glossaire de microbiologie

Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE
Cours 1 : La diversité du monde microbien
Bacille
Bactérie en forme de bâtonnet.
Cellule
Unité structurale, fonctionnelle et reproductrice constituant tout ou partie d'un être
vivant.
Commensalisme
Du latin co-, « avec » et mensa, « table », e.g. « compagnon de table », le
commensalisme est un type d’interaction biologique naturelle entre deux êtres
vivants dans laquelle l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au
commensal : il n’obtient en revanche aucune contrepartie évidente de ce dernier
Ecosystème
Communauté biologique locale et ses interactions avec son environnement.
Eucaryote
Désigne les organismes dont la ou les cellules sont dotées d'un noyau contenant
l'information génétique (du Grec : Eu- "Véritable" et -caryon "Noyau")
Germe
Voir microorganisme
Macromolécule
Assemblage (en général par polymérisation) d'un très grand nombre de molécules
engendrant une molécule ayant un poids moléculaire élevé.
Microbiologie
Etude des micro-organismes.
Microorganisme
Organisme qui ne peut être vu qu’au microscope (trop petit pour être vu à l’oeil
nu). Les microorganismes englobent les bactéries, les protozoaires, les algues et les
champignons microscopiques. Bien que les virus ne soient pas considérés comme
des organismes vivants, on les classe parfois parmi les microorganismes.
Parasitisme
Mode de relation déséquilibrée au cours duquel l’un des partenaires tire un profit
certain tandis que l’autre n’en a aucun bénéfice et peut, au contraire, en souffrir.
Pasteurisation
Mode de conservation des produits consistant à leur appliquer un traitement
thermique léger (un certain temps à une certaine température) Cette valeur
pasteurisatrice est fixée pour être juste suffisante pour détruire les microbes
pathogènes, sans trop dénaturer le produit.
Procaryote
Désigne un organisme (du Grec Pro "Avant") dépourvu de noyau.
Protiste
Eucaryotes unicellulaires(du Grec Protos = premier). Plus sophistiqués que les
bactéries et autres procaryotes, sans être pour autant véritablement végétaux ou
animaux, ils peuvent avoir des affinités animales (protozoaires) ou végétales
(protophytes).
Saprophyte
Désigne la vie sur des matières organiques en décomposition.
Stérillisation
Application à un produit d’un traitement approprié de façon à détruire tous les
microorganismes qu’il contient ; c’est un procédé de conservation par la chaleur.
Symbiose
Englobe tous les types de relations entre micro-organismes et hôte, utiles et
nuisibles. Plus communément pour désigner le mode de co-existence au cours
duquel les deux partenaires tirent un bénéfice de leur association (mutualisme).
Virus
Entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour
se multiplier.
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Cours 2 : Nutrition et croissance des bactéries
Anti-métabolite
Analogue structural d'un facteur de croissance, capable d'entrer en compétition avec
ce dernier et d'inhiber la croissance d'une souche auxotrophe.
Assimilation
Transformation d’un élément conduisant à son incorporation dans les biomolécules.
Auxanogramme
Permet de caractériser l'aptitude à la croissance d'une bactérie ou d'autres microorganismes en milieu synthétique supplémenté avec divers substrats, sources
uniques de carbone et d'énergie.
Autotrophe
Parmi les chimiotrophes, les autotrophes utilisent comme source de carbone pour
synthétiser leurs molécules du dioxyde de carbone.
Auxotrophe
Nécessite, en plus des éléments nécessaires à la croissance d’un prototrophe, un ou
plusieurs facteurs de croissance.
Chimiotrophe
Tirent leur énergie de composés chimiques, par oxydation de composés réduits.
Colonies satellites
Colonie de bactérie auxotrophe se développant au voisinage de la bactérie
productrice du facteur de croissance.
Croissance
Augmentation des constituants cellulaires (volume, masse). Peut se traduire en
microbiologie par une augmentation du nombre des microorganismes.
Facteur de croissance
Substance organique indispensable à la croissance de la bactérie mais que celle-ci
est incapable de synthétiser.
Galerie bactérienne
Ensemble des milieux permettant l'identification d'une bactérie
Hétérotrophe
Parmi les chimiotrophes, les hétérotophes utilisent comme source de carbone pour
synthétiser leurs molécules du carbone organique (alcools, acides organiques,
sucres simples ou complexes).
Inhibiteur
Molécule permettant de sélectionner dans un ensemble de microorganisme, un
sous-ensemble intéressant le diagnostic.
Lithotrophe
La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production
d’énergie est minérale.
Macroéléments
Eléments constituants majeurs de la cellule (C, O, H, N, S, P).
Métabolite essentiel
Substance indispensable à la croissance de la bactérie, que celle-ci est capable de
synthétiser.
Milieu de conservation
Milieu pauvre qui maintient les bactéries dans un état de vie ralentie.
Milieu de culture
Support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de levures, de moisissures
afin de permettre leur étude.
Milieu électif
Milieu sur lequel on observe une culture abondante et rapide de certaines bactéries
alors que la plupart des autres espèces s'y développent peu et lentement.
Milieu empirique
Milieu dont on ne connaît pas exactement la composition.
Milieu d’identification
Milieu permettant l’étude de certaines propriétés biochimiques.
Milieu minimum
Milieu ne contenant que ce qui est absolument nécessaire au microorganisme.
Milieu sélectif
Milieu contenant des molécules empêchant la culture de certains microorganismes.
