Auto Tag

Fiche Omero.webtag
Omero.webtag est une application web, donc accessible uniquement à partir d’omero.web,
qui permet d’automatiser le « tagging » de vos images. Pour ce faire, elle va extraire les
informations contenues dans le nom de vos images et le chemin d’accès des fichiers
originaux (ex:nom dossier/nom sous-dossier/images). Vous aurez ensuite à choisir les tags à
appliquer aux images via un système de cases à cocher.
Comment accéder à cette fonction d’auto-tagging:
panneau gauche
panneau central
panneau droite
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-1) Sélectionnez une expérience dans
l’arbre des data (panneau gauche).
-2) Cliquez sur l’onglet déroulant
thumbnails (panneau central) pour voir
apparaître l’option Auto Tag.
-3) Une fois l’option sélectionnée, le
panneau central qui montrait les
vignettes des images contenues dans
l’expérience laisse place au menu de
l’application d’auto tag.
(détails du menu en 2ème page)
Mode opératoire:
L’application est capable de distinguer les mots contenus dans les noms ou chemin d’accès des images que
s’ils sont séparés par le caractère underscore (_). Ainsi une image appelée « histone RFP » génère un seul
tag « histone RFP » alors qu’une image histone_RFP génère deux tags distincts « histone » et « RFP ».
Le menu auto tag est en fait un tableau pour lequel chaque ligne correspond à une image et chaque colonne
un tag extrait par l’application.
-1) Par défaut, l’application présente les
tags extrait des noms d’image. Ici, j’ai
coché la case path pour afficher les tags
extraits à partir du chemin d’accès.
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-2)On peut faire de même avec
l’extension du fichier. La colonne
correspondante sera alors ajoutée (ex:
lsm, czi, etc.).
-3)Fond bleu: le tag existe déjà dans la
base de données. Rq: cochez la case à
côté du tag pour tagger toutes les
images(4).
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-5)Fond vert: ce tag est déjà associé à
ces images.
-6)Fond rouge: ce tag n’existe pas ou
n’est pas reconnu. Cliquez sur l’onglet
pour l’ajouter(New/Existing tag).
-7)Boîte de dialogue pour créer un tag:
Vérifiez que le tag n’existe pas déjà via
l’onglet déroulant (Choose Tag )ou créez
en un nouveau (Tag Name) puis cliquez
sur OK. Le tag est ajouté et son icône
devient bleu.
Finalement, cliquez sur Apply
Pour associer les tags validés (bleu) aux
images (en fonction des cases cochées).
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