programme Modules et Séminaire MiFOBio2014 - gdr-Miv
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MiFoBio 2014 Programme Module 1 : Organisation moléculaire du vivant et nanoscopie Dimanche 5 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Lydia Danglot et Maxime Dahan Salle Atlantique 8h30-9h30 M1-1. PALM, from the fundamentals to rapid, automated and robust imaging Suliana Manley, EPFL - Laboratoire de biophysique expérimentale - Lausanne 9h30-10h30 M1-2. Single particle imaging in living neurons Laurent Groc, "Development and Adaptations of Neuronal Circuits" - Interdisciplinary Institute for Neuroscience, Université de Bordeaux, CNRS UMR 5297 10h30-10h45 pause Salle Gallipot 10h45-11h45 M1-3. STED Microscopy: Principle, practical aspects and applications Gael Moneron, Institut Pasteur 11h45-12h45 M1-4. Superresolution imaging of nuclear organisation with 3D structured illumination microscopy Lothar Schermelleh, Université d'Oxford, biochemistry Dpt, Oxford Salle Atlantique 10h45-11h45 M1-5. Quantitative single-molecule super-resolution microscopy of cellular structures Mike Heilemann, Goethe-University Frankfurt, Institute of Physical and Theoretical Chemistry, Frankfurt, Germany 11h45-12h45 M1-6. Optical schemes for 3D singlemolecule imaging: application to tracking and super-resolution microscopy Maxime Dahan, Laboratoire Physico-Chimie, Institut Curie Modules Avancés et Tables rondes Microscopie SIM aveugle (Blind-SIM) MA-1-1 Quelles références pour quelles mesures en métrologie, vers la métrologie de la super-résolution TR-1-1 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A1 - 2D Single Particule Tracking (Klein/Nicolas) A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques) A5 - PALM STORM Démocratique (Bourdoncle/Durel) A3 - dSTORM 3D à l’aide de l’émission super critique (Bourg/LéCart) A4 - Imagerie de super-résolution par diffraction conique (Bourdoncle/Tinevez) A6 - Mise en place du BALM : technique de microscopie à haute résolution nécessitant un microscope confocal et des fluorochromes conventionnels. (Allart/Canivet) A7 - Ultrastructure of centrosomes. (Monier/Mondin) A8 - 3D PALM sur plantes (Le Bars/Besse) A9 - Utilisation de la super-résolution STORM pour définir l'architecture d'un compartiment neuronal (Leterrier) A10 - Microscopie super-resolution PALM/dSTORM 3D pour étudier la répartition des récepteurs membranaires (Uriot/Faklaris) A11 - In celulo assessment of photophysical parameters of fluorescent proteins used as markers for PALM microcopy (Bourgeois/Berardozzi) A12 - Atelier transversal : Comparaison des techniques de super résolution STED 3X et microscopie STORM sur le localisation de protéines synaptiques (Poujol/Zaharia) A13 - STED 3D multicouleurs cytosquelette et levure (Dompierre) A14 - Advanced dSTORM superresolution imaging through optimizations from sample preparation to visualizations tips (Butler) MiFoBio 2014 Programme Module 2 : Mécano-biologie moléculaire et cellulaire : expérimentation et modélisation Dimanche 5 octobre 16h30 – 20h00 Responsable : Laurent Blanchoin Salle Atlantique 16h30-17h20. Mechanisms and dynamics of actin-dependent protrusion Klemens Rottner, Institute of Genetics, Bonn 17h20-18h10. Morphogenetic Functions of Actomyosin Stephan W. Grill, Biotechnology Center TU Dresden, Dresden Salle Gallipot Salle Atlantique 18h10-19h00. Force scaling in stress fibers Laetitia Kurzawa, Physics of the Cytoskeleton and Morphogenesis, Institute of Life Science Research and Technology, Grenoble, France 18h10-19h00. Mechanosensing of living cells: from single cell response to substrate rigidity to collective cell migration Benoît Ladoux / René-Marc Mège, Institut Jacques Monod, Paris 19h00-19h50. The inner dynamics of cellular structures revealed at the molecular scale by single protein tracking of photo-activable fluorescent proteins (sptPALM) in living cells: applications to cell adhesion and motility. Olivier Rossier, Institut Interdisciplinaire de