminants moléculaires de la restriction
d’hôte sont également certainement portés par les protéines
internes. Cependant, très peu de travaux ont pour l’instant
concerné l’étude des gènes internes des SIV. Des expériences d’inoculation de porcs par des virus réassortants porcin/
humain obtenus par génétique inverse soutiennent cette
hypothèse [16]. Il a également été montré qu’un virus
aviaire H5N2 ayant acquis une partie de la cassette TRIG
(gènes PB2, PA, NP et M) d’un SIV se transmet de porc à
porc, contrairement au virus aviaire parental [18].
La température corporelle moyenne du porc étant comprise
entre 38,7 et 39,7 °C, il est supposé que la température de
réplication des virus influenza dans le tractus respiratoire
des suidés se situe autour de 36-37 °C. Ainsi, les virus
influenza se répliqueraient-ils chez le porc à une température plus proche de la température de réplication des virus
aviaires chez les oiseaux (37-40 °C dans le tractus intestinal) que de celle des virus humains chez l’homme (aux
alentours de 33 °C dans le tractus respiratoire supérieur).
La nature de l’acide aminé 627 de PB2, qui diffère entre
virus aviaires et virus humains (E627K), est l’un des déterminants de la sensibilité des complexes polymérases à la
température [117, 118]. Il se pourrait donc que les gènes
PB2 d’origine aviaire confèrent un avantage aux virus
influenza A pour la réplication chez le porc. En effet, les
gènes PB2 de tous les SIV à cassette TRIG sont d’origine
aviaire, de même que les gènes PB2 des SIV européens, et
tous ces virus ont conservé un acide glutamique en position
627. Cependant, les trois sous-types de SIV européens
présentent tout de même des différences de sensibilité à
la température, laissant supposer l’implication d’autres
déterminants dans ce phénomène [119]. PB2 est également
un déterminant connu de l’efficacité de transcription/
réplication des virus influenza A dans les cellules de
mammifères. Ainsi, un virus H5N1 HP ayant acquis le
gène PB2 d’un virus avian-like swine H1N1 se répliquet-il efficacement chez le porc, contrairement au virus aviaire
parental [120].
L’origine et la nature de PB1 joueraient également un rôle
important pour l’efficacité de la réplication des virus
influenza chez le porc. La cassette TRIG des virus triple
réassortants nord-américains a acquis le segment PB1
d’un virus humain saisonnier (lui-même descendant du
virus pandémique H3N2/68). Il a été émis l’hypothèse,
suite à l’identification au Canada de virus classical swine
H1N1 ayant eux aussi acquis le segment PB1 d’un virus
humain, que celui-ci devait conférer un avantage réplicatif
au virus porcin [121]. Le gain d’efficacité de la polymérase
virale hétérotrimérique retrouvée au sein des cassettes
TRIG, constituée d’un gène PB1 d’origine humaine et de
gènes PB2 et PA d’origine aviaire, serait à évaluer.
Des déterminants du spectre d’hôte sont également portés
par la protéine NP, impliquée dans la régulation des activités de la polymérase mais jouant aussi un rôle essentiel
dans l’interaction du virus avec la machinerie cellulaire
d’import nucléaire. Des reconstructions phylogéniques
ont montré que les séquences des gènes NP se classent
en lignages hôte-dépendants, et des mutations ont été
observées dans ce gène après transmission d’une souche
humaine au porc [122].
Comme suggéré pour des virus aviaires et humains, il a
été rapporté que la protéine NS1 du SIV H3N2 triple
réassortant nord-américain joue un rôle important dans la
virulence de ce pathogène chez son hôte naturel, notamment en interférant avec la production d’interféron de
type I déclenchée lors de la réponse immunitaire non
spécifique [123]. On relèvera également que les SIV du
lignage classical swine H1N1, comme les virus humains
isolés depuis 1950, expriment un polypeptide PB1-F2
tronqué, tandis que 58 % des SIV européens H1N1,
H1N2 et H3N2, lesquels ont hérité d’un gène PB2
d’origine aviaire, exprimeraient une protéine PB1-F2 de
plus de 78 acides aminés de long, comme les virus aviaires
[124]. La protéine PB1-F2 exprimée par ces SIV européens
interagirait avec les protéines mitochondriales, mais ses
propriétés pro-apoptotiques chez le porc n’ont pas été
investiguées.
417
revue
Génération de virus réassortants
Les mécanismes sous-jacents aux préférences de réassortiments entre virus influenza A seraient liés à l’empaquetage
des ARN viraux lors de la formation des nouveaux virions.
