Curriculum Vitae - Fabien Lombard

Curriculum Vitae
Fabien Lombard
Né le 13 décembre 1979 à St
Remy
Nationalité Française
Adresse:
National Institute for Aquatic
Resources
Oceanography Section
Technical University of Denmark
Kavalergården 6
DK-2920 Charlottenlund
Denmark
+33 (0)6 77 10 72 42
+45 29 71 12 79
[email protected]
http://fabien.lombard1.free.fr
Post-Doctorant à l’Université
Technique Danoise (DTU-Aqua)
Docteur en Océanologie
Biologique et Environnement
Marin à ParisVI
Thèse effectuée au Laboratoire
d'Océanographie de
Villefranche-sur-mer
Situation actuelle
Depuis Juin
2008:
Post-doctorat Marie Curie – Danish Technical Univesity (DTU-Aqua) Copenhague
Responsable : Thomas Kiørboe
Thème de recherche : « Houses Fate » devenir des logettes d’appendiculaires soumises
à différents types de détritivores et comportement de ces derniers
Formation Universitaire
2002-2006:
Thèse de doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie, Paris VI, Mention Très Honorable
Intitulé : "Etude expérimentale et modélisation de l'écophysiologie de l'appendiculaire Oikopleura dioica"
Laboratoire : Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-mer
Composition du jury (soutenance le 30 Janvier 2006) :
Dr. G. Gorsky
LOV, France
Dr. A. Sciandra
LOV, France
Pr. P. Nival
LOV, France
Dr. D. Deibel
USC,Canada
Dr. F. Carlotti
COM, France
Dr. J.C. Poggiale
COM, France
Dr. J. L. Acuña
UNIOVI, Espagne
Directeur de thèse
co-Directeur de thèse
Président du jury
Rapporteur
Rapporteur
Examinateur
Examinateur
2001-2002:
DEA Océanologie Biologique et Environnement Marin (Option Modélisation et Paramétrisation) à
l'Université Pierre et Marie Curie, Paris VI.
Mention Bien
2000-2001:
Maîtrise de Biologie des Populations et des Ecosystèmes (option Océanologie) à l'Université de LILLE
(59)
Mention Assez-Bien.
1999-2000:
Licence de Biologie des Organismes (option Océanologie) à l'Université de LILLE (59)
Mention Assez-Bien.
1997-1999:
DEUG B spécialité Biologie à l'Université de Dijon (21).
Mention Assez-Bien.
Lombard Fabien - Curriculum Vitae
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Expériences professionnelles
2008-Actuellement Post Doctorant – Danish Technical Univesity (DTU-Aqua) Copenhague, post doctorat Européen
Marie Curie “Houses fate”. Etude du devenir des logettes d’appendiculaires soumises a l’action de
différents types d’utilisateurs de ses logettes (communauté microbienne, zooplancton, larves de
poissons). Les mécanismes permettant au zooplancton de détecter les particules (signal visuel,
chimique ou mécanique) sont étudiés par des observations vidéo 3D et leur action sur la dégradation
déterminée par des incubations. Le rôle des logettes d’appendiculaires dans la nutrition du
zooplancton et de larves de poissons est également étudié. La prédation par un organisme gélatineux
invasif en mer baltique (Mnemiopsis leidyi) sur les appendiculaires est également observée.
2006-2008
Post Doctorant – Laboratoire des Sciences du Climat et de l’Environnement (LSCE) Dans le cadre
de l’ANR FORCLIM. Responsables : Pr Laurent Labeyrie et Dr Elisabeth Michel. Modélisation de la
physiologie de différentes espèces de foraminifères planctoniques en vue de définir leurs optimums
de croissance en fonction des conditions environnementales (Température, concentration alimentaire,
lumière) et par extension leurs niches écologiques. Etude en laboratoire de l’impact de la température
sur la photosynthèse et la respiration de 3 espèces de foraminifères (Collaboration avec Jonathan
Erez ; Université de Jérusalem). Etude de bibliographie et réinterprétation biologique de résultats
d’expérience de croissance en laboratoire initialement conçut dans un but de calibrage de proxi
(rapports isotopiques et rapports d’éléments traces ; Collaboration avec David Lea et Howard Spero,
Université de Santa Barbara). Utilisation d’images satellites et de sorties du modèle PISCES pour
calibrer et valider le modèle. Des campagnes d’échantillonnage en mer ont été réalisées et sont
prévues pour valider et améliorer le modèle (Contribution au programme ANR ForCLIM).