Milieu semi-synthétique
Milieu dont la composition exacte n’est connue que pour certains composants.
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Milieu synthétique
Milieu dont on connaît exactement la composition chimique, tant d'un point de vue
qualitatif que quantitatif.
Milieu usuel (de base)
Milieu permettent la culture d'une variété de bactéries aussi grande que possible.
Organotrophe
La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production
d’énergie est organique.
Peptone
Produit d'une réaction d'hydrolyse de protéines.
Phototrophe
Tirent leur énergie du soleil.
Prototrophe
Organisme capable de croître en présence d'eau, d'une source d'énergie, d'une
source de carbone, d'une source azote et d'éléments minéraux.
Type trophique
Spécifie la manière dont un organisme constitue sa propre matière organique.
Vitamine
Facteur organique nutritif requis par les cellules pour leur croissance ou leur
maintenance cellulaire, servant de coenzyme ou de précurseur de coenzyme.
Cours 3 : Evaluation de la population microbienne
Aérosols
Particules liquides ou non en suspension dans l’air et porteuses de germes.
Coliforme
Bactérie Gram négative, aérobie facultative, non sporulante, qui fermente le lactose
avec production de gaz dans un délai de 48h à 35°C.
Colonie
Après division bactérienne, ensemble de l'ordre de 106 - 107 bactéries identiques à
la surface d'un milieu de culture gélosé, le plus souvent visible à l'oeil nu.
L'obtention d'une colonie est la base de la purification des bactéries.
Cytométrie
Analyse du nombre de cellules.
Cytométrie de flux
Etude d'éléments cellulaires associant l'informatique et le marquage des substances
cellulaires à l'aide de faisceaux laser.
Déchet
Tout matériel contaminé tel produit pathologique, flacon d'hémoculture, boîte de
Pétri, galerie APIsystem®
DEFT
Direct Epifluorescence Filter Technique. Méthode d’évaluation de la population
microbienne basée sur l’utilisation d’un fluorochrome, l’acridine.
Enrichir
Augmenter la représentation (proportion) d’un sous-groupe de micro-organismes
dans un ensemble plus vaste
Ensemenceur spiral
Système semi-automatique qui consiste à déposer l’inoculum par l’intermédiaire
d’un stylet creux, au centre de la boite contenant le milieu gélosé puis à déplacer en
spirale ce stylet
Fluorochrome
Exposé à une lumière UV de longueur d'onde donnée, le colorant (acridine ou
fluorescéine par exemple) émet une lumière visible d'une longueur d'onde
spécifique.
Gestion préventive
Toutes les étapes du processus de production (de la réception des ingrédients à
l’emballage et l’étiquetage du produit fini) sont contrôlées et on minimise les
risques de contamination en prenant des précautions et des mesures adéquates.
Homogénéisation
Mise en suspension homogène des microorganismes présents sur ou dans le produit
analysé en évitant cependant toute contamination externe ou une inactivation des
germes par des conditions trop drastiques
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Inoculum
Terme générique qui désigne tout élément d'un microorganisme pathogène ou
bénéfique capable respectivement 1) d'infecter l'hôte ou 2) d'améliorer sa croissance
et sa santé.
Nez électronique
Groupes de détecteurs de produits chimiques destinés à analyser les métabolites
volatiles présents dans l’air.
NPP
Nombre le plus probable - Le NPP est une estimation statistique du nombre de
bactéries par unité de volume. On le détermine à partir du nombre de tubes de
fermentation dont les résultats sont positifs, dans une série de tubes.
PCR
Réaction de polymérisation en chaîne (polymerase chain reaction). C'est une
technique d'amplification enzymatique qui permet à partir d'un fragment d'ADN,
d'obtenir un grand nombre (plusieurs millions) de copies identiques de ce même
fragment. Cette réaction est réalisée in vitro .
PSM (hotte à flux
laminaire)
Poste de sécurité microbiologique. Enceinte ventilée destinée à assurer une
protection du manipulateur et de l’environnement et, le cas échéant, du produit
manipulé vis-à-vis de substances biologiquement dangereuses.
Turbidité
Réduction de la clarté de l'eau due à la présence de matières en suspension.
Cours 4 : Physiologie de la croissance microbienne
Acidophile
Se dit d’une espèce qui profite de conditions acides pour se développer.
Activité de l’eau
Rapport des pressions de vapeur d’eau de l’aliment sur la pression de vapeur de
l’eau pure
Aérobie
Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en présence d'air ou
d'oxygène
Aéro-anaérobie
Se dit des micro-organismes pour lesquels la présence ou l'absence d'oxygène est
indifférente au développement
Anaérobie
Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en l'absence d'air ou
d'oxygène
Basophile
Se dit d’une espèce qui profite de conditions alcalines pour se développer.
Capacité tampon
Capacité à résister aux changements de pH.
Conservateur
Substance anti-bactérienne additionnée au produit afin d'éviter la prolifération
bactérienne.
Croissance synchrone
Se dit d’une croissance au cours de laquelle les individus se divisent au même
moment.
Croissance asynchrone
Se dit d’une croissance au cours de laquelle on peut observer un décalage aléatoire
dans la division des cellules constituant la population étudiée.
Croissance cryptique
Au cours de la phase de déclin, la destruction des cellules permet un nouvel apport
de nutriments propice au développement d’une partie de la population microbienne.