Des signaux spécifiques sont portés par chacun des segments d’ARNv (figure 2), et les mécanismes d’empaquetage impliqueraient des interactions entre les segments,
mais ils restent pour l’instant non élucidés [125]. Une
étude statistique portant sur l’analyse des séquences des
huit segments génomiques de 150 souches de SIV a montré
que ce sont les gènes HA et NA qui s’échangent le plus
fréquemment [126]. Cependant, au sein d’un sous-type
donné, c’est le segment PB1 qui ferait le plus souvent
l’objet de réassortiments. Après co-inoculation expérimentale de porcs par un virus « triple réassortant H3N2 » et un
virus classical swine H1N1, plusieurs combinaisons de
virus réassortants comportant la cassette TRIG ont pu être
isolés des porcs infectés, confirmant l’hypothèse de l’avantage fourni par cette constellation de gènes internes pour les
échanges de HA et de NA [127]. Cependant, seuls les virus
parentaux « triple réassortant H3N2 » ont été transmis aux
porcs contacts, ce qui signifierait que certaines combinaisons de HA et de NA bénéficient d’avantages, en termes de
transmission et de maintien, par rapport à d’autres.
Conclusion
La diversité et la complexité phylogénique des SIV identifiés aujourd’hui dans les différentes populations porcines
du monde soutiennent l’hypothèse que le porc est un
hôte, chez qui, des réassortiments entre SIV, virus humains
et virus aviaires peuvent s’opérer, cela indépendamment de
l’adaptation apparente préalable des virus donneurs à
l’espèce. Il semblerait que le phénomène de réassortiment
se soit accentué au cours des dernières années chez le porc,
suite à l’apparition des virus à cassette TRIG en Amérique
du Nord. Sans que l’on sache encore pourquoi, cette constellation particulière de gènes a visiblement favorisé la
génération d’une grande variété de virus se distinguant
par la nature de leurs glycoprotéines de surface HA et
NA. Les connaissances actuelles sur les déterminants
moléculaires de la spécificité d’hôte sont encore très peu
fournies et nécessitent des travaux de recherche accentués,
mais il semble que la barrière entre les espèces porcine et
humaine puisse être assez facilement franchie par certains
virus influenza A. Même si le nombre de cas d’infections
humaines à conséquences graves par des SIV reste un événement très rare au vu du nombre de personnes travaillant
quotidiennement au contact des porcs dans le monde, il est
probable que de nombreuses infections humaines à SIV
ne sont pas identifiées, car asymptomatiques ou similaires
à une grippe saisonnière. On ne connaît donc pas la
418
fréquence réelle de transmission des SIV à l’Homme, ni
d’ailleurs la fréquence de transmission des virus influenza
humains au porc. L’adaptation, des virus influenza humains
à l’espèce porcine est probablement favorisée lorsque la
pression d’infection est très forte, comme ce fut le cas
après les pandémies de 1918 et de 1968, mais l’application
de règles de biosécurité en élevage porcin devrait permettre
de réduire les risques de transmission, tant du porc vers
l’Homme que de l’Homme vers le porc. Une étude actuellement menée au Canada au sein d’une communauté
huttérite permettra peut-être d’acquérir de nouvelles
connaissances sur la transmission des virus influenza entre
l’Homme et le porc et sur la genèse de virus réassortants
humain/porcin [128].
L’émergence chez l’Homme, en 2009, du premier virus
pandémique du XXIe siècle, virus constitué de huit segments
génomiques provenant de SIV et ayant acquis un potentiel
de transmission interhumaine très efficace, ne fait que
confirmer la nécessité de surveiller et d’étudier les SIV.
La grippe porcine n’étant pas une maladie de la liste A de
l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), elle
n’est pas réglementée. Généralement, la surveillance des
SIV relève donc davantage d’initiatives ponctuelles de
recherche plutôt que de programmes d’épidémiosurveillance à long terme. On ne peut donc affirmer avoir une
connaissance exhaustive des lignages en circulation dans
toutes les régions du monde et/ou des virus réassortants
générés chez le porc. L’analyse rétrospective des génomes
entiers de virus isolés au cours des dernières années et l’alimentation des banques de séquences permettront peut-être
de mieux retracer la genèse du virus pH1N1/09. Ce virus
s’est révélé généralement peu pathogène pour l’Homme,
mais s’est distingué des virus influenza humains saisonniers en induisant des formes graves de pneumonie chez
des personnes jeunes préalablement en bonne santé. Il présente en outre des caractères de résistance à l’amantadine et
à la rimantadine en raison de l’origine de son gène M [129].
Un an après son émergence, il apparaît que ce virus a été
transmis aux porcins dans de nombreux élevages du monde
entier, parfois de manière quasi inapparente. Le renforcement des actions de surveillance des SIV est aujourd’hui
nécessaire afin de savoir si ce virus s’est adapté et circule
chez le porc. Si tel était le cas, quel nouveau rôle jouerait le
porc dans l’écologie des virus influenza A ? De nombreuses
questions se posent aujourd’hui, tant d’un point de vue de
la santé animale que de la santé publique. On peut en effet
craindre que le porc, chez qui, la dérive antigénique est plus
modérée que chez l’Homme, ne serve de réservoir à cette
souche qui pourrait alors être un jour retransmise à une
population humaine devenue naïve. Par ailleurs, quels
seraient les risques de réassortiments, chez le porc, du
virus dérivé du pH1N1/09 avec les SIV actuellement
enzootiques, avec des virus influenza humains saisonniers,
revue
voire avec des virus influenza aviaires dont les virus HP ?
