Ingénieure d`étude en Biologie Moléculaire - Microbiologie

Marie ROUMAGNAC
17/09/1980
Ingénieur d’étude Biologie Moléculaire - Microbiologie
Adresse : 2 rue Pierre Laurent – 13006 Marseille
Tel portable : 06 09 94 64 14
Tel domicile : 04 91 92 43 60
Mail : [email protected]
Formation initiale
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2006: Master Pro BGAE spécialité B3 : Biotraçabilité, Biodétection, Biodiversité. Université de Montpellier II.
2005 : Maîtrise IUP B3, M1 Master Pro B3.Université de Montpellier II.
2004 : Licence IUP B3.Université de Montpellier II.
2000 : Baccalauréat scientifique option sciences de la vie.
Langues : Anglais et Espagnol scientifique écrit et oral, notions de Latin et Italien.
Compétences
Biologie moléculaire et instrumentation:
 ADN/ARN : extractions, PCR, PCR nichée, Q-PCR, RTPCR et RT-QPCR.
 Macroarrays et Miniarrays.
 Banque de clones etBanque de fosmides.
 RFMCA (Analyses des courbes de fusion des
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fragments de restriction en PCR en temps réel).
D-HPLC (Chromatographie liquide à haute pression en
condition dénaturante).
DGGE (gel d’électrophorèse condition dénaturante).
SIP (stable isotope probing).
FISHet TSA Fish
RFLP et AFLP.
Design de sondes et amorces spécifiques.
Microbiologie :
 Bactéries et archées en aérobies et anaérobie.
 Observation microscopique.
 Isolement de souches microbiennes en GMD (Gel
MicroDroplet).
Biologie :
 Architecture racinaire.
 Dissection de crevettes et expérimentation en
aquarium
Analyse informatique et bio-informatique:
 Analyse et interprétation des Macro et Miniarrays.
 Traitement et analyses bio-informatique.
 Analyse des gels DGGE.
Types échantillons :
 Le modèle végétal Arabidopsis thaliana.
 Le genre Synechococcus.
 Les Gorgones Paramuricea clavata et les
bactéries marines associées.
 Les lacs de saumures et sédiments marins
profonds.
 Les bactéries et archées de la souchotèque de
l’Université de Bretagne Occidentale.
 La crevette hydrothermale Rimicaris exoculata.
Logiciels informatiques et d’analyses :
 Logiciels de Traitement classiques : Word, Excel,
PowerPoint, Adobe.
 Logiciel d’analyses de gel : Gel Doc - Quantity one.
 Logiciels d’analyses bioinformatiques : Bioedit,
ARB, ProbeMatch, Primer 3, ClustalW, Blast.
 Autres logiciels : Genruner (séquenceur), Image
Master array, System Wave (Transgenomic - D-HPLC),
logiciel Roche, Stratagène,Applied Biosystem et
Eppendorf (Q-PCR).
 Logiciel d’analyse d’image microscopique.
Campagnes Océanographiques :
 2010 : MAMBA 2010 Cruise : échantillonnage de
sédiments marins et eaux de mer hypersalines en
Méditerranée (large de la Sicile, Italie, Grèce et Crête).
 2011 : Accompagnement prélèvements échantillons,
plongée surl’Armandia.
 2014 : SPOT-7 : échantillonnage d’eau de mer sur la
colonne d’eau dans le Pacifique (SPOT) à bord de l’Alis.
Formations :
 2009 : Habilitation aux autoclaves délivrée par
l’Apave.
 2011 : Formation « cytométrie en flux » délivrée
par la société Partec.
 2014 : Formation initiation à la démarche qualité.
 2015 : Formation « Gestion de projet » IRD.
Principales expériences professionnelles
 Mar.2013 - Nov.2015 : (33 mois T.plein) Ingénieur d’études à l’Institut d’Océanologie Méditerranéen au sein de la
station marine d’Endoume à Marseille équipe MEB- Projet FISHBOX. Développement de la RT-QPCR sur les
Cyanobactéries diazotrophes unicellulaires. Mise en place démarche qualité au sein de l’équipe diazotrophes
en tant que responsable qualité en vue d’obtenir la norme ISO 9001.
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 Nov.2011 - Janv.2013 : (15 mois T. Plein) Assistant Ingénieur à l’Institut d’Océanologie Méditerranéen au sein de
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la station marine d’Endoume à Marseille équipe EMBIO - Projet MAGIC3.Etude de la diversité microbienne des
gorgones Paramuricea clavata, face aux changements climatiques.
