Carte physique du génome bovin. Genome Biology Novembre 2007

Carte physique du génome bovin.
Genome Biology Novembre 2007 vol 8 no 8 pages 165-182.
Snelling, W.M., Bennett, G.L., Smith, T.P.L., Keele, J.W., USDA Meat Animal Research Center,
Clay Center, Nebraska, USA, Chiu, R., Schein, J.E., Bosdet, I.E., Holt, R., Jones, S.J.M., Marra,
M.A., Mathewson, C.A., Wye, N.H., Yang, G., British Columbia Cancer Agency, Vancouver,
British Columbia, Hobbs, M., University of Sydney, Camden, New South Wales, Australia, Abbey,
C.A., Adelson, D.L., Gill, C.A., Texas A & M University, College Station, Texas, USA, Aerts, J.,
Jann, O.C., Roslin Institute, Edinburgh, Scotland, United Kingdom, Boussaha, M., Eggen, A.,
Floriot, S., Gautier, M., Schibler, L., INRA Laboratoire de Génétique Biochimique et de
Cytogénétique, Jouy-en-Josas, France, Brauning, R., Crawford, A.M., AgResearch, Invermay,
Mosgiel, New Zealand, Caetano, A.R., Costa, M. M., Embrapa Recursos Geneticos e
Biotecnologia, Brasilia, DF, Brazil, Dalrymple, Brian P., Tellam, R., CSIRO Livestock Industries,
St Lucia, Queensland, Australia, Everts-van der W. A., Larkin, D.M., Lewin, H.A., University of
Illinois, Urbana, Illinois, USA, Green, R.D., Kappes, S.M., USDA Beltsville Agricultural Research
Center, Beltsville, Maryland, USA, de Jong, P.J., Oseogawa, K.,Children's Hospital Oakland
Research Institute, Oakland, California, USA, McEwan, J.C., AgResearch, Invermay, Mosgiel,
New Zealand, McKay, S.D., Moore, S.S., Murdoch, B.M., University of Alberta, Edmonton,
Alberta, Matukumalli, L.K., George Mason University, Manassas, Virginia, USA, Nicholas,
F.W.,University of Sydney, Camden, New South Wales, Australia, Roy, A., Genoscope, Evry,
France, Salih, H., Skow, L.C., Womack, J.E., Texas A & M University, College Station, Texas,
USA, Schnabel, R.D., Taylor, J.F., University of Missouri, Columbia, Missouri, USA, Silveri, L.,
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, Brasilia, DF, Brazil, Sonstegard, T.S., Van Tassel,
C.P., USDA Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland, USA, Williams, J.L.,
Polo Universitario, Polo, Italy and Zhao, S., The Institute for Genomic Research, Rockville,
Maryland, USA.
Les scénarios actuels d’amélioration génétique des bovins laitiers sont fondés sur la sélection des
animaux en fonction des caractéristiques visibles (phénotypes) des individus, de leurs parents et de
leur descendance. Avec les progrès réalisés dans l’identification des gènes particuliers responsables
de différents caractères liés à la production, à la santé et à la conformation, il semble que les
scénarios futurs combineront la sélection basée sur le phénotype et sur le génome. En bout de ligne,
il devrait être possible d’utiliser la sélection fondée sur l’ensemble du génome, en se basant sur une
« carte » de la séquence d’ADN de l’ensemble du génome de chaque individu. Cependant, jusqu’à
tout récemment, les techniques de cartographie du génome n’ont pas permis d’obtenir des cartes
complètes. Le présent article décrit les méthodes utilisées pour construire des cartes complètes des
génomes d’animaux de trois races bovines. La cartographie été basée sur l’utilisation de clones de
chromosomes artificiels bactériens (BAC), où de courts segments d’ADN génomique qui se
chevauchent sont incorporés dans un BAC; le BAC permet d’obtenir de nombreuses copies
(réplication) de cet ADN, après quoi on peut le séquencer. Après le séquençage, le génome est
réassemblé à l’aide d’un programme informatique permettant d’apparier les séquences terminales
identiques des régions chevauchantes de segments adjacents. Dans le cadre de cette étude, 422 522
séquences terminales ont permis d’ordonner et d’assembler des séquences précises de 290 797
clones BAC.