En fonction des réassortiments, quels caractères de virulence, de résistance aux antiviraux ou encore de transmission interespèces, puis intraespèces pourraient acquérir les
virus néoformés ?
Conflits d’intérêts : aucuns.
Références
1. Hatchette TF, Walker D, Johnson C, Baker A, Pryor SP, Webster RG.
Influenza A viruses in feral Canadian ducks: extensive reassortment in
nature. J Gen Virol 2004 ; 85 : 2327-37.
2. Andral B, Toquin D, Madec F, et al. Disease in turkeys associated
with H1N1 influenza virus following an outbreak of the disease in
pigs. Vet Rec 1985 ; 116 : 617-8.
3. Choi YK, Lee JH, Erickson G, et al. H3N2 influenza virus transmission from swine to turkeys, United States. Emerg Infect Dis 2004 ; 10 :
2156-60.
4. Yassine HM, Al-Natour MQ, Lee CW, Saif YM. Interspecies and
intraspecies transmission of triple reassortant H3N2 influenza A viruses.
Virol J 2007 ; 4 : 129.
5. Gagnon CA, Spearman G, Hamel A, et al. Characterization of a
Canadian mink H3N2 influenza A virus isolate genetically related to triple reassortant swine influenza virus. J Clin Microbiol 2009 ; 47 : 796-9.
6. Scholtissek C, Bürger H, Kistner O, Shortridge KF. The nucleoprotein as a possible major factor in determining host specificity of
influenza H3N2 viruses. Virology 1985 ; 147 : 287-94.
7. Ito T, Couceiro JN, Kelm S, et al. Molecular basis for the generation
in pigs of influenza A viruses with pandemic potential. J Virol 1998 ;
72 : 7367-73.
8. Shortridge KF. The 1918 ’Spanish’ flu: pearls from swine? Nat Med
1999 ; 5 : 384-5.
9. Suzuki Y, Ito T, Suzuki T, et al. Sialic acid species as a determinant
of the host range of influenza A viruses. J Virol 2000 ; 74 : 11825-31.
10. Alexander D, Brown IH. Recent zoonoses caused by influenza
A viruses. Rev Sci Tech 2000 ; 19 : 197-225.
11. Lindstrom SE, Cox NJ, Klimov A. Genetic analysis of human H2N2
and early H3N2 influenza viruses, 1957-1972: evidence for genetic
divergence and multiple reassortment events. Virology 2004 ; 328 :
101-19.
12. Alexander DJ. Avian influenza viruses and human health. Dev Biol
(Basel) 2006 ; 124 : 77-84.
13. Kida H, Ito T, Yasuda J, et al. Potential for transmission of avian
influenza viruses to pigs. J Gen Virol 1994 ; 75 (Pt 9) : 2183-8.
14. Choi YK, Nguyen TD, Ozaki H, et al. Studies of H5N1 influenza
virus infection of pigs by using viruses isolated in Vietnam and Thailand
in 2004. J Virol 2005 ; 79 : 10821-5.
15. Lipatov AS, Kwon YK, Sarmento LV, et al. Domestic pigs have low
susceptibility to H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses. PLoS
Pathog 2008 ; 4 : e1000102.
16. Landolt GA, Karasin AI, Schutten MM, Olsen CW. Restricted infectivity of a human-Lineage H3N2 influenza A virus in pigs is hemagglutinin and neuraminidase gene dependent. J Clin Microbiol 2006 ; 44 :
297-301.
17. Weingartl HM, Albrecht RA, Lager KM, et al. Experimental infection of pigs with the human 1918 pandemic influenza virus. J Virol
2009 ; 83 : 4287-96.
18. Lee JH, Pascua PN, Song MS, et al. Isolation and genetic characterization of H5N2 influenza viruses from pigs in Korea. J Virol 2009 ;
83 : 4205-15.
19. De Vleeschauwer A, Atanasova K, Van Borm S, et al. Comparative
pathogenesis of an avian H5N2 and a swine H1N1 influenza virus in
pigs. PLoS One 2009a ; 4 : e6662.
20. De Vleeschauwer A, Van Poucke S, Braeckmans D, Van Doorsselaere J, Van Reeth K. Efficient transmission of swine-adapted but not
wholly avian influenza viruses among pigs and from pigs to ferrets.
J Infect Dis 2009 ; 200 : 1884-92.
