Diagnostic virologique de la Grippe - CCLIN Paris-Nord

Département de Microbiologie
Unité de Virologie
Groupe de Recherche Antimicrobiens et
Microorganismes (GRAM)
Hôpital C. Nicolle
CHU Rouen
Faculté de Médecine-Pharmacie
Université de Rouen
Diagnostic virologique de la Grippe
Marie Gueudin
Laboratoire associé
au Centre National de Référence du VIH
Caractéristiques du virus de la grippe
• Famille des orthomyxoviridae
genre Influenza virus
type A, B ou C
• Virus à ARN segmenté, se liant au mucus
(grec myxa ) par leur hémagglutinine (HA)
• Virus enveloppé
• La grippe : un virus très variable
Glissement antigénique : mutation modérée des gènes codant pour les
protéines de surface
immunité conservée : épidémie saisonnière
Cassure :
- concerne uniquement les virus A
- changement radical des protéines de surface
perte de l’immunité : pandémie
Sous type du virus de la grippe A
Hémagglutinine
Deux antigènes de surface:
- Neuraminidase N : permet le
relargage du virus, 9 types connus
- Hémagglutinine H : responsable
de la fixation de la particule virale à
un récepteur situé sur la cellule
Neuraminidase
cible, 17 types différents
Les sous-types du virus sont basés sur des différences antigéniques
de ces 2 protéines : H1N1, H3N2…
H5N1 (Aviaire)
Epidémies de grippe en France
Année 2010-2011
Une évolution constante
des virus circulants.
Influence sur l’efficacité
- de la vaccination
Année 2011-2012
- des outils de diagnostic
La grippe de l’hiver 20122012-2013
Selon les données du Réseau des GROG - semaine 45, du lundi 5 novembre au dimanche 11
novembre 2012 :
- Les virus grippaux sont présents mais restent discrets sur le territoire métropolitain.
Les cas de grippe confirmée restent peu fréquents et sporadiques.
Les trois types et sous-types de grippe A(H1N1), A(H3N2) et B circulent conjointement, sans
qu’on puisse encore dire celui qui sera dominant cet hiver.
- Cela reste le bon moment pour vacciner contre la grippe les personnes à risque et ceux
qui les prennent en charge.
- La circulation du virus respiratoire syncytial (VRS) s’intensifie partout en France et
l’épidémie de bronchiolite du nourrisson démarre, notamment en France Nord.
Prélèvement pour diagnostic grippe
- introduire l'écouvillon dans une narine, aller le plus loin possible vers le naso-pharynx
- frotter vigoureusement le coton de façon à détacher le plus possible de cellules
épithéliales
- décharger l'écouvillon dans le milieu de transport
- avec le même écouvillon, refaire le même geste dans l'autre narine, puis casser
l'écouvillon dans le milieu de transport
-après identification, transporter à température ambiante
Laisser l'écouvillon dans le milieu de transport,
ne pas oublier de préciser la localisation de l'écouvillonage
http://www.nejm.org/action/showMediaPlayer?doi=10.1056
%2FNEJMe0903992&aid=NEJMe0903992_attach_1&area=
Échantillon contenant
l’antigène
Ac marqués dirigés contre
l’Ag
Techniques de diagnostic
Principe des tests rapides : recherche des
antigènes viraux par immunochromatographie
Échantillon contenant
l’antigène
Ac marqués dirigés
contre l’Ag
Par immunochromatographie
Immobilisation des Ac ayant
capturés l’Ag
Échantillon contenant
l’antigène
Ac marqués dirigés
contre l’Ag
Par immunochromatographie
Immobilisation des Ac ayant
capturés l’Ag
Ac anti Ac
=
Ligne contrôle
Négatif
Échantillon
Positif
Techniques de diagnostic
Recherche des antigènes viraux par immunofluorescence
Utilisation d’Ac marqués par un
composé fluorescent et dirigés
contre les Ag viraux
Techniques de diagnostic
Détection de génomes viraux par amplification génique = PCR
Technique d’amplification enzymatique qui permet à partir d’un fragment d’ADN
d’obtenir un très grand nombre de copies identiques de ce même fragment.
Réaction réalisée in vitro et qui ne nécessite que très peu matériel génétique.
Protocole de mise en place de la chimio-prophylaxie dans une collectivité de
personnes à risque lors d’une épidémie de grippe, en période de circulation du
virus grippal
(Complément à la circulaire N° 444 du 17 septembre 2004)
Extraits du protocole :
•Pour un 1er cas de syndrome grippal (cas 1) => aucun prélèvement n’est fait.