Neuroscience, Bordeaux 19h00-19h50. Traction Force Microscopy: a tool box for cell mechanical phenotyping Martial Balland, Laboratoire interdisciplinaire de Physique, Université Joseph FourierGrenoble Modules Avancés et Tables rondes Aspect modélisation physique et bio et interface surface ; TR Création axe mécano Bio au GDR" MA-2-1& TR Descripteurs 3D avancés pour l'analyse de la morphologie cellulaire MA-2-2 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A15 - Suivi des tensions mécaniques au niveau des jonctions cellules-cellules en utilisant des biosenseurs FRET. (Herbomel/Tramier) A17 - Microfluidique en microscopie à fluorescence champ large et confocale. (Hulin/Nedellec) A16 - Analyse dynamique des fibres de stress d’actine par photoconversion et nano-ablation. (Kurzawa/Senger) MiFoBio 2014 Programme Module 3 : Microscopie aux différentes échelles du vivant pour une biologie intégrative de la molécule à l'organisme Lundi 6 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Nadine Peyriéras et Julien Vermot Salle Atlantique 8h30-9h30 Multiscale Imaging and quantification of tissue morphogenesis: from gene to forces Yohanns Bellaïche, Génétique et biologie du développement / Institut Curie - Paris 9h30-10h30 Using the ascidian Phallusia mammillata embryo to illuminate cell behaviour Alex McDougall, Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-mer, Observatoire Océanographique, Villefranche-sur-mer, UPMC Univ Paris 06, and CNRS 10h30-10h45 pause Salle Gallipot 10h45-11h45 Microscopies en Biologie du développement: observer, quantifier, reconstruire, modéliser. Nadine Peyriéras, Institut de Neurobiologie Alfred Fessard, Gif sur Yvette 11h45-12h45 Approches quantitatives appliquées à la mesure des forces mécaniques générées dans l’embryon Julien Vermot, IGBMC - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et CellulaireIllkirch Salle Atlantique 10h45-11h45 Mechanotransduction in the Evolutionary Emergence of Complex Organisms Emmanuel Farge, Institut Curie, Paris 11h45-12h45 Fast in vivo imaging with light-sheet microscopy Willy Supatto, Laboratoire Optique et Biosciences, Inserm, Palaiseau Modules Avancés et Tables rondes An integrative biology platform for the measurement and computational modeling of multicellular dynamics from 3D+time in vivo imaging of animal early embryogenesis stratégies de manipulation d’organismes modèles pour l’imagerie in vivo in toto multi échelles et multimodale MA-3-1 TR-3-1 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A18 - Nouvelles sondes biocompatibles pour l’étude de la morphogenèse de l’embryon de zebrafish par microscopie biphotonique. (Bruneau/Charreyre) A20 - Utilisation de biosenseurs chez le poisson zèbre : comment rapporter une activité biologique in vivo (Teillon/Gauron) A22 - Correlative light and electron microscopy with Array tomography (Genoud/Schwab) A23 - Optimisation de la résolution axiale et de la pénétration dans l’échantillon : nouveaux milieux de montage à haut index réfractaire. (Bolte/Gilles) A24 - Du microscope à l'analyse des neurones chez la souris: mosaïque et Imagerie 3D sur neurones en culture et tissus en profondeur. (Danglot/Contremoulins) A25 - Imagerie multiphotonique grand champ : application à l’étude de tumeurs dans leur contexte tissulaire. (Irondelle/Waharte) A26 - Microscopie à feuille de lumière sur échantillons végétaux (jeunes racines) (Hajjoul/Conéjéro) MiFoBio 2014 Programme Module 4 : Optogénétique et biosenseurs Mardi 7 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Mathieu Coppey et Frank Riquet/Pierre Vincent Salle Atlantique 8h30-9h30 Chemical approaches for control and analysis of biological processes Ludovic Jullien, Département de Chimie, Ecole Normale Supérieure 9h30-10h30 Sensing cellular cAMP levels by FRET: development and characterization of FRET sensors and introduction of a fast FLIM assay Kees Jalink, The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, The Netherlands, and the van Leeuwenhoek Centre for Advanced Microscopy (LCAM), Amsterdam. 