21. Van Reeth K. Avian and swine influenza viruses: our current understanding of the zoonotic risk. Vet Res 2007 ; 38 : 243-60.
22. de Jong JC, Smith DJ, Lapedes AS, et al. Antigenic and genetic
evolution of swine influenza A (H3N2) viruses in Europe. J Virol
2007 ; 81 : 4315-22.
23. Yassine HM, Lee CW, Suarez DL, Saif YM. Genetic and antigenic
relatedness of H3 subtype influenza A viruses isolated from avian and
mammalian species. Vaccine 2008 ; 26 : 966-77.
24. Kyriakis CS, Brown IH, Foni E, et al. Virological surveillance and
preliminary antigenic characterization of influenza viruses in pigs in five
European countries from 2006 to 2008. Zoonoses Public Health 2010.
25. Shope RE. The etiology of swine influenza. Science 1931 ; 73 :
214-5.
26. Scholtissek C, Burger H, Bachmann PA, Hannoun C. Genetic
relatedness of hemagglutinins of the H1 subtype of influenza A viruses
isolated from swine and birds. Virology 1983 ; 129 : 521-3.
27. Guan Y, Shortridge KF, Krauss S, Li PH, Kawaoka Y, Webster RG.
Emergence of avian H1N1 influenza viruses in pigs in China. J Virol
1996 ; 70 : 8041-6.
28. Lorusso A, Faaberg KS, Killian ML, Koster L, Vincent AL. Onestep real-time RT-PCR for pandemic influenza A virus (H1N1) 2009
matrix gene detection in swine samples. J Virol Methods 2010; 164:
83-7.
29. Shu LL, Lin YP, Wright SM, Shortridge KF, Webster RG. Evidence
for interspecies transmission and reassortment of influenza A viruses in
pigs in southern China. Virology 1994 ; 202 : 825-33.
30. Katsuda K, Sato S, Shirahata T, et al. Antigenic and genetic characteristics of H1N1 human influenza virus isolated from pigs in Japan.
J Gen Virol 1995 ; 76 (Pt 5) : 1247-9.
31. Miwa Y, Piao FZ, Goto H, Noro S. Isolation of human (H3N2)
influenza virus and prevalence of the virus-antibody in swine. Nippon
Juigaku Zasshi 1987 ; 49 : 1168-70.
32. Yu H, Hua RH, Zhang Q, et al. Genetic evolution of swine influenza
A (H3N2) viruses in China from 1970 to 2006. J Clin Microbiol 2008 ;
46 : 1067-75.
33. Peiris JS, Guan Y, Markwell D, Ghose P, Webster RG, Shortridge
KF. Cocirculation of avian H9N2 and contemporary “human” H3N2
influenza A viruses in pigs in southeastern China: potential for genetic
reassortment? J Virol 2001 ; 75 : 9679-86.
34. Castrucci MR, Donatelli I, Sidoli L, Barigazzi G, Kawaoka Y,
Webster RG. Genetic reassortment between avian and human influenza
A viruses in Italian pigs. Virology 1993 ; 193 : 503-6.
35. Yasuda J, Shortridge KF, Shimizu Y, Kida H. Molecular evidence
for a role of domestic ducks in the introduction of avian H3 influenza
viruses to pigs in southern China, where the A/Hongkong/68 (H3N2)
strain emerged. J Gen Virol 1991 ; 72 (Pt 8) : 2007-10.
36. Sugimura T, Yonemochi H, Ogawa T, Tanaka Y, Kumagai T. Isolation of a recombinant influenza virus (Hsw 1 N2) from swine in Japan.
Arch Virol 1980 ; 66 : 271-4.
37. Gourreau JM, Kaiser C, Valette M, Douglas AR, Labie J, Aymard
M. Isolation of two H1N2 influenza viruses from swine in France. Arch
Virol 1994 ; 135 : 365-82.
38. Brown IH, Chakraverty P, Harris PA, Alexander DJ. Disease
outbreaks in pigs in Great Britain due to an influenza A virus of H1N2
subtype. Vet Rec 1995 ; 136 : 328-9.
419
revue
39. Zhou NN, Senne DA, Landgraf JS, et al. Genetic reassortment of
avian, swine, and human influenza A viruses in American pigs. J Virol
1999 ; 73 : 8851-6.
40. Yu H, Zhang PC, Zhou YJ, et al. Isolation and genetic characterization of avian-like H1N1 and novel ressortant H1N2 influenza viruses
from pigs in China. Biochem Biophys Res Commun 2009 ; 386 :
278-83.
41. Bi Y, Fu G, Chen J, et al. Novel swine influenza virus reassortants
in pigs, China. Emerg Infect Dis 2010 ; 16 : 1162-4.
42. Kuntz-Simon G, Madec F. Genetic and antigenic evolution of swine
influenza Viruses in Europe and evaluation of their zoonotic potential.
