Charte Plateforme Bioinformatique Cibi - Cibi Home Page

Chartedefonctionnementdela
plateformeCibi[CRCM’sIntegrative
Bioinformatics]
Datedemiseàjour:12/01/2016
Préambule
LaplateformeCibi(CRCM’IntegrativeBioinformatics)aétécrééeen2008pourrépondreauxbesoins
enbioinformatiqueduCRCMainsiquepourdévelopperuneactivitéderechercheen
bioinformatique.
Touteutilisationdelaplateformeimpliquel’acceptationdelacharteprésente.
CettechartefaitpartieintégrantedelacharteduCRCM.Laversionencoursdevaliditéest
disponiblesurlapagedelaplateforme:http://cibi.marseille.inserm.fr/termsofservice.html.
PlateformeCibi
Commetouteplateformetechnologique,l’activitédeCibiestdiviséeendeuxpartiesprincipales.
•
•
Service(servicesdebioinformatiquepourleséquipesduCRCM,analysededonnées,
rédactiondesectionM&Mdansdespublicationsetdemandesponctuelles)
Développement(recherche,veilletechnologique,publications,collaborationsdegrande
ampleur,participationàdesconsortiums)
Personnel
LaplateformefonctionneavecdespersonnelstitulairesetsurcontratCDD,mentionnéssurlapage
Web.Cesdernierstravaillentengénéralsurdesprojetsprécis.
CompétencesetThématiques
Lesthématiquesdelaplateformesontlessuivantes:
•
•
Bioinformatique(analysededonnéesgénomique,transcriptomique,protéomique,
intégrationdedonnéesdiverses)
Biologiedessystèmes(projetsenanalysederéseauxetmodélisation)
Cettelisten’estpasexhaustive,n’hésitezdoncpasàcontacterlaplateformepourd’autrestypesde
projet.
Pourdesprojetshorsdenoscompétences,nouspourronsfournirunelisted’experts(contacts,
collaborateurs)potentiels.
Moyens
Sesmoyenssontfinancésàtraverslaréponseàdesappelsd’offrescompétitifsetmisàdisposition
auxautresactivitésauCRCM.IlssontgérésparlaplateformeDisc(Datacentred’Informatique
ScientifiqueduCRCM,resp.BernardChetrit).
Ilsconsistenten:
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Unclusterdecalculmulticoeurs.
Unclusterdevirtualisationpourl’exécutiondemachinesvirtuelles.
DeuxNASpourlestockagededonnéessécurisées.
Desmachinesdebureau.
Publicationsetvalorisationdesrésultats
Toutepublication(incluantarticles,posters,présentations)demandantdesanalysespousséesoudu
développementlogicielspécifiquedevracomporterlenomdumembreayanteffectuécestravaux
danslalistedesauteursou,encasdesimplesupporttechnologique(consultationsansanalyse
poussée),lamentionsuivantedanslesremerciements:
«Weacknowledgethehelpof[X]fromthePlatformCibi,whoperformed[Y]»
Fonctionnementetrendudeservice
• Contactinitial.Lecontactinitialsefaitparleformulairecitéenannexeetdisponiblesurle
sitedelaplateforme:http://cibi.marseille.inserm.fr/termsofservice.html.Sonutilisationest
préciséedansleformulairelui-même.Leformulairedevradécrireleprojet,mentionnerson
titre,ainsiqu’uncahierdescharges.Unesériederendez-voussuivra.
• Montageduprojetdefaçoncollaborative.Estimationdutempsnécessaireau
développement/analyse.Estimationdesressourcesnécessaires(ETPetmoyensdecalcul,du
débutetdelafinduprojet).
• Définitionetpriorisationduprojet.Letempsd’exécutionduprojetainsiqueladéfinition
précisedestâchesserafaite.Lesprojetsfaisantl’objetdecontratssonttraitésenprioritésur
laplateforme.Parcontre,nousnetravaillonspassurdesprojetsentaméssilesprotocoles
(code,scripts)etlesdonnéesbrutesnesontpasrenduesdisponibles,etlesanalysesse
fonttoujourssurdesdonnéesbrutes.
• Suividuprojet.Toutprojetrenduparlaplateformemaissanssuiviseraabandonné.
Financementdesprojets
Ilestnotéqu’uneactivitédemandantuntravailconséquent(développementspécifique)constitueun
projetàpartquidevrafairel’objetd’unecollaborationsuivie.
Selonlachargedetravailetl’ampleurduprojet,ilfaudraéventuellementleverunfinancement
spécifique,quidevrafairel’objetd’uneréponseàunAAP.Auminimum,uneparticipationdela
plateformeCibiàunepublicationestnécessaire.
Annexe:Formulairededemandedeservice.
Demandedeservicesurlaplateforme
bioinformatiqueCibi.
Datedemiseàjour:12/01/2016
Rempliretrenvoyerpare-mailàGhislainBidautouSamuelGranjeaud.L’envoideceformulaire
impliquel’acceptationdelachartedelaplateformeBioinformatiqueCibidisponibleà
http://cibi.marseille.inserm.fr/termsofservice.html.
Titredelademande
Naturedelademande:
Référent(s):(nom(s)etadresse(s)e-mail):
Typededonnéesgénérées(expressionarrays,Chip-Seq,etorganismeétudié):
Datedemiseàdispositiondesdonnées:
Informationscomplémentaires.Cecipeutincluredesprécisionssurlanaturedesdonnéesd’entrées
etlesdonnéesàgénérer,ainsiquelaquestionscientifique.Parexemple,sicesontdesfichiers,quel
estleurformat?Sicesontdesfigures,quelleinformationestattendue?Quellehypothèse
scientifiquecherche-t-onàdémontrerouàappuyer?