Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens

MID – ORL : Item 77 : Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens biologiques
Année Universitaire 2006 - 2007
Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens
biologiques (items ENC : 77, 90 et 98)
Ce document a été rédigé par les Docteurs Carrière, Charachon, Segondy et Rispail
Objectifs pédagogiques :
•
•
•
Connaître les principaux agents microbiens responsables d’infections ORL chez l’homme.
Savoir différencier les microorganismes pathogènes des commensaux.
Évaluer les examens complémentaires dans la démarche médicale :
o
Argumenter l’apport diagnostique des prélèvements ORL
o
Faire l’analyse critique d’un compte rendu d’examen de laboratoire
A- Infections bactériennes
I- Introduction – Rappels
Il existe une flore bactérienne commensale ORL (salive +++, fosses nasales)
• Salive :
Cocci Gram + : Streptocoques α-hémolytiques autres que S. pneumoniae,
Cocci Gram - : Neisseria spp,
Flore anaérobie
• Fosses nasales : Cocci Gram + : Staphylococcus epidermidis,
Bacilles Gram + : Corynébactéries
Attention !!! Les bactéries pathogènes peuvent coloniser de façon transitoire les voies
aériennes supérieures
Cocci Gram + :
Bacilles Gram - :
Cocci Gram - :
Streptococcus pneumoniae ou Pneumocoque,
Streptococcus pyogenes ou Streptocoque du groupe A
Staphylococcus aureus,
Haemophilus influenzae,
Branhamella catarrhalis,
Neisseria meningitidis (ou méningocoque)
Novembre 2006
Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes
MID – ORL : Item 77 : Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens biologiques
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II- Principaux tableaux cliniques
*Angines
*Rhinopharyngites
*Sinusites
*Otites
III- Diagnostic de laboratoire des infections ORL d’origine bactérienne
III-1 Formes cliniques et étiologies bactériennes
-
-
-
-
-
Angines
o
Streptocoque bêtahémolytique du groupe A (Streptococcus pyogenes)
o
Plus rarement : Streptocoques des groupes C, F et G
Rhinopharyngites
o
Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque)
o
Haemophilus influenzae
o
Branhamella catarrhalis
Sinusites
o
Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque)
o
Haemophilus influenzae
o
Branhamella catarrhalis
o
Staphylococcus aureus
o
Streptococcus
o
Anaérobies (quand origine dentaire)
Otites moyennes aiguës
o
Haemophilus influenzae
o
Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque)
o
Branhamella catarrhalis
o
Streptococcus pyogenes (Streptocoque du groupe A)
o
Staphylococcus aureus
Otites externes
o
Staphylococcus aureus
o
Streptococcus pyogenes (Streptocoque du groupe A)
o
Pseudomonas aeruginosa (Bacille pyocyanique)
Lire les chapitres correspondant aux différentes bactéries dans :
o
l’Abrégé Masson de Bactériologie médicale et
o
Chapitres 25 à 30 de Maladies Infectieuses et Tropicales (E. Pilly).
Novembre 2006
Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes
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III-2 Examen bactériologique des prélèvements
1.
Prélèvements en fonction du site de l’infection
a.
b.
c.
d.
Angines et rhinopharyngites
i.Ecouvillonnage des amygdales et/ou du rhinopharynx
Sinusites
i.Liquide de drainage sinusien
Otites moyennes
i.Liquide de paracentèse ou d’otorrhée si perforation tympanique
Otites externes
i.Ecouvillonnage du conduit auditif externe
2.
Examen direct.
L’examen au microscope du prélèvement après coloration de Gram permet de repérer
quelquefois la prédominance d’un type bactérien (cocci ou bacilles) et d’orienter la mise en place
d’une antibiothérapie. Le diagnostic d'angine de Vincent peut être fait à ce stade : association de
bacilles fusiformes (Fusobacterium nucleatum) et de spirilles (Treponema vincenti).
3.
Cultures et identification.
Le prélèvement est mis en culture sur les milieux appropriés.
Les colonies apparaissant après 24h – 48h d’incubation sont repiquées sur de nouveaux milieux
et identifiées.
4.
Antibiogramme.
La sensibilité aux antibiotiques des bactéries identifiées est mesurée.
La perte de sensibilité de S. pneumoniae aux β lactamines est particulièrement recherchée. (Voir
le mécanisme de résistance de S. pneumoniae aux β lactamines++)
Pour Haemophilus influenzae et Branhamella catarrhalis, on recherche essentiellement la
présence d’une bêtalactamase
5.
Les tests de diagnostic rapide (TDR) de l’angine bactérienne.