Diauxie
Croissance en deux phases lorsque les bactéries métabolisent complétement une
source de carbone avant d’en attaquer une deuxième/
Mésophile
Se dit des organismes pour lesquels les températures moyennes sont favorables
(optimal 30-45°C).
Micro-aérophile
Se dit d’un microorganisme croissance préférentiellement en milieu contenant O2 à
faible concentration, vers 1-5% de la concentration saturante de l’oxygène dissous.
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Potentiel redox
Mesure de la facilité avec laquelle une substance donnera ou gagnera des électrons
(en mV).
Psychrophile
Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables
(optimal 12-15°C).
Psychrotrophe
Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables
(optimal 25-30°C).
Temps de génération
Correspond au temps nécessaire au doublement de la population bactérienne.
Thermophile
Se dit des organismes pour lesquels les températures élevées sont favorables
(optimal 55- 75°C).
Vitesse spécifique de
croissance
Vitesse exprimée en unité de biomasse/unité de volume/unité de temps, dépendant
du germe et des conditions de culture.
Zone de danger
Zone de température comprise entre 4°C et 60°C. Dans cette zone, les bactéries
prolifèrent et d'autres microorganismes pathogènes survivent.
Cours 5 : Introduction au métabolisme bactérien
Anoxybiontique
Se dit d’une bactérie ne pouvant pas utiliser l’oxygène à des fins énergétiques.
Catalase
Enzyme capable de décomposer l'eau oxygénée (H2O2) en entraînant un
dégagement d'O2 (présence de bulles). Caractère d'orientation recherché pour
certains groupes bactériens (coques Gram +).
Fermentation
Oxydation cellulaire d’un substrat organique où une formation d’ATP a lieu par
couplage direct au niveau d’une ou plusieurs réactions sans passer par la formation
intermédiaire d’un potentiel électrochimique membranaire. L’accepteur d’électrons
est le plus souvent un produit de dégradation du substrat et chaque fermentation se
caractérise par le rejet abondant d’un ou plusieurs produits incomplètement
transformés. La fermentation s’oppose à la respiration. L’anaérobiose favorise les
fermentations toutes les fois qu’une respiration ne peut avoir lieu mais n’est pas un
critère obligatoire.
Méthanogène
Organisme produisant du méthane (CH4). Tous les méthanogènes connues sont des
archéobactéries et sont, généralement, anaérobies.
Nitrification
Oxydation productrice d’énergie des composés minéraux réduits de l’azote,
effectuée par des bactéries chimio-lithotrophes du genre Nitrosomonas ou
Nitrobacter.
Oxybiontique
Se dit d’une bactérie utilisant l’oxygène à des fins énergétiques.
Oxydation
Réaction impliquant une perte d’hydrogène et /ou d’électrons.
Oxygénique
(photosynthèse)
Génératrice d’oxygène moléculaire.
Péroxydase
Enzyme oxydant des substrats variés à l’aide de H2O2 qui est réduit en H2O.
Réaction anabolique
Réaction de « synthèse », nécessitant de l’énergie.
Réaction catabolique
Réaction de « destruction », libérant de l’énergie.
Réaction endergonique
Qui nécessite de l’énergie (non spontanée).
Réaction exergonique
Qui libère de l’énergie (peut s’observer spontanément).
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Réduction
Réaction impliquant un gain d’hydrogène et /ou d’électrons.
Respiration
Transferts d’électrons s’effectuant au niveau de la membrane plasmique à partir
d’un substrat donneur jusqu’à un accepteur, qui s’accompagne d’une translocation
unidirectionnelle de protons vers la face externe, contribuant de cette façon à la
formation d’un potentiel électrochimique membranaire (force protomotrice).
Respiration anaérobie
Respiration où l’accepteur est autre que l’oxygène.
Cours 6 : Métabolisme glucidique et protidique
Ammonification
Production d’ions ammonium par dégradation des matières organiques. Par
extension, production d’ammonium après réduction des composés minéraux de
l’azote comme les nitrates.
Bactéroïde
Caractérise un micro-organisme qui a la forme d'une bactérie, qu'il s'agisse d'un
bacille (forme de bâtonnet), d'une coque (forme sphérique) ou d'une spirille
(filament spiralé).
Décarboxylase
Enzyme catalysant une décarboxylation, perte d’une fonction carboxylate –COOsous forme de CO2 (+ H+).
Dénitrification
Réduction des ions nitrate par un métabolisme respiratoire qui n’est généralement
activé qu’en anaérobiose, conduisant à la formation intermédiaire de nitrite et des
gaz où prédominent N2 et N2O.
Désaminase
Enzyme catalysant une désamination, perte d’une fonction -NH3+.
Dissimilation
Utilisation d’un substrat comme accepteur d’électrons pour une production
d’énergie (exemple : dissimilation du nitrate dans la dénitrification).
Effet Crabtree
L'effet Crabtree a été décrit comme l'inhibition de la respiration en présence de
glucose, même en présence d’oxygène.
Effet Pasteur
En aérobiose, on provoque une augmentation du développement des levures, et une
diminution de la production d'alcool par la fermentation alcoolique.
Force protomotrice
Energie potentielle mesurée en mV engendrée par la dyssimétrie électrochimique
entre les deux faces de la membrane, et tendant à faire passer à travers celle-ci un
courant de protons.
Gélatinase
La gélatinase ou collagénase est une protéase qui hydrolyse le collagène en acides
aminés ou en peptides.
