CHOMA Caroline

Nom : CHOMA Prénom : Caroline Pôle : Agroalimentaire/Laboratoire BioGAP Fonction : Enseignant-­‐chercheur en Microbiologie Tél : 03 28 38 48 48 Email : caroline.choma@isa-­‐lille.fr Parcours 2002-­‐2003 : ATER, IUT Génie Biologique de Dijon, France, (enseignement en microbiologie et recherche sur la virulence bactérienne ; modèle : L. monocytogenes) 2000-­‐2002 : Post-­‐doctorat, Ecole vétérinaire d’Oslo, Norvège (recherche sur la virulence bactérienne : aspects post-­‐transcriptionnel et cellulaire ; B. cereus) 1996-­‐1999 : Doctorat en microbiologie, Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse, France (hygiène et sécurité alimentaire ; Prévalence et incidence de B. cereus isolé de denrées alimentaires de la Vème gamme – Etudes physiologique et métabolique) Université Aix-­Marseille III 1996 : DEA Biochimie de la Nutrition : aspects Moléculaires et Cellulaires Stage de 8 mois : Etude de la microbiologie et de l’hygiène des plats cuisinés réfrigérés prêts à l’emploi – Identification de la flore sporulée – Recherche de bactéries pathogènes (INRA, laboratoire de microbiologie et hygiène alimentaire, UMR A 408 Sécurité et Qualité des Produits d’Origine Végétale, Avignon) 1995 : Maîtrise de Biochimie et Physiologie de la Nutrition -­‐ Physiologie appliquée à la nutrition -­‐ Biochimie métabolique et biosynthèse (lipide, glucide, protéine) -­‐ Microbiologie (générale, alimentaire, environnement et eaux) 1994 : Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie (mention AB) -­‐ Biochimie structurale et métabolique, enzymologie -­‐ Biologie cellulaire et moléculaire, immunologie -­‐ Physiologie humaine et nerveuse Université Aix-­Marseille I 1993 : DEUG Sciences de la Nature et de la Vie. Option Biologie Axes de recherche et spécialité • 2007 : Recherche, ISA de Lille, France (activités de recherche sur la valorisation non alimentaire des productions végétales – agro-­‐produits et biocides naturels ; axe : huiles essentielles (propriété biocide des huiles essentielles ; modèles : bactéries et champignons) • Spécialités : -­‐ Acquisition de connaissances et de compétences dans divers domaines de la microbiologie appliquée à l’alimentaire : -­‐ l’écologie et la biodiversité des bactéries (microbiologique, biotechnologique, biophysique, biochimique et bio-­‐moléculaire et génique microbienne). -­‐ la génétique bactérienne (facteurs de virulence bactériens ; mise en évidence, identification, caractérisation). -­‐ la virulence bactérienne par les approches in-­vitro (culture cellulaire humaine et animale : lignées cellulaires : CaCo-­‐2 et VERO) et, in-­vivo, par le modèle de l’œuf embryonné de poulet). Manipulation de radio-­‐éléments -­‐ la microbiologie prévisionnelle pour les aspects sécurité alimentaire (cinétiques de croissance en bioréacteur, modélisation de croissances). -­‐ la physiologie microbienne pour les aspects stabilité microbiologiques et/ou présence microbienne et croissance (bio-­‐réacteur ; culture en batch régulé ou non) -­‐ le métabolisme aérobie bactérien pour aborder la problématique du développement des germes dans les denrées alimentaires conservées au froid (analyses biochimiques spécifiques au métabolisme bactérien ; dosage d’activités enzymatiques) -­‐ Acquisition de connaissances dans le domaine de la microbiologie appliquée au non alimentaire : recherche d’activités biocides les huiles essentielles -­‐ Spécialités : Microbiologie générale – Biologie et Physiologie bactérienne – Microbiologie alimentaire – Hygiène alimentaire – Sécurité alimentaire –– Virulence bactérienne – croissance cellulaire Encadrement et suivi de stagiaires (Assistant Ingénieur ; Mémoire de Fin d’Etudes ; Master) Publications CHOMA, C. and Granum, P. E., (2002). The Enterotoxin T (BceT) from Bacillus cereus is not an enterotoxin. FEMS Microbiology Letters, 217, 115-­‐119. IF : JCR 2000 1.615. CHOMA, C., CLAVEL, T., DOMINGUEZ, H., RAZAFINDRAMBOA, N., SOUMILLE, H., NGUYEN-­‐THE, C., SCHMITT, P., (2000). Effect of temperature on Bacillus cereus growth. International Journal of Food Microbiology, 55 (1-­3), 73-­‐77. IF : JCR 2000 1.848 