• Si un 2ème cas apparaît dans les 3 jours qui suivent le 1er cas (cas 2) =>
un test de diagnostic rapide de la grippe est réalisé
Si un 3ème cas dans les 3 jours qui suivent le 2ème cas (cas 3) => un
test de diagnostic rapide de la grippe est réalisé
Outils diagnostiques
2 types d’outils de diagnostic :
• Les tests de diagnostic rapide de grippe par immuno chromatographie sur
membrane
•Le diagnostic du type, à des fins de surveillance épidémiologique des virus
circulant, qui nécessite des techniques développées par les CNR de la grippe
Texte datant d’avant 2009 donc avant le H1N1pdm09
Conduite à tenir devant des infections respiratoires aigues basses dans les collectivités
de personnes âgées : en cours d’actualisation
Performances des tests de diagnostic rapide
Influenza
type
A
B
Rapid tests
Sensitivity, %
Specificity, %
PPV, %
NPV, %
Directigen EZ Flu A and B
82.1%
100%
100%
89.3%
Binax Now Influenza A/B antigen kit
71.0%
100%
100%
84.0%
Genedia influenza Ag
76.1%
100%
100%
86.2%
Humasis Influenza A/B antigen test
79.1%
100%
100%
88.5%
SD Bioline rapid influenza kit
82.1%
100%
100%
89.3%
RT-PCR
98.5%
100%
100%
99.0%
Directigen EZ Flu A and B
40.7%
100%
100%
66.2%
Binax Now Influenza A/B antigen kit
37.2%
100%
100%
64.9%
Genedia influenza Ag
40.7%
100%
100%
66.2%
Humasis Influenza A/B antigen test
41.8%
100%
100%
66.7%
SD Bioline rapid influenza kit
47.7%
100%
100%
68.9%
RT-PCR
97.8%
100%
100%
98.0%
Evaluation of five rapid diagnostic kits for influenza A/B virus
Chi Hyun Cho et al J Virol Methods. 2012 Sep 8. pii: S0166-0934
253 patients (influenza A, n = 67; B, n = 86; negative samples, n = 100)
Echantillons collectés entre janvier 2009 et décembre 2011
Performances des tests de diagnostic rapide sur des
virus H1N1pdm09
Table I. Rapid Antigen Test Comparisons of Total Clinical Samples (N = 167) Using RealTime and Culture as the “Gold Standard”
Sensitivity (%)
Specificity (%)
PPVb (%)
NPVc (%)
BD Directigen EZ Flu A + B
58.8
97.9
98.59
48.96
3M™ Rapid Detection Flu A + B
44.5
80.4
89.83
40.54
Binax Now Influenza A&B
42.9
97.9
98.07
40.87
QuickVue Influenza A + B
42
97.9
98.04
40.51
40.3
100
100
40.34
Rapid tests
Remel X/pect A&B
Performance of five FDA-approved rapid antigen tests in the detection of 2009 H1N1 influenza
A virus Deena E. Sutter1,*, et al J Med Virol. 2012 Nov;84(11):1699-702
Les tests rapides n’ont pas été adaptés aux variants H1N1pdm09
Influence de l’âge sur la sensibilité des tests rapides
Immunofluorescence
Patients
Inpatients
Outpatients
Test rapide
Positive
False
Negative
Sensitivity
(95% CI)
Positive
False
Negative
Sensitivity
(95% CI)
Children
43
14
75%
(62 to 86)
21
4
84% (64 to 95)
Adults
2
3
--------------
20
24
45% (30 to 61)
Children
2
2
--------------
41
13
76% (62 to 87)
Adults
—
—
--------------
43
14
75% (62 to 86)
• Pour la grippe : l’IF ne fait pas mieux que les tests rapides
• Chez patients hospitalisés : sensibilité adultes < sensibilité enfants
Patients non hospitalisés : enfants moins jeunes que ceux hospitalisés et
adultes moins âgés que ceux hospitalisés
Effet de l’âge sur l’excrétion virale à prendre en compte
Evaluation of Indirect Fluorescent Antibody Assays Compared to Rapid Influenza Diagnostic
Tests for the Detection of Pandemic Influenza A (H1N1) pdm09
Sandra Nutter,1PLoS One. 2012; 7(3)
Utilité des tests rapides grippe
Une très bonne spécificité, une sensibilité souvent insuffisante.
Résultat positif : fiable, présence de virus
Résultat négatif : aucune conclusion possible,
si symptômes évocateurs, réitérer le test, faire test PCR
Les tests rapides grippe sont utiles si:
- Pas de possibilité de faire le diagnostic rapidement par PCR
- Les limites du test sont connues
- Le test est réalisé sur plusieurs prélèvements
- L’épidémie est avec un sous type bien défini et que le test est adapté
PCR grippe
Avantages :
-Plus sensible que les tests rapides
- adaptation rapide des techniques en cas d’apparition d’un nouveau
variant
- permet le sous typage pour une suivi épidémiologique
Inconvénients :
- Fait uniquement dans des laboratoires spécialisés
- Cher
Réalisée 3 fois/ semaine au laboratoire de virologie de Rouen
(fréquence adaptée en fonction de l’épidémie)
PCR grippe
To test or to treat? An analysis of influenza testing and antiviral treatment
strategies using economic computer modeling.
Lee BY, McGlone SM, NCBI
PLoS One. 2010 Jun 23;5(6):e11284.
“Findings were quite different for older adults (65+ years old). Routine PCR testing of
ILI cases seems cost-effective when the probability of ILI being influenza is at least
10%. This presumes that PCR is available at the time of the clinic visit, results are
rapidly available, and, if the test is positive, antiviral medications are initiated within
48 hours, which may not be feasible in many settings. “
Merci de votre attention !