(BIO) INFORMATICIEN A L`INRA TOULOUSE, CDD DE 8 MOIS

INGENIEUR (BIO) INFORMATICIEN A L'INRA TOULOUSE, CDD DE 8 MOIS
Contexte
------------L'ingénieur sera intégré à l'équipe développement du projet RNAspace et affecté à la
plateforme bio-informatique de Toulouse
(http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr), dans le cadre d'un financement ReNaBi (Réseau
National de Bio-informatique, http://renabi.fr).
RNAspace est une plateforme informatique dont l'objectif est de proposer un environnement
intégré pour l'annotation d'ARN non-codant-protéine (ARNnc, région fonctionnelle sans être
traduite en protéine) dans les séquences génomiques. RNAspace est développé de manière
collaborative par plusieurs équipes nationales travaillant au développement d'outils
informatiques permettant de prédire la localisation de ces ARNnc et de les analyser.
RNAspace permet au travers d'une interface utilisateur de lancer plusieurs prédicteurs
complémentaires de gène d'ARNnc, d'explorer les résultats obtenus, de comparer, de
visualiser, d'aligner et d'éditer ces ARNnc prédits. L'environnement permet enfin d'exporter
dans différents formats les ARNnc prédits. C'est un logiciel libre, développé en Python en
s'appuyant sur des outils de développement collaboratif comme SourceForge
(http://sourceforge.net/projects/rnaspace).
La version 1.0 du logiciel est utilisée pour le site http://rnaspace.org.
Mission et activités
-------------------------L'ingénieur participera au développement de la version 2 de la plateforme RNAspace dont
les objectifs sont d'intégrer de nouvelles fonctionnalités et d'améliorer celles en place. Parmi
ces fonctionnalités, on peut citer :
- l'authentification des utilisateurs afin de disposer d'un environnement où l'utilisateur peut
définir des projets d'annotation pour une période longue et disposer de plus de ressources
de calcul et d'espace de sauvegarde que dans un site ouvert,
- l'amélioration de la combinaison de prédictions chevauchantes d'ARNnc,
- l'accès à différentes visualisations des ARNnc prédits,
- le traitement des séquences génomiques à l'échelle eucaryote.
Compétences
------------------Le (la) candidat(e), de formation BAC+5, devra :
- maîtriser un langage de programmation comme Python/Java/C++,
- maîtriser le développement orienté objet, la modélisation UML,
- maîtriser les langages et les technologies du web,
- maîtrise l'environnement Unix/Linux,
- maîtriser l'anglais du domaine.
Des connaissances en bio-informatique seront appréciées.
Pour tout renseignement complémentaire, contactez Marie-Josée Cros
([email protected], Tel : 05 61 28 52 84).
Veuillez envoyer vos lettres de motivation et CV à l'adresse Mail ci-dessus.
La date limite d'envoi des candidatures est fixée au 10 mai 2010.
Le recrutement peut se faire dès que possible.