Invitation à réaliser des expériences à Catalina Island (Californie) qui furent réalisées dans l’été 2008.
2002-2006:
Doctorant – Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer. Etude de la physiologie de
l’appendiculaire Oikopleura dioica en relation avec différentes contraintes environnementales
(température, concentration alimentaire). Maintien d’une population d’appendiculaires en laboratoire
pendant 22 mois. Modélisation du budget énergétique de cet appendiculaire et extrapolation aux
conditions in-situ en vue d’estimer l’impact biogéochimique de cet organisme (Contribution aux
programmes ZOOPNEC et MARBEF).
Février-Juin 2002: Stage de DEA – Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer. Relations de la
communauté zooplanctonique avec l’hydrodynamisme et les indicateurs du milieu. Variations
spatiales et temporelles à mésoéchelle en Atlantique Nord-Est (campagnes POMME 1 et 2). Sous la
direction de Valérie Andersen et de Frédéric Ibanez. (Contribution au programme POMME).
Novembre-Février Stage de formation "Paramétrisation et Modélisation" au Laboratoire d'Océanographie de
Villefranche-sur-Mer dans le cadre du DEA Océanologie Biologique et Environnement Marin.
2002:
Juillet-Aôut 2001: Stage bénévole – Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer. Développement du projet
Zooscan (méthode d'acquisition numérique de photo de plancton et de reconnaissance d'image). Sous
la direction de Gabriel Gorsky.
Avril-Mai 2001:
Stage de maîtrise – Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer. Etude de la succession
des espèces macroplanctoniques : série du point B de la rade de Villefranche-sur-Mer de 1995 à 1999.
Sous la direction de Frédéric Ibanez.
Février 2001:
Stage de formation d'Océanologie à la Station Marine de Wimereux dans le cadre de la maîtrise.
Avril-Mai 2000:
Stage bénévole – Laboratoire de Lille 1. Croissance de Nereis diversicolor en fonction de la
température. Récolte de juvéniles dans la baie de l'Authie, élevage des juvéniles, extraction et
détermination de la meiofaune benthique associée. Sous la direction de Patrick Scaps.
Lombard Fabien - Curriculum Vitae
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Compétences
Champs
d’expertise :
Etude expérimentale de la physiologie (respiration, filtration, ingestion, assimilation, sécrétion de
logettes, croissance et reproduction) et des interactions trophiques (différents types de proies,
prédation, symbiose, parasitisme) du zooplancton en fonction de différentes conditions
environnementales. Etude de l’impact des conditions environnementales sur la croissance du
zooplancton. Analyse de données récoltées in situ (Abondance de zooplancton, CTD, UVP Underwater Video Profiler) et d’images provenant de satellites (MODIS-SeaWifs). Modélisation du
bilan physiologique des organismes et de leur croissance. Modélisation de dynamiques de chémostats.
Modélisation de la répartition géographique des niches écologiques potentielles de différentes espèces
de zooplancton à partir d’images satellites ou de sorties de modèles globaux (PISCES).
Techniques de
laboratoire :
Mesure de taux de filtration, d'assimilation et de respiration (électrode et microéléctrode de type
clark), utilisation d'autoanalyseur CHN et de compteurs de particules marines (HIAC et Coulter
Counter multisizer). Elevage d’appendiculaires pendant 22 mois, de ciliés et cultures d'algues.
Maintient et culture en laboratoire de foraminifère. Collection in situ et culture d’organismes
gélatineux (Mnemiopsis leidyi, Aurelia aurita) en laboratoire. Collecte de zooplancton vivant
(Plongée). Préservation, comptage et identification du zooplancton (hormis copépodes) et notions de
reconnaissance des organismes du meiobenthos. Systématique avancée des appendiculaires et des
foraminifères et du plancton gélatineux (salpes, dollioles, méduses). Appareillage standard de
laboratoire. Analyses microscopiques (optique, contraste de phase). Imagerie numérique (ZooScan),
analyse de fichiers video (suivi de particules) et satellite.
