Staphylococcus aureus (MRSA)

Transcription

Laboratoire de Référence
Coordonnées du Laboratoire de Référence
Dr O. DENIS
Tél. : 02/555.45.19
Hôpital Erasme - Microbiologie
Fax : 02/555.64.59
Route de Lennik, 808 1070 Bruxelles
E-mail : [email protected]
Le laboratoire de référence pour les Staphylocoques - MRSA de l'Université Libre de Bruxelles assure les services suivants:
-
Identification et antibiogramme de souches atypiques de staphylocoques par méthodes :
Phénotypiques : tests biochimiques, concentrations minimales inhibitrices, phénotype de sensibilité aux glycopeptides
(études de population)

Génotypiques : identification des différentes espèces de staphylocoques par séquençage du gène rpoB, détection des
gènes nuc (pour l’identification des S. aureus), mecA (codant pour la résistance à l’oxacilline), mupA (codant pour la résistance à la mupirocine) et des gènes de résistance aux macrolides-lincosamides-streptogramines (MLS), aux tétracyclines
et aux aminoglycosides.
-
Détection des gènes codant pour les toxines : exfoliatines A, B et D, leucocidine de Panton-Valentine (PVL), Toxic Shock
Syndrome Toxin (TSST-1) et 17 entérotoxines dont sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo,
selp, selq, selr.
-
Typage moléculaire : macrorestriction génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE), multi-locus sequence typing (MLST), spa sequence typing et typage de la cassette chromosomique mec du staphylocoque (SCCmec), détermination du groupe agr, détermination de la présence du gène arcA, marqueur de l’îlot de pathogénicité de l’arginine catabolic
mobile element (ACME).
Ces analyses sont réalisées à la demande des laboratoires pour des souches cliniques posant des problèmes diagnostiques
ou sur des collections de staphylocoques provenant d'enquêtes épidémiologiques locales. Les formulaires de demande
d’analyses sont téléchargeables sur le site Internet du laboratoire de référence des Staphylocoques - MRSA à l’adresse suivante : http://www.mrsa.be.
Caractérisation de souches atypiques de staphylocoques
En 2010, dans le cadre de demandes ponctuelles d’identification et d’antibiogramme, le laboratoire a caractérisé 151 souches
cliniques de staphylocoques provenant de 47 laboratoires. Aucune souche de MRSA de sensibilité diminuée aux glycopeptides
(GISA) n’a été confirmée. Parmi les 85 souches reçues pour confirmation de la résistance à l’oxacilline, 7 souches (8%) de
MRSA cryptique, c’est-à-dire possédant le gène mecA et présentant une sensibilité phénotypique à l’oxacilline (CMI < 2 mg/l),
ont été observées. Par ailleurs, 1 (1,2%) souche de BORSA/MODSA, c’est-à-dire résistant à l’oxacilline (CMI > 2 mg/l) mais ne
possédant pas le gène mecA, a été détectée. Ces souches sont difficilement détectables par les techniques utilisées dans les
laboratoires de routine. La résistance à la mupirocine a été analysée par détermination de la CMI et par PCR pour 31 souches
provenant de 14 hôpitaux, parmi lesquelles 19 (61%) montraient un haut niveau de résistance à la mupirocine (CMI > 524 mg/l)
et la présence du gène mupA.
Recherche de toxines
En 2010, 227 souches de S. aureus, dont 157 MRSA et 70 MSSA provenant de 52 laboratoires, ont été envoyées au laboratoire de référence pour la recherche de toxines (figure 1).
Soixante-trois (40%) souches de MRSA provenant de 21 laboratoires portaient les gènes lukS-lukF codant pour la leucocidine
de Panton-Valentine (PVL). Les souches de MRSA PVL positive ont été isolées chez des patients jeunes (médiane 31 ans,
intervalle : <1 an – 74 ans). La plupart des patients étaient soignés en ambulatoire et ne présentaient pas d’antécédents médicaux particuliers. Les souches ont été essentiellement isolées de lésions cutanées (n=53, 85%) en particulier d’abcès cutanés
ou de tissus mous (n=26) et de furoncles (n=7) mais également de ponction pleurale (n=1), expectoration (n=3) et frottis de
dépistage (n=1).