10h30-10h45 pause Salle Gallipot Salle Atlantique 10h45-11h45 Fluorescent Peptide Biosensors for probing kinase activities – a chemical toolbox for cancer diagnostics and drug discovery May C. Morris, Institut des Biomolécules Max Mousseron-UMR5247, Montpellier, 10h45-11h45 Contrôle spatiotemporel de la signalisation intracellulaire avec l’optogénétique Mathieu Coppey, Institut Curie, Paris 11h45-12h45 Application de biosenseurs FRET à l’étude de la voie AMPc/PKA dans les myocytes cardiaques Grégoire Vandescasteele Université Paris Sud- Faculté de pharmacie 11h45-12h45 Two-photon imaging of visual neural circuits in living zebrafish Christoph Gebhardt Institut Curie, Paris Modules Avancés et Tables rondes Sondes et actuateurs encodés génétiquement : approche optogénétique intracellulaire et biosenseurs FRET MA-4-1 Outils Chimiques pour la photorégulation d’activités biologiques MA-4-2 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A15 - Suivi des tensions mécaniques au niveau des jonctions cellules-cellules en utilisant des biosenseurs FRET. (Herbomel/Tramier) A20 - Utilisation de biosenseurs chez le poisson zèbre : comment rapporter une activité biologique in vivo (Teillon/Gauron) A37 - Real time visualization of MAP kinase ERK activity and localization dynamics in living cells using multi-parameters FRET imaging. (Sipieter/Riquet) A18 - Nouvelles sondes biocompatibles pour l’étude de la morphogenèse de l’embryon de zebrafish par microscopie biphotonique. (Bruneau/Charreyre) A19 - Recording neuronal activity in Drosophila neurons using bi-photon microscopy and genetically encoded calcium sensors (Farca/Comte) A39 - Contrôle et visualisation de protéines in vitro par optogénétique (Soler/Scoazec) MiFoBio 2014 Programme Module 5 : Dynamique moléculaire Mercredi 8 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Sandrine Lévêque-Fort Salle Atlantique 8h30-9h30 Mapping Molecular Interactions and Transport in Living Cell via Image Correlation Methods Paul W. Wiseman, Departments of Physics and Chemistry McGill University 9h30-10h30 Protein-protein interactions at the cellular interface: Biophotonics approaches to live cell FRET measurements Simon M. Ameer-Beg, King's College London, Londres 10h30-10h45 pause Salle Gallipot Salle Atlantique 10h45-11h45 Location, location, location: the importance of space for intracellular cell biochemistry Hugues Berry, INRIA - équipe BEAGLE, Lyon 10h45-11h45 Protein interaction and transport maps of live cell nuclei using a single plane illumination microscope with fluorescence correlation spectroscopy Jen Krieger, Biophysics of Macromolecules (DKFZ) 11h45-12h45 Modeling, simulation and analysis of molecular dynamics in cell biology David Holcman, ENS Paris - Département de biologie - Paris 11h45-12h45 Investigating molecular interactions through the Number and Brightness approaches Emmanuel Margeat Centre de Biochimie Structurale, UMR 5048 CNRS, U1054 INSERM, Universités de Montpellier, France Modules Avancés et Tables rondes Exploring biomolecular dynamics with single pair FRET MA-5-1 Interaction moléculaire en microscopie The analysis and simulation of spatial trajectories of intracellular and membrane proteins: methodological aspects MA-5-2 MA-5-3 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A43 - Analyse de la dynamique moléculaire par corrélation d’images de fluorescence (Waharte/Gilloteaux) A47 - Multiplex FRET : suivi simultané d’activités biochimiques par FLIM deux couleurs (DéMéAutis/Tramier) A16 - Analyse dynamique des fibres de stress d’actine par photoconversion et nano-ablation. (Kurzawa/Senger) A48 - Comparaison de différentes méthodes de détermination des mouvements moléculaires dans la cellules : Méthodes corrélatives et retour de fluorescence. (Favard/Muriaux) A49 - Dynamique de formation de nanotubes et transport transcellulaire dans un modèle neuronal par imagerie à haute-résolution