Zoonoses Public Health 2009 ; 56 : 310-25.
43. Webby RJ, Rossow K, Erickson G, Sims Y, Webster R. Multiple
lineages of antigenically and genetically diverse influenza A virus cocirculate in the United States swine population. Virus Res 2004 ; 103 :
67-73.
44. Karasin AI, Landgraf J, Swenson S, et al. Genetic characterization
of H1N2 influenza A viruses isolated from pigs throughout the United
States. J Clin Microbiol 2002 ; 40 : 1073-9.
45. Vincent AL, Lager KM, Ma WJ, et al. Evaluation of hemagglutinin
subtype 1 swine influenza viruses from the United States. Vet Microbiol
2006 ; 118 : 212-22.
46. Gramer MR, Lee JH, Choi YK, Goyal SM, Joo HS. Serologic and
genetic characterization of North American H3N2 swine influenza
A viruses. Can J Vet Res 2007 ; 71 : 201-6.
47. Vincent AL, Ma W, Lager KM, Gramer MR, Richt JA, Janke BH.
Characterization of a newly emerged genetic cluster of H1N1 and H1N2
swine influenza virus in the United States. Virus Genes 2009 (in press).
48. Vincent AL, Swenson SL, Lager KM, Gauger PC, Loiacono C,
Zhang Y. Characterization of an influenza A virus isolated from pigs
during an outbreak of respiratory disease in swine and people during a
county fair in the United States. Vet Microbiol 2009 ; 137 : 51-9.
49. Yassine HM, Khatri M, Zhang YJ, et al. Characterization of triple
reassortant H1N1 influenza A viruses from swine in Ohio. Vet Microbiol
2009 ; 139 : 132-9.
50. Ma W, Vincent AL, Lager KM, et al. Identification and characterization of a highly virulent triple reassortant H1N1 swine influenza virus
in the United States. Virus Genes 2010 ; 40 : 28-36.
51. Kingsford C, Nagarajan N, Salzberg SL. 2009 Swine-origin
influenza A (H1N1) resembles previous influenza isolates. PLoS One
2009 ; 4 : e6402.
52. Xu M, Huang Y, Chen J, et al. Isolation and genetic analysis of a
novel triple-reassortant H1N1 influenza virus from a pig in China. Vet
Microbiol 2010 (in press).
53. Zell R, Bergmann S, Krumbholz A, Wutzler P, Durrwald R.
Ongoing evolution of swine influenza viruses: a novel reassortant.
Arch Virol 2008 ; 153 : 2085-92.
54. Zell R, Motzke S, Krumbholz A, Wutzler P, Herwig V, Durrwald R.
Novel reassortant of swine influenza H1N2 virus in Germany. J Gen
Virol 2008 ; 89.
55. Balint A, Metreveli G, Widen F, et al. The first Swedish H1N2
swine influenza virus isolate represents an uncommon reassortant. Virol
J 2009 ; 6 : 180.
56. Marozin S, Gregory V, Cameron K, et al. Antigenic and genetic
diversity among swine influenza A H1N1 and H1N2 viruses in Europe.
J Gen Virol 2002 ; 83 : 735-45.
57. Brown IH, Harris PA, McCauley JW, Alexander DJ. Multiple genetic reassortment of avian and human influenza A viruses in European
pigs, resulting in the emergence of an H1N2 virus of novel genotype.
J Gen Virol 1998 ; 79 : 2947-55.
58. Van Reeth K, Brown IH, Durrwald R, et al. Seroprevalence of
H1N1, H3N2 and H1N2 influenza viruses in pigs in seven European
420
countries in 2002-2003. Influenza Other Respi Viruses 2008 ; 2 :
99-105.
59. Karasin AI, Brown IH, Carman S, Olsen CW. Isolation and characterization of H4N6 avian influenza viruses from pigs with pneumonia in
Canada. J Virol 2000 ; 74 : 9322-7.
60. Karasin AI, West K, Carman S, Olsen CW. Characterization of
avian H3N3 and H1N1 influenza A viruses isolated from pigs in
Canada. J Clin Microbiol 2004 ; 42 : 4349-54.
61. Ninomiya A, Takada A, Okazaki K, Shortridge KF, Kida H. Seroepidemiological evidence of avian H4, H5, and H9 influenza A virus
transmission to pigs in southeastern China. Vet Microbiol 2002 ; 88 :
107-14.
62. Li HY, Yu KZ, Yang HL, et al. Isolation and characterization of
H5N1 and H9N2 influenza viruses from pigs in China. J Prev Vet Med
2004 ; 26 : 1-6.
63. Cyranoski D. Bird flu spreads among Java’s pigs. Nature 2005 ;
435 : 390-1.