Nitrate réductase
Enzyme réduisant le nitrate en nitrite, soit comme réaction terminale d’une chaîne
respiratoire (dissimilatrice), soit comme première étape de transformation du nitrate
en ammonium (assimilatrice).
Nitrogénase
Enzyme réduisant l’azote diatomique N2 en NH3.
Protéase
Enzyme hydrolysant les liaisons peptidiques d’une protéine.
Transaminase
Enzymes capables d’activer l’échange du groupement amine (-NH2) d’un acide
aminé contre la fonction cétone (CO) d’un acide cétonique.
Zymogramme
Méthode d’étude de la fermentation des glucides.
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Cours 7 : La cellule bactérienne
Capsule
Couche gélatineuse nettement définie qui entoure la paroi de certaines espèces
bactériennes.
Chimiotactisme
Propriété de certaines bactéries, capables de se mouvoir, qui sont attirées par les
nutriments (sucres, acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou
nuisibles.
Conjugaison
Mécanisme sexuel de transfert de matériel génétique caractérisé par la nécessité
d'un contact entre bactéries (accouplement), la notion de polarité du transfert (il y a
une bactérie donatrice mâle et une bactérie réceptrice femelle), et le caractère de
fertilité (caractère mâle) responsable du transfert porté par un plasmide particulier
appelé plasmide sexuel.
Diffusion facilitée
Mode de transport passif faisant intervenir un transporteur.
Diffusion simple
Mode de transport passif à travers la membrane plasmique des molécules
hydrophobes et des petites molécules polaires non chargées.
Endotoxine
Toxine liée à la surface cellulaire, en général des LPS de la membrane externe des
bactéries Gram- ayant des effets toxiques dans le monde animal.
Flagelles
Longs et fins (10 µm, 10-20 nm diamètre) filaments fixés au niveau de la
membrane plasmique et qui permet à la bactérie de se déplacer.
Germination
Phénomène de différenciation qui conduit de la spore à la forme végétative.
Gradient
électrochimique
Consiste en l'inégale répartition d'une espèce chimique chargée donnée de part et
d'autre d'une membrane biologique. Il se traduit physiquement par l'existence d'une
différence de potentiel électrique et chimique pour cette espèce.
Hopanoïde
Stérol pentacyclique stabilisant la membrane cytoplasmique.
Lipopolysaccharide
(LPS)
Molécules complexes de la membrane externe des bactéries Gram-, renfermant
notamment des acides gras et une chaîne glucidique. Souvent responsable du
pouvoir pathogène, se comporte chez de nombreuses espèces comme une
endotoxine.
Mycoplasmes
Bactéries dépourvues de paroi, à morphologie variable, aérobies ou anaérobies,
parasites ou commensales. Certaines formes sont pathogènes.
Paroi
Partie de l’enveloppe cellulaire située à l’extérieur de la membrane cytoplasmique.
Peptidoglycane
Polymère complexe caractéristique de la paroi des bactéries, constitué par un
maillage de polysaccharides fait d’acide N-acétylmuramique et de Nacétylglucosamine, liés de façon covalente à des oligopeptides comportant des
acides aminés appartenant à la fois aux séries D et L.
Périplasme
Espace situé entre les deux membranes (externe et interne) de l’enveloppe des
bactéries Gram-. Le périplasme est aussi en contact avec la couche de
peptidoglycane.
Pili communs
Structures protéiques filamenteuses permettant la fixation sur les muqueuses, ce qui
conditionne le pouvoir pathogène.
Pili sexuels
Structures protéiques filamenteuses intervenant au cours de la conjugaison.
Porine
Protéine caractéristique de la membrane externe des bactéries Gram -, organisée de
façon à ménager dans celle-ci des canaux permettant le passage de molécules et
d’ions de petite taille.
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Plasmide
Éléments génétiques extrachromosomiques, capables de se répliquer de manière
autonome, et portant des gènes conférant un avantage sélectif.
Pression osmotique
Pression empêchant un solvant de passer au travers d'une membrane semiperméable.
Ribosome
Complexe constitué de protéines et d'acides nucléiques permettant la traduction de
l’ARNm protéine.
S
Svedberg, unité de mesure du taux de sédimentation.
Scissiparité
= fission. Mode division faisant intervenir la formation d’une paroi transversale
sans rétrécissement.
Spore
Structure reproductrice se développant dans certains bactéries et mycètes qui est
fortement résistante aux influences environnementales mais qui deviendra active
dans des conditions appropriées.
Sporulation
Phénomène de différenciation qui conduit de la forme végétative à la spore.
Transport actif
Mode de transport qui permet le transport contre un gradient de concentration. Il
nécessite de l'énergie.
Transport passif
Mode de transport ne nécessitant pas d’énergie pour fonctionner.
Ultrastructure
On donne le nom d'ultrastructures aux éléments de l'architecture cellulaire que l'on
ne peut observer qu'au microscope électronique.
Cours 8 : Les levures
Arthrospore
Cellule isolée obtenue par fission de mycélium.
Ascospore
Spore formée sur un asque.
Asque
Chacune des cellules, généralement allongées, à l'intérieur desquelles se forment les
spores des Ascomycètes.
Baside
Cellule reproductrice, le plus souvent en forme de massue, à l'extrémité de laquelle
sont produites les spores des Basidiomycètes.
Basidiospore
Spore formée sur une baside.