CHOMA, C., GUINEBRETIERE, M-­‐H., VELGE, P., GRANUM, P.E., CARLIN, F., SCHMITT, P., NGUYEN-­‐THE, C., (2000). Prevalence, characterisation and growth of Bacillus cereus in commercial cooked chilled foods containing vegetable. Journal of Applied Microbiology, 88, 617-­‐625. IF : JCR : 1.511. CARLIN, F., GUINEBRETIERE, M-­‐H., CHOMA, C., PASQUALINI, R., BRACONNIER, A., NGUYEN-­‐THE, C., (2000). Spore-­‐forming bacteria in commercial cooked, pasteurised and chilled vegetable purée. Food Microbiology, 17 (2), 153-­‐165. IF : JCR 2000 : 1.272 Communications CARLIN, F., GUINEBRETIERE, M-­‐H., CHOMA, C., SCHMITT, P., NGUYEN-­‐THE C., (1999). Spore-­‐forming bacteria in cooked chilled foods containing vegetable. Third European Symposium on Sous Vide proceedings, Leuven (Belgique), pp. 56-­‐67. CARLIN, F., GUINEBRETIERE, M-­‐H., CHOMA, C., SCHMITT, P., NGUYEN-­‐THE C., (1999). Microbiologie des légumes cuisinés et conservés au froid (Légumes de Ve gamme). Symposium de la microbiologie prévisionnelle appliquée à la conservation des aliments réfrigérés, Quimper (France), pp. 253-­‐257. Posters 1999 : CHOMA, C., CLAVEL, T., DOMINGUEZ, H., RAZAFINDRAMBOA, N., NGUYEN-­‐THE, C., SCHMITT, P., Effect of temperature on Bacillus cereus growth. Microbial Stress and Recovery in Food, Quimper (France). 1998 : CHOMA, C., NGUYEN-­‐THE, C., SCHMITT, P., Bacillus cereus in cooked chilled foods containing vegetable, European Research towards Safer and better Food congress, Karlsruhe (Allemagne). 1998 : CHOMA, C., NGUYEN-­‐THE, C., SCHMITT, P., Caractérisation de Bacillus cereus isolés de produits à base de légumes, Fifth congress of French Society of Microbiology, Lille (France). Thèse • Doctorat 1996-­‐2000 (Laboratoire de microbiologie et hygiène alimentaire – UMR-­ INRA A408 Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale, INRA d’Avignon Travaux financés par le Conseil Régional de la Région Provence Alpes Côte d'Azur et en partenariat avec un industriel de la région. Mon travail portait sur l'analyse du risque microbiologique de denrées réfrigérées pasteurisées prêtes à l'emploi à travers (1) la recherche, l'identification et la caractérisation de l’agent pathogène sporulé B. cereus en utilisant des procédures normalisées, les techniques classiques de la microbiologie ; (2) la recherche et la mise en évidence de son pouvoir pathogène par immunodétection et par mesure de l'activité cytotoxique de ses entérotoxines sur les lignées cellulaires animale (vero) et humaine (caco-­‐2).; (3) la microbiologie prévisionnelle afin de prévenir le risque microbiologique de ces denrées lié à la présence de ce germe dans ces denrées lors d’une rupture de la chaîne du froid et ceci à travers des études de la croissance, du métabolisme et de la physiologie de B. cereus. Pour cela, des croissances contrôlées en fermenteur ou non contrôlées en milieu confiné, des modélisations de l’effet de la température sur le taux de croissance de ce germe et des dosages des produits de son métabolisme ont été effectués • Post-­‐Doctorat 2000-­‐2002 (laboratoire de pharmacologie, microbiologie et hygiène alimentaire, École vétérinaire d'Oslo, Norvège). Travaux financés par l'Union Européenne (Bourse individuelle Marie Curie). Mon travail a porté sur les mécanismes de la virulence des entérotoxines de B. cereus selon l'approche post-­‐transcriptionnelle en utilisant la PCR, le séquençage, l'immunoblot et la culture cellulaire pour rechercher, identifier les gènes codant pour les entérotoxines étudiées et mettre en évidence leur production, puis, la construction de plasmides, l’électrotransformation bactérienne, le Southern blot et le Western blot pour l'étude post-­‐transcriptionnelle. • ATER 2003-­‐2004 (Laboratoire de microbiologie PG2MA UMR INRA 1082, Pr. J. Guzzo, Université de Bourgogne) Mon travail consistait à étudier l'effet de la digestion sur la survie de Listeria monocytogenes à travers des études de croissances à pH acide ou en présence de sels biliaires et à mesurer des activités enzymatiques correspondantes aux effets recherchés et, la virulence de L. monocytogenes au moyen de la culture cellulaire.