64. Brown IH, Hill ML, Harris PA, Alexander DJ, McCauley JW. Genetic characterisation of an influenza A virus of unusual subtype (H1N7)
isolated from pigs in England. Arch Virol 1997 ; 142 : 1045-50.
65. Brown IH, Alexander DJ, Chakraverty P, Harris PA, Manvell RJ.
Isolation of an influenza A virus of unusual subtype (H1N7) from pigs
in England, and the subsequent experimental transmission from pig to
pig. Vet Microbiol 1994 ; 39 : 125-34.
66. Ma WJ, Gramer M, Rossow K, Yoon KJ. Isolation and genetic
characterization of new reassortant H3N1 swine influenza virus from
pigs in the midwestern United States. J Virol 2006 ; 80 : 5092-6.
67. Lekcharoensuk P, Lager KM, Vemulapalli R, Woodruff M, Vincent
AL, Richt JA. Novel swine influenza virus subtype H3N1, United
States. Emerg Infect Dis 2006 ; 12 : 787-94.
68. Shin JY, Song MS, Lee EH, et al. Isolation and characterization of
novel H3N1 swine influenza viruses from pigs with respiratory diseases
in Korea. J Clin Microbiol 2006 ; 44 : 3923-7.
69. Moreno A, Barbieri I, Sozzi E, et al. Novel swine influenza virus
subtype H3N1 in Italy. Vet Microbiol 2009 ; 138 : 361-7.
70. Ma W, Vincent AL, Gramer MR, et al. Identification of H2N3
influenza A viruses from swine in the United States. Proc Natl Acad
Sci U S A 2007 ; 104 : 20949-54.
71. Tu J, Zhou H, Jiang T, et al. Isolation and molecular characterization
of equine H3N8 influenza viruses from pigs in China. Arch Virol 2009 ;
154 : 887-90.
72. Myers KP, Olsen CW, Gray GC. Cases of swine influenza in
humans: a review of the literature. Clin Infect Dis 2007 ; 44 : 1084-8.
73. Gray GC, McCarthy T, Capuano AW, et al. Swine workers and
swine inflenza virus infections. Emerg Infect Dis 2007a ; 13 : 1871-8.
74. Gaydos JC, Top Jr FH, Hodder RA, Russell PK. Swine influenza a
outbreak, Fort Dix, New Jersey, 1976. Emerg Infect Dis 2006 ; 12 :
23-8.
75. Robinson JL, Lee BE, Patel J, et al. Swine influenza (H3N2) infection in a child and possible community transmission, Canada. Emerg
Infect Dis 2007 ; 13 : 1865-70.
76. Campitelli L, Donatelli I, Foni E, et al. Continued evolution of
H1N1 and H3N2 influenza viruses in pigs in Italy. Virology 1997 ; 232 :
310-8.
77. Gray GC, Trampel DW, Roth JA. Pandemic influenza planning:
shouldn’t swine and poultry workers be included? Vaccine 2007 ; 25 :
4376-81.
78. Krumbholz A, Lange J, Durrwald R, et al. Prevalence of antibodies
to swine influenza viruses in humans with occupational exposure to
pigs, Thuringia, Germany, 2008-2009. J Med Virol 2010 ; 82 :
1617-25.
79. Wells DL, Hopfensperger DJ, Arden NH, et al. Swine influenza
infections transmission from III pigs to humans at a Wisconsin agriculVirologie, Vol. 14, no 6, novembre-décembre 2010
revue
tural fair and subsequent probable person-to-person transmission. JAMA
1991 ; 265 : 478-81.
80. Gray GC, Baker WS. The importance of including swine and poultry workers in influenza vaccination programs. Clin Pharmacol Ther
2007c ; 82 : 638-41.
81. CDC. Prevention and control of influenza: recommendations of the
Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP), 2008. MMWR
Recomm Rep 2008 ; 57 (RR-7) : 1-60.
82. Shinde V, Bridges CB, Uyeki TM, et al. Triple-reassortant swine
influenza A (H1) in humans in the United States, 2005-2009. N Engl
J Med 2009 ; 360 : 2616-25.
83. Bastien N, Antonishyn NA, Brandt K, et al. Human infection with a
triple-reassortant swine influenza A(H1N1) virus containing the hemagglutinin and neuraminidase genes of seasonal influenza virus. J Infect
Dis 2010 ; 201 : 1178-82.
84. CDC. Swine influenza A (H1N1) infections-California and Texas,
April 2009. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2009 ; 58 : 437-9.
85. Neumann G, Noda T, Kawaoka Y. Emergence and pandemic potential of swine-origin H1N1 influenza virus. Nature 2009 ; 459 : 931-9.
86. Garten RJ, Davis CT, Russell CA, et al. Antigenic and genetic characteristics of swine-origin 2009 A(H1N1) influenza viruses circulating
in humans. Science 2009 ; 325 : 197-201.