Blastèse
Chez Candida albicans, émission d’un filament de 15-30 µm à partir d’une
blastospore.
Blastospore
Sur un pseudomycélium formation de spores pouvant rester en amas accrochées au
filament.
Chlamydospore
Spore de multiplication végétative, formée en chaîne par l'épaississement de la
paroi de certains hyphes.
Chitine
Polymère de N-acétyl-glucosamine (2-acétamido-2-déoxyglucose) dont les unités
sont liées entre elles par des ponts b-(1,4) glycosidiques. La chitine est le deuxième
composé du vivant le plus représenté à la surface de la Terre, après la cellulose.
Présente dans les parois bactériennes, on la trouve également chez les levures et
dans la paroi fongique.
Flaveur
Ensemble des sensations perçues à la fois par le nez et par la bouche (goût et
bouquet).
Hétérothallique
Se dit d’une souche dont le type conjugant est stable dans la descendance
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cellulaire (autofécondation impossible).
Homothallique
Se dit d’une souche dont le type conjugant est instable dans la descendance
cellulaire (autofécondation possible).
Hyphe
Cellule en forme de filaments continus ou cloisonnés, constituant la structure de
base des champignons.
Levure
Champignon unicellulaire se reproduisant par bourgeonnement ou fission.
Mélasse
Sous produit de l'industrie sucrière ; - Utilisée comme source de carbone dans les
fermentations.
Mycète
Terme collectif utilisé pour désigner tout champignon, qu'il soit macroscopique
comme les russules, morilles ou bolets, ou bien microscopique comme les levures
et les moisissures.
Mycologie
Science de l’étude des champignons.
Osmophile
Se dit d’un microorganisme se développant dans des milieux fortes concentrations
salines ou sucrées (saumures et jus de fruits).
Polyol
= polyalcool = glycol = composé chimique organique caractérisé par un certain
nombre de groupes –OH.
Pseudomycélium
« Pseudo » est un préfixe dont le sens incorpore l'idée de « faux » et de « qui
ressemble à ». Ex.: pseudomycélium signifie « Qui n'est pas un vrai mycélium mais
qui y ressemble ».
Répression catabolique
Désigne la répression de la synthèse enzymatique par des oses facilement
métabolisés (glucose, fructose, mannose).
Cours 9 : Les moisissures
Aleuriospore
Conidie formée directement sur un filament - spore thallique solitaire.
Apex
Extrémité terminale d'un filament.
Apothécie
Organe de reproduction sexué en forme de coupe.
Article
Elément d'un filament limité par 2 septa.
Baside
Cellule des Basidiomycètes où se font la caryogamie et la méiose.
Caryogamie
Fusion de 2 noyaux pour former un zygote diploïde.
Coenocytique
Qualifie le thalle unicellulaire de certaines algues, comprenant de nombreux
noyaux mais pas de paroi.
Columelle
Partie terminale et renflée du sporangiophore situé dans le sporange chez les
Zygomycètes.
Conidie
Spore de reproduction asexuée.
Cryptogame
Se caractérise par des organes reproducteurs cachés ou peu apparents.
Evanescent
Qui s'autodétruit (asque à paroi évanescente se détruit pour libérer les ascospores).
Mycotoxine
Produit toxique secrété par le champignon pouvant contaminer des aliments ou du
fourrage.
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Pédoncule
Tige de petite taille sur laquelle se forme la spore.
Périthèce
Organe de fructification sexuée en forme d'urne ou de bouteille présentant à son
sommet une ouverture.
Phialide
Article mycélien fertile en forme de bouteille formant successivement des conidies.
Plasmogamie
Mise en commun des cytoplasmes de cellules haploïdes.
Protoplasme
Ensemble du cytoplasme, du noyau et des organites vivants de la cellule.
Rhizoïdes
Filaments en forme de racine qui permettent la fixation du champignon sur un
substrat.
Septum
Cloison entre deux cellules fongiques (pluriel : septa).
Stérigmate
appendice de forme allongée - mot usité pour désigner la partie de l'organe de
fructification des Aspergillus, il s'agit d'une formation allongée stérile sur laquelle
est formée la phialide qui elle, est fertile.
Sporange
Organe de fructification en forme de sac arrondi, contient des endospores, est
caractéristique des Zygomycètes.
Thalle
Appareil végétatif de certains «végétaux», défini comme ne comportant ni racine,
ni tige, ni feuille véritables. Les algues sont dépourvues de tiges, feuilles, racine;
leur appareil végétatif est un thalle.
Thallophyte
Famille d’organismes qui n'ont ni feuilles, ni racine, ni tige (bactérie, champignon,
algue etc…).
Zygospore
Spore de grande taille résultant de la reproduction sexuée des Zygomycètes. Les 2
filaments peuvent être issus du même thalle (homothallique) ou de 2 thalles
différents (hétérothallique).
Cours 10 : Les algues
Agar-agar
Produit gélifiant obtenu à partir d'algues rouges.
Alginate
Polysaccharides obtenus à partir d'une famille d'algues brunes
Aquaculture
Culture d’organismes aquatiques, incluant les poissons, les mollusques, les
crustacés et les plantes aquatiques.
Astaxanthine
Pigment de la famille des caroténoïdes.
Caroténoïdes
Pigments jaunes–orangés-rouges. Outre leur effet positif sur le système
immunitaire, les caroténoïdes possèdent des propriétés antioxydantes : ils luttent
contre l’action néfaste des radicaux libres, qui dégradent les composants cellulaires.
