Projet PARA Rapport de profiling et d`optimisation du code d

Projet PARA
Tâche T1 : Comparaison intensive de banques génomiques
Rapport de profiling et d’optimisation du code d’indexation CI-2 (T1.4)
IRISA / Symbiose
UVSQ
Contexte de l’étude
Le code CI-2 est développé par l’équipe de bioinformatique Symbiose de l’IRISA.
Comme le code BLAST (CI-1) il se base sur des techniques d’indexation pour
faire de l’alignement de séquences génomiques. La principale différence réside
dans le fait qu’au lieu d’indexer la séquence requête et de parcourir la banque, la
banque est indexée une bonne fois pour toute et c’est la requête que l’on
parcourt. L’objectif est de limiter l’accès aux données.
Au même titre que l’analyse effectuée pour BLAST (livrable T1.2), ce code est
analysé pour examiner les parties critiques et apporter des solutions
d’optimisation.
Ce livrable est fourni dans les documents suivants :
1. Présentation du code CI-2 (document ci-2.pdf)
2. Analyse du profiling. C’est la première étape du travail d’analyse et
d’optimisation de l’équipe UVSQ. L’ensemble des travaux, pour des
raisons de cohérence et de lisibilité, a été regroupé dans le livrable T5.2