Référentiels taxonomiques

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Référentiels taxonomiques
RÉFÉRENTIELS TAXONOMIQUES
DISPONIBLES
DE LA FAUNE ET DE LA FLORE
DE FRANCE
Le 10 décembre 2003
MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE
57, rue Cuvier - 75005 Paris
AVANT PROPOS
Il existe en France métropolitaine de l'ordre de 80.000 espèces, terrestres et
marines, de plantes et d'animaux ; au niveau mondial, le total s'établit à 1,7
million d'espèces environ, désignées par 5 à 7 millions de noms. Devant ce
foisonnement de noms et d'espèces, les référentiels taxonomiques ont pour objet
de fournir les noms valides (= contenu nomenclatural) des espèces valides (=
contenu taxonomique) et d'indiquer à quel nom valide correspondent les autres
noms également employés (synonymes). Ce sont des outils d'organisation et
d'accès à l'information biologique et non biologique concernant les espèces
désignées par ces noms.
Les utilisateurs des référentiels appartiennent à trois grandes catégories :
(1) les chercheurs eux-mêmes, pour organiser l'information sur les
caractères morphologiques et moléculaires, les données écologiques et
éthologiques,
(2) les gestionnaires du milieu naturel, pour organiser l'information sur
l'écologie, la démographie, la répartition, le statut de conservation, les
mesures de protection,
(3) les gestionnaires des musées, pour organiser l'information sur les
spécimens contenus dans les collections.
Pour faire face à leurs besoins, des utilisateurs ont parfois été amenés à
développer eux-mêmes leurs propres listes d'espèces.
Quelle différence y a-t-il entre une telle liste d'usage et un véritable référentiel ?
La liste d'usage a une justification très pragmatique et n'est que rarement validée
par les systématiciens du domaine; pour des espèces de la faune et de la flore de
France, dont la répartition peut s'étendre du Portugal à la Russie, le processus de
validation est en effet hors de portée d'un utilisateur national ou, a fortiori, en
région. Le niveau européen, voire même mondial (dans le cas des espèces
introduites, par exemple), est le niveau approprié pour harmoniser le contenu
taxonomique et nomenclatural des référentiels.
MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE
57, rue Cuvier - 75005 Paris
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Le Muséum National d’Histoire Naturelle est un des principaux acteurs impliqués
dans l'établissement des référentiels taxonomiques au niveau européen. Pourquoi ?
Parce que le bon niveau pour la construction des référentiels taxonomiques est le
niveau international, mais les utilisateurs gestionnaires du milieu naturel
travaillent dans un cadre national : ils sont demandeurs de listes pragmatiques,
allégées des espèces européennes qui ne vivent pas en France (mais qui
constituent environ 70% du contenu des référentiels européens) et éventuellement
enrichies des noms scientifiques français (qui n'existent pas dans les référentiels
européens).
Cette contradiction entre référentiels taxonomiques globaux et listes d'usage
constitue un nouveau goulet d'étranglement qu'il est nécessaire de résoudre pour
rendre opérationnels les référentiels taxonomiques scientifiquement validés.
L'objet de cette note est de faire le bilan, au 1/10/03, de ce qui est disponible et
des perspectives pour la faune et la flore de France. Par commodité, nous traitons
séparément 4 ensembles :
- Faune et flore marines ;
- Faune terrestre et d'eau douce ;
- Plantes vasculaires ;
- Autres taxons (mousses, champignons, protistes, etc...).
Pour chaque ensemble, nous examinerons successivement le niveau français, le
niveau européen, le niveau mondial. L'indication "validé MNHN" signifie que le
référentiel en question répond aux normes scientifiques de qualité pour leur
contenu taxonomique et nomenclatural.
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FAUNE ET FLORE MARINE
Niveau français
Pas de référentiel spécifiquement mis en forme pour les usagers français, mais
voir ci-dessous.
Niveau européen
(1) Référentiel électronique des mollusques marins des mers d'Europe
(CLEMAM) sur le web : www.somali.asso.fr/clemam/index.clemam.html.
Validé MNHN.
(2) Référentiel papier des crustacés décapodes (marins et eau douce)
d'Europe publié dans Patrimoine Naturel,
40
[1999].
www.mnhn.fr/publication/spn/cpn40.html. Validé MNHN.
(3) European Register of Marine Species. Programme européen (1998-2000).
29.000 espèces de faune et flore cataloguées. Site web erms.biol.soton.ac.uk
(statique depuis la fin du programme) et publication sous forme papier
www.mnhn.fr/publication/spn/cpn50.html. Listes de qualité inégale selon les
taxons (les données sur les mollusques et les décapodes sont issues des deux
référentiels ci-dessus). Programme en cours de réactivation dans le cadre du
réseau européen d'excellence MARBEF.
