france-Russie : une douzaine d`années de collaboration

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France-Russie : une douzaine d’années
de collaboration
Entretien avec Mireille Régnier, responsable de l’équipe-projet Amib, INRIA Saclay - Île-de-France
© INRIA/photo Jim Wallace
Dans le cadre de l’année France-Russie, l’équipe associée Migec organise, du 15 au 17
juin à Zvenigorod, un séminaire sur le séquençage nouvelle génération. L’oc­casion de
renforcer une collaboration de longue date avec les Russes de NIIGenetika.
: Depuis quand travaillezvous avec des équipes russes ?
Mireille Régnier : Je collabore
depuis une douzaine d’années avec
Vsevolod Makeev, de l’institut NII­
Genetika de Moscou, sur des ques­
tions de bio-informatique. Avant de
créer une équipe associée, nous
avons été soutenus par le laboratoire franco-russe Liapunov et
par le programme Eco-net, puis par le ministère des Affaires
étrangères. Cette collaboration bilatérale s’étend aujourd’hui
avec des projets impliquant d’autres équipes de l’INRIA :
Magnome à Bordeaux et Séquoia à Lille.
: Quel est l’objet d’étude de Migec ?
Mireille Régnier : Contribuer à la notation structurelle et
fonction­nelle de séquences génomiques. Une notion clé de
ce domaine est la similarité. On admet en effet que des sé­
quences similaires indiquent une fonction biologique com­
mune. Il est ainsi crucial de définir des fonctions mathé­
matiques qui permettent de quantifier cette similarité et
d’obtenir des critères mathématiques pour estimer la fiabi­
lité des prédictions. Pour cela, nous développons une boîte à
outils algorithmique fondée sur une approche combinatoire,
énumérative et statistique de l’analyse des séquences géno­
miques. C’est la spécialité de l’équipe Amib. En découlent des
applications avec nos parte­naires russes et américains, par
exemple pour l’étude de la régulation chez la drosophile. Ces
algorithmes sont intégrés dans le logiciel de recherche de
Focus : la première équipe commune
avec l’Italie
Rattachée au centre de recherche INRIA Sophia Antipolis Méditerranée, Focus est née dans le cadre d’une conven­
tion de partenariat signée avec l’université de Bologne (et
avec la participation externe de la fondation Bruno Kess­
ler de Trente, en Italie, et de l’ENS de Lyon). C’est la pre­
mière équipe créée avec une université européenne. Ce
partenariat transfrontalier illustre la stratégie d’ouverture
de l’insti­tut vers ses voisins européens, mais également sa
volonté d’exporter son modèle d’activité de recherche en
équipe. Dirigée par Davide Sangiorgi, chercheur de renom­
mée inter­nationale dans le domaine des modèles de calculs
mathé­matiques pour l’étude des systèmes logiciels distri­
bués, Focus (pour Foundations of Component-based Ubiquitous
Systems) a pour objectif d’établir les fondements séman­
tiques des systèmes répartis. Ce projet, qui s’appuie sur
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INédit n°75, juillet 2010
motifs de régulation dans les séquences, SeSiMCMC, déve­
lop­­pé par nos partenaires russes depuis 2006.
: Ce séminaire coïncide avec l’année France-Russie…
Mireille Régnier : Nous organisons la conférence MCCMB et
un séminaire en alternance chaque année. En l’organisant
dans le cadre de l’année France-Russie, nous espérons attirer
des bio-informaticiens et renforcer la communauté scienti­
fique franco-russe sur ce thème.
contact Mireille Régnier, responsable de l’équipe-projet Amib,
INRIA Saclay - Île-de-Frances
Tél. : +33 1 69 33 40 41, [email protected]
http://line.imb.ac.ru/NGS_workshop_2010
L’institut Poncelet : un labo commun
pour les sciences du numérique
L’INRIA a une longue histoire de collaboration avec la Russie, concrétisée
par la création, au début des années quatre-vingt-dix, du laboratoire Liapunov,
avec l’université de Moscou. Depuis 2006, les échanges franco-russes dans
les sciences du numérique ont pris de l’ampleur et s’organisent au sein de
l’institut Poncelet. L’INRIA en est membre associé. Ce laboratoire est une
unité mixte internationale du CNRS fondée avec l’Académie des sciences
de Russie, la Fondation russe pour la recherche fondamentale, l’Université indépendante de Moscou et l’Institut de recherche international sur
les systèmes avancés de Moscou. Par un accord signé le 4 décembre 2007
avec les mêmes partenaires, l’INRIA est également membre du Réseau de
formation et de recherche franco-russe en STIC, dont le responsable est
Gregory Kucherov, de l’équipe Sequoia (voir Inédit n°64).
des techniques de logique et d’algèbre, répond à un véri­table
besoin de notre société : mieux maîtriser l’informatique
ubiquitaire. C’est-à-dire ces systèmes informatiques distri­
bués ou intégrés dans des activités et des objets du quoti­
dien, sur des réseaux à grande échelle. D’où la nécessité
de techniques mathématiques pour parvenir à formaliser et
vérifier des propriétés comportementales de ces systèmes,
ainsi que pour proposer des constructions linguistiques afin
de mieux les programmer. « Nous entendons développer des
méthodes pour analyser ces systèmes parallèles et les améliorer à l’aide de nouveaux langages et techniques. », souligne
Davide Sangiorgi.
contact Davide Sangiorgi, Université de Bologne, équipe-projet Focus,
INRIA Sophia Antipolis - Méditerranée
Tél. : + 39 051 209 49 80, [email protected]
http://www.inria.fr/recherche/equipes/focus.fr.htlm