BIO-INFORMATIQUE Plate-forme RIO Les Rencontres industrielles

BIO-INFORMATIQUE
Plate-forme RIO
Les Rencontres industrielles de OUEST-genopole®
Présentation
SECTEURS D’APPLICATIONS
Mer
Agro
Santé
Bio-informatique
La principale caractéristique de la plate-forme de bio-informatique OUEST-genopole®
est une interaction forte avec l’ensemble des acteurs de la génopole.
La plate-forme propose aux acteurs des autres plate-formes des ressources dans le
domaine du calcul intensif, ainsi que son expertise dans le domaine de la
bio-informatique et des bases de données.
Thèmes
PARTENARIATS
INRA
CNRS
Ifremer
Inserm
Université de Rennes
Innova Proteomics
On distingue 2 grands
OUEST-genopole® :
axes
dans
les
activités
de
bio-informatique
de
La Bio-informatique de recherche : recherche de nouveaux algorithmes et de
nouvelles méthodes qui seront exploités par les chercheurs de la génopole. Cette
activité est menée en interaction forte avec le projet Symbiose de l’IRISAINRIA.
La Bio-informatique de service, qui a une mission essentiellement technique :
mise en place les moyens matériels et logiciels nécessaires à l'analyse des
données.
Mission complémentaire : formation et assistance dans l'utilisation des moyens
mis en place.
Cette plate-forme a pour spécificité la mise à disposition de logiciels innovants en
bio-informatique.
ÉQUIPE
Par exemple Stan et Wapam sont des outils exclusifs pour la Recherche de motifs,
de même que GenoFrag pour la Génération d'amorces.
Effectif : 7
2 ingénieurs permanents
5 ingénieurs (CDD)
Principaux équipements
La nouvelle configuration matérielle comprend :
Un cluster de calcul de 32 noeuds bi-processeurs AMD Opteron 64 bits (Sun
V20Z), disposant de 4 Go de mémoire vive chacun.
Un serveur de stockage Sun Storedge 6920 de 8 To accessible par fibres.
Un serveur web redondant pour assurer une haute disponibilité
Un serveur Sun V40Z bi-opteron pour le développement interactif
Un serveur V40Z pour la gestion des charges et distribution des tâches.
www.ouest-genopole.org
2006
Mots-clés
Bio-informatique de recherche
Recherche et découverte de motifs
CONTACTS
Hugues Leroy (Rennes)
Olivier Collin (Roscoff)
Plate-forme Bio-informatique
OUEST-genopole®
Équipe Symbiose
IRISA-INRIA
Campus de Beaulieu
35042 RENNES Cedex
Bio-informatique de service
Logiciels innovants
Calcul intensif
Téléphone
Hugues Leroy : 02 99 84 74 17
Olivier Collin : 02 98 29 23 29
Savoir-faire
Télécopie
02 99 84 71 71
Nous mettons à votre disposition nos compétences, notre expertise et notre capacité
d’analyse pour vous aider dans votre développement.
Nos savoir-faire :
1.
2.
3.
4.
5.
Analyse linguistique des séquences
Analyse et identification de systèmes dynamiques
Bases de données spécialisées
Optimisation et parallélisme
Architectures spécialisées
Adresses e-mail :
[email protected]
[email protected]
Recherche de partenaires
Notre plate-forme dispose de solutions directement disponibles ainsi que des
expertises nécessaires à l’élaboration d’outils innovants :
Recherche de nouveaux algorithmes et de nouvelles méthodes
Création de nouveaux outils correspondant à un besoin spécifique
Mise à disposition de logiciels originaux
Mise à disposition de puissance de calcul et de capacités de stockage
Formation et accompagnement des nouveaux utilisateurs
Visitez notre site :
http://www.genouest.org
www.ouest-genopole.org
La plate-forme est ouverte à toute collaboration industrielle.
2006