Ces tests sont utilisés par le médecin sans l’aide habituelle d’un laboratoire d’analyses. Ils
servent à faire la différence entre une angine virale et une angine bactérienne à streptocoque A
qui est la seule à nécessiter une antibiothérapie.
La sensibilité et la spécificité des tests actuels est de l’ordre de 95 %. Le coût est d’environ 3 € et
le test est mis gratuitement à la disposition des médecins qui en font la demande auprès de
l’Assurance Maladie.
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Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes
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6. Tableau récapitulatif des caractéristiques bactériologiques des
3 principales bactéries rencontrées dans les infections ORL
Principales
bactéries (3)
Épidémiologie
Diagnostic
Bactériologique
Caractères
bactériologiques
Streptococcus
pneumoniae
Commensal voies
aériennes sup
Transmission
interhumaine
Contamination :
voie aérienne
Infections
communautaires
Diagnostic direct :
Isolement par
culture (milieux
usuels)
Cocci à gram
positif :
diplocoques
encapsulés
α-hémolyse
Commensal voies
aériennes sup
Transmission
interhumaine
Contamination :
voie aérienne
Infections
communautaires
Diagnostic direct :
Isolement par
culture (milieux
au sang cuit)
Commensal voies
aériennes sup
(rhino-pharynx)
surtout chez
l’enfant
Diagnostic direct :
Isolement par
culture (milieux
au sang cuit)
Haemophilus
influenzae
Branhamella
catarrhalis
Pénicilline G
Amoxicilline ++
Pneumocoque de
sensibilité diminuée à
pénicilline (PSDP)+++
=> CMI
Vaccin conjugué anti
pneumococcique
pathogène
extracellulaire
Petit bacille à gram
négatif
pathogène
extracellulaire
Cocci à gram
négatif
Bases du traitement
ATB
Amoxicilline + ac.
clavulanique
Céphalosporine 3èmeG.
Vaccin conjugué (anti
sérotype B)
Amoxicilline + acide
clavulanique
B- Infections virales
Les infections virales de la sphère ORL sont extrêmement fréquentes. Les virus sont les agents
les plus fréquents des rhinites, rhino-pharyngites et angines non streptococciques. Ils sont
retrouvés dans 20-30% des otites moyennes aiguës. Les infections virales de la sphère ORL
sont souvent à l'origine d'une surinfection bactérienne.
Il n'y a pas de traitement spécifique des infections ORL virales. Des manifestations ORL sévères
dues au virus de l'herpès, dans le cadre d'une primo-infection herpétique, peuvent toutefois être
justiciables d'un traitement par aciclovir ou valganciclovir.
Novembre 2006
Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
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I- Principaux virus
Ce sont essentiellement les virus "respiratoires" qui sont responsables d'infections ORL.
D'autres virus tels que le virus Epstein-Barr (EBV), le virus de l'herpès (HSV) sont retrouvés
dans les angines virales.
Tableau clinique
Virus
Rhinites, rhinopharyngites Rhinovirus (+++),
Entérovirus
Coronavirus
Virus respiratoire syncytial (VRS)
Metapneumovirus
Virus influenzae (grippe)
Virus parainfluenzae
Adénovirus
Angines
Adénovirus
EBV (Mononucléose infectieuse)
HSV *
Coxsackies A (herpangine)**
Laryngites
VRS
Virus influenzae
Virus parainfluenzae
Otites moyennes aiguës
VRS (+++)
Rhinovirus
Adénovirus
Entérovirus
Virus influenzae
* Le virus HSV-1, lors de la primo-infection, peut être responsable d'une pharyngo-amygdalite
souvent associée à une gingivo-stomatite vésiculeuse.
** L'herpangine est une gingivo-stomatite vésiculeuse, avec possible atteinte pharyngée. Cette
affection, due à un virus coxsackie A, n'a rien à voir avec le virus HSV.
II- Diagnostic
Les diagnostic virologique n'est que très rarement demandé en pratique courante dans les
infections ORL.
Le diagnostic peut être réalisé à partir de sécrétions nasopharyngées (aspiration,
écouvillonnage) ou du liquide auriculaire. Les virus peuvent être identifiés par des techniques
d'immunofluorescence ou par PCR.