spatio-temporelle. (Tardivel/Waharte) A50 - Mesure de la dynamique d’association de protéines sur les microtubules par combinaison d’acquisition en spinning-disk FRAP et de tracking de particules. (Leconte/Waharte) MiFoBio 2014 Programme Module 6 : Contrôle des ondes pour l'imagerie du vivant – GDR ondes Jeudi 9 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Sophie Brasselet et Serge Monneret Salle Atlantique 8h30-9h30 Adaptive optics for microscopy Delphine Débarre, Laboratoire Interdiciplaire de Physique, Grenoble 9h30-10h30 Coupling optics and acoustics for biologial tissue sensing and imaging Emmanuel Bossy, Institut Langevin – ESPCI, Paris 10h30-10h45 pause Salle Gallipot Salle Atlantique 10h45-11h45 Elastographie : une technique de tomographie des propriétés mécaniques des tissus mous Stefan Catheline, LabTAU, Lyon 10h45-11h45 Contrôle de front d'onde appliqué à l'imagerie en milieux complexe Silvain Gigan, Institut Langevin – ESPCI, Paris 11h45-12h45 Opto-acoustique pour sonder les propriétés mécaniques d'une cellule Bertrand Audoin, Département d’Acoustique Physique, I2M, UMR CNRS 5295, Université de Bordeaux, 11h45-12h45 Micro-endoscopie sans marquage – Label free micro-endoscopy Hervé Rigneault, Institut Fresnel, Marseille Modules Avancés et Tables rondes Mesures quantitatives avec optique adaptative Imagerie du Petit Animal : mesures en profondeur et mesures multiparamétriques : quels outils aujourd’hui ? MA-6-1 MA-6-2 MiFoBio 2014 Programme Ateliers A61 - Contrôle et imagerie de la température cellulaire (Baffou/Savatier) A62 - Microscopie Multiphotonique Multimodale (TPEF / SHG-pSHG / THG / Mélange d'Ondes / Photoablation) (Tissot/Guilbert) A63 - Tomographie par imagerie de phase incohérente et optique adaptative (Savatier/Aknoun) A64 - Optique adaptative grand publique : comment améliorer la PSF en maitrisant les paramètres expérimentaux de base. (Faklaris/Lam) A65 - Microscopie Raman Stimulée (CARS) : initiation à l'aspect source laser et instrumentation (Hage) A40 - Optique adaptative et microscopie de fluctuations de fluorescence (Delon/Gallagher) A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques) MiFoBio 2014 Programme Module 7 : Nouvelles imageries et microscopies mutlimodales vendredi 10 octobre 8h30 – 11h45 Responsable : Frederic Bolze et Laurent Héliot Salle Atlantique 8h30-9h30 Imaging with Coherent anti-Stokes Raman Scattering (CARS) microscopy Andreas Zumbusch, Department Chemie, Universität Konstanz, Germany 9h30-10h30 Structural imaging in cells and tissues by polarized fluorescence and nonlinear microscopy Sophie Brasselet, Institut Fresnel, Marseille France 10h30-10h45 pause Salle Gallipot 10h45-11h45 Studying cell mechanics during early stages of infection using Atomic Force Microscopy and correlative microscopy techniques Frank Lafont BioImaging Center of Lille BiCeL, Cellular Microbiology and Physics of Infection -. Lille 11h45-12h45 Méthodes de recalage d'images pour l'imagerie multimodale Grégoire Malandain, INRIA / Morphologie et Images, Nice/Sophia Antipolis Salle Atlantique 10h45-11h45 Correlative Light and Electron Microscopy Yannick Schwab, EMBL, Heidelberg 11h45-12h45 Microscopie multi-modale avec 3View Cristel Genoud, Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Bâle Modules Avancés et Tables rondes MiFoBio 2014 Programme Microscopie corrélative: de l’optique à l’électronique (Correlative light to electron microscopy) MA-7-1 Ateliers A61 - Contrôle et imagerie de la température cellulaire (Baffou/Savatier) A3 - dSTORM 3D à l’aide de l’émission super critique (Bourg/LéCart) A4 - Imagerie de super-résolution par diffraction conique (Bourdoncle/Tinevez) A66 - Imagerie en flux (Bourdoncle/Guedj) A62 - Microscopie Multiphotonique Multimodale (TPEF / SHG-pSHG / THG / Mélange d'Ondes / Photoablation) (Tissot/Guilbert) A22 - Correlative light and electron microscopy with Array tomography (Genoud/Schwab) A67 - Microscopie Raman Stimulée (CARS) : initiation à l'aspect imagerie