Organisation et participation à des campagnes multidisciplinaires en mer pour des prélèvements de
plancton et de sédiment (filets à plancton, sondes multiparamètres, carottiers, trappes à sédiments).
Expérience de
terrain :
Informatique:
Word, Excel, PowerPoint. Programmation de routines d'analyse numériques et de modélisation en
langage MATLAB, rudiment sous turbo-pascal et Fortan.
Capacité d’apprendre et d'utiliser très facilement de nouveaux logiciels ou de nouveaux langages
informatiques.
Analyse de
données:
Utilisations d'analyses paramétriques ou non-paramétriques, de méthodes multivariées, classifications
hiérarchiques, analyses temporelle et spatiale.
Communication :
Maîtrise des outils de diffusion des connaissances scientifiques et techniques : rapports, mémoires,
posters, conférences internationales, plusieurs articles publiés ou en préparation dans des revues
internationales en écologie marine.
Langues:
Français (langue maternelle), bon niveau d’anglais (lu, écrit et parlé) et notions d’allemand (lu).
Divers:
Permis B automobile. Niveau II de plongée (CMAS**). Photographie sous-marine et à partir
d’instruments microscopiques.
Références
Dr Gabriel Gorsky
Observatoire Océanologique
CNRS
Dr Antoine Sciandra
Observatoire Océanologique
CNRS
BP 28
BP 28
F-06234 Villefranche sur Mer
[email protected]
F-06234 Villefranche sur Mer
[email protected]
Lombard Fabien - Curriculum Vitae
Pr Thomas Kiørboe
DTU-Aqua
Kavalergården 6
Pr Laurent Labeyrie
LSCE-CNRS
Domaine CNRS
DK-2920 Charlottenlund
av. de la Terrasse
Denmark
91198 Gif/Yvette
[email protected]
[email protected]
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Liste des publications
Revues internationales avec comité de lecture
(est indiqué entre parenthèses le facteur d’impact à l’année de parution)
1. Lombard F, Sciandra A, Gorsky G, 2005. Influence of body mass, food concentration, temperature and
filtering activity on the oxygen uptake of the appendicularian Oikopleura dioica. Marine Ecology
Progress Series, 301: 149-158. (IF : 2.315).
2. Stemmann L, Youngbluth M, Robert K, Hosia A, Picheral M, Paterson H, Ibanez F, Guidi L, Lombard F and
Gorsky G, 2008. Global zoogeography of fragile macrozooplankton in the upper 100-1000 m depth
inferred from the Underwater Video Profiler. ICES J. Mar. Sci. 65: 433-442. (IF: 1.661).
3. Lombard F, Renaud F, Sainsbury C, Sciandra A, Gorsky G, 2009. Appendicularians ecophysiology. I. Food
concentration dependent clearance rate, assimilation efficiency, growth, maturation and reproduction of
Oikopleura
dioica
(Sous
presse,
Journal
of
Marine
Systems,
IF:
2.255).
doi:10.1016/j.jmarsys.2009.01.004
4. Lombard F, Sciandra A, Gorsky G. Appendicularians ecophysiology, 2009. II. Reproducing clearance,
growth, respiration and particles production of the appendicularian Oikopleura dioica by modeling its
ecophysiology (Sous presse, Journal of Marine Systems, IF: 2.255). doi:10.1016/j.jmarsys.2009.01.005
5. Lombard F, Erez J, Michel E, Labeyrie L, 2009. Temperature effect on respiration and photosynthesis rates
of the symbiont-bearing foraminifers Globigerinoides ruber, Orbulina universa and Globigerinella
siphonifera. Limnology and Oceanography, 54: 210-218 (IF: 3.663).
6. Lombard F, Labeyrie L, Lea D, Spero H, Michel E, 2009. Modelling the temperature dependent growth rates
of planktic foraminifera. Marine Micropaleontology, 70:1-8 (IF: 1.954).