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Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
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C - INFECTIONS MYCOSIQUES
Diagnostic et suivi des mycoses de la sphère O.R.L. : le bon usage des examens biologiques
1°) Principaux tableaux cliniques évoquant une mycose de la sphère O.R.L.
a) Candidoses buccales et sinusiennes :
* Les stomatites aiguës candidosiques regroupent :
. la stomatite pseudo-membraneuse, ou muguet buccal : enduit blanchâtre en plaques, recouvrant une
muqueuse jugale érythémateuse, voire hémorragique; atteinte concomitante fréquente de la langue
(glossite) et du palais (ouranite);
. la stomatite érythémateuse, souvent après antibiothérapie : pas d'enduit blanchâtre, mais érythème
intense, sensation de brûlure, glossite érythémateuse, lisse et vernissée, ouranite;
. la stomatite des dentiers, ou "candidose des prothèses" : érythème intense, limité à la zone prothétique.
* Les Candida peuvent coloniser et pérenniser certaines lésions de stomatites chroniques, sans
pour cela devoir toujours être considérés comme responsables de la pathologie : leucoplasie buccale,
glossite losangique médiane, langue noire villeuse, ...
* La chéilite candidosique se traduit par un gonflement des lèvres, recouvertes de squames
sèches et de croûtelles. La chéilite angulaire, ou perlèche candidosique, est un intertrigo des
commissures labiales : fissures érythémato-squameuses.
* La colonisation par contiguïté de cavités sinusiennes, notamment en cas de "permissivité" locale,
est possible.
b) Mycoses (nasales et) sinusiennes
Elles se développent à l'occasion d'une altération locale des parois des cavités nasales et
sinusiennes : infection bactérienne chronique, polypose, anomalies anatomiques, en particulier
traumatiques ... Le plus souvent aspergillaires, elles peuvent parfois être liées à la prolifération de
Levures d'origine buccale.
c) Otites externes fongiques
Se développant également sur terrain local permissif (eczéma du conduit, microtraumatismes,
infection bactérienne, …), elles sont le plus souvent liées à la prolifération de Champignon filamenteux à
dissémination aérienne, notamment Aspergillus spp., mais également à des Levures (Candida spp.).
2°) Prescription de l'examen mycologique et modalités de prélèvement
Quelle que soit la localisation de la lésion supposée d'origine fongique, la prescription,
accompagnée d'un maximum d'informations cliniques et épidémiologiques, devra être formulée ainsi :
"Examen mycologique d'une lésion de …[localisation très précise; si plusieurs lésions, les énumérer
précisément] ; prélèvement [si non effectué par le clinicien], examen direct, cultures (isolement et
identification)".
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Dr CARRIERE, CARACHON, SECONDY et RISPAIL
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Modalités de prélèvement : les prélèvements doivent être effectués avant tout traitement
antifongique par voie générale ou en application locale. Les précautions d'usage de stérilité visent, entre
autres, à éviter la contamination du matériel biologique par les Bactéries, mais également par des
Levures ou des Champignons filamenteux présents dans le milieu extérieur ou à l'état saprobiontique
chez le patient : conditions optimales d'asepsie, stérilité du matériel de prélèvement et de recueil …
Le recueil des mucosités buccales (jugales, gingivales, linguales, palatines, …) et du contenu des
cavités nasales et des conduits auditifs externes se fait au moyen d'un écouvillon humidifié au moyen
d’un peu de liquide physiologique stérile. Le cérumen peut être recueilli à sec dans un petit récipient
stérile. Le contenu des cavités sinusiennes et les fragments de muqueuse sinusienne, voire d'os, sont
conditionnés dans du liquide physiologique stérile (pour éviter la dessication), sans fixateur, totalement
séparés de ceux, fixés, destinés à l'anatomo-pathologiste. D’une manière générale, une conservation
courte des produits biologiques est possible à 4° C
3°) Techniques mises en oeuvre par le laboratoire et délai de réponse
Le produit biologique est partagé en deux parties sensiblement égales par le laboratoire pour
effectuer en parallèle examen direct et culture.
a) Examen direct :
L’affaiblissement des défenses immunitaires générales et locales laisse libre cours à la
multiplication et au bourgeonnement (et souvent la filamentation) des Levures et à la germination, suivie
de filamentation, des spores de Champignons filamenteux. La preuve formelle d’un état pathologique,
corollaire de cette permissivité immunitaire, est apportée dans les vingt-quatre heures par l’examen
direct, technique indispensable pour mettre en évidence le Champignon sous cet « état parasitaire ». A
elle seule, en effet, la positivité de cet examen direct permet d’impliquer un (ou plusieurs) Champignon(s)
dans le processus pathologique, donc d’affirmer la mycose.