87. Smith GJ, Vijaykrishna D, Bahl J, et al. Origins and evolutionary
genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic. Nature
2009a ; 459 : 1122-5.
88. Mauad T, Hajjar LA, Callegari GD, et al. Lung pathology in fatal
novel human influenza A (H1N1) infection. Am J Respir Crit Care
Med 2010 ; 181 : 72-9.
89. Hanslik T, Boelle PY, Flahault A. Preliminary estimation of risk factors for admission to intensive care units and for death in patients infected with A(H1N1)2009 influenza virus, France, 2009-2010. PLoS Curr
Influenza 2010: RRN1150.
90. Smith GJ, Bahl J, Vijaykrishna D, et al. Dating the emergence of
pandemic influenza viruses. Proc Natl Acad Sci U S A 2009 ; 106 :
11709-12.
91. Howden KJ, Brockhoff EJ, Caya FD, et al. Special report rapport
spécial: An investigation into human pandemic influenza virus (H1N1)
2009 on an Alberta swine farm. Can Vet J 2009 ; 50 : 1153-61.
92. Weingartl HM, Berhane Y, Hisanaga T, et al. Genetic and pathobiologic characterization of pandemic H1N1 2009 influenza viruses from a
naturally infected swine herd. J Virol 2010 ; 84 : 2245-56.
93. Pasma T, Joseph T. Pandemic (H1N1) 2009 infection in swine
herds, Manitoba, Canada. Emerg Infect Dis 2010 ; 16 : 706-8.
94. Pereda A, Cappuccio J, Quiroga MA, et al. Pandemic (H1N1) 2009
outbreak on pig farm, Argentina. Emerg Infect Dis 2010 ; 16 : 304-7.
95. Moreno A, Di Trani L, Alborali L, et al. First Pandemic H1N1
Outbreak from a Pig Farm in Italy. Open Virol J 2010 ; 4 : 52-6.
96. Vincent D. Flambée de grippe A dans les élevages porcins (Norvège). La France agricole 2009 ; 3307 : 22.
97. Brookes SM, Irvine RM, Nunez A, et al. H1N1) infection in pigs.
Vet Rec 2009 ; 164 : 760-1.
98. Brookes SM, Nunez A, Choudhury B, et al. Replication, pathogenesis and transmission of pandemic (H1N1) 2009 virus in non-immune
pigs. PLoS One 2010 ; 5 : e9068.
99. Lange E, Kalthoff D, Blohm U, et al. Pathogenesis and transmission
of the novel swine-origin influenza virus A/H1N1 after experimental
infection of pigs. J Gen Virol 2009 ; 90 : 2119-23.
100. Vincent AL, Lager KM, Faaberg KS, et al. Experimental inoculation of pigs with pandemic H1N1 2009 virus and HI cross-reactivity
with contemporary swine influenza virus antisera. Influenza Other
Respi Viruses 2010 ; 4 : 53-60.
101. Vincent AL, Lager KM, Harland M, et al. Absence of 2009 pandemic H1N1 influenza A virus in fresh pork. PLoS One 2009c ; 4 : e8367.
102. Kyriakis CS, Olsen CW, Carman S, et al. Serologic cross-reactivity
with pandemic (H1N1) 2009 virus in pigs, Europe. Emerg Infect Dis
2010 ; 16 : 96-9.
103. Busquets N, Segales J, Cordoba L, et al. Experimental infection
with European swine inlfuenza virus protects pigs from an infection
with the 2009 pandemic H1N1 human influenza virus. Vet Res 2010 ;
41 : 74.
104. Vijaykrishna D, Poon LL, Zhu HC, et al. Reassortment of pandemic H1N1/2009 influenza A virus in swine. Science 2010 ; 328 : 1529.
105. Munier S, Moisy D, Marc D, Naffakh N. Interspecies transmission,
adaptation to humans and pathogenicity of animal influenza viruses.
Pathol Biol (Paris) 2010 ; 58 : e59-68.
106. Nicholls JM, Chan RW, Russell RJ, Air GM, Peiris JS. Evolving
complexities of influenza virus and its receptors. Trends Microbiol
2008 ; 16 : 149-57.
107. Matrosovich MN, Gambaryan AS, Teneberg S, et al. Avian
influenza A viruses differ from human viruses by recognition of sialyloligosaccharides and gangliosides and by a higher conservation of the
HA receptor-binding site. Virology 1997 ; 233 : 224-34.
108. Gambaryan AS, Karasin AI, Tuzikov AB, et al. Receptor-binding
properties of swine influenza viruses isolated and propagated in MDCK
cells. Virus Res 2005 ; 114 : 15-22.
109. Nelli RK, Kuchipudi SV, White GA, Perez BB, Dunham SP,
Chang KC. Comparative distribution of human and avian type sialic
acid influenza receptors in the pig. BMC Vet Res 2010 ; 6 : 4.