biologique (Leray/Hage) A68 - Imagerie de l’ordre moléculaire orientationnel par fluorescence polarisée (Ferrand/Brasselet) A69 - Imagerie en lumière blanche : parce que le marquage fluorescent n'est pas la solution systématique (Bon) A41 - Mesure de concentrations surfaciques de molécules par spectroscopie à corrélation d'images (Delon) A42 - Microscopie multimodale (vidéo microscopie 4D, FRAP, TFM) (Ronde/Carl) A70 - Screening HCS, integration de la cytométrie par analyse d'images sur une plateforme mixte cytométrie/Imagerie (Maury) A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques) MiFoBio 2014 Programme Module 7 : Séminaire Samedi 4 octobre 16h30- 20h00 Salle Atlantique Nonlinear imaging of developing tissues Emmanuel Beaurepaire, Lab for optics and biosciences, Ecole Polytechnique - CNRS - Inserm, Palaiseau Local Energy produced by Glycolysis: On-board ATP fueling of intracellular trafficking Diana Zala, Institut Curie, Orsay Détecter l’ADN chromosomique en microscopie de fluorescence dans des cellules fixées et vivantes: nouveaux outils, nouvelles approches Christophe Escudé lundi 6 octobre 18h45- 20h Salle Atlantique Imaging Life at High Spatiotemporal Resolution Eric Betzig, Janelia Farm Research Campus, HHMI Mercredi 8 octobre 18h30- 20h Salle Atlantique Mesoscopic origins of cell behaviors during tissue morphogenesis Pierre-François Lenne, Institut de Biologie du Développement de Marseille, CNRS & Aix-Marseille Université Jeudi 9 octobre 18h45- 20h Salle Atlantique Pourquoi l’imagerie optique non-linéaire est devenue un outil indispensable pour les neurosciences Laurent Bourdieu, MiFoBio 2014 Programme ENS Paris - Département de biologie, Paris Jeudi 9 octobre 21h30- 22h30 Salle Atlantique Repenser les écoles doctorales à l’ère de l’épistémè numérique Bernard Stiegler Institut de recherche et d'innovation-IRI, Paris Modules Avancés et Tables rondes le big data en imagerie : état des lieux des softs de gestion du cycle de vie des images et des bases de données images ouvertes disponibles TR-T-1 besoins et réalisations autour d’un arduino dans les plateformes d’imagerie TR-T-2 savoir-faire de la création de service de mutualisation d'équipements scientifiques descripteurs 3D TR culture cellulaire HCS/HCA TR-T-3 MA-2-2 TR-T-4 TR-T-5 Ateliers A71 - Scripts et programmation graphique sous Icy (level 2) (De Chaumont/Dallongeville) A43 - Analyse de la dynamique moléculaire par corrélation d’images de fluorescence (Waharte/Gilloteaux) A72 - Segmentation d'images microscopiques sous ImageJ (Usson/Fertin) A44 - Analyse de la diversité des réponses calciques individuelles dans une population de cellules non adhérentes par la méthode MAAACS (Methods for Automated and Accurate Analysis of Cell Signals) (Hamon/Billaudeau) A45 - Analyser la migration cellulaire au moyen de logiciels libres (CordelièRes/Zaharia) A46 - Image processing methods for the temporal analysis of moving particles. (Kervrann/PéCot) A73 - Déconvolution d'image 3D en microscopie de fluorescence (Dieterlen/Colicchio) A74 - ImageJ macro programming for beginners (Baecker/Jublanc) A1 - 2D Single Particule Tracking (Klein/Nicolas) A75 - Analyse conjointe d'images et de données sous Knime (Rousseau/Frindel) A76 - OMERO. An open source client-server software for visualization, management and analysis of biological microscope images (Mateos Langerak/Sarrazin) A77 - Métrologie des instruments d’imagerie : utilisation des différents éléments de valise Métrologie (Desvaux/Gilles) A78 - Quel type de caméra choisir pour quel type d'expérimentation : CCD, EMCCD ou sCMOS ? (Marais) A79 - Etude quantitative des effets de phototoxicité des paramètres de l’éclairage en microscopie de fluorescence (Roul/Tramier) A80 - Arduino1 : Introduction au pilotage de périphériques (Legou/Detailleur) A81 - Arduino 2: Réalisation d'un système de monitoring et contrôle de la température (Rouviere/Mutterer) A82 - CAO et impression 3D (Detailleur/Gillot) MiFoBio 2014 Programme