Quiz 2

25/03/2014
Quiz 1
1. What volume of a 10X DNA loading dye must
you add to a 20 µl DNA sample to obtain a
final concentration of 1X?
–Ans.: dilution =1/10. Therefore 9 parts=20µL.
1 part = 2.2µL
2. If 10X TBE contains 100g of TRIS per liter,
what is the final percent concentration (m/v)
of TRIS in 1X TBE?
–Ans.: 1X = 10g/L or 1.0g/100=1.0%
Quiz 1
1. Quel volume d’un tampon de chargement de
10X doit être ajouté à un échantillon d’ADN de
20µL pour obtenir une concentration finale de
1X?
–Rép.: dilution =1/10. Donc 9 parties=20µL. 1
partie = 2.2µL
2. Si du TBE 10X contient 100g de TRIS par litre,
quelle est la concentration de TRIS en
pourcentage (m/v) dans du TBE 1X?
–Rép.: 1X = 10g/L = 1g/100mL = 1.0%
1
25/03/2014
Quiz 2
1. A DNA sample is at a concentration of 500ng/100μL. What
would be the absorbance at 260nm of a 1/5 dilution of
this DNA sample?
0.02
2. Which two different restriction sites from this list have
compatible ends following their digestion?
A.
B.
C.
D.
E.
GAA▼GAA
GT▼ATAC
GGG▼CCC
CC▼ATGG
TTAT▼AA
B and D
Quiz 2
1. Un échantillon d’ADN est à une concentration de
500ng/100μL. Quelle serait l’absorbance à 260nm d’une
dilution de 1/5 de cet échantillon d’ADN?
0.02
2. Quels deux sites de restrictions différents de cette liste
possèdent des extrémités compatibles suite à leurs
digestions?
A.
B.
C.
D.
E.
GAA▼GAA
GT▼ATAC
GGG▼CCC
CC▼ATGG
TTAT▼AA
B et D
2
25/03/2014
Quiz 3
1. The enzyme KosI recognizes and cleaves the sequence
GNNNNC (where N= to any of the 4 nucleotides). How
many different sequences could be cleaved by KosI?
16
2. Which primer pair would allow the exponential
amplification of the boxed sequence?
3’-AGGCTTAGTA
A. AGGCTTAGTA
B. TACTAAGCCT
C. TAACAGGGCT
AGCCCTGTTA -5’
D. AGCCCTGTTA
E. ATTGTCCCGA
F. TCCGAATCAT
E and F
Quiz 3
1. L’enzyme KosI reconnaît et clive la séquence GNNNNC
(où N= n’importe lesquels des 4 nucléotides). Combien
de différentes séquences peuvent être clivée par KosI?
16
2. Quelle paire d’amorces permettrait l’amplification
exponentielle de la région emboitée?
3’-AGGCTTAGTA
A. AGGCTTAGTA
B. TACTAAGCCT
C. TAACAGGGCT
AGCCCTGTTA- 5’
D. AGCCCTGTTA
E. ATTGTCCCGA
F. TCCGAATCAT
E et F
3
25/03/2014
Quiz 4
Restriction digests of a recombinant pUC19 plasmid.
U
Ba
5600
Ec
P
5600
4600
4100
2800
U : Uncut Recombinant
Ba : Recombinant cut with BamH1
Ec : Recombinant cut with EcoR1
P : pUC19 cut with EcoR1
1000
500
1. EcoR1 cuts the recombinant plasmid how many times?
2. EcoR1 cuts within the insert how many times?
3X
2X
Quiz 4
Digestion par enzymes de restriction d’un plasmide recombinant
de pUC19.
U
Ba
Ec
P
5600
5600
4600
4100
2800
ND: Recombinant non digéré
Ba : Recombinant coupé avec BamH1
Ec : Recombinant coupé avec EcoR1
P : pUC19 coupé avec EcoR1
1000
500
1. EcoR1 coupe le plasmide recombinant combien de fois? 3X
2. EcoR1 coupe dans l’insertion combien de fois?
2X
4
25/03/2014
1000
Quiz20005
5000
I
I
I
5'-GACGGGCCGCGGGC…TGTGTGCTCGAGACACAC…TATTTTATTAAAAT-3'
1. Primers GACGGGCCGCGGG and ATTTTAATAAAATA were used
to amplify the above region which contains an XhoI site
(underlined). Mutant mice have an SNP G2000 →C. What size
fragments would be expected in each of the following cases
following PCR and digestion?