Cénobe
Colonie de cellules issues les unes des autres par divisions et maintenues ensemble
par un mucilage.
Chlorophylle
Pigment vert, synthétisé dans les chloroplastes. Elle joue un rôle essentiel dans la
photosynthèse, notamment en absorbant la lumière solaire.
Diatomée
Algue unicellulaire microscopique dont l'enveloppe siliceuse se compose de 2
valves emboîtées.
Endosymbiote
Partenaire interne dans une symbiose.
Frustrule
Coque siliceuse entourant certaines Diatomées.
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Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
Lichen
Organisme symbiotique résultant de l'association d'algues vertes microscopiques ou
de cyanobactéries avec des champignons filamenteux.
Mucilage
Production végétale liquide à base de glucides très divers susceptible de gonfler au
contact de l’eau.
Mytiliculture
Elevage des moules.
Plancton
Ensemble des êtres microscopiques ou de petite taille en suspension dans l'eau.
Phytoplancton
Plancton végétal (algues unicellulaire, diatomées...).
Pyrénoïde
Structure autour de laquelle se regroupent les réserves glucidiques.
Stigma
Organite sensible à la lumière.
Zooplancton
Plancton d'origine animale (protozoaires, cœlentérés, larves de crustacés...),
différent de phytoplancton d'origine végétale.
Cours 11 : Le Règne des Archéobactéries
Bactériorhodopsine
Protéine capable de convertir de l'énergie lumineuse en énergie chimique.
Biotype
Ensemble de caractères biochimiques variant au sein d'une même espèce
bactérienne permettant une individualisation des souches d'une même espèce.
Lysotype
Profil de sensibilité aux phages.
Pathotype
Classification d’un pathogène distingué des autres espèces sur la base de sa
pathogénicité dans un (des) hôte(s) spécifique(s).
Sérotype
(= sérovar) désigne une propriété antigénique permettant d'identifier une cellule ou
un virus par des méthodes sérologiques.
Taxonomie
Science de la classification des êtres vivants.
Toxotype
Classification selon les toxines sécrétées.
Cours 12 : Sélection et conservation des souches
Bactériocine
Petite protéine produite par des bactéries pouvant tuer d'autres bactéries.
Congélation
Consiste à abaisser la température du produit et à la maintenir en dessous de la
température de fusion de la glace afin de supprimer toute activité biologique, voire
chimique et enzymatique.
Degré Dornic
Un degré Dornic correspond à l’acidité apportée par la présence de 0,1 g d’acide
lactique dans un litre de lait. Un lait frais a une acidité comprise entre 15 et 18 °D.
Hétérofermentaire
Désigne des bactéries lactiques dont le métabolisme produit de l’acide lactique et
d’autres molécules organiques (CO2, éthanol…) après fermentation (lactique).
Homofermentaire
Désigne des bactéries lactiques dont le métabolisme produit uniquement de l’acide
lactique après fermentation (lactique).
Innocuité
Qualité d’une chose qui n’est pas nuisible.
Infection abortive
L’infection à sa phase précoce peut rester limitée par un état réfractaire du sujet
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Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
(immun) ou par une pathogénicité limitée du virus, et aboutir, à moyen terme, à la
disparition/destruction du germe sans manifestations cliniques apparentes.
Lyophilisation
Procédé qui permet de retirer l'eau contenue dans un aliment ou un produit afin de
le rendre stable à la température ambiante et ainsi faciliter sa conservation.
Prébiotique
Ingrédient alimentaire non digestible qui exerce une action bénéfique sur la santé
en stimulant sélectivement la croissance et/ou l’activité métabolique d’une ou d’un
nombre limité de bactéries de l'intestin
Probiotique
Microorganismes ingérés vivants dont on considère qu'ils sont capables d'avoir un
effet bénéfique sur l'hôte en ayant une action sur la flore intestinale.
Restriction/modification
Système de défense des bactéries vis-à-vis des phages, incluant des enzymes de
restriction (restriction) pour digérer l’ADN parasite et des enzymes de méthylation
(modification) pour protéger l’ADN de la bactérie.
Cours 13 : Pouvoir pathogène
Bactériémie
Passage éphémère de bactéries dans le sang.
Biofilm
Communauté de microorganismes adhérant entre eux, fixée à une surface, et
caractérisée par la sécrétion d'une matrice adhésive et protectrice.
Diacytose
Perforation de la membrane de la cellule hôte.
Hémolysine
Substance susceptible de causer une hémolyse, c'est-à-dire une destruction des
globules rouges.
Infection
Persistance ou multiplication d'un microorganisme pathogène à la surface ou à
l'intérieur d'un hôte.
Infectivité
Capacité à coloniser un hôte.
Inflammation
Processus de défense de l'organisme en réaction à une agression, comporte des
phénomènes vasomoteurs puis cellulaires et enfin tissulaires.
Invasion
Capacité d'un microorganisme à pénétrer dans un tissu après avoir adhéré à sa
surface.
LD50
Dose létale 50%. Quantité de micro-organismes qui tue 50% des animaux inoculés
dans un intervalle de temps déterminé.
Mimétisme moléculaire
Capacité d’un parasite à ressembler à son hôte pour assurer sa survie et échapper
aux défenses de l’hôte.
