Développement de modèles statistiques dynamiques généraux pour

Appel d’offre sujet de thèse - année universitaire 2008/2009
Directeurs de thèse
Daniel Commenges, DR1 INSERM, Equipe Biostatistique INSERM U897
Tel : 05 57 57 11 82 ; Fax 05 56 24 00 81 ; Courriel : [email protected]
Site web de l’Equipe Biostatistique : www.isped.u-bordeaux2.fr/RECHERCHE/BIOSTATS/FR-BIOSTATSAccueil.htm
Anne Gégout-Petit, MCF, IMB UMR CNRS 5251, Projet INRIA CQFD
Titre du sujet de thèse :
Développement de modèles statistiques dynamiques généraux pour l'étude de la causalité.
Depuis quelques années les statisticiens ont porté un intérêt croissant au problème de la causalité. Les modèles
statistiques peuvent donner des guides pour une interprétation causale, ce qui est souvent le but recherché dans
les études scientifiques, en particulier en épidémiologie. A côté de l'école dominante utilisant une approche basée
sur les « contrefactuels », une approche basée sur des modèles dynamiques s'est développée. Les travaux les
plus récents dans cette approche sont ceux de Aalen, Didelez ainsi que les nôtres. Essentiellement cette approche
est basée sur une représentation des phénomènes réels par des processus stochastiques multivariés formant un
« système » ; les processus élémentaires peuvent s’influencer mutuellement. De plus il est admis que les
systèmes étudiés sont des simplifications de la réalité et l'on est donc amené à considérer des suites de systèmes
emboîtés. Il faut encore consolider cette théorie, développer une mesure quantitative d'influence d'un processus
sur un autre et développer des liens avec d'autres approches et finalement les conséquences pour les applications,
en particulier en épidémiologie.
Qualités souhaitées :
Ce sujet nécessite de bonnes connaissances en probabilités (processus stochastiques) et statistique et
demande un goût pour la modélisation de problèmes réels mais aussi pour une approche épistémologique.
Références :
Aalen, O. (1987) Dynamic modelling and causality. Scand. Actuarial J., 1987, 177-190.
Aalen, O., Borgan, O. and Gjessing, H. (2008). Survival and Event History Analysis: A Process Point of View,
Springer-Verlag, New-York.
Commenges, D. and Gégout-Petit, A. (2009).
A general dynamical model with causal interpretation. JRSS-B, in press; arXiv:0710.4396
,http://arxiv.org/abs/0710.4396
Didelez, V. (2008) Graphical models for marked point processes, J. Roy. Statist. Soc. B, 70, 245-264.
Publications scientifiques des directeurs de thèse depuis 2007:
Commenges, D. and Gégout-Petit, A. (2007).
Likelihood for generally coarsened observations from multi-state or counting process models. Scandinavian Journal
of Statistics, 34: 432-450.
Daniel Commenges, Pierre Joly, Anne Gégout-Petit, Benoit Liquet (2007). Choice between semi-parametric
estimators of Markov and non-Markov multi-state models from generally coarsened observations. Scandinavian
Journal of Statistics, 34, 33-52.
Hsu, C-H; Taylor, J., Murray, S and Commenges, D (2007). Multiple Imputation For Interval Censored Data With
Auxiliary Variables. Stat Med, 26, 769-781.
Guedj, J., Thiébaut, R. and Commenges, D. (2007). Maximum likelihood estimation in dynamical models of HIV.
Biometrics, 63, 1198-1206.
Guedj, J., Thiébaut, R. and Commenges, D. (2007). Practical identifiability of HIV dynamics models. Bulletin of
Mathematical Biology, 69, 2493-2513.
Commenges, D. (2007) Discussion of the paper by Diggle et al. ``Analysis of longitudinal data with drop-out:
objectives, assumptions and a proposal'', Applied Statistics, 56, 539-539.
Commenges, D. (2007) Discussion of the paper by Zeng and Lin ``Maximum likelihood estimation in
semiparametric regression models with censored data'', .J. R. Statist. Soc. B, 69, 539-539.
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Liquet, Sarracco and Commenges (2007) Selection between proportional and stratified hazards models based on
expected log-likelihood. Computational Statistics, 22,619-634.
Commenges, D. and Liquet, B. (2008). Asymptotic distribution of score statistics for spatial cluster detection with
censored data, Biometrics, in press.
Ganiayre, J., Commenges, D. and Letenneur, L. (2008). A Latent Process Model for Dementia and Psychometric
Tests. Lifetime Data Analysis, 14, 115-133.
Aguilaniu B., Maitre J., Gégout-Petit A., Glénet S., Guénard H. « CO and NO lung transfer, membrane
conductance and capillary lung volume in a wide healthy european population : effects of age ». European
Respiratory Journal,Vol 31, pp 1091-1097, 2008
D. Commenges, A. Sayyareh, L. Letenneur, J. Guedj and A. Bar-Hen (2008)
Estimating a difference of Kullback-Leibler risks using a normalized difference of AIC. Annals of Applied Statistics,
in press.
Linda Wittkop, Daniel Commenges, Isabelle Pellegrin, Dominique Breilh, Didier Neau, Denis Lacoste, Jean-Luc
Pellegrin, Geneviève Chêne1, François Dabis, Rodolphe Thiébaut (2008). Alternative methods to analyse the
impact of HIV mutations on virological response to antiviral therapy. BMC Medical Research Methodology, in press.
Corbière, F, Joly, P. and Commenges, D. (2009). A penalized likelihood approach for mixture cure models. Stat
Med, in press.
Rondeau Virginie, Jacqmin-Gadda Hélène, Commenges Daniel, Helmer Catherine, Jean-François Dartigues
(2009)
Aluminum and silica intake in drinking water and the risk of AlzheimerÇs disease or cognitive decline: findings of
the 15-year follow-up PAQUID cohort. American Jounal of Epidemiology, in press.
Commenges, D. and Gégout-Petit, A. (2009).
A general dynamical model with causal interpretation. JRSS-B, in press; arXiv:0710.4396
,http://arxiv.org/abs/0710.4396
Jacqmin-Gadda, H., Proust, C, Taylor, J, Commenges, D. (2009). Score test for conditional independence
between longitudinal outcome and time-to-event given the classes in the joint latent class model. Biometrics, in
press.
Sommmen, C, Alioum, A and Commenges, D. (2009) A multistate approach for estimating the incidence of human
immunodeficiency virus by using HIV and AIDS French surveillance data", Stat Med, in press.
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