Par typage moléculaire, la majorité (86%) des souches de MRSA PVL positive appartenait à 3 clones : clone ST8-SCCmec IV
(n=32), clone européen ST80-SCCmec IV (n=12) et clone ST30-SCCmec IV (n=4) (figure 2). Trente des 32 (94%) souches
appartenant au clone ST8-SCCmec IV possédaient l’îlot de pathogénicité ACME caractéristique des souches de MRSA
USA300. Les caractéristiques démographiques et cliniques des souches CA-MRSA USA300 isolées en 2010 sont reprises
dans le tableau 1.
1
Figure 1 : S. aureus (MRSA) : nombre de souches de MRSA envoyées pour recherche de PVL, 2004-2010
N
100
IPH-Kmrsa
PVL-pos. MRSA
PVL-nég. MRSA
75
50
25
0
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
Figure 2 : S. aureus (MRSA) : évolution des principaux génotypes des souches de CA-MRSA PVL positives 2003-2010
N
75
IPH-Kmrsa
Autres génotypes
ST8-SCCmec IV
50
ST30-SCCmec IV
ST80-SCCmec IV
25
0
2003
(n=2)
2004
(n=13)
2005
(n=30)
2006
(n=32)
2007
(n=25)
2008
(n=43)
2009
(n=48)
2010
(n=62)
Tableau 1 : Caractéristiques cliniques et démographiques des patients MRSA USA300, 2010
Nb de patients
Age (range)
Origine
Clinique
Région
17
5
2
2
1
1
1
0,1-61
1-43
1-74
28-31
51
55
2
Frottis peau
Frottis peau
Frottis peau
Frottis peau
Frottis peau
Expectoration
Aspiration naso-pharyngée
Abcès
Furoncle
Cellulite
Lésion cutanée
Impetigo
Non précisé
Non précisé
Bruxelles, Vlaanderen, Wallonie
Bruxelles, Vlaanderen, Wallonie
Vlaanderen, W allonie
Bruxelles, Wallonie
Vlaanderen
Vlaanderen
Bruxelles
mrsa_t1
Vingt et une (30%) souches de MSSA portaient les gènes lukS-lukF codant pour la leucocidine de Panton-Valentine (PVL). Le
typage moléculaire de ces 21 souches de MSSA PVL positive montre une distribution différente de celle des MRSA. On retrouve principalement le clone ST30 (n=12) et 5 autres génotypes.
La toxine TSST-1 a été détectée dans 8 souches de MRSA et 9 souches de MSSA. Les souches de MRSA TSST-1 positives
ont été isolées chez des patients de tout âge (médiane 47 ans, intervalle : <1 an – 61 ans). Les souches ont été isolées
d’abcès (n=4), de frottis de dépistage (n=3), de lésions cutanées superficielles (n=3), d’hémocultures (n=1), de tampon vaginal
après choc toxique (n=1) ou d’autres sites cliniques (n=5). Par typage moléculaire, les souches de TSST-1 positive appartiennent principalement aux PFGE types J (n=5) et C (n=4).
Les gènes codant pour les exfoliatines A et B ont été retrouvés dans 21 souches de MSSA isolées de lésions cutanées (n=15)
le plus souvent bulleuses, de frottis de dépistage (n=3) de d’hémocultures (n=3). Toutes ces souches présentaient le même
type PFGE N appartenant au clone ST121 qui correspond au clone impétigo européen résistant à l’acide fusidique (EEFIC). Le
gène codant pour l’exfoliatine A seule a été retrouvé dans 4 souches de MSSA et 1 souche de MRSA. Le gène codant pour
l’exfoliatine B seule a été retrouvé dans 1 souche de MSSA.