L’examen direct « à frais » se pratique directement sur le produit biologique, sans fixation ni
coloration spécifique. Il est facilité par l’utilisation d’éclaircissants (p. ex. : lactophénol d'Amann). Sont
ainsi examinés notamment les appositions sur lame d’écouvillons sur lesquelles peut être révélée la
présence de levures bourgeonnantes (+/-mycélium) de Candida spp. et/ou d'arthrospores de Geotrichum
candidum, parfois de filaments d’Aspergillus spp. (cérumen, écouvillonnage nasal, …).
La mise en évidence de filaments d’Aspergillus spp. et/ou de levures bourgeonnantes (+/mycélium) de Candida spp. dans les prélèvements d'origine sinusienne nécessite un examen direct après
imprégnation argentique de Gomori-Grocott.
En cas de positivité de l’examen direct, le diagnostic de mycose sera bien évidemment maintenu, même
si les cultures restent ultérieurement négatives ou sont souillées par d'autres spores « contaminantes »
présentes sur ou dans le matériel biologique prélevé.
b) Cultures
L’isolement se fait par ensemencements pratiqués de façon stérile, classiquement sur tubes de
gélose glucosée (2 %) de Sabouraud, contenant des antibiotiques antibactériens et des vitamines.
Les milieux ainsi ensemencés sont conservés au moins une semaine à 27° C et à 37° C. En cas
de positivité, le développement :
- en deux à quatre jours (parfois davantage, notamment quand le patient est déjà traité par
antifongiques), de colonies blanchâtres, crémeuses, épaisses, luisantes suggèrera une (ou des)
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Levure(s), notamment du genre Candida. Les colonies sont dénombrées, habituellement de façon semiquantitative (de « rares » à « très nombreuses »).
- en trois à huit jours, de colonies en nappe de consistance et de teinte variables (bleutée, verte,
ocre, rose, blanche, …) orientera vers les Aspergillus, Penicillium, Fusarium, et autres Champignons
filamenteux, …
Ces délais de croissance, véritables critères d’identification des Champignons, conditionnent, bien
entendu, le délai de réponse définitive de la part du Laboratoire.
Par ailleurs, la négativité des cultures (souvent du fait de prises antérieures d'antifongiques)
n'infirme bien évidemment pas le diagnostic (en particulier quand l'examen direct est positif) et n'a aucune
valeur de guérison d’une mycose précédemment prouvée tant que l'examen direct reste positif.
L'identification des espèces de Levures ou de Champignons filamenteux se fait sur des caractères
morphologiques (macro- et microscopiques) et/ou physiologiques (vitesse de croissance, besoins
vitaminiques, utilisation et fermentation des sucres, ...). Cette phase d’identification demande au moins
trois jours supplémentaires, parfois une semaine ou plus
Les techniques immunologiques et moléculaires ne sont d'aucun apport dans le diagnostic des
mycoses de la sphère ORL.
4°) Résultats et interprétation
Seront donc ainsi confirmés les diagnostics de :
* Candidoses buccales et sinusiennes, sur la mise en évidence de levures bourgeonnantes (+/mycélium) à l'examen direct et la croissance en cultures de colonies de levures ensuite identifiées comme
appartenant à une ou plusieurs espèces du genre Candida (attention ! association de plusieurs espèces
de plus en plus fréquente, notamment Candida albicans avec Candida glabrata et/ou Candida krusei, ces
deux derniers naturellement peu sensibles aux imidazolés). Seul ou associé aux Candida, peut
également être isolé, notamment au niveau buccal (langue, …), un Champignon filamenteux, Geotrichum
candidum (filaments arthrosporés à l'examen direct, colonies typiques en cultures).
* Mycoses sinusiennes, parfois candidosiques, plus souvent aspergillaires. Rappelons que si la
mise en évidence de filaments de type aspergillaire par l'examen direct suffit à affirmer la mycose, les
cultures resteront négatives dans 95 % des cas ! Autrement dit, un examen direct non ou mal effectué
laisse ignorer dix-neuf cas d'aspergillose sinusienne sur vingt … Lorsque l'Aspergillus veut bien croître en
cultures, il s'agit le plus souvent d'Aspergillus fumigatus ou Aspergillus flavus. Parfois le mycologue à la
surprise de voir se développer non pas un Aspergillus, mais un Fusarium, voire un Scedosporium ou
même un autre Champignon filamenteux à dissémination aérienne.
* Otites externes fongiques, la encore parfois candidosiques, plus souvent aspergillaires. Candida
albicans et Candida parapsilosis sont les levures le plus souvent identifiées. Du fait de son optimum de
croissance correspondant à la température du conduit auditif externe, c'est Aspergillus niger qui est le
plus souvent isolé, mais Aspergillus fumigatus et Aspergillus flavus ne sont pas exceptionnels.
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