Opportuniste
Germe habituellement commensal ou non pathogène qui le devient chez un
individu dont les défenses immunitaires sont diminuées.
Phagocytose
Processus par lequel les particules étrangères envahissant le corps sont ingérées et
décomposées par des cellules spécialisées.
Pouvoir pathogène
Ensemble des propriétés biologiques d'un microorganisme qui lui permettent de
provoquer la maladie dans un hôte déterminé.
Quorum sensing
Détection de la densité des cellules grâce à des signaux de cellule-à-cellule
dépendant de la taille de la population.
Sessile
Organisme fixé sur le substrat.
Sidérophore
Elément secrété par les micro-organismes et capable de chélater le fer.
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Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
Septicémie
Développement et multiplication des microorganismes dans la circulation sanguine.
Tropisme
Réaction d’orientation ou de locomotion orientée d’un organisme.
Virulence
Infectivité et gravité de la maladie.
Cours 14 : Les toxines
Anatoxine
Toxine détoxifiée artificiellement.
Choc septique
Réponse inflammatoire à l’infection, le choc septique est défini par la présence
d’un état infectieux grave (dysfonctions d’organes). On emploie parfois comme
terme synonyme « choc toxique » qui est en fait réservé à une maladie infectieuse
rare et aiguë potentiellement létale causée par une toxine qui pénètre dans la
circulation sanguine suite à une infection par un agent pathogène. Cette toxine,
appelée TSST-1, est un des nombreux facteurs de virulence associé à
Staphylococcus aureus.
Endémie
Persistance dans une région d'une maladie particulière. Elle peut y régner
constamment, ou revenir à des époques déterminées.
Epidémie
Augmentation dans l’espace et dans le temps des cas d’une maladie.
Foyer infectieux
Zone où se trouve une concentration importante de bactéries pathogènes
Pandémie
Épidémie qui atteint un nombre très important de personnes dans une zone
géographique très large.
Toxine
Agent soluble capable en petites quantités de provoquer la mort d’un organisme
vivant (homme, animal, végétal) ou d’endommager (réversible ou irréversible) des
organes, tissus ou cellules.
Toxoïde
Molécules naturelles détoxifiées.
Cours 15 : Maladies alimentaires d’origine bactérienne
Amine biogène
Bases organiques dotées d’activité biologique. Proviennent pour l’essentiel de la
transformation des acides aminés libres par certaines souches bactériennes
(histamine, tyramine, putrescine, cadavérine).
Asthénie
Affaiblissement de l'état général
Dysenterie
Maladie infectieuse due à l'inflammation du gros intestin et provoquant de violentes
coliques, des évacuations fréquentes de glaires sanguinolentes et entraînant une
déshydratation.
Epidémiologie
Science qui étudie les facteurs responsables de l'apparition, de l'évolution et de la
transmission des maladies dans les populations. Elle s'intéresse aux vecteurs, aux
hôtes intermédiaires et aux réservoirs animaux.
Infection
Ingestion de bactéries (ou virus) qui se multiplient in vivo.
Intoxication
Aliment dégradé, par des bactéries, en catabolites toxiques.
Intoxination
Ingestion de toxine bactérienne (la bactérie pouvant être tuée).
Porteur sain
Individu avec un parasitisme latent et qui ne présente aucun signe clinique. Il
représente une source de contamination importante.
Prophylaxie
Processus actif ou passif ayant pour but de contrecarrer l'apparition ou la
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Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
propagation d'une maladie.
Symptôme
Trouble fonctionnel (essoufflement, douleur…) dont se plaint une personne malade
ou mis en évidence par l'interrogatoire du médecin.
TIAC
Toxi-infection alimentaire collective définie par l'apparition d'au moins deux cas
groupés similaires d'une symptomatologie, en général gastro-intestinale, dont on
peut rapporter la cause à une même origine alimentaire.
Toxi-infection
Ingestion massive de bactéries et de toxines dans l'aliment.
Vecteur
Organisme qui sert d'hôte à un agent pathogène et qui est susceptible de le
transmettre à un autre organisme.
Zoonose
Maladie infectieuse naturellement transmissible des animaux vertébrés à l'homme
et inversement
Cours 16 : Les antibiotiques
Abaque
Graphique permettant de trouver, sans avoir à effectuer un calcul, une valeur
numérique résultant de plusieurs données.
Antagonisme
Effet d'opposition entre deux produits se traduisant par une efficacité de leur
mélange inférieure à celle qui devrait résulter de l'addition de leur efficacité
individuelle.
Antibiotique
Toute substance chimique produite par les microorganismes capable d’inhiber le
développement ou de détruire les bactéries.
Bactéricide
Qui détruit les bactéries.
Bactériostatique
Capable d'inhiber la multiplication d'une bactérie, mais pas de la détruire.
CMB
Concentration Minimale Bactéricide : la plus faible concentration d’antibiotique (en
mg/L) laissant moins de 0,01% de survivants de l’inoculum initial après 18h de
culture à 37°C.
CMI
Concentration Minimale Inhibitrice : la plus faible concentration d’antibiotique (en
mg/L) inhibant toute culture visible après 18h de culture à 37°C.
Concentration critique
inférieure
Taux sanguin moyen obtenu aux posologies habituelles.
Concentration critique
supérieure
Taux sanguin maximal obtenu aux posologies habituelles.
Synergie
Accroissement de la somme des effets individuels de plusieurs substances
appliquées simultanément.