2
Typage pour des enquêtes d’épidémie locale
En 2010, le typage moléculaire par PFGE et/ou par spa typing a été réalisé pour 289 souches de S. aureus dont 193 MRSA et
96 MSSA. Parmi celles-ci, 147 souches de MRSA ont été envoyées pour enquêtes épidémiologiques locales ou surveillance
locale des MRSA. Les 93 souches de MRSA provenant de 10 hôpitaux ont été classées en 20 génotypes distincts. Les principaux génotypes sont ceux retrouvés précédemment dans nos hôpitaux : le génotype A-ST8-SCCmec IV retrouvé dans 64
(33%) souches provenant de 16 hôpitaux, le génotype B2-ST45-SCCmec IV présent dans 29 (15%) souches isolées de 9 hôpitaux, et le génotype C–ST5-SCCmec II retrouvé dans 29 (15%) souches provenant de 9 hôpitaux.
Programme EARSS de surveillance de la résistance des S. aureus isolés d’hémoculture
Depuis 2005, les bactériémies à S. aureus sensible ou résistant à l’oxacilline font l’objet d’une déclaration sur formulaire reprenant les données cliniques et bactériologiques en collaboration avec l’Institut Scientifique de Santé Publique (WIV-ISP). En
2010, 1057 patients avec un premier épisode de bactériémie à S. aureus (par trimestre) ont été enregistrés. Parmi ces patients, 217 cas de bactériémie à MRSA ont été confirmés, soit une proportion de 21% de MRSA (tableau 2). Les données pour
tous les pays participant au programme EARSS sont disponibles sur le site http://www.nsih.be/earsnet/downloads1/2010_EARSS_Annual_Report.pdf.
Tableau 2 : Résultats de sensibilité à l’oxacilline des S. aureus isolés d’hémocultures en Belgique, 1999-2010
Année
S
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
Nombre
I
340
520
729
783
798
819
719
670
656
719
748
840
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
R
105
137
213
309
336
408
329
188
199
187
200
217
Total
N
445
657
942
1092
1134
1227
1048
858
855
906
948
1057
S
Pourcentage
I
R
76,4
79,1
77,4
71,7
70,4
66,7
68,6
78,1
76,7
79,4
78,9
79,5
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
0,0
23,6
20,9
22,6
28,3
29,6
33,3
31,4
21,9
23,3
20,6
21,1
20,5
mrsa_t2
Analyse de S. aureus d’origine animale
Huit souches (4%) de MRSA appartenant au clone ST398 correspondant aux souches d’origine animale ont été détectées
chez des patients ambulants ou hospitalisées en Flandre et en Wallonie. Ces souches été isolées d’hémoculture (n=3), infections cutanées (n=3), dépistage (n=1) et d’os (ostéomyélite) (n=1). Les données récoltées ont permis de mettre en évidence
que 5 patients avaient des contacts directs avec les animaux (fermier, vétérinaire).
3
Tableau 3 : Données démographiques et cliniques des souches humaines de MRSA appartenant au génotype ST398, 2003-2010
Année
Sexe
Age
(ans)
2003
M
F
M
F
F
F
M
F
M
?
F
F
M
M
M
M
M
?
F
F
F
M
M
M
F
M
M
M
F
67
76
70
67
76
?
6
64
?
?
43
?
1
17
?
?
56
?