110. Rogers GN, Paulson JC. Receptor determinants of human and animal influenza virus isolates: differences in receptor specificity of the H3
hemagglutinin based on species of origin. Virology 1983 ; 127 : 361-73.
111. Matrosovich M, Tuzikov A, Bovin N, et al. Early alterations of the
receptor-binding properties of H1, H2, and H3 avian influenza virus
hemagglutinins after their introduction into mammals. J Virol 2000 ; 74 :
8502-12.
112. Cong YL, Pu J, Liu QF, et al. Antigenic and genetic characterization of H9N2 swine influenza viruses in China. J Gen Virol 2007 ; 88 :
2035-41.
113. Van Poucke SG, Nicholls JM, Nauwynck HJ, Van Reeth K. Replication of avian, human and swine influenza viruses in porcine respiratory explants and association with sialic acid distribution. Virol J 2010 ;
7 : 38.
114. van Eijk M, White MR, Batenburg JJ, et al. Interactions of
influenza A virus with sialic acids present on porcine surfactant protein
D. Am J Respir Cell Mol Biol 2004 ; 30 : 871-9.
115. Sato M, Yoshida S, Iida K, Tomozawa T, Kido H, Yamashita M. A
novel influenza A virus activating enzyme from porcine lung: Purification and characterization. Biol Chem 2003 ; 384 : 219-27.
116. Isoda N, Sakoda Y, Kishida N, et al. Pathogenicity of a highly
pathogenic avian influenza virus, A/chicken/Yamaguchi/7/04 (H5N1)
in different species of birds and mammals. Arch Virol 2006 ; 151 :
1267-79.
117. Massin P, van der Werf S, Naffakh N. Residue 627 of PB2 is a
determinant of cold sensitivity in RNA replication of avian influenza
viruses. J Virol 2001 ; 75 : 5398-404.
118. Naffakh N, Massin P, Escriou N, Crescenzo-Chaigne B, van der
Werf S. Genetic analysis of the compatibility between polymerase proteins from human and avian strains of influenza A viruses. J Gen Virol
2000 ; 81 : 1283-91.
119. Massin P, Kuntz-Simon G, Barbezange C, et al. Temperature sensitivity on growth and/or replication of H1N1, H1N2 and H3N2 influenza
A viruses isolated from pigs and birds in mammalian cells. Vet Microbiol 2010 ; 142 : 232-41.
120. Manzoor R, Sakoda Y, Nomura N, et al. PB2 protein of a highly
pathogenic avian influenza virus strain A/chicken/Yamaguchi/7/2004
(H5N1) determines its replication potential in pigs. J Virol 2009 ; 83 :
1572-8.
421
revue
121. Karasin AI, Carman S, Olsen CW. Identification of human H1N2
and human-swine reassortant H1N2 and H1N1 influenza a viruses
among pigs in Ontario, Canada (2003 to 2005). J Clin Microbiol
2006 ; 44 : 1123-6.
122. Altmuller A, Kunerl M, Muller K, Hinshaw VS, Fitch WM, Scholtissek C. Genetic relatedness of the nucleoprotein (NP) of recent swine,
turkey, and human influenza A virus (H1N1) isolates. Virus Res 1992 ;
22 : 79-87.
123. Solorzano A, Webby RJ, Lager KM, Janke BH, Garcia-Sastre A,
Richt JA. Mutations in the NS1 protein of swine influenza virus impair
anti-interferon activity and confer attenuation in pigs. J Virol 2005 ; 79 :
7535-43.
124. Zell R, Krumbholz A, Eitner A, Krieg R, Halbhuber KJ, Wutzler P.
Prevalence of PB1-F2 of influenza A viruses. J Gen Virol 2007 ; 88 :
536-46.
422
125. Marsh GA, Rabadan R, Levine AJ, Palese P. Highly conserved
regions of influenza a virus polymerase gene segments are critical for
efficient viral RNA packaging. J Virol 2008 ; 82 : 2295-304.
126. Khiabanian H, Trifonov V, Rabadan R. Reassortment patterns in
Swine influenza viruses. PLoS Curr Influenza 2009; RRN1008.
127. Ma W, Lager KM, Lekcharoensuk P, et al. Viral reassortment and
transmission after coinfection of pigs with classical H1N1 and triple
reassortant H3N2 swine influenza viruses. J Gen Virol 2010 (in press).
128. Russell ML, Keenliside J, Webby R, et al. Protocol: transmission
and prevention of influenza in Hutterites: zoonotic transmission of
influenza A: swine & swine workers. BMC Public Health 2009 ; 9 :
420.
129. Schmidtke M, Zell R, Bauer K, et al. Amantadine resistance
among porcine H1N1, H1N2, and H3N2 influenza A viruses isolated
in Germany between 1981 and 2001. Intervirology 2006 ; 49 : 286-93.

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