7. Schmidt S, Howa H, Mouret A, Lombard F, Anschutz P, and Labeyrie L. 2009. Particle fluxes and recent
sediment accumulation on the Aquitanian margin of Bay of Biscay. Continental Shelf Research, 29:
1044-1052 (IF: 2.136)
8. S. Retailleau, H. Howa, R. Schiebel, F. Lombard, F. Eynaud, S. Schmidt, F. Jorissen, L. Labeyrie. 2009.
Planktic foraminiferal production along an offshore-onshore transect in the south-eastern Bay of Biscay.
Continental Shelf Research, 29: 1123-1135 (IF: 2.136)
9. Lombard F, Legendre L, Picheral M, Sciandra A, Gorsky G. Prediction of ecological niches and carbon
export by appendicularians using a new multispecies ecophysiological model. (Marine Ecology Progress
Series, accepté, IF: 2.631).
10. Lombard F, Eloire D, Gobet A, Stemmann L, Dolan J, Gorsky G. Experimental and modeling evidence of
ciliates-appendicularians interactions (Limnology and Oceanography, accepté, IF: 3.663).
Articles en révision/préparation
1. Lombard F, da Rocha R E, Bijma J, Gattuso J-P. Effect of carbonate ion concentration and irradiance on
calcification in foraminifera. (Soumis à Biogeosciences, IF: 3.445). Biogeosciences Discuss., 6, 8589–
8608, 2009.
2. Lombard F, Kiørboe T. Marine snow originating from appendicularian houses: age-changes in settling
characteristics. (Soumis à Limnology and Oceanography, IF: 3.663).
3. Lombard F, Labeyrie L, Michel E, Bopp L, Cortijo E, Retailleau S, Howa H, Jorrisen F. Reproducing
planktic foraminifer habitat using an ecophysiological multispecific approach. (en preparation)
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Communications
Conférences internationales avec comité de sélection
1.
Lombard F, Legendre L, Picheral M, Sciandra A, Gorsky G. Appendicularians ecophysiology, seasonal
successions, biogeography and effect in water column: a multispecific modelling approach. Aquatic Sciences
Meeting, Nice, France, Jan 25-30 2009
2.
Fabry V J., Eggins S, Hönisch B, Lombard F, Spero H J. Impacts of Ocean acidification on calcareous
zooplankton. 2nd meeting of the Oceans in a High CO2 World, Monaco, 6-9 Oct 2008.
3.
Lombard F, Labeyrie L, Michel E, Lea D and member of the Forclim team. The FORCLIM eco-physiological
growth model for planktic foraminifera: a new tool to reconstruct ecological niches, abundances and potential
depth and season of growth for fossil foraminifera species in ocean sediment records. AGU (American
Geophysical Union) Fall Meeting, San Francisco (Etats-Unis) 10-14 Décembre 2007. (Communication orale)
4.
Lombard F, Erez J, Michel E, Labeyrie L. Multispecies modeling approach to predict foraminifer growth and
ecological niches. 4th International zooplankton production symposium, Hiroshima (Japon), 28 Mai-1er Juin 2007.
(Communication orale)
5.
Lombard F, Picheral M, Sciandra A, Legendre L, Gorsky G (2007). Multispecies modeling approach to predict
ecological niches and carbon export by appendicularians. 4th International zooplankton production symposium,
Hiroshima (Japon), 28 Mai-1er Juin 2007. (Poster)
6.
Lombard F, Erez J, Michel E, Labeyrie L. Multispecies modeling approach to predict foraminifer growth
and ecological niches. Foraminifera and nannofossil groups joint spring meeting, Angers (France), 7-8 Juin
2007. (Poster)
7.
Lombard F, Eloire D, Gobet A, Stemmann L, Dolan J, Gorsky G. Experimental and modeling evidence of
ciliates-appendicularians interactions. Mathematical Biosciences Institute meeting, Columbus (Etats-Unis), 15-19
Mai 2006. (Invité pour une communication orale et poster)
8.
Lombard F, Renaud F, Sainsbury C, Sciandra A, Gorsky G. Dynamic energy budget in Oikopleura dioica
(Appendicularia). ASLO Summer meeting, Saint Jacques de Compostelle (Espagne), 19-24 Juin 2005.
(Communication orale)
9.