41
52
51
85
47
60
69
48
43
68
<1
2005
2006
2007
2008
2009
2010
Source
Unité
d'hospitalisation
Acquisition
Respiratoire
Hémoculture
Dépistage
Urines
Respiratoire
Non précisé
Hémoculture
Pus
Gorge
Nez
Non précisé
Non précisé
Pus
Nez
Nez
Nez
Expectoration
Gorge
Non précisé
Nez
Nez
Hémoculture
Abcès
Hémoculture
Abcès
Os
Pus
Hémoculture
Gorge
Méd. Interne
Autre
Autre
Méd. Interne
Gériatrie
Non précisé
Pédiatrie
Chirurgie
Ambulant
Non précisé
Ambulant
Non précisé
Ambulant
Médecin
Hématologie
Personnel soignant
Soins intensifs
Non précisé
Ambulant
Chirurgie
Ambulant
Soins intensifs
Ambulant
Médecine
Soins intensifs
Chirurgie
Dermatologie
Chirurgie
Non précisé
Communautaire
Nosocomiale
Nosocomiale
Nosocomiale
Communautaire
Non précisé
Communautaire
Non précisé
Communautaire
Non précisé
Non précisé
Non précisé
Communautaire
Communautaire
Communautaire
Communautaire
Communautaire
Non précisé
Communautaire
Communautaire
Communautaire
Non précisé
Communautaire
Communautaire
Non précisé
Communautaire
Communautaire
Communautaire
Non précisé
Commune
%
St-Truiden
Brugge
Brugge
Roeselare
Roeselare
Roeselare
Ieper
Roeselaere
Gent
Gent
Brugge
Roeselaere
Herentals
Turnhout
Yvoir
Kortrijk
Roeselare
Gent
Turnhout
Lochristi
Waarschaat
Yvoir
Thuin
Yvoir
Torhout
Gent
Gent
Yvoir
Gent
mrs a_t3
Conclusions
Parmi les hôpitaux participant au programme EARSS, le taux de résistance à l’oxacilline des S. aureus isolés de bactériémies
chez les patients hospitalisés en Belgique, après avoir augmenté de 1998 à 2004, diminue depuis 2005 et s’est stabilisé depuis 2008 à un taux aux environs de 21%. Ces données sont en accord avec celles de la surveillance nationale du WIV-ISP
qui montre une diminution du taux de MRSA de près de la moitié depuis 2004 pour l’ensemble des isolats cliniques de S. aureus ainsi qu’une réduction de l’incidence d’acquisition nosocomiale en soins aigus.
Le nombre de cas rapportés annuellement de MRSA-PVL-positive est en augmentation par rapport aux années précédentes,
soit 63 cas en 2010 versus 48 cas en 2009, 43 cas en 2008 et 25 à 30 recensés de 2005 à 2007. Le nombre de souches appartenant au clone MRSA ST80-SCCmec IV prédominant en Europe est en diminution par rapport aux années précédentes.
Par contre, le nombre de souches de CA-MRSA appartenant au clone ST8-SCCmec IV USA-300 est en nette augmentation.
Les souches appartenant à ce clone USA300 ont été responsables de nombreuses ’infections cutanées ou de tissus mous
(abcès, furoncles, impétigo et cellulite). Le nombre de cas de MSSA PVL-positive retrouvé en 2010 est en légère diminution
par rapport à 2009, 21 cas versus 31 en 2009 et 4 cas en 2008. Ces souches de MSSA PVL-positive appartiennent principalement au clone ST30.
Concernant les MRSA dans les institutions de soins, le génotypage montre que, dans le cadre d’enquêtes locales, les souches
de MRSA associées à des épidémies / cas groupés dans nos hôpitaux appartiennent principalement aux clones nosocomiaux
épidémiques B2, A20 et C.
Nous observons chez l’homme, un peu plus fréquemment que dans les années précédentes, des souches de MRSA type
ST398 d’origine animale. Ces souches ont été retrouvées en Flandre et en Wallonie chez des personnes ayant en général des
contacts avec des animaux d’élevage. En 2010, elles ont été retrouvées associées à des infections cutanées et même dans
plusieurs hémocultures. Ceci n’était pas le cas en 2008-2009, où elles étaient principalement associées à du portage asymptomatique.
4
Références
Deplano A, Witte W, van Leeuwen WJ, Brun Y, Struelens MJ. Clonal dissemination of epidemic methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Belgium and neighboring countries. Clin Microbiol Infect 2000 (6):239-245
.
