L`actualité R4ciam L`actualitéR ciam - Informatique de MIA

J UILLET 2014, N° 1
L’actualité R4ciam
maic4R étilautca’L
Le site R4ciam (ciam.inra.fr/r4ciam) s’enrichit de 2 nouvelles rubriques :
• Une rubrique « Tutoriels » qui propose une liste de documents pédagogiques en français accessibles sur le site.
• Une rubrique « FAQ » qui contient des trucs et astuces ainsi
que des réponses courtes à des questions posées précises.
Les réponses peuvent aussi être des liens vers des fiches
techniques.
A vos claviers ! Nous attendons vos nombreuses suggestions et
propositions de fiches, tutoriels, . . . !
Les animateurs du site
• Gestion des chaines de caractères
R4ciam : nouvelles fiches
Deux nouvelles fiches ont fait leur apparition sur le site :
• Le package compiler
• Calcul parallèle sous R avec snowfall
Les fiches « Exécuter un script R » et « Faire un CodeBook avec
RStudio » ont été mises à jour.
R4ciam : tutoriels
Plusieurs tutoriels sont présents :
•
•
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Initiation à R
La fenêtre graphique et les sous figures
Gestion des packages R
Automatiser la production de documents
Écrire dans la fenêtre Graphique
Initiation aux statistiques, complément TP R avec corrigés
Agenda : annonces
• Une nouvelle version de R est sortie le 10 avril 2014. Il s’agit
de la version 3.1.0 (2014-04-10) appelée Spring Dance.
• La dernière version de RStudio est sortie le 18 juin 2014. Il
s’agit de la version 0.98.942 (www.rstudio.com/).
Agenda : ouvrages, publications
• Le dernier numéro de Journal of Statistical Software est sorti
en juin 2014 (www.jstatsoft.org/v58).
• Initiation à la statistique avec R (2ed.) de F. B ERTRAND et M.
M AUMY-B ERTRAND ;
• Exploration de Données et Méthodes Statistiques, Data Analysis & Data Mining avec le Logiciel R de L. B ELLANGER et R.
T OMASSONE.
R4ciam : FAQ
Actuellement plus d’une quinzaine d’items sont présents
dans cette rubrique. Ils couvrent 4 catégories :
• Les graphiques
• Optimisation des programmes
• RStudio
Focus : une fonction
Lors de l’installation d’un nouveau package, on observe parfois le chargement et l’installation d’autres packages. Ces packages sont nécessaires au bon fonctionnement du nouveau
package. Si finalement, le nouveau package ne convient pas, on
peut souhaiter le désinstaller ainsi que l’ensemble des autres
Détente : un package insolite
packages dont il dépendait.
La fonction installed.packages() permet de lister les paLe sudoku (prononcé soudokou en français) est un jeu en
ckages présents localement. On peut donc l’utiliser pour faire
forme
de grille défini en 1979 par l’Américain Howard G ARNS,
un état avant installation. Il suffit ensuite de désinstaller les pamais
inspiré
du carré latin, ainsi que du problème des 36 officiers
ckages installés entre les 2 états.
du
mathématicien
suisse Leonhard E ULER.
Un exemple d’utilisation :
Le but du jeu est de remplir la grille avec une série de chiffres
avant <- installed.packages()[,"Package"]
(ou de lettres ou de symboles) tous différents, qui ne se trouvent
install.package(pkgs=AER)
jamais plus d’une fois sur une même ligne, dans une même coapres <- installed.packages()[,"Package"]
lonne ou dans une même sous-grille. Quelques symboles sont
remove.packages(apres[!apres %in% avant])
déjà disposés dans la grille, ce qui autorise une résolution progressive du problème complet (Source : Wikipedia).
Le package sudoku permet de résoudre ce type de problème
Focus : un package
mathématique amusant.
Le package compiler est fourni dans la distribution de base
de R. Il propose une traduction sous forme de « bytecode » des
fonctions R. Il utilise un « compilateurs à la volée » (JIT (justin-time) compilers en anglais), qui traduit le bytecode en code
machine au fur et à mesure de l’exécution. Cela permet d’accélérer l’exécution sur les boucles ou les fonctions appelées plusieurs
fois tout en évitant de stocker sur disque ou de transférer via les
réseaux des données précompilées (Source : Wikipedia).
La fiche « Le package compiler » propose un exemple d’utilisation.
Focus : une task view
Les Task views sont des compilations disponibles sur le site du
CRAN, regroupant par grands thèmes/disciplines, les packages
R jugés les plus pertinents pour le thème ou la discipline (voir
la fiche Les Task views et le package ctv). Ces compilations proposent une offre documentée et régulièrement mise à jour de
ce qu’il est utile/nécessaire d’installer pour commencer rapidement un nouveau thème.
library(sudoku)
# Charge le sudoku du 28 juin 2014 publié
# sur le site http://www.sudoku.org.uk/
puza <- fetchSudokuUK(’28/06/2014’)
printSudoku(puza)
+-------+-------+-------+
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9 2 |
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9
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2
| 5 4 9 |
7
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+-------+-------+-------+
| 3
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6 |
5
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| 4
2 |
| 9
3 |
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6
| 7
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8 |
+-------+-------+-------+
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4
| 6 8 3 |
2
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4
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| 9 5
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1 |
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+-------+-------+-------+
La task view « Optimization and Mathematical Program- La solution est donnée par
ming » recense les packages R proposant des facilités pour la résolution des problèmes d’optimisation. Elle présente une soixan- printSudoku(solveSudoku(puza, print.it=FALSE))
taine de packages.
Rédaction :
> paste(sample(liste),collapse=", ")
[1] "B. Schaeffer, F. Dessaint, C. Chabanet, A. Bouvier"
;-) fortunes::fortune()
Soham: How to compute the p-value of a statistic generally?
Berton Gunter: runif(1)
-- Soham and Berton Gunter, R-help (May 2010)
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