Niveau global
(1) Un modèle du genre : Référentiel électronique des Poissons (FishBase,
28.000 espèces) sur le web www.fishbase.org. Inclut le Catalog of Fishes
recensant les descriptions originales :
www.calacademy.org/research/ichthyology/catalog/fishcatsearch.html.
Validé MNHN.
(2) Référentiel électronique des Algues (AlgaeBase) sur le web :
infotree.library.ohiou.edu/single-records/2435.html. Validé MNHN.
(3) Référentiel électronique des Mollusques (OBIS, 25.000 espèces) en
chantier sur le web : http://data.acnatsci.org/obis/. Validé MNHN.
(4) Référentiel électronique des Céphalopodes (700 espèces),
www.cephbase.utmb.edu. Validé MNHN.
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FAUNE TERRESTRE ET FLUVIATILE
Niveau français
(1) Référentiel papier des Mollusques continentaux publié dans Patrimoine
Naturel, 52 (2002) : www.mnhn.fr/publication/spn/cpn52.html. Validé
MNHN.
(2) Plusieurs listes produites par l'OPIE et/ou SPN :
- concernant les insectes, Ephémères, Lépidoptères et 5 familles de
Coléoptères en accès sur le web (www.inra.fr/Internet/Hebergement/OPIEInsectes/observatoire/list_ref.htm), Odonates en attente de validation,
Orthoptères et Mantides en attente de mise à disposition.
- concernant les vertébrés, sans attendre la fin du programme Fauna
Europaea, le MNHN a validé la liste des Amphibiens, Chéloniens +
Squamates (Reptiles), et Mammifères. Ces référentiels seront accessibles
prochainement sur le site de l’UMS « Inventaire et suivi de la
biodiversité ». La liste des poissons est en préparation.
Niveau européen
Fauna Europaea. Programme européen www.faunaeur.org en cours (20002004), le Muséum National d’Histoire Naturelle est un des 4 principaux
partenaires du projet, en charge de la validation, et de l'analyse des lacunes.
130.000 espèces attendues, disponibles sur le web à partir d'octobre 2004.
Niveau global
(1) Référentiel mondial des oiseaux en cours au Muséum National
d’Histoire Naturelle.
(2) Reptiles. Référentiel à
heidelberg.de/~uetz/LivingReptiles.html
l'EMBL,
www.embl-
(3) Autres groupes : pas de référentiel général. De nombreuses listes sont
disponibles sur le web mais ne couvrent pas l'ensemble du monde vivant. Il
s'agit bien souvent de listes d'espèces valides sans synonymes, sans être de
vrais référentiels, comme les Plécoptères du monde,
www.insects.tamu.edu/research/collection/hallan/PlecoptRpt1.txt,
ou plus complètes, comme l'"Index to the Neuropterida Species of the
World"
(Neuroptera,
Megaloptera,
Rhaphidioptera),
entowww.tamu.edu/research/neuropterida/neur_sp_index/ins_search.html.
Voir aussi www.biosis.org.uk/zrdocs/zoolinfo/checklists.htm
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PLANTES VASCULAIRES
Niveau français
L'Index Synonymique de la Flore de France (dit « Index de Kerguelen »),
jusqu’à une date très récente sur le site de l’INRA (www.inra.fr/florefrance) a été mis à jour par l’association Tela Botanica sur une commande
de l’Institut Français de la Biodiversité (IFB) et par le Conservatoire
Botanique du Bassin Parisien. Il va être mis en ligne très prochainement sur
le site du MNHN.
Niveau européen
Euro+Med PlantBase. Projet européen www.euromed.org.uk 2000-2003, en
cours d'achèvement. 35.000 espèces attendues.
Niveau global
Un modèle également : ILDIS, catalogue et base de données sur les
légumineuses du monde www.ildis.org.
Species Plantarum Project. Initiative pour cataloguer toutes les plantes du
monde, non encore financé.
AUTRES TAXONS
Niveau français
(1) Référentiel papier des algues Desmidiées de France publié dans
Patrimoine Naturel, 41
www.mnhn.fr/publication/spn/cpn41.html. Validé MNHN.
(2) Bonne expertise française dans le domaine des champignons, mais
référentiels non encore disponibles.
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CONCLUSION ET ACTIONS À ENTREPRENDRE
Les initiatives en cours aboutiront courant 2004 à des référentiels harmonisés et
interopérables au niveau européen. Les lacunes à couvrir concernent
essentiellement les champignons, les bryophytes et les lichens.
La restitution de ces référentiels pour les usagers (professionnels et public)
demande la création d'un portail d'accès en langue française et leur mise en forme
pour les besoins nationaux.
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