Denis O, Deplano A, Nonhoff C, De Ryck R, de Mendonça R, Rottiers S, Vanhoof R, Struelens MJ. National surveillance of
methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in Belgian hospitals indicates rapid diversification of epidemic clones. Antimicrob. Agents Chemother 2004 (48):3625-3629
Denis O, Deplano A, De Beenhouwer H, Hallin M, Huysmans G, Garrino MG, Glupczynski Y,. Malaviolle X, Vergison A, Struelens MJ. Polyclonal emergence and importation of community acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus strains harbouring Panton-Valentine leukocidin genes in Belgium. J. Antimicrob. Chemother. 2005 (56):1103-1106
Denis O, Deplano A, Nonhoff C, Hallin M, De Ryck R, Vanhoof R, de Mendonça R, Struelens MJ. In Vitro activities of ceftobiprole, tigecycline, daptomycin and 19 other antimicrobials against methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains from a
national survey of Belgian Hospitals. Antimicrob. Agents Chemother 2006 (50):2680-2685
Denis O, Suetens C, Hallin M, Catry B, Ramboer I, Dispas M, Willems G, Gordts B, Butaye P, Struelens MJ. Methicillinresistant Staphylococcus aureus ST398 in swine farm personnel, Belgium. Emerg Infect Dis. 2009 (15):1098-101
Denis O, Jans B, Deplano A, Nonhoff C, De Ryck R, Suetens C, Struelens MJ. Epidemiology of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) among residents of nursing homes in Belgium. J. Antimicrob. Chemother 2009 doi:10.1093/jac/dkp345
Hallin M, Deplano A, Denis O, De Mendonça R, De Ryck R, Struelens MJ. Validation of pulsed-field gel electrophoresis and
spa typing for long term, nation-wide epidemiological surveillance studies of Staphylococcus aureus infections. J. Clin. Microbiol 2007 (45): 127-133
Hallin M, Denis O, Deplano A, de Mendonca R, De Ryck R, Rottiers S, Struelens MJ. Genetic relatedness between methicillinsusceptible and methicillin-resistant Staphylococcus aureus: results of a national survey. J. Antimicrob. Chemother 2007 (59):
465-472
Naessens R, Ronsyn M, Druwé P, Denis O, Ieven M, Jeurissen A. Central nervous system invasion by community-acquired
methicillin-resistant Staphylococcus aureus: case report and review of the literature. J Med Microbiol 2009 (58):1247-51
Nemati M, Hermans K, Lipinska U, Denis O, Deplano A, Struelens MJ, Devriese LA, Pasmans F, Haesebrouck F. Antimicrobial
resistance of old and recent Staphylococcus aureus isolates from poultry: first detection of livestock-associated methicillinresistant strain ST398. Antimicrob. Agents Chemother 2008 (52): 3817-3819
S. Vandendriessche, O. Denis, M. Hallin, A. Deplano, C. Nonhoff, R. De Ryck, R. De Mendonça and M.J. Struelens. Frequency
of PVL-positive Community-associated MRSA and Livestock-associated MRSA among patients in Belgian acute-care hospitals.
th
20 European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 10-13 April 2010, Vienna, Austria
Vancraeynest D, Haesebrouck F, Deplano A, Denis O, Godard C, Wildemauwe C, Hermans K. International dissemination of a
high virulence rabbit Staphylococcus aureus clone. J. Vet. Med 2006 (53): 418-422
Van den Eede A, Martens A, Lipinska U, Struelens MJ, Deplano A, Denis O, Haesebrouck F, Gasthuys F, Hermans K. High
occurrence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST398 in equine nasal samples. Vet. Microbiol 2009 (133):138-44
Anonyme. Le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (MRSA) en médecine vétérinaire : situation actuelle Folia Veterinia 2008 volume 1. Disponible à l’adresse suivante http://www.cbip-vet.be/fr/frinfos/frfolia/08FVF1b.pdf
Anonyme. Staphylococcus aureus méticillino-résistant associé à l’élevage. Folia Pharmacotherapeutica. 2008 volume 8. Disponible à l’adresse suivante http://www.cbip.be/PDF/Folia/2008/P35F08E.pdf
5