Travaux dirigés : applications microbiologiques des microorganismes
Affinage
Toutes les étapes au cours desquelles la pâte se transforme et acquiert sa texture,
ses arômes et ses saveurs. Température, humidité et entreposage y jouent des rôles
essentiels. L’affinage peut se faire « en surface » (Camembert), « dans la masse »
(Cheddar), parfois même les deux.
Anthocyane
Polyphénols contenus dans la pellicule de la baie. Ces pigments donnent leur
couleur aux vins rouges jeunes.
Arôme
C’est l’ensemble des principes odorants qui comportent les arômes primaires –
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Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0
ceux qu’apportent les cépages utilisés – et les arômes secondaires – ceux que
produisent les levures au cours de la fermentation. Il se développe des arômes
tertiaires (appelés aussi "bouquet") au cours du vieillissement.
Brassage
Opération consistant à transformer la farine de malt en moût sucré par addition
d'eau.
Broyage
Opération de mouture qui consiste à détacher les enveloppes de l'amande et à la
réduire en farine par passages successifs.
Caillé
Masse solide obtenue par coagulation du lait. C’est le caillé qui va subir les
diverses opérations et transformations d’affinage pour donner lieu au fromage.
Cépage
C’est une variété de plant de vigne.
Coagulation
La première étape de la fabrication du fromage, au cours de laquelle les solides du
lait se séparent du lactosérum ou « petit-lait ».
Croûte
La couche protectrice extérieure du fromage qui se forme naturellement. Elle est
comestible la plupart du temps.
Croûte fleurie (fleur)
Duvet blanc à la surface des pâtes molles comme le Brie et le Camembert. Elle est
obtenue en saupoudrant sur le fromage le caillé d’une culture de pénicillium.
Parfaitement comestible, elle ajoute à la texture et aux saveurs.
Croûte lavée
La croûte de certains fromages est lavée périodiquement pendant l’affinage, ce qui
explique les nuances cuivrées ou beiges.
Cuvaison
Le terme désigne l’ensemble des phénomènes qui se passent au cours de la
vinification en rouges et rosés : fermentation, macération avec extraction des
matières colorantes et des tanins. La durée de cuvaison peut varier de quelques
heures (vins rosés) à quelques semaines (vin de garde).
Drêche
Résidu solide de l'orge après soutirage et filtration du moût. Utilisée pour nourrir le
bétail.
Egouttage
Au cours de cette étape, le lactosérum est évacué avant que le caillé passe à celle du
pressage.
Fermentation basse
Fermentation qui a lieu à basse température (entre 1 et 10°C), avec des levures qui
descendent au fond de la cuve en fin de fermentation. C'est le procédé le plus
répandu parmi les brasseurs industriels.
Fermentation haute
Fermentation qui a lieu à température ambiante (entre 15 et 25°C), avec des levures
qui montent à la surface du liquide en fin de fermentation. C'est le procédé le plus
répandu parmi les brasseurs artisanaux, car le plus facile à mettre en œuvre et le
moins onéreux.
Fermentation
malolactique
C'est la transformation de l'acide malique du vin en acide lactique sous l'action des
levures. L'acide lactique étant moins acide que l'acide malique, il s'opère ainsi une
diminution de l'acidité du vin.
Fournil
Lieu de travail du boulanger où sont installés le pétrin et le four.
Garde
Période pendant laquelle la bière subit une bonification, avant la mise en bouteilles
et une éventuelle refermentation dans celles-ci.
Gluten
Partie protéique de la farine de blé.
Houblon
Seules les fleurs femelles sont utilisées en brasserie. La récolte des fleurs a lieu à la
fin de l'été. C'est le houblon qui aromatise et/ou amérise la bière.
Macération
Les anthocyanes, les tanins et les arômes se diffusent dans le jus (appelé le moût) à
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l'intérieur de la cuve. La macération est plus ou moins longue (de une à quatre
semaines environ) selon les vins. Dans la cuve, au-dessus du jus, se forme un
chapeau de marc, formé par les particules solides de la pulpe et de la pellicule.
Maltage
Procédé de germination des grains d'orge.
Polyphénols
Produits organiques, dont le nom traduit la structure chimique composée de
plusieurs phénols localisés dans la partie solide de la grappe de raisin.
Orge
Céréale constituant le malt. Sa teneur en azote convient parfaitement pour la
fabrication de la bière, tout comme sa pellicule protectrice qui l'empêche de pourrir
lors du maltage.
Pâte molle
Pâte fermentée puis affinée qui n’est ni cuite ni pressée (Brie, Camembert).
Pâte persillée
Pâte des fromages de type « bleu » veinée de marbrures bleues ou violettes
produites par l’ensemencement de pénicillium dans la masse.
Présure
Enzyme utilisée pour accélérer la coagulation du lait.
Rafle
Partie ligneuse ramifiée, supportant les grains. Elle constituée d'eau, de fibres, de
tanins et de matières minérales.
spp
Cela indique qu'il s'agit de plusieurs espèces non déterminées.
Tanins
Molécules contenues dans la pellicule mais aussi dans le pépin et dans la rafle. Ils
donnent leur charpente aux vins et peuvent leur conférer une certaine astringence
(impression d’assèchement en bouche) qui disparaît avec le vieillissement. Ils
peuvent être soyeux, ronds, fins, ou au contraire verts, herbacés…
Vin
Produit de la fermentation du jus de la baie de la vigne.
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