Lombard F, Sainsbury C, Renaud F, Sciandra A et Gorsky G. Estimation of appendicularians
environmental impact by modeling ecophysiology, growth and reproduction. ASLO Summer meeting,
Sahvannah (Etats-Unis), 13-18 Juin 2004. (Poster)
10. Lombard F. Ecophysiologie, croissance et reproduction des appendiculaires: une approche expérimentale et
par modélisation. Forum des jeunes océanographes. LOV (France), 13-14 Mai 2004. (Communication
orale)
Conférences nationales sans comité de sélection
1.
Lombard F. Experimental and Modelling evidence of appendicularian ciliates interactions. Sominen station
Seminar (Danemark), 28-29 Aout 2008
2.
Lombard F, Labeyrie L, Michel E, Lea D and member of he Forclim team. The FORCLIM ecophysiological growth model for planktic foraminifera: a new tool to reconstruct ecological niches,
abundances and potential depth and season of growth for fossil foraminifera species in ocean sediment
records. Séminaire du LOV, Villefranche sur Mer, 4 Décembre 2007 (Communication orale). Présenté
également à Catalina Island (Aout 2008)
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3.
Lombard F. Reproducing foraminifera species presence, abundance and vertical distribution: A
physiological modelling approach. Sarco-Deal meeting, Villefranche sur Mer (France), 13-15 Novembre
2007. (Communication orale)
4.
Lombard F. Nouvelles améliorations du Modèle FORCLIM : Reproduction de l’abondance, de la
saisonnalité et de la répartition verticales des foraminifères planctoniques. Réunion de programme ANR
FORCLIM, Gif-sur-Yvette (France), 30-31 Octobre 2007. (Communication orale)
5.
Lombard F. Modeling the ecophysiology of the appendicularian Oikopleura dioica, SESAME WP5
meeting, Madrid (Espagne), 8-10 Mai 2007 (Invité pour une communication orale)
6.
Lombard F. How physiology can explain foraminifers biogeography: a coupled experimental and
modelling approach. Séminaire interne, Tubingen (Allemagne) 24 Janvier 2007. (Invité pour une
communication orale)
7.
Lombard F. Modélisation de l’écophysiologie et de la biogéographie des foraminifères planctoniques.
Réunion de programme ANR FORCLIM, Paris (France), 9-10 Janvier 2007. (Communication orale)
8.
Lombard F. Etude expérimentale et modélisation de l'écophysiologie de l'appendiculaire Oikopleura
dioica. Séminaire interne du LSCE, 13 juillet 2006. (Communication orale)
9.
Lombard F. Comprendre la biogéographie et les successions saisonnières du plancton en modélisant leur
physiologie. Exemple des appendiculaires. Réunion préliminaire du programme ANR FORCLIM, 9-10
Février 2006. (Communication orale)
10. Lombard F. Modèle écophysiologique d’appendiculaire: Application à la campagne POMME, successions
saisonnières et biogéographie des appendiculaires. Séminaire interne du LOV, 28 Novembre 2005.
(Communication orale)
11. Lombard F. Ecophysiologie, croissance et reproduction des appendiculaires: modèle dynamique de budget
énergétique. Séminaire interne du LOV, 20 Janvier 2005. (Communication orale)
12. Lombard F, Sainsbury C, Sciandra A et Gorsky G. Modelling Oikopleura dioica (appendicularian)
physiology and life cycle. Séminaire interne du LOV, 10 Décembre 2003. (Poster)
13. Lombard F. Modélisation de la croissance, de la nutrition et de la reproduction d'un appendiculaire
(Oikopleura dioica): applications aux cultures en "Batch". Séminaire COMORE (Contrôle et Modélisation
des Ressources Renouvelables / INRIA Sophia Antipolis). Laboratoire d'Océanographie de Villefranchesur-Mer, 14 Février 2003. (Communication orale)
Activités de vulgarisation
2008
Participation à une semaine de stage d’étudiants Danois (équivalent 3e), démonstration
d’observation vidéo sur des Mneniopsis, Présentation sur le plancton gélatineux
2006-2007
Participation à la fête de la science au CNRS de Gif sur Yvette
2007
Lombard F. Les organismes planctoniques présents dans le sédiment. Poster photographique
réalisé dans le cadre de la fête de la science.
