Chemoinformatique

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ICOA
(Département)
COORDONNEES
Chemoinformatique
CONTACTS
Pascal BONNET
Enseignant chercheur, Responsable de l'axe
02 38 41 72 54
[email protected]
http://www.icoa.fr/modelisation/
SECTEUR DE RECHERCHE
THEMATIQUES
Concepts et outils pour l'utilisation optimisée de chimiothèques en Drug Design. Applications du docking et du QSAR à des
projets dans ce domaine, dans le cadre de collaborations avec des chimistes de synthèse, des biologistes ou avec des
entreprises pharmaceutiques.
Docking et criblage virtuel:
Des méthodes de modélisation moléculaire, dont le Docking, permettent d'isoler, à partir de larges chimiothèques, les
quelques molécules les plus potentiellement actives. Ce protocole de Docking (FlexX, FlexX-Pharm dans notre laboratoire)
nécessite la structure du récepteur étudié, obtenue par cristallographie X ou à partir de données RMN, duquel sera extrait le
site actif.
Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR):
Ce protocole ne nécessite pas la structure de la cible mais la connaissance d'activité de molécules pour une cible donnée. A
partir de ces valeurs numériques (pIC50 par exemple) et de descripteurs moléculaires 1D, 2D, 3D préalablement calculés
(caractéristiques de chaque structure moléculaire), est générée une équation qui corrèle structure et activité. Cette équation,
une fois validée, doit permettre de prédire l'activité de molécules inconnues pour le type de cible étudiée. Enfin, un consensus
Docking/QSAR permet de combiner la puissance de ces deux techniques.
MOTS-CLES
APPLICATIONS
- Chimiothèque
- Modélisation moléculaire
- Docking
- Criblage virtuel
- Quantitative structure activity
relationship
Outils développés par l'équipe: ScreeningAssistant - Base de données de structures - Algorithmes de QSAR - DRCS
Modélisation moléculaire pour le drug design:
- Ligand based ( pharmacophores, QSAR)
- Receptor based ( Docking, VHTS)
Chimiothèques, espaces chimiques et diversité:
- Screening assistant
- Espace chimiques et biologiques
QSPR:
- Applications aux phénomènes chromatographiques
DOMAINES DE COMPETENCE
- Chemoinformatique
SERVICES / PRESTATIONS
Développement d'une plateforme de gestion de chimiothèque. Les données sont stockées grâce au système de gestion de
bases de données MySQL et le langage de développement utilisé est le Java:
- Identification des structures chimiques par un code unique permettant de supprimer efficacement les doublons
- Possibilité d'extraire un sous-groupe de molécules suivant des critères de diversité chimique
- Estimation des propriétés drug-like
- Identification des molécules contenant des fonctions réactives (pouvant entraîner des faux positifs lors des tests
biologiques)
- Intégration d'un système de test QSAR
SECTEURS D'APPLICATION
SAVOIR-FAIRE
- Gestion de chimiothèque pour le criblage virtuel
EQUIPEMENTS PARTICULIERS
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Hardware:
10 PC PIV de 1,7 GHz à 3 GHz
Grappe de calcul de 8 ordinateurs biprocesseurs
(Intel Xeon dual-core ' 3,2GHz): 8 PC Athlon64 3800+ avec 2Go de RAM
1 Athlon64 3800+ avec 4Go de RAM sous Linux 64 bits
1 cluster 8 PC ( 2 Intel Core I7 2.93GHz processors and 6GO DDR3 RAM (1,375GHz).
Software :
Logiciels commerciaux ou académiques :
MOE (Chemical Computing Group Inc.)
Sybyl (Tripos)
Schrodinger
Gaussian
Dock
Amber
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