Jan.2011 - Aou.2011 : (8 mois temps plein) Ingénieur d’études à l’Université de Bretagne Occidentale au sein du
Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes - Projet Cocagne.Mise en place d’une plateforme
de culture à haut débit.
Jan.2010 - Déc.2010 : (12 mois T.plein) Ingénieur d’études à l’Université de Bretagne Occidentale au sein du
Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes -Projet Européen Mamba.Etude de la diversité
microbienne symbiotique (et ses métabolismes) associée au tube digestif et à la cavité céphalothoracique de la
crevette Rimicaris exoculata par une approche de métagénomique.
Mai.2009 - Déc.2009 : (7 mois T.plein) Cadre de recherche à l’Ifremer de Brest au sein du Laboratoire de
Microbiologie des Environnements Extrêmes (équipe Interactions microbiennes).
Sept.2007 - Juil.2008 : (11 mois T.plein) Ingénieur d’études à l’Ifremer de Brest au sein du Laboratoire de
Microbiologie des Environnements Extrêmes (équipe Marges) - Projet Européen HERMES.Analyse de la
diversité microbienne associée aux marges continentales et plus particulièrement aux émissions de fluides
froids par le biais de techniques moléculaires.Comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes
associées à ces écosystèmes extrêmes.
Mar.2007 – Aou.2007 : (6 mois T. Plein) Ingénieur d’études (CNRS) à la Station Marine d’Endoume (COM), équipe
DIMAR (Marseille) - Projet Européen MedChange.Détection des bactéries impliquées dans des épisodes
importants de mortalité des gorgonaires et dont l’activité serait liée aux changements climatiques.
Jan.2007 – Fév.2007 : (2 mois T.plein) Assistant ingénieur (CNRS) au sein du laboratoire des Ecosystèmes
Lagunaires (Montpellier) : Etablissement d’une banque de clones d’une picocyanobactérie, Synechococcus.
Publications :
 M. La Rivière, M. Roumagnac, J. Garrabou, M. Bally (2013) Bacterial Communities Associated with the
Mediterranean Gorgonian Paramuricea clavata: a Spatiotemporal Characterization.PLOS ONE, vol. 8 p.e57385.
 L.Durand, M.Roumagnac, V.Cueff-Gauchard, M.Haond, M.Zbinden, C.Jan, J.Ponsard, P.Compère, B.Shilito, MA.Cambon-Bonavita, Influence of moult stage nutrition level on the epibiontgutmicrobialcommunities of
Rimicarisexoculata (en préparation).
 L.Durand, M.Roumagnac, V.Cueff-Gauchard, C.Jan, M.Guri, C.Teissier, M.Haond, P.Crassous, M.Zbinden,
S.Arnaud-Haond, M-A.Cambon-Bonavita, Biogeographical distribution of the Rimicarisexoculata gut epibiont
communities along the Mid-Atlantic Ridge.FEMS Microbiology Ecology 08/2015; DOI:10.1093/femsec/fiv101 ·
3.88 Impact Factor
Posters :
 I.C. Biegala, J. Aucan, A. Desnues, M. Rodier, C. Dupouy, P. Raimbault, P. Douillet, B. Hunt, M. Pagano, A.
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Clavere-Graciette, A. Bonnefous, M. Roumagnac et al.The South Pacific Ocean Time Series (SPOT) Station: a first
focus on Diazotrophs community. 23-28 February 2014, Hawaii Convention Center Honolulu, Hawaii USA.
(ePoster:
http://www.eposters.net/poster/the-south-pacific-ocean-time-series-spot-station-a-first-focus-ondiazotrophs-communityThe online journal of Scientific Posters)
M. La Rivière, M. Roumagnac, J. Garrabou, M. Bally. Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in
Northwestern Mediterranean Sea. The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME)
(Copenhague, DK, 2012-08)
M. Bally, M. La Rivière, M. Roumagnac, J. Garrabou, 2009. Bacterial communities associated with the
Mediterranean gorgonian Paramuricea clavata. ASLO Aquatic Sciences Meeting 2009, Nice. France.
S.L’Haridon, M.Roumagnac, V.Estebanez, P.Pignet, M.Chalopin, L.Toffin, Methanogens diversity and
distribution in sediments of the Hakon Mosby Mud volcano (metting abstract)
12° Symposium International sur les Procaryotes Photosynthétiques de Pau : Biogeographic diversity of
Synechococcus in French Mediterranean coastal lagoons.
Autres activités
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Pratique de la peinture à l’acrylique et à l’aquarelle.
Pratique du ski alpin, bon niveau.
Permis B.
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