2002-2006
Participation aux la journées annuelles de portes ouvertes du LOV et à la fête de la science.
2005
Participation photographique aux expositions « La mer en question » à la bibliothèque Nucéra
de Nice et « Vellele, la science marine à la belle époque » à l’hôtel de ville de Villefranche-surMer (Octobre- Novembre 2005).
2006
Lombard F, Luquet D. Plancton de la rade de Villefranche sur Mer : Le zooplancton gélatineux
filtreur. Poster photographique permanent du LOV.
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Lombard F, Luquet D. Plancton de la rade de Villefranche sur Mer : Le zooplancton gélatineux
prédateur. Poster photographique permanent du LOV.
Lombard F, Dolan J, Febvre J. Plancton de la rade de Villefranche sur Mer : Le zooplancton
protozoaire. Poster photographique permanent du LOV.
Lombard F, Tunin A, Lemee R. Plancton de la rade de Villefranche-sur-Mer : Le
microphytoplancton. Poster photographique permanent du LOV.
Activités d'enseignement
Lombard F, 2008. Initiation à MATLAB et utilisation pour effectuer des analyses numériques et des traitements
d’images satellites. A l’intention de chercheurs, doctorants et post doctorants. Intervention ponctuelle au BIAF
d’Angers. 18-19 Février 2008 (12 heures)
Lombard F, 2007. Reproduire la présence, l’abondance et la distribution de différentes espèces de
foraminifères: une approche écophysiologiques couplant expérimentation et modélisation. Intervention auprès
du MASTER de Sciences et Technologies de UPMC Spécialisation : Océanologie Biologique et Environnement
Marin (cours de modélisation d'écosystèmes marins). Novembre 2007 (2 heures).
Lombard F, 2004. Ecophysiologie, croissance et reproduction des appendiculaires: modèle dynamique de
budget énergétique. Intervention auprès du MASTER de Sciences et Technologies de UPMC Spécialisation :
Océanologie Biologique et Environnement Marin (cours de modélisation d'écosystèmes marins). Décembre 2004
(2 heures).
Lombard F, 2004. Etude et modélisation des relations prédateur-proie en environnement contrôlé de
l’appendiculaire Oikopleura dioica et d’une algue. Intervention auprès du DEA Européen de Liège
(Modélisation de l'environnement marin), Février 2004 (2 heures).
Activités d'encadrement
- Co-encadrement de Renaud Florent (80%). Stagiaire de Maîtrise de biologie des populations et des
écosystèmes de Marseille, actuellement en thèse à l’AIEA (Monaco). Sujet : “Etude de la variation de la taille,
de la filtration et de l’assimilation de l’espèce Oikopleura dioica en fonction de la concentration de nourriture”
- Co-encadrement de Saintsbury Christopher (80%). Stagiaire de Manchester University BSc “Biology with a
Modern Language”, actuellement en Master of Science “wild animal biology” à Londres. Sujet : “Ecophysiology
and population dynamics of North Western Mediterranean Appendicularians”
- Co-encadrement de Eloire Damien (80%). Stagiaire de MASTER de Sciences et Technologies de l'UPMC
première année, actuellement en thèse au Plymouth Marine Laboratory (Plymouth). Sujet : "Etude des
interactions entre appendiculaires et ciliés : croissance et développement d’Oikopleura dioica Fol, 1872"
- Co-encadrement de Gobet Angélique (80%). Stagiaire de MASTER de Sciences et Technologies de l'UPMC
première, année actuellement en thèse à l’Alfred Wegener Institute for Polar and Marine Research
(Bremehaven). Sujet : "Etude des interactions entre les ciliés et les appendiculaires : influence des
appendiculaires sur les ciliés"
Divers
-Review pour : Marine Micropaleontology ; Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology; Journal of the
Marine Biological Association of the United Kingdom; Marine Biology; Bulletin of Marine Science
-Permis B
-Plongeur CMAS**; Photographie sous marine, volonté de passer le diplôme plongeur professionnel (classe 1B)
Lombard Fabien - Curriculum Vitae
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