Homozygous normal:
Homozygous mutant:
Heterozygous:
1000
1000 & 3000
4000
4000, 3000, and 1000
Quiz20005
5000
I
I
I
5'-GACGGGCCGCGGGC…TGTGTGCTCGAGACACAC…TATTTTATTAAAAT-3'
1. Les amorces GACGGGCCGCGGG et ATTTTAATAAAATA ont été
utilisées pour amplifier la région ci-dessus qui contient un site
XhoI. Des souris mutantes possèdent un SNP G2000 →C. Quelles
tailles de fragments seraient attendues dans chacun des cas
suivants après une PCR et une digestion?
Homozygote normal:
Homozygote mutant:
Heterozygote:
1000 et 3000
4000
1000, 3000 et 4000
5
25/03/2014
Quiz 6
• Northern analysis was used to examine the expression of
beta-gal mRNA under three different conditions. This table
shows the relative intensities of beta-gal mRNA and of a
housekeeping gene (HK).
Condition
Signal intensities
HK
Beta-gal
1
10
20
2
12
6
3
8
160
• Given that under conditions 2 and 3 beta-gal expression is
repressed 4 fold and induced 10 fold respectively as
compared to condition 1, what are the expected values for
the intensities of the beta-gal mRNA for conditions 2 and 3?
Quiz 6
• Une analyse de type northern est utilisée pour examiner
l’expression de l’ARNm de bêta-gal sous trois différentes
conditions. Ce tableau montre les intensités relatives de
l’ARNm de bêta-gal et d’un gène domestique (GD).
Condition
Intensités
GD
Bêta-gal
1
10
20
2
12
6
3
8
160
• Étant donné que sous les conditions 2 et 3 l’expression de
bêta-gal est réduite par un facteur de 4 et induite par un
facteur de 10 respectivement, comparativement à la
condition 1, quelles sont les valeurs prédites pour les
intensités de l’ARNm de bêta-gal pour les conditions 2 et 3?
6
25/03/2014
Quiz 7
1. A 0.5 mL DNA sample has an absorbance of 0.5 at
260nm. What would be the corresponding
absorbance if this had been RNA at the same
concentration?
0.625
2. The following sequence is that of one of the strands
of a gene: 5’ …TAT TAT TAT TAT TAT TAT…3’ which
codes for a protein with the following sequence: Tyr
Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr. (ATA = Tyr). The nucleotide
sequence indicated is positive or negative?
negative
Quiz 7
1. Un échantillon de 0,5 mL d’ADN a une absorbance de
0,5 à 260nm. Quelle serait l’absorbance correspondante
si ceci était de l’ARN a la même concentration?
0,625
2. Cette séquence est celle d’un des brins d’un gène:
5’ …TAT TAT TAT TAT TAT TAT…3’ qui code pour une
protéine avec la séquence suivante: Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr
Tyr. (ATA = Tyr). La séquence nucléotidique indiquée est
positive ou négative?
Négative
7
25/03/2014
Quiz 8 & 9
1.
Under which condition would the sequence ATGCCACGT anneal to it’s reverse
sequence? Assume that each increment of 0.1M NaCl changes the Tm by 2oC.
A. 50oC + 1M NaCl
B. 45oC + 0.5M NaCl
C. 40oC + 0.1M NaCl
D. None of these conditions
2.
The following primers were used in a PCR reaction:
ATGATCTAGCATGGA & AGGTACCTACAGGCT
What is the maximal annealing temperature that can be used?
42
What type of mutation, an indel or a base substitution, would have the greatest
impact on the Tm between the wild type and mutant gene sequence?
A. An indel
B. A base substitution
C. Neither would impact the Tm
D Both would impact the Tm to the same degree
3.
Quiz 8 & 9
1.
Sous quelle condition la séquence ATGCCACGT pourrait-elle s’apparier à sa
séquence inverse? Présumez que chaque changement de 0.1M NaCl change
le Tm par 2oC.
A. 50oC + 1M NaCl
B. 45oC + 0.5M NaCl
C. 40oC + 0.1M NaCl
D. Aucune de ces conditions
2. Les amorces suivantes ont été utilisées dans une réaction de PCR :
ATGATCTAGCATGGA & AGGTACCTACAGGCT
Quelle est la température d’appariement maximale qui peut être utilisée?
42
3. Quelle type de mutation, une indel ou une substitution d'une base, aurait le
plus grand impacte sur le Tm entre la séquence mutante et sauvage d'un
gène?
A. Une indel
B. La substitution d'une base
C. Ni l'une ou l'autre aurait un impacte sur le Tm
D